The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
DPFQQVVKDTKEQLNRINNYITRHNTAGDDDQEEEIQDILKDVEETIVDLDRSIIVMKRDENEDVSGREAQVKNIKQQLDALKLRFDRRIQEST
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| publication title |
Structural Analysis of the Interaction between the Snare Tlg1 and Vps51.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VACUOLAR PROTEIN SORTING PROTEIN 51
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| total genus |
39
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2X9Y A; 2KWI B; 3CKD A; 3S4U A; 4B6X A; 1QSD A; 1H7C A; 3L3P A; 2CA5 A; 3N5L A; 3MXZ A; 1IJ6 A; 1ZKE A; 1LVF A; 4CQI A; 3QK6 A; 1IJ5 A; 2K48 A; 2C5K T; 3FXE B; 2G0U A; 2C5J A; 2X9X A; 2C5I T; 2X9W A; 1Z0P A; 2IC9 A; 3CVR A; 4DND A; 4L0R A; 4FI5 A; 1LRZ A; 2KWH A; 3FXD B; 3QUJ A; 4J2C A; 3TKL B; 3P7I A; 4EYY R; 2IC6 A; 2XTL A; 2MBG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CK6 A; 2I6H A; 5AQK B; 2J47 A; 3M65 A; 1IZN B; 2W61 A; 4Q25 A; 5DQV A; 5FY0 A; 2W00 A; 2FUP A; 4UVA B; 3KBT A; 1HNW T; 4GYS A; 1AJ3 A; 4FJO A; 3P7I A; 4HEA A; 1FEW A; 3KFW X; 4KP3 C; 4B3T T; 4BJM A; 2V6Y A; 3ZPO A; 4ADZ A; 3GMI A; 4EIW A; 5EK2 A; 4OK0 A; 2LT3 A; 4MHC A; 1N36 T; 2X66 A; 5FL0 A; 5HWX A; 3HKD E; 5LBQ B; 3AB3 B; 3B5M A; 3DP7 A; 2XUE A; 3OJA A; 4U2Z A; 1V9D A; 3AAE B; 4B6X A; 2FBW A; 4X64 T; 2K5B B; 4NXN T; 3UTK A; 2CBJ A; 3RPU A; 3HI2 A; 2X68 A; 4QHO A; 2LM2 A; 3PUY F; 2A2F X; 4V1A v; 4O2A E; 3TLU A; 3ZYM A; 2PG8 A; 3GN5 B; 3AE6 A; 4CXY A; 1LVF A; 3K3O A; 2C5J A; 2CLY B; 5CFB A; 4DND A; 5J0Z A; 2LSG A; 4EYU A; 2R6G F; 3SFE A; 2E8I A; 1YQ3 A; 3NVO A; 3OYZ A; 1XDP A; 3P4P A; 2RA1 A; 3F31 A; 4ERR A; 3N9M A; 4KUM B; 1HG5 A; 5ADX L; 1N33 T; 3ZYL A; 2JPF A; 4B3M T; 4JBW F; 1NAF A; 2JQK A; 4U7I A; 2YN6 A; 4X1Y E; 4UXN B; 3ZMS B; 1YXR A; 2CXD A; 3OPC A; 2ZM0 A; 3W15 B; 1MND A; 5L3E B; 4U7Y A; 4YTP A; 4LFB T; 3VKH A; 2NWB A; 2F4V T; 2NOX A; 3HR0 A; 3AEA A; 1I6Z A; 3IF8 B; 2NR4 A; 1WR0 A; 3T1Y T; 1R8I A; 4IE4 A; 2YOE A; 4ANJ A; 4HWD A; 2HH7 A; 4MFR A; 4J2C A; 2IC6 A; 2KZ7 B; 2CEA A; 3N9N A; 3NRY A; 1KNR A; 4NUV A; 4OYJ A; 4YJ2 E; 4B3R T; 3ZT5 A; 5ABF B; 2D0T A; 3AEF A; 3RQU A; 3AE8 A; 3I0Q A; 4JI0 T; 2N2N