The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
b'MSTGDFLTKGIELVQKAIDLDTATQYEEAYTAYYNGLDYLMLALKYEKNPKSKDLIRAKFTEYLNRAEQLKKHLESEEANAA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Vfa1 Binds to the N-terminal Microtubule-interacting and Trafficking (MIT) Domain of Vps4 and Stimulates Its ATPase Activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vacuolar protein sorting-associated protein 4
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
38
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04212 | MIT | MIT (microtubule interacting and transport) domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Hypothetical protein 1500032h18. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YXR A; 3K1S A; 5FVL A; 1WFD A; 2V6Y B; 4IT4 A; 2CPT A; 2MPK A; 2W2U A; 3ZT5 A; 2CRB A; 4U2Y A; 2K3W A; 4U33 A; 5LB7 B; 4CN1 A; 5FVK A; 2LRL A; 2DL1 A; 3ZSS A; 1WCR A; 2JQH A; 4A5X A; 2WY2 A; 4CN4 A; 4U2Z A; 5CGM A; 4NIQ A; 2XZE A; 2JQ9 A; 3ZST A; 4U3C A; 4ZEY A; 1WR0 A; 3ZT6 A; 4U7Y A; 5CJ5 A; 2LRK A; 2A9U A; 2JQK A; 2V6Y A; 2V6X A; 3EAB A; 2WWV A; 3ZT7 A; 4U31 A; 4P1N A; 2RPA A; 4WZX A; 4U7I A; 4CN6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NW8 A; 2K24 A; 3T8O A; 1KNR A; 3ZN0 B; 3PE0 A; 2A2F X; 5FY0 A; 2CEA A; 4JLE A; 1S35 A; 1NWM X; 2X0Y A; 2WZI A; 3BQI A; 3RI5 A; 3MA9 A; 3C4X A; 5AQF B; 1G8X A; 3FXD B; 1T7S A; 2WSS V; 5LCY A; 4YTP A; 3MK7 C; 3ZC1 A; 1KEY A; 4ILC A; 4PK4 A; 2BVL A; 3TKL B; 3PUY F; 3N9M A; 4MHC A; 3QB5 A; 2EHO C; 5HWX A; 3AA6 B; 2EHO B; 2UU9 T; 4IE4 A; 4I4T E; 3JC6 C; 5J1G A; 3SFD A; 2UXB T; 4IL4 A; 3OYX A; 2KLQ A; 2LRL A; 4B3R T; 3FXE B; 4LF6 T; 2QYW A; 5L4H A; 3C51 A; 2X0H A; 4CZZ B; 4ZI3 C; 2JPF A; 4BJN A; 1VOM A; 2XQ6 A; 3P50 A; 1M7K A; 2LSJ A; 1S94 A; 2YOE A; 4AQY T; 3OVU A; 4JYA T; 3OPC A; 5ETW A; 5A1L A; 1MMN A; 2HH7 A; 3EDU A; 2XPK A; 3P4Q A; 4P0A A; 2YKS A; 4DO0 A; 3LK2 B; 1KNZ A; 2V6X A; 2CXD A; 1E2A A; 3RKO A; 3AEB A; 1VCT A; 4XAX B; 3P4S A; 5JDL A; 