The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
120
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sequence length |
332
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structure length |
308
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Chain Sequence |
VKELKVLDSKTAQNLSIFLGSFRMPYQEIKNVILEVNEAVLTESMIQNLIKQMPEPEQLKMLSELKEEYDDLAESEQFGVVMGTVPRLRPRLNAILFKLQFSEQVENIKPEIVSVTAACEELRKSENFSSLLSFLCKLRDTKSADQKMTLLHFLAELCENDHPEVLKFPDELAHVEKASRVSAENLQKSLDQMKKQIADVERDVQNFPAATDEKDKFVEKMTSFVKDAQEQYNKLRMMHSNMETLYKELGDYFVFDPKKLSVEEFFMDLHNFRNMFLQAVKENQKRRETEEKMRRAKLAKEKAEKERL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The core FH2 domain of diaphanous-related formins is an elongated actin binding protein that inhibits polymerization.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Diaphanous protein homolog 1
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| total genus |
120
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| structure length |
308
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| sequence length |
332
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J1D G; 3O4X E; 3OBV E; 1UX4 A; 4EAH A; 1UX5 A; 1Y64 B; 2Z6E A; 1V9D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HR0 T; 3NKZ A; 3RYH E; 1HNZ T; 4B3T T; 2C5I T; 3R84 B; 1Y01 A; 4AXP A; 5HXC A; 2NOX A; 3PUX F; 3AAA B; 2CXF A; 1NAF A; 2WAU A; 3FZF B; 3J7Y q; 3KV6 A; 3RI5 A; 3ZC0 A; 2VWA A; 3O4X E; 5CA1 E; 1W0A A; 3MKD A; 4AKH A; 2NR4 A; 2ACX A; 1VRB A; 1GQE A; 4WW0 A; 3I9Y A; 5F5W A; 3RIU C; 3LBX A; 4DV6 T; 3RYI E; 4DBQ A; 1OED C; 1XZY A; 2IC9 A; 3F57 A; 4IHJ E; 5H6R B; 3NZQ A; 5LOV E; 2KZ7 B; 2LM9 A; 2CEA A; 2XAS B; 4GK0 E; 4KX6 A; 4PJL A; 3K1S A; 4IGU A; 4ZI3 D; 4YHJ A; 1IZN B; 3FB2 A; 2J47 A; 1YQ3 A; 3NRX A; 4QH1 A; 2LE8 A; 2LHR A; 4YXD A; 2EHO B; 3AB3 B; 3AXJ A; 4DMV A; 5JR9 B; 4LF8 T; 3KV4 A; 