The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
232
|
sequence length |
687
|
structure length |
687
|
Chain Sequence |
GQEKLYIEKELSWLSFNERVLQEAADKSNPLIERMRFLGIYSNNLDEFYKVRFAELKRRIIISEEQGSNSHSRHLLGKIQSRVLKADQEFDGLYNELLLEMARNQIFLINERQLSVNQQNWLRHYFKQYLRQHITPILINPDTDLVQFLKDDYTYLAVEIIRGDTIRYALLEIPSDKVPRFVNLPPEAPRRRKPMILLDNILRYCLDDIFKGFFDYDALNAYSMKMTRDAEYDLVHEMEASLMELMSSSLKQRLTAEPVRFVYQRDMPNALVEVLREKLTISRYDSIVPGGRYHNFKDFINFPNVGKANLVNKPLPRLRHIWFDKAQFRNGFDAIRERDVLLYYPYHTFEHVLELLRQASFDPSVLAIKINIYRVAKDSRIIDSMIHAAHNGKKVTVVVELQARFDEEANIHWAKRLTEAGVHVIFSAPGLKIHAKLFLISRKENGEVVRYAHIGTGNFNEKTARLYTDYSLLTADARITNEVRRVFNFIENPYRPVTFDYLMVSPQNSRRLLYEMVDREIANAQQGLPSGITLKLNNLVDKGLVDRLYAASSSGVPVNLLVRGMCSLIPNLEGISDNIRAISIVDRYLEHDRVYIFENGGDKKVYLSSADWMTRNIDYRIEVATPLLDPRLKQRVLDIIDILFSDTVKARYIDKELSNRYVPRGNRRKVRAQLAIYDYIKSLEQPE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of a polyphosphate kinase and its implications for polyphosphate synthesis
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Escherichia coli
|
molecule keywords |
Polyphosphate kinase
|
total genus |
232
|
structure length |
687
|
sequence length |
687
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature |
ec
2.7.4.1: Polyphosphate kinase. |
pdb deposition date | 2004-09-07 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02503 | PP_kinase | Polyphosphate kinase middle domain |
A | PF13089 | PP_kinase_N | Polyphosphate kinase N-terminal domain |
A | PF13090 | PP_kinase_C | Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 |
A | PF17941 | PP_kinase_C_1 | Polyphosphate kinase C-terminal domain 1 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Polyphosphate kinase N-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Endonuclease; Chain A | Endonuclease Chain A | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Endonuclease; Chain A | Endonuclease Chain A | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | polyphosphate kinase like | Polyphosphate kinase middle domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MU9 A; 1Q32 A; 1V0T A; 4GEN A; 1BYS A; 1RG1 A; 2C1L A; 3SQ5 A; 1XDP A; 1RGU A; 2ZE4 A; 3SQ8 A; 1QZQ A; 1RGT A; 3HSI A; 3QPH A; 5BPI A; 1RH0 A; 1V0U A; 1V0V A; 2F5T X; 5BQT A; 4GEM A; 1RG2 A; 1MU7 A; 5BOX A; 4GGK A; 1V0S A; 1BYR