A; 1JNZ A; 2NW9 A; 2XAJ B; 3KV9 A; 4OX9 T; 3PU3 A; 2WWV A; 3AE2 A; 2WDR A; 4PK5 A; 1NEK A; 2VWA A; 2C5K T; 4JUY A; 3AE4 A; 1N34 T; 5TAO A; 2LJL A; 4P1N A; 2QVA A; 2CPT A; 2K9A A; 2WBL A; 4DR1 T; 4UEM A; 4ZEY A; 2WQY A; 1UX4 A; 4U31 A; 3UT5 E; 5F8P A; 3ZSS A; 2NTY A; 3E08 A; 5JDH A; 4U33 A; 1D1B A; 3L39 A; 5LP6 E; 3AAA B; 5GON E; 4Z8X A; 3F2E A; 2BZB A; 5A1L A; 2KND A; 4DR5 T; 3MKD A; 1CHU A; 3SOL A; 4QXB B; 3PDY A; 2X67 A; 2XJ7 A; 3O9X A; 5HXH A; 3IA3 A; 2NP9 A; 3ONL C; 3UU5 A; 3OVU A; 1YKE B; 3NKZ A; 4IDO A; 4TX5 A; 2LSY A; 3VRB A; 3AE1 A; 4CI3 B; 4A5X A; 3PUW F; 5HXS A; 3RYI E; 2ACX A; 1WR6 A; 5BR8 T; 5HAX A; 4XAX B; 4OFZ A; 3ONJ A; 2H7O A; 4IDQ A; 5LOV E; 1ZHC A; 5AQU B; 1Y01 A; 2XPK A; 5FY1 A; 2XQA A; 4H63 H; 3CQG B; 4AQF C; 1MIW A; 4OHF A; 3D0T A; 5LMU T; 3KVB A; 3AE7 A; 1HR0 T; 1UCU A; 2MAW A; 3ZMT B; 4JLE A; 4QH4 A; 3RC8 A; 2HPL A; 4UV8 B; 4TWD A; 4AKG A; 2WAU A; 4WNK A; 2UXX B; 1MIV A; 5HEU A; 2BKO A; 3PV0 F; 3OTO T; 3FB2 A; 2HPJ A; 4ZZB A; 5JTG A; 2UXD T; 4DMV A; 3PE0 A; 3JAE A; 1BR2 A; 1T98 A; 5FP3 A; 4HWH A; 3ZC0 A; 2VL8 A; 4LF9 T; 4DV4 T; 1WYC A; 4YHH T; 2I59 A; 5LNK A; 4PFP A; 4JEU B; 1I94 T; 5BMV E; 1US7 B; 2CHO A; 2QGS A; 2KIN B; 4GOU A; 5FL1 A; 5AQO B; 1LKX A; 5FXW A; 3BQI A; 4MBQ A; 2JMK A; 4ZI3 C; 2BBH A; 4TWH A; 5CJ5 A; 4TNW A; 3M3Z B; 2JMH A; 2Q9Q B; 3RIF A; 2PFV A; 3T1H T; 5ABG A; 5LG4 A; 4AQF A; 3VU7 H; 4PFO A; 3BQK A; 3ZJ2 A; 2V7I A; 3LG7 A; 3ZT7 A; 1Z8U A; 4WW0 A; 4EOZ B; 2XSA A; 4IDP A; 3RGL A; 1E7P A; 2BG9 E; 1CUN A; 2V7M A; 2X0Y A; 5HXE A; 3Q5D A; 4LF5 T; 2E9X D; 4LF7 T; 1D1A A; 3CX7 B; 4IE7 A; 2CM0 A; 3P4R A; 2WU2 A; 2WS3 A; 2XQ4 A; 1XDO A; 2BKN A; 2ZM6 T; 3RKO A; 5AQF B; 3GWH A; 2XM2 A; 1KFY A; 5JDL A; 1VCS A; 3RYF E; 5H6R B; 3CKD A; 1EZ3 A; 3HKE E; 2UUB T; 1XNQ T; 1D0Z A; 4UR9 A; 1OWA A; 2WCA A; 2V7J A; 2V1D B; 3AVR A; 5AFU L; 4YY3 T; 3VR8 A; 4X5T A; 4ILB A; 2W2U A; 3I0O A; 4JV5 T; 3H3M A; 3AXJ B; 2CE7 A; 5AQG B; 3ZYK A; 4EV6 A; 4YT0 A; 3ZLI A; 3E0Z A; 1D0X A; 2DWG A; 3MZK B; 4X20 E; 3RHW A; 3KDS E; 3ZCI A; 2V26 A; 4L0R A; 1HNX T; 2N1G A; 3K8P C; 4ZI2 D; 2LLY A; 4AIU A; 3ZJ1 A; 3CX6 B; 2K24 A; 1S94 A; 5FMN A; 2DHR A; 1HNZ T; 3AE5 A; 1UGO A; 1VOM A; 4F8H A; 2W66 