The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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sequence length |
192
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structure length |
191
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Chain Sequence |
DLSSFGIREGISEIIASTGFEHPNAAPIGIVMKGERPFVRLFKGSHTWENVLKEKCLASNVVYDPILFVRSTFSDLVPSEFEYVDGEFKFPVLKEAIAWVVFECINLRNTDQSLVADLVPLNAGFNERNIKELPVPNRGFNAVLEATVHATRYQLTGEEKYLELIRHYESLASKCGGDAEKKAMKLIYEAL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of conserved FMN bound hypothetical protein from Methanosarcina mazei
rcsb |
| molecule keywords |
Conserved hypothetical protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Methanosarcina mazei
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| total genus |
54
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| structure length |
191
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| sequence length |
192
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04289 | DUF447 | Protein of unknown function (DUF447) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Hypothetical membrane protein ta0354_69_121. | ||
| Mainly Beta | Roll | Pnp Oxidase; Chain A | Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RZ0 A; 2QCK A; 3R5P A; 1I0S A; 2RE7 A; 3CP3 A; 4HMW A; 5CHO A; 4R82 A; 2ASF A; 3HY8 A; 4ZKY A; 2HTD A; 3VYA A; 1RZ1 A; 3ZOF A; 3ZOE A; 1W3O A; 4N7R C; 3R5L A; 1WV4 A; 3BNK A; 3VY2 A; 3K87 A; 4L82 A; 2R0X A; 1WLK A; 4YBN A; 3EC6 A; 1RFE A; 2R6V A; 2ECU A; 1FLM A; 3CB0 A; 2IAB A; 3IN6 A; 1DNL A; 3KYF A; 4HX6 A; 1W3P A; 2HHZ A; 2I02 A; 2Q9K A; 1CI0 A; 1W3R A; 3DNH A; 3ZOC A; 4HMT A; 3VY5 A; 2D38 A; 2ED4 A; 1XXO A; 5ESC A; 2D36 A; 3BA3 A; 3F7E A; 1I0R A; 1EJE A; 1TY9 A; 2ARZ A; 2IG6 A; 3U35 A; 5JAB A; 3R5W A; 2RDE A; 2FUR A; 1G77 A; 1WLI A; 2FG9 A; 1G76 A; 4XJ2 A; 1Y30 A; 3R5R A; 3BPK A; 1YLN A; 3R5Z A; 2FHQ A; 2D5M A; 3ZOH A; 5BNC A; 3K88 A; 2X1J A; 4HMX A; 4Y9I A; 2AQ6 A; 3A6Q A; 2HTI A; 3AWH A; 1AXJ A; 4HMS A; 3B5M A; 4QVB A; 3RH7 A; 3DMB A; 2QEA A; 3KYG A; 5CHE C; 3GAS A; 2NR4 A; 1T9M A; 1VL7 A; 4XHY A; 1G79 A; 3TGV A; 3DB0 A; 4YWN A; 1W9A A; 4Z85 A; 4IRA A; 2PTF A; 1XHN A; 3R5Y A; 1YOA A; 3ZOG A; 3HMZ A; 1W3Q A; 3ZOD A; 2ECR A; 2X1K A; 1WGB A; 3E4V A; 2A2J A; 2IML A; 2E83 A; 3A6R A; 2HQ7 A; 1JNW A; 3NFW A; 2D37 A; 1USF A; 1NRG A; 2GJG A; 1USC A; 4HMV A; 