5ABHA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 252
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
252
sequence length
712
structure length
677
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNVKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINFGKDAPGRLEISTDGKEWKTVDLSAGLQKAPVKFVRFTFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 252
structure length 677
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abhA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abhA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abhA01
2RGLA 2J47A 3DHPA 3W24A 2AOSA 4Z2LA 5EBAA 1V6XA 1FP9A 2E9LA 3ZR5A 3HN3A 2DSVA 1I1WA 3OBAA 4MNMA 4JAWA 1ZL1A 4JL1A 3ZT5A 3OLGA 3D3AA 4PTWA 1V3MA 3CUJA 3VDCA 4AZ5A 3IJ9A 5LA2A 1JNDA 2F2HA 3SCNA 4HA4A 4W87A 1CGVA 3BAWA 3WEMA 4BQ2A 4PMVA 1E6QM 1QPKA 4RL3A 3PTQA 4PSPA 1UH3A 3VM7A 1OCQA 1JYNA 1KGUA 5A8PA 2ZUWA 3EDFA 1GOOA 2DH2A 3WQ6A 3M6DA 3RJYA 1E43A 2ZXAA 2DH3A 1CWYA 4CD8A 2XGIA 1WZKA 2ZUVA 3FNDA 3MUZ1 1JZ2A 1J18A 1WZMA 4EE9A 3UETA 1CNVA 3N12A 2J62A 2QHAA 1KXHA 1E0XA 2GUYA 2E4TA 4X0NA 1W9DM 2AMGA 3F5JA 1SFSA 1Q6DA 2BY1A 3AQUA 2CHOA 2WCAA 2DSUA 5I24A 1GHSA 2JFEX 2CBJA 1XHGA 1UKTA 3UR8A 3BLKA 3S2CA 1E0VA 2PWHA 2W91A 3MKKA 3UR7A 4WIWA 3ARPA 1M53A 1B2YA 4V2XA 2WNWA 2XM1A 5FL1A 5HPOA 1B0IA 1AVAA 1V3KA 2J75A 3WQVA 3VDBA 5BXSA 1JZ5A 3I3DA 1XRVA 4LYRA 4KMQA 1K9FA 1O7AA 1BYAA 1KBKA 1H1NA 4U2ZA 1B3ZA 3VD3A 3WUGA 4LQ1A 2J7DA 2XVNA 4UFHA 4D6GA 3PTKA 3W38A 4H7VA 3WH5A 1C8YA 3VDAA 3AMDA 4JFWA 1ITXA 1AQ0A 2YL5A 2IXUA 2ZXDA 3VPLA 2XUCA 4Y7EA 2BY2A 2CHNA 3WH9A 1H41A 2YIHA 1LJYA 4W8LA 3UEQA 4HPHA 4D6DA 5A6BA 1LL4A 1V08A 5FKYA 3WMCA 5CZKA 2CEQA 2WHJA 3SUTA 3A4AA 2J74A 4AZHA 2A3BA 4AEEA 4P7RA 1CPUA 3G6MA 1ESWA 2WK2A 2XTKA 1HN1A 3HU7A 1W1YA 1WP6A 4WKHA 1OGGA 4PN2A 2J8GA 1D2KA 1HKJA 2XPKA 2BV9A 2VZOA 4LX4A 1VBUA 3EDEA 1UQZA 1AMYA 2QPUA 1CGUA 2VCCA 4B3LA 3ZSSA 3WEZA 4ZXOA 4UQDA 2PWEA 1GQIA 4PMQA 2ZICA 3AIQA 5CPSA 4CCCA 1EHAA 3AS1A 5A3HA 1RPKA 2YLLA 2Y8KA 1PZ2A 2BXYA 1XCXA 4XZBA 4U2YA 2GDVA 2Z1KA 2WVVA 3MSDA 4UQ9A 1NQ6A 1QVBA 4J27A 4J3TA 1JYWA 5JBDA 3WQ4A 3W29A 1V03A 1JF5A 2W61A 3L4ZA 4OBRA 2HVMA 2VCAA 2V3DA 4MDOA 1VBRA 2WMIA 3WY1A 4KH2A 4ATDA 1UZ1A 1H3GA 5BRPA 1B30A 5BWFA 3K8KA 3DYPA 3L4YA 2VUYA 4XX6A 3WELA 3AMLA 3U5UA 1ZBWA 5EFDA 1NP2A 4RE4A 4W5ZA 4HOXA 3THDA 4WSJA 2XVPA 1PX8A 2PWGA 1B9ZA 1J12A 4AD4A 4TOQA 3ZOAA 4D1JA 1HL9A 4DWSB 7A3HA 4P7LA 1US2A 3B9DA 5IHRA 4PMZA 3W0KA 3WNNA 4R27A 1OIMA 3BH4A 3T09A 5A6BD 1NH6A 5AYIA 4B3KA 1RP9A 2VVSA 1CGXA 1Y7VA 2EBNA 5E9AA 5FCZA 1U33A 2XG9A 4WK9A 1V3HA 1RD6A 4A3YA 2W92A 2CBVA 1LQ0A 2RGMA 1KQYA 2DPEA 3ZM8A 1MW1A 2CPUA 3WNOA 1R86A 4UQEA 4QLKA 3CMGA 4ZFMA 2W4XA 3GH4A 5A94A 4CD4A 1HJSA 4D6JA 1B3VA 2W62A 4JHOA 3AMGA 1BFNA 1S46A 2XM2A 4CCEA 3QHNA 2XFFA 1GQKA 1NWTA 1V3IA 2TAAA 2VQTA 2J7CA 1FFQA 1GOMA 2VJXA 2XFRA 3HJEA 4P8UA 3GBEA 2FGZA 4AZCB 1E6RA 1UUQA 1WO2A 1QNPA 2G8ZA 4HPGA 3WNLA 1EIBA 3IJ8A 4HOWA 5M17A 2NW0A 3AHZA 4A3HA 4FK9A 4CU6A 2FH8A 2WCSA 1X1NA 1WDRA 2DT0A 3MV11 2AAAA 5KZ6A 1MW0A 3FHAA 2XGBA 3RILA 4LPCA 1CDGA 4JFSA 1XC6A 4F66A 1UD4A 3ARQA 3E1F1 1CIUA 1JI2A 4AD3A 3BCFA 2WMFA 2GFTA 2WM0A 2WPGA 4DM1A 1J0ZA 2VURA 5CJ5A 3ARRA 4M29A 4MADA 2PWFA 3L2MA 1W1TA 4RE3A 3D5HA 3VIGA 2QPSA 3ZJ7A 1EH9A 3FW6A 2A3CA 1XSKA 1J0HA 2BNJA 4E8DA 1KGWA 3UG3A 2PWDA 2CKSA 3VIHA 2UWFA 2J77A 4KRUA 1VFFA 1W91A 5FD0A 3TOPA 1PBGA 4FMVA 2Y4SA 3APGA 3DHUA 3WF0A 2OSWA 3VD9A 4JFVA 4PTXA 4NSBA 4JZ5A 2G41A 1G9HA 1BAGA 5IXEA 4KGLA 7CGTA 3O2LA 2YLAA 2FDMA 4W8AA 1PAMA 5AYBA 2GDUA 5BXTA 1G94A 2CIPA 2PC8A 2ZX9A 3PTMA 1C93A 3W4RA 4Z2IA 4W7UA 1SMAA 3VIFA 2WC4A 4M81A 5E70A 