2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
2BXZA 4WLCA 3L4XA 3MS8A 3AZRA 3CUGA 5FIPA 2EO7A 1E6RA 2YL5A 2VCCA 1JNDA 1X6NA 2Y8VA 3RIKA 2WKLA 3A4WA 3ARVA 4M1RA 4P7RA 4ZE5A 1S46A 3SCSA 4UFIA 1TE1A 2WMJA 1C90A 3BAKA 4WIWA 3ZJ6A 3W4RA 2XVNA 1UWSA 3LMYA 1CYGA 1DHKA 4MNMA 3TTOA 1Q6CA 1QW8A 4HPHA 1HT6A 1R85A 1R8LA 4BA0A 2V3DA 2FGZA 2E4TA 3A4AA 3VGFA 1SYTA 3II1A 3F4VA 1KB3A 4D1JA 3WBEA 3CHCA 3POHA 4TX6A 1GJWA 4PCSA 1HJSA 3VNZA 3L2LA 4UFKA 4QDMA 1GVYA 1RPKA 2Y4SA 2VCAA 3AROA 1JL8A 4HMDA 4W89A 4W87A 5GNYA 1V3HA 2VZUA 2XFFA 1Q6GA 1WAWA 1UKTA 3EDEA 5I77A 3N18A 1CGVA 3FW6A 4DM1A 2G3IA 4JCMA 3KE0A 5A94A 1JF6A 3L4ZA 2VQUA 3WUBA 2XPKA 1GZJA 4AC1X 2GJXA 5AY7A 2DIEA 3K46A 3IAPA 2J7GA 3VGBA 1W3JA 3PN8A 5FOOA 4Z2HA 2YA2A 1UWTA 1NP0A 6A3HA 5ABGA 2XFRA 1JAEA 3CGTA 3IJ9A 1UWIA 3VIOA 5AC4A 5BXTA 1EOMA 4GZJA 4U2YA 4Z2KA 1EOKA 4UQDA 4MB1A 2V5DA 4JL2A 2IXVA 4H8HA 3AIWA 3BAXA 3BAIA 3N1AA 1KGUA 3SCOA 1PZ2A 2VZVA 1KGXA 3SCTA 3WBAA 4CUCA 1GNXA 2B31A 3ALFA 3ARTA 4DWSD 4QFUA 2XM2A 3SEPA 1MXGA 5HPOA 4XUYA 4MADA 2G3NA 4BQ4A 4J3XA 1GOQA 1UZ4A 2JIEA 2NT1A 1BGAA 2VRQA 1VRXA 4MB5A 3WIJA 2XFYA 3PTMA 3WH7A 5FKYA 3MUIA 3CUFA 3S6TA 4TTGA 1MFVA 2FHFA 1A3HA 3AIQA 1ITXA 4AZ5A 4YHGA 1UWUA 3WUEA 1XGZA 1UD6A 1V6UA 3AXHA 2VZSA 1UZ1A 4IISA 4A4AA 4FMVA 2YBTA 3VIIA 4C7GA 2PI6A 2VTFA 1CTNA 4E8CA 1JGIA 1CECA 1GQLA 4E2OA 1QI4A 1OM0A 3ZO9A 5A6BA 4V28A 3CO4A 4S3JA 3AMLA 4J7RA 3OBAA 2Q8XA 2AAAA 2GK1B 2E8YA 3CHEA 4EANA 4BS0A 1SFSA 3MO4A 2JEQA 4KRTA 4QAWA 2J75A 4ATLA 1UD4A 3VGHA 1V0NA 3EBVA 3ZT7A 5ABEA 3OGRA 3IJ7A 2BXYA 1C91A 3B8SA 2DSVA 3RPMA 3AXIA 5A1AA 1LWHA 1TA3A 1GQJA 4UTFA 2CHNA 1B30A 1OGGA 3OG2A 4W8AA 2BV9A 5GNZA 5I23A 2PWEA 4PTWA 2BHUA 3EDFA 2VT0A 4DUXA 4LYPA 4GZIA 4AZCA 4XB3A 1GJUA 1VEMA 2XGIA 1V02E 1CXFA 3AHVA 3JUGA 3ALGA 1XYFA 1UA3A 1CDGA 2XVGA 5A8MA 4AD2A 1I75A 1ZBCA 3VD7A 2IUZA 3MSDA 1HJVA 1R7OA 3VIHA 2VZTA 1CBGA 5I0DA 3BSGA 2Z1SA 2VO5A 