5ABHA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 252
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
252
sequence length
712
structure length
677
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNVKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINFGKDAPGRLEISTDGKEWKTVDLSAGLQKAPVKFVRFTFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 252
structure length 677
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abhA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abhA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abhA01
2GVYA 2AMGA 1YQ2A 4C7GA 4LGXA 1WP6A 3VIOA 4UQCA 3AZRA 3LMYA 4DUXA 4UR9A 1EH9A 1XCXA 1TMQA 2GJXA 3WN6A 2UWFA 3BMWA 2NW0A 4ATLA 1GW1A 1CBGA 1W1PA 1HJWA 1F4AA 1E73M 3T2PA 1NOUA 1XH2A 2CPUA 3AXXA 1XH0A 5BWFA 1KR1A 5A95A 5I5RA 1HJVA 5BXPA 1BF2A 3RIKA 1JZ7A 1HF6A 5LA2A 3SUVA 3W82A 2XVGA 3FAXA 1HX0A 5AC5A 4AD5A 1C8QA 4AD4A 5HXMA 1V6YA 5AY7A 1C93A 4P7LA 1QHPA 1NOFA 4N0RA 2VRKA 3CUJA 2VR5A 3WUEA 2A3CA 4CCEA 1W91A 1PZ3A 4KRUA 3TTOA 3GNPA 3W27A 3A4WA 5A6KA 4X0VA 1R8LA 3WNMA 2G3MA 3RM9A 1KXHA 3QHNA 5CGTA 1LG2A 4CN4A 2V3EA 2GK1B 3F4VA 3WD1A 3PZNA 3QOMA 3AS3A 2J8FA 5LYRA 5JUVA 1NP2A 3KL0A 3G6LA 5E0CA 3RCNA 3F5KA 1VJSA 1BTCA 2GDVA 4W87A 2WMIA 1E6NA 2XIBA 1LWHA 4GIAA 4B16A 2EEXA 3OG2A 4H2CA 4J3WA 4P8WA 1E40A 1V02A 2EJ1A 2X0YA 4PMVA 4HOZA 4KGJA 3GXDA 3WUBA 5EFDA 3OA5A 3WFZA 4YPJA 1ZBVA 1US3A 4W8LA 4PTXA 2XFYA 4LX4A 1EDTA 1PBGA 3NSXA 4JHZA 3WMSA 2BHUA 3BAXA 5LA1A 3ZJ7A 4XZBA 4C7DA 2EXOA 2A3AA 4H41A 3ARSA 2CXGA 3OZPA 4QDMA 5I0DA 1MVYA 1XC6A 4QCFA 1QVBA 2WBGA 3K8KA 3AIWA 4PMQA 3AHXA 2RGLA 3AXHA 2WVTA 1CDGA 1B3WA 1GQIA 1KCLA 3CUFA 4U3AA 5E9AA 3WF4A 3TOPA 3GBEA 1VF8A 1WNOA 5FOOA 3VNZA 4AEEA 5CZKA 1JIBA 1WDSA 3A4AA 1G94A 5DEZA 2ZWZA 2XG9A 2J47A 1DEDA 3O2LA 1NOWA 1EQPA 