The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
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structure length |
80
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Chain Sequence |
SNQALYEKLEQTRTILSVKLAELINITTIADFAQENSELAVATTSVMMVNNQTMQLIKNVQDLLILTRSIKEKWLLNQIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mediator head subcomplex Med11/22 contains a common helix bundle building block with a specific function in transcription initiation complex stabilization.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
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| total genus |
29
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| structure length |
80
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| sequence length |
88
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| chains with identical sequence |
D, F, H, J, L, N, P, R, T, V, X
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-03-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4H63 V; 3R84 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CXD A; 3P50 A; 2XZE A; 4PFO A; 3HA4 A; 3ZYK A; 5ABH A; 2V5D A; 3HKD E; 4X62 T; 4JI2 T; 4G63 A; 2PG8 A; 2VVS A; 1Z8U A; 2AE9 A; 2JJ9 A; 2WDV A; 4IIJ E; 4X1Y E; 3CWZ B; 4EZ4 A; 2H89 A; 2C5I T; 1LKX A; 1N36 T; 4LF6 T; 4XBF B; 3HR0 A; 2VKJ A; 3K1S A; 3OYX A; 4KBM B; 3I1A A; 2WZI A; 5AQG B; 3NZP A; 1GQE A; 1UK5 A; 2B76 A; 2ZM2 A; 3AED A; 3C4Z A; 3NZQ A; 4I55 E; 3J7Y q; 1SUM B; 4WNK A; 3EAB A; 3QB5 K; 4DV4 T; 3P4W A; 3D0T A; 3GN5 A; 4FI5 A; 2HPJ A; 3H37 A; 4MLK A; 2ZLY A; 3Q5X A; 2UXX B; 3UFG A; 4ILU A; 2VB6 A; 3GWH A; 5ABF A; 4NXN T; 5AQU B; 4H9S E; 2A3D A; 2KND A; 4HFE A; 4ADZ A; 4UV8 B; 3ZMZ B; 2JQQ A; 2C5J A; 3WAJ A; 2X67 A; 3CQC B; 2ACZ A; 5FVK A; 4DMV A; 2CLY C; 3ZT6 A; 4X5T A; 3NVO A; 3N9L A; 4LF8 T; 3VHL A; 2QRX A; 2V6Y A; 2Y8D A; 5LHH B; 4QHO A; 2XM2 A; 4LMK A; 2J4G A; 3MA9 A; 3RGL A; 2Q9Q A; 3I0O A; 3O1I A; 3KVA A; 3I9Y A; 3MJX A; 5FMN A; 3SOL A; 3LK4 2; 3P7I A; 3RQU A; 4AQF A; 5JDH A; 5JQG E; 1NEK A; 2WMO A; 2X0H A; 3JAD A; 2K9A A; 3JAE A; 3UU5 A; 3CQG B; 1JNR A; 3VR8 A; 4AKG A; 1Z0P A; 4IE7 A; 4IT4 A; 4TWF A; 4CQI A; 3ZEF B; 4IE4 A; 5LJM A; 2V7J A; 2RP4 A; 2QA7 A; 4PW8 A; 5L3B B; 4YTP A; 3OTO T; 3UUB A; 1SE7 A; 2YDS A; 2WBL A; 2V7K A; 4QWN B; 2JPF A; 3VRB A; 1E2A A; 5AQI B; 2X66 A; 3GA8 A; 4PK5 A; 2WSS V; 5HXE A; 1T72 A; 4P09 A; 4HWH A; 2FJD A; 2X68 A; 4Q25 A; 4ZXL A; 4V1A v; 2VUR A; 4EXT A; 4YTN A; 5HWX A; 4JYA T; 2V26 A; 4MBQ A; 3AEF A; 4AIS A; 4WBN E; 4U33 A; 2XAF B; 3AE4 A; 2H7V C; 3O1J A; 2LKG A; 4O4H E; 2HN2 A; 3CX7 B; 3K3N A; 4U74 A; 4X1I E; 2BBH A; 3N9Q A; 4I4T E; 4Z8X A; 3F57 A; 5JDL A; 2QGS A; 1XNQ T; 3AAE B; 2LSK A; 3CQX C; 4A56 A; 4N78 D; 4IL4 A; 5DQV A; 5FXW A; 1VOM A; 3ZST A; 4YXD A; 2LT3 A; 1UUS A; 2GK9 A; 3AB3 B; 3AE8 A; 2E5V A; 4KUM B; 5CGM A; 5FL1 A; 4B3S T; 4DND A; 2HH7 A; 4HEA A; 3PUS A; 3UQ7 A; 2XM1 A; 3PUW F; 1YXR A; 2FBW A; 5GON E; 4AQG A; 1IBK T; 4CN1 A; 2RA1 A; 3AA7 B; 3JC6 D; 1N34 T; 1FIO A; 4LMJ A; 1IBL T; 3W15 B; 3AVS A; 2V6Y B; 2DI4 A; 4ZEY A; 4TNV A; 4KHZ F; 5ABE A; 2W66 A; 3CML A; 4E7S A; 2X0L B; 4PJN A; 1DU2 A; 1LRZ A; 2ZMA A; 3FZH B; 1I6Z A; 1KK7 A; 1LVF A; 1B7T A; 3OJA A; 2XY8 B; 4XZC A; 4DR2 T; 4X20 E; 4EEB A; 3NKZ A; 3PV0 F; 5DQW A; 4ZI3 D; 2H3R A; 4JI4 T; 1FMW A; 3LK3 B; 4IDO A; 4XAX B; 3LK2 B; 4IE5 A; 4A98 A; 4H9P C; 3RH3 A; 4YJ2 E; 1BR4 A; 4HFH A; 2WWU A; 2E8I A; 2UUB T; 2V8S V; 1M62 A; 3FXE B; 3UT5 E; 2KIN B; 3ANW A; 4EV6 A; