2CBIA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 234
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbiA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbiA01
1FHLA 1ZB5A 2GFTA 2V3GA 3WQ4A 3QHOA 2VZSA 4L4OA 4UQDA 2BXYA 2AMGA 2BHYA 3AYSA 2CCRA 3LPFA 2JEQA 1BTCA 3ARXA 3SURA 2VUYA 4J3WA 5JUVA 2CBIA 1MFUA 1CYGA 2DSKA 2X0HA 2WLYA 1V3IA 1FH9A 5DT5A 2WW5A 4L4PA 5A8NA 5F7UA 1BAGA 4UOZA 4PTMA 1DHKA 1GUVA 4HU0A 1YHTA 4TX8A 4C7DA 4B9YA 3F5LA 1B30A 3I3DA 4UFMA 5E09A 3J7HA 4D6CA 4KMQA 3GBDA 4QLLA 3ZMRA 5A6AA 3EDFA 4GQRA 4JIEA 5FIPA 5A6SA 2EO7A 1BHGA 4AZHA 1JGIA 4MNKA 1GJWA 1JF5A 4P8XA 3W29A 2EJ1A 4NF7A 4CN1A 3L4TA 3VMPA 1EQPA 3ZSSA 3TOPA 5KZ6A 1D3CA 3HMCA 1UD5A 1R8LA 1W9XA 2FHBA 5A6KA 1TVNA 3CMJA 1SMDA 3W37A 1K9EA 4PSPA 1PBGA 3U7BA 2OWXA 3L2MA 3VNZA 2VX5A 1JIBA 4M56A 4Q22A 4HPGA 3QOMA 2TAAA 3PBGA 3AHTA 4HTYA 1QHZA 3VPLA 2F8QA 1B90A 2WMFA 1LJYA 2GDUA 3VD9A 1VFOA 1V6VA 2XVKA 3ZR5A 4KWUA 3BCFA 3WBEA 1E15A 4GPNA 2VZUA 2DSZA 1QW8A 1VFMA 1NWTA 2DDXA 5BYWA 5ABGA 5FCZA 1UYQA 4UFLA 1QHOA 1WB0A 4LQ1A 4WJXA 5C8BB 1MXDA 2J8GA 2ZX8A 1PEZA 3VGHA 3RM8A 1HNYA 4X0NA 3VD7A 5BXPA 3AICA 3K8MA 4JFUA 2A3EA 4S3KA 3T2PA 5HPOA 3GH7A 2XVNA 2VZVA 4FLRA 3ARRA 4OOUA 1JAEA 2QMKA 3W38A 1WDRA 4LYQA 4F79A 4ZE4A 2YL8A 2CYGA 2WC4A 1F4HA 1E6SM 3ARWA 1ISXA 3TONA 1E6QM 3ARVA 1V02A 3DYOA 1ZBKA 4PUDA 1RH9A 3ZOAA 3WH9A 1NARA 1J0JA 5EFFA 3O6AA 1MFVA 3D5HA 2DSUA 1SFSA 2Y2WA 4J7RA 2FDMA 1KGXA 4W5ZA 1DWIM 4AXNA 1GQJA 3L4VA 2EBNA 5A8MA 2BV9A 3VGFA 3W53A 4U33A 4OOZA 1BG9A 3WDHA 1H5VA 3MV11 4P8WA 4EAMA 4OBSA 2YBTA 3KE0A 1UQZA 2WMIA 3T0BA 4P7RA 1VF8A 3ZSTA 1XC6A 2CBVA 3RMEA 1E4NA 3W26A 5EFDA 5BXTA 1AQMA 3N11A 4DWSB 4AD4A 3BC9A 2X0YA 2XGIA 4C91A 1HF6A 5I24A 1MWOA 4JZ5A 4JFTA 3EMZA 3TTYA 1QI0A 1HJQA 4BQ3A 1W3LA 1U2YA 5LA2A 3PTQA 4GINA 1J0KA 4HOZA 3CHFA 3IAQA 2BVDA 2CIPA 1FP9A 4AZGA 4LYPA 3UG4A 5CLWA 4TTUA 2YDRA 1V3KA 3N1AA 2VRKA 3ZT5A 1H4PA 5CQ1A 1WCGA 2A3AA 4J28A 3UESA 1VIWA 