2H3R A; 3S4U A; 4TNV A; 4CN1 A; 4M1P A; 3JAD A; 3P8C D; 2X9H A; 2CCQ A; 3DP7 A; 1W0A A; 2WU2 A; 1XMQ T; 1IZN B; 3ANW B; 4YJ2 E; 3OYZ A; 2D5U A; 2W63 A; 2UXN B; 2V1D B; 2H89 A; 2I6H A; 2DL1 A; 3RYC E; 1WCR A; 3SFE A; 2CBI A; 3N9O A; 4EIW A; 3Q5X A; 3ETV A; 3MJX A; 4UVA B; 3B5M A; 3AE7 A; 1FIO A; 2YDS A; 1T72 A; 4KP3 C; 4GK0 E; 4WYV A; 2WY2 A; 5JVD E; 4WBN E; 1WR0 A; 1H7C A; 4HWF A; 3ONL C; 5FP3 A; 2WMO A; 3TLU A; 3E08 A; 3UFE A; 2BBH A; 2LEH A; 3HKD E; 4OHF A; 4NXM T; 2BG9 A; 4DUY T; 2IAK A; 3QK6 A; 2XM2 A; 2XQ4 A; 4A98 A; 3ABV A; 5LB7 B; 2LE8 A; 5JDH A; 3CPZ A; 2W0G A; 3C4Z A; 3ESL A; 5EK4 A; 4AQF C; 2ZM0 A; 3WI3 A; 3F2E A; 3N2O A; 3F57 A; 2IUB A; 5FKY A; 2FJB A; 2QA7 A; 1SE7 A; 3NBX X; 2V7L A; 3PUZ F; 4H9O C; 2D9D A; 4DR4 T; 3C64 A; 4JI5 T; 3H3A A; 2DLR A; 3ZSS A; 3MAC A; 1FEW A; 2CXL A; 3OKQ A; 2E9X C; 3NVO A; 3AB3 B; 2V6Y A; 1UUS A; 4FI5 A; 4DMW A; 3P4P A; 2E9X B; 4U31 A; 2E5L T; 2V5C A; 2DWG A; 2BKP A; 1D0Z A; 2KSR A; 5AQQ B; 4O2B E; 4YLH A; 4J2C A; 3KIN B; 1EZ3 A; 4O4J E; 1KK7 A; 3PUW F; 5HEO A; 2CBJ A; 3K1S A; 5ABH A; 3ZN1 B; 3ZMZ B; 4ZXL A; 4JEU B; 4LF7 T; 5JR9 C; 4LMJ A; 3LSV A; 3N2G E; 4IRE A; 1LVK A; 2VL0 A; 5JR9 B; 1ZV4 X; 5IYZ E; 3L39 A; 3LFM A; 4U7I A; 1WFD A; 5LG4 A; 5AQG B; 4HFH A; 3W15 B; 2XJ7 A; 2RP4 A; 4LMK A; 4UVB B; 4AKG A; 5LJN A; 3QB5 K; 3P4W A; 4LF9 T; 1HX8 A; 2E8I A; 4NPP A; 2M67 A; 4JI4 T; 2ZM2 A; 3ZPO A; 5FY7 A; 3R6N A; 2W2U A; 4HFI A; 4YSX A; 3Q5W A; 1IJ6 A; 3N9Q A; 3VHL A; 1QSD A; 2CLY B; 2NP9 A; 3RC3 A; 5HCM A; 4P1N A; 4QHO A; 4Q25 A; 2V6Y B; 3RLF F; 5FMN A; 2FUP A; 2LJL A; 3ZLI A; 5LHG B; 3AEF A; 4H9R C; 2VWA A; 4IDN A; 4U2Z A; 4UV9 B; 4UEM A; 5HXE A; 5L3C B; 3E0Z A; 3CK6 A; 5HYA A; 2V7M A; 2AE9 A; 3TLW A; 3AE1 A; 3DTO A; 2F4V T; 3QC9 A; 3AXJ A; 3ZMV B; 2L9Q A; 4EB6 E; 2XAJ B; 3G06 A; 3ZT5 A; 5C3J A; 2YU1 A; 4HFC A; 4UEL A; 4HKA A; 2N2N A; 3N9N A; 5ADX L; 3AEC A; 3LBX A; 4X1K E; 2E2A A; 3HL6 A; 4H9Q C; 3UUX B; 2I0M A; 2ZMA A; 3NWI A; 1OXZ A; 4NUV A; 2KWH A; 3HKE E; 