5ABE | Genus

Total Genus 254

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	254
sequence length	713
structure length	681
Chain Sequence	VSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNIKNLPLQVKANRVLISPKWAAGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKLSAGLQKAPVKFVRFTNLRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	254
structure length	681
sequence length	713
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abeA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abeA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abeA01

4PMZA 3U7VA 5HXMA 2BFGA 3IJ9A 5BYWA 2HISA 2XVNA 2O9TA 8A3HA 1CGXA 3T0AA 4KH2A 5BXTA 5FL0A 1C91A 2UY5A 2BY0A 3BC9A 2VRQA 2DT3A 4MNJA 1JZ4A 1GOWA 3NSMA 4UFHA 2VMFA 5CQ1A 3VIPA 3VIIA 3GNOA 3ZOAA 1K9EA 1V08A 3VVGA 2YDSA 2WSKA 2VVSA 2WVTA 4UFKA 3N04A 2GK1A 1JZ3A 2AAAA 3DYOA 3AHTA 1UOKA 2WAGA 2ZUWA 3VIJA 2J7CA 2VX4A 3PZ9A 4B3KA 3ZO9A 3CZGA 1JGIA 1OD0A 1UUQA 4RE3A 4PMNA 3K8MA 1QI4A 3ARTA 5D9PA 4DWSB 3APGA 2YBUA 2AOSA 4GXPA 2WCGA 1E1FA 2YA0A 1E6XM 1BLIA 3AJ7A 1I75A 4HMDA 4MNMA 1QHZA 3RIKA 4P7LA 3WQWA 5IFTA 3OB8A 1HJSA 4AZ5A 1W1VA 2WVVA 4LPCA 4CCEA 1EHNA 1G0CA 3OGRA 4W8LA 2IXVA 3SEPA 4OKDA 1GOIA 1B3XA 3SURA 4N0RA 2XPKA 2YDRA 4Z2GA 1XH0A 4KWUA 2BNJA 1UD5A 4HZ7A 3J7HA 4OIFA 2C8NA 3SCTA 1CLXA 3AQUA 5GPRA 3WQ6A 1UH2A 1US2A 1JF5A 1FFQA 1JNEA 1SMDA 3RM8A 3FAXA 1KXVA 2YDQA 4ZFMA 5IHRA 4J3TA 4OOUA 3VDBA 1DWAM 4Z2LA 1E5NA 3AIUA 1V3IA 5C70A 3AHYA 3OGSA 1NOUA 1BYAA 2GJXA 3MUAA 1GZJA 3VOCA 5LA1A 1FA2A 4P8UA 3BLPX 4AYSA 4AC1X 3L4YA 3MUY1 3F5JA 1H0GA 4E4PA 4PN2A 3WEOA 3FAWA 2Y8VA 1ECEA 1TR1A 1UQZA 2JF6A 1BHGA 3PHAA 2O9OA 1Q4NX 4NRRA 4CN4A 2J78A 1B3YA 1V0MA 4P8VA 1BGAA 3UEQA 2EPLX 1L8NA 3FNDA 2D20A 4J3UA 5A3HA 3BMVA 1GQJA 2EPOA 1OSEA 2V5DA 3WUBA 1B3WA 1CLVA 3QOMA 5IDIA 4D6IA 3RJXA 2J7FA 1UR2A 3O9NA 3UG5A 4QLKA 1I1XA 5IHSA 2VNCA 2VO5A 3WDJA 3PZTA 4W8AA 1LJYA 1VB9A 3AMCA 2E8ZA 4UTFA 3WSUA 2EQDA 2CIPA 3WDIA 5D9OA 3NDZA 2ZICA 1GVYA 1GONA 3DC0A 3VMOA 