The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
87
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sequence length |
311
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structure length |
311
|
Chain Sequence |
VSPPPPIADEPLTVNTGIYLIECYSLDDKAETFKVNAFLSLSWKDRRLAFDPVRSGVRVKTYEPEAIWIPEIRFVNVENARDADVVDISVSPDGTVQYLERFSARVLSPLDFRRYPFDSQTLHIYLIVRSVDTRNIVLAVDLEKVGKNDDVFLTGWDIESFTAVVKPANFALEDRLESKLDYQLRISRQYFSYIPNIILPMLFILFISWTAFWSTSYEANVTLVVSTLIAHIAFNILVETNLPKTPYMTYTGAIIFMIYLFYFVAVIEVTVQHYLKVESQPARAASITRASRIAFPVVFLLANIILAFLFF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
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| source organism |
Gloeobacter violaceus (strain pcc 7421)
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| publication title |
Crystal Structure of membrane protein.
rcsb |
| molecule keywords |
Proton-gated ion channel
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| total genus |
87
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| structure length |
311
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| sequence length |
311
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, | Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AFH A; 3RHW A; 5CO5 A; 2BJ0 A; 3SQ6 A; 5FJV A; 3P4W A; 3IGQ A; 5LXB A; 5AFK A; 3WTI A; 2Y56 A; 4BFQ A; 2MAW A; 5L4H A; 2WNC A; 3UQ7 A; 2XYT A; 3RI5 A; 3U8L A; 1OED C; 4TWH A; 3RIF A; 4ILB A; 5AFJ A; 4D01 A; 5HEH A; 5BP0 A; 3EAM A; 3UUB A; 4TWF A; 2XQ6 A; 2YOE A; 3UU6 A; 2W8G A; 3UU3 A; 5L4E A; 3WTM A; 2BYP A; 2KSR A; 4HQP A; 2BR8 A; 2W8F A; 4Z91 A; 2PGZ A; 4PIR A; 3WTO A; 4UM3 S; 5BRX A; 2WNJ A; 4ZJS A; 2VL0 A; 4UM1 A; 3ZDG A; 4EZ1 A; 3RQW A; 5AFM A; 4XK9 A; 2M6I A; 2Y58 A; 5HCJ A; 4QAC A; 2BG9 C; 3PMZ A; 2XZ6 A; 2XQ9 A; 5HEG A; 2C9T A; 3PEO A; 4HFD A; 2BG9 B; 5BW2 A; 5KZU A; 2XYS A; 2XQ4 A; 4HFE A; 5LG3 A; 3UU8 A; 5HEJ A; 3UU5 A; 4X5T A; 4ZZC A; 3U8M A; 2YME A; 5SYO A; 5AFN A; 2ZJU A; 1OED B; 2M6B A; 3JAF A; 3U8K A; 5JME A; 4AFT A; 3JAE A; 2YKS A; 4LML A; 2BYS A; 4UY2 A; 3T4M A; 4ZK1 A; 1I9B A; 4QH5 A; 5L47 A; 4HFH A; 2Y57 A; 4TWD A; 2Y7Y A; 4B5D A; 2XNT A; 5J5F A; 4UM3 A; 4NPP A; 3UU4 A; 1UW6 A; 2LKG A; 5HEO A; 4Z90 A; 3WTH A; 1UX2 A; 3P50 A; 4LMK A; 5HEU A; 5IUX A; 2X00 A; 4QAB A; 3TLW A; 4COF A; 4ZRU A; 3EHZ A; 2XNV A; 2WN9 A; 2PH9 A; 2WZY A; 5AFH A; 5J5H A; 3WTJ A; 3C84 A; 3SH1 A; 3RIA A; 3WTL A; 1OED E; 3TLS A; 2BYQ A; 4HFI A; 2XNU A; 3EI0 A; 4ZK4 A; 2Y54 A; 3JAD A; 2XZ5 A; 4ZJT A; 3SIO A; 3SQ9 A; 5J0Z A; 2XQ5 A; 4QAA A; 2LLY A; 4LMJ A; 3WTN A; 5AFM B; 3ZKR A; 5AFL A; 4WV9 A; 5KE4 A; 4HFC A; 2X00 D; 3WIP A; 4A97 A; 4FRR A; 4XHE A; 3UQ4 A; 4F8H A; 4AFG A; 4UM3 P; 2XQ3 A; 2XQA A; 4HFB A; 2BG9 E; 3C79 A; 4ZR6 A; 4BQT A; 2XQ8 A; 2BYN A; 3WTK A; 4TNW A; 3U8N A; 4ILC A; 4IL9 A; 2ZJV A; 2YMD A; 4NZB A; 4ILA A; 4TNV A; 4IL4 A; 2WNL A; 5CFB A; 4IRE A; 2BG9 A; 5TVC A; 2UZ6 A; 5J5I A; 2QC1 B; 3TLV A; 2YN6 A; 2LKH A; 2XQ7 A; 3U8J A; 3RQU A; 4ZZB A; 2LM2 A; 2BR7 A; 4QH4 A; 5J5G A; 3LSV A; 1OED A; 4DBM A; 1UV6 A; 4QH1 A; 3TLT A; 5HCM A; 4ALX A; 4A98 A; 3TLU A; 2BYR A; 3ZDH A; 5AIN A; 4UXU A; 3GUA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WAK A; 2XPK A; 5DJQ C; 2YU1 A; 3GA8 A; 3IGQ A; 2LSI A; 5AFK A; 2YU2 A; 5HXC A; 1OED C; 5AQF B; 4ZI2 C; 3ZMT B; 4AKG A; 3EAM A; 4U31 A; 2JQ9 A; 2LSG A; 4PAG A; 1LKX A; 2BYP A; 3V5U A; 4O4H E; 3M3Z B; 2JMH A; 1XNR T; 3CWZ B; 4H9O C; 4AQG A; 1L0V A; 1N32 T; 3P4P A; 3CK6 A; 2IDO B; 4I50 E; 5KMG P; 2BKP A; 4HWC A; 2IAK A; 2WMO A; 2M6B A; 3MAC A; 4PFP A; 2Y57 A; 5J5F A; 1KEY A; 1UX2 A; 4H63 H; 2J47 A; 4ISS A; 4XAX B; 4GOU A; 2XJ7 A; 2ZM0 A; 5FVL A; 3ZPO A; 4ZI3 D; 3SIO A; 4IHJ E; 5J0Z A; 5A1L A; 1MMA A; 3I0Q A; 1UGO A; 2ZMA A; 3C79 A; 3AEG A; 3ZLI A; 3LBX A; 2CXF A; 4IRE A; 4QXH B; 2QVA A; 3CQC B; 3H37 A; 2LRK A; 3H3A