2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
1J0YA 4MB4A 4W7UA 2YDQA 4BQ4A 3MSDA 2WC4A 3NYDA 5JUVA 4Q22A 2ZXDA 2CERA 1UWTA 1US2A 3OZPA 1KCKA 1W2PA 1KBBA 4L4PA 3VNYA 5EBAA 2W66A 5A8OA 4AZIA 1VFFA 3GM8A 2WWDA 5GNZA 2DT3A 3WDIA 2WC7A 3GXFA 3RPMA 2A3AA 4W87A 3IAPA 2DH3A 1C90A 1NARA 2CKSA 3OB8A 3SEPA 1HJQA 4D71A 2WXDM 3BAIA 3AIQA 1P6WA 1LL7A 4ATDA 4AYSA 3WMSA 1VJZA 1ODZA 2IUZA 1I1XA 4D6DA 3M46A 3N04A 4JZ5A 3VINA 1JZ4A 1SMAA 2BS9A 2W91A 3CZJA 3VOCA 3AXHA 1A3HA 4LPCA 7A3HA 4GXPA 2VX7A 4IPNB 1QPKA 2UY3A 1TG7A 4F79A 2V3EA 1E3XA 3M6DA 1I1WA 2XTKA 1XV8A 2EPKX 2WVVA 1MFVA 5KEZA 1V03A 1QNRA 1X1NA 1HJSA 2DDXA 4AY1A 4W8LA 1HF6A 1QNPA 3O6AA 3AZTA 1UD2A 4AZCA 4AISA 4Z2KA 1JF5A 1ZB5A 1UH4A 4J28A 3AZSA 3WN6A 2FHFA 4GI6A 1J01A 4M80A 4JKLA 3RJXA 3W25A 2GK1A 1CZ1A 2CNCA 3ZT5A 5HBFA 3NSNA 2DT2A 2Y2WA 4ZEPA 1HP4A 2O9RA 3AXXA 1D3CA 3VGDA 4MB5A 3AXIA 3UG5A 4TX8A 1JAEA 3SCNA 2HVMA 3N1AA 1ZBKA 4UQDA 1KXQA 4TTUA 2JF6A 5AC4A 4JAWA 4IM4A 3AFBA 2ZUVA 4W5ZA 2VNCA 4L4OA 2XYLA 4BF7A 1R85A 1L0PA 3VIGA 1KCLA 2ZUMA 2BXYA 4UFMA 2J4GA 1D2KA 1BTCA 2PF0A 1ZBWA 3OLGA 3QHOA 4PUEA 2G3JA 3UERA 1BYDA 2OWWA 4GI9A 1UA3A 3PTMA 4C7GA 1G1YA 4UZUA 1OGGA 3VD3A 1M04A 4KGJA 1NQ6A 2VURA 1YHTA 4CD4A 3QOMA 4YN5A 1LQ0A 4JKKA 3WNLA 2CESA 2WKLA 1WPCA 3WFLA 4JCMA 4QDMA 4WK9A 1OCQA 1V6UA 1UR8A 1BVZA 2GFTA 1KWKA 3L2MA 5D8ZA 3TA9A 5GNXA 4JL2A 1GOOA 5I77A 3BMVA 4YHGA 1QI0A 3CTTA 1XCXA 3N12A 1HJUA 1EO5A 1SYTA 1CXLA 2VO5A 3AZRA 1NM9A 1GQLA 2DIJA 1R7AA 3L4XA 1UKSA 3F5LA 1EQPA 4HOZA 5I6SA 3DYOA 2CBIA 4XZWA 1TMQA 4IUGA 1FH9A 1OT1A 1JDAA 4Y7EA 1W3HA 2D24A 3OLDA 3CHEA 3GH4A 2PWFA 1CGTA 3UG3A 5BXRA 1PAMA 1LG1A 3II1A 2VCAA 3PZIA 4QLJA 2OSXA 1OGSA 1PEZA 3K4DA 4S3JA 2QLYA 4JFTA 3WD4A 2O92A 1Q6EA 3MO4A 4J3WA 2PWGA 5LYRA 4F9DA 4ATWA 1QNQA 2XVGA 1QNOA 1WDQA 5FKYA 1UHVA 3BH4A 2XJ7A 2CKRA 1CYGA 1S46A 3VD9A 2WSKA 2X0HA 2ZWYA 2V3DA 4RE2A 3N15A 1IZJA 4D6EA 4PBGA 4UOJA 1CGVA 3SUVA 3CPUA 1H11A 4UQ9A 5BXPA 2RGMA 4TX6A 3EDKA 1GHRA 2VQTA 1AQMA 3MUIA 3MUAA 3PZNA 1PIGA 2CXGA 1DWAM 3EBVA 1FHDA 1NWTA 1VAHA 2MANA 5AY7A 1E6QM 3VIKA 4U3AA 3T08A 4XB3A 3T0DA 2JALA 1WAWA 4AIOA 4QCEA 5FCZA 1CDGA 2BY2A 1E6XM 2WVSA 4H7VA 3GZAA 3OA5A 1H09A 2VJXA 1VEPA 1W1YA 2CETA 3WBAA 3GNOA 3WIJA 1KFWA 2XM2A 1HN1A 1OBAA 2OYLA 4CU8A 1XD0A 5FIPA 2VR4A 2QMKA 3LPFA 4LX4A 1KWGA 4HA3A 2WMIA 3A47A 3NJ3A 2VCCA 1VBUA 1XRVA 4D72A 3VKKA 2BVDA 4TTGA 1KGXA 1MYRA 4U31A 2IXVA 3A4AA 1B31A 3RM4A 1TVNA 7CGTA 4P7QA 3ALFA 4M82A 1CGUA 6TAAA 4BA0A 1WZLA 1Q6DA 1EDGA 3WF4A 1JXJA 5E6ZA 1GJWA 1B90A 2XFFA 1ISXA 5HXMA 2VZVA 1HJVA 3RDKA 4PTVA 3ARUA 4TVCA 4AD0A 4JHOA 2VMFA 4H8HA 2OYKA 5DO8A 4H8UA 2XUCA 1UD3A 3BC9A 5CQ1A 1XC6A 5IHRA 1UH2A 5A95A 1E40A 3WD0A 2BHUA 2J7CA 2YKKA 1VFOA 1W3LA 4WSJA 3WBEA 4KGLA 1E1EA 2JIEA 1O7AA 8CGTA 3AIWA 2ZUSA 1E9LA 1XGZA 2WC3A 4M24A 1C91A 1CENA 4AIUA 1KBKA 2OSYA 3KWXA 3VUPA 2VI0A 1HKJA 4C7DA 1TA3B 1RH9A 2YBUA 5I79A 4NF7A 2PWDA 3UETA 1V0LA 3CMGA 4QFUA 2X2YA 3ZR6A 1GOMA 1GOQA 1DHKA 3W29A 3PZTA 2C0HA 2ZWZA 2Y5EA 2XFYA 1LF1A 2GJPA 2EEXA 1VIWA 5A8QA 1H5VA 4ZE4A 1GUVA 1CEOA 1PX8A 1K9FA 3KL3A 5LA1A 1B3WA 3GBEA 4CU6A 2ZXBA 2QPSA 1WKYA 1E71M 5BXSA 3S6TA 2BY1A 3ARRA 4P8UA 4CD5A 1NOWA 4OKDA 3BAKA 1W1PA 4MTVA 5A6KA 1V08A 1XH2A 3W28A 2XVLA 4ACYA 2X0YA 3TOPA 1B3ZA 2AOSA 5E9AA 5A6MA 1CGXA 3PZGA 2XHYA 2VC9A 4Q7NA 3LPOA 4JFSA 1J12A 5E70A 4LGXA 4MB1A 3SCPA 3EMQA 3IAQA 3D5HA 3THCA 1MXDA 1CNVA 1UUQA 3ARZA 2GVYA 3VDCA 1PX4A 3SCOA 4KMQA 1CTNA 5E09A 2J62A 2JEPA 3KE0A 3F5JA 1PPIA 1H1NA 3VO0A 3QHMA 3WH5A 5DT5A 2NT1A 2OWXA 3TP4A 5CLTA 2ZICA 1BYBA 3ZR5A 4AZHA 2D22A 1UKQA 1R8LA 1EH9A 4UFHA 3I3EA 2XG9A 3VTRA 2YLAA 1WZKA 2DT1A 3WQWA 5ABFA 1UZ4A 4CU7A 2G4FA 1KXVA 2DH2A 3CBWA 2JEQA 1K6AA 1TZ7A 4IISA 4HU0A 3W4RA 4E4PA 5LA0A 5CXPA 1WZMA 1JZ2A 