The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
119
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sequence length |
300
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structure length |
300
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Chain Sequence |
KALNFGIISTESQQNLKPQWTPFLQDMEKKLGVKVNAFFAPDYAGIIQGMRFNKVDIAWYGNLSAMEAVDRANGQVFAQTVAADGSPGYWSVLIVNKDSPINNLNDLLAKRKDLTFGNGDPNSTSGFLVPGYYVFAKNNISASDFKRTVNAGHETNALAVANKQVDVATNNTENLDKLKTSAPEKLKELKVIWKSPLIPGDPIVWRKNLSETTKDKIYDFFMNYGKTPEEKAVLERLGWAPFRASSDLQLVPIRQLALFKEMQSVKDNKGLNEQDKLAKTTAIQAQLDDLDRLNNALSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transport protein
|
source organism |
Escherichia coli uti89
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molecule keywords |
PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter
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total genus |
119
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structure length |
300
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sequence length |
300
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2010-10-12 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF12974 | Phosphonate-bd | ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BFT A; 4R74 A; 1PBQ A; 2GHA A; 3S4U A; 3MPK A; 3MJN A; 2KWH A; 2WKY A; 2O51 A; 4G68 C; 2LAO A; 4NF4 B; 4NMY A; 5L9M A; 4O3B A; 3TOD A; 3TPA A; 3TKD A; 3KN3 A; 1MY3 A; 4LA9 A; 4BLA A; 5ITO A; 4DDD A; 3MUQ A; 3PPO A; 3L6G A; 1YTV A; 4GL8 A; 2I3W A; 1USY H; 3SEV A; 2UYE A; 4QFO A; 1B5J A; 4L17 A; 4PFY A; 2HAU A; 3BBR A; 3PPN A; 1QUJ A; 4ESX A; 2I48 A; 3S9N C; 1MM7 A; 3RQT A; 2RIN A; 2GFE A; 4F39 A; 1B52 A; 3SEW A; 4OHN A; 2YLN A; 3CR9 A; 4OFL A; 2ZNS A; 3RY3 A; 4HS7 A; 4Q0C A; 4GF8 A; 4P0G A; 4LZ7 A; 4HW8 A; 4FAT A; 1MXU A; 3C34 A; 1B9J A; 2UVG A; 1Y3Q A; 1B5H A; 2VHA A; 5AE4 A; 3B6Q A; 2GHB A; 3CG3 A; 2XXY A; 1UQW A; 3ODB A; 3QXM A; 2VOZ A; 3L3P A; 2V93 A; 2XXU A; 3DP4 A; 4GIZ A; 2UXA A; 4U1O A; 4PFW A; 3VVE A; 3MVZ A; 4GXS B; 2XXX A; 2XX9 A; 1JEU A; 5KDT B; 2FYI A; 1LLS A; 2DE3 A; 3PMX A; 3IK6 B; 3TDJ A; 4I62 A; 4FI5 A; 4LUB A; 4MFI A; 4I9D A; 3O28 A; 1FQD A; 4EQ9 A; 4EUO A; 3TAJ A; 4DZ1 A; 1SD3 A; 3SEY A; 2PVU A; 4NE4 A; 1N7X A; 5JTY B; 3MW0 A; 2B65 A; 4R6K A; 3I6V A; 4MLQ A; 2V3U A; 2ONK E; 3IB0 A; 5L9O A; 4RYA A; 