A; 1UUR A; 3N9L A; 1O3X A; 2XY8 B; 5L3F B; 4UM3 A; 3HKB E; 5FXX A; 4ADZ A; 3H3M A; 4TX5 A; 3RIF A; 4ILB A; 2XZE A; 3J9X 1; 1MMD A; 3BK9 A; 5L4E A; 2FJD A; 5EZY E; 5H6Q B; 1QSD A; 1WLX A; 1D0X A; 4DV0 T; 1ZOY A; 2KWH A; 3N9N A; 2M6I A; 5FP3 A; 2E9X B; 2K24 A; 3PEO A; 4HEA A; 2XAJ B; 3ZJ2 A; 2L3L A; 3UU8 A; 3NWI A; 2XAH B; 4GK0 E; 1NAF A; 2CE7 A; 4LFC T; 1SA0 E; 4UV9 B; 2K48 A; 5JR9 A; 4OX9 T; 2H3R A; 2PBI A; 3P4Q A; 5HEU A; 2HPJ A; 2WDR A; 4UF0 A; 3JC6 C; 2SPC A; 1IBL T; 2MPK A; 4E7S A; 3NKZ A; 4AKL A; 2Y54 A; 4DO0 A; 3SQ9 A; 3Q5E A; 2FJB A; 3RKG A; 3RC8 A; 4A97 A; 2N1G A; 5ETW A; 4HFB A; 4YFS A; 3ZSS A; 3NZQ A; 4AI6 A; 2BS2 A; 4OHF A; 4EB6 E; 2BVL A; 5KX5 E; 3TLV A; 2X66 A; 2CCQ A; 3ONL C; 3MXZ A; 5J5G A; 4ALX A; 1G73 A; 2BBJ A; 3LK2 B; 3PUV F; 1D1B A; 2BS4 A; 2V6Y B; 2XHE B; 4QX7 B; 4NIQ A; 2FJE A; 2WY2 A; 3RYC E; 4X20 E; 4CI2 B; 3VKH A; 5DAB A; 2Q9Q A; 4Z91 A; 5BRX A; 2WNJ A; 1UK5 A; 4PFO A; 5GON E; 5AFM A; 5CB4 E; 4LFB T; 1YXR A; 5L3C B; 3BQI A; 3PE0 A; 4DVD A; 5KZU A; 3E22 E; 3AAE B; 3KBT A; 2CXL A; 1HCI A; 5HWX A; 3PU8 A; 4AXP A; 2PH9 A; 2WBL A; 4HWF A; 4AKH A; 2WB5 A; 3HR0 A; 2V8S V; 2W0G A; 2CLY C; 2H7V C; 3ZKR A; 2UXN B; 3NVO A; 4F8H A; 1SHZ C; 4GYS A; 4CXW A; 3C4W A; 3C50 A; 4NZB A; 2CA5 A; 5CFB A; 2HN1 A; 4HWH A; 2D9D A; 2QC1 B; 3A5X A; 3QUJ A; 5LG4 A; 2KLQ A; 3HI2 A; 3KBU A; 2W67 A; 1UV6 A; 1FEW A; 2V7J A; 3SWH A; 1UX5 A; 5FVK A; 5HXS A; 4K0U A; 3RHW A; 4P0A A; 5AQI B; 3AA1 B; 3AXJ B; 4BA9 A; 4D01 A; 5BP0 A; 3UUB A; 3RYF E; 2P9B A; 2LE8 A; 2YDQ A; 3UU3 A; 5JDN A; 3N5L A; 2X9W A; 2UU9 T; 4AKR B; 2X9X A; 1HF8 A; 3B13 A; 4UM3 S; 2BVM A; 2E5V A; 5AQU B; 4ZJS A; 5E0O A; 3N2K E; 2BG9 C; 3L39 A; 4HFD A; 4IDP A; 5FY0 A; 4JI5 T; 4BJN A; 2ACZ A; 4X5T A; 3U8M A; 5AFN A; 3JAF A; 3AE7 A; 5HXR A; 1HS7 A; 4ZRU A; 4NUV A; 5AFH A; 3N9P A; 2X9H A; 3OBV E; 3TLS A; 4K0K T; 4ZK4 A; 3Q2M A; 4IE4 A; 2XSB A; 2HH7 A; 3VR9 A; 2XZ5 A; 