2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
3NDZA 4PTVA 4E8DA 2ZX6A 3AFBA 1GVIA 4QCEA 1B9ZA 1MFVA 1I75A 3EDDA 1LWHA 3VUPA 4WK9A 1XCXA 4CVUA 2CETA 2JEPA 3S6TA 1VRXA 1XGZA 4C7DA 1I1XA 4DWSB 2AAAA 2J47A 4GO9A 4QLKA 3CUIA 1E4NA 3DC0A 2WLYA 4H7VA 4D6JA 1FFRA 1QI0A 1UQZA 5D8WA 4WIWA 4MB1A 4XUYA 4TX8A 3W81A 1BYDA 1D2KA 1W1TA 2VZOA 1QI5A 1CWYA 1W9BM 3GYCA 5CG0A 1LLOA 3VILA 2ZICA 3WUBA 4OOUA 3WFZA 1JYVA 4UQCA 4AD1A 1OGGA 1OGBA 4PMYA 4P7OA 5M03A 3POHA 4CKQA 3HN3A 4UTFA 1VFFA 2PBGA 2OLHA 3OB8A 1E6SM 2ZE0A 3BAXA 4ACYA 3AMCA 1UH3A 3AIRA 4GINA 5I0DA 3AHYA 1NH6A 1RP9A 3M7SA 2XJ7A 1E0WA 2D3NA 4X9YA 2IUZA 3VDBA 2EJ1A 2DIJA 2YBUA 3WD3A 2DT2A 4JFTA 1GW1A 1HNYA 3I3EA 3SCUA 3BAWA 1B90A 3DYPA 2YDQA 3VD7A 1Q6EA 2YA2A 1VJZA 1DP0A 2EPKX 4ZENA 2RGLA 4TVUA 1JXJA 1EOKA 2J7GA 1CGTA 3L4YA 4W7WA 1MW2A 5HOSA 5KZ6A 1B3YA 3L2MA 4AXNA 4M29A 4BA0A 1GOOA 1HJQA 2G4FA 1HJVA 4V27A 1G01A 2ZUVA 3W0KA 1TR1A 5M3WA 1NWSA 2WVVB 1MQPA 5JIWA 3KL3A 1N82A 5M17A 1UG6A 4U2YA 1JI1A 2WMJA 4FLRA 1E6NA 1ZU8A 3TTQA 4DUXA 1GORA 2Z1KA 1GNXA 3A3HA 2DDXA 3WH7A 1JFXA 3I3DA 4UOQA 2ZXBA 2VCAA 3WQ5A 5ECUA 3QOKA 3EMQA 3GZAA 2J8GA 1J0HA 3CGTA 1C93A 2WC4A 4J3WA 4PTXA 1W2PA 1BLIA 3GNPA 1C7SA 2YJQA 4C7FA 3B9AA 4HPGA 1FP8A 3KE0A 4U3AA 2VZUA 1QNQA 5CJ5A 5JIPA 4CUCA 4U31A 1XH1A 3OG2A 3WQ8A 5A2CA 3VU2A 1HKMA 1EXPA 1KGWA 1C3FA 3QOMA 2D0HA 1CLXA 1UD4A 4MPKA 4JAWA 3T0AA 3AHXA 2WZEA 1H09A 2WANA 5JBFA 1NWTA 1KFWA 2WCSA 3VIOA 2JE8A 2ZUUA 1UD6A 4OBSA 3AS1A 2CHOA 1UUQA 1V02A 2F8QA 4ACZA 3AXXA 5GNYA 3W82A 4YHGA 2GJXB 3WF0A 4UFJA 1J9YA 3CMGA 4P8VA 4TVCA 2X0YA 1U2YA 3AHZA 5IHRA 4BQ4A 3GBEA 4Y7EA 2J4GA 3CUHA 5I2UA 3RO8A 1DWFM 4HOWA 4C91A 1BHGA 3FAWA 5D9PA 4U2ZA 1JYNA 1G1YA 1LWJA 3IK2A 4MTVA 4B15A 3ARYA 4UOJA 3VGBA 2FHBA 4BQ2A 4B3LA 1HF6A 3ARUA 3VVGA 4PSRA 3VPLA 1J18A 1CXKA 2BY1A 1HL8A 1V02E 1B31A 1KB3A 2DT1A 5DO8A 4JCLA 3WBEA 