3HU7A 3K4DA 1OM0A 1W3JA 3WDRA 3ZSTA 1W3LA 2Z1KA 3CZJA 1UOKA 4MAVA 3N11A 4RE3A 5DT7A 2YDSA 5IDIA 3BAWA 2GJRA 3ZT5A 3CHFA 3ALGA 4R27A 4H7VA 4L4OA 3RPMA 2WXDM 1HN1A 1C92A 1XCWA 1UWTA 7A3HA 4AZ5A 1ISZA 1CXHA 1Q4NX 4RE4A 2YL5A 4GQRA 4P8XA 1M04A 2VZSA 3GBDA 2C0HA 4TVDA 2DH2A 3AICA 5CPSA 3L4ZA 1W9DM 2YL6A 4JFSA 1HVXA 2UY5A 4IPNB 4UQAA 4CCDA 5IHSA 1OINA 4J28A 5A6BA 4JFWA 1PAMA 1JFXA 2Q8XA 5EBAA 5JBFA 3MMDA 2YLAA 1UKOA 3T09A 4KGLA 4ACYA 4OBRA 3AI0A 2VZVA 1W1VA 3AMDA 2Y4SA 3QHMA 1E3ZA 3VKKA 2VI0A 1V0MA 2D22A 4AZ6A 1U30A 1UD4A 3TTQA 3N04A 3AXIA 1CGWA 3BAKA 5BXRA 3KL3A 1W9XA 1ITCA 3DYOA 4NRRA 4HA3A 4OKDA 1W9UA 2ZUNA 4WKFA 2J4GA 5DO8A 3W25A 4DUWA 5A6SA 3WF0A 4CN6A 1XHGA 2YL8A 1TA3B 3WDPP 2DSKA 3VMNA 1B30A 4D6HA 4UQBA 3W0KA 4QCEA 4UFIA 1UR9A 1IV8A 2EQDA 1ZBCA 1G1YA 2J7CA 3UEQA 4F8XA 3SCSA 1ODUA 1M7XA 1B1YA 1NARA 4DWSA 2WHJA 3GDBA 1R7AA 3THDA 3NSNA 2ZE0A 4FMVA 1CLXA 4MB4A 3U5YA 2FGLA 1KR0A 4Z2JA 1UH4A 4JL2A 2CBUA 4DM1A 1C8YA 1Q6EA 1JYNA 2ZXQA 2Y2WA 2AOSA 2C7FA 1J10A 2WWDA 3M6DA 1DWGM 4GI8A 5GNZA 5HDRA 3UETA 2JIEA 1PX8A 4Z2GA 1PIFA 1VBRA 4HP5A 1HNYA 4CKQA 1BVNP 2XWDA 3PTQA 1JF5A 4WSKA 3CHEA 3AIVA 2E8YA 5JBDA 3RMEA 1KB3A 3W37A 1DWAM 4WIWA 5DMYA 3FHQA 1J01A 3OB8A 3OIHA 1EGZA 1UR4A 3DHPA 2YL9A 4E8CA 4Q22A 1BLIA 5A8NA 2UY3A 4GO9A 2CKSA 3ARXA 2WHLA 4IISA 3VDBA 4PTVA 4WKAA 3K8LA 3SCNA 3OGSA 1E6XM 1UD8A 5E6YA 4ZXOA 4TTGA 1NWUA 1E70M 3T0DA 1ZJAA 4U33A 2YA0A 4W8BA 1WZAA 4WK9A 2DPEA 1W9BM 5CGMA 3WMCA 4TVUA 3WY1A 1QBAA 5A1AA 1PX4A 2D3LA 3BAJA 5FD0A 3MO4A 1VBUA 3L4TA 3ZQ9A 3VO0A 3RJYA 4QFUA 3NSMA 4D6EA 4AZ7A 4FLOA 2CBIA 5ABHA 3MUY1 3WF3A 2D1ZA 1KCKA 1Q6CA 3PTMA 4UQEA 5A6BD 3HMCA 2WWCA 5BRQA 3W6MA 4CD4A 2VJXA 1GOMA 4LXFA 4PCTA 4E4PA 4W85A 1V0LA 1RP9A 1HL9A 3EYPA 1D7FA 3OLIA 1UQYA 1DWJM 3L2LA 3MU7A 2D24A 1VIWA 2XM2A 5CLWA 5IFTA 