The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
GLTATLAALTDDDFQFLSDVLDCRAVRSAMNLRAALTSFQVAQYRNILNASLQVDRDAARSRRLMAKLADFAVEQEVTAGDRVVVIDGLDRMAHFKDDLVLVPLTTKVVGGSRCTICDVVKEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Genetic Analysis of the Arterivirus Nonstructural Protein 7{alpha}.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein 7
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Equine arteritis virus
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| total genus |
28
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2011-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16749 | Arteri_nsp7a | Arterivirus nonstructural protein 7 alpha |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L8K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NEN A; 3P50 A; 3E22 E; 2RPA A; 2LHN A; 2LSJ A; 2XY8 B; 1QSD A; 4B3R T; 5AQF B; 4JI3 T; 1OED E; 4UF0 A; 3AEC A; 3N9Q A; 3AE7 A; 4GYS A; 4O8S A; 2V26 A; 2XQ6 A; 3ZYL A; 2YU1 A; 3AEB A; 2LLY A; 3AE6 A; 3AVS A; 4OK0 A; 4DID B; 1UK5 A; 4AQG A; 3KIN B; 3CVR A; 1H7C A; 3WI3 A; 4G63 A; 5AQJ B; 4YY3 T; 4IL9 A; 5JDF A; 4E7Z A; 4ZZB A; 4IE4 A; 2DCF A; 1WR0 A; 2CWO A; 2V1D B; 3PJA A; 2WWU A; 2ZM2 A; 5AQN B; 4BJM A; 3PUQ A; 1B7T A; 3CML A; 5TAO A; 3T1Y T; 3CWZ B; 4EED A; 3AA6 B; 3LBX A; 5AQV B; 4PK4 A; 2UXN B; 2LJL A; 3HR0 A; 5AQK B; 4GYR A; 4IE7 A; 2LM9 A; 3ESL A; 4ZI3 D; 1WLX A; 3NZQ A; 5HEG A; 3RRW A; 3PUV F; 4Q25 A; 3VRB A; 3MAC A; 5FY7 A; 4ASK A; 2OLT A; 2VL8 A; 4IIJ E; 4HFB A; 3AAI A; 5JDL A; 2VKO A; 2VAS A; 4ZI7 E; 2XTL A; 2ZM0 A; 4ZS2 A; 4OYK A; 2UXB T; 4DVD A; 2WZI A; 3B13 A; 3ZKR A; 4EYU A; 2L8K A; 3C4X A; 4HEA A; 4CXX A; 4PJN A; 1WR6 A; 2WSS V; 4WYV A; 5HXE A; 2LOS A; 4YLH A; 1S35 A; 5JDH A; 2ODV A; 2SPC A; 1UUR A; 4CQI A; 3LK3 B; 3UU8 A; 2E9X C; 2CBJ A; 2V6X A; 4HWF A; 2B76 A; 2LOP A; 2AXD S; 3JC6 D; 4I43 B; 4BA9 A; 3AE9 A; 1Z8U A; 2LRK A; 5JDQ A; 1X9B A; 2WBL A; 5JVD E; 5JR9 A; 2XAH B; 2W67 A; 4HFD A; 2WP9 A; 5LMN T; 1S94 A; 3ZJ2 A; 4TX5 A; 2BG9 A; 2JQQ A; 4QXC B; 4DV3 T; 3FZK B; 4PNI A; 3MK7 C; 2BS3 A; 3RKG A; 4YFS A; 4WNK A; 3MZK B; 3O1H A; 2OV9 A; 2X0L B; 2D0U A; 3I0Q A; 3HI2 A; 1T7S A; 5AQR B; 1VRB A; 2V7J A; 3MKD A; 3ZSS A; 3ZPO A; 2CMR A; 4ILU A; 4LFC T; 2DNX A; 4LF5 T; 1HG5 