5CPQA 1QHPA 2JALA 4LYQA 4WKAA 5I23A 1CYGA 1XRVA 3AICA 3A4WA 3WDHA 4QCFA 1TVPA 5DMYA 5BXPA 1HP5A 1MXGA 2WHLA 3GXIA 2ZUNA 4IPLA 1CLVA 3D5HA 3ZT5A 3UERA 1WZKA 1EQPA 5I3DA 4GI6A 1KR0A 1G5AA 4P8XA 3PZIA 5BRQA 2BHUA 4IPNB 5I24A 2VRQA 4MB5A 4M80A 1GOWA 1EQCA 1MW3A 2WAGA 2XFRA 2FH8A 4H8HA 5E6YA 3ARTA 5D9MA 1W3JA 3L4XA 3PZ9A 1CGWA 1E72M 2V38A 2V3FA 1ZBVA 3CHEA 3EDEA 5A8QA 4OBRA 3BAYA 4CGTA 3LPGA 2W4XA 1SR0A 4JL1A 1HKKA 3N15A 1XCWA 2XGBA 2VOTA 1CPUA 3T0BA 4JKMA 2W61A 4ZEPA 1BGGA 4UNIA 2WC3A 1WDPA 1QHZA 1SMAA 2D24A 4Z2LA 4JKLA 5A6LA 3SUTA 1ITXA 2GK1A 2VR5A 1F4HA 4CU8A 1UR1A 1OM0A 3MO4A 3IANA 4D1JA 5LA0A 5A8NA 2GJRA 4D6HA 3WUEA 1FOBA 4AIUA 3VIIA 2WHKA 1VB9A 4WKHA 5A6JA 1GQKA 3OIHA 3WNMA 2J25A 3VX0A 1H1NA 3ZJ8A 1CIUA 3II1A 3TTSA 1V0NA 1HL9A 4AWEA 4MNLA 2YL8A 4MB3A 1HJXA 3DECA 4JFUA 3TTOA 1UKTA 1UKPA 3K8KA 5FKYA 1OWQA 4W8LA 2WVSA 1BVNP 3WDRA 3DHPA 1MFUA 2TAAA 4M24A 4PMVA 2W66A 5A6BD 4PBGA 1E4MM 1H49A 4URIA 4UZSA 1XYZA 4RE2A 1OSEA 1BFNA 4W7VA 4J28A 2X2YA 3GNRA 1E6RA 5BROA 3VDCA 2QMJA 1C91A 2CYGA 3L4UA 2GUYA 1HVXA 3AMGA 2DIEA 2VURA 3AIWA 3CZJA 5CSUA 1OD0A 3WF4A 2G3MA 1W9XA 1TZ7A 1SMDA 1E6ZA 1OBAA 3W38A 3W53A 1UD2A 1B3VA 2EPNA 3MUAA 5A2AA 4RE4A 5LYRA 1FFQA 4AW7A 4PMNA 4HOZA 1B1YA 2VO5A 4W89A 4EE9A 4HA4A 1J0YA 1V6UA 1BTCA 3MMDA 1JAKA 1JZ6A 3VM7A 4WSJA 3W28A 2WHJA 1GQIA 1TG7A 2DSUA 1IV8A 3LMYA 3MMUA 2EPOA 4ACZB 1HJSA 3WH9A 3CLWA 4AZ6A 3CZLA 4W85A 1E9LA 5A8OA 1C7TA 1W32A 4YHEA 2NT1A 3M6DA 4AIOA 2QPSA 2XFYA 4Q22A 1BAGA 4AZHA 4A4AA 2CKSA 2PF0A 2WWCA 4D72A 4GZJA 4A3HA 2YDRA 1PBGA 2O9TA 1H0IA 1CENA 1PIFA 4JHZA 2J75A 4IISA 1BF2A 4B9ZA 3SEPA 2NSXA 3PBGA 3FY1A 2A3AA 3WL0A 4WLCA 3EMCA 3ZO9A 4TTGA 4UQDA 1QNOA 4BF7A 3L4TA 1BYAA 4J3SA 4CD6A 3SIMA 2WMGA 3T2OA 1O7AA 2W67A 1E43A 4GQRA 1XSJA 1V0KA 4J3UA 4UQEA 3WMSA 5A1AA 1BG9A 4KMQA 3O6AA 1JI2A 2XFFA 5KEZA 1NWUA 4Z2KA 3KL5A 2E4TA 3UETA 