3P7IA

Crystal structure of escherichia coli phnd in complex with 2-aminoethyl phosphonate
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli uti89
total genus 119
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12974 Phosphonate-bd ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3p7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3p7iA02
3CG3A 1ZIUA 3CFLA 3GBAA 5CMKA 1PEBA 1MQGA 3PMVA 1A8EA 3K4UA 4U1ZA 1MDP1 1NNTA 3R6UA 3IOVA 2CZLA 2XXUA 1MXYA 3DP6A 5DVJA 2HXWA 1NNPA 2XTLA 4ONYA 1JVXA 3K6WA 4DCYA 1A40A 3FGSA 4BLAA 1MH3A 4G8HA 4IGRA 4IO7A 2NUVA 1LB9A 4JSOA 4YZZA 5AA4A 1B1XA 3ONMA 1LLSA 4R9GA 3DELB 3HHFA 3C31A 2NVUB 3E13X 1XC1A 3UN6A 1RYXA 5F7VA 2XX8A 1R6ZA 2QS3A 4NF6B 1N0TA 4MLQA 3DP8A 3B6QA 5I59A 3ZS6A 4I62A 3H6VA 5K2XA 2ZNUA 1MXWA 3MAMA 1N04A 4QSDA 4OWDA 3JZJA 3TTRA 3ILTB 3RTFB 2HFBA 3N5LA 2XXXA 3TMGA 3OENA 1A7LA 1FQBA 2X7PA 3A3CA 3G3FA 3CIJA 4EQ9A 3CVGA 1OQGA 2VGQA 1B46A 1MY3A 2R6GE 3M3FA 1MY1A 1POTA 5CMBA 3L6GA 4ZEKA 3TYHA 5L9OA 3FV2A 3PV0E 4DXBA 3FUZA 1CE2A 4RNSA 4I8CA 3RTWB 3K6XA 1D9VA 4R73A 4JDFA 1NMUA 2VD3A 4F1YA 4YMAA 2HEUA 2G0UA 4DXUA 3ZKLA 1LSTA 5A5XB 4FATA 4PFWA 4LVQA 5AE4A 3M3LA 4IY6A 1ZU0A 3MJNA 3VXCA 3EF7A 1P1WA 1S50A 2I0CA 2F36A 5FTHA 2PYYA 1B58A 3JYRA 4TLMB 3PUWE 4EDPA 5KCJB 1SW4A 1EH3A 3OD7A 4G2ZA 2Q2CA 2REGA 5I2NA 5JK4A 4EQBA 2H98A 4OFOA 2MBGA 1PDAA 5DVIA 4YB7A 1H44A 4RY1A 3OSRA 3UA8A 3TAJA 4NF5A 5EYFA 2DP8A 1A55A 2ZYNA 1I6AA 3HCQA 1B0HA 1NFTA 3N26A 4BDRA 3D4GA 3G3KA 3G7WA 1AOVA 4TOZA 4X1BA 1MDQA 3TQWA 4H65A 3QYTA 3KN8A 3TFLA 5I57B 4ZEBA 4P0IA 1IEJA 2DWJA 5DT6A 1WVJA 2XXVA 1FQDA 4KR5A 2A5SA 3RT8A 4POWA 2NWJA 3THIA 3FJGA 3FVNA 3K00A 1NKXA 1LVFA 4L0RA 5CBSA 3SKPA 1FTLA 1SW1A 4WEPA 4ZE9A 4AB6A 1YPNA 3KSJA 4LONB 4PFTA 5CRYA 5I59B 3O29A 3PMXA 1I6BA 3CI8A 3VVEA 3DM0A 3MC2A 4HW8A 2YJPA 1D4NA 4PE5B 3H6UA 1L5TA 3FVKA 4EF1A 2H5YA 2ZYKA 1SBPA 1B05A 3SEYA 1VE4A 2X7QA 3IB2A 5AA3A 2ONSA 3LUYA 3IB1A 3IOWA 3U92A 1LBCA 1P99A 2RCBA 