2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
3T0DA 2DEPA 2WWDA 3GBDA 2IXVA 2ZX7A 2X0YA 3IJ8A 1ZBCA 3DYMA 1CXIA 5FD0A 4GI8A 1NM9A 2W62A 1V6XA 1OT1A 1OB0A 3THCA 4XUYA 1CXFA 1K9DA 5HPOA 3AXHA 4ZEPA 3W6MA 2OYMA 3IAPA 3M6DA 3WUFA 4GO9A 2UY5A 2O92A 1DWJM 3W37A 4MADA 5A8NA 3AOFA 3EDDA 1CGVA 1Q6FA 1MQPA 1PIGA 3VD3A 3T2PA 2BHZA 3VU2A 2E3ZA 1UUQA 2WZEA 1MQRA 1W9BM 3SUSA 3FNDA 3W82A 2WW5A 1NWUA 5EFDA 1NOWA 3WBEA 1XH0A 3ZJKA 1E1FA 2DSUA 5A6JA 3M7SA 1GONA 2GSJA 2CXGA 2BVDA 1GQKA 3OGVA 4B16A 2WMFA 1OINA 2YJQA 4J3VA 1QPKA 3N15A 1QI4A 5FIPA 2CESA 3CZGA 3AI0A 4MDOA 1OGGA 4E2OA 2CIPA 3WD0A 1LL6A 2WYSA 2J7GA 2NT1A 1XSKA 4ACZB 2Y8KA 3PZMA 1CXEA 1FHDA 2XG9A 3WQ8A 1WZMA 4AD2A 3CZJA 1BYDA 4NF7A 1WE5A 5CQ1A 1UD4A 2JEQA 1QNQA 3WKZA 2EO7A 3VGDA 1UYQA 3ZT5A 1IZJA 3MO4A 2WNWA 3O9NA 4J27A 2CBJA 1LLOA 4H8UA 2FHCA 1TVPA 2EXOA 1CEOA 3L4WA 1J9YA 5HDRA 3OLEA 4Y7EA 2CBIA 4PUDA 3VNZA 5A1AA 1J0IA 3GZAA 3WEMA 2NSXA 3GXFA 3K4DA 1BTCA 3AIRA 4FK9A 3WIJA 4X0NA 2ZE0A 2ZUVA 4A3HA 4BA0A 1C8QA 1K6AA 3RCNA 1MVYA 2G41A 1H11A 1E6NA 4UFJA 5ABFA 1FP9A 3WF4A 4CVWA 5LA0A 3MUAA 1LG1A 1UKOA 1R7AA 2VX4A 1V3MA 1WP6A 1EOMA 2VZOA 3AS1A 1EQPA 1VIWA 5FL1A 2WLZA 4TX6A 3AISA 3EMCA 5A3HA 4WSJA 1CNVA 2XM1A 2JIWA 1C91A 2GDUA 5DT5A 2AAAA 5JIPA 4MNLA 3AIVA 2J7FA 3BLKA 4OJYA 3WFZA 4DUWA 3SCNA 4F66A 3W38A 4CD8A 2Y5EA 2BY0A 1E0XA 1WB0A 3GYCA 2VX7A 1VJSA 4RE3A 1WKYA 2VJXA 4AZHA 2C7FA 3BSHA 4P7NA 5LA2A 3T0AA 3AZRA 1YQ2A 3WH8A 3VDBA 4OIFA 4W5UA 2ZX8A 2WHJA 3VMOA 1NWSA 3GXDA 4PMXA 2WWCA 4B3KA 4Z2IA 1UH4A 5DO8A 1HP5A 2FHFA 3IANA 4V2XA 3ZJ6A 3QR3A 5C8BB 3IJ9A 3RM8A 1GOWA 2ZXQA 1E0VA 4HZ7A 1TVNA 1A47A 4QCFA 2VRQA 4PUEA 3GXMA 4S3KA 1R86A 4RE4A 2WB5A 3WSUA 2E4TA 2XWEA 2ZWZA 1JZ6A 