The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
128
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structure length |
128
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Chain Sequence |
GAAALKNYYEVHKELFEGVQKWEETWRLFLEFERKASDPNRFTNRGGNLLKEEKQRAKLQKMLPKLEEELKARIELWEQEHSKAFMVNGQKFMEYVAEQWEMHRLEKERAKQERQLKNKKQTETEMLY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Near-atomic cryo-EM structure of PRC1 bound to the microtubule.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Tubulin alpha-1B chain
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| total genus |
57
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| structure length |
128
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| sequence length |
128
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NRY A; 5KMG P; 3NRX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K3W A; 4OFZ A; 3AA6 B; 3FZK B; 4A97 A; 3C4W A; 1OED B; 2P9B A; 1HF8 A; 4ZI3 C; 2V6Y A; 5LGT B; 5IWA T; 4DMV A; 3N2K E; 2WP9 A; 3OBV E; 5HEO A; 2XAS B; 2CLY C; 2WQY A; 2V7L A; 4X64 T; 3AA0 B; 3AA7 B; 4TZ4 C; 2LLY A; 3UUN A; 2UUA T; 4AKR B; 1HG5 A; 4U2Z A; 2KZ7 B; 5AQO B; 2RP4 A; 4ILC A; 3KV9 A; 4PFO A; 2KWH A; 3PJA A; 1B7T A; 2WDR A; 4HN9 A; 3TLS A; 5AQU B; 5CJ5 A; 4YFS A; 4GYR A; 3SFD A; 4DVD A; 2IUB A; 4HFI A; 3OPC A; 2KXP B; 3N9N A; 5HYA A; 2GK9 A; 3ZKR A; 2Y48 B; 5JDF A; 3JC6 C; 3LK4 2; 3PU8 A; 1HNW T; 2CBI A; 2DL1 A; 5JQG E; 2CEA A; 2V5D A; 3C98 B; 5HXE A; 3FXE B; 4U31 A; 1S94 A; 3AE4 A; 3RI5 A; 2CPT A; 3I0O A; 4P09 A; 3VR8 A; 4B3R T; 3RC8 A; 3K3O A; 3H3M A; 3KV5 A; 4GOU A; 4V1A v; 1SE7 A; 1VOM A; 4LF4 T; 3LK3 B; 3JAE A; 2ZMA A; 4AIU A; 3A8Y C; 3CX8 B; 3P50 A; 3ZMU B; 3GN5 B; 2V7J A; 5HXR A; 1HTJ F; 3ZYL A; 1M7K A; 2WDQ A; 2CRB A; 3TLU A; 4OYJ A; 2W61 A; 2KT9 A; 2VQE T; 1YQ3 A; 3I9W A; 5HAX A; 3EDV A; 4JEH B; 1KNR A; 5LOV E; 4QHO A; 1J5W A; 5JH7 E; 2D2S A; 2W2U A; 5E0O A; 5L4H A; 2HN2 A; 1N36 T; 2H89 A; 4TWH A; 4DBR A; 1YKE B; 5JR9 B; 5BMV E; 4LF6 T; 3AEE A; 3RQU A; 5IYZ E; 4I50 E; 3NVO A; 1ZKE A; 3CKD A; 3KFW X; 4KMC A; 4EEB A; 4YXD A; 2HHH T; 4QKN A; 3SWH A; 2WWU A; 4IHJ E; 2C0S A; 5LBQ B; 2KWI B; 3UT5 E; 4KP3 C; 2QVA A; 1SHZ C; 2JRK A; 5AQQ B; 2K24 A; 2W63 A; 4AQF A; 3RQW A; 3RKG A; 4IL9 A; 4O2A