4U22A 2XXHA 1M5EA 3QSLA 1VFDA 3GBBA 1Y3PA 4GOTA 4WKMA 1F9BA 1FTOA 3FXDB 5AA2B 1Q35A 2XXTA 4X1DA 4QSEA 4F2QA 2OCUA 1LCFA 3E3KA 3Q28A 1QW0A 3U8QA 5H8QA 5H8HA 1DMBA 1M5DA 3S2VA 3VLUA 5CMCA 3PPPA 2XXQA 4F3GA 1JW1A 4AB5A 3K2DA 4B6XA 3M8UA 4JWXA 1UTHA 3MP6A 1B3LA 5L8DA 4C1UA 5I2NB 3MUQA 3QIMA 1Q1KA 4JXIA 3EQ1A 1MY4A 4KD5A 4F2OA 4NF4A 1XT8A 4ZEDA 4KYEA 1QSDA 1PBQA 4G68A 3K1PA 1UQWA 1B40A 1UTBB 4Z0IA 5BWJA 3CR9A 2G93A 2ZMBA 1D9YA 4F29A 4KQPA 4FIMA 1FTKA 4MFIA 5ICTA 1B4ZA 4LZ5A 5B7DA 4O3BA 4F18A 1ZMGA 3CSGA 3IO6A 4U2RA 1AIVA 1QUJA 1MS7A 3VLVA 1B32A 1P1OA 3IR1A 1PC3A 4DDDA 3IORA 1TFDA 5CI5A 4GXSB 3VE1B 1MPCA 4HCYA 3W9WA 3C9HA 3QXMA 4MF3A 1XVXA 2D21A 3MPLA 4GXAA 3MP8A 4PETA 3T22A 3TQLA 2F8DA 1B9JA 3C35A 2NOOA 2V25A 5TPAA 3R7XA 4NE4A 4Q0CA 2O68A 1II5A 2F34A 1MQDA 3FZVA 2Q2AA 4KYSA 2REJA 4H6DA 3PUYE 1YCJA 3KJTA 4F3BA 4IO6A 4OFLA 4YU0A 4KYDA 2HAUA 5JEIA 4U21A 4DE8A 2X9YA 4RPNA 2AL5A 4ELPA 3OEKA 2Z23A 1SYHA 3H6TA 3O6GA 1OVBA 1B7ZA 2OWSA 1B3GA 4H8JA 5JTYB 4NF8A 3LSWA 1MQHA 3TKDA 3PPNA 4IO3A 4PQJA 2I3WA 1LFGA 1JEVA 4DIGA 4ZZEA 3KSXA 2I48A 4J2CA 3G3IA 1J1NA 4FECA 4QFKA 3S9NC 1TXFA 1IITA 3PD9A 3KN3A 3T9HB 5CBRA 1QKBA 4QFPA 2Y7IA 3IB0A 4RJZA 4F1UA 1PB7A 1ZBMA 4K3FA 1HSEA 1GVCA 3A3UA 3TELA 2OWTA 4HTGA 1MPDA 4LQ2A 1BP5A 3MPKA 4FAJA 1GGGA 2E1SA 1DTGA 1B6HA 4LQ5A 1DTZA 5L9SA 2DS9A 3S4UA 3SESA 2PBWA 2W7YA 1IUDA 5H8NA 4E0XA 5CMMA 1FQAA 2QMWA 3OO8A 3PD8A 3UIFA 5KDTA 1ELJA 2VOZA 3SEVA 3MVWA 1JW5A 4NEDA 3MP1A 1TT1A 3O6HA 4NF4B 3C33A 2V93A 2OJTA 5FHNA 3GZGA 2Y7KA 1R9QA 4RPOA 1LCTA 4FJPA 3HN0A 1JETA 5I56A 1ANFA 3ZKKA 4ELRA 3FASA 1B51A 3H03A 3BFTA 2HCAA 4BDMA 2I58A 2GHAA 3UGWA 2F7CA 4X9TA 3TCGA 2FYIA 2RINA 4DCXA 4ELOA 1P1NA 3QUJA 3RNNA 3FJMA 3VLWA 1LAFE 4MBPA 3K1MA 2VHAA 5DEXB 2Q89A 4KHZE 3PUXE 3WAFA 2ANJA 4P11A 1A8FA 4N6PA 3CRBA 4CQIA 5I2KA 2V3TA 2P2AA 1JVYA 1I69A 4C0RA 4EUOA 3C32A 4FEDA 2V3QA 3ECRA 4ND9A 3UK4A 5FHOA 1H43A 3WAEA 4RK2A 1T0KA 3PUVE 1POY1 4XIGQ 5TPAB 1P1QA 2ONKE 3VV5A 