A; 4CI1 B; 3CML A; 2BS3 A; 3VHL A; 4LFC T; 2UU9 T; 3CQC B; 2BKP A; 3C51 A; 2KWI B; 5AQL B; 5LJM A; 1IAP A; 3RC3 A; 1GQE A; 2BG9 C; 4LFA T; 2XM1 A; 2CBI A; 2IC9 A; 2M6B A; 2LSK A; 1W9R A; 3TLT A; 3GA8 A; 3P4S A; 2IIU A; 4TN7 B; 4DV3 T; 3KV5 A; 4AQY T; 2XAH B; 3E22 E; 5J2U E; 2IW5 B; 3LK3 B; 3HL6 A; 4DV0 T; 3UU3 A; 3CVR A; 2LSJ A; 4TUY E; 5FXX A; 4YSZ A; 2VUR A; 3V5U A; 4Z91 A; 3HKC E; 5FY7 A; 3LSV A; 5JDQ A; 5JH7 E; 1YKH B; 3FXE B; 2G0U A; 3P4Q A; 3C50 A; 4L5G A; 2XQ7 A; 4C91 A; 4DUY T; 1KNP A; 1LVK A; 2XTL A; 5AQQ B; 2IML A; 4KMC A; 4IHJ E; 5LGN B; 5L2L A; 1HX1 B; 2VVN A; 2ES0 A; 3JC6 D; 3SS1 A; 2YK0 A; 2WMO A; 3BK9 A; 2IAK A; 2LE8 A; 3VRA A; 2BG9 A; 4KI0 F; 2PTF A; 3WAK A; 3FHN A; 1N32 T; 5FXV A; 3CX8 B; 2LHN A; 2WSS V; 2YEV C; 2Z6E A; 2J1D G; 2DCF A; 3NRX A; 4LF4 T; 2CXL A; 5AQT B; 1L0V A; 2NW8 A; 2EHO C; 4XZC A; 2V6Y B; 5KX5 E; 2CWY A; 4K0K T; 4PK4 A; 2J4G A; 3H37 A; 1MIY A; 2ZMA A; 2YDS A; 3PUG A; 3JAD A; 4JI1 T; 5KXJ A; 2WU5 A; 2E2A A; 2FJB A; 4CXW A; 4I55 E; 3AEB A; 4IIJ E; 2BVM A; 2HN2 A; 2WP9 A; 3N2K E; 2YU1 A; 2KT9 A; 1ZP0 A; 4H63 V; 4EZH A; 2LHR A; 5HWY A; 3NBX X; 5AQR B; 1O3X A; 3TLV A; 2KLQ A; 4DV5 T; 2MOZ A; 2QA7 A; 2W0G A; 4AIS A; 3IHR A; 2XAS B; 2Q9Q D; 4MLK A; 3PJA A; 2ZM2 A; 4F6R C; 4AKH A; 4HWI B; 3UU4 A; 4AKR B; 2SPC A; 2LRL A; 1Y64 B; 3EVY A; 1MNE A; 2CMR A; 4PJN A; 2BG9 B; 2YIN A; 2X0H A; 5CGM A; 3WI3 A; 3ZC1 A; 1FJG T; 2X9H A; 4GKJ T; 4MAL A; 2P9B A; 4DR4 T; 2DI4 A; 4UVB B; 3EHZ A; 2EHO A; 4U3C A; 2OV9 A; 4YHJ A; 4HFC A; 2LRK A; 2VKD A; 3J7Y q; 2WDQ A; 1YD8 G; 3RF1 A; 4P0B A; 1XMQ T; 4TNV A; 1U5P A; 3FZH B; 3AA1 B; 3F57 A; 3FBL A; 5HEG A; 3N9P A; 1OED C; 5JDN A; 4DV7 T; 5JR9 C; 3U3I A; 2K3W A; 4NIQ A; 4WBN E; 1MMG A; 1UK5 A; 4DV2 T; 2V8S V; 5LGU B; 1HTJ F; 2FJD A; 2YDR A; 4I43 B; 2D9D A; 5EZY E; 3KBU A; 2Y6X A; 2IUB A; 3HA4 A; 4JI5 T; 4UV9 B; 5IUX A; 4EB6 E; 2M6I A; 3RKG A; 3PUX F; 2V5C A; 2MTQ A; 3KV6 A; 2OA5 A; 3MAC A; 4UF0 A; 2CA5 A; 5F5W A; 4NPP A; 2KSR A; 1FMW A; 4ZS3 A; 2DL1 A; 3UU8 A; 3PUV F; 2EHO B; 4YSY A; 4TWF A; 4P09 A; 4A56 A; 5IWA T; 4TV8 E; 4X66 T; 2PBI A; 3FZM B; 3UQ7 A; 4GK0 E; 2HN1 A; 4X1I E; 3LK2 B; 3RH3 A; 4CQI A; 4BA9 A; 4IDN A; 2V7L A; 4WZX A; 3EAB