4UR9A

Structure of ligand bound glycosylhydrolase
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
713
structure length
685
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPANEVVKGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKSRLSAGLQKAPVKFVRFTNYLRQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Discovery of Selective Small-Molecule Activators of a Bacterial Glycoside Hydrolase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 685
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2014-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4ur9A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ur9A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4ur9A01
4CGTA 4HOXA 1KXVA 1HKKA 2ZXBA 2GK1A 1E6QM 3ZOAA 3DYOA 2E9MA 2GJPA 1N82A 4CD5A 2WKLA 3AISA 1KR0A 1Q6EA 4UFHA 2CESA 1V3HA 2HISA 1ITXA 7TAAA 4W7VA 2XFFA 5D9OA 2J7EA 1E6NA 1EDGA 2D0HA 2WMGA 1R7OA 3SUUA 1DHKA 4W7UA 1J10A 4TX6A 2B31A 2CKRA 2VTFA 2O9OA 2JFEX 2YA2A 4IISA 4W87A 2XGIA 4UQ9A 4E8DA 3M46A 3J7HA 3HN3A 2W62A 4AZHA 4WJXA 2D22A 5GQBA 3W24A 1AVAA 4ACZA 3ZSTA 1US3A 4D6CA 5CXPA 3FW6A 3WQWA 2Y8VA 3VD3A 2JIWA 3FY1A 1QI0A 3WFLA 3WD0A 3CIVA 1HKIA 5E0FA 4P8WA 1JNDA 3BAXA 1E0XA 1BYBA 1W9DM 1DTUA 3AS0A 3TONA 1EQPA 2WXDM 2YA0A 3BAKA 4HPHA 2WC7A 4P7QA 3VD9A 1B90A 5E0CA 1FFRA 2VQUA 3RPMA 3BLKA 1J0YA 2BVTA 1I75A 4S3KA 4OBSA 3VD5A 2ZWYA 3WUBA 4JFVA 1E4IA 3VGEA 1CXIA 4U3CA 4BA0A 1V02E 5A6MA 5CPTA 1NWRA 1A3HA 7CGTA 3WQVA 3WUGA 3T0AA 4HZ6A 1MW1A 2WANA 4H7VA 2C0HA 4GIAA 4UNIA 1WDQA 4J3UA 3W0KA 4HMDA 2FHCA 2WYSA 3WBEA 2WMJA 3BLPX 4AISA 1E73M 4W89A 2ZE0A 4Z2HA 4MAZA 1NQ6A 1UKSA 4E8CA 2BY3A 4U33A 2CBIA 1JD7A 1JZ2A 1QNOA 5ABFA 2DSUA 3WMBA 1QPKA 4CN6A 3LPPA 1BGAA 2ZUUA 2VOTA 1MQPA 5FL1A 3BSHA 4UFKA 1B3ZA 3FHQA 1NP2A 3I3BA 1H09A 1XRVA 2YBTA 2XSBA 5A8OA 2DT2A 2VJXA 3O2LA 