1NQ6A 5IXEA 3A4XA 3AIVA 1VFFA 4W5UA 3VGDA 5A6MA 2XG9A 2ZWZA 2OSWA 3U5UA 3EMCA 2WHLA 3VD5A 4HOZA 1EHNA 1I1WA 2FGLA 4AEFA 2WHJA 3ARQA 3PZ9A 2PWGA 1EA9C 1EH9A 1K9TA 1UHVA 1XSKA 3LPFA 2W92A 1DEDA 3ZM8A 1ITCA 3DHPA 2NSXA 1ZU8A 3SUTA 4CD7A 5JBFA 1V3IA 1FFRA 3FHQA 3AIBA 3DYOA 5KEZA 3W38A 2WMHA 1ISXA 3KWXA 4N0RA 5A6BD 3GNRA 2CBUA 3GH7A 4ML4A 3WN6A 1XH1A 1L8NA 2J77A 1EQCA 2J7CA 1DTUA 3FAWA 2X2YA 4J3UA 5A8PA 5M17A 1ZJAA 3ZJ8A 3WKZA 2WYSA 5EMYA 1XCXA 2YLAA 4P7NA 4KRUA 1J0HA 1CGTA 3OLIA 4HZ6A 5CXPA 4HP5A 2CPUA 1D7FA 1U33A 3AMGA 1E3XA 2CEQA 2E3ZA 1E1EA 5BXPA 1AQHA 3B9AA 1EDTA 1K9FA 3A6OA 4MNJA 4BQ3A 3OGSA 1KXTA 3DYMA 1N82A 1UH3A 1H1NA 3MANA 1CGXA 3VOCA 1NH6A 2CNCA 3MUAA 1CXKA 1V3JA 1BVZA 3W6LA 3VMOA 1H09A 3S2CA 1HP4A 1UWRA 1JI1A 3APGA 3ZMRA 3WD2A 1XH0A 2YL8A 1M04A 1K9DA 3AS3A 3SCQA 1TVPA 3M6DA 2OYLA 1KXHA 2F2HA 3QHOA 1E4LA 3LPOA 3QHNA 1ODUA 4WJXA 5GNXA 1DP0A 3CUHA 3NYDA 1UG6A 4URIA 3GTNA 3T0BA 1G94A 3SCPA 3WDQA 2WKGA 4GQQA 3KEHA 3SCUA 2XIBA 5DT7A 3BSHA 2W4XA 1NWRA 2VR5A 1LWJA 3VIFA 1XH2A 2YA1A 5M3WA 3QOKA 3VX0A 2WXDM 4V27A 4ZFMA 1NWSA 4LPCA 4W93A 1VBUA 4AD3A 4ZENA 3POCA 2GJPA 3EDKA 1B2YA 5LA1A 5E0CA 2ZX7A 2PBGA 2XGBA 1QNSA 1E5NA 4JFTA 4NZCA 2OLHA 4UFHA 4FF5A 5A95A 3ARUA 5D9OA 4H04A 1XSJA 1KR1A 1LL7A 2GJRA 4ZE4A 1TG7A 1V0KA 3AS2A 2W66A 3ARWA 3PZGA 4D6FA 4RE2A 4GO9A 4OIFA 1J0ZA 1NARA 3WNKA 5ABFA 2WMIA 1KWGA 5DT5A 2PBOA 1JYNA 3WQVA 5FL0A 1WPCA 3FN9A 2VOTA 4UCFA 3MSGA 1V3KA 1KCKA 1QHZA 5KZ6A 3W37A 3W53A 2BFGA 2Y2WA 1ECEA 3LPGA 1MQRA 2BVYA 1E73M 3AOFA 3L4WA 4AIEA 5HBFA 3ZSSA 5M5DA 4AWEA 3VNYA 2DH3A 3DC0A 1EO7A 4U33A 5JIWA 1QW9A 1BLIA 1KXVA 1QHPA 5HDRA 4P8WA 2O9RA 2CIPA 1LG2A 2WANA 3WENA 1J12A 3TONA 3PBGA 2PWFA 1JI2A 4AYSA 4RE4A 1JYXA 5E9AA 1CIUA 4W7WA 4FK9A 5BXRA 1MQQA 2JE8A 5JIPA 4AZBA 3M07A 2GJXB 1UKQA 3THDA 3BAYA 4W5ZA 4Z2GA 3VPLA 4QLLA 2XSBA 5FCZA 2W62A 2BY1A 1EO5A 2YLLA 2VRJA 1KXQA 4R5EA 1LQ0A 2MANA 3KZSA 