4CUCA 2VX5A 1MYRA 1PIGA 1V3HA 1LF1A 1B1YA 1LWJA 3VGEA 1SFSA 3AMDA 1UZ4A 2NT0A 1FHDA 5ABFA 2W62A 4B15A 4JFTA 2DH2A 4W8BA 4AWEA 1AQMA 2WMJA 2ESCA 4ZE5A 4UZSA 4AD1A 3F5KA 4TUFA 1PX8A 5JIWA 1W32A 1KGUA 4F66A 3ALGA 2CBIA 3WNOA 3N18A 4H8VA 1ISVA 1JFHA 3BH4A 1JG9A 2BHZA 1PZ2A 4U2ZA 3WF2A 2XVKA 1C90A 2IXUA 1XC6A 1TA3B 1G1YA 1QHPA 3EMCA 4ACZB 2XTKA 1R8LA 4JHZA 5CPSA 1FP9A 1LWHA 4JL1A 5CSUA 2JF7A 3WN6A 2VCBA 4M82A 2EXOA 1MW0A 1W9BM 3SUVA 3EMZA 2VL4A 3WD2A 5A8PA 4WKHA 5GQBA 2YIHA 5TD4A 4UFMA 1OINA 2WLZA 1BYDA 1EDQA 1E4LA 1HJVA 1RD6A 1CECA 3O6AA 1EO7A 2ZIDA 3AXXA 1WE5A 3GNRA 5CGTA 3K4DA 5A6AA 2QMKA 1UWQA 2VQUA 3CUGA 1QI2A 2J7BA 2G4FA 2WC4A 1HL8A 1V02E 2X1IA 4MB1A 2E8YA 3WUEA 1Q6DA 3SCOA 4XB3A 1IZJA 1JDCA 2J7HA 4LXFA 1F4AA 7CGTA 4GZEA 4E8CA 4J3SA 3GBDA 1ITCA 4EK7A 2PWHA 3BAWA 3ZR6A 3ZJ8A 2X2YA 2XFRA 1A47A 4DWSA 1XGZA 2A3BA 2YLAA 2F2HA 3HMCA 4J7RA 2Y5EA 3OBAA 3WF3A 1XRVA 3SCVA 4AIUA 2OYLA 5I23A 4CD6A 3B9EA 2AMGA 1UR9A 4LX4A 1BVZA 1JL8A 1JAKA 1ITXA 1BSIA 4HU0A 2A3AA 4H2CA 1BG9A 3AMGA 2BVTA 3M07A 4KGJA 4HTYA 2NT1A 4QCFA 2CBVA 5E9AA 1KXQA 3ZT6A 1HXJA 4P7QA 2DH3A 4ML4A 2BHYA 1HKMA 1NWRA 3WD3A 1LQ0A 2XIIA 4WKFA 5AYBA 1DWHM 1RP9A 2WZEA 2J62A 3CPUA 2UWFA 3HN3A 3AZSA 5I2UA 3T2OA 3PZGA 2WMKA 4PYSA 1MW2A 3W26A 3ZIZA 1EO5A 3AS3A 3U5YA 1JI2A 3VMNA 2D3LA 2W5FA 5JBEA 2WVSA 4MDPA 4P7RA 4LGXA 1CIUA 3ARVA 5FOOA 3RMEA 1VBRA 2YJQA 1WZKA 4NI3A 3VIHA 1EXPA 1C93A 2CBUA 3OA5A 1DHKA 2W67A 3LPPA 1H09A 1H49A 3FHQA 4PMYA 1JFXA 4HZ8A 4CU6A 4ATDA 2Y8KA 2XJ7A 4C7DA 1M01A 1NP0A 2D0FA 2XVLA 4U2YA 2WSPA 1WDSA 2EPKX 1GVIA 3SCRA 4AD3A 2YL9A 4H7VA 4TX8A 1TVNA 3GM8A 1CPUA 3WD0A 1Q6CA 3MMUA 2JEPA 2WB5A 3D5HA 3A3HA 1VRXA 2EO7A 1QBAA 1VEOA 2Y4SA 2VQTA 4D6JA 1E0WA 1W9DM 2ZWYA 3ARSA 1NWTA 4MNKA 4BS0A 1FP8A 2D23A 2OSXA 3N13A 1GNXA 3K8LA 5A1AA 4KRUA 3QHOA 3PTMA 5A6KA 2FHFA 2ZX5A 4D1IA 5ECUA 4TOQA 3UESA 4Z2IA 1B30A 4U33A 2PF0A 2D0HA 3VNZA 1XH1A 1E6RA 1E6NA 5A94A 3TONA 1R87A 3WMCA 4M56A 1TFVA 3U57A 2ZX7A 3NUKA 1UD8A 1BAGA 1ZS2A 2DQXA 1C7SA 2VVNA 1TZ7A 5D4YA 1X6LA 1ZBVA 1VFMA 1LG1A 3II1A 4FLSA 4Z2KA 2XG9A 3ZSTA 2UY3A 2YL8A 4UQBA 3S6TA 1DWFM 1US3A 6TAAA 5A6BA 3L4ZA 4QLLA 2ZXDA 2WCAA 2XUCA 3VIKA 4M1RA 1H41A 3CLWA 4B3LA 5HDRA 1TA3A 4W84A 2WHKA 3ZJ6A 2A3EA 1TCMA 4ACZA 3NDYA 4CD7A 4BCEA 4W89A 3FHAA 3PZIA 3ARPA 2YL5A 1UKTA 1E1EA 4HU8A 4E2OA 2VRKA 1KXTA 2J25A 2FHCA 1V6VA 2V3DA 2BS9A 2WNWA 1L0PA 4D6CA 3EYPA 3AXHA 1Q6EA 3VD5A 4TVUA 2W63A 2CITA 3U7BA 4NRSA 4RL3A 4GI8A 4D6FA 1CZ1A 1ISWA 4J3VA 1E70M 1G94A 5F7UA 2DT0A 1OBAA 2E9LA 4DWSC 3IK2A 1NOWA 4P8XA 5CSYA 1S46A 4PMOA 1HJWA 2PBOA 1WZMA 5CPQA 4DWSD 1KBBA 3QGVA 1HL9A 1SYTA 3ARQA 3IJ8A 2YA1A 4NF7A 3I3DA 4WIWA 3RM9A 5C71A 3ZT7A 4C91A 2IUZA 3GBEA 1GHSA 5IFPA 1W1PA 2Z1KA 1E6ZA 4OJYA 1MW3A 1W3LA 3EDEA 1M03A 4CKQA 3AIQA 4D71A 4PUEA 1EIBA 5FKYA 3AFBA 2DSVA 3OZOA 1JYNA 4HA1A 1LL4A 2JEQA 5JIPA 3CZKA 2ZX9A 2XVGA 4UZUA 2W66A 4HZ6A 1V6UA 2D0GA 2Q8XA 1NH6A 1UKSA 4FLOA 2G3IA 4R5EA 4CN1A 1WAWA 3GXFA 3NJ3A 5A2CA 5BXSA 1KWKA 3F4VA 3VX1A 1AQ0A 3BGAA 1LL6A 3AIBA 1ZJAA 1BF2A 5A95A 3WD1A 5BRQA 1V6YA 2OSWA 1UH4A 5GNYA 7A3HA 4PSRA 3WIJA 5HBFA 1J0HA 3WEMA 1VFUA 4M24A 4HMEA 2CBJA 1NQ6A 1E73M 1NM9A 2X09A 3B8SA 3CZ8A 4GZJA 1EGZA 1RH9A 5E6YA 1E6SM 3MV11 5LA0A 5I3DA 4WF7A 3ARUA 4J27A 3UCQA 3WNMA 4PBGA 8CGTA 4PMQA 3T2PA 3VPLA 2WM0A 1V3JA 3PBGA 1F4HA 1KB3A 2RGMA 3WNKA 1V3MA 3UR7A 3VD4A 3UERA 3KL0A 4W7VA 1OGBA 3QHNA 1YHTA 3BMWA 3M7SA 3ZQ9A 3WUFA 4URIA 4AD2A 1XSKA 5M3WA 1PEZA 2CEQA 2VURA 1HJUA 4PMXA 1H11A 1EQPA 1MVYA 2YBTA 1CXEA 1H2JA 1UWIA 3VNYA 4LYQA 2VCAA 4MNLA 4L4OA 3DYMA 1PAMA 1E3ZA 2OYMA 4RE4A 2GUYA 3W38A 2J7GA 3K4AA 2O9RA 1J01A 3RO8A 3KWXA 4AEFA 1H4PA 3SCSA 3CHEA 2BY1A 1ZL1A 5DT7A 4C7GA 1NARA 2CYGA 3NSNA 5M17A 4TTGA 1W9VA 3U5UA 1R7OA 3SUTA 5HPCA 1BG4A 1O6IA 2J77A 2VR5A 4ATWA 2ZUNA 4P8WA 5A6BD 1VBUA 4PMDA 3WDRA 3UG4A 5LYRA 2WMHA 4B9ZA 1BTCA 3CBWA 4P7OA 2UY4A 2ZUTA 5D9NA 4AZ6A 2XVPA 3POCA 4WSJA 1PX3A 1WDRA 4QFUA 4HA4A 4NSBA 1XD0A 4N42A 3ZMRA 2WWCA 1UH3A 1UR4A 1W2VA 4AZGA 3M6DA 1E0VA 2ZOXA 4ZXLA 3W6MA 2ZXQA 1G9HA 