5FL0A

Structure of a hydrolase with an inhibitor
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
712
structure length
668
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINLEISTDGKEWKTVDLLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 241
structure length 668
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fl0A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fl0A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fl0A01
4UCFA 1CGVA 2Y4SA 1BHGA 1LL4A 3L4XA 4F79A 3DHUA 3A6OA 1JNEA 2JIEA 3AZTA 3VD7A 3AICA 1WE5A 1R85A 2DPEA 4OJYA 1W2PA 4GZJA 1E6RA 1HP4A 1UOKA 1W1YA 2YL8A 4DWSD 1E1EA 2CBVA 2E4TA 1P6WA 1NM9A 1E6ZA 1UR8A 4UQBA 2YBUA 2C7FA 5JIWA 4HZ6A 3ZIZA 1WAWA 2XFRA 3CUFA 4ATLA 3AMDA 2YLAA 1QNSA 3ARYA 1AQ0A 1JXJA 4W7WA 2OYMA 2ZX6A 2WMGA 4JL1A 1ODUA 2PI6A 3BSHA 3VNYA 1GOWA 2PF0A 5HBFA 4MB5A 1JD7A 2JF7A 4J3WA 1UR4A 2DQXA 3G6MA 2VVNA 1VBUA 3U7BA 2WVVA 2XM2A 1O6IA 4W5ZA 3UERA 4B3KA 2GK1A 1C7TA 4HA3A 3AHZA 4JHOA 3GH5A 1I75A 1HKIA 1WDPA 3RDKA 1XYFA 5IFTA 3GNOA 2ZUWA 1ZBKA 4S3KA 4C90A 1OCQA 4D6GA 1OD8A 4F8XA 3TTSA 1GQIA 3BXWA 1DWFM 3II1A 4W85A 4UFMA 3AMCA 2UY5A 4DWSC 5DF0A 3WH7A 3MUY1 4JIEA 3CZLA 3GNPA 4JFUA 1GOQA 1UKSA 4UOQA 3DC0A 1HJUA 5EMYA 1UD4A 4U3AA 2XJ7A 1O7AA 3VILA 3WNMA 1XH0A 3N17A 2QMJA 5JBEA 2BHYA 4ATWA 3AIVA 4PSPA 1MW1A 4GI8A 3F5LA 5CPSA 1K6AA 4Z2KA 4JFTA 5HOSA 1ITXA 2JF6A 2DIJA 3DYMA 4DWSB 2JALA 3GNRA 5EB8A 4R5EA 1KB3A 4YPJA 3WQ6A 2FH8A 3WF0A 1BTCA 1R87A 2HVMA 5E6ZA 2XSAA 3MV11 3IJ7A 4S3JA 6TAAA 2D20A 2DSVA 2RGMA 3CZ8A 1G1YA 2E40A 1B30A 1J10A 2GVYA 1QI2A 2WYSA 1B31A 3VD3A 1NWUA 3POCA 5DFAA 5A8OA 1C3FA 3T2PA 4GI6A 1SFSA 3VIOA 3WKZA 1V0LA 2ZIDA 2BHZA 5AC4A 3VGEA 4MB1A 3UG3A 2FHBA 1NOFA 2OWCA 2XWDA 5ABGA 4MAZA 4UFLA 1BYCA 2XVLA 3B9EA 3GXFA 1L8NA 4WSJA 