1CYGA 3K46A 4J3WA 3M46A 5CG0A 4BQ4A 1UZ4A 3BAIA 1J0KA 5GNYA 2XVGA 1HL8A 4JL2A 2X05A 1H49A 1K9EA 3CZLA 2CBUA 2WBGA 4W88A 3VGDA 3WUBA 5HDRA 3F5KA 4BS0A 1LWHA 4D6EA 3GH5A 4U31A 3T2OA 4YPJA 3SURA 1UG6A 4PEEA 1UD5A 3CIVA 5E09A 3CMJA 4AISA 1B3YA 1BLIA 5HNNA 3VNZA 3GXIA 3K8MA 5CPQA 6CGTA 2YDRA 1GJUA 1CXKA 2IXVA 4CVUA 1TE1A 5EB8A 1E0WA 1KCKA 5ABFB 4MB5A 3LPFA 4P7OA 2YDQA 2BY0A 5CSUA 2EPOA 1Q4NX 1JZ7A 3N15A 4ZXLA 4CD5A 4DM2A 2XSAA 5BCAA 3VD7A 3ECQA 2DT1A 4ML4A 3QHMA 2WVSA 4AIUA 4Q7NA 1UYQA 1BVZA 2FHCA 1OSEA 1MFVA 1VRXA 2VX5A 3UCQA 4UNIA 1MW2A 2WBKA 4AZGA 3SCQA 1UD6A 1E15A 5EMYA 1GCYA 4HU0A 3VU2A 3VGEA 1XH1A 2GJRA 1R87A 3VGHA 1HJXA 4B9YA 2CBIA 5CLTA 1OT1A 5I6SA 2UY2A 3QHOA 2WVTA 4OBSA 4BQ3A 1N82A 3OLEA 3KL5A 2VT0A 1K6AA 3PZIA 4W84A 3EDKA 4UOZA 1MWOA 4HZ7A 1CBGA 1UR9A 2WHLA 4PCSA 5DT5A 4HZ8A 5D9NA 2G3MA 4F79A 3CHDA 2C7FA 3PZVA 4N0RA 1NM9A 1UWRA 2ZE0A 1TZ7A 2ZXQA 4GI6A 3VIIA 3WFZA 1BHGA 1G5AA 1UQYA 2UY3A 3KL0A 1FHDA 3OZPA 1QI4A 4DUWA 4AZBA 4NRSA 5M03A 3DYMA 1HKIA 4AWEA 1TG7A 1JYVA 1FFRA 1GPFA 5A8OA 4CKQA 3SCUA 4UFLA 1EO7A 1TA3A 4OZOA 2EJ1A 2WANA 3CZJA 2VVNA 1BYBA 4U3CA 3WENA 1F4HA 2YKKA 3VIOA 3ARTA 1OB0A 4W93A 4JCLA 1UKSA 3WQ5A 3AZRA 1GJWA 1KGXA 6TAAA 3LPPA 1FOBA 2WMHA 3AMKA 3NIYA 3BSGA 1SYTA 4UFKA 2Y24A 2JE8A 2V3EA 5GNXA 1W1PA 2JF6A 2WW5A 1E40A 4AD1A 1VFMA 1VAHA 3DYOA 5E0FA 1V3JA 2FGLA 2DSKA 3K8LA 2W63A 3MMUA 3RM8A 2V38A 1BYDA 3CHFA 3N13A 2OWXA 1XD1A 4ZE4A 1EDQA 4AXNA 5I2UA 2OWWA 1WE5A 3SEPA 4M56A 3VGBA 1H4PA 3ARUA 1TMQA 3PZQA 2YBUA 3W81A 1ISWA 4S3KA 1BGGA 2WC3A 3PN8A 3RO8A 1DWIM 2YA1A 3WUEA 3ZMRA 1H0IA 4GINA 2WZIA 2VZSA 5D9MA 4UFMA 1UKOA 2WZHA 1EDGA 1R85A 3WF1A 2YDSA 3FN9A 3EMZA 1HXJA 2JIEA 1DWFM 5LA1A 1UD8A 3CGTA 5A6SA 4U33A 5DMYA 3PHAA 2E9BA 3L4UA 3WBAA 2G3JA 3CZGA 4J3UA 3WKZA 4UOQA 3NJ3A 3W53A 1L8NA 2XWDA 4CD6A 