E; 5CA1 E; 3ZN1 B; 1BR4 A; 2XAH B; 3KIN B; 5AFU L; 2A72 A; 2WZI A; 1FEW A; 4QX7 B; 1IJ6 A; 4DND A; 3UTK A; 2VK9 A; 4I43 B; 3RIU C; 5LYJ E; 3BQL A; 2XAQ B; 4HE8 A; 2K5B B; 2BBH A; 4ZXL A; 4C90 A; 2HH7 A; 4ZZB A; 4F6R C; 2V7M A; 4HGA A; 2QA7 A; 3RPU A; 3UQ4 A; 1I94 T; 5EK3 A; 4IIJ E; 4G2A A; 2NP9 A; 3J7Y q; 2JQQ A; 3SRZ A; 2Q9Q D; 2OV9 A; 2LEH A; 2XJ7 A; 3EDU A; 4QXH B; 4IT4 A; 4H9R C; 5IUX A; 2XM2 A; 3GA8 A; 3E22 E; 3CIR A; 4JYA T; 1US7 B; 3C64 A; 3PUY F; 4DR5 T; 2BDE A; 1W09 A; 4X1I E; 4TUY E; 2ZM0 A; 4KX6 A; 1OXZ A; 4DV2 T; 4DV4 T; 2CE7 A; 2HN1 A; 2X67 A; 4YJ2 E; 5LGN B; 4EV6 A; 3GN5 A; 4LFB T; 2XM1 A; 4EGW A; 2YDS A; 5LG3 A; 3QOF A; 3P4Q A; 4K0U A; 5DQV A; 5FXX A; 1CUN A; 3T1H T; 5JDL A; 4X65 T; 4HWH A; 5FVL A; 2KLQ A; 2WMN A; 2ZLY A; 3ZEF B; 3ABV A; 3CQC B; 4JI6 T; 3MKD A; 1ZOY A; 2XQ8 A; 5AQR B; 5FY0 A; 4H9P C; 4DID B; 4IDO A; 2XY8 B; 4LMK A; 3ZT5 A; 4GKJ T; 3K3Q C; 5FXZ A; 3OJA A; 3GWH A; 2JJ9 A; 2EHO D; 3F2E A; 1QLB A; 3BQI A; 5JR9 A; 3N2G E; 3RC3 A; 2UXD T; 2X9X A; 4TWD A; 4JI7 T; 3H3A A; 4X66 T; 4CXX A; 2W66 A; 2W00 A; 3FZM B; 4U74 A; 4HFD A; 4CI3 B; 4B3M T; 1FJG T; 2ZM8 A; 3PU3 A; 5FP3 A; 2FJE A; 4H9Q C; 3ZMV B; 3N9O A; 1NWM X; 2D9D A; 3ESL A; 2KMF A; 1MMD A; 3A5X A; 2V6Y B; 4DBQ A; 4TWF A; 5ADX L; 2XTL A; 2LT3 A; 4LF7 T; 3LDQ B; 5FY1 A; 2FBW A; 5AQS B; 5HEH A; 2UU9 T; 5JDM A; 2KSR A; 3PE0 A; 3PUW F; 2XSB A; 4PJL A; 3AE9 A; 1WFD A; 3L3P A; 2VQF T; 2J62 A; 3B57 A; 3DP7 A; 2UUC T; 4E7S A; 4O4H E; 5FNV E; 3VU7 H; 3ETU A; 1NAF A; 3PUX F; 4CI2 B; 2EHO C; 4P0A A; 2VB6 A; 3CK6 A; 3ZN0 B; 3LJC A; 1XDO A; 3AE8 A; 2RA1 A; 2LSG A; 4ZI3 D; 2X9Y A; 1QUU A; 2C5J A; 1AJ3 A; 3HKD E; 4DV1 T; 2W0G A; 2BVM A; 3CPZ A; 3UU3 A; 1XMQ T; 1IAP A; 2NOX A; 3Q5E A; 3N5L A; 2DCF A; 2X9H A; 4ZEY A; 4HFE A; 3HKE E; 4J2C A; 2IC9 A; 4XAX B; 4UEM A; 4DV6 T; 2CA5 A; 2CXD A; 2NW9 A; 3ETV A; 2VVN A; 4TX5 A; 3NRY A; 3P4W A; 3N9Q A; 2CHN A; 2WY2 A; 4EIW A; 4GKK T; 4GK5 E; 3I9Y A; 3UU8 A; 2E9X C; 1N33 T; 5L4E A; 2MTQ A; 2VKJ A; 2WU5 A; 3JC6 D; 2WZH A; 2BG9 E; 2BG9 C; 3OTO T; 3EAB A; 3HKB E; 5IHY A; 2FJD A; 2NWB A; 4GYS A; 1O3X A; 5LJM A; 4PJN A; 4CQI A; 1VCS A; 3RF1 A; 3ZJ2 A; 2XHE B; 3AED A; 2A2F X; 2BS4 A; 2L8K A; 3EUH A; 4H63 V; 5LJN A; 2UUB T; 2UXB T; 1ZEE A; 4U2Y A; 2X0Y A; 3QK6 A; 2M6I