2EPMX 5CPQA 1KWKA 3KL5A 1JDAA 1TUXA 1NOFA 3MMUA 4JFVA 3UG4A 1BYAA 5A6JA 2J62A 1ZBVA 1JF5A 2BY3A 2V3GA 3VIMA 2VRKA 1H3GA 1AQMA 2WCGA 4UFLA 1HL8A 4U31A 1Q6EA 3NJ3A 1XV8A 4CVUA 4H8UA 3IK2A 3AMCA 3EDJA 3K8MA 4MB3A 4HA1A 5BRQA 4AIOA 3WQ5A 2ZXAA 3SCWA 4HOXA 3BGAA 2O92A 4PUDA 1CZ1A 3MMWA 2J7BA 2WM0A 4FLOA 2WC4A 1BG4A 2XIIA 1IZJA 4UQEA 4MDOA 4Y7EA 2PB1A 4PRWA 1UH4A 2ZUTA 4ZEPA 4ACZA 1E4IA 3UR8A 3NUKA 3GXIA 2QF8A 2YJQA 1JYWA 1YHTA 4D6HA 4LXFA 1MFUA 1FP9A 1PIGA 5EBAA 4CCDA 3WDJA 1PZ3A 3PZVA 2OYMA 3BXWA 3BLPX 1D3CA 4TUFA 2DT3A 1GOWA 2FH8A 3WUGA 2A3CA 5D9NA 1FA2A 4LYQA 4HU8A 1ESWA 1JYVA 5GQBA 2PF0A 4P7QA 3VO0A 4F79A 1CGYA 1CENA 1CPUA 2AMGA 1HIZA 1SMDA 4HOWA 3SCRA 1WDSA 4ATDA 4A3HA 2D0GA 1JNEA 1JZ2A 1JD7A 4JZ5A 2IXUA 4CN6A 1V0LA 3NCOA 2OSXA 2G41A 1WNOA 1CWYA 3AMKA 1E4MM 1FH7A 2J4GA 3WQ4A 3M7SA 1V08A 5CQ1A 2WVVA 1E1FA 2F61A 4XX6A 2A3BA 3O9NA 4FLQA 3L4VA 4GKLA 1TA3B 1QPKA 4M8UA 1J0IA 1PJ9A 3N13A 5BWFA 3WEMA 1QVBA 2E0PA 3RM4A 2DSKA 4AZCB 3QGVA 4AW7A 3ARPA 4J28A 4W8LA 3F5JA 4AMCA 4MNKA 4ZXLA 1OBAA 1W3LA 4HZ8A 1KBBA 1GPFA 1H4PA 4RE3A 4BQ2A 1DWHM 3SUWA 5CPSA 3BAJA 2Y24A 4H41A 5CGTA 3IANA 1WDQA 5HOSA 1UR2A 3MUZ1 3NSMA 4UOZA 1TMQA 1QI0A 3WL1A 4LQ1A 2VNCA 4A3YA 1QNOA 3MMDA 3PZOA 1EIBA 1W1VA 3PTKA 3VDCA 4W85A 2DIJA 4QLJA 3A3HA 2DT1A 3PZNA 1W2PA 3BMWA 4M24A 1HL9A 1CLXA 1ZS2A 4IM4A 2C8NA 4CCCA 1HJWA 4Z2JA 1BTCA 2WBKA 1FHLA 3AIUA 1HVXA 2X05A 4B3KA 1NWUA 1GW1A 5TD4A 4JKLA 4B9YA 3IAQA 3QOMA 1W1YA 1SR0A 2QPSA 1AQ0A 3GNPA 5I3DA 5E09A 3FAXA 2OWWA 1LL6A 1W9BM 4E4PA 3CIVA 3SURA 2CCRA 1J18A 2DEPA 3ARSA 4KWUA 1E15A 3VILA 2JALA 2ZXQA 4PYSA 4EKJA 2EPNA 4HU0A 4BF7A 2X09A 3WUFA 2JF7A 2CITA 4GI9A 1PAMA 3AMDA 5ECUA 2WSKA 2WMFA 1PIFA 2EXOA 4JFUA 4MTVA 4NF7A 1GOOA 1E4NA 1HNYA 1CNVA 1J0JA 3E1F1 1VENA 3GZAA 2RGMA 1V6XA 1IZKA 4MDPA 5CZKA 2A3HA 3QR3A 2ZXBA 1C8YA 4KGJA 4Q7NA 2VC9A 5GPRA 5DF0A 3T2QA 4W7VA 1C8XA 3FNDA 5E6ZA 1UQZA 3WF0A 2VCBA 4LX4A 