3I1A A; 4UV8 B; 4PW8 A; 1HS7 A; 1W0B A; 2YEV C; 5HWY A; 3PUX F; 4ZI7 E; 2LOS A; 4DR7 T; 4GYR A; 3J9X 1; 2AXD S; 3AE6 A; 4DV4 T; 4IE6 A; 4Z8X A; 3OTO T; 2UUC T; 1BR4 A; 3CML A; 3UQ7 A; 2ACX A; 5F8P A; 4EYY R; 1MIV A; 4P0B A; 1LKX A; 5HXS A; 1R8I A; 5L47 A; 2W00 A; 4QXC B; 2PG8 A; 4FJO A; 5HEU A; 4G63 A; 2UUB T; 4DBR A; 4TX5 A; 4IDZ A; 1BR1 A; 3E22 E; 2D0U A; 4PNI A; 4KUM B; 4DID B; 3C50 A; 2MYS A; 2GK9 A; 4ISS A; 4ILA A; 5AQU B; 1XDP A; 2YDQ A; 5ABG A; 2JQQ A; 5AQN B; 5LBQ B; 2V7K A; 2W62 A; 4U3C A; 3TLT A; 4B3T T; 5L3F B; 2W67 A; 3LBX B; 3I0O A; 3SRZ A; 3ETU A; 2L3L A; 2BG9 E; 5C8Y E; 2C5K T; 1FJG T; 1XDO A; 3O1H A; 3FHN A; 4TWH A; 3ZST A; 3A5X A; 2Q9Q D; 2UXX B; 2Y48 B; 2VQE T; 3VU7 H; 3AAE B; 3CQX C; 5JRC A; 4DR6 T; 3RRW A; 3I0Q A; 3T1H T; 1LRZ A; 3FZM B; 2WDQ A; 3FZF B; 2PTF A; 3UU3 A; 4BA9 A; 4C91 A; 2P9B A; 4Z91 A; 4EEB A; 2JRK A; 2WMN A; 2WB5 A; 3AE2 A; 4AKH A; 3PJA A; 3NRX A; 2OA5 A; 1YW0 A; 4YTM A; 2VKO A; 3ZCI A; 2QGS A; 1VCS A; 3SS1 A; 2MBG A; 5AQI B; 4HWC A; 2WDR A; 2KZ7 B; 4ZS3 A; 3ZMT B; 5LGN B; 4UVC B; 1UX4 A; 4O4H E; 4UR9 A; 2XQ9 A; 5HEG A; 3RH3 A; 2RPA A; 4LFA T; 3D0T A; 2LSI A; 5KMG P; 3PTR B; 4TV9 E; 5AQK B; 5DJQ C; 1X9B A; 3OJA A; 3UUN A; 2N1G A; 4ZS2 A; 2N9D A; 5AQL B; 5FXV A; 2K48 A; 1J1J A; 3EAM A; 4N78 D; 1YXR A; 3RIU A; 5LYJ E; 2OV9 A; 4TN7 B; 4KHP T; 4YT0 A; 5L2L A; 4WW0 A; 2YIN A; 3PUS A; 2IDO B; 3L8R A; 3B57 A; 4H9N C; 3ZYK A; 3PV0 F; 2KND A; 2LRK A; 3FBZ A; 5CA0 E; 2C0S A; 2BKN A; 5JQG E; 2VL8 A; 1U4Q A; 4UXN B; 4PFP A; 4IE0 A; 1T8B A; 1MIW A; 4DMV A; 3C4W A; 4I50 E; 2WZH A; 5LOV E; 3PUG A; 3ZYM A; 2XY8 B; 1UUR A; 4K0U A; 3CKD A; 2X68 A; 2LSG A; 2K9A A; 2V26 A; 4G2A A; 2X9W A; 4EAH A; 5IWA T; 1IAP A; 4CXW A; 3GN5 A; 5HAX A; 3ZEF B; 4NIQ A; 3C98 B; 5BR8 T; 3UU5 A; 2VUR A; 4CN6 A; 4O4I E; 1WLX A; 4AKR B; 5F5W A; 1SHZ C; 1YQ4 A; 5CGM A; 4EV6 A; 1WR6 A; 3FZK B; 2XHE B; 5HCJ A; 4NUU A; 1T98 A; 2ZM8 A; 2KMF A; 3SWH A; 1GQE A; 4AXP A; 4L9I A; 1D1C A; 3ONJ A; 3CQC B; 4ZI2 C; 2Q9Q