2RKMA 4RYAA 2QPQA 2IC6A 1O7TA 2DWHA 2XX9A 3MBPA 4TLLB 4GD5A 4G4PA 4R6HA 4F31B 2OZZA 1Y3NA 2DE3A 2I6EA 3VVDA 2ALUA 1EU8A 3TODA 3FXRA 1H76A 3LSXA 1NL5A 3RT6B 1OLAA 2FA7A 4GQOA 2Q88A 4KCCA 2G29A 2QS1A 1ZTYA 3HV1A 4XXUA 4F22A 1B5HA 1USYH 3EPEA 1M5BA 4RA1A 4TQUQ 4M4GA 3JV9A 4NTLA 1IXGA 3FVOA 1XHYA 2XD2A 4XKRA 1RKMA 1R1NA 3FV1A 3C4MA 4JSDA 1XS5A 2UYFA 1FQCA 3MW0A 2XXRA 4GVOA 4G68C 1QVSA 5DYHA 1FW0A 2B3FA 4G77A 1XVYA 5AA4B 4E0WA 4X48A 4QSCA 3VVFA 3O28A 4U4SA 4R6KA 4RXLA 4H5FA 3O66A 2M8CA 1AMFA 3RGYA 1B2HA 3OEMA 2UYEA 4RK9A 4GF8A 2Y7PA 1QULA 4IO4A 2F7AA 2GH9A 1N7WA 3AXFA 1VR5A 4IGTA 1JEUA 3EHSA 4QHQA 5DTBA 1CB6A 3U93A 3K6VA 1SW5A 1LFHA 3W9VA 3H6WA 4R6YA 1GR2A 2PT2A 3IJOB 1S7YA 2AIXA 4R9FA 2F6GA 1IXIA 1IXHA 4N07A 3TKLB 3DP4A 4MLVA 3RLFE 4R2FA 3LR1A 1PB8A 4PFUA 3C36A 1IJ6A 1LRZA 1Z0PA 3RY3A 2CMOA 3U94A 2KLFA 1MQIA 1MY2A 3D4CA 1D3KA 4PFYA 4OEVA 3PUZE 4FE8A 2C5IT 4ZDMA 5BUUA 3S9MC 5ITPA 4I9DA 5DVFA 3E4RA 2HAVA 3VDFA 3PPOA 5ELVA 1DPPA 5HM4B 3VFJA 3G3GA 1B5IA 4EXLA 1Z7NE 5TP9A 3GLBA 4KI0E 2HZKA 2RC9A 5M2VA 3OSQA 3B6TA 3MVXA 3T9XB 1URDA 4LZ8A 5B70A 1M5FA 4L17A 5IAIA 3T66A 1N76A 3LC8A 4OFJA 2QRYA 4F3SA 1B3FA 4NF6A 2QSXA 4OEUA 2V3UA 2PX1A 3UORA 1Y3QA 3FXUA 1EZOA 1N3XA 1HSJA 4FEBA 4FORA 3OOAA 3B6WA 1PBPA 4QFLA 5AA2D 3V83A 1AL3A 3H06B 4NWDA 4OESA 4NF5B 3B7DA 1SI1A 1QUKA 1JW4A 3TEPA 2I0BA 5J1DA 3SEXA 4M1VA 2Z8EA 3TTLA 4GL0A 4OYVA 1FCKA 3V5AA 3S9LC 1LBBA 2XXPA 5HBCA 4AQ4A 2BJJX 2P1SA 3UP9A 4BDOA 3TZAA 2THIA 2FNCA 3BFUA 3IJXB 4DXCA 1SDXA 1H7CA 5ISUA 1GV8A 4EF2A 1H45A 4KFQA 1ZKEA 1S9TA 2I49A 5LOMA 3IAZA 4ZEFA 5A5XA 2A5TA 3CKDA 2VD2A 4O3AA 1DSNA 2DSFA 1DOTA 4ZE8A 5IKBA 2IA4A 1MH4A 3N94A 4C1TA 1LGBC 2F97A 4U23A 5AA1A 2KWHA 1YTVA 2QL3A 2XX7A 2X26A 1US5A 1MQJA 2DVCA 4YAHX 1IXCA 5KCJA 1OVTA 4IO5A 2P0SA 3PGFA 1WODA 2GHBA 4ZECA 3S9EA 3KOTA 2RC8A 4DNDA 3FIRA 4GL8A 4Q30B 3HHGA 1SVXB 1TFAA 5F1QA 2DXYA 3F11A 5CC2A 2ABHA 1ZLQA 3CSBA 4ELQA 3IOTA 3USDA 4GFRA 2GFEA 5H8SA 5L9MA 2QS2A 3HPIA 