3AMKA 4OKDA 3OLDA 3KZSA 5HNNA 5A8OA 4CN6A 2D0FA 1GQJA 2VQTA 1MW2A 1J11A 1NOUA 1BFNA 3CZKA 1SMDA 4KMQA 1G5AA 3UG5A 1BYBA 3TOPA 2CNCA 5EMYA 1UD3A 1C8XA 3WY1A 2WMJA 4IISA 1JNDA 4R27A 4AWEA 5FOOA 2DSZA 4J3TA 3A47A 3WD4A 1R85A 2ZX5A 5A69A 1E4MM 3ALGA 2HISA 2ZUSA 1CWYA 3ZSSA 1OWQA 4RE2A 1Q6EA 3OBAA 1TCMA 4W8AA 4CD7A 4Z2HA 4AY1A 2G3MA 4DM1A 3WMBA 2YA0A 2YIHA 3ZO9A 3VIGA 4KH2A 1CGYA 2E40A 2VT0A 1KXVA 3KL3A 4LYRA 1OM0A 2DIJA 2E8YA 3CTTA 5I23A 1HJVA 3TP4A 2QMKA 1XCXA 5I3DA 3HN3A 2D20A 2XM2A 2VCBA 2ZOXA 2J7CA 3EDFA 2VR4A 1DTUA 2V38A 2WKGA 1UKPA 5EFFA 3T08A 4CU7A 5I5RA 3AHZA 1VEPA 1V3KA 4CN4A 2IXUA 1B90A 4EK7A 1UR9A 3OIHA 1UWQA 3WUBA 3VD4A 4H41A 4W86A 4L4PA 1MFVA 3ARRA 4M29A 5LA1A 4WJXA 3CH9A 1E43A 3CHEA 2RGLA 3MV01 1DWAM 2VC9A 4JHOA 3BAXA 4FLQA 4JKMA 3CO4A 2XJ7A 4KRTA 4DWSB 5BXSA 2ZX6A 1BLIA 3VIHA 2WKLA 1O7AA 1CLXA 3BSGA 3DHUA 3PZOA 2VVSA 2WVUA 1Z32X 1XC6A 3LMYA 1WZLA 3OZPA 1UWTA 4W7UA 3RJYA 2WAGA 1WZAA 3ECQA 4EANA 2QLYA 4F9DA 5GNZA 3QHMA 2J78A 4GIAA 5A6AA 3VVGA 5A2AA 5M3WA 1RP9A 2OYKA 1B1YA 4BQ2A 3L4XA 4W8BA 1HL8A 1SMAA 4PMQA 3UR8A 2YLAA 3TTQA 2EBNA 5HXMA 1EOKA 1V6UA 5A6BA 4W84A 5E9AA 4CCDA 2WCGA 1AQMA 5CXPA 1HN1A 3ZIZA 1B9ZA 4JFUA 4X9YA 4AEFA 4CD4A 3ARPA 4J3WA 2OSYA 2J74A 1FP8A 2C0HA 2WMHA 3BCDA 4KRUA 4JZ5A 4U2ZA 3WN6A 1JL8A 4GZEA 5HOSA 1E6RA 3GNRA 1E5JA 4AEEA 2WMIA 1KBKA 1TUXA 1ZBKA 3N9KA 4Z2LA 1ZL1A 3ARZA 3TTOA 3WNOA 2YL6A 4KGJA 4AD3A 4B3LA 2DT3A 3SUUA 2BFGA 3W26A 4AZCB 2UY3A 2WCSA 3SCQA 1KCLA 3QOKA 1I75A 4D6FA 3SCVA 1JZ4A 4PRWA 1HKJA 2XFYA 4TXEA 4UQDA 1L0PA 3WQ6A 1ZS2A 2ZUWA 3VIPA 1JI1A 1CGUA 3WBAA 5AC5A 1E15A 4PMOA 1CGWA 1UD5A 1E73M 3BCFA 4CD6A 1WZKA 1XGZA 1A3HA 1LQ0A 1JIBA 2E9BA 3PZVA 1NH6A 4HZ8A 2UWFA 1OBAA 