3R26 A; 3TUS A; 3KBR A; 4KHZ E; 1A8F A; 3SET A; 4GVO A; 5I57 A; 3KOT A; 2QL3 A; 3VXB A; 5K2X A; 1J1N A; 3KN7 A; 3OEN A; 4THI A; 2X9Y A; 3RGY A; 4XXU A; 4KYD A; 2XXQ A; 5DEX A; 1MH4 A; 5TU0 A; 4NF4 A; 1Q35 A; 4NF8 B; 4EYY R; 3OO9 A; 1MDQ A; 2I4B A; 3TYH A; 1N7W A; 3KFM A; 1RKM A; 3I3V A; 3Q28 A; 2F6P A; 4KCC A; 1TWY A; 4WEP A; 5AA4 A; 1BTJ A; 3IOR A; 1IUD A; 2Y7I A; 1MY1 A; 4RK2 A; 3E9X A; 1A99 A; 2V3Q A; 3ILU B; 4YB7 A; 5EYF A; 3K0V A; 4DXB A; 1FCK A; 1R9L A; 4R73 A; 4HCY A; 2V3T A; 2Z8D A; 2NOO A; 5H8F A; 2Q89 A; 4IY5 A; 3RPW A; 3A3C A; 3K6W A; 3FZV A; 4E0X A; 5L9S A; 3S9L C; 3K6X A; 2DWI A; 2FA7 A; 3OO7 A; 4LZ8 A; 1VSO A; 3HST A; 2F7B A; 4EQB A; 3EHU A; 4GLI A; 4XTC Q; 1UTH B; 3C4M A; 1B2H A; 1LAG E; 3TMG A; 2E0S A; 1QUL A; 2X7Q A; 2ZNU A; 1WDN A; 4R6H A; 4DCX A; 2P2A A; 4PQJ A; 1PBP A; 3FJ7 A; 2K48 A; 3HPI A; 5CI5 A; 5KDT A; 5J1D A; 4L0R A; 3H6W A; 3RTW B; 1FQC A; 4OVJ A; 1I69 A; 4ECF A; 2R6G E; 1XT8 A; 2XD3 A; 2AL4 A; 2DVZ A; 1I6A A; 1TFD A; 1URG A; 3IJX B; 5JEI A; 3VXC A; 1P1W A; 3IOV A; 2F8D A; 2QS1 A; 1M5B A; 4H5G A; 4OER A; 3H3G A; 2Q9T A; 2P0S A; 1QSD A; 4EXL A; 3G3F A; 2DQV A; 2HQ0 A; 1AIV A; 1RYX A; 4AQ4 A; 1NKX A; 2VP1 A; 3VVD A; 1XVX A; 4G2Z A; 4NWC A; 4KQP A; 1JNF A; 2X26 A; 1POY 1; 3C36 A; 3LBS A; 4OEN A; 1MPD A; 1MY2 A; 3L6H A; 4P11 A; 1LRZ A; 1TT1 A; 4IGR A; 3SER A; 5I58 A; 3OO6 A; 1PC3 A; 1B1H A; 3M3F A; 1EZO A; 4PP0 A; 1EZP A; 2A5S A; 1NNK A; 1L5T A; 4KCD A; 2ZXT A; 4HTG A; 3UK4 A; 1Y3N A; 2H25 A; 3DLN A; 1VE4 A; 2H4I A; 3GLB A; 3ILT B; 2OWS A; 5B7D A; 1O7T A; 4OEV A; 1OLC A; 4GFR A; 4R2B A; 4KYE A; 3IOW A; 1OVB A; 3UGW A; 2Q2C A; 3K1P A; 4ZS9 A; 1B0L A; 1YCJ A; 3MZ1 A; 4KI0 E; 2ESN A; 5I2N B; 3UP9 A; 3GBB A; 4RPO A; 4GXA A; 4IO2 A; 3EF7 A; 1O63 A; 1IZ1 A; 1JVX A; 3KG2 A; 5AA2 D; 1ZTY A; 3CSG A; 1TXF A; 4H8I A; 3T9U A; 1UTH A; 1NH8 A; 1PEB A; 1MG1 A; 5K2Y A; 3FVK A; 5TP9 A; 5I2K B; 4IO4 A; 1LAF E; 1N0T A; 5H8N B; 5AA2 A; 1GVC A; 4M1V A; 5CM6 A; 5AA3 A; 1MXY A; 4OMB A; 3Q29 A; 4BDM A; 3MWB A; 1Y4T A; 1I6B A; 4OWD A; 4R6Y A; 3I5O A; 5ICT A; 4YB6 A; 3K01 A; 2QMW A; 4DND A; 3UN6 A; 1GR2 A; 1MPB A; 4F2Q A; 2C5J A; 2QS4 A; 1H44 A; 5DYH A; 4TQU Q; 5L8D A; 1URS A; 1SQY A; 1MRP A; 4F3P A; 3K6V A; 2F36 A; 4U4S A; 5CBS A; 4PET A; 3JZJ A; 4X9T A; 2DYX A; 2NVU B; 1A8E A; 2ZYK A; 4OET A; 5FTH A; 4LAT A; 1IIW A; 2O7U A; 1ZLQ A; 