A; 4EIW A; 3P4P A; 2CBI A; 2K5B B; 3IF8 B; 4U31 A; 1MIW A; 5LYJ E; 2MAW A; 3PUR A; 1XDO A; 2IC9 A; 1MIV A; 2A3D A; 3J9X 1; 3ANW B; 4AQY T; 3N9O A; 3KV5 A; 3VR8 A; 1E2A A; 4QXB B; 2JQ9 A; 3ZJ1 A; 4DV1 T; 2XQA A; 4DR2 T; 3QB5 K; 1D1A A; 2FJD A; 2GK9 A; 4AKR B; 2KT9 A; 4U2Y A; 3RIU A; 4AXP A; 2X9X A; 5LGT B; 2UXX B; 2XQ4 A; 1D0Y A; 4CXY A; 4PAG A; 2XQ5 A; 4YJ3 E; 1JNZ A; 1MNE A; 4JI6 T; 4WBO A; 3X1D A; 2E8I A; 2CHN A; 2W2U A; 4K0U A; 1J1J A; 3HKE E; 3I1A A; 5FL0 A; 3RGL A; 2ZLY A; 2VUR A; 4HTE A; 3EAM A; 3OJA A; 4P09 A; 4DV7 T; 5CA1 E; 4A56 A; 3PTR B; 4QHO A; 3ETV A; 4GOU A; 4O2B E; 4DV0 T; 2C5J A; 5FNV E; 4MHC A; 1HFA A; 4IDZ A; 1N33 T; 3RQW A; 1Z0P A; 4DO0 A; 3H37 A; 3VKG A; 4PFP A; 3AAE B; 3OKQ A; 4HKA A; 1HS7 A; 3ONJ A; 3L3P A; 2MBG A; 5EK4 A; 3QB5 A; 3ZMS B; 5CB4 E; 2V7I A; 4NPP A; 2E9X B; 3N9L A; 5LGN B; 4IGU A; 3KBU A; 3FHN A; 3TLW A; 4YTP A; 5J2U E; 2X9H A; 2W63 A; 1D1C A; 4L5G A; 5JRC A; 2W0G A; 2V5C A; 4HFE A; 3ANW A; 3U78 A; 1NAF A; 3UQ4 A; 4A97 A; 4TV8 E; 3RRC A; 1LVF A; 1OED B; 4NUV A; 1KEY A; 4ZI2 D; 4UEM A; 4JI8 T; 3GN5 B; 5JRE A; 2KWI B; 3RPU A; 4X65 T; 4DBQ A; 2WAU A; 2JMH A; 1I94 T; 4AKH A; 2I0M A; 3B57 A; 2H7O A; 3N2G E; 2QRX A; 1GQE A; 2NP9 A; 5KX5 E; 4JBW F; 5C3J A; 3Q2M A; 4HWI B; 3AB3 B; 4EZH A; 3O9X A; 1BR0 A; 3O1I A; 3GWH A; 5ABF B; 3CQG B; 1UX5 A; 2VKJ A; 5HWY A; 4O4H E; 3NWI A; 5LB7 B; 4UV9 B; 2WWV A; 5F8P A; 4PJL A; 4X1I E; 5IUX A; 5ABG A; 4H9N C; 2FUP A; 1XNQ T; 3LDQ B; 5F3J A; 1KF6 A; 3AEG A; 4LF9 T; 4AQF C; 2Q9Q A; 3EDU A; 1LVK A; 2IIU A; 2BBH A; 3NZP A; 4AKL A; 2IHR 1; 5LBQ B; 5LCY A; 2ZM8 A; 5LHG B; 4YHJ A; 3A7M A; 2FJA A; 3SFD A; 2I59 A; 3GA8 A; 4Z8X A; 4L0R A; 2IC6 A; 4DUY T; 3IBP A; 4HWC A; 2WS3 A; 2YN6 A; 4X64 T; 5H6R B; 5JR9 C; 3S4U A; 4B6X A; 2XQ7 A; 4IE5 A; 2YEV C; 5L3D B; 3TLU A; 4I55 E; 4HFH A; 1D1B A; 3A5X A; 4JEH B; 5HWX A; 5EZY E; 4H9Q C; 2V6Y B; 4DR3 T; 2XJ7 A; 4DR7 T; 4LF8 T; 3L09 A; 3N9P A; 2IML A; 4QH4 A; 2MYS A; 1IAP A; 2K24 A; 2XUE A; 3GMI A; 1E7P A; 4CXW A; 5AQU B; 3WAJ A; 2KZ7 B; 4H9S E; 2QGS A; 3UQ7 A; 4KBM B; 4GK0 E; 1MIY A; 4ADZ A; 4A5X A; 4DV5 T; 3NVO A; 3AE1 A; 3E08 A; 3FBZ A; 2BKP A; 4UR9 A; 2W4X A; 3QK6 A; 2VKD A; 3UU6 A; 3PJA J; 2UUB T; 3N2O A; 5F5W A; 5FYM A; 2G0U A; 3UU4 A; 2XSA A; 3VHL A; 1J5W A; 