4ATDA 3IK2A 2W92A 2EO7A 2YOCA 5BXTA 4PMZA 2BY1A 2GFTA 5A6LA 2WMKA 3VGHA 2WVVB 1B0IA 1QI5A 3WF2A 1E55A 2C8NA 4M1RA 3WEOA 3WEMA 1IZJA 3OGRA 4TUFA 4GZIA 2BVYA 2NT1A 2FDMA 1PEZA 2XYLA 4HMDA 2ZIDA 1CXFA 3W29A 1JDCA 4F66A 2VX6A 4P8UA 1DWHM 2X09A 3SUUA 4ZENA 2W63A 2DT0A 2XUCA 3PHAA 1VENA 4JKLA 2F2HA 4WSJA 1DWIM 3QHOA 4AWEA 4CN1A 2ZXAA 2PB1A 4DWSD 5D4YA 4J3UA 1Y7VA 3WUFA 1XD1A 1E71M 5FL0A 4FLRA 3CMGA 3VIHA 3N13A 1E4MM 4MNMA 3B9AA 1AMYA 2WHKA 3ZJ6A 1ISXA 4HMEA 2D0FA 2VZUA 2XHYA 3VDHA 1VFOA 4OBSA 3CZLA 1YHTA 2E9MA 5A8OA 2BXZA 1MQRA 1E6ZA 3GTNA 1PJ9A 1GOIA 1B90A 4X0NA 2WMFA 1OSEA 3GM8A 4CVWA 4PUEA 1KFWA 4HOXA 4MAZA 2CESA 4J27A 1RPKA 3THCA 2WSKA 1VRXA 1R7OA 1V02E 3W6LA 4LPCA 1MW2A 3IJ8A 3NYDA 1XD0A 2BNJA 2CEQA 3L4UA 2GJXB 1K9DA 4ZE4A 1E1EA 1O7AA 3CUGA 4J3TA 1C8XA 3K46A 3APGA 2BXYA 4C7FA 2DIEA 4D1IA 4PSPA 2VO5A 4D1JA 2WZHA 1C90A 5KEZA 2QMKA 5GPRA 1KXTA 1M53A 2ZUSA 1HJXA 2WMJA 1ZBKA 1PX3A 2QV4A 4JIEA 4XZWA 4GI6A 1SFSA 1JFHA 5CQ1A 2WZEA 4PRWA 1K9EA 3WEZA 1QHOA 2OLHA 4GZEA 1KGUA 4UTFA 5ECUA 1NM9A 3W81A 3MANA 3ZSSA 1UG6A 1PZ2A 4ML4A 3WBAA 4AD1A 4EANA 5D8WA 4TTUA 3FW6A 3FAWA 1XRVA 1LF1A 1JDDA 3MV01 4D6GA 3VOCA 4CUCA 2PBOA 2VRJA 4UZUA 3WQ6A 1GQJA 3CZ8A 1QW9A 3L4XA 1V6WA 1RD6A 5CLTA 3WNPA 3EMZA 3WQ5A 4OJYA 2OYLA 2OSXA 3RDKA 5A8MA 5E09A 4M82A 4U5IA 5AYBA 2ZWYA 1OIMA 3BH4A 2YA1A 1US2A 3GH7A 1KGXA 2DH3A 4IM4A 4DUVA 2WC7A 2J7EA 2X1IA 4QLJA 1E5JA 4KWUA 3BCDA 5AC4A 4PUDA 2BY2A 2A3BA 2WMIB 1HT6A 3UCQA 5E70A 4DWSC 3EDKA 1UQZA 1XSKA 2XSAA 3AOFA 3N9KA 1VEPA 1DP0A 3OZOA 1QHZA 3EDJA 3GNOA 1WZKA 1XV8A 1VB9A 2E0PA 4ZXLA 3GNRA 3WQ4A 4JAWA 5A3HA 1HKMA 3WNLA 3CPUA 1WPCA 3VINA 1WZMA 3POCA 1FOBA 1XYZA 2WB5A 3BSHA 5I77A 4WJXA 3QR3A 3KEHA 1IZKA 3PZMA 1SR0A 1UD5A 1BYCA 2JEQA 2JF7A 1WB0A 4W89A 3WD2A 4MDOA 1ESWA 1FFRA 3WL0A 3CHDA 1WZLA 5A8QA 3KL5A 