A; 4RCT A; 1JY1 A; 1RFI A; 1F0I A; 1XDO A; 1V0R A; 1RFF A; 4H4A A; 1V0W A; 4URJ A; 2ZE9 A; 1V0Y A; 5LZK A; 5BPD A; 4GGJ A; 3SQ3 A; 3SQ7 A; 4GEL A; 1NOP A; 2O8R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C50 A; 5JR9 B; 1V0T A; 3RYI E; 4QHO A; 2UXB T; 4PJL A; 1Z8U A; 2LEH A; 3KV6 A; 1N33 T; 3TLT A; 2XHE B; 2CA5 A; 5CA1 E; 3MA9 A; 3MKD A; 3JAF A; 2KWH A; 1ZV4 X; 2BS4 A; 3I0Q A; 2DWK A; 5LG4 A; 5CJ5 A; 2V1D B; 4HKA A; 2KLQ A; 1OED E; 4DV7 T; 3GA8 A; 5AQJ B; 5HXR A; 4YHH T; 5JDG A; 5BQT A; 4K0K T; 3C4X A; 2J47 A; 1HNW T; 4X1K E; 4GOU A; 4DV0 T; 3KVA A; 5ABF B; 4BJN A; 1NAF A; 2IC6 A; 3LSV A; 4E7Z A; 2N9D A; 5LGU B; 4HWI B; 3OYZ A; 2F5T X; 3SFD A; 5LNK A; 1QLB A; 4EZH A; 2JQK A; 3P4Q A; 5JDM A; 4HWD A; 4EIW A; 3ZKR A; 3VR8 A; 1HG5 A; 2BKN A; 5HXE A; 3ONX A; 2D2S A; 3EDV A; 5L3E B; 2HH7 A; 4GYS A; 2X9H A; 1BR0 A; 5LGN B; 2E9X A; 3ZMT B; 2UXX B; 4KI0 F; 3FBZ A; 4MHC A; 4E7S A; 4DR5 T; 2FJB A; 3M3Z B; 1YXR A; 2DWG A; 2Q9Q A; 4DO0 A; 4KBM B; 4HFE A; 1XWM A; 3CPZ A; 1LVK A; 4F6R C; 2CHN A; 2MYS A; 3Q5W A; 3VR9 A; 3AA0 B; 4AIS A; 2X9W A; 5CA0 E; 3ONL C; 1XMO T; 2F4V T; 1JNZ A; 2HPJ A; 3ZC1 A; 3VKG A; 5FYM A; 4GKK T; 1KK7 A; 4RCT A; 1MIV A; 2J4G A; 3ZJ1 A; 5J2T E; 3R6N A; 3PU3 A; 4EEB A; 3CVR A; 2PFV A; 4TV9 E; 3SOL A; 5AQF B; 3P4W A; 1Q32 A; 2XSB A; 1J5E T; 3UUB A; 5LYJ E; 3F31 A; 2DCF A; 2Q9Q D; 2Y6X A; 3AED A; 4HFV A; 1RFI A; 3UU3 A; 2V26 A; 4U2Z A; 5ABH A; 1V0W A; 2ZE9 A; 5ABG A; 5C2T A; 5HCM A; 2ACZ A; 1HR0 T; 4TWF A; 2YOE A; 4YSY A; 4JI2 T; 2XPK A; 5AQQ B; 4UV9 B; 4CI2 B; 1SHZ C; 1QSD A; 4DR3 T; 3HKE E; 3UT5 E; 4QKN A; 2ZLY A; 4AKL A; 2X0L B; 3QUJ A; 5DQV A; 3NBX X; 4G2A A; 2UXN B; 4QXC B; 5LG3 A; 2CLY C; 3AE9 A; 3AEE A; 3AB3 B; 5DQW A; 1VSR A; 5JRC B; 4LF5 T; 3N9Q A; 5HXC A; 2UUB T; 1ODG A; 4IE4 A; 3UUL A; 4UXN B; 5IUX A; 2WMO A; 1MIY A; 5AQV B; 5AQH B; 3PUX F; 2E5V A; 5L3G B; 4JYA T; 2JJ9 A; 4Z90 A; 2BVM A; 2D0U A; 5FY7 A; 3UUM A; 4TNW A; 1D1A A; 2CXL A; 4KMC A; 1YKH B; 4OHF A; 3AA1 B; 3OTO T; 1V0S A; 1OED C; 1T7S A; 3N2O A; 5AQN B; 3K1S A; 4NIQ A; 2CM0 A; 4O4I E; 5ABF A; 2J62 A; 3T8O A; 3IHR A; 3E22 E; 2CWO A; 1MMD A; 3TKL B; 2XQ8 A; 2ZM2 A; 3JAE A; 3CX6 B; 4AKH A; 4I55 E; 2XQ4 A; 5E0O A; 3NZP A; 3FZF B; 2K5B B; 4DR6 T; 3ANW B; 1KF6 A; 2XTL A; 2VKO A; 1XZY A; 5HWX A; 1KNR A; 2ZMA A; 3TLW A; 5F5W A; 2NTY A; 3SFE