4I4T E; 4UEL A; 2LE8 A; 4TWF A; 3PUS A; 3OYZ A; 4IL4 A; 3HKD E; 2V5D A; 2HPJ A; 5AFU L; 4V1A v; 1CUN A; 2NOX A; 1YXR A; 3ZN1 B; 2BVL A; 5H6Q B; 3ZT6 A; 4UVC B; 4KHZ F; 4YSZ A; 3AE8 A; 3AE3 A; 2V8S V; 3LFM A; 5HCM A; 1XDP A; 3DP7 A; 4NXN T; 3K8P C; 2MTQ A; 4F8H A; 3ZMT B; 2BKO A; 2XAS B; 4ISS A; 4JEU B; 1BR2 A; 1NWM X; 3T1H T; 3PU3 A; 3OYX A; 3RKO A; 4BJN A; 4HFV A; 4H9O C; 2YK0 A; 1HNZ T; 2X51 A; 2X68 A; 1NEK A; 4NUU A; 4X1Y E; 4JI2 T; 1SUM B; 5A1L A; 2RA1 A; 4TNW A; 2CXF A; 3J7Y q; 2EHO D; 1U4Q A; 4TN7 B; 3IEE A; 3RYI E; 1SHZ C; 3DJB A; 1MMN A; 2H88 A; 4FJO A; 2UUA T; 3ABV A; 3QNU A; 4MBQ A; 3K3N A; 3ZLI A; 4YTN A; 1XMQ T; 4DR4 T; 2B1E A; 2JIW A; 5LXT E; 2NW7 A; 1U5P A; 1KFY A; 2X0Y A; 2Y6X A; 5LJN A; 3JAF A; 3SRZ A; 4PJM A; 2NR4 A; 4GKK T; 3CX7 B; 4TV9 E; 2CWY A; 4ANJ A; 3RI5 A; 4MFR A; 1D0X A; 4PK5 A; 1VCS A; 2MPK A; 2EHO B; 5LHI B; 1UCU A; 1KK7 A; 4U7Y A; 4LF4 T; 1T98 A; 3MJX A; 4K0K T; 3PUW F; 3AVR A; 4P0B A; 4KX6 A; 2CEA A; 4JUY A; 2OA5 A; 2J1D G; 1US7 B; 2Q9Q C; 5J2T E; 3AA7 B; 4ILB A; 3PE0 A; 5FXX A; 2N9D A; 4IDP A; 4A98 A; 4QKN A; 3RYH E; 2ES0 A; 4HFI A; 4CN6 A; 3P4R A; 3UUN A; 2V7L A; 4DR6 T; 5KXJ A; 2IAK A; 2WQY A; 3VR9 A; 2HPL A; 3N9M A; 5FXZ A; 5HEH A; 2YDR A; 2WU5 A; 3D0T A; 3VRA A; 5LJM A; 4U74 A; 1KNR A; 3ETU A; 2QA7 A; 1OWA A; 3M3Z B; 4YHH T; 4O4L E; 1X79 A; 1FIO A; 1WYC A; 2VB6 A; 2CLY C; 2FJE A; 4IE0 A; 4HGA A; 4ILC A; 2MOZ A; 1JNR A; 2M6I A; 3QOF A; 2CRB A; 5KDM C; 2KND A; 3M65 A; 4IDQ A; 3ZT5 A; 4TZ4 C; 3FZM B; 2XZE A; 5HXS A; 3Q5W A; 5L47 A; 1Y64 B; 3TKL B; 4H9R C; 3N5L A; 1Y01 A; 1M7K A; 2WMO A; 2CHO A; 5JH7 E; 3L39 A; 2D0T A; 3AAA B; 5IYZ E; 1HR0 T; 4PW8 A; 5AQQ B; 4TNV A; 2D2S A; 5AQO B; 3CIR A; 5DQV A; 3FBL A; 2WCA A; 4P1N A; 2ZM6 T; 2J47 A; 3TLT A; 3UTK A; 3SOL A; 4QWN B; 1T72 A; 1QLB A; 1HG2 A; 2E5L T; 4ZHQ E; 4IT4 A; 3F57 A; 2E9X D; 4H63 V; 5CFB A; 2JMK A; 3ZYK A; 2HN2 A; 2UU9 T; 2PJQ A; 3Q9D A; 2NTX A; 3UT5 E; 2BG9 E; 1E1H B; 5HXR A; 1CHU A; 5BR8 T; 2P9B A; 3ZMU B; 1YQ4 A; 5AQM B; 5CGM A; 2M6B A; 3VU7 H; 4CN4 A; 4CZZ B; 4LF6 T; 5AQT B; 4ZEY A; 3SS1 A; 3C4Z A; 3JAE A; 3KVB A; 3EVY A; 3I0O A; 1AJ3 A; 1G8X A; 4QX8 B; 3LK2 B; 2F4V T; 5FL1 A; 3C4W A; 5ABE A; 3P4W A; 3AEF A; 3F2E A; 4CI3 B; 5L3E B; 2W00 A; 5LG3 A; 3UFE A; 1QUU A; 4GKJ T; 2XAF B; 4O2A E; 3U3I A; 2VQF T; 2QYW A; 4ZS3 A; 3ONX A; 1ZKE A; 3PU8 A; 2LSI A; 3L8R A; 5DAB A; 2A9U A; 4DMW A; 1I6Z A; 1HF8 A; 2M67 A; 4UVB B; 3CQC B; 3BQI A; 4UV8 B; 3H3A A; 4H9P C; 2WY2 A; 3G06 A; 4EGW A; 2QVA A; 2W61 A; 3EUH A; 5HCJ A; 1W0B A; 5EK3 A; 2XQ9 A; 1WCR A; 2KSR A; 5CJ5 A; 3LSV A; 4EAH A; 2WDQ A; 3K3Q C; 2ZMA A; 3C51 A; 2WB5 A; 4U33 A; 2XPK A; 3P7I A; 5LGU B; 2JPF A; 3UU3 A; 5ADX L; 4GK5 E; 2YDQ A; 3HKC E; 4KP3 C; 2VK9 A; 2BVM A; 2I6H A; 4DMV A; 5HEJ A; 3C50 A; 4LFA T; 3DTO A; 1BR1 A; 3I9W A; 4X66 T; 2E9X A; 4DBR A; 2LKG A; 1FEW A; 2H3R A; 2XQY A; 4ERR A; 2WZH A; 2DLR A; 4TWH A; 1HNX T; 3FXD B; 1N32 T; 4J2C A; 2XM2 A; 4H63 H; 2V7M A; 3NBX X; 3FB2 A; 2K3W A; 2HH7 A; 2JJ9 A; 1EZ3 A; 4NIQ A; 1OED A; 2BG9 C; 2HHH T; 2C5I T; 5FKY A; 1OXZ A; 1DU2 A; 3GN5 A; 1SE7 A; 2IDO B; 1MMG A; 1YKH B; 1FMV A; 3PDY A; 2KWH A; 5LOV E; 1VOM A; 5M4Y A; 5L3C B; 3CQX C; 2X66 A; 3NKZ A; 1XZY A; 3R6N A; 5J0Z A; 4EB6 E; 4FI5 A; 5J1G A; 2CXD A; 4QX7 B; 2YKS A; 3IA3 A; 5FY0 A; 5ABF A; 5HYA A; 4CI1 B; 4BAY B; 5LBM A; 1G73 A; 2NW9 A; 3PUZ F; 5AQS B; 2NWB A; 4ZI3 C; 3ZCJ A; 1HTJ F; 4ZOL E; 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2JQH A; 3AA1 B; 1IBM T; 2HN1 A; 4JLE A; 3E0Z A; 3OPC A; 5L3B B; 1YQ3 A; 3EDV A; 3I9Y A; 4WBN E; 1J5E T; 2LRL A; 2XAQ B; 4I0U A; 3QUJ A; 2NTY A; 3ZST A; 3JAD A; 3TLV A; 4KMC A; 2CA5 A; 5AQL B; 2YU2 A; 2V7K A; 3K1S A; 5JQG E; 2BS4 A; 1N34 T; 3KFW X; 4AQF A; 4U7I A; 1ZP0 A; 3EI0 A; 2AE9 A; 2PBI A; 4OX9 T; 2BS2 A; 2LSK A; 3RX6 A; 2J62 A; 5FVK A; 5LP6 E; 2X9W A; 2E5V A; 2C0S A; 5DQW A; 2XQ8 A; 4QH5 A; 3IHR A; 3MA9 A; 3KBT A; 1OED C; 1MND A; 1WFD A; 2ACZ A; 2JQK A; 3A8Y C; 4E7S A; 4X1K E; 5JDG A; 3RC8 A; 3NRY A; 3RHW A; 2VKH A; 4B3T T; 1ZEE A; 2C5K T; 4PJJ A; 2KLQ A; 3ZCI A; 3Q5E A; 4MLK A; 5HEU A; 1T8B A; 1N36 T; 3FZL B; 3HA4 A; 2BKN A; 2CXL A; 4CI2 B; 4U3C A; 4YXD A; 5BMV E; 4C91 A; 5GON E; 5L4H A; 4X5T A; 4TWD A; 3KV9 A; 2Z6E A; 1ZHC A; 4AIU A; 4M1P A; 1WYB A; 4IHJ E; 5AQI B; 3PUY F; 1YKE B; 4IE6 A; 4X20 E; 4QXH B; 4IRE A; 3AED A; 2EHO A; 4DV2 T; 3ZMV B; 2Y48 B; 1ZOY A; 2DHR A; 4PK6 A; 1FMW A; 4JYA T; 3VKH A; 4HWH A; 4GIW A; 3PUX F; 2D5U A; 1BR4 A; 2VWA A; 1KNZ A; 4ZI2 C; 1IBK T; 3FZH B; 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