1V0NA 5I24A 1QNRA 2WMGA 4U5KA 4FF5A 4ATWA 1J12A 1JXJA 2XSAA 1NWRA 4ZE4A 5I2UA 5D9PA 3BAJA 1B3YA 1DWFM 5E6ZA 3AYRA 2PF0A 4IPLA 4F79A 2WVTA 2YLLA 2EPKX 4U31A 4XV0A 2OWWA 4QCEA 3LPPA 2OLHA 1GCYA 1RP8A 1JD9A 4TOQA 3WH6A 1W3JA 4W5ZA 4AZBA 1JFHA 4JFTA 1PX3A 4YHGA 2O9RA 5A6LA 2OSXA 2DSKA 3MMDA 2X2YA 2FH6A 1PIFA 3MSDA 4C90A 3CUGA 1RPKA 2JFEX 4GXPA 5JBEA 3WNMA 1CLVA 4Z2JA 2WHLA 5ABGA 3NSXA 1TMQA 4NI3A 1W2VA 3FAWA 1BVZA 3WDHA 5LYRA 4P8VA 1UKTA 1GQIA 2DSWA 2DGAA 4PMVA 4XX6A 4DWSA 1JZ7A 4WSKA 1UD6A 2EJ1A 3WF0A 5A6BD 3ZJ7A 1E0WA 1Q6DA 1G01A 1E4IA 1QI2A 1ZJAA 4GI9A 1E56A 2NW0A 4B15A 3W0KA 1EIBA 4HA3A 5EB8A 5D8WA 2CCRA 1JYWA 3AIUA 2YL5A 1AQ0A 7CGTA 2ZUUA 3BAYA 3CLWA 3NSNA 4JL2A 1QHPA 1M01A 4BS0A 3HU7A 2OWCA 4JCMA 1UR0A 3CZEA 2JF6A 2PWDA 1X6NA 4AD1A 1GOMA 5CPQA 1V0MA 1W3HA 3CZLA 3T09A 3CBWA 1MW3A 1VBRA 3UETA 1GHRA 2WSPA 3CUFA 3CIVA 2W63A 3UG3A 5I0DA 4W88A 1XSIA 1K9FA 3NCOA 1PX4A 1E6QM 4M1RA 3SCTA 1E6SM 1M04A 4D6EA 3N17A 3W4RA 2CYGA 4V28A 1JF5A 2BXYA 4NRRA 3NUKA 1ZJBA 1ISZA 2VMFA 3L2LA 1JGIA 4UQ9A 4U3CA 5ABHA 1GNXA 2WHKA 2PBGA 4UFLA 1XCWA 3SCWA 4UZUA 4AZCA 4AD5A 1JAKA 5BXPA 3VGBA 2J8GA 4M8UA 2ZWYA 4OOZA 2XHYA 5DFAA 2VX6A 3VDHA 3VOCA 1E55A 2G3IA 2ZXDA 1UKQA 3GNOA 2Y2WA 1UWSA 3B8SA 9CGTA 2PI6A 4WK9A 1W9UA 1JD7A 3AYSA 2GFTA 1X1NA 4NZCA 1V3LA 3CUHA 1ISYA 1KQYA 2PB1A 3W27A 4QLJA 5CG0A 4PMRA 4GQRA 1UG6A 4M56A 1BPLB 2A3CA 2XVKA 2F61A 3E1F1 3FXYA 3AXXA 3L4VA 1XYFA 5A2CA 1Q4NX 2J62A 4QLKA 4URIA 1M03A 4JAWA 1RH9A 1CDGA 3EMQA 1UZ4A 4AZ6A 3SUWA 1G1YA 4P7OA 2Z1KA 4D6CA 1BG4A 1MXGA 1LF1A 1NOFA 3ZM8A 2WZIA 1E70M 1EHAA 1E6XM 3B9AA 3N04A 3VGGA 1R7OA 4EKJA 3VINA 3KEHA 2YL9A 4PYSA 1QNOA 1H09A 1GQLA 3OA5A 4MTVA 5E0FA 2V5CA 3S2CA 3WDRA 3WDIA 3WL1A 