2VO5A 3PHAA 5A94A 4W93A 4GZIA 3VD7A 1EGZA 2Z1SA 1F4HA 4D6FA 3WL1A 2CNCA 1Z32X 1Q6GA 4GXPA 4KGJA 3A47A 3F5LA 3PZQA 1ISVA 1OD0A 1MVYA 3WN6A 1BFNA 1CGVA 5CLWA 1GJUA 3T0BA 4WSKA 2V3FA 4TTUA 4JAWA 4J3SA 3CMGA 2O9PA 4K68A 2ZICA 3VPLA 3VMNA 4AIEA 1FH9A 1ITCA 2BXYA 3QHNA 1JZ4A 1C93A 2BHYA 1GQIA 1WO2A 3ALGA 3VIOA 1LWJA 1V0MA 3UG3A 2BHZA 4CCDA 5BYWA 4CUCA 2VX6A 2WZEA 4MNKA 4W86A 4X0NA 1KCKA 2ZOXA 4XZWA 1CYGA 2E9BA 3ARSA 3DYPA 2CHOA 3BCFA 4GO8A 3BC9A 4HZ8A 1UH2A 1QI5A 4KH2A 4TXEA 4CU7A 4PBGA 4GINA 3S6TA 1KB3A 1W1TA 4UOQA 4B3LA 1D3CA 3RILA 4MPKA 5BXTA 4PUEA 1AQMA 2GDVA 1MWOA 5A1AA 5FL0A 3WKZA 1JYWA 3OZPA 1SYTA 3PTMA 1HP5A 1KR1A 1BHGA 5TD4A 2FGZA 3TTOA 1H0GA 3BXWA 2JF7A 1KBKA 1UUQA 1TFVA 1CBGA 1DEDA 1V0LA 1JGIA 3GNOA 2XHYA 4JKKA 5A6SA 2EXOA 1TA3B 3ARWA 1XH1A 2EEXA 2VRKA 5I79A 3CLWA 3TTQA 5A6BA 4UQEA 3ARPA 4P7LA 3CHEA 2VX5A 4D6HA 3AJ7A 2Y24A 2IUZA 1HJXA 1BGGA 5LYRA 1SMAA 2JEPA 5D9PA 3TOPA 3BMVA 3VX1A 1JDCA 3EYPA 4BCEA 3AIVA 2WHJA 1HJSA 3WQ8A 2GK1B 4DWSA 3VGDA 3AS2A 2WWCA 1PBGA 3HMCA 4WKHA 1EA9C 2BHUA 1DWIM 4ML4A 3BAJA 3VD4A 4QDMA 1B31A 1MQRA 1CGTA 1WAWA 3BCDA 2E0PA 1K6AA 2BY1A 4NI3A 1UQYA 3ZMRA 4WLCA 2QPUA 1UKQA 4R5EA 1GOIA 3SCRA 4P7RA 5A2CA 1SR0A 1BYAA 3MANA 4KWUA 3LPOA 1BYDA 2DIEA 4CU6A 4DUWA 4ZE4A 1JF6A 1E6XM 1GHSA 5A2AA 1E40A 3CUHA 1DWHM 3TTYA 4UFIA 4ACZB 2X1IA 2OLHA 4NSBA 1VFFA 4GI8A 4MADA 1E71M 5FD0A 2A3CA 2CBUA 3IK2A 3U5YA 3DECA 3PZMA 4UQDA 5CSYA 1FFQA 4PMYA 5HDRA 3SUWA 3EDDA 1G5AA 3U7BA 1UWUA 1NP0A 1NH6A 2D24A 3WENA 2X0YA 4FLOA 2VR5A 4FLSA 4CCEA 3AQUA 2Y4SA 1UQZA 5KZ6A 1UD2A 1WCGA 2J7DA 3WSUA 4JIEA 2G41A 1VJSA 3WH5A 3S2CA 4M29A 3T0DA 4U5IA 1GZJA 5GPRA 1BAGA 3AMLA 3A4XA 4HA4A 1E1EA 2XUCA 2QHAA 3AHVA 1DWJM 3ZJ6A 2J7BA 4LYQA 3BAYA 1GPFA 5I2UA 1E55A 2DH2A 4MB5A 4E4PA 4BQ3A 4PEEA 3VIKA 1UWQA 3EDFA 4AD2A 1OM0A 3N12A 1NM9A 4IPNB 3QOMA 