4OX9 T; 4YJ2 E; 1ZOY A; 3ONJ A; 2CXD A; 2PFV A; 4IE7 A; 2XQY A; 5ABE A; 2V5D A; 5ETW A; 2KXP B; 4PAG A; 4Z91 A; 3PUV F; 5FKY A; 2DWG A; 2V6X A; 3C64 A; 5FL0 A; 5GON E; 3I0O A; 5L3F B; 2ZM6 T; 4CN1 A; 3N9N A; 3N9Q A; 2WDV A; 4NUV A; 2VKJ A; 2VKD A; 2CXL A; 5LHI B; 2BG9 A; 3ONX A; 5CGM A; 3NBX X; 3GMI A; 3C4Z A; 3KV9 A; 3MJX A; 3RQW A; 3UT5 E; 4L5G A; 3ANW B; 3T8O A; 3OVU A; 5JDM A; 2XQ7 A; 3TLU A; 2LSI A; 3HKD E; 4TWD A; 2DWK A; 4YSY A; 5FL1 A; 3QK6 A; 3SRZ A; 2VKH A; 2ZM8 A; 1XNQ T; 3L8R A; 2FJE A; 4G2A A; 2QYW A; 2M6I A; 4AI6 A; 5LNK A; 2ZLY A; 4DV5 T; 3K3O A; 1JNZ A; 3AE8 A; 2QA7 A; 4IDZ A; 4K0U A; 2XM2 A; 3RF1 A; 1OWA A; 2YU2 A; 4MBQ A; 2ZM2 A; 3LJC A; 2LHN A; 3PUW F; 4PJJ A; 3LDQ B; 4U2Y A; 3UUM A; 4ZHQ E; 5HXE A; 4CXX A; 4P0A A; 5IYZ E; 3AED A; 3Q5E A; 4K0K T; 2I59 A; 3FHN A; 4YTM A; 3Q5X A; 3VKG A; 2I6H A; 3HL6 A; 1XNR T; 4UF0 A; 2VKO A; 2IIU A; 5C8Y E; 2K9A A; 1W09 A; 3AE1 A; 2KMF A; 3CQX C; 5IWA T; 1KNR A; 1SE7 A; 2CM0 A; 3O9X A; 4O4I E; 4JI0 T; 3N9M A; 4BA9 A; 5FVK A; 4O2B E; 5DQW A; 3CX6 B; 4CN4 A; 4U31 A; 3MK7 C; 4WBN E; 1D1C A; 2BKO A; 2N1G A; 3P4R A; 4ZI2 C; 5F8P A; 5EK4 A; 1Y64 B; 2A2F X; 2YKS A; 3NWI A; 4P09 A; 4QKN A; 3CML A; 4OYK A; 3Q9D A; 3ESL A; 5JDG A; 3ANW A; 1KFY A; 3BQK A; 3ZYM A; 3I9W A; 1WR6 A; 1Z0P A; 2QRX A; 3O1H A; 2V7M A; 2Q9Q C; 3HKB E; 4HFI A; 2MBG A; 2BKN A; 4I43 B; 5FYM A; 3L09 A; 3PU3 A; 4ZI2 D; 1S94 A; 4KBM B; 5FXZ A; 1FMW A; 2BS4 A; 2V7J A; 1BR2 A; 2H7O A; 2V6Y B; 4HWF A; 5L3C B; 4UXN B; 4ZEY A; 5JR9 A; 4B3M T; 3IA3 A; 4IL4 A; 2H89 A; 5AQK B; 2XQ8 A; 1IJ6 A; 3N9P A; 3UU3 A; 2CWO A; 2H88 A; 2NW8 A; 3PUQ A; 4LF4 T; 5FXW A; 4JV5 T; 2CPT A; 3CQG B; 4IDN A; 2BG9 E; 4DR1 T; 4BJN A; 3PUY F; 5AQR B; 3FXE B; 3ZSS A; 2XJ7 A; 2I0M A; 1MMA A; 2WMO A; 3RC3 A; 2YN6 A; 2BG9 B; 2YDS A; 3CIR A; 2ES0 A; 4TWH A; 2CMR A; 3KIN B; 5AQM B; 3AA6 B; 2CBI A; 2JJ9 A; 2YOE A; 3EDU A; 4I4T E; 2Q9Q