2E0PA 1NH6A 2FGLA 3ZJ6A 4URIA 1K9DA 3APGA 3UG3A 3TP4A 4ATDA 1UD2A 4MDOA 4J3VA 2ZX6A 2ZX5A 3AQUA 4U31A 3AIQA 4FLOA 3WDQA 2ZWZA 3ARQA 3MKKA 4EE9A 3QHMA 5GNXA 3SCUA 2ZUNA 2XVGA 5LYRA 2E8YA 1YQ2A 2J74A 1DWJM 1LF1A 1HL9A 3RM9A 1VEMA 1XD0A 4D1JA 1FHDA 2VQTA 2BHZA 2VC9A 1UD4A 3WF4A 3B9DA 3EMCA 2G3JA 2XIIA 4PMYA 2DIEA 1B0IA 1ITXA 4QCEA 1V0MA 2WBGA 3G6MA 4CU6A 2WKLA 2J7DA 4AYSA 1XRVA 1S46A 4GI6A 2BXZA 3VVGA 1C91A 1HN1A 1ODUA 2WVUA 2DPEA 4W86A 4GI9A 4HU8A 1XD1A 4RE4A 3WQWA 1MYRA 2QLYA 4CN4A 4YPJA 3L2LA 4E2OA 1BYCA 4W7VA 2E4TA 1SMAA 3CGTA 1H49A 2VZOA 4D6IA 4HZ7A 4Z2LA 3CHDA 1JXJA 4KH2A 2WPGA 4NRRA 4PSRA 3K8KA 1QPKA 1M01A 1JZ6A 3T08A 3VINA 3WY1A 3K1DA 1BFNA 4P7NA 2J25A 3BSHA 2XYLA 1PZ3A 5IFTA 5HBFA 2ZUVA 2OSXA 4XX6A 2ZX9A 1MW2A 3CPUA 3CBWA 4WSKA 5AC5A 3WL0A 1WP6A 2FH8A 3VGDA 3W6MA 3OLIA 1OGBA 1UQYA 1XSIA 3KL5A 1V6XA 1H1NA 3RM4A 1Y7VA 4XUYA 1CGYA 3ARPA 4H8UA 1MQPA 4PTVA 1BVNP 3OLGA 4D6GA 3EMQA 1KXTA 4HMCA 2WWDA 1XCWA 5D9MA 3M6DA 3FY1A 4AD1A 4CU7A 4MB1A 1UHVA 3WQVA 4H04A 1NOFA 4R27A 3W25A 3NDZA 1W1VA 5GPRA 2CETA 5A6MA 4KRUA 1W3KA 3BAIA 3VD5A 4IPLA 1EA9C 1CGWA 2MANA 2UY4A 1JI2A 1DP0A 1KB3A 1W32A 4CCCA 2XJ7A 3EDJA 2EXOA 3AROA 3AZTA 2VOTA 5E0FA 1KWKA 3ECQA 1VJSA 4MNJA 2YLLA 1C8YA 1D2KA 1GQKA 1CDGA 5IHRA 3RILA 1UKQA 4W85A 1E4IA 4UZUA 2IXVA 1KFWA 2VVNA 1SYTA 3VOCA 1XH2A 3OIHA 1PIFA 3UR7A 2CERA 4TVDA 1IZJA 1QBAA 1FP8A 1V6WA 1OIFA 2PWFA 1C92A 1HJSA 5CSYA 1HT6A 2BY3A 1OM0A 1W2PA 8A3HA 3F5JA 2JIWA 4JKLA 1EHAA 1KWGA 3AHXA 1FOBA 5AY7A 4MJ4A 5BROA 1QW9A 3AS3A 5A2BA 1JI1A 4HA3A 2WC3A 1UA7A 2A3CA 1QI3A 1I1WA 1V08A 5IXEA 3VDCA 1ITCA 1B3XA 1LG1A 2F2HA 2JF7A 4AZCB 1E72M 3MSDA 1WZLA 4V27A 2WZHA 4HMEA 3WENA 2GK1A 4X0VA 3WMBA 1M03A 3AJ7A 5BWFA 1QI4A 4C7GA 4CKQA 2IUZA 2J78A 1C3FA 3CTTA 1H2JA 3OLDA 2NT1A 2VRJA 1UD6A 2YBUA 3O9NA 2DH3A 3VIMA 4Z2KA 3CUJA 4OIFA 2D22A 3ZJ7A 4NSBA 2E40A 1XHGA 1KQYA 1ZBWA 2ESCA 2OSYA 4F9JA 1UR4A 4PMXA 2WK2A 2XTKA 2VX7A 3WMSA 1Q6GA 1HJVA 