3FKH A; 3U5W A; 3SWJ A; 3AMF A; 2OL5 A; 1X9B A; 4F07 A; 3K86 A; 3PFT A; 1G78 A; 3U34 A; 3U0I A; 3H96 A; 3A20 A; 2I51 A; 2VPA A; 2OU5 A; 3FGE A; 2HQ9 A; 4HMU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5ETW A; 2LOP A; 4H9N C; 4HFH A; 1MIV A; 2W0G A; 2V8S V; 3A5X A; 3JC6 D; 4DV1 T; 4YTP A; 5KMG P; 4NUV A; 3LBX B; 3AAE B; 2EHO C; 4XAX B; 3UTK A; 3ZN1 B; 4X66 T; 5FY0 A; 2Y6X A; 4YTM A; 4KHZ F; 3TLV A; 3LJC A; 2CE7 A; 5LG3 A; 3Q2M A; 3L09 A; 4ZI2 C; 4HKA A; 2LRL A; 4QH5 A; 1CI0 A; 3ZOC A; 3F57 A; 2E5L T; 2V7L A; 4HMT A; 5HEJ A; 2WWV A; 4JYA T; 1FJG T; 2W62 A; 1WLI A; 4XJ2 A; 4HWF A; 1WRD A; 3VR9 A; 3ZST A; 2H88 A; 3J9X 1; 5JTG A; 2JIW A; 4DV5 T; 4AKI A; 5AQV B; 3DMB A; 3RRC A; 4X5T A; 2XQ6 A; 3C50 A; 2FJD A; 3P8C D; 4Z85 A; 4O2A E; 3HA4 A; 1HG5 A; 2WAU A; 5HXC A; 2Q9Q D; 3KDS E; 3RHW A; 2LE8 A; 2JRK A; 2LSG A; 2RPA A; 2XAH B; 3NBX X; 3BQL A; 2UU9 T; 2QVA A; 4U3C A; 2D0U A; 4OFZ A; 2VPA A; 1KNP A; 3ABV A; 4DR4 T; 2WS3 A; 4PAG A; 4ZHQ E; 4UF0 B; 3CK6 A; 3QOF A; 2FBW A; 5CFB A; 2UXD T; 1VRB A; 3RC3 A; 1KK7 A; 4AIS A; 1MMN A; 4W64 A; 4ZS2 A; 2LSJ A; 1NWM X; 4U33 A; 2CBI A; 3IEE A; 4DND A; 3LG7 A; 5ABF A; 1MNE A; 2VAS A; 4CN6 A; 1VCS A; 3ESL A; 4TV4 A; 5FL1 A; 1OXZ A; 3IBP A; 1W3R A; 3Q5D A; 4NXN T; 3K8P C; 2XSB A; 4KUM B; 1YQ4 A; 2CEA A; 2BG9 C; 5TAO A; 2HN2 A; 1I94 T; 1Y30 A; 4HN9 A; 3KV6 A; 3ZMS B; 3UU3 A; 2H89 A; 3TLS A; 1HNZ T; 2GUJ A; 4L5G A; 4PW8 A; 1WR6 A; 1HS7 A; 5C8Y E; 5CHE C; 3VU7 H; 2XAQ B; 5AQN B; 3EAM A; 3RYI E; 1W9A A; 4KBM B; 2WU2 A; 4UVA B; 4PNI A; 2A72 A; 3HMZ A; 2C5I T; 1HG2 A; 4B3R T; 4CXW A; 4N78 D; 1S35 A; 2HPJ A; 3DP7 A; 4QXB B; 3CQX C; 4QKN A; 5AQU B; 3U5W A; 3ZYM A; 2CXD A; 2IC9 A; 2L1T A; 4TUY E; 4WBO A; 3PFT A; 3EHZ A; 3ZPO A; 2IUB A; 2Z6E A; 3PTR B; 4TNV A; 4BJM A; 4HMU A; 2V6Y B; 5LMU T; 2PG8 A; 1RZ0 A; 2CHO A; 5J2T E; 4EXT A; 2KIN B; 4HTE A; 4IDN A; 2HTD A; 2VKO A; 1XNR T; 3AE9 A; 4Q25 A; 4U74 A; 3FZL B; 5L3B B; 2E5V A; 1BR2 A; 3P4W A; 4AKR B; 3R5L A; 3H3M A; 3UUM A; 1UGO A; 2NW7 A; 5FL0 A; 4YBN A; 1SHZ C; 1D0Z A; 2LSK A; 3P4Q A; 3K3Q C; 4PJJ A; 3MK7 C; 3ZLI A; 2DNX A; 4AQF C; 4DR2 T; 4U7I A; 2D36 A; 1WCR A; 2IG6 A; 2P9B A; 2RDE A; 4HKH A; 3DTO A; 2KLQ A; 4NIQ A; 3CIR A; 3E22 E; 2YU1 A; 2CWO A; 2BKO A; 3QUJ A; 4ZEY A; 3UT5 E; 1U4Q A; 4H9O C; 5FVK A; 3B5M A; 4I0U A; 2QEA A; 3ETV A; 4YTN A; 4HWI B; 4XHY A; 3AE3 A; 1XHN A; 4MAL A; 4DBQ A; 3P4R A; 2HH7 A; 3RQU