5JBDA 4XV0A 2D23A 1W1PA 3I3EA 1OIMA 4C91A 3T0AA 2DSZA 1X6LA 2ZXDA 3D3AA 1E6NA 1FP8A 2XHYA 3ZR6A 3VU2A 1NOWA 2C0HA 5BXSA 1HVQA 2FDMA 2D3LA 4D6CA 3W26A 5I78A 1PX3A 3MU7A 5C8BB 4WKFA 3AI0A 2WLYA 2VL4A 1XYZA 4LGXA 1WZKA 4CD8A 4EAMA 1UD8A 1CLVA 1B3XA 4OUEA 3VIPA 3WNMA 1LF1A 2ESCA 3GBEA 1EHAA 4AY1A 2O9PA 1GQKA 1OD8A 2CBIA 3AZSA 3GXFA 4C90A 1V3LA 1G5AA 2Z1KA 4UOJA 5ABFB 2XJ7A 1E71M 2WMIB 3M46A 2QMJA 3RMEA 1GONA 3ZT6A 1E70M 1H0GA 1LL4A 3U7BA 1ISVA 4GINA 4QCEA 3PZQA 5A2BA 1BF2A 1WKYA 3WEZA 2WB5A 3CUJA 1QHOA 1QNPA 1UKPA 4E8DA 3ARZA 3U7VA 1E5JA 1K6AA 3AIEA 5BROA 2W63A 1MVYA 3BCDA 2WC7A 2GFTA 1US2A 3GBDA 4GZEA 3ZJKA 2ZE0A 1J10A 1G9HA 3HJEA 1V3MA 2FHBA 1OGBA 3N12A 3TOPA 4F9DA 1OT2A 3UG5A 2CKSA 3WD3A 1B3WA 5HNNA 1XD1A 2XUCA 2ZICA 4CD5A 1OB0A 1QOXA 2WVTA 5CJ5A 1IV8A 2GUYA 2VVSA 3SUSA 3AYSA 1JD9A 3AHTA 4CN4A 1RH9A 3ARYA 4PMYA 4CN1A 3OIHA 4PUEA 3BMVA 1GHRA 1MW1A 3ZR5A 3L4YA 2C7FA 2WSPA 3OLEA 4PMDA 1ZJBA 1UQYA 2ZX9A 4U5IA 1QBAA 1VJSA 4OJYA 3UESA 4IPLA 5EB8A 1B9ZA 2WWCA 3AFBA 3W27A 1E6ZA 4QP0A 1TR1A 3NIYA 4HA4A 1JZ5A 1VB9A 2VJXA 5EFDA 4JIEA 1MQPA 1PBGA 5LYRA 4XZWA 3VVGA 1F4HA 2OSYA 5A8NA 4PMZA 3GM8A 4H7VA 1C3FA 7TAAA 1OWQA 1O6IA 1VAHA 4PN2A 3NSXA 2VZOA 4TTUA 2Y5EA 5A6SA 4M81A 1BVNP 1LJYA 4GI8A 4QLKA 1Q4NX 2BVTA 4WSJA 3ARXA 1OINA 4AD5A 2BNJA 2CBJA 4J3SA 1OGSA 2DSUA 5CGMA 3WFZA 4AZ7A 2W91A 1JXJA 1EDGA 3TP4A 3WQ6A 3OZPA 4ACZB 4EE9A 3QHMA 2EPOA 4AZIA 2J7HA 1B31A 2X1IA 3CLWA 1E9LA 4WSKA 1VEPA 4UNIA 4JFWA 1M53A 4JCLA 1WE5A 4EK7A 1IT0A 2WW5A 1WZMA 4OBSA 1WB0A 2J8FA 2O9OA 5DMYA 2J74A 3SCNA 7A3HA 3WDPP 3PZIA 2UWFA 3TA9A 2BVDA 2D3NA 1UD2A 3K8LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BXZ A;  4WLC A;  3L4X A;  3MS8 A;  3AZR A;  3CUG A;  5FIP A;  2EO7 A;  1E6R A;  2YL5 A;  2VCC A;  1JND A;  1X6N A;  2Y8V A;  3RIK A;  2WKL A;  3A4W A;  3ARV A;  4M1R A;  4P7R A;  4ZE5 A;  1S46 A;  3SCS A;  4UFI A;  1TE1 A;  2WMJ A;  1C90 