D; 3JAD A; 4Z8X A; 3RIU A; 4DV4 T; 2UUC T; 5JRC A; 1WYB A; 2CBJ A; 4AKR B; 4HFE A; 1J1J A; 3GN5 A; 5HYA A; 4TV8 E; 5JDL A; 4EB6 E; 1I6Z A; 4X1K E; 1Z8U A; 4ANJ A; 4PJM A; 3BK9 A; 3BQL A; 4P0B A; 4ZZC A; 4YSX A; 3AE2 A; 4OHF A; 2C0S A; 2LSJ A; 2IHR 1; 2V7I A; 3B13 A; 3CPZ A; 4I55 E; 4O4L E; 5LBM A; 5AQJ B; 3ZT5 A; 4YTP A; 2XAH B; 1LVF A; 4LF7 T; 5JDF A; 1ZP0 A; 4DID B; 1MMN A; 2D2S A; 3ZLI A; 3PTR B; 2X0L B; 4EZ4 A; 1XDO A; 2XQ9 A; 1NWM X; 3ZT6 A; 5FP3 A; 5HWX A; 2B76 A; 1N34 T; 2X9X A; 4IIJ E; 2MOZ A; 3MAC A; 5FXV A; 2H7V C; 1HX8 A; 1KF6 A; 2VL0 A; 2JQH A; 2M67 A; 4AKL A; 3PUZ F; 4I50 E; 3NZP A; 1IBL T; 1ZKE A; 3AE9 A; 1HG5 A; 3HA4 A; 4HWH A; 5FY7 A; 3L39 A; 3UUN A; 1HS7 A; 2WDQ A; 2WWU A; 2X0H A; 4MLK A; 3ZN0 B; 5LP6 E; 2PJQ A; 2ZMA A; 4IDP A; 3K3Q C; 3ZMU B; 3RX6 A; 2WZH A; 2A9U A; 2XSB A; 4V1A v; 1OED B; 2X51 A; 3HKC E; 4FJO A; 4IE4 A; 3VR8 A; 3VHL A; 3ZJ2 A; 4QH4 A; 4UEL A; 2XAJ B; 2FJB A; 2LRK A; 2XQ3 A; 2UXB T; 3I0Q A; 3LBX B; 4H9S E; 4A98 A; 2VAS A; 1SHZ C; 3AAE B; 2C5J A; 2P9B A; 3AEE A; 3AEB A; 4L0R A; 2D0T A; 5AQO B; 3P8C D; 2BDE A; 5AQP B; 2J1D G; 1ZHC A; 2AXD S; 2LT3 A; 4ILU A; 2EHO C; 4QWN B; 3PUS A; 5JVD E; 3C4X A; 1UX5 A; 3AE4 A; 2XZE A; 4TWF A; 4JLE A; 4UV9 B; 2N2N A; 2LSG A; 2IDO B; 3EHZ A; 2Y8D A; 1KEY A; 3M65 A; 3OKQ A; 2FBW A; 3FZL B; 4H9N C; 4XZC A; 1LKX A; 3V5S A; 3ZJ1 A; 1E7P A; 2HH7 A; 2K24 A; 1IJ5 A; 2KIN B; 4TN7 B; 3G06 A; 3Q5W A; 4E7S A; 4NPP A; 4HKA A; 4F6R C; 2VL8 A; 1SA0 E; 4PK6 A; 1WYC A; 4QH5 A; 3N2O A; 5AQH B; 4B6X A; 1N36 T; 4MFR A; 3RHW A; 3R6N A; 2L3L A; 3H3A A; 4HFH A; 1MIY A; 3OPC A; 3WAK A; 3AEC A; 2XY8 B; 4HE8 A; 2BBJ A; 2L9Q A; 3LFM A; 3NRY A; 1FIO A; 4G63 A; 5LJN A; 4JUY A; 2XAQ B; 4HWI B; 2WB5 A; 1I94 T; 1WCR A; 3LK3 B; 1M7K A; 2SPC A; 2WU5 A; 2XQ6 A; 1LRZ A; 2CA5 A; 3AEF A; 3ZMZ B; 4JI1 T; 2CLY C; 4YJ3 E; 2VVN A; 3AE6 A; 3E22 E; 2CRB A; 3KBT A; 4CI1 B; 3WAJ A; 5EK3 A; 4X66 T; 4H9R C; 4DV1 T; 2BS2 A; 2BBH A; 1N32 T; 2LKH A; 2HN2 A; 2UXX B; 2XQ5 A; 3P4P A; 5J2T E; 4EZH A; 4NXM T; 1DU2 A; 2LSK A; 2E9X C; 5HCM A; 4AQF C; 5LG4 A; 2DHR A; 2IUB A; 4LF6 T; 2KWI B; 4TUY E; 4JI6 T; 4X1I E; 1OED E; 3AEG A; 3Q5D A; 3EAB A; 2A3D A; 2LM2 A; 3FZM B; 2DLR A; 2LKG A; 2XTL A; 2WSS V; 3FBZ A; 2E2A A; 3ZYL A; 1HF8 A; 2LEH A; 4TNV A; 1US7 B; 3Q2M A; 2W4X A; 1KNP A; 2E9X D; 4A56 A; 3T1Y T; 3PUA A; 2W61 A; 2EHO D; 1HTJ F; 2XAG B; 5CB4 E; 4AQF A; 5C2T A; 4HEA A; 3P50 A; 4AIS A; 2XHE B; 2Y48 B; 2UUB T; 4LFC T; 2V7L A; 1HCI A; 1XMO T; 1JNR A; 2NTX A; 2JQQ A; 3QB5 K; 4OFZ A; 5KX5 E; 3ZCJ A; 3AE5 A; 1BR4 A; 5HEG A; 3W15 B; 5JH7 E; 4CXY A; 2E5L T; 4H9Q C; 3ZN1 B; 3H37 A; 3ABV A; 2XAF B; 3HR0 A; 2UXD T; 1NEN A; 5DAB A; 3ZCI A; 3RYC E; 4IE6 A; 1D0Y A; 3RPU A; 4YSZ A; 4XBF B; 4ZXL A; 4A5X A; 4H9O C; 5JDN A; 3VRB A; 4YT0 A; 3SFE A; 5L4E A; 2Q9Q B; 3UQ4 A; 4DUZ T; 1D1A A; 5LHH B; 4YTN A; 4TZ4 C; 4IDO A; 1XDP A; 2W67 A; 2YEV C; 4IST A; 3O1I A; 3SOL A; 1O3X A; 5BR8 T; 4CQI A; 4GKJ T; 4AKI A; 4Z90 A; 5AQS B; 1B7T A; 4GIW A; 4ISS A; 2UXN B; 4HWC A; 4TNW A; 4O4H E; 2WQY A; 5E0O A; 5LHG B; 4DUY T; 3N5L A; 3IBP A; 2E5V A; 3RC8 A; 3ZEF B; 4HFC A; 1J5W A; 2BVL A; 5H6Q B; 5ABF A; 1VCS A; 2CHO A; 2MYS A; 4EYY R; 4GKK T; 4EGW A; 3FXD B; 2W62 A; 1CHU A; 1MMD A; 3CK6 A; 3LG7 A; 4PNI A; 5HWY A; 3UFG A; 3ZPO A; 3PUR A; 5A1L A; 4X65 T; 1OXZ A; 2LRL A; 5HXS A; 2X9H A; 4H63 V; 4C91 A; 4ASK A; 3RH3 A; 1HNX T; 2HHH T; 2WDR A; 3AA0 B; 5J1G A; 4ZZB A; 5IHY A; 4CI3 B; 5KXJ A; 3F2E A; 4YFS A; 3UQ7 A; 4HFD A; 3V5U A; 1J5E T; 5JR9 C; 3ZMT B; 4PFO A; 5LJM A; 3AA1 B; 4PJN A; 1LVK A; 3UTK A; 3NVO A; 3SWH A; 3RGL A; 3RRW A; 1UUS A; 2V8S V; 1G73 A; 3DP7 A; 4QHO A; 1FMV A; 3TLW A; 3RQU A; 4ADZ A; 2Y6X A; 3QOF A; 2VB6 A; 3UUB A; 1E1H B; 4JEH B; 5AQU B; 4JI5 T; 1MIV A; 2NW7 A; 2D9D A; 5IUX A; 5AQL B; 3RLF F; 2IW5 B; 2JMK A; 