1SR0A 3EMQA 3AHXA 1NH6A 3RM8A 3QHOA 4XZBA 1NP0A 5DT7A 4PMXA 4D6IA 3A47A 1BPLB 4UR9A 1H4PA 4XZWA 3FNDA 4LXFA 1HKJA 3FY1A 2WC7A 3O2LA 3FAWA 4PMRA 3ALFA 2W66A 2VC9A 3VX0A 2X0YA 1X1NA 2EEXA 1V3JA 3WUEA 4GINA 1WCGA 1JZ3A 1TCMA 1HP5A 2V3EA 4KMQA 4PMZA 2YBTA 4KWUA 5I0DA 3TTOA 1K9FA 5A8PA 1XHGA 2O9PA 1VBRA 7TAAA 3GXMA 2ZX5A 3WBEA 4PEEA 1YHTA 3VPLA 4D6FA 1R8LA 1FHDA 3I3DA 3F5KA 4PMUA 1V3LA 1BLIA 5M5DA 2WVSA 5LYRA 3PZGA 1R86A 1Z32X 2WBKA 4GO8A 3BSGA 5A6BA 3ZJ6A 4HU8A 4QFUA 2V5DA 1EO5A 2PBOA 3SURA 1ZBWA 1HN1A 3SCTA 1CLVA 3QOMA 3CHEA 2W92A 1UKOA 4U31A 1ISZA 1TA3A 3PZIA 3VGBA 3HMCA 2J7CA 5D9MA 5E09A 3K4DA 2CERA 5A8QA 2ZICA 1CWYA 1E0XA 1EDQA 2DDXA 1C90A 4L4OA 1BQCA 3AISA 1UR2A 3CUHA 2WM0A 3VMOA 3WQ5A 2VUYA 4W89A 3AZRA 4ZE5A 2D3LA 2J7GA 3ARSA 3VD4A 3WFLA 2ZWYA 4IISA 4R27A 1D2KA 3HU7A 4AZCB 1HJWA 2G3IA 1JNDA 1UR1A 3LPGA 1IT0A 1GQJA 3M6DA 1V3KA 2OYLA 4CU6A 7A3HA 1HJQA 1KGUA 4V27A 3T09A 1JDAA 1VAHA 1JZ4A 1JZ7A 3OLGA 1WO2A 1US3A 3MUZ1 5JUVA 4HOZA 1ESWA 4E8DA 1XSKA 4AY1A 1L0PA 1X6NA 1W9DM 4PRWA 4WK9A 2VJXA 1GZJA 1BYDA 1ITCA 4TOQA 4CD7A 2VCAA 5I24A 1NQ6A 3WQ4A 2XYLA 3VIHA 2WANA 3OLDA 1J0HA 2BY0A 3KEHA 2D1ZA 4AZ6A 2XVPA 1E9LA 4UOJA 3VIGA 1J0YA 4OBRA 3AMGA 2TAAA 1OT2A 1OIFA 3VIMA 2WC3A 2VX7A 3VIFA 3WD2A 4OBSA 3N1AA 1WP6A 3NYDA 3GH4A 4CCEA 4WKFA 1XRVA 1UWRA 4Z2HA 2CHNA 5A6MA 1V0NA 4J3TA 1Q6EA 1OD0A 3ZM8A 3WQ8A 2BVDA 1J9YA 2VL4A 3AROA 3W25A 5I2UA 2V3DA 4UNIA 5ECUA 2J78A 1E4LA 3IK2A 1DTUA 1GW1A 1N82A 1PX3A 4NI3A 1UA3A 5BCAA 2JE8A 1PEZA 4RE3A 2DSZA 3AXHA 4CD5A 4ACZA 1XH1A 3U5YA 2VZUA 1Q4NX 3EDFA 1MW2A 1DHKA 3OB8A 1BGGA 1KWGA 1BF2A 4HPHA 3AYSA 2EXOA 1BAGA 2J7HA 1BYAA 1EDGA 3WMCA 2MANA 1E0WA 1OSEA 3MKKA 3RCNA 4QCFA 3NDZA 1G5AA 4PTMA 2GUYA 4AXNA 1JYVA 4Y7EA 3QR3A 1WDQA 3L4VA 2ZWZA 3K8LA 1XH2A 2PWDA 1LL6A 3IJ9A 1RH9A 3RJXA 4CU8A 3AHTA 1XD1A 5DO8A 2ZUVA 1UKTA 2A3AA 1HT6A 2VO5A 2CKRA 3VTRA 3VDBA 3DYOA 1B3XA 4IPNB 1MQRA 5D9NA 2EJ1A 4QCEA 1E6SM 3UETA 2DSUA 1A47A 4U2ZA 1BG9A 3PZ9A 1PJ9A 5CJ5A 4UZUA 4W8AA 4GIAA 2W67A 1E1FA 3L2LA 1HJSA 3W24A 3BGAA 1DWGM 1VIWA 3ZT6A 3POHA 3VX1A 4XUYA 3WNPA 4XB3A 1KQYA 1VENA 1K9DA 3RO8A 1QNOA 4HTYA 1ZBCA 2XTKA 2IXVA 3QHMA 1EXPA 4FK9A 1DWAM 5BRQA 1E6XM 3U7VA 1EGZA 3WQVA 1QI4A 1C8YA 1YQ2A 4ZE4A 4AIUA 4AD0A 4PTWA 4PYSA 1K9EA 3WUBA 3W4RA 5IHRA 2D22A 3NSNA 1RP8A 2D23A 3OIHA 3CO4A 1QOXA 2VX6A 1E6PA 3PZUA 1B3YA 3VIPA 1V6YA 3AS2A 1W3JA 2G41A 1OINA 1OM0A 3WMBA 4H2CA 4W88A 2ZUTA 4B9ZA 2J79A 3W53A 3AI0A 1J0IA 1H09A 1E6NA 4Q7NA 4UQDA 1PZ3A 4KGJA 5KZ6A 5E0FA 5ABFA 5IXEA 3DYPA 4J3SA 4CU7A 1W91A 5BXSA 1QBAA 1G01A 3MU7A 4EKJA 3ARQA 2BFGA 3N11A 1CLXA 1EOMA 1HVXA 2YKKA 3T0DA 4TTGA 3CMJA 3AQUA 3RJYA 2Y24A 2DGAA 2WMHA 2WK2A 2X2YA 4AD2A 3F5JA 1H0GA 5CQ1A 4B3LA 1V02E 1UH2A 3L2MA 1AQHA 1I1XA 5FD0A 4KGLA 4P7OA 5I23A 4FLQA 2HISA 1JIBA 2CCRA 2ZXDA 1HVQA 4Q22A 4E2OA 2XVNA 4KRUA 5I6SA 4P7LA 1MYRA 4HZ7A 4AEFA 4MNKA 1UWSA 1CIUA 3BAIA 4PUDA 4M81A 4RE2A 1RP9A 3KWXA 1VFUA 3L4TA 3LPOA 1KCKA 4UOZA 8CGTA 3OGSA 3WDHA 2JFEX 2X05A 4U5KA 2RGLA 3WH9A 4NZCA 2WB5A 2J74A 1CENA 1OGGA 4A3YA 4BZYA 1FP8A 3WD1A 4AZ5A 1UG6A 9CGTA 2WBGA 5CXPA 1M53A 1VEOA 1ZU8A 3CHCA 4P7RA 2V38A 2XWEA 4GQRA 2BVYA 4L4PA 2BNJA 3NDYA 4QLLA 1HKMA 4D71A 3ECQA 2E9LA 1UZ1A 1CDGA 5A8NA 1J01A 2CIPA 3RIKA 3TA9A 3OA5A 2JEQA 3T2QA 4PSRA 1OT1A 1UZ4A 3W28A 1B90A 1GOMA 4UQAA 2OYKA 1J18A 4GQQA 3RM4A 4MNLA 5D4YA 4EAMA 2VRKA 1W2VA 3MMUA 1CGUA 2WWDA 3ARRA 2X8RA 3AS3A 2D0FA 4J27A 4MADA 2EPKX 3A4AA 1Q6GA 1TG7A 3AIWA 1TE1A 3TP4A 2VOTA 2GJXB 1GJUA 1SMDA 4D1IA 3T08A 1Q6CA 2V3GA 2YIHA 4ML4A 2XIIA 2C8NA 1J11A 5I77A 2OSXA 3EYPA 5A8MA 5BXRA 4PMDA 2GFTA 