2ZUMA 2DH3A 3W6LA 3GH5A 4BQ5A 3F4VA 1MXDA 3WL0A 4GQQA 1LWJA 1HJWA 5A8PA 2FDMA 1E9LA 2QHAA 1H3GA 2VNCA 1HX0A 2ESCA 5CSUA 2UY2A 4P8UA 1IZKA 1XV8A 4D72A 1JG9A 1TFVA 3NDZA 3I3EA 1OIFA 1S46A 2D23A 4WKAA 3FY1A 4CU8A 4M80A 3OB8A 1ITCA 4WKFA 1D2KA 2J4GA 2Q8XA 1K9EA 3QOMA 4FLOA 3VPLA 1EQCA 1U33A 1J0KA 4LGXA 1OGBA 2J47A 3NYDA 3A4WA 1NWTA 3WF3A 1C90A 3AIWA 4AIUA 2BXZA 4JKLA 3TA9A 1J10A 3VGEA 2G8ZA 1KWGA 4MB1A 4FMVA 4ACYA 1W1YA 3QHNA 3AMDA 2WMIB 3WH9A 1V6WA 3BAWA 2XWDA 1HL9A 3O2LA 1GVYA 2E9LA 5ECUA 1B0IA 1UZ1A 2D3NA 2FH8A 2X09A 5IFPA 1CXHA 1R87A 4CCEA 4MAVA 1ESWA 1JI2A 2J7EA 1UR8A 1CYGA 3A4XA 2DT1A 3VM7A 4PTVA 1C93A 4AXNA 4PCSA 1US3A 1DHKA 2D22A 3UEQA 2WANA 2YDRA 4AZGA 3L4ZA 2W61A 3POCA 3VIKA 5FL0A 3WNPA 1QOXA 4W87A 4J7RA 1H2JA 1W32A 2GDVA 2CKRA 4WLCA 1V0KA 1UOKA 2D0GA 5JBFA 2PBOA 4HOWA 1W1PA 4F8XA 2CBVA 1HIZA 2WVVB 3SUVA 4UQBA 2J77A 4HP5A 3GM8A 4HA4A 2VQUA 1JDCA 1Q6GA 1XH2A 3FHAA 5BXRA 2E0PA 3CPUA 3N13A 5HPCA 3UCQA 4OBRA 1DWHM 3L4TA 4D1IA 2XPKA 1V6VA 2UY4A 3WQ4A 2J79A 2X8RA 4U3AA 2W67A 5BCAA 1I1XA 4BQ3A 4U2YA 3GNPA 1OCQA 4IUGA 2E9MA 2J8FA 4HOZA 3DC0A 1KXHA 1GHSA 3VD7A 4D1JA 8A3HA 2JE8A 1XD0A 1AMYA 2X05A 2JIEA 2J7DA 5CZKA 1KGXA 4Z2GA 2WC4A 2BHUA 3RIKA 4MB4A 1CPUA 2EPNA 2GJRA 3PZ9A 1IV8A 3DYOA 4PTMA 4U5IA 4MDPA 5GQBA 3AFBA 3VO0A 5A8QA 4MJ4A 1W91A 3AZSA 3PZIA 4MPKA 4OUEA 2GJXA 2MANA 1W9VA 3BLPX 4H7VA 3AHYA 2WPGA 2XVNA 3WD1A 3K46A 1KB3A 2JALA 3LPGA 3CMJA 1V08A 3SIMA 3AS0A 2EEXA 1LG2A 1FHLA 1J18A 1NP2A 4HU8A 7A3HA 2VVNA 3I3DA 2YBUA 3L4YA 5GPRA 4M24A 4LYPA 3OZOA 1DWGM 4PMDA 2XGBA 2WC7A 2Y4SA 1UQZA 2W91A 3ZMRA 2BHYA 4AW7A 1OSEA 3W25A 3RPMA 3VIMA 1MFUA 3ARSA 3ARQA 2YDSA 1G9HA 1E1EA 4HMDA 2J7HA 4UOQA 3WEZA 2V3GA 2D0HA 3ZT6A 1GPFA 