1V3KA 2IXUA 3T2PA 2F2HA 3W27A 4Z2JA 1LWHA 5IFTA 1H0IA 4TX8A 4B15A 2GJXB 3GTNA 3GBEA 5ABFB 1UG6A 1DWGM 2O9RA 1JAEA 2WVTA 4GI6A 2VCAA 1BYCA 1TVPA 1E43A 4B9YA 1OIFA 3AIEA 4WF7A 1VFUA 4AD3A 2G4FA 1Q6CA 2AOSA 3HU7A 2C8NA 4AXNA 5JIPA 1WDRA 1CIUA 4H8HA 1QOXA 4AZGA 1HKJA 5ECUA 2VC9A 2FH8A 3I3EA 2PI6A 1RH9A 3L2LA 3POCA 3ARYA 3CUFA 3ZT7A 1KWGA 1HN1A 4UFMA 1JF5A 1XYZA 2E4TA 4JFSA 1NWTA 3NDZA 3B9AA 1B3WA 1J0IA 3TTSA 2Y8KA 3FAXA 2NT1A 1J0HA 4E2OA 2X2YA 1X6LA 1JYNA 1R86A 3VM7A 3KEHA 3SCSA 4DM2A 4AZ6A 4UCFA 2NSXA 3MV11 5GNZA 1RP8A 1J11A 1CPUA 3N1AA 3WNKA 4PTWA 4MJ2A 4TVDA 1V0NA 5A8PA 3WUEA 2BXZA 1WNOA 3K8KA 4CN4A 2VCBA 3GH5A 2CBVA 4OUEA 4D71A 3CZKA 2VVNA 5DFAA 1WZKA 5GNYA 3U57A 3WBAA 1V02A 4UQAA 3EDJA 5IHSA 2VUYA 4WK9A 2J74A 2CIPA 5D9MA 2XFYA 4HOZA 3RJYA 5DF0A 6TAAA 1JD9A 4CKQA 2FH6A 7A3HA 1O6IA 3PZIA 4GQQA 3AZSA 4U31A 1ISYA 1XGZA 4UZSA 3CZ8A 4B3KA 2WW5A 5IFPA 1U2YA 1ISWA 1PJ9A 1TA3A 2DPEA 1SMDA 1EH9A 1QHOA 3WL0A 5CJ5A 1PZ2A 1W9UA 2A3EA 4AEFA 3DHPA 2WMFA 4LXFA 3JUGA 3F5JA 4N0RA 1PIFA 5AY7A 3AXIA 4V28A 1XHGA 1W9PA 3AHYA 2W4XA 4M81A 3KE0A 5M5DA 1CXKA 4M24A 1RP9A 2DT1A 3QR3A 2GSJA 3WDHA 1EO7A 1UKTA 1YQ2A 4UOJA 3A3HA 5DMYA 1PX8A 4MB3A 4AYSA 3SUTA 3ZT6A 3AHXA 3GM8A 1H4PA 2DSZA 1JZ5A 2YOCA 5JBFA 2OYMA 2YDRA 5A6KA 1IV8A 3UETA 4PCSA 4A3HA 3AMGA 1CENA 1UA7A 1BPLB 4W84A 1W1VA 1V0KA 3WEOA 3PN8A 2XWDA 5DEZA 1ZJAA 2DEPA 4HZ7A 2WMKA 1EO5A 2G3NA 1CXHA 1KGXA 3VO0A 4FMVA 2D20A 2XIBA 2WLYA 4DWSB 5A6LA 1OWQA 3VIHA 1M03A 4U2ZA 2OWXA 3W28A 1UWIA 2DSWA 2J25A 4RE4A 3OBAA 1BLIA 3ZSSA 3WNMA 1UWSA 1W3LA 1W9BM 1BQCA 2WSPA 1D7FA 3OLEA 3EMCA 3ARRA 3IAQA 4TVUA 4PTVA 5BXSA 1UKPA 3KL0A 3N15A 4PMZA 1ZJBA 4M80A 4HMCA 4GI9A 5D4YA 1OT2A 1MYRA 3PZOA 1MXGA 5KEZA 1TG7A 3APGA 4MNMA 3SIMA 1UR2A 1C90A 2XVLA 1JI2A 2AMGA 5A2BA 2V3EA 3K8LA 3NYDA 5E09A 5FOOA 1XD0A 1MFUA 5IDIA 4KRTA 1LLOA 