The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
76
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sequence length |
192
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structure length |
192
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Chain Sequence |
SEELSLSEINEKMKAFSKDSEKLTQLMEKHKGDEKTVQSLQREHHDIKAKLANLQVLHDAHTGKKSYVNEKGNPVSSLKDAHLAINKDQEVVEHKGQFYLLQKGQWDAIKNDPAALEKAQKDYSQSKHDLATIKMEALIHKLSLEMEKQLETINDLIMSTDPKENEEATKLLHKHNGLNLKLANLQDMLAVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into a unique Legionella pneumophila effector LidA recognizing both GDP and GTP bound Rab1 in their active state
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport/protein binding
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| molecule keywords |
Ras-related protein Rab-1A
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| total genus |
76
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| structure length |
192
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| sequence length |
192
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MXZ A; 4CQI A; 1IJ6 A; 2X9X A; 2K48 A; 3N5L A; 2IC6 A; 1IJ5 A; 3FXE B; 3CKD A; 4J2C A; 4FI5 A; 3QK6 A; 2X9Y A; 2KWI B; 2XTL A; 2C5K T; 2C5I T; 3CVR A; 2MBG A; 4EYY R; 3QUJ A; 1Z0P A; 2G0U A; 2CA5 A; 3S4U A; 3L3P A; 3P7I A; 1ZKE A; 3TKL B; 4L0R A; 4DND A; 2C5J A; 4B6X A; 1QSD A; 1H7C A; 3FXD B; 1LRZ A; 2IC9 A; 1LVF A; 2X9W A; 2KWH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HKC E; 2CHN A; 3VHL A; 5LJN A; 2E9X D; 2XZE A; 1J1J A; 4IRE A; 4F8H A; 3NRY A; 4UIG A; 5IUX A; 4GKK T; 3EAM A; 4HFB A; 4DO0 A; 3ZT7 A; 3WAJ A; 2CXD A; 4WBO A; 5LHH B; 3OTO T; 2JQK A; 2BG9 C; 1YKE B; 2KIN B; 3KV9 A; 4G2A A; 2VAS A; 4CXX A; 5HXE A; 5HEH A; 5J0Z A; 2ODU A; 3Q5W A; 1YD8 G; 2BKN A; 4QXC B; 4QH4 A; 5LYJ E; 3KBT A; 3NZQ A; 5JQG E; 4YFS A; 3AA7 B; 3QOF A; 1Z0P A; 3MZK B; 3P4R A; 3RIF A; 4U2Z A; 1VCS A; 3AAA B; 3AEA A; 3S4U A; 2H88 A; 4A98 A; 2XM1 A; 5LCY A; 5L3B B; 4DND A; 1HNW T; 4IL9 A; 5L4E A; 3SWH A; 3IBP A; 1N36 T; 2UU9 T; 