A; 3P4P A; 4QXH B; 4GIW A; 3AEB A; 4EOZ B; 1FMW A; 2ES0 A; 2OLT A; 3QC9 A; 5L47 A; 4N78 D; 5F8P A; 3AE1 A; 3ZC0 A; 2HN1 A; 1WYC A; 1I6Z A; 4ZS3 A; 2W0G A; 5JDH A; 3UU8 A; 4ZZC A; 4EAH A; 2AXD S; 2RA1 A; 4EGW A; 2CEA A; 5AQL B; 4WW0 A; 4CXY A; 1RG1 A; 2YU2 A; 2MAW A; 5LJM A; 2V7L A; 3I9W A; 4H63 H; 1RG2 A; 1DU2 A; 2BG9 A; 2W62 A; 2LRK A; 2X9Y A; 4IE6 A; 2IC9 A; 2FUP A; 3AXJ B; 2HHH T; 5J1G A; 4LMJ A; 5FMN A; 1HNX T; 3RRC A; 2H88 A; 5JDN A; 5HYA A; 3B57 A; 2LSJ A; 5GON E; 4A56 A; 2Y48 B; 1W0B A; 2XQ3 A; 3N9M A; 1I94 T; 2LSI A; 1XNR T; 1WRD A; 4ILA A; 4OK0 A; 1XDO A; 2CE7 A; 5KDM C; 5ADX L; 2W00 A; 1VCS A; 4I0U A; 4ADZ A; 4ZI2 C; 1V9D A; 4ZI2 D; 3MAC A; 3KV5 A; 3SQ8 A; 2DLR A; 3FZM B; 3FZH B; 4B3M T; 1LRZ A; 5BOX A; 3Q5X A; 2UUC T; 4YHJ A; 3PUW F; 5C8Y E; 4X66 T; 3K3N A; 3TLU A; 3FZK B; 4CI1 B; 4HGA A; 1N32 T; 3EDU A; 2IW5 B; 1Y64 B; 2IDO B; 3CX7 B; 4IGU A; 3P50 A; 4AQG A; 4AQY T; 4GEM A; 1FJG T; 4B3S T; 3DP7 A; 4MFR A; 2N2N A; 1N34 T; 3L8R A; 4PNI A; 4EED A; 1CUN A; 4P0A A; 3HI2 A; 2LJL A; 4YJ2 E; 3E08 A; 3PDY A; 4U33 A; 3AEA A; 2WZI A; 2V8S V; 3ZMS B; 1V0R A; 3PE0 A; 4Q25 A; 4C90 A; 4JEH B; 3OBV E; 2XZE A; 2ODV A; 5JDQ A; 4DV2 T; 2X66 A; 3SS1 A; 4X62 T; 2NW8 A; 2VVS A; 3S4U A; 2CWY A; 3RQW A; 3RRW A; 4IDP A; 5KMG P; 1BYR A; 4OFZ A; 5BMV E; 2WB5 A; 2WU2 A; 2P9B A; 4IIJ E; 1YW0 A; 5HXS A; 2CLY B; 1ZOY A; 2MBG A; 4OX9 T; 2KSR A; 5CB4 E; 2VKH A; 1OXZ A; 2W61 A; 1LKX A; 4KX6 A; 2VQF T; 4P0B A; 2WBL A; 3GWH A; 4P1N A; 1VOM A; 4DR1 T; 4DBR A; 3CKD A; 2CPT A; 3FHN A; 4DR2 T; 1FMV A; 4PK4 A; 5HEU A; 3Q2M A; 3HSI A; 4U74 A; 1U4Q A; 4PJM A; 4PJJ A; 3ZMZ B; 4BJM A; 1OED B; 2L8K A; 4U72 A; 2M6I A; 3MJX A; 5LMU T; 2VAS A; 2MOZ A; 2YKS A; 3ZPO A; 4J2C A; 5LB7 B; 3ZMV B; 4X5T A; 4WBO A; 4AKG A; 4YLH A; 3AEC A; 2V6X A; 3AEF A; 2L3L A; 1JY1 A; 1GQE A; 5FXV A; 1CW0 A; 4IRE A; 2V6Y A; 3AE5 A; 2WWV A; 2PG8 A; 4Z8X A; 2WZH A; 4CN4 A; 3FBL A; 1WR0 A; 5AQK B; 3RPU A; 3A5X A; 2V7I A; 3EHZ A; 3UU4 A; 4QXB B; 4YSZ A; 4U2Y A; 3RIU C; 3AAE B; 4YTN A; 2CHO A; 2A72 A; 4P09 A; 3RLF F; 5EK2 A; 4LFC T; 2WDV A; 3SQ5 A; 3UQ4 A; 3LBX B; 2I0M A; 3T1H T; 1HFA A; 5LJN A; 4DV3 T; 4UVB B; 1MU7 A; 2X67 A; 2XQA A; 3PUY F; 2LM9 A; 5C3J A; 2AE9 A; 1NOP A; 5JRE A; 2KZ7 B; 3N9N A; 3WAK A; 3PJA A; 1EZ3 A; 5JDF A; 3RHW A; 4HTE A; 5LP6 E; 4KP3 C; 1SUM B; 2WP9 A; 1RH0 