4DR2 T; 4ZJT A; 2I6H A; 4X1K E; 1XMO T; 1E2A A; 5KE4 A; 2GK9 A; 1VCT A; 3PUZ F; 1HNZ T; 2LEH A; 2C5I T; 3WTK A; 5FY7 A; 2ZJV A; 2BDE A; 2CMR A; 4IL4 A; 3D0T A; 3TKL B; 5JDM A; 4B3M T; 2UXX B; 3K3Q C; 5LHG B; 4DBM A; 2VUR A; 5AFU L; 4CI3 B; 3S4U A; 1D1C A; 1WFD A; 4YTN A; 4GYR A; 3FB2 A; 3P4W A; 3C98 B; 3WTI A; 2MAW A; 5HEH A; 4EXT A; 2UUC T; 5CJ5 A; 1CUN A; 4EAH A; 4XK9 A; 3LBX B; 4JI2 T; 4G63 A; 1NEN A; 2W62 A; 4I43 B; 4TZ4 C; 1WYB A; 1S94 A; 1J1J A; 1QUU A; 4AKI A; 3KVB A; 4UY2 A; 1KF6 A; 3T4M A; 4B5D A; 3UU4 A; 3AVS A; 2XAQ B; 2NW9 A; 2NW7 A; 1JNZ A; 3P7I A; 3CVR A; 3E08 A; 4H9N C; 5JRE A; 4HGA A; 4OFZ A; 4MLK A; 5LOV E; 4WV9 A; 2X00 D; 1FJG T; 2NWB A; 4UM3 P; 4P0B A; 4X1I E; 4DV6 T; 5HAX A; 2L8K A; 3ZT7 A; 3FXD B; 1KFY A; 1W09 A; 2EHO D; 3F31 A; 5DQV A; 5JR9 B; 3FBZ A; 3M65 A; 3I1A A; 2V7M A; 5LP6 E; 4UXU A; 4UF0 B; 4WYV A; 5KXJ A; 1MND A; 4UXN B; 4DR4 T; 2NP9 A; 2WNC A; 3LK3 B; 4TWH A; 4HE8 A; 2MOZ A; 2IC9 A; 3ZMU B; 4DUY T; 3O4X E; 1NEK A; 1HG2 A; 2R6G F; 4CXX A; 3KFW X; 3K3O A; 2C9T A; 3C64 A; 1W0A A; 2PTF A; 2ODU A; 4KBM B; 5HEJ A; 1J5W A; 4ZOL E; 4B6X A; 3ZN0 B; 5JME A; 2BKO A; 4PK6 A; 3N9Q A; 3DJB A; 4ZK1 A; 2XQY A; 4LML A; 4EOZ B; 4L5G A; 4JI8 T; 5AQG B; 4HFH A; 2Y7Y A; 4CZZ B; 2ZLY A; 1UW6 A; 5LHH B; 2NR4 A; 3UT5 E; 3NBX X; 3VR8 A; 3LDQ B; 3N9M A; 1IZN B; 2DNX A; 1G8X A; 2BZB A; 2Q9Q B; 4LMJ A; 1M62 A; 2BKN A; 1MMN A; 1XNQ T; 2QGS A; 4YY3 T; 5AFM B; 2E2A A; 4DR1 T; 4EZH A; 4KUM B; 4DND A; 5JTG A; 1OXZ A; 2I59 A; 1M7K A; 3U8N A; 4ILC A; 3L8R A; 2LHR A; 2OV9 A; 2VL8 A; 1Z0P A; 4LF6 T; 2YN6 A; 4YTP A; 3K8P C; 5AQO B; 2FUP A; 3ZDH A; 1FMW A; 1MIW A; 2CBI A; 4AFH A; 3UUL A; 3OVU A; 2XTL A; 5AQM B; 3CX7 B; 4YXD A; 4CN6 A; 4QXC B; 4DV2 T; 4DR7 T; 2W2U A; 5F3J A; 4I4T E; 4WBN E; 2YOE A; 5JDQ A; 3PUS A; 4O2A E; 2YDR A; 4EYY R; 5LB7 B; 2BR8 A; 3AE9 A; 4XZC A; 3WTO A; 2WZI A; 2UXB T; 5FY1 A; 4UR9 A; 2LJL A; 3RC3 A; 3AAI A; 2WZH A; 1MIV A; 4O4L E; 3N9O A; 5LG3 A; 4EZ4 A; 3U8K A; 3JAE A; 4MAL A; 4CXY A; 1I9B A; 3L09 A; 3JCF A; 1QLB A; 5HEO A; 4DV1 T; 3WTH A; 4Z8X A; 2V26 A; 3NZP A; 2YDS A; 2XSA A; 3IA3 A; 2WZY A; 4AQF C; 2LM9 A; 3OJA A; 3WTJ A; 3C84 A; 5ADX L; 4YJ3 E; 4HFI A; 3EI0 A; 3A8Y C; 1YQ3 A; 2QYW A; 5FYM A; 1I94 T; 5AFL A; 4DMW A; 1KNP A; 2RP4 A; 5ABF A; 3ZC1 A; 2XQ3 A; 2XQA A; 1UUS A; 3C4Z A; 4DV3 T; 1DU2 A; 4U72 A; 4M1P A; 4UVA B; 1E7P A; 4X64 T; 2BG9 A; 5LCY A; 4IE6 A; 3KDS E; 4O2B E; 1X9B A; 2W61 A; 3VU7 H; 3HKD E; 3TLT A; 5HCM A; 4UVB B; 3TLU A; 2BS3 A; 5LA6 E; 4PW8 A; 1IJ6 A; 4KHP T; 2WS3 A; 4BFQ A; 5AQN B; 5J1G A; 1XDO A; 2XYT A; 4WZX A; 4BAY B; 5CGM A; 3O1H A; 5HWY A; 4HTE A; 2XAG B; 2VL0 A; 4JI6 T; 1VCS A; 2KT9 A; 4A5X A; 3RKO A; 5EK4 A; 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3MA9 A; 2D5U A; 4GKJ T; 5J2T E; 4ASK A; 2IUB A; 3RYH E; 5JR9 C; 4DBR A; 4LF5 T; 2V5D A; 3I0O A; 2EHO A; 2LSJ A; 4QHO A; 1WYC A; 2KXP B; 4IDQ A; 1OWA A; 4IDZ A; 1J5E T; 1ZV4 X; 3ZYK A; 3ONJ A; 4U33 A; 2NTX A; 4ZZB A; 5AQV B; 3CX8 B; 1OED A; 3RRW A; 4MBQ A; 2BJ0 A; 4ZS3 A; 4TN7 B; 5FXV A; 4EED A; 3OPC A; 2X67 A; 3QC9 A; 2L9Q A; 3MK7 C; 4TWF A; 4FJO A; 3WTM A; 1BR0 A; 3ZJ1 A; 3P8C D; 4HQP A; 2CPT A; 4IE5 A; 3ETV A; 2Y58 A; 1GQE A; 4QXB B; 1T8B A; 5HEG A; 2V1D B; 4DR6 T; 2XQ4 A; 4HFE A; 5CA1 E; 2Q9Q C; 4JI3 T; 4IE0 A; 4DBQ A; 1WR0 A; 3EVY A; 1MIY A; 3AB3 B; 1R8I A; 5ABE A; 5FL0 A; 2CWY A; 3MKD A; 3AEB A; 2Z6E A; 5J2U E; 3EHZ A; 3O1I A; 3SH1 A; 5ABG A; 5AQP B; 3V5S A; 5AQQ B; 1BR4 A; 3OYZ A; 1UX4 A; 4WNK A; 2KZ7 B; 2ZM2 A; 3GN5 A; 4AQY T; 5JRC A; 4X66 T; 5C8Y E; 2X51 A; 1T98 A; 3J7Y q; 2NOX A; 2E5L T; 3K3N A; 2CXD A; 3UFG A; 1ZEE A; 3ZYM A; 4U2Y A; 4EGW A; 5TVC A; 1KNZ A; 3U8J A; 2LM2 A; 4O4J E; 4QH1 A; 2MYS A; 5AIN A; 4YHH T; 3AVR A; 5AQS B; 3SFE A; 4EV6 A; 4PK4 A; 2BBH A; 3RI5 A; 5AFJ A; 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