1VEPA 1M04A 2ZUMA 1MQPA 3A4WA 4UQCA 3T0BA 5GQBA 1GOOA 4TVUA 3SCRA 2VZTA 2QHAA 3GZAA 5A6LA 2WSKA 3BLPX 1PIGA 4TVCA 1QW9A 3ZO9A 2WVTA 2F8QA 5BROA 5CG0A 4BS0A 1EOKA 5AC5A 4LQ1A 1OWQA 3CZEA 1KXTA 3HN3A 1BYBA 3PZTA 2YL9A 3W6LA 3UG4A 1E71M 1UD5A 1M01A 4J3VA 5A2AA 1RPKA 2EPNA 4OKDA 4W7VA 3CUIA 3G6LA 5C71A 1TUXA 3S6TA 2XFFA 3KL3A 3W82A 4H8HA 2JIWA 1JF5A 1JYNA 1GOKA 5D8ZA 1UD3A 3VGGA 2EPLX 1WPCA 3ARWA 4AISA 4QDMA 2YLLA 4JZ5A 3VO0A 4MDPA 1QNRA 4PN2A 2X0HA 4AEEA 1JG9A 1V6VA 2XFYA 1US2A 1W3HA 2WNWA 3MUIA 3GM8A 3PHAA 5A3HA 5AY7A 3K8MA 2GJRA 1XSJA 4PMNA 2WVVB 3CTTA 5HNNA 5EFFA 1JL8A 5IHSA 1V0KA 2BXYA 1C91A 3AXXA 3OBAA 4D6EA 4JFVA 2GK1B 4UFJA 2WHMA 4UFIA 1VJZA 2O9OA 2WZIA 4WF7A 1WZMA 4CCDA 5DEZA 1OGBA 3LPFA 3PZMA 1IZKA 2XSBA 3PN8A 1BVZA 4JKMA 1JAEA 4BQ2A 4F9DA 1QBBA 5A6JA 2FH6A 1UHVA 1W9BM 3WY1A 2CNCA 2VQUA 1C92A 1AMYA 4CN6A 1NWSA 1ISWA 1W1TA 1WNOA 3MSGA 3BCDA 2J7FA 3WDJA 4JFWA 2WSPA 2XHYA 4BQ3A 2E0PA 3PTQA 4W87A 1JD9A 4UFHA 3AFBA 4IM4A 1KWKA 3ALGA 3RILA 2BY3A 4OIFA 1E4MM 3D5HA 4W84A 4PMOA 1H11A 5I78A 1KGXA 1SMAA 2G4FA 1J12A 3A4XA 1GJWA 4CD6A 4J7RA 4AIOA 3VMPA 4P7QA 6A3HA 2CITA 3AS1A 3OG2A 3EMZA 1W3LA 3AIEA 1EO7A 3NJ3A 3BAKA 3MSDA 5A6BD 2AAAA 4RL3A 1XD0A 4LGXA 2FHFA 1E56A 1V6WA 3N04A 5M3WA 4GZEA 2Z1KA 4WKAA 1WB0A 3MS8A 1V0MA 1V3MA 4E8CA 1TVPA 2CESA 3EBVA 1ZJAA 4BCEA 4GO9A 4MB4A 4AZIA 1TMQA 4PBGA 1JFXA 1LG2A 1VJSA 3F4VA 1J0ZA 5E9AA 4D72A 4W8BA 4ZENA 3VIIA 1QVBA 1EQPA 3EMCA 2J47A 1KQZA 4P8XA 3BAWA 1TR1A 5CGMA 4URIA 1IZJA 4N0RA 1OBAA 2V3FA 2WMIA 1KBKA 2FHCA 1UD2A 1WKYA 2PWFA 1UWQA 2W62A 3AHYA 3GXDA 5BRPA 1U2YA 3VDAA 1ZB5A 1U33A 3VOCA 1UKPA 5I79A 5I5RA 4LX4A 1KGWA 3VGFA 1JFHA 3VD9A 3AMLA 1ZL1A 5CZKA 4WLCA 2QPUA 2BS9A 2AOSA 4H8UA 2DIEA 4TTUA 3W26A 4LYPA 4FLRA 1GONA 2J7BA 2CYGA 2CBUA 3NCOA 3WD0A 4AC1X 