A; 3NZQ A; 3RQW A; 4ERR A; 1YQ3 A; 2WBL A; 1OED A; 4AKL A; 4ZZC A; 5DQV A; 2XZE A; 1MNE A; 4LF5 T; 2H7V C; 5LGT B; 3ZMU B; 2XQY A; 3CVR A; 3KFW X; 4JI1 T; 3LG7 A; 3HKC E; 4HE8 A; 3TLV A; 3VR9 A; 4COF A; 3HKB E; 4CQI A; 2FJE A; 2CRB A; 3RIA A; 4DR2 T; 3OBV E; 3BK9 A; 5AQV B; 4GOU A; 3AE9 A; 2MOZ A; 3Q9D A; 2B76 A; 5IUX A; 4DUZ T; 4X5T A; 1NAF A; 4HFV A; 2LM2 A; 4LF4 T; 5E0O A; 2WP9 A; 3PUQ A; 5JDF A; 1QLB A; 3GN5 B; 4GKK T; 4HN9 A; 4F8H A; 4KI0 F; 1KNP A; 4WNK A; 3PDY A; 2MTQ A; 3EUH A; 1HG5 A; 3RYF E; 4QH4 A; 3KV5 A; 4HFD A; 4A5X A; 3H37 A; 5LHH B; 2M6I A; 4O2A E; 2HN2 A; 3PU8 A; 4XZC A; 5IHY A; 4XBF B; 3AA0 B; 5FNV E; 5HEH A; 1XNR T; 2A3D A; 3FZL B; 2BG9 C; 2YDR A; 2YK0 A; 4HWH A; 2BG9 B; 2ACZ A; 4JV5 T; 3KVA A; 2Q9Q B; 3PUA A; 2NR4 A; 3K3N A; 2JQK A; 4ZZB A; 3N5L A; 1OED B; 2LKG A; 2B1E A; 2EHO D; 2NTX A; 1E7P A; 1ZKE A; 2VKJ A; 5FXZ A; 3Q5D A; 3JC6 D; 4EZ4 A; 1UK5 A; 1XNQ T; 2CLY C; 4EYU A; 1SUM B; 3WAK A; 1V9D A; 1XZY A; 3L09 A; 1KF6 A; 3HR0 A; 3UU6 A; 5HXC A; 5AQR B; 3UFG A; 4ZI3 D; 2NW9 A; 5FVL A; 2MPK A; 2CHN A; 3LK4 2; 4ZOL E; 4O8S A; 3JCF A; 3PUV F; 1UGO A; 2XAS B; 3UU8 A; 3KBU A; 2X67 A; 3RC8 A; 4OK0 A; 2CMR A; 4JI2 T; 3K3Q C; 5AQO B; 4LML A; 3X1D A; 3UU4 A; 5EZY E; 2HPJ A; 4QH1 A; 4X1I E; 4GK5 E; 3CIR A; 1HG2 A; 3N9L A; 5ABF A; 3UQ4 A; 4HWD A; 2FBW A; 2XQA A; 5KXJ A; 5LHI B; 5FXW A; 3KVB A; 4UF0 A; 4JEH B; 3M65 A; 5DQW A; 1Y64 B; 5L3D B; 4IL9 A; 4X65 T; 2MAW A; 3CX6 B; 2BBJ A; 3ZMS B; 1XMO T; 4QX8 B; 2V7I A; 5HEJ A; 4DR5 T; 5AQH B; 3RX6 A; 2K3W A; 4TWD A; 2JQH A; 3EVY A; 2IC6 A; 3KDS E; 5EK2 A; 3ZT7 A; 3AE8 A; 1YD8 G; 1WYC A; 2VVS A; 4YHJ A; 3AEG A; 3ZCJ A; 5J2T E; 4EED A; 4PAG A; 5FVK A; 1SA0 E; 3AED A; 2BS4 A; 4ANJ A; 4V1A v; 1US7 B; 2J1D G; 3EDV A; 4HFB A; 1ZHC A; 3AAA B; 4IIJ E; 2DWK A; 2KIN B; 2LOP A; 2SPC A; 4IE5 A; 3H3M A; 2BS2 A; 5FY1 A; 1HTJ F; 1CUN A; 1N34 T; 2DNX A; 2WWU A; 2BKO A; 2C5I T; 3VR8 A; 2JJ9 A; 3AA1 B; 3L3P A; 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