2XXW A; 2XTL A; 3QAX A; 3FD3 A; 4H67 A; 4P0I A; 3CG1 A; 3QSL A; 4IO5 A; 1IJ5 A; 1N3X A; 3IJO B; 2OJT A; 4ZZE A; 3RTF B; 2AL5 A; 2RC9 A; 1MM6 A; 2QPQ A; 1YPN A; 1AH5 A; 3FGS A; 2W7Y A; 3FXE B; 1KWH A; 3FJG A; 3S9M C; 3IAZ A; 3TTK A; 1FQE A; 4UAC A; 3U93 A; 2Y7R A; 1ZBM A; 2F6G A; 4JWX A; 1H3D A; 2REG A; 3K2D A; 1IXG A; 2ABH A; 1POT A; 4IY6 A; 2RC7 A; 2CMO A; 1QUK A; 2FNC A; 1OQH A; 1AMF A; 1LAH E; 1GGG A; 4I1D A; 1Q1K A; 4X1B A; 3KGC A; 2UVI A; 3OD7 A; 2DWH A; 3FVO A; 2F78 A; 1D4N A; 3P7I A; 3HHG A; 4ZE8 A; 4Z7E A; 1MXZ A; 1EU8 A; 3PGF A; 4WKM A; 2G29 A; 3E4R A; 4KPT A; 3LUY A; 4QSE A; 4DXU A; 5A5X B; 4OEU A; 3CIJ A; 3CFX A; 4IO3 A; 2DS9 A; 1JEV A; 1B51 A; 1UTB A; 3IOU A; 3C32 A; 4QFP A; 3IL1 B; 3T96 B; 1FTJ A; 5KZT A; 1WVJ A; 4BDO A; 1MXX A; 1XHY A; 3O66 A; 4WED A; 4YB5 A; 1P1N A; 2UVH A; 3DP6 A; 1XS5 A; 2F34 A; 5DTB A; 4TLM B; 4J2C A; 1PB7 A; 1A55 A; 4B6X A; 4GL0 A; 2UYF A; 2NUV A; 1OQG A; 1JQF A; 2OLB A; 3PPR A; 1UIV A; 3TTN A; 4YKJ A; 3VLV A; 3GZG A; 2G0U A; 1SDX A; 2F97 A; 2I58 A; 2H99 A; 1MPC A; 4JSD A; 2GH9 A; 3TTM A; 4GQO A; 1Y4C A; 3N5L A; 4OQO A; 1B58 A; 3EQ1 A; 3MZB A; 3C31 A; 2RCA A; 5H8H A; 3U72 A; 4ZEI A; 2PMS A; 4BDR A; 3MVX A; 3CRB A; 3PUZ E; 3G3I A; 3H4Z A; 3O97 A; 4QHQ A; 1HSE A; 4F2O A; 1D9V A; 1B32 A; 3T9X B; 4ELR A; 4ZDM A; 4H65 A; 4YU0 A; 4I8C A; 4KD5 A; 3CVR A; 3FVN A; 2DE4 A; 1QKB A; 5CBR A; 2C5I T; 3V8X B; 1FQF A; 1B4H A; 4QFL A; 5HPQ A; 1DOT A; 5I59 B; 1M5F A; 1UIU A; 3M3K A; 3K4U A; 3T66 A; 1MY0 A; 2OCU A; 3FV2 A; 2F7C A; 4OFJ A; 3OO8 A; 3H6U A; 2CZL A; 5A5X A; 5CMK A; 2THI A; 1NNF A; 2XX7 A; 3TCH A; 1B05 A; 3BFU A; 4X1D A; 4OYV A; 1B0H A; 4U2R A; 3MAM A; 3K00 A; 2XX8 A; 4U22 A; 3G3J A; 4RXL A; 3Q25 A; 2ZYM A; 2HCA A; 1Y1M A; 3OMB A; 3VDF A; 2O1L A; 3F11 A; 3FV1 A; 1SI1 A; 2Y7W A; 3GBA A; 1Y20 A; 2O69 A; 1NL5 A; 3QUF A; 4ND9 A; 2H98 A; 3D4C A; 3KSX A; 1LBC A; 4Q8R A; 3DM0 A; 3Q26 A; 4LON B; 4XKN A; 1TFA A; 3G3H A; 4UA8 A; 2Y7K A; 4IB2 A; 3OEK A; 1PB9 A; 1MXV A; 1MH3 A; 4QFN A; 4RNS A; 5EHS A; 4AB6 A; 1F9B A; 3DP8 A; 4ELP A; 1HSL A; 1FTL A; 3KJ7 A; 5IKB A; 3MZ9 A; 1BKA A; 4R2F A; 3R7X A; 1R6Z A; 3KOS A; 1B3E A; 3LR1 A; 4QSD A; 1SW1 A; 3OOA A; 2Q8J A; 3RUM A; 5JTY A; 5KCJ B; 1FQB A; 2DWA A; 4F31 B; 2B3F A; 2QRY A; 1FTO A; 2I6E A; 1B3F A; 2VGQ A; 2ONS A; 4PE5 B; 5ICQ A; 1Y1Z A; 3RN8 A; 1FQA A; 2I0C A; 3A3U A; 3TZ