3B5M A; 2CCQ A; 4I0U A; 4UVA B; 1M62 A; 3L3P A; 3TLV A; 4WBO A; 4U72 A; 3CX8 B; 3OTO T; 2HPJ A; 4H9P C; 1WR0 A; 5FVL A; 2E9X A; 2LJL A; 3GA8 A; 1UK5 A; 2UXC T; 3FZK B; 5CA0 E; 1HNW T; 5KMG P; 4B3S T; 4BJM A; 5J0Z A; 5J2U E; 4LFB T; 1YKH B; 3A7M A; 2CWY A; 2YK0 A; 2MTQ A; 5ABF B; 2JMH A; 3OJA A; 2W2U A; 4ILC A; 4ERR A; 4LMK A; 3AXJ B; 3ZMV B; 2XM1 A; 4HFB A; 3P4W A; 1YQ4 A; 5AFU L; 3MA9 A; 4J2C A; 4L9I A; 1NEK A; 3ZT7 A; 1FEW A; 4N78 D; 2LLY A; 2DNX A; 1U4Q A; 4KI0 F; 4O8S A; 1X9B A; 4GK5 E; 4DBR A; 2XUE A; 2VQF T; 3UUX B; 3OYZ A; 5LGN B; 3GN5 B; 4HFV A; 4UV8 B; 2L8K A; 4AKG A; 5L2L A; 1L0V A; 2XSA A; 4U74 A; 4X1Y E; 3ZST A; 1YXR A; 2IAK A; 2ODU A; 5F3J A; 3RIA A; 2X9Y A; 5LXT E; 4DV2 T; 2D5U A; 4ZS3 A; 2X9W A; 3KV5 A; 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5LB7 B; 2EHO A; 1ZV4 X; 2A72 A; 2W00 A; 2V6Y A; 3KDS E; 5FY0 A; 2BG9 C; 4DR5 T; 2WBL A; 3QB5 A; 3EI0 A; 2V7K A; 3C4W A; 3RKO A; 3CQC B; 3UU6 A; 1XWM A; 3QNU A; 5LYJ E; 3PJA A; 1IBK T; 4EEB A; 1W0B A; 3DTO A; 2IML A; 4OYJ A; 3MXZ A; 5LMU T; 4EAH A; 3P7I A; 5LA6 E; 3UUL A; 4HN9 A; 4IT4 A; 2RA1 A; 1YD8 G; 1HX1 B; 1YW0 A; 3ZKR A; 4X20 E; 4QX8 B; 2HN1 A; 3ETU A; 3ZYK A; 2VK9 A; 2LOS A; 4GYS A; 5HEH A; 2Q9Q A; 2XPK A; 5HXR A; 3PDY A; 3AEA A; 4DR2 T; 2CE7 A; 4E7Z A; 4JYA T; 4KMC A; 2UUA T; 2X68 A; 2G0U A; 2IC6 A; 2K3W A; 1UX4 A; 3E08 A; 3K3N A; 4DND A; 3P4Q A; 3KVB A; 3QC9 A; 4PW8 A; 4LF5 T; 1R8I A; 2JQK A; 3UU4 A; 1KNZ A; 3N9L A; 3PUG A; 5AQN B; 2ACZ A; 3CX7 B; 3AVS A; 1FJG T; 2OLT A; 3CWZ B; 2W0G A; 4AIU A; 5JRE A; 2WS3 A; 3HI2 A; 4IE5 A; 3A5X A; 2KT9 A; 2PTF A; 4BAY B; 3E0Z A; 4UIG A; 4HGA A; 2V5C A; 2DL1 A; 5HCJ A; 5L3E B; 2FJD A; 3F31 A; 2WWV A; 1IBM T; 3PU8 A; 3O1J A; 1UGO A; 4UF0 B; 3EUH A; 5TAO A; 4CN6 A; 5EK2 A; 5L3D B; 3X1D A; 1T98 A; 3B57 A; 3JAF A; 4U7I A; 2KND A; 3BQI A; 3RKG A; 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