4M29A 3GH5A 5IDIA 2D0FA 4UQCA 3TA9A 1ODZA 3VTRA 4ZXLA 1XH0A 1V3JA 6A3HA 1UOKA 5A95A 1X6LA 2B31A 2Q8XA 3VD4A 4UQAA 1GORA 4AIUA 5A1AA 3W24A 3MUZ1 2JIEA 4JL2A 2VJXA 3TTQA 2VURA 2JALA 1DTUA 5CPTA 2YKKA 2ZXQA 3CUGA 2DGAA 1ZJBA 3PZMA 2E9MA 1CZ1A 1E55A 2C7FA 3VX1A 1EOMA 1UR2A 4WLCA 1J18A 4IUGA 5M03A 2JEPA 1CGXA 2YA2A 2ZOXA 1B2YA 4UQ9A 4UQEA 4AD3A 3AZSA 2O92A 2YA1A 2XSBA 2WVTA 2ZE0A 2A3HA 3THCA 3N17A 3MU7A 4CCDA 1FH8A 3GBEA 1O7AA 1E71M 3AS2A 1G9HA 2EQDA 4PMUA 1EO7A 3WNOA 3SCVA 1G01A 3AHZA 3BH4A 3ZO9A 4EANA 2YLAA 4P8VA 3DHUA 3MO4A 1CLXA 3CUHA 4BQ4A 1TA3A 3SCPA 3A4XA 4UR9A 1FA2A 3SCQA 3KL3A 1DWHM 3PZOA 3WN6A 4E4PA 3VIFA 3SEPA 3AXXA 3IANA 3VUPA 2Y8KA 1UWQA 4W93A 1NWUA 3T09A 1VEOA 3RJYA 4M1RA 1HX0A 5FOOA 3AMDA 2VTFA 1KGWA 3VIHA 4BA0A 3K4AA 2BS9A 5DEZA 3CZGA 1XH1A 3WD0A 3WH7A 4LPCA 4GI8A 1OWQA 3QGVA 5LA0A 3PZ9A 2E8ZA 1FFRA 2WSKA 2J7FA 7A3HA 2GSJA 1ISZA 2OLHA 1HVXA 2ZUTA 2WANA 1H41A 2DIJA 2J47A 4Z2IA 2XWDA 2XWEA 1JDAA 4ACYA 3NDYA 4J3SA 3PZUA 3OGRA 1V02E 3GZAA 3AZRA 3VGEA 1R86A 1W9BM 3T2QA 2X2YA 3S6TA 3ZIZA 4AZ6A 1J01A 2W66A 3AIBA 1TUXA 4HMDA 2Z1SA 4MB4A 2UY3A 1PX4A 1C7TA 4W87A 1HJXA 2GVYA 4MTVA 3VDHA 1JDDA 4MJ2A 3VMNA 1OGGA 4TX6A 4WKHA 1GQIA 1M7XA 4WKAA 1B9ZA 2V3FA 3GM8A 4PUEA 3SUVA 2BNJA 2PWEA 2X09A 2W67A 4B15A 4TXEA 3FHAA 3OGSA 2Y4SA 3WUGA 2QV4A 3AXHA 3HJEA 4HP5A 4B3KA 4DM2A 5CZKA 1R85A 3AYRA 1LQ0A 3PZVA 1EO5A 1OGSA 1JNDA 1GNXA 1J0HA 4F8XA 3SCNA 7TAAA 3S2CA 1EHNA 4JCMA 2DEPA 1GOOA 1WO2A 1UH4A 1E6XM 1E70M 3NJ3A 4P7QA 3VGGA 4JKKA 3CHEA 1KCLA 3F4VA 3BXWA 2WWCA 3IAPA 2QPSA 1H0IA 1P6WA 2QHAA 5GNYA 1HKJA 2XFRA 3CO4A 4JHOA 1NWRA 3VMOA 3L4ZA 1Q4NX 5A6JA 1G0CA 1MW3A 1XYFA 3G6LA 2DT1A 4ML4A 1I1XA 2WCSA 1UKTA 2RGMA 1W9PA 3AHYA 1UH2A 2XPKA 2W92A 3CZEA 1CLVA 3MS8A 5KEZA 5AYIA 5A94A 3KEHA 2WCGA 1A47A 3GNRA 2VR4A 3M46A 4UTFA 4J3TA 5HPCA 3WNPA 1JD9A 3FNDA 2BVTA 1UWRA 3M7SA 3OG2A 3FN9A 3MUY1 4UZSA 3GDBA 1W2VA 5CXPA 4FF5A 1ECEA 3I3BA 3MUIA 1JYXA 4IISA 3WF3A 2ZUMA 