A; 4GYS A; 1HCI A; 1OED A; 5L47 A; 3FB2 A; 2AE9 A; 5AQP B; 4AI6 A; 3ZYK A; 5EK3 A; 5C3J A; 3RC8 A; 2V6X A; 5L3F B; 1XZY A; 3H37 A; 2UXC T; 4HGA A; 3R84 B; 5L3C B; 4GK5 E; 4TNW A; 3PUA A; 2H7O A; 4QH4 A; 2XQ9 A; 4IDQ A; 1X79 A; 1JNZ A; 4K0U A; 2UXB T; 2IAK A; 3NWI A; 3ZMZ B; 4JI5 T; 1ZEE A; 4DVD A; 4H9S E; 4L82 A; 4CI2 B; 1UK5 A; 3F31 A; 2CWY A; 3AE6 A; 4ISS A; 1N33 T; 3MA9 A; 2VKH A; 4JEU B; 5FXW A; 1J5E T; 1DNL A; 4O8S A; 2HHH T; 1HTJ F; 3A8Y C; 3EI0 A; 2M6I A; 1W3P A; 4UVB B; 3DNH A; 3EAB A; 1T8B A; 4XZC A; 4EIW A; 2E9X D; 4PFO A; 4LFC T; 3FZK B; 4TWF A; 3C4Z A; 5JRC A; 2WDV A; 2BKP A; 2X0Y A; 4HMX A; 2ODU A; 2ES0 A; 4PJL A; 1MMD A; 4BAY B; 3C4X A; 4B3S T; 5KX5 E; 4IRA A; 4JI7 T; 3G06 A; 5JDM A; 1YOA A; 2DHR A; 3AA6 B; 4KI0 F; 4KX6 A; 3E4V A; 4BA9 A; 5HCJ A; 5JR9 B; 1JNW A; 3O1I A; 2D37 A; 4O4L E; 4IST A; 5F3J A; 5C2T A; 1UX5 A; 1B7T A; 4QHO A; 1X9B A; 2XAS B; 2ODV A; 4LF9 T; 3H96 A; 3T8O A; 2KND A; 2DL1 A; 1XWM A; 2CLY B; 5ABF B; 4ILU A; 4TX5 A; 1T7S A; 5AQG B; 1W0A A; 1IBM T; 5CHO A; 4ZI2 D; 5JVD E; 3CPZ A; 2ZMA A; 1RZ1 A; 2V1D B; 1Y64 B; 3ZKR A; 4MLK A; 4EYY R; 4YSY A; 3WAK A; 4GOU A; 4X1K E; 4JI6 T; 3LDQ B; 4JI3 T; 1NAF A; 5AQH B; 2ECU A; 3P7I A; 3C51 A; 4JI4 T; 3AEC A; 3RKO A; 3ZN0 B; 3N2K E; 4EZH A; 3ZT7 A; 1XXO A; 3JAD A; 2H3R A; 1LVF A; 3PUW F; 3AA7 B; 1EJE A; 4DO0 A; 1G77 A; 2QGS A; 5BR8 T; 1HX8 A; 5DQV A; 2BVL A; 4ILB A; 2CRB A; 3CX8 B; 4IGU A; 3ZOH A; 2YK0 A; 2AQ6 A; 1LRZ A; 3P4P A; 4IRE A; 2NWB A; 5LCY A; 4CZZ B; 3TKL B; 4CN4 A; 4YSZ A; 3I1A A; 4YJ3 E; 3P4S A; 3DB0 A; 3OBV E; 2VVN A; 2LSY A; 3O9X A; 3QC9 A; 3ETU A; 2MBG A; 3UUB A; 1NRG A; 1UCU A; 2PBI A; 3SWJ A; 3AA0 B; 2WDQ A; 4HFC A; 5LJM A; 1KF6 A; 4U31 A; 5CA0 E; 3RIU C; 4LML A; 3O1J A; 2HPL A; 2K24 A; 5CJ5 A; 4AXP A; 4EGW A; 3M3Z B; 3JAF A; 2QRX A; 3ZOE A; 2W4X A; 1NEK A; 5HXS A; 1ZP0 A; 3VKG A; 4DV7 T; 2R6V A; 1XDO A; 3V5U A; 3CQC B; 4CQI A; 3KYF A; 2X9W A; 3ZT6 A; 3AAI A; 3CX7 B; 4B3M T; 1XDP A; 4FI5 A; 2YDR A; 4LMK A; 5L4E A; 3UU5 A; 3PV0 F; 3NZP A; 5JAB A; 1MMG A; 4Z91 A; 4DR7 T; 1HX1 B; 5L4H A; 3UFE A; 4I55 E; 4AKH A; 1ZOY A; 3FHN A; 2D9D A; 1IJ5 A; 1OED B; 3ZMV B; 1JNR A; 3RH7 A; 2RP4 A; 1W09 A; 4U2Z A; 3R6N A; 4EZ4 A; 3U3I A; 3TGV A; 2GK9 A; 2L3L A; 5F8P A; 3R5Y A; 2LHR A; 5AQL B; 5LBM A; 3C98 B; 4O4H E; 2WU5 A; 3ZSS A; 4DV4 T; 3B13 A; 2M67 A; 2HQ7 A; 3N9Q A; 3N9O A; 2FJE A; 2KSR A; 5IUX A; 4KHP T; 4NXM T; 3KV5 