A; 2H7O A; 4NUV A; 3OJA A; 2VL0 A; 3C4Z A; 3FXD B; 4ASK A; 1VCT A; 2G0U A; 3H37 A; 4KUM B; 2NOX A; 5LA6 E; 2BS2 A; 4ANJ A; 3N9L A; 2KWI B; 4ILB A; 2LHN A; 4U7I A; 1RGU A; 2V5D A; 2IHR 1; 5JH7 E; 4HWH A; 3QPH A; 3HA4 A; 4A97 A; 2ZM8 A; 1WCR A; 4DVD A; 5LBQ B; 2E9X C; 1AJ3 A; 2E9X D; 4NUU A; 1E1H B; 4ILU A; 3U3I A; 2WS3 A; 2KIN B; 3P7I A; 1D0Y A; 3I9Y A; 4X20 E; 3AE2 A; 2Q9Q C; 3I0O A; 1JNR A; 5L4H A; 3LG7 A; 3GMI A; 1UX4 A; 2EHO B; 3PUG A; 4MLK A; 2ACX A; 3F2E A; 4GEL A; 3O1I A; 3RF1 A; 1O3X A; 4V1A v; 3PUZ F; 2XQ6 A; 2LM2 A; 1T72 A; 2BG9 E; 1V0U A; 4MAL A; 5HXH A; 3O1H A; 3PUV F; 3O9X A; 2QA7 A; 5L3D B; 3K3Q C; 2JQ9 A; 4ZOL E; 1Z0P A; 3JC6 D; 4TX5 A; 3RYF E; 3T1Y T; 3AE6 A; 5JR9 A; 1BR2 A; 4X1I E; 1HG2 A; 4IT4 A; 4NXM T; 1NWM X; 4X1Y E; 3KV9 A; 5JDL A; 4AXP A; 2GK9 A; 2NR4 A; 5AQI B; 3BK9 A; 2BS3 A; 4LML A; 5H6R B; 4ISS A; 3ZYM A; 2XAF B; 5IYZ E; 2OA5 A; 2RP4 A; 1L0V A; 4OYJ A; 4TN7 B; 3KVB A; 4TV8 E; 5HEO A; 4YTP A; 4X64 T; 1MMN A; 2WDQ A; 3FZL B; 3N9O A; 1KNP A; 3CQG B; 1KNZ A; 2QRX A; 1MMG A; 3K8P C; 5IHY A; 3N2K E; 4YT0 A; 2BKO A; 1J5W A; 2LE8 A; 2W63 A; 4AQF A; 3AE7 A; 2X0Y A; 3ZN1 B; 3HKD E; 2XAJ B; 5J2U E; 3UU5 A; 4H9O C; 2LRL A; 1IZN B; 4AIU A; 3RYC E; 2FJA A; 2K9A A; 2XAH B; 4YXD A; 4YSX A; 3LBX A; 2MTQ A; 5LBM A; 3RIA A; 2C5I T; 2FJD A; 3GN5 B; 2JQQ A; 2ODU A; 3LK3 B; 4IDO A; 4BA9 A; 4AI6 A; 2YDR A; 4WYV A; 4HFC A; 2WDR A; 2CBI A; 1X9B A; 3ZYK A; 3RQU A; 3ZST A; 5F3J A; 4JI5 T; 4DMV A; 2VB6 A; 2K3W A; 2LKG A; 3PUR A; 1HTJ F; 5FXZ A; 2CMR A; 3V5S A; 5AFU L; 1BR4 A; 2I59 A; 3BQK A; 3DTO A; 2VK9 A; 3NVO A; 1LVF A; 2WCA A; 2ZM6 T; 2UXC T; 4YTM A; 4HEA A; 2WY2 A; 3N5L A; 3C4W A; 2K24 A; 1E2A A; 4LF8 T; 2XAG B; 3O4X E; 4I4T E; 4TZ4 C; 3LK2 B; 2XAS B; 3CQX C; 2LSK A; 4H9P C; 4FJO A; 2K48 A; 2EHO A; 2JMK A; 2JRK A; 3QOF A; 4UEL A; 3TLS A; 4JI8 T; 1MU9 A; 4F8H A; 4PK5 A; 4TWH A; 4EXT A; 1Y01 A; 5FL0 A; 2DHR A; 1V0V A; 4PAG A; 1ZHC A; 3AE3 A; 4QX8 B; 4ILC A; 3W15 B; 2V7K A; 1WR6 A; 4IE7 A; 2BG9 C; 2NW7 A; 4UV8 B; 1IJ5 A; 5H6Q B; 4DV6 T; 1IBM T; 4NXN T; 1E7P A; 1G8X A; 3L3P A; 5AQM B; 1XNQ T; 4PFO A; 5JRC A; 3UUX B; 4LF9 T; 1FIO A; 3ZT7 A; 4YFS A; 5JQG E; 3I1A A; 2JMH A; 4JUY A; 2J1D G; 5JTG A; 2X9X A; 2XUE A; 2D9D A; 3D0T A; 3EI0 A; 1VRB A; 1HF8 A; 1XDP A; 2XQ9 A; 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