1HVQA 1U30A 3NUKA 1G94A 1QHPA 5E6YA 4U2YA 3WH8A 1UR1A 2BVYA 3SUUA 5M5DA 1M04A 1WDQA 4PMRA 4QDMA 2PWHA 3ALGA 3KL0A 4CU8A 3N12A 3WKZA 2YJQA 4D6FA 3DHPA 1C7SA 1V3MA 4U5KA 2ZXBA 3POHA 4JL1A 5BXRA 1UZ4A 1XV8A 4J3XA 4PMQA 2WHJA 3PZIA 5I23A 4KGJA 4CD6A 5A3HA 4ZE5A 4PMNA 1XYZA 3NIYA 1E4MM 1E4LA 4H8HA 4PBGA 4WIWA 1E6PA 2O9RA 4PCSA 4V2XA 1WZAA 3WH6A 2OSWA 2C8NA 1JYWA 2XVLA 3MMUA 3IJ7A 1B3ZA 1G5AA 1NOUA 1NM9A 3PZQA 3WIJA 1GOMA 4AEFA 3MSGA 1CGVA 2WAGA 1R87A 3VD3A 3MMWA 3WQ6A 5C71A 2WLZA 4BQ2A 2VCBA 2YL5A 3U5UA 3IJ9A 4AZBA 4AZ5A 5GQBA 2AAAA 1WZMA 2Z1KA 4PN2A 4TUFA 1LL6A 2WB5A 5EBAA 5D8WA 4PMOA 3BMWA 2DT0A 1W9UA 2WSPA 3VO0A 1UUQA 3LMYA 4Z2JA 1OD8A 3WDRA 3BMVA 3L4UA 1VFUA 4D6JA 1QOXA 1E0XA 1WKYA 2YOCA 1PIGA 3GNPA 4K68A 4BCEA 2G3MA 4LGXA 2WM0A 3DC0A 4UOQA 5A8QA 3VIJA 2UY5A 3RPMA 3PZGA 4HOXA 3MV01 2VCAA 5ABFB 3NSNA 4E8CA 4CUCA 1DEDA 4UFIA 4PTWA 3AMKA 4DM1A 4DUWA 1V0KA 2JF6A 1B3WA 1ZBCA 3THDA 3SIMA 1BGAA 2D23A 1H3GA 5D9PA 4BQ5A 4W88A 1KXQA 3VNYA 3WEOA 3EDDA 5I77A 1PAMA 1C8QA 4JKMA 3K46A 5DMYA 4HZ8A 2CNCA 1QVBA 2D3NA 1BQCA 5ECUA 1W3JA 1J12A 4KGLA 1WDPA 1CXEA 3AI0A 3ZQ9A 1KXHA 2FHFA 3CZKA 2ZUWA 3KZSA 3PTKA 3PZTA 3CLWA 4AC1X 3BAXA 3QHNA 1ESWA 5D4YA 5C70A 1WNOA 2XSAA 1MVYA 4D72A 2QF8A 5E9AA 4MADA 5E0CA 1NQ6A 3W82A 2XGBA 4JHZA 4TOQA 5GNZA 4AIOA 3WQ8A 2G41A 2O9OA 3LPGA 3WUEA 4KRTA 9CGTA 4E8DA 5IFPA 1UWTA 1DWAM 2OWWA 4Q7NA 1JZ2A 4D6EA 5I78A 4WF7A 1GHSA 2ZICA 1OIMA 1JZ5A 1J11A 1AVAA 2GJXA 1UG6A 1HKIA 3WF2A 1E40A 1JZ3A 2YL9A 2FGZA 1W1PA 4D1IA 1UR0A 2D2OA 2PWGA 4UNIA 3GXFA 1ISYA 3A4AA 4OBRA 3FXYA 5DF0A 1JD7A 1CPUA 4ACZB 1PJ9A 5TD4A 1HP4A 3NSXA 2F61A 1L0PA 1UR8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1E1F A;  1HJU A;  3BAJ A;  3TJX A;  2YXX A;  3LHY A;  4B5V A;  2YCJ A;  2GUU A;  4K6A A;  3UER A;  3GYC A;  1PYM A;  1HZY A;  1KTB A;  5L3B B;  3S6O A;  4CI2 B;  4TIM A;  1W1B 1;  3X1D A;  4ONV A;  4QG9 A;  2VL4 A;  2AE9 A;  2Y5J A;  3UUM A;  2IQ0 A;  3ABX A;  4EWN D;  1E9I A;  3TUU A;  5CG0 A;  2PD5 A;  1WKE A;  2OWC A;  1NDZ A;  3WQC A;  1IXP A;  2WZT A;  2XZ9 A;  1LDC A;  3PG9 A;  3O15 A;  4IGU A;  3SZ8 A;  1O68 A;  3B9N A;  3AIS A;  1O12 A;  1DXE A;  1HNZ T;  4MAL A;  3L0N A;  3TYD A;  4GME A;  2OKO A;  2GJP A;  3SB0 A;  3GR7 A;  1MDL A;  1DQW A;  3WUF A;  1ZEE A;  5LHE A;  3UR8 A;  4FR6 A;  3GTN A;  1KF6 A;  3TRO A;  2NR4 A;  5C2C A;  3AAL A;  5HXR A;  2GQ9 A;  5CLT A;  3W1R A;  3OW1 A;  3T7V A;  4UCF A;  3ZT7 A;  1GZJ A;  3VDG A;  2L5H A;  2VNC A;  3NQD A;  4O13 A;  4Z91 A;  3NCO A;  1J9Y A;  4JFW A;  4S3J A;  2VKD A;  5AQQ B;  5CGT A;  1XYM A;  1GYM A;  3EDE A;  5KZD A;  3FST A;  3ZJ8 A;  4FAM A;  1R7A A;  2OZ3 A;  2NXI A;  3AIE A;  1EB3 A;  3LYE A;  3RND A;  2D2S A;  4WD0 A;  1B3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1FHL A;  1ZB5 A;  2GFT A;  2V3G A;  3WQ4 A;  3QHO A;  2VZS A;  4L4O A;  4UQD A;  2BXY A;  2AMG A;  2BHY A;  3AYS A;  2CCR A;  3LPF A;  2JEQ A;  1BTC A;  3ARX A;  3SUR A;  2VUY A;  4J3W A;  5JUV A;  2CBI A;  1MFU A;  1CYG A;  2DSK A;  2X0H A;  2WLY A;  1V3I A;  1FH9 A;  5DT5 A;  2WW5 A;  4L4P A;  5A8N A;  5F7U A;  1BAG A;  4UOZ A;  4PTM A;  1DHK A;  1GUV A;  4HU0 A;  1YHT A;  4TX8 A;  4C7D A;  4B9Y A;  3F5L A;  1B30 A;  3I3D A;  4UFM A;  5E09 A;  3J7H A;  4D6C A;  4KMQ A;  3GBD A;  4QLL A;  3ZMR A;  5A6A A;  3EDF A;  4GQR A;  4JIE A;  5FIP A;  5A6S A;  2EO7 A;  1BHG A;  4AZH A;  1JGI A;  4MNK A;  1GJW A;  1JF5 A;  4P8X A;  3W29 A;  2EJ1 A;  4NF7 A;  4CN1 A;  3L4T A;  3VMP A;  1EQP A;  3ZSS A;  3TOP A;  5KZ6 A;  1D3C A;  3HMC A;  1UD5 A;  1R8L A;  1W9X A;  2FHB A;  5A6K A;  1TVN A;  3CMJ A;  1SMD A;  3W37 A;  1K9E A;  4PSP A;  1PBG A;  3U7B A;  2OWX A;  3L2M A;  3VNZ A;  2VX5 A;  1JIB A;  4M56 A;  4Q22 A;  4HPG A;  3QOM A;  2TAA A;  3PBG A;  3AHT A;  4HTY A;  1QHZ A;  3VPL A;  2F8Q A;  1B90 A; 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