1XD1A 3TTYA 2E8ZA 3T09A 4PUDA 1KGXA 5HXMA 1DWIM 1J10A 3UCQA 1JNEA 2XGIA 5AYBA 3SUUA 2ZXAA 1JF6A 4HOXA 4EKJA 2EO7A 4KGJA 1DWHM 4MADA 3EMZA 3M07A 3WEMA 3KZSA 2GVYA 3OZOA 4GZIA 4BZYA 1UHVA 2VT0A 3DYOA 4JCMA 1PPIA 4N0RA 6CGTA 1CXEA 1XC6A 2XG9A 3VNZA 1K9EA 5CPTA 3T2PA 3WUFA 3WNLA 3LPPA 5FCZA 2WVUA 3KL0A 1KR1A 1W9PA 1B3XA 2DH3A 1W3KA 1Y7VA 4W86A 3EDFA 1NQ6A 1E55A 1WZLA 2GK1B 4FK9A 3ZJ6A 1DTUA 3AYSA 2FH6A 2WK2A 4TVDA 1CXHA 4W5ZA 1G94A 5CSYA 1UR2A 2WKGA 4XZBA 1JZ3A 1HJUA 2BVYA 2G8ZA 1KCKA 1TFVA 3PZVA 1V0MA 1XHGA 1V08A 3BMWA 3FXYA 4PMUA 3AYRA 3PZGA 1JG9A 4UQ9A 1FH9A 1NM9A 5CLWA 1UWIA 2DGAA 1OB0A 5E6ZA 3D3AA 1NOFA 1DEDA 1VBRA 4R27A 3WL1A 4A3YA 1LG1A 3MANA 4HA3A 3NYDA 1JZ8A 1QHOA 1E3XA 4YN5A 1IT0A 2XVGA 4D6FA 2DSKA 1GHRA 1GOMA 1B30A 3AS2A 3SCVA 2J7CA 4MJ2A 2O9RA 3AIQA 2EPLX 3GH7A 1UQYA 3F5JA 3OLIA 3SURA 2XM1A 3MU7A 4D6EA 2RGMA 1E6XM 4GI9A 1WDRA 2UY2A 2OWCA 2QPUA 1H41A 2DT3A 3CIVA 1WNOA 2J7HA 2E9MA 4P7RA 1VFUA 1B2YA 2XHYA 3M46A 1PX3A 4MNKA 2XWDA 1CGVA 3L4WA 1UR9A 1V03A 3F5KA 4AZGA 3APGA 4FMVA 4MB4A 1JNDA 4D6DA 3NSNA 2UY4A 4HZ7A 2W5FA 4ZXOA 2XSAA 4KGLA 1GOQA 5A6SA 4WSKA 2WM0A 5HPOA 2ZXQA 3VTRA 4MJ4A 3TOPA 2V5DA 1K9TA 3ALFA 2D2OA 1JDDA 4BQ3A 1C90A 4KWUA 4FF5A 1K9FA 2WB5A 1VEPA 4MAZA 4BS0A 1ISXA 1PZ2A 4LGXA 4W8AA 3NIYA 1W91A 3PTMA 1H4PA 4ATWA 4BCEA 1FH7A 5EB8A 2WSPA 3CZGA 1HT6A 1E4IA 3WF1A 1GVYA 2CESA 1M53A 5C70A 3OLEA 1VF8A 1SYTA 1UKQA 2OSYA 3IAQA 2ZXDA 5FD0A 2A3CA 4LPCA 1J0KA 3B9EA 1G0CA 3BCDA 1R8LA 1H3GA 4DWSC 3W25A 1VFMA 1E4LA 2CIPA 3BLKA 1V3MA 1QVBA 3UG5A 3ZJKA 5I78A 3UESA 3G6LA 1W9VA 3ZIZA 5TD4A 3VX1A 1QW9A 4XB3A 2PB1A 3RIKA 2VX5A 1H5VA 4D6IA 1QI2A 2CCRA 3GNOA 1B3WA 1AMYA 2YLAA 5DT7A 5HBFA 3SCSA 3WF2A 2EQDA 3WQVA 2WCGA 2CERA 4Z2JA 3VD9A 4F66A 4EK7A 1EA9C 1CGUA 2ZUSA 1US2A 4ZFMA 2E9BA 3CH9A 2EEXA 2J78A 3W4RA 3HMCA 3VM5A 5BXRA 5HPCA 4D71A 2J7FA 4DWSD 1E5NA 1GOIA 