A;  3BAK A;  4WIW A;  3ZJ6 A;  3W4R A;  2XVN A;  1UWS A;  3LMY A;  1CYG A;  1DHK A;  4MNM A;  3TTO A;  1Q6C A;  1QW8 A;  4HPH A;  1HT6 A;  1R85 A;  1R8L A;  4BA0 A;  2V3D A;  2FGZ A;  2E4T A;  3A4A A;  3VGF A;  1SYT A;  3II1 A;  3F4V A;  1KB3 A;  4D1J A;  3WBE A;  3CHC A;  3POH A;  4TX6 A;  1GJW A;  4PCS A;  1HJS A;  3VNZ A;  3L2L A;  4UFK A;  4QDM A;  1GVY A;  1RPK A;  2Y4S A;  2VCA A;  3ARO A;  1JL8 A;  4HMD A;  4W89 A;  4W87 A;  5GNY A;  1V3H A;  2VZU A;  2XFF A;  1Q6G A;  1WAW A;  1UKT A;  3EDE A;  5I77 A;  3N18 A;  1CGV A;  3FW6 A;  4DM1 A;  2G3I A;  4JCM A;  3KE0 A;  5A94 A;  1JF6 A;  3L4Z A;  2VQU A;  3WUB A;  2XPK A;  1GZJ A;  4AC1 X;  2GJX A;  5AY7 A;  2DIE A;  3K46 A;  3IAP A;  2J7G A;  3VGB A;  1W3J A;  3PN8 A;  5FOO A;  4Z2H A;  2YA2 A;  1UWT A;  1NP0 A;  6A3H A;  5ABG A;  2XFR A;  1JAE A;  3CGT A;  3IJ9 A;  1UWI A;  3VIO A;  5AC4 A;  5BXT A;  1EOM A;  4GZJ A;  4U2Y A;  4Z2K A;  1EOK A;  4UQD A;  4MB1 A;  2V5D A;  4JL2 A;  2IXV A;  4H8H A;  3AIW A;  3BAX A;  3BAI A;  3N1A A;  1KGU A;  3SCO A;  1PZ2 A;  2VZV A;  1KGX A;  3SCT A;  3WBA A;  4CUC A;  1GNX A;  2B31 A;  3ALF A;  3ART A;  4DWS D;  4QFU A;  2XM2 A;  3SEP A;  1MXG A;  5HPO A;  4XUY A;  4MAD A;  2G3N A;  4BQ4 A;  4J3X A;  1GOQ A;  1UZ4 A;  2JIE A;  2NT1 A;  1BGA A;  2VRQ A;  1VRX A;  4MB5 A;  3WIJ A;  2XFY A;  3PTM A;  3WH7 A;  5FKY A;  3MUI A;  3CUF A;  3S6T A;  4TTG A;  1MFV A;  2FHF A;  1A3H A;  3AIQ A;  1ITX A;  4AZ5 A;  4YHG A;  1UWU A;  3WUE A;  1XGZ A;  1UD6 A;  1V6U A;  3AXH A;  2VZS A;  1UZ1 A;  4IIS A;  4A4A A;  4FMV A;  2YBT A;  3VII A;  4C7G A;  2PI6 A;  2VTF A;  1CTN A;  4E8C A;  1JGI A;  1CEC A;  1GQL A;  4E2O A;  1QI4 A;  1OM0 A;  3ZO9 A;  5A6B A;  4V28 A;  3CO4 A;  4S3J A;  3AML A;  4J7R A;  3OBA A;  2Q8X A;  2AAA A;  2GK1 B;  2E8Y A;  3CHE A;  4EAN A;  4BS0 A; 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