3U5UA 1HP4A 1BHGA 2Z1SA 1BG9A 2CBJA 1VEOA 4KH2A 1CNVA 4CD5A 3MUZ1 4GXPA 4PMYA 1EA9C 1OGBA 3A6OA 1KQYA 3GH4A 1FP9A 2XM1A 1JYWA 3K8MA 5HNNA 4AZGA 1E6QM 3WMBA 4AD3A 5JBEA 4A3HA 4JKMA 2W66A 1JZ3A 3F5LA 4U5KA 1OWQA 1HVQA 3SCRA 5FCZA 1A3HA 2ZOXA 2WCSA 3RM8A 5KZ6A 1E43A 1EHNA 1BG4A 1UUQA 1V03A 1JNEA 2MANA 3WNOA 5I79A 2WYSA 1ZB5A 3WDIA 3AHVA 3WDJA 1V6XA 3KWXA 2VVSA 4LYQA 1E15A 4AISA 1H11A 1V3JA 5C71A 1H3GA 2QLYA 2V3GA 3ARRA 5CPTA 1EXPA 3UG5A 3MSDA 3VIMA 3SCWA 3BCFA 2BY3A 4BQ4A 3VM5A 1LWJA 4WF7A 4P7OA 4OOUA 1Q6DA 4TOQA 4U2ZA 1JAEA 4CU7A 5C8BB 1K9FA 1V6VA 2VX5A 3UG4A 3QOKA 1UR8A 4GPNA 1WKYA 1N82A 3QGVA 4W5ZA 3VGFA 1QNSA 3SIMA 3BSGA 4M24A 2PC8A 2JFEX 3MV11 1UA3A 5BXSA 1ITXA 2PI6A 3SCPA 1GQLA 1QI0A 2ZUUA 3I3EA 4EE9A 3ARVA 4MDPA 3VIPA 1E3XA 3AQUA 1JGIA 1QI4A 1V3LA 2XWEA 1LL7A 1RH9A 4K68A 5E0FA 3LPGA 5IHRA 1JZ6A 2X2YA 8CGTA 4UOZA 3VIJA 4B3LA 3BC9A 1TUXA 1OT1A 3VILA 1HJUA 1MQPA 4FF5A 2VX7A 1GVYA 1WDRA 3MS8A 1UZ4A 1W2VA 3L2MA 4E2OA 4M56A 6A3HA 1JZ4A 4CD6A 4OZOA 4W86A 1BFNA 4YHGA 5A8PA 1MXDA 1JF6A 4AW7A 4DWSB 3WQ8A 2YLLA 1ODZA 2ZX9A 3WQVA 1VFUA 2W91A 2CCRA 4AZCB 3VGGA 1QI2A 2Y24A 1R87A 5BRPA 2CHNA 3SCVA 4J3VA 1E1FA 2CIPA 4M8UA 1W1YA 1QBBA 2WLZA 3WH5A 4ACZA 2DDXA 1JZ2A 3WF1A 5ABFA 1FA2A 1H1NA 1BSIA 1VFFA 2DIJA 1NH6A 4PTWA 2OWWA 1OGSA 4AD0A 5ABEA 3IAQA 4XUYA 2XVKA 3VMOA 1V3MA 4AZBA 4AY1A 2JIWA 2E9LA 4UFKA 2PWEA 3OBAA 1PIGA 1VFMA 3WDQA 1CWYA 3WD4A 3ZR6A 2VVNA 3A47A 1GZJA 2E8ZA 3WNNA 2EPKX 1TR1A 3NJ3A 1ISYA 1UD6A 4ZFMA 2JALA 5I6SA 1LQ0A 3ARWA 1ISVA 4F9JA 2D20A 1CGVA 3ARZA 4AZCA 3SUWA 2YIHA 4W88A 3PN8A 4YN5A 4W7WA 1CXIA 2DGAA 1KBKA 3VX0A 2XPKA 1GQKA 4V2XA 3CH9A 4GO8A 1CGTA 1UWRA 4UZSA 4MADA 3AHTA 2VL4A 1G01A 2WMGA 3MUIA 4MNJA 5C70A 4TXEA 2W67A 1TVNA 2CHOA 2J75A 1D3CA 2DQXA 1CGUA 1CIUA 1I1WA 4TVCA 1HIZA 1JDAA 2BHYA 4U3CA 