4TNV A; 3ZMT B; 1W09 A; 4ZI7 E; 1SA0 E; 1MIW A; 3C4Z A; 2X9W A; 3NBX X; 3UFG A; 3RLF F; 5FNV E; 5KX5 E; 4ZI2 C; 5AQP B; 2D0U A; 2VKJ A; 3N5L A; 3ANW A; 4EYU A; 2IC6 A; 2M67 A; 2WBL A; 3N2K E; 2LHR A; 2KXP B; 3FZM B; 4JBW F; 1UK5 A; 4N78 D; 3N9M A; 4U2Y A; 5BR8 T; 3FZH B; 4HEA A; 5FY1 A; 3T1Y T; 5AQF B; 2IML A; 1D0X A; 4K0K T; 2ZM6 T; 2KWI B; 3CVR A; 1ZHC A; 4AKR B; 1QLB A; 4P1N A; 3LFM A; 2VWA A; 3U78 A; 2XSA A; 1R8I A; 4CN1 A; 3MJX A; 2DWG A; 3JC6 D; 1GQE A; 4ZEY A; 2WQY A; 3N2G E; 3FZF B; 4B3M T; 2MAW A; 4O4H E; 3DTO A; 4JEH B; 5TAO A; 3RQU A; 3CX6 B; 2XUE A; 4PK6 A; 1LRZ A; 3UT5 E; 3ZJ2 A; 2H7V C; 1XDP A; 3UU5 A; 4YSX A; 2F4V T; 2W4X A; 1KNP A; 3Q5E A; 4MHC A; 2K48 A; 2V7I A; 3N9Q A; 4IDZ A; 4AI6 A; 3H3M A; 2V26 A; 5BMV E; 4GOU A; 4EGW A; 3B5M A; 1MMD A; 2BKP A; 3CQC B; 2XTL A; 1Z8U A; 1AJ3 A; 3SFD A; 3HKB E; 3K3Q C; 5EK2 A; 3M65 A; 5CB4 E; 4B3T T; 4ILC A; 2WS3 A; 3GWH A; 3EAB A; 3O1I A; 4IE4 A; 3WAK A; 4DV6 T; 4NXN T; 5M4Y A; 2V5C A; 4HFV A; 3ESL A; 5AQT B; 4AQF C; 2XQY A; 2Z6E A; 4TV9 E; 3TLT A; 5HYA A; 5J2T E; 5AFU L; 1DU2 A; 1KF6 A; 3BQL A; 1V9D A; 4AXP A; 2BDE A; 2RP4 A; 3D0T A; 1MMA A; 2V7J A; 1LVF A; 2E8I A; 5JDL A; 3LBX A; 3AEB A; 4TZ4 C; 5LB7 B; 2X9X A; 3ZMV B; 2CHO A; 3VKG A; 2I0M A; 1ZEE A; 2ODV A; 1NWM X; 3FXE B; 2V6X A; 4AIU A; 2LRK A; 2V5D A; 3L39 A; 2WSS V; 4ZS3 A; 4LMK A; 5AQK B; 4ZXL A; 5LGN B; 4HWC A; 3SFE A; 4X64 T; 2MOZ A; 2LHN A; 4P09 A; 1X79 A; 4EXT A; 3UU8 A; 2LT3 A; 2C5I T; 1M7K A; 3CQX C; 2V8S V; 4QX7 B; 2J1D G; 3E22 E; 4X65 T; 4PK4 A; 2UUC T; 3ABV A; 3F2E A; 4QH5 A; 2Q9Q D; 3P4W A; 2KZ7 B; 2E9X B; 4ZHQ E; 2KND A; 3ETU A; 5HXS A; 5HEO A; 2ZM2 A; 2L3L A; 1HG5 A; 1ZKE A; 3P7I A; 1OED A; 2ZLY A; 4HFI A; 3JC6 C; 4IE5 A; 1QUU A; 4QHO A; 5AQQ B; 4YT0 A; 4B6X A; 2NW7 A; 1QSD A; 4WW0 A; 5LMN T; 2ES0 A; 2N1G A; 4DR2 T; 3WI3 A; 2EHO A; 4L9I A; 1FEW A; 4F6R C; 3CPZ A; 4YTM A; 5AQI B; 3OJA A; 2L8K A; 5FL1 A; 5FMN A; 3QB5 A; 3AVS A; 4E7S A; 1N34 T; 3ZCI A; 1HTJ F; 2QYW A; 4DR6 T; 3ZEF B; 2W63 A; 3AA0 B; 4HFC A; 3E0Z A; 4TNW A; 3TLS A; 2LKG A; 3MKD A; 4O8S A; 1O3X A; 1MMN A; 