A; 3MKD A; 1Z8U A; 3EVY A; 1G78 A; 2JQK A; 4DID B; 4PJM A; 3Q5X A; 4HFE A; 3RLF F; 3ZC1 A; 4PK4 A; 3NVO A; 2QCK A; 2XQA A; 2A3D A; 4QWN B; 1MMA A; 4YHH T; 2X9H A; 4TWH A; 1N32 T; 4R82 A; 1KNR A; 3EDV A; 4P1N A; 4IDO A; 2OV9 A; 3N9P A; 4C90 A; 2XHE B; 2KWI B; 2LHN A; 3ZT5 A; 5JR9 A; 1ZHC A; 5JRC B; 4JUY A; 5FKY A; 3IN6 A; 1DU2 A; 4HX6 A; 4KMC A; 5ABG A; 2HHZ A; 2X9Y A; 2I0M A; 3V4H A; 3ZCJ A; 4OYJ A; 3RYF E; 3F7E A; 3AE2 A; 3AXJ B; 5HYA A; 2A9U A; 2CLY C; 5LA6 E; 3ONJ A; 4EED A; 4ZI3 D; 3OKQ A; 5M4Y A; 5DAB A; 5HEU A; 3VR8 A; 5HWX A; 2D5M A; 4XBF B; 3PUX F; 3GWH A; 2X1J A; 5AQS B; 2M6B A; 5AFU L; 5AQO B; 4HMS A; 3AE7 A; 4CXX A; 2XAG B; 2NW9 A; 5JH7 E; 1G79 A; 3ZC0 A; 2XUE A; 5H6R B; 3ZOD A; 3MXZ A; 3AEE A; 2QYW A; 3C4W A; 2YN6 A; 3N9N A; 4DV3 T; 4HEA A; 3KIN B; 3OVU A; 4H63 H; 3N5L A; 2YKS A; 1D1B A; 4QX8 B; 3IA3 A; 4JV5 T; 5KXJ A; 1W9R A; 2OLT A; 4F8H A; 2MPK A; 4WNK A; 3WI3 A; 5AQJ B; 3JAE A; 3C64 A; 2XAF B; 4GKJ T; 1T72 A; 4IE4 A; 1IBK T; 1BR1 A; 3BK9 A; 4X20 E; 3S4U A; 1J1J A; 4GIW A; 4A97 A; 5LBQ B; 1XMO T; 4PK6 A; 3UUX B; 5BMV E; 2WB5 A; 2Q9K A; 5LB7 B; 1FEW A; 2WWU A; 1I0R A; 1TY9 A; 3LSV A; 3VRB A; 3RX6 A; 2CCQ A; 3ZYL A; 3EDU A; 3SWH A; 4X1I E; 3K88 A; 4LF4 T; 2MAW A; 4ZOL E; 1AXJ A; 2PJQ A; 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1D0Y A; 1WYB A; 3AXJ A; 2AXD S; 2DCF A; 4ZZC A; 5FMN A; 4JI8 T; 1FMW A; 3DJB A; 2HQ9 A; 2LJL A; 1HNX T; 3E08 A; 3I9W A; 2YIN A; 3N9M A; 2BS2 A; 2DWG A; 2XQ4 A; 2N9D A; 4DR3 T; 1MIW A; 2VKJ A; 5LGN B; 1XMQ T; 2XZE A; 4CI3 B; 2W67 A; 4YHJ A; 3ZOF A; 4IL4 A; 4E7Z A; 2I59 A; 4N7R C; 3BNK A; 3PDY A; 2SPC A; 4IE7 A; 2R0X A; 5H6Q B; 4EEB A; 3KV9 A; 4AQG A; 2IAB A; 1IJ6 A; 5HEG A; 2V7I A; 4NPP A; 4LF7 T; 3UUL A; 3OYZ A; 4IDP A; 4JI1 T; 2XQ7 A; 3ONX A; 4DV6 T; 3CML A; 1IZN B; 4PFP A; 4V1A v; 2ARZ A; 3FXE B; 3QB5 A; 3U35 A; 2WMO A; 2W61 A; 4IT4 A; 3FZF B; 3E0Z A; 2G0U A; 4MBQ A; 3N9L A; 2FHQ A; 4UHV A; 2UUA T; 3AAA B; 3A6Q A; 2ACZ A; 4L0R A; 5AQF B; 3RH3 A; 2JQQ A; 3RIA A; 2WBL A; 2W63 A; 2BG9 B; 3AVR A; 4H63 V; 1W3Q A; 3L39 A; 2PFV A; 4MFR A; 2KT9 A; 4DR5 T; 1Y12 A; 3NFW A; 4P09 A; 3UU6 A; 4LF6 T; 3SOL A; 2YU2 A; 4QXC B; 3K1S A; 2XJ7 A; 5AQR B; 2UXX B; 5EK4 A; 3U0I A; 3PUG A; 5J2U E; 4CI1 B; 2I51 A; 2K4Q A; 4DR6 T; 3Q9D A; 2VB6 A; 3O1H A; 4QX7 B; 3ZJ1 A; 1M62 A; 4HMW A; 2ACX A; 4ZKY A; 4G63 A; 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