A; 2VVS A; 1OED A; 3RLF F; 5JR9 A; 3DJB A; 4G63 A; 5LXT E; 5L4E A; 4QWN B; 4YJ3 E; 3VR9 A; 2WDV A; 2W4X A; 2FJA A; 4EZ4 A; 3C4W A; 5CA1 E; 4WBO A; 5AQH B; 5LCY A; 5LG3 A; 2RP4 A; 4G2A A; 5JDM A; 3G06 A; 2WY2 A; 5AQM B; 1ZV4 X; 5IHY A; 2KWH A; 3PUA A; 3BQL A; 2LKH A; 3AA6 B; 3O1H A; 4ZXL A; 2CRB A; 3CPZ A; 4AKI A; 1FMV A; 3RRC A; 4ZOL E; 4KX6 A; 4CZZ B; 2DWK A; 2LM9 A; 4O4I E; 4JI4 T; 5AQV B; 4X1K E; 1IBM T; 3C4X A; 3ANW A; 4M1P A; 2GK9 A; 3FXD B; 3N2O A; 3N2G E; 3FZF B; 4GIW A; 2XQY A; 2XQ5 A; 5FKY A; 4JI8 T; 3ZN0 B; 3OKQ A; 4ISS A; 4QKN A; 4EAH A; 5J1G A; 3KIN B; 2IHR 1; 5ABH A; 2JQ9 A; 3IEE A; 4NXM T; 4LMK A; 5LBM A; 2AXD S; 4O4L E; 3RYH E; 4U74 A; 4GK5 E; 4HFD A; 5JDG A; 2XAF B; 5JR9 B; 3H3A A; 5KDM C; 1D1C A; 5JDF A; 3MA9 A; 2BS4 A; 3RIA A; 3AEE A; 4EYY R; 2BS2 A; 3EDV A; 1J1J A; 1QSD A; 4I4T E; 3PUZ F; 4YTN A; 3I9W A; 4BJN A; 5HEO A; 2WB5 A; 1T7S A; 4DBR A; 5JRE A; 3K3N A; 5EK4 A; 2B76 A; 2A3D A; 1H7C A; 1KEY A; 4IL4 A; 3I1A A; 1S35 A; 4HWF A; 1WCR A; 2ACZ A; 1W09 A; 4DR7 T; 3O4X E; 3SRZ A; 3P8C D; 4YFS A; 5LHH B; 3Q5X A; 2H88 A; 5IYZ E; 4XBF B; 4DV6 T; 2RPA A; 2LEH A; 4QX7 B; 5AQJ B; 4EXT A; 1J5W A; 2B1E A; 5LGT B; 4LML A; 2VK9 A; 1Z0P A; 2E9X C; 3J9X 1; 1NWM X; 1U4Q A; 3QUJ A; 5FVL A; 4CN1 A; 4DR2 T; 4AXP A; 1JNR A; 4UEL A; 5HCJ A; 5LA6 E; 2XQ9 A; 1MMD A; 3UUM A; 3NZP A; 3QB5 K; 1FIO A; 3EUH A; 2XHE B; 1HCI A; 3QNU A; 4IE6 A; 3MXZ A; 3UFE A; 3GN5 A; 2V5D A; 3ZMU B; 3N9Q A; 4WYV A; 4H9R C; 3EI0 A; 4PJJ A; 3TKL B; 5L47 A; 4BAY B; 3LBX A; 1QLB A; 5KMG P; 1HG2 A; 5LB7 B; 1XWM A; 4JI6 T; 3UUX B; 3IBP A; 3K1S A; 3T8O A; 4HWC A; 4ZI2 C; 3O1I A; 3KV4 A; 4HFV A; 2UXN B; 2Y48 B; 4H9O C; 5HXR A; 4KBM B; 2H89 A; 4HGA A; 4QX8 B; 2E9X A; 2H7V C; 3ZEF B; 2A72 A; 1T8B A; 4C90 A; 4EED A; 3PJA J; 4PW8 A; 3RI5 A; 1WRD A; 4EGW A; 4O8S A; 2X9W A; 5F3J A; 1LRZ A; 2EHO D; 1BR1 A; 1HX8 A; 2X0L B; 1J5E T; 4I0U A; 4DID B; 2MYS A; 3K3Q C; 4O4H E; 1KK7 A; 3OBV E; 2JIW A; 2QRX A; 4O2B E; 3N5L A; 3ZMV B; 2JQQ A; 3P50 A; 2J62 A; 5L3C B; 2K48 A; 1ZOY A; 4KHP T; 1M62 A; 1SA0 E; 3ZMZ B; 5CA0 E; 2XQ6 A; 4AQG A; 4JYA T; 2MPK A; 1KF6 A; 5ABE A; 3V5S A; 2VKJ A; 4HFB A; 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