5L2L A; 4DVD A; 4PNI A; 2UUB T; 3PV0 F; 2K24 A; 2W66 A; 4JI6 T; 1MNE A; 2AXD S; 2XHE B; 1OXZ A; 4CN4 A; 3UFE A; 4ISS A; 4YHJ A; 4YTP A; 1J5W A; 2C5K T; 2JPF A; 2KLQ A; 2X66 A; 3ONX A; 1UGO A; 1KK7 A; 2X68 A; 3FHN A; 4TX5 A; 5LA6 E; 3RRW A; 4DBQ A; 4CXY A; 4DV3 T; 3IF8 B; 3AXJ B; 3OYZ A; 1IAP A; 3ZC1 A; 3IA3 A; 4U74 A; 2VL0 A; 3FBZ A; 3NZP A; 4IDO A; 3RC3 A; 1HX8 A; 3ZCJ A; 5JRE A; 1WYB A; 4H63 V; 4H9Q C; 3F31 A; 3LBX B; 1FMW A; 4EAH A; 2IUB A; 2KSR A; 2LOP A; 5AQN B; 3W15 B; 5JR9 B; 3O1J A; 2XQ8 A; 4UEL A; 2B76 A; 3AA1 B; 3Q2M A; 4FJO A; 4UF0 B; 2XAJ B; 4X20 E; 4DV5 T; 3RPU A; 2CRB A; 4CXW A; 5LP6 E; 4NXM T; 3GN5 A; 3CIR A; 2MPK A; 3I9W A; 1UX5 A; 4IDP A; 4MAL A; 2IDO B; 5FXV A; 4GYS A; 4HTE A; 5IYZ E; 4C91 A; 1HNX T; 4DR7 T; 5AQL B; 1KNR A; 2LOS A; 1YKH B; 4PJM A; 2D9D A; 2XQA A; 5LG4 A; 5LGT B; 4WZX A; 4I4T E; 1FJG T; 5LJM A; 1S94 A; 4KHP T; 3RF1 A; 3AE4 A; 5AQR B; 5FXW A; 3Q5X A; 3ZST A; 4AQF A; 4DV1 T; 3RC8 A; 3NKZ A; 2V7L A; 3UQ7 A; 4ZS2 A; 5HEJ A; 5KDM C; 3C50 A; 3QUJ A; 3K1S A; 4JI2 T; 3Q5D A; 1M62 A; 2LSY A; 4L5G A; 4HWI B; 5AQV B; 4IST A; 3ZYK A; 5CA0 E; 1WRD A; 2VVN A; 3KIN B; 2PG8 A; 4X5T A; 3ZN1 B; 5H6Q B; 4ADZ A; 5JDQ A; 4H9N C; 2X51 A; 3GMI A; 1T72 A; 4Z8X A; 4B3R T; 2KMF A; 4HKA A; 4LF9 T; 3ONL C; 2K9A A; 2VK9 A; 3KBU A; 2H89 A; 3RYC E; 2BG9 A; 2SPC A; 2WP9 A; 3P8C D; 1W9R A; 2LRL A; 4PJN A; 1IBK T; 3A8Y C; 2V7M A; 3Q9D A; 4PK5 A; 2XY8 B; 4IT4 A; 4U31 A; 3KFW X; 1BR1 A; 2WDQ A; 2WCA A; 2CXL A; 3ZMZ B; 1IJ6 A; 2YKS A; 4DV0 T; 2YDQ A; 2LE8 A; 4UEM A; 4GYR A; 4DUZ T; 2NP9 A; 2NTY A; 3HKE E; 1S35 A; 3CQG B; 4CI2 B; 3EI0 A; 1D1B A; 1SUM B; 4KP3 C; 2XQ9 A; 4AKG A; 1IBM T; 2QGS A; 3QK6 A; 2VVS A; 2X9Y A; 3CK6 A; 3PU8 A; 4YJ3 E; 3JAF A; 3J9X 1; 4JI0 T; 3T8O A; 3BQK A; 3RYF E; 5E0O A; 3OPC A; 3EUH A; 1CHU A; 3VRA A; 1FMV A; 4DMW A; 2UXB T; 4U3C A; 3N9L A; 5FL0 A; 1N32 T; 1T98 A; 4OFZ A; 2XAF B; 4KBM B; 2D0T A; 5HCJ A; 4HWF A; 3T1H T; 4IE0 A; 5LG3 A; 5DAB A; 2Y6X A; 3RIU C; 4BAY B; 5ADX L; 5LOV E; 3GN5 B; 3V5U A; 2OA5 A; 2XAG B; 3AE3 A; 2K3W A; 2K5B B; 1NEN A; 3P4S A; 4UF0 A; 4HE8 