3K01A 3TTKA 2F7BA 1BKAA 4P0GA 4Z7EA 2O6AA 3SDFA 2GRVA 2E0SA 3O9PA 3LSFB 3TCHA 2ZYMA 2ONRA 3W15C 2O7UA 3FATA 1MXUA 3KGCA 3N6TA 2D5WA 3EHUA 1DPEA 2O84X 2AYSA 3H7MA 2B65A 4KPTA 5I57A 3I6VA 1NH8A 2Z8FA 4R74A 3L6HA 3K0VA 1URSA 3OELA 1JNFA 5H8HB 5H8QB 2R9JA 5TP9B 1QJMA 2UVHA 1OIBA 3BKIB 3V89B 3RPWA 5I58A 2X9WA 2DQVA 4IO2A 3C34A 4EYYR 4LZ7A 1P1UA 4FI5A 4JWYA 3TPAA 4YKIA 3IOUA 1UTHB 3OXNA 2IEEA 5HPQA 4DZ1A 1YAEA 1B7UA 1FQEA 1LAHE 4GRKA 3KN7A 3FXQA 3RUMA 1QUIA 3CVRA 4O3CA 1N3WA 1O63A 2ZNSA 2I3VA 4U4XA 4YB5A 2DWAA 2ESNA 4G68B 2Z22A 3P7IA 1IZ1A 4OTEA 1QKAA 3OO6A 2RC7A 2XXWA 3VXBA 3K1NA 5ITOA 2HZLA 4HCWA 5EHSA 1MG1A 1NNKA 2DXRA 4F3PA 3OO7A 2YPNA 1Y9UA 3KBRA 4JWOA 2UVIA 4YKPA 1H3DA 2F5XA 2XXIA 2ZXTA 1TWYA 1MXXA 1WDNA 2ZYOA 3H4ZA 3RQTA 1B1HA 4HS7A 1AH5A 3T93B 4GLIA 3SEUA 3TTNA 5AA2A 3FD3A 2A5TB 2O69A 2O1MA 1LB8A 1RYOA 3Q27A 5KZTA 1EZPA 3ODBA 2DWIA 3QUFA 4LUBA 1MY0A 5CM6A 4G8MA 5FTIA 2OBGA 1MM7A 4F19A 4KCDA 3U1OA 3KG2A 2OLBA 4QFNA 4YKKA 4THIA 1B4HA 2DVZA 4NMYA 1HSLA 1XOCA 3SERA 2QS4A 2V84A 3KOSA 3A09A 1N7XA 2Y7RA 2HQ0A 3MZBA 3MZ1A 3MVYA 1MRPA 3TUSA 4G8NA 4YKJA 4BDLA 1NH7A 3IK6B 1BLFA 4H8IA 4OVJA 3MQ9A 1SW2A 3ZSFA 4QFOA 3G3HA 1Y20A 1B7HA 2B3BA 1FTMA 4NF8B 1UTBA 3MVZA 2UXAA 1EZ9A 3FJ7A 2O7IA 3ILUB 4QF9A 5FHMA 3K6UA 1ATGA 3KJ7A 4MH5A 3IX1A 4F39A 2Q9TA 4YB6A 4JBZA 2H9BA 4GIZA 4Q5TA 1N84A 4LA9A 1PB9A 1USYE 2R71A 1SQYA 1A54A 1B0LA 1OMPA 4H0WA 3MZ9A 3KEIA 2F35A 4EQ7A 2YLNA 2DYXA 3T96B 5TU0A 2Q8JA 1Z7ME 3EHTA 3V8XB 5I58B 2WKYA 3Q25A 3CG1A 3EN3A 3HSTA 5I84A 1IQ7A 1A99A 4QRZA 2QJEA 2RF1A 4IB2A 3MXZA 4U1OA 1B52A 1R9LA 1IIWA 3LSLA 2F6PA 4YICA 5H8NB 1ZJLA 1VFEA 4R75A 1M5CA 3PMWA 2I4BA 5KDTB 4ZS9A 3O6IA 3M3KA 2C5JA 2DE4A 1UIVA 5H8FA 3PPQA 1Y4TA 3TDJA 4OETA 2Y84A 2IC9A 1NNFA 4OENA 3U72A 5EHMA 5I56B 2H25A 1BTJA 2F78A 5JTYA 3QK6A 2KWIB 4JB7A 3TTMA 2K48A 3PU5A 1MXZA 3R26A 1LAGE 3QAXA 4OERA 2CA5A 1MXVA 1SYIA 2XD3A 3L3PA 1I6QA 4YMBA 4H67A 1KWHA 2QMXA 4ZZAA 4DLDA 5I2KB 3LBSA 2PT1A 4XKPA 