3W37A 1BYBA 4XV0A 1R86A 3BAKA 4IUGA 1FOBA 3RCNA 3WQVA 3AIRA 4DUWA 1JYWA 2CXGA 4GO8A 3BAYA 3W81A 3BCDA 2D3NA 4D6HA 3UETA 1K6AA 4PMVA 1DP0A 3WH9A 1ZB5A 3CUJA 3VGDA 1CXLA 5EBAA 5A8OA 2EEXA 1KFWA 4F9JA 5I78A 1WKYA 2QLYA 2WYSA 3GDBA 1DTUA 3W24A 4DM1A 3VIOA 3L4TA 5A8MA 4AW7A 2J79A 4KGLA 5CG0A 2DSKA 1ESWA 1PBGA 1WZAA 3CUIA 4X0NA 4D72A 4OBRA 3AZTA 1HN1A 1NWSA 4HOWA 2E3ZA 3PTQA 3SCPA 5M03A 1UR0A 1PX4A 4S3JA 1W3HA 4LYRA 4MJ4A 1E4NA 3WH6A 2XHYA 2D1ZA 1EHAA 1M53A 1VAHA 3T08A 3VX0A 1GPFA 1C3FA 2YLLA 3W28A 3ZR5A 4H8HA 3WY1A 4UFLA 2GVYA 3HJEA 1TVPA 1HKKA 2WHLA 3IAQA 4Q7NA 4A3YA 4C7FA 5EB8A 4EE9A 2JIEA 2PB1A 3FY1A 5KEZA 3O2LA 3SIMA 3AYRA 5CZKA 4BZYA 3CHFA 2Z1SA 1MQQA 3AYSA 2HVMA 3EDKA 4WSKA 3DHUA 5C8BB 2J8FA 1VIWA 2W61A 2QPUA 5HNNA 1GQIA 3LPFA 1DWGM 4OBSA 1H1NA 1ODUA 1UD2A 1XSJA 1HF6A 3K1DA 1KBKA 4BQ4A 3AS1A 1E9LA 3VM7A 4TVDA 4PSPA 1KR1A 1UA3A 4AZCB 2D2OA 1CGWA 1OWQA 3AROA 4PUDA 3VGGA 1WDQA 3KEHA 3MU7A 1X6NA 3AIWA 3TOPA 6A3HA 3VINA 2CKSA 2XGIA 1CGYA 3W29A 2PBGA 1QNSA 2XFYA 1UWRA 1E40A 3F5LA 3HU7A 3WELA 1LG2A 4UQCA 1BFNA 3NCOA 4AY1A 3RILA 4F9DA 1E4IA 1EDTA 1E5JA 3BAIA 1OGSA 1H0IA 2BY3A 3L4WA 4XUYA 1BYCA 2VZUA 4V28A 2GK1B 2GSJA 4MB3A 2J47A 2WLYA 3AIEA 3OZPA 3AS0A 1BQCA 3OLDA 3THCA 1E56A 1TG7A 3ARZA 1TE1A 5LA2A 1KGXA 5KZ6A 1U30A 3MSGA 1WPCA 2MANA 1JI1A 3IAPA 3SCQA 2DPEA 3MS8A 4WLCA 3OIHA 3W82A 4M29A 1GW1A 2OWXA 1V3LA 1GOKA 5CLWA 1EA9C 1CXHA 2WVVB 4CD8A 5I5RA 4UQEA 1QOXA 4U5KA 1IZKA 1B31A 2WMIB 2G3MA 4J3XA 5AYIA 2GFTA 5DMYA 4DUVA 3ARRA 4JHOA 3VUPA 3CO4A 1ISXA 2RGLA 4H41A 2OWCA 4GIAA 2DEPA 3LPOA 3IJ7A 1MWOA 1E55A 1GOQA 1GUVA 4CN6A 1XHGA 1VF8A 3CZEA 1OIFA 2WHMA 4QCEA 3CIVA 5JBDA 3GTNA 3WMBA 1CXIA 4S3KA 1R85A 4C90A 1UKOA 9CGTA 2E40A 2G3NA 3GXMA 4UQ9A 1JAEA 2CCRA 2V3EA 3VIFA 4AD5A 4R27A 1CYGA 1J0IA 4AIEA 3GXDA 1GQLA 5E70A 1HIZA 1QI5A 1CBGA 1HP5A 2VTFA 4GI9A 2WKLA 3L4UA 4UNIA 4EKJA 4NZCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABEA

Total Genus

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