A; 2YU1 A; 5KXJ A; 2ACX A; 4M1P A; 3RI5 A; 4IGU A; 5JR9 A; 1XNR T; 3ZC0 A; 4LFB T; 2W61 A; 4JLE A; 2UXX B; 2IHR 1; 4DID B; 4A97 A; 3P4Q A; 4P0B A; 2DWK A; 4IL4 A; 4QXH B; 5FYM A; 2IW5 B; 1LKX A; 3GA8 A; 3AE5 A; 3DJB A; 4LMJ A; 3LSV A; 4PFO A; 4DV2 T; 4GIW A; 1HF8 A; 3X1D A; 3I9Y A; 2HHH T; 2UXC T; 1HCI A; 4QXB B; 3QNU A; 2XM2 A; 4A5X A; 3L3P A; 5KMG P; 2XPK A; 3ZLI A; 2CLY B; 2CWO A; 2W67 A; 5LGU B; 4JI3 T; 4TWF A; 2CPT A; 4ZOL E; 4BJN A; 2NR4 A; 2VKO A; 3RKO A; 1WR0 A; 2RPA A; 1I94 T; 1WLX A; 3UUL A; 5DQW A; 2W2U A; 1NAF A; 2EHO B; 2XJ7 A; 4O4I E; 4PFP A; 2XQ4 A; 2YDS A; 3N9O A; 3UU3 A; 3VR9 A; 4DBR A; 4AQG A; 5JTG A; 5LNK A; 2E9X C; 4IDQ A; 4PJL A; 3BQI A; 5L47 A; 4PW8 A; 2FJA A; 4O2B E; 2FUP A; 4YY3 T; 4DUY T; 4I43 B; 1IJ5 A; 1YQ4 A; 2M6B A; 4XAX B; 5AQU B; 2IAK A; 4ZZC A; 1OWA A; 4HFE A; 2QA7 A; 4JI7 T; 5HEU A; 4LF4 T; 3K3N A; 1D1C A; 2MYS A; 4OYK A; 2M6I A; 1JNR A; 1W0B A; 5JDG A; 2Y48 B; 2BVM A; 2AE9 A; 4V1A v; 4EOZ B; 3IHR A; 1CUN A; 1UX4 A; 1EZ3 A; 2A72 A; 3AE6 A; 3KVA A; 2Q9Q C; 4KMC A; 4NUV A; 3C4X A; 2HN2 A; 4IDN A; 4EIW A; 4ZZB A; 4X62 T; 4X66 T; 1BR4 A; 4LF6 T; 2YEV C; 5FVL A; 2CMR A; 5HEG A; 2RA1 A; 4TWH A; 4BJM A; 2BVL A; 4I55 E; 3PUV F; 4EZH A; 2WB5 A; 4HWD A; 1HS7 A; 4QWN B; 2L9Q A; 4XZC A; 3NRX A; 5FP3 A; 2DHR A; 3ETV A; 2WY2 A; 4EB6 E; 3LK4 2; 2WDV A; 2VQF T; 2VL8 A; 2W0G A; 5L4H A; 4JUY A; 1XWM A; 2YK0 A; 4MLK A; 4EV6 A; 2BKO A; 1ZV4 X; 4GK0 E; 2CEA A; 4CN6 A; 2JQ9 A; 5C3J A; 3EDV A; 5JDF A; 1BR0 A; 4LFC T; 3PUZ F; 4U33 A; 2XSB A; 3VRB A; 3AE8 A; 2J47 A; 1E2A A; 2JIW A; 2MTQ A; 5EK3 A; 3KV4 A; 3RKG A; 3AEC A; 3VKH A; 4BA9 A; 4CZZ B; 4LF8 T; 5HXH A; 2V6Y A; 3NWI A; 5FVK A; 3PTR B; 4DR3 T; 5EZY E; 1L0V A; 2FJD A; 2H3R A; 4KX6 A; 1OED C; 1U4Q A; 3MA9 A; 4IHJ E; 2LM2 A; 4L0R A; 4WNK A; 3B57 A; 3EVY A; 2FBW A; 2XAQ B; 2X9H A; 5F8P A; 2X0H A; 2JJ9 A; 2YDR A; 1FIO A; 2JMH A; 4HFD A; 3RIA A; 2OLT A; 2BG9 B; 2N9D A; 2E2A A; 3RRC A; 3I0Q A; 3ZSS A; 5LBQ B; 4UXN B; 3VR8 A; 1HNZ T; 1XNQ T; 4LF7 T; 4I0U A; 3AVR A; 3AB3 B; 3PDY A; 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