2ZX9A 3POCA 3BMVA 3ZR5A 2D20A 1X1NA 3AS0A 1TCMA 4L4OA 2XYLA 1NWRA 2Y4SA 3L4VA 3ALGA 4J3XA 2PWHA 3MUY1 1XH0A 4F79A 2WW5A 2QF8A 2O9PA 2OYLA 1W1VA 4IM4A 1JAEA 2BNJA 2DPEA 1CXFA 4W7UA 3WY1A 1LF1A 3VIGA 2J7EA 3ARPA 1FHDA 2J79A 3UG3A 2IXUA 2G3IA 1XSKA 5DFAA 4B9YA 1VFOA 3ARSA 3ARZA 4Z2GA 4TOQA 1QBAA 3K1DA 3VIPA 3GXDA 2WMIA 3BH4A 3CHDA 3CZKA 3BC9A 2Y8KA 2PC8A 1GHSA 4HA1A 3WH6A 2UY5A 3MV11 3B8SA 2FHFA 1JYXA 1GQLA 4V2XA 3AISA 1FHLA 3PZOA 3ARQA 4ATLA 4ZXLA 3WNNA 3SUVA 4PMQA 4ATDA 3IJ7A 4NRSA 3L2LA 2D1ZA 4HMEA 2OYKA 4TUFA 1UA3A 3PZMA 2AMGA 1PZ3A 3MMWA 1MQRA 4AZCA 1UR8A 4OKDA 4UOZA 5GQBA 1DWJM 3NJ3A 1JDCA 3ZT7A 2XVNA 5FL0A 2XIIA 3BXWA 3VKKA 4UFIA 1DWGM 1I1WA 3VD4A 1CNVA 3OLDA 3GTNA 3PTKA 3GM8A 2BVTA 1E70M 3E1F1 1CTNA 5A8PA 2V5CA 1M03A 1NARA 4PMOA 4CN1A 1UKOA 4P7NA 3VIJA 4EAMA 2VZVA 4PEEA 5DF0A 3AMLA 4ZE5A 1FP9A 5LA2A 3VOCA 2YDSA 1HX0A 4IUGA 2X05A 2VI0A 1E1FA 3WDQA 4M1RA 4AZ5A 5CXPA 7A3HA 7TAAA 1X6LA 4DM2A 1WKYA 2PI6A 2YL9A 3PZQA 5A69A 1NP2A 3AZRA 1C8QA 3QGVA 3W37A 1V6WA 1ZBKA 3ARVA 4AD4A 4M8UA 2YOCA 2XTKA 1WDQA 1E6QM 1D3CA 5BYWA 5HNNA 2IXVA 3WENA 2VCBA 1UWRA 1XSIA 1ISZA 2WWDA 3VIHA 2J74A 2HISA 3OGRA 4X0VA 4QAWA 3ZM8A 4AY1A 2WLZA 3VGDA 1WZAA 3CPUA 2CBJA 4PUEA 4GZEA 5EFFA 3WKZA 1H2JA 4CU6A 5A95A 1EDGA 3VGGA 3MUZ1 1WP6A 5D9OA 1UR4A 3W6LA 5A3HA 3MSDA 1JDAA 2VRJA 3NSMA 4PTMA 3THCA 1VJSA 4CN4A 4FLSA 2BFGA 4QLJA 2PWDA 1B3ZA 4CCCA 2BVDA 4W84A 5FL1A 3A4XA 3PZTA 2F2HA 3T2QA 4HU0A 1US3A 2D23A 2V3GA 3QHMA 4W8BA 4C7GA 1R7OA 4HZ6A 4GI8A 4X0NA 5DEZA 1VIWA 1TA3A 3NDYA 3ZJ7A 3WQ6A 1L8NA 4L4PA 1A47A 1MW0A 4D6CA 4OIFA 4PMDA 1JL8A 3K4AA 1WZMA 1NP0A 1DWAM 2C0HA 3VGEA 3G6MA 2E9LA 2J8FA 4HU8A 3GH5A 5EMYA 1GJWA 2WBKA 4J7RA 2BV9A 4DUVA 1K6AA 2ZWYA 2Z1SA 5F7UA 2YA0A 2XVKA 3WN6A 5D4YA 1ZJAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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