A; 1HX1 B; 2QYW A; 4MAL A; 4U7I A; 2F4V T; 3V5S A; 3RLF F; 4U7Y A; 1X9B A; 4E7Z A; 4A56 A; 3RYF E; 3ZPO A; 2CWY A; 2CWO A; 2KND A; 3ZSS A; 2Q9Q B; 3OVU A; 2YN6 A; 4UVC B; 2AXD S; 4O2B E; 3Q5D A; 4L5G A; 1T7S A; 2D5U A; 1T98 A; 2A3D A; 4HEA A; 1FIO A; 5KDM C; 2PG8 A; 3QB5 A; 3FZL B; 3ZT7 A; 4ILB A; 3ZMZ B; 1LKX A; 2IC6 A; 5J1G A; 2W62 A; 2LOS A; 4H63 H; 2IHR 1; 2K48 A; 3HR0 A; 2QRX A; 5CFB A; 1SUM B; 1H7C A; 2CHO A; 4CXW A; 3RIU A; 2XAG B; 3P7I A; 3E08 A; 4HFH A; 3JCF A; 3AE1 A; 2QGS A; 1U4Q A; 2LKG A; 4EYU A; 4IE4 A; 3LSV A; 3UFE A; 3AEF A; 3K3N A; 4WBN E; 2ODV A; 3CQG B; 1UX5 A; 1VCT A; 3VRA A; 1WR6 A; 2LSI A; 1YD8 G; 2EHO B; 3D0T A; 4LF9 T; 2L3L A; 4BAY B; 4QX8 B; 3WAK A; 5LCY A; 2A9U A; 3ZMS B; 5JRC A; 3EVY A; 2YK0 A; 4H9N C; 3O1H A; 3HI2 A; 5M4Y A; 4UV8 B; 5AQM B; 1WRD A; 3T8O A; 2YU1 A; 5FL0 A; 2LHR A; 3RYH E; 5LHH B; 2PJQ A; 2J1D G; 3KBU A; 3RYI E; 2V8S V; 4UVA B; 4EZH A; 4F8H A; 4UF0 A; 2H7V C; 5C3J A; 5L3F B; 3LFM A; 4O4J E; 5FYM A; 2B76 A; 4B6X A; 4JBW F; 4YSZ A; 1D1B A; 4H9S E; 2V7K A; 4KHZ F; 4I0U A; 3P4P A; 5LGU B; 2X0H A; 1D1C A; 5AQG B; 1XZY A; 2XQ9 A; 2I0M A; 3O1J A; 3FB2 A; 4DO0 A; 3V5U A; 3G06 A; 3HA4 A; 1D0Y A; 3AE5 A; 4MFR A; 2WS3 A; 4M1P A; 2V1D B; 4NIQ A; 5L3G B; 2ACX A; 4DUY T; 3VKH A; 4KI0 F; 4EXT A; 3C51 A; 4DV3 T; 3KVB A; 5DQW A; 4CN1 A; 3F57 A; 3KV6 A; 2NW7 A; 2Y6X A; 1YKH B; 2BG9 B; 3TLT A; 2H88 A; 2HPJ A; 4ILA A; 2Q9Q A; 4ZOL E; 5KMG P; 3AAE B; 3AEG A; 2M6B A; 2X51 A; 1LRZ A; 2NW8 A; 4Q25 A; 5LP6 E; 5CGM A; 2FJB A; 5LHI B; 3ONX A; 2XQ5 A; 4GK0 E; 4OYK A; 2X68 A; 4LML A; 4CZZ B; 4IDQ A; 2CLY B; 4YHH T; 4WW0 A; 2LE8 A; 2UXX B; 4DUZ T; 4AKH A; 4LF5 T; 1FMW A; 2N1G A; 3QUJ A; 1XNR T; 2DWK A; 3FBZ A; 2LM9 A; 3AA1 B; 4UIG A; 2V26 A; 3IHR A; 3KDS E; 4COF A; 5LXT E; 2CXF A; 2XQ3 A; 2E2A A; 1IBK T; 2IIU A; 5LHG B; 1MIW A; 3PUR A; 4HWD A; 4NXM T; 2CM0 A; 5LA6 E; 1KFY A; 2LHN A; 2EHO A; 3CX6 B; 2N2N A; 4AIS A; 4CI1 B; 3J9X 1; 3K1S A; 3CWZ B; 3NBX X; 2V7I A; 5JVD E; 2WSS V; 2VVS A; 2XQY A; 2VWA A; 2BVL A; 1LVK A; 4BJM A; 1ZP0 A; 4UVB B; 2HPL A; 2MOZ A; 5AQV B; 1IBL T; 2LSJ A; 1D0X A; 5C2T A; 4DR1 T; 4UEL A; 5CB4 E; 1MMG A; 5EK4 A; 3MAC A; 3SFE A; 1NEN A; 1BR2 A; 2YEV C; 1OED C; 4FJO A; 1Y64 B; 3M65 A; 5AQP B; 1V9D A; 4EZ4 A; 1UK5 A; 5L3D B; 4DR2 