3THDA 4HOWA 2E9BA 3WL0A 1M03A 5KEZA 1QI5A 4D6DA 2VQTA 3NIYA 4QLKA 3VIKA 2YA1A 4U3CA 2QMKA 3BCFA 3WF4A 1B3ZA 2ZXQA 3PBGA 1WZLA 1G0CA 4C7FA 1E72M 1JAKA 3WDRA 1MXDA 1E40A 4C7DA 2QPSA 3UG5A 2QLYA 4GKLA 1ISYA 2CBIA 1TA3B 2QV4A 4W86A 2YA0A 2ZX9A 1JXKA 3SCQA 2WHJA 2WMKA 1H2JA 4PTVA 4CUCA 3TTYA 3CIVA 3WBAA 2J62A 1V6UA 2A3HA 1IV8A 2WMFA 1EDTA 5E70A 1CTNA 1FH7A 1QW8A 2G3NA 1S46A 2FGLA 2YJQA 1B9ZA 1R7AA 4AMCA 3L4UA 4JL2A 4HA1A 3TTQA 1PBGA 3WELA 3ZJKA 1DWIM 1HNYA 3ZT5A 4Z2GA 3SUUA 1QHOA 4IUGA 4B15A 3WIJA 5GPRA 3SUVA 4X9YA 3NSXA 1B2YA 4QP0A 5BXTA 1VRXA 3OLIA 2VURA 1FP9A 4UZSA 1R7OA 1JI2A 2J7DA 5D9OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4UCF A;  1CGV A;  2Y4S A;  1BHG A;  1LL4 A;  3L4X A;  4F79 A;  3DHU A;  3A6O A;  1JNE A;  2JIE A;  3AZT A;  3VD7 A;  3AIC A;  1WE5 A;  1R85 A;  2DPE A;  4OJY A;  1W2P A;  4GZJ A;  1E6R A;  1HP4 A;  1UOK A;  1W1Y A;  2YL8 A;  4DWS D;  1E1E A;  2CBV A;  2E4T A;  1P6W A;  1NM9 A;  1E6Z A;  1UR8 A;  4UQB A;  2YBU A;  2C7F A;  5JIW A;  4HZ6 A;  3ZIZ A;  1WAW A;  2XFR A;  3CUF A;  4ATL A;  3AMD A;  2YLA A;  1QNS A;  3ARY A;  1AQ0 A;  1JXJ A;  4W7W A;  2OYM A;  2ZX6 A;  2WMG A;  4JL1 A;  1ODU A;  2PI6 A;  3BSH A;  3VNY A;  1GOW A;  2PF0 A;  5HBF A;  4MB5 A;  1JD7 A;  2JF7 A;  4J3W A;  1UR4 A;  2DQX A;  3G6M A;  2VVN A;  1VBU A;  3U7B A;  2WVV A;  2XM2 A;  1O6I A;  4W5Z A;  3UER A;  4B3K A;  2GK1 A;  1C7T A;  4HA3 A;  3AHZ A;  4JHO A;  3GH5 A;  1I75 A;  1HKI A;  1WDP A;  3RDK A;  1XYF A;  5IFT A;  3GNO A;  2ZUW A;  1ZBK A;  4S3K A;  4C90 A;  1OCQ A;  4D6G A;  1OD8 A;  4F8X A;  3TTS A;  1GQI A;  3BXW A;  1DWF M;  3II1 A;  4W85 A;  4UFM A;  3AMC A;  2UY5 A;  4DWS C;  5DF0 A;  3WH7 A;  3MUY 1;  4JIE A; 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