3VGGA 1CGWA 1XSJA 4HP5A 1LWJA 4J7RA 3WDRA 4NF7A 2YL8A 2DDXA 1UWQA 4MNKA 2DIJA 4KGJA 5E6YA 3TA9A 1BQCA 3WF4A 2WLYA 4Z2GA 2BY3A 2XIBA 1NWUA 4FLSA 1OT2A 1UA7A 1W3LA 4BQ5A 2GSJA 4HA1A 3N18A 1KBBA 1V0LA 3BC9A 5GQBA 1FP8A 1GOIA 2GJXA 2UY5A 2EPNA 1VB9A 4A4AA 1UKQA 1TUXA 1ZBCA 1JZ4A 3PZOA 3SUVA 1JL8A 2ZUTA 3EYPA 1US3A 4URIA 1PPIA 1JD7A 2WWCA 1KFWA 1QHZA 1QNRA 3NDZA 5IHSA 3BAKA 1OINA 5JIPA 3PZGA 4MB3A 4QP0A 1WZAA 1CGYA 1WPCA 4DUXA 3T0BA 4QCEA 1NWSA 3ZR6A 3AS3A 2WC7A 4QLLA 4D1IA 1NOFA 3AYSA 1E6NA 1B31A 4W8BA 2O9PA 3AHXA 1XSIA 4AD2A 3ARXA 4C7DA 1KR1A 1Z32X 2EPLX 1G01A 3NYDA 2ZOXA 2PI6A 4W5UA 2WYSA 3MU7A 1LLOA 4ATLA 1SR0A 4TVUA 1DEDA 4X9YA 5AC4A 2XYLA 1W9PA 1QW8A 1E56A 2VZVA 3JUGA 1JXKA 1CXFA 3FAWA 3GDBA 1VF8A 1CLXA 2CITA 2DIEA 4LYPA 5A8QA 2J7BA 1JDAA 2CKRA 2FHBA 3VO0A 3L2LA 1BYCA 4WKAA 5CGTA 1UH4A 2OSYA 4AY1A 1OWQA 1V0MA 1UR2A 4H8HA 4K68A 1CXLA 3AXXA 4CUCA 4JIEA 1R8LA 3BMVA 1JZ6A 3WDQA 2PBOA 1GQLA 1JAEA 4JHZA 4RE2A 2Y5EA 1QW9A 2ZUMA 1PEZA 5BROA 4UTFA 1JG9A 1V6YA 3N11A 3BXWA 1C8QA 3GNOA 4XUYA 1LG1A 4FF5A 4AZ6A 2A3EA 1HJVA 1ISXA 2ZX8A 3VINA 1Q6EA 3AROA 1E6PA 1DHKA 1KB3A 1RP8A 3T08A 4UOJA 3SUSA 1H0GA 2OYLA 1UKPA 3WMSA 4AZIA 1MVYA 5IFPA 2X8RA 3VOCA 1E73M 3CUHA 1GQJA 3VVGA 5EFFA 3A4XA 3N04A 4J3SA 2WHMA 1HP5A 1UH2A 1B3XA 2XIIA 3MMWA 3AS2A 1E9LA 3WUFA 4ZE5A 4HZ6A 1VEPA 3PZTA 3VKKA 4C7GA 1GVYA 2DSWA 3IAPA 2J7HA 5I23A 5A69A 4DUVA 5E6ZA 1OM0A 2WXDM 2ZWYA 1FH8A 1A3HA 1O6IA 1HKMA 1EOKA 4UFJA 4H41A 5A6AA 3SCVA 5CGMA 3CUFA 4M1RA 2BVDA 1B90A 5GNZA 4CN6A 1W2PA 1EHNA 1ISZA 1E4MM 1DP0A 1GVIA 1B3WA 1DWGM 3MMDA 4TVDA 2WKLA 4TUFA 3AXIA 3CZKA 5HPCA 1OIFA 3W26A 1WDQA 1KXTA 1GNXA 1J01A 2X0HA 1XH0A 2J7GA 2V3FA 4YHGA 1XYZA 3VX0A 1CZ1A 2VO5A 4NI3A 3MUIA 3L4WA 1HVXA 3QOKA 4PMDA 1UR4A 1QNOA 4LXFA 4W7WA 3WNMA 3IAQA 2DGAA 1H11A 2WKGA 4IPLA 