2VL4A 1XHGA 1JZ8A 4PTMA 4W5UA 3AIRA 2YL9A 1F4AA 4D1IA 4ZXOA 3CMJA 4LYPA 2B31A 4F66A 1TFVA 3PHAA 5CPTA 3U7BA 4OZOA 2GDVA 3WH7A 2WPGA 3LMYA 4QLLA 1LG2A 4XV0A 2ZIDA 5GQBA 2DEPA 3A3HA 4JL1A 4CN1A 1OGBA 3T2OA 4AIEA 2W5FA 2QHAA 1GOIA 2J78A 5E6YA 2CBJA 1C8XA 4W7VA 2ESCA 2YA0A 3F4VA 3MS8A 1LL6A 3PZQA 5A8PA 4UQAA 4UTFA 3VNZA 1AVAA 1JL8A 2D0GA 5A8MA 4X0NA 1GORA 1G01A 1V6XA 2UY2A 3ARWA 2EPMX 4EK7A 6A3HA 4XUYA 1JI2A 3W37A 2WZIA 4PMVA 5JIWA 2CIPA 2PC8A 1XCWA 5FD0A 3WDJA 3K8LA 4ML4A 4AD3A 4M29A 1KR1A 3WFZA 1L8NA 5IDIA 3MV01 5FL1A 2FHBA 4CVWA 1LLOA 2VRJA 5CGMA 1JZ7A 4AD2A 1M53A 4CD8A 3WUBA 4TXEA 4A3YA 3GNRA 2VZOA 3GH7A 3ECQA 2E8YA 1E4IA 6CGTA 1B1YA 1VBRA 2G3MA 2WKGA 3WNPA 3IJ9A 1JD7A 3GNPA 3CUFA 3PZUA 3K8KA 2J7HA 4PMNA 1QHOA 4AD4A 4S3KA 1M01A 5DFAA 4PEEA 1CIUA 1PIFA 1G0CA 3UEQA 1J0ZA 4J3XA 1OB0A 2PBGA 2YDRA 3PN8A 4J7RA 2XIIA 3B9EA 1VF8A 4BZYA 4P8WA 4KWUA 3BAJA 2WMJA 1OIMA 1UD8A 3A4WA 1V3LA 2EPLX 2WHLA 3N17A 3W82A 3MUZ1 3AHXA 1EA9C 1DWHM 3ZSTA 4M1RA 5A8NA 1AMYA 3HMCA 3UR8A 4XZBA 1YQ2A 3QOKA 4P8VA 2W62A 1UA7A 5DMYA 2OLHA 4JFUA 2ZUTA 3WL1A 3ARQA 3CZLA 5EFFA 1W91A 3TTOA 1UQYA 2AMGA 5I0DA 1E6PA 2QV4A 4P7OA 1Q6FA 2ZUNA 1PZ3A 1JFHA 1UZ1A 1QBBA 3AIBA 4HA4A 1M7XA 3OLEA 5EFDA 4D6HA 3UCQA 4UOQA 1EXPA 3TONA 2BY3A 3G6LA 1E4NA 1QW8A 3FAXA 4W8BA 4MB3A 3ZJ7A 1VEOA 1E70M 3CLWA 3T2QA 4R27A 2W63A 2BFGA 2VOTA 1V3JA 3RILA 3EDDA 3T0BA 1BF2A 3SUTA 2G8ZA 4CGTA 2W92A 1X6LA 2ZOXA 5CPSA 4V27A 1FP8A 3WH9A 4UQBA 2CCRA 3T0AA 1DWIM 2WSPA 3AOFA 2ZUUA 3OGSA 4BQ5A 3RMEA 3I3DA 3SURA 3BSGA 4X9YA 1HP5A 3BLKA 4AEFA 2J74A 4FF5A 1W9XA 1HJWA 1QI4A 5CSUA 2XSAA 5KZ6A 1KB3A 1UR2A 3CZEA 4U5KA 3J7HA 3VM7A 2YIHA 5I2UA 1WNOA 8A3HA 3N11A 2J7BA 1F4HA 4YPJA 1HT6A 3DHPA 1NH6A 3WENA 1XYZA 3OGVA 1PBGA 5ABEA 1MXGA 2DIEA 1W3KA 5D9NA 1MQRA 1UR9A 2O9PA 4PMUA 3FAWA 4PCSA 2CPUA 3WUGA 4B3LA 2QF8A 4AW7A 3ARTA 3ARPA 4WKFA 1Q6CA 