3MMWA 3CTTA 1VENA 4AZBA 4C90A 1DP0A 4BQ4A 1J0JA 4BQ2A 4Z2KA 3ZT5A 1ZU8A 2XYLA 4A4AA 4OBRA 1V6UA 3CBWA 5EFDA 5FKYA 4JHOA 5IHRA 1E4NA 3BMWA 1VBRA 1OBAA 2WWDA 5ABGA 1V6YA 4J28A 1J0ZA 1UR8A 3NUKA 1LL7A 2VX4A 3PTQA 1TE1A 4LYPA 1PZ3A 1B3XA 3AHTA 4CD4A 2DSKA 2PC8A 2GJXA 3CZEA 1HKMA 3GH4A 1U33A 1LG1A 1JXJA 3AIQA 1WDSA 3WEMA 1CGUA 1OINA 1GUVA 5A8NA 1Q6FA 4RL3A 4JKMA 5BRPA 1KFWA 2DGAA 1UHVA 3SUVA 2WVVA 4J7RA 3ARVA 2OYKA 3SCVA 3NSMA 4MDPA 4PMNA 1W9VA 3SCNA 1C8QA 2O9TA 4GZJA 3VNZA 1AQ0A 3GZAA 2PBOA 2J8FA 1R7AA 4XB3A 3QHMA 1PEZA 4C7DA 1B2YA 1GOQA 3IJ7A 1V3JA 1ZBVA 4P8XA 3N17A 2BNJA 1UD8A 5EB8A 4X9YA 4J3WA 1JI1A 3RJXA 1LJYA 2V3DA 3K8MA 1GOOA 4C7GA 4AW7A 1NWUA 4JCLA 4NRSA 3WD2A 3OLDA 2WK2A 3OGVA 4UFJA 1UKOA 3PZVA 2NT0A 1EOKA 4PSPA 5CPQA 4AEEA 5E6ZA 2TAAA 1ZBCA 3GXMA 3AICA 3MU7A 2YL5A 3MUAA 4KGLA 1J0KA 1H5VA 1W3JA 2WB5A 2EO7A 4OKDA 2PBGA 5JIWA 2VCCA 4ATWA 1H41A 3SCTA 3WF3A 1UWTA 1E6RA 2VZUA 3D5HA 4CD7A 3PZNA 4GPNA 1QI4A 1HT6A 1VEOA 2FHFA 3FXYA 1ISXA 2ZUNA 1JXKA 3K1DA 1UR0A 3AI0A 3B9DA 9CGTA 1AMYA 2Y5EA 1UZ1A 3AMKA 3T2QA 3WELA 4W5ZA 4HA3A 2JIEA 2FDMA 3ZIZA 5ABHA 3N18A 3E1F1 5EBAA 3L4WA 2QMKA 2RGMA 1DWFM 3GNRA 1HL8A 3WD4A 1G94A 4BQ5A 2J62A 2XVGA 2Y2WA 3MSDA 4U3AA 4BZYA 4UFLA 4QLKA 3OZOA 3GBDA 4NF7A 4AMCA 1K9EA 1IT0A 4OZOA 1JIBA 1JYXA 2CKSA 2WHMA 3RDKA 3DC0A 2J78A 5M3WA 4PN2A 6CGTA 1GHRA 1O7AA 1FP9A 3WQ6A 1Y7VA 1OB0A 3HJEA 2JALA 1LL6A 2MANA 1JZ6A 3WNLA 3BSGA 2CEQA 4XUYA 1JDAA 4J3XA 5BCAA 5EFFA 4MTVA 2CPUA 4W8AA 1XSIA 3K4AA 4QCEA 3WF0A 5LA2A 1V3IA 1KBBA 3F4VA 4XX6A 5D9NA 4MB1A 3POHA 3SURA 1ISZA 1E5JA 1GORA 4WIWA 1ESWA 5C70A 1AQHA 1WE5A 5ABEA 4UQBA 2W91A 1OD8A 4YHGA 3ZJ7A 3BH4A 4PRWA 1OSEA 1UH3A 1XSJA 1V6VA 2WMIA 3VX0A 1FP8A 1CXFA 5FCZA 1QNQA 5I0DA 4XV0A 3DYMA 4NRRA 1PIGA 3UERA 1NWSA 3II1A 1EOMA 2QPSA 3NCOA 4AZ7A 1CZ1A 1VB9A 1F4AA 2D3LA 4J3VA 3ZM8A 