4M29A 3NDZA 1GOOA 2WAGA 1H5VA 3N15A 4UQ9A 4D6DA 4DM2A 2WW5A 3CZKA 1MFVA 3CO4A 4JFTA 4PCSA 2G3IA 2WANA 3WH6A 4HMCA 3CZEA 2FHCA 1V08A 2FHFA 2FGZA 2E4TA 1CENA 4P7RA 2VNCA 5M3WA 5BROA 2UY2A 3VD3A 2O9TA 3VD5A 1PPIA 4J3SA 1BAGA 1JG9A 2WK2A 1E56A 2ZUVA 1OBAA 1VAHA 2VZOA 3A4XA 3ARUA 2J7DA 1U33A 2V5DA 1KWKA 1BYAA 1J0KA 3CIVA 2VCBA 4V27A 1HKJA 2X8RA 2CITA 1KWGA 1UWUA 3VGEA 1BVZA 2YA2A 1B3XA 1M01A 3WIJA 2FHBA 2WMHA 1E0XA 2XVPA 1JI1A 3BAIA 4QLKA 4AC1X 1B31A 5DFAA 2J7HA 3CTTA 2PWFA 3DC0A 3W53A 3WDHA 3L4YA 2DT3A 1J18A 2ZXBA 1LJYA 1BGAA 2QMJA 1W1TA 3MSGA 2PWDA 8A3HA 1UD2A 1JZ8A 1E72M 4LYRA 2DSVA 4NI3A 1XH1A 2IXVA 3UG3A 1QW8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2GVY A;  2AMG A;  1YQ2 A;  4C7G A;  4LGX A;  1WP6 A;  3VIO A;  4UQC A;  3AZR A;  3LMY A;  4DUX A;  4UR9 A;  1EH9 A;  1XCX A;  1TMQ A;  2GJX A;  3WN6 A;  2UWF A;  3BMW A;  2NW0 A;  4ATL A;  1GW1 A;  1CBG A;  1W1P A;  1HJW A;  1F4A A;  1E73 M;  3T2P A;  1NOU A;  1XH2 A;  2CPU A;  3AXX A;  1XH0 A;  5BWF A;  1KR1 A;  5A95 A;  5I5R A;  1HJV A;  5BXP A;  1BF2 A;  3RIK A;  1JZ7 A;  1HF6 A;  5LA2 A;  3SUV A;  3W82 A;  2XVG A;  3FAX A;  1HX0 A;  5AC5 A;  4AD5 A;  1C8Q A;  4AD4 A;  5HXM A;  1V6Y A;  5AY7 A;  1C93 A;  4P7L A;  1QHP A;  1NOF A;  4N0R A;  2VRK A;  3CUJ A;  2VR5 A;  3WUE A;  2A3C A;  4CCE A;  1W91 A;  1PZ3 A;  4KRU A;  3TTO A;  3GNP A;  3W27 A;  3A4W A;  5A6K A;  4X0V A;  1R8L A;  3WNM A;  2G3M A;  3RM9 A;  1KXH A;  3QHN A;  5CGT A;  1LG2 A;  4CN4 A;  2V3E A;  2GK1 B;  3F4V A;  3WD1 A;  3PZN A;  3QOM A;  3AS3 A;  2J8F A;  5LYR A;  5JUV A;  1NP2 A;  3KL0 A;  3G6L A;  5E0C A;  3RCN A;  3F5K A;  1VJS A;  1BTC A;  2GDV A;  4W87 A;  2WMI A;  1E6N A;  2XIB A;  1LWH A;  4GIA A;  4B16 A;  2EEX A; 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