4P8XA 3KE0A 2CHNA 1LL7A 3T0BA 3PHAA 1FOBA 3F5JA 1V3HA 3BMVA 4LX4A 2OSWA 1VJZA 5KEZA 1PBGA 4J3SA 1BHGA 1JZ2A 2ZXAA 3WDJA 1KR0A 3WF1A 1J0ZA 2EPLX 2GUYA 4JL1A 1V02E 2TAAA 4WKHA 5E09A 3WNLA 4F9JA 1H49A 1W9DM 4W89A 3G6MA 1UWIA 3OGRA 3LPFA 1BYCA 3BAKA 4Q7NA 1VAHA 2CBUA 4W93A 1BF2A 5KZ6A 3WUGA 3ZSTA 5CPSA 1BSIA 4P7QA 1KGUA 1KWKA 2BVYA 2DIEA 1VF8A 2V3EA 1GOOA 1MYRA 1U30A 3PBGA 2BY2A 3WMCA 3WFLA 1WAWA 1QNSA 3RILA 1GOQA 3UESA 1TA3A 1FFQA 1UWRA 3ZJ8A 2YDQA 3CUJA 2XYLA 3MANA 5M03A 3THDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LCX A;  1UIP A;  3OYZ A;  2NXH A;  2QIW A;  2F8Q A;  1TMH A;  3ZR5 A;  1TUF A;  1B4E A;  3NR0 A;  1QPQ A;  3F5L A;  1E40 A;  4KMC A;  1FXQ A;  1BTM A;  3VD5 A;  1SR9 A;  2ZA3 A;  2IUZ A;  1XPY A;  4UMB A;  4WJ8 A;  1F4H A;  2YYT A;  1EXB A;  3EMZ A;  2CWN A;  4KFO A;  2WWU A;  2B81 A;  4HPH A;  3RIU C;  3N6Q A;  3GSM A;  4B5U A;  2FJE A;  3EKL A;  3VD9 A;  1XDJ A;  2V81 A;  2BNJ A;  2FZN A;  1GKP A;  3A21 A;  1KNZ A;  2BBH A;  2V7M A;  4LC6 A;  1WO2 A;  3L21 A;  1M62 A;  4EZ4 A;  4NAS A;  3EDU A;  3WQV A;  3NBX X;  3LRL A;  2C16 A;  3ABS A;  1XKJ A;  4UFH A;  1R3R A;  3QMT A;  1DJH A;  3PUO A;  5GJN A;  1E3X A;  2XUC A;  3UQN A;  5FAC A;  1G4E A;  1C92 A;  4LF2 A;  4ERA A;  1SJD A;  4LXF A;  3ONL C;  3PV0 F;  1TPU A;  2Y24 A;  1BRL B;  1PB0 A;  3QW3 A;  2VC5 A;  2DFA A;  3VUP A;  1EEP A;  3H24 A;  4H9X A;  3TJX A;  3RM9 A;  3LCF A;  2E7F A;  1BQG A;  4OOU A;  3QNU A;  3A12 A;  4GKJ T;  1EHN A;  3P74 A;  2Y89 A;  2XQ4 A;  2V7I A;  4WY0 B;  3VFL A;  2C1H A;  3ID7 A;  3W2M A;  1LWH A;  3LXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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