T; 3MA9 A; 3ZC1 A; 2JIW A; 1HS7 A; 3UU4 A; 4KHP T; 2J4G A; 2LRL A; 1Y01 A; 5AQK B; 1WCR A; 4EAH A; 1Z0P A; 3RIA A; 3WAJ A; 4PK5 A; 1KNZ A; 2VL0 A; 3ZYK A; 1YXR A; 1MMA A; 1WLX A; 2XAF B; 3L39 A; 2IDO B; 4JI5 T; 2E5V A; 3TLW A; 2XQ7 A; 3ZJ1 A; 4AQG A; 2LOP A; 1JNZ A; 2BG9 A; 4P0B A; 4QH4 A; 5JDQ A; 2WDV A; 2E5L T; 4CN4 A; 3GMI A; 2K9A A; 4IGU A; 2H7O A; 5LMU T; 2AE9 A; 4I4T E; 1E7P A; 4WBO A; 5F5W A; 2XZE A; 2MAW A; 4LMJ A; 4JEU B; 1MNE A; 4B3T T; 2E9X D; 4X62 T; 3B5M A; 5ETW A; 4O8S A; 4QH5 A; 1HR0 T; 1KF6 A; 4PW8 A; 4K0K T; 1W0B A; 5HCJ A; 3L09 A; 5LB7 B; 4PK6 A; 5DJQ C; 4UR9 A; 3UU5 A; 2YU2 A; 4PAG A; 2VAS A; 3EAM A; 3QNU A; 5HWY A; 3TLV A; 3ZYM A; 1UX4 A; 3C4Z A; 2B1E A; 2CCQ A; 4IE7 A; 5AQL B; 4KUM B; 2JMH A; 4HWF A; 4ZS2 A; 4LFC T; 4N78 D; 2RPA A; 3UUB A; 2DI4 A; 2D0T A; 3C4X A; 3AXJ B; 4AXP A; 2JQH A; 4H9O C; 3MK7 C; 2BZB A; 5JTG A; 4ILU A; 5AQI B; 1W9R A; 2X0L B; 3AAA B; 3NWI A; 3DTO A; 4ASK A; 5JDN A; 5EZY E; 4TNV A; 4NUV A; 2VKD A; 3ZT6 A; 2UXC T; 2SPC A; 2MBG A; 2R6G F; 5CA0 E; 1N32 T; 1D0Z A; 5JR9 C; 1M62 A; 4IE5 A; 4JI0 T; 5JRC B; 1MIY A; 4ADZ A; 4DV7 T; 3RH3 A; 4AKG A; 5HXS A; 1XMO T; 1Z8U A; 2JQK A; 4MLK A; 3RHW A; 4UF0 B; 3RGL A; 5LNK A; 1KNP A; 4QH1 A; 4OK0 A; 2LJL A; 4ZZC A; 2DWG A; 3RRC A; 4ANJ A; 2PFV A; 4WYV A; 4NXN T; 5HEU A; 1IJ5 A; 1HFA A; 2IW5 B; 1WYC A; 4Z8X A; 2W4X A; 1WYB A; 3PUZ F; 2FJA A; 3H37 A; 4DV5 T; 2YKS A; 3K8P C; 2W67 A; 1YW0 A; 4OHF A; 3CML A; 3EHZ A; 2V6X A; 4QWN B; 5HEG A; 1HNX T; 1HX8 A; 4YJ3 E; 3AAI A; 5FXW A; 4L0R A; 3FZH B; 5FKY A; 3VKG A; 4B3S T; 3PUG A; 3EI0 A; 1ZHC A; 4PNI A; 4ISS A; 4TNW A; 5ABH A; 2CMR A; 2LSY A; 3FHN A; 4YTN A; 3PJA J; 5HXH A; 3ANW B; 4IDZ A; 2WM9 A; 2WAU A; 5ABE A; 3VHL A; 4EED A; 2BS3 A; 3AEC A; 1XNQ T; 4ZI7 E; 3AXJ A; 2JMK A; 3OYZ A; 2NTY A; 4JUY A; 3IA3 A; 2VKH A; 4X20 E; 4LF8 T; 5LBM A; 5BR8 T; 2LRK A; 1IZN B; 2N9D A; 3N9L A; 5ABF B; 1I6Z A; 3ONL C; 3S4U A; 5JRE A; 3AB3 B; 4X5T A; 4HWC A; 5HWX A; 4FI5 A; 3KBT A; 4DR3 T; 2NR4 A; 5AQF B; 2XPK A; 2G0U A; 5ABG A; 4NUU A; 2PBI A; 4YSX A; 1D1A A; 4TV8 E; 2MPK A; 2CBJ A; 3FZF B; 3KV4 A; 2H3R A; 3UUX B; 2VKO A; 2IML A; 3DJB A; 3FBL A; 3CVR A; 1WR0 A; 3Q9D A; 5JDG A; 4I55 E; 2BKO A; 3AEA A; 4KBM B; 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