2AL4A 2RCAA 3GXAA 3MWBA 1B3HA 1GTKA 4GWOA 2VP1A 2LAOA 3SETA 2Y7WA 3K02A 4UACA 2XHDA 3T9UA 4F1VA 4XTCQ 1MM6A 1OLCA 4Q8RA 4EXKA 1SD3A 2H99A 3O2AA 1Y1MA 4OHNA 2O51A 1JQFA 1LFIA 2DE2A 1US4A 3OO9A 2Z8DA 4ZEIA 4OMBA 1FTJA 2PVUA 1LAXA 3T9VA 1MPBA 1Y4CA 5K2YA 2C5KT 3RN8A 4BDNA 1IJ5A 4XKNA 4R72A 4LATA 3G3JA 3DLNA 4H1XA 4I1DA 2DOJA 3O97A 3CFXA 3SEWA 2H4IA 2X9XA 4NWCA 4N13A 1FQFA 2PMSA 4UA8A 1URGA 1UIUA 3BBRA 3PPRA 3TCFA 3Q29A 4ESWA 3KZGA 5DEXA 2OK2A 1B5JA 3I3VA 4WXJA 4BDQA 4OQOA 2O1LA 5ICQA 2D3IA 4H5GA 4ESXA 2UVJA 4POXA 3KFMA 2NXOA 4XKQA 3N6UA 4R2BA 3OMBA 1VSOA 3H3GA 4LP2B 3CFZA 1SI0A 1B3EA 1BIYA 4WEDA 4OZ9A 3I5OA 4ISUA 1O64A 1OQHA 3IO4A 2I4CA 4OXVA 1Y1ZA 2ZNTA 4ECFA 3FVGA 2XXYA 3IL1B 2UVGA 3FXEB 5H8FB 3E9XA 4PP0A 4IY5A 3HO7A 3Q26A 1ZKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CG3A 1JP4A 1ZIUA 3CFLA 3ZN0B 4TNWA 3KV4A 3UFEA 4AS5A 3GBAA 3NRYA 3UQ7A 5CMKA 4MMPA 1PEBA 1DU2A 1LBWA 1MQGA 3PMVA 1A8EA 3K4UA 4PAFA 4U1ZA 1MDP1 1NNTA 3R6UA 3IOVA 3FZMB 2CZLA 1X79A 2XXUA 1MXYA 3DP6A 5DVJA 3PUZF 1KA1A 4GX4A 2HXWA 3SFDA 2GK9A 4CI2B 1NNPA 2XTLA 3TLSA 4ONYA 2L3LA 5CA0E 1JVXA 2LE8A 3K6WA 4DCYA 1UGOA 2EHOD 3ZMZB 5CGMA 1XI6A 1A40A 3FGSA 4ZS2A 4BLAA 1MH3A 1RDZA 4G8HA 4IGRA 4IO7A 4IR8A 1XMQT 3AB3B 1LB9A 2NUVA 2N9DA 4L9IA 4KI0F 4JSOA 4YZZA 5AA4A 1B1XA 2VQET 2FVZA 3ONMA 1LLSA 4R9GA 3DELB 3HHFA 3C31A 2WDQA 2NVUB 3E13X 1XC1A 3HI2A 3UN6A 4H63V 1RYXA 3VU7H 5F7VA 4LF5T 2XX8A 1R6ZA 2QS3A 1IBKT 3RHWA 3C4ZA 1N0TA 4NF6B 3PJAJ 1Q9DA 3DP8A 2NTYA 3B6QA 4MLQA 3ZS6A 5I59A 4HWFA 1L0VA 2RP4A 4I62A 3H6VA 2DWGA 5K2XA 2ZNUA 1MXWA 3MAMA 1N04A 4DUZT 4QSDA 4OVPA 4OWDA 3JZJA 3TTRA 4ZZCA 3ILTB 3RTFB 2HFBA 3N5LA 4EIWA 2XXXA 3TMGA 2PBIA 3OENA 1A7LA 1FQBA 2XQ7A 3Q5WA 5L4EA 5AQFB 4JI6T 2X7PA 3A3CA 3RKGA 1LVKA 2Y48B 3G3FA 2LEHA 2CMRA 4JUYA 3CIJA 2E9XC 3CVGA 4EQ9A 1OQGA 4KP3C 1HR0T 2V5DA 1B46A 2VGQA 2YU1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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