1GQJA 2QLYA 3VIJA 5EMYA 1US2A 1QNSA 2FGLA 3RO8A 3UG4A 3WF2A 1EHNA 1VFMA 4CU8A 1HJQA 2W5FA 3WH8A 2PB1A 3A4AA 1QBBA 1C7TA 1EXPA 1W3HA 4PTXA 3VMPA 4PYSA 4ZXOA 4D1IA 4W8BA 1WZAA 3NJ3A 1HF6A 1E15A 1GONA 1W1PA 1J18A 3M6DA 4PMDA 3VM5A 3CZJA 2OWWA 2CITA 3NSNA 1V3LA 4M56A 2J7FA 4PMXA 3MMUA 2DT0A 3PZGA 1CGYA 5BXPA 3MKKA 1XCWA 3SUSA 4CD6A 4QP0A 3I3DA 1E6PA 4BF7A 3MUZ1 4H8UA 3GH7A 4GZEA 2UWFA 3W4RA 4UOZA 2WHKA 1PAMA 3WDRA 2W67A 3BAIA 3CH9A 2ZUSA 4P8UA 3ECQA 4H2CA 5BRQA 1CDGA 2DIJA 3N13A 3G6MA 2OWCA 1ZBKA 3WQ5A 1TZ7A 2EPNA 5A8QA 1XD1A 2E9LA 4AZ5A 5A6JA 4AD1A 1K9TA 1E72M 1YHTA 1H11A 4Z2LA 1GNXA 1R85A 3TA9A 4HPGA 2J7HA 4M1RA 1X1NA 2D0GA 2GJRA 3WDPP 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4CGT A;  4HOX A;  1KXV A;  1HKK A;  2ZXB A;  2GK1 A;  1E6Q M;  3ZOA A;  3DYO A;  2E9M A;  2GJP A;  1N82 A;  4CD5 A;  2WKL A;  3AIS A;  1KR0 A;  1Q6E A;  4UFH A;  2CES A;  1V3H A;  2HIS A;  1ITX A;  7TAA A;  4W7V A;  2XFF A;  5D9O A;  2J7E A;  1E6N A;  1EDG A;  2D0H A;  2WMG A;  1R7O A;  3SUU A;  1DHK A;  4W7U A;  1J10 A;  4TX6 A;  2B31 A;  2CKR A;  2VTF A;  2O9O A;  2JFE X;  2YA2 A;  4IIS A;  4W87 A;  2XGI A;  4UQ9 A;  4E8D A;  3M46 A;  3J7H A;  3HN3 A;  2W62 A;  4AZH A;  4WJX A;  2D22 A;  5GQB A;  3W24 A;  1AVA A;  4ACZ A;  3ZST A;  1US3 A;  4D6C A;  5CXP A;  3FW6 A;  3WQW A;  2Y8V A;  3VD3 A;  2JIW A;  3FY1 A;  1QI0 A;  3WFL A;  3WD0 A;  3CIV A;  1HKI A;  5E0F A;  4P8W A;  1JND A;  3BAX A;  1E0X A;  1BYB A;  1W9D M;  1DTU A;  3AS0 A;  3TON A;  1EQP A;  2WXD M;  2YA0 A;  3BAK A;  4HPH A;  2WC7 A;  4P7Q A;  3VD9 A;  1B90 A;  5E0C A;  1FFR A;  2VQU A;  3RPM A;  3BLK A;  1J0Y A;  2BVT A;  1I75 A;  4S3K A;  4OBS A;  3VD5 A;  2ZWY A;  3WUB A;  4JFV A;  1E4I A;  3VGE A;  1CXI A;  4U3C A;  4BA0 A; 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