3RPMA 1EA9C 1HJWA 4MNJA 3WH6A 4UCFA 1EGZA 3SCTA 3CUGA 3ZJ8A 3OZOA 2VX7A 4V27A 1C7SA 1XYFA 1BPLB 3SUUA 2WHKA 1VEMA 4D6CA 2A3HA 2X1IA 4L4PA 3OGRA 3J7HA 1SMDA 1VENA 1NWRA 4D6IA 1DWHM 3SUWA 2D20A 5M5DA 1R7OA 4TX8A 3W6LA 4JFUA 5C70A 1OGSA 2V5CA 1D3CA 1UD3A 3RJXA 5CLWA 5DFAA 4EK7A 1ECEA 1HT6A 4MB1A 1WNOA 4GI8A 1BG4A 3ZT7A 2CYGA 5CPTA 3AFBA 1JNEA 3EDDA 4GQRA 2QF8A 3S6TA 1OD8A 3WQ8A 2GK1B 2QMJA 2X2YA 2Y8VA 3VIMA 3AIBA 3PZNA 3L4VA 1BVNP 1I75A 4Z2HA 3WMBA 5A6KA 3AJ7A 5A6LA 3IK2A 3VNYA 1JXJA 3L4TA 3QR3A 5A8NA 5LYRA 4V28A 2WZEA 4DWSA 1W9XA 3VGFA 1ZS2A 4CGTA 1LG2A 1ISVA 2BHUA 1VJSA 4W89A 1UA3A 5A2AA 2CESA 4XB3A 5M3WA 2G3IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2RGL A;  2J47 A;  3DHP A;  3W24 A;  2AOS A;  4Z2L A;  5EBA A;  1V6X A;  1FP9 A;  2E9L A;  3ZR5 A;  3HN3 A;  2DSV A;  1I1W A;  3OBA A;  4MNM A;  4JAW A;  1ZL1 A;  4JL1 A;  3ZT5 A;  3OLG A;  3D3A A;  4PTW A;  1V3M A;  3CUJ A;  3VDC A;  4AZ5 A;  3IJ9 A;  5LA2 A;  1JND A;  2F2H A;  3SCN A;  4HA4 A;  4W87 A;  1CGV A;  3BAW A;  3WEM A;  4BQ2 A;  4PMV A;  1E6Q M;  1QPK A;  4RL3 A;  3PTQ A;  4PSP A;  1UH3 A;  3VM7 A;  1OCQ A;  1JYN A;  1KGU A;  5A8P A;  2ZUW A;  3EDF A;  1GOO A;  2DH2 A;  3WQ6 A;  3M6D A;  3RJY A;  1E43 A;  2ZXA A;  2DH3 A;  1CWY A;  4CD8 A;  2XGI A;  1WZK A;  2ZUV A;  3FND A;  3MUZ 1;  1JZ2 A;  1J18 A;  1WZM A;  4EE9 A;  3UET A;  1CNV A;  3N12 A;  2J62 A;  2QHA A;  1KXH A;  1E0X A;  2GUY A;  2E4T A;  4X0N A;  1W9D M;  2AMG A;  3F5J A;  1SFS A;  1Q6D A;  2BY1 A;  3AQU A;  2CHO A;  2WCA A;  2DSU A;  5I24 A;  1GHS A;  2JFE X;  2CBJ A;  1XHG A;  1UKT A;  3UR8 A;  3BLK A;  3S2C A;  1E0V A;  2PWH A;  2W91 A;  3MKK A;  3UR7 A;  4WIW A;  3ARP A;  1M53 A;  1B2Y A;  4V2X A;  2WNW A;  2XM1 A; 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