3ZJKA 1RP9A 1ISWA 2WVUA 4OOUA 1SFSA 4UFIA 1TCMA 3FHAA 4UR9A 2FHCA 1E6SM 4WF7A 2Y4SA 3GBDA 1JFXA 5GPRA 3GTNA 3POHA 3IJ7A 2XVPA 1NP2A 5D8WA 3WELA 1E6RA 3WQ4A 3RCNA 1G5AA 3CO4A 1FA2A 3AROA 1AQHA 1O6IA 1OD0A 1OM0A 2WLZA 1Q4NX 2ZXQA 4GZEA 2DSVA 2VX4A 5DEZA 2WCSA 3AJ7A 4H2CA 2BVYA 2GJXB 1B2YA 3AQUA 3GYCA 2X09A 4IPLA 1U33A 2Z1KA 3VD7A 4V2XA 3IK2A 4UFJA 5BROA 3FXYA 1V0NA 3PZ9A 3ARSA 4HZ6A 2XSBA 3AIUA 2VVNA 5AYIA 4FLSA 1MW0A 1FHLA 1K9DA 2PWHA 2WMFA 3WDRA 1GVYA 4KRTA 1UWQA 1VB9A 1V3KA 3B8SA 2W67A 4LQ1A 2NW0A 1KQZA 1FFQA 4W88A 4GO8A 4FLOA 1V3IA 3BCFA 1XSIA 1JD9A 2A3CA 4TVUA 1CBGA 4AZ6A 3AS3A 2PI6A 3TTYA 1ZJAA 4PMDA 1E15A 3AMKA 2EQDA 3WQVA 2VVSA 1PJ9A 1JG9A 3CIVA 4UCFA 3WNMA 4ACZA 1WB0A 1IT0A 1W1VA 1SMDA 1HL9A 3WNOA 2YJQA 3T09A 4P8XA 1R86A 4GIAA 1PZ2A 3FN9A 4QAWA 1LWHA 4ZXLA 1V02E 2O9TA 4F9JA 1WP6A 5D4YA 3BXWA 3ZQ9A 4PMYA 2J7FA 3GXMA 4RL3A 3ZJ8A 3VGFA 1VEMA 3VIMA 3MV11 2WW5A 3DYMA 3AIVA 1J0JA 3RM9A 5D9MA 4D6JA 4ACZB 4GZIA 4TOQA 5D9PA 1DWGM 1J18A 3OBAA 1Z32X 1GQJA 1G9HA 2CITA 1E1FA 3KL5A 1NWSA 1BQCA 1JF6A 4M81A 1E0WA 3NDZA 3CHFA 2BHZA 4N0RA 3IANA 3M07A 4C91A 1W9BM 3U7VA 3MUY1 1TA3A 3VDHA 3WMCA 4B9YA 4U33A 5CSYA 4CN6A 3VMNA 1GCYA 4TVDA 4N42A 1CLVA 4MPKA 3CZKA 2PWEA 1EO7A 3NDYA 2NT0A 3AMLA 1OD8A 4KRUA 4NSBA 3DHUA 3VPLA 1BPLB 4PSPA 3E1F1 1OINA 1UWSA 1KQYA 5FOOA 4HU8A 4JIEA 2D20A 1IZKA 3W0KA 1UOKA 4CD6A 3THDA 1KR0A 4QLKA 2QPUA 4NZCA 1E0VA 2CYGA 2X1IA 4GQQA 2CHOA 5A1AA 1BG4A 1OSEA 4HMEA 3T2PA 1GHSA 5CLWA 4UQEA 2J25A 2AAAA 3WDQA 2FH6A 1J0HA 1E3ZA 2JIWA 3AS2A 3L4VA 1W9PA 4W89A 1BVNP 2D0HA 4JFVA 1E5JA 2DPEA 2VX6A 4CCEA 2W61A 4URIA 4GO9A 2WYSA 1JNEA 2D1ZA 5BRPA 2FGLA 1ISVA 2VRQA 3ZIZA 3AI0A 5M03A 4B15A 1BLIA 1MW3A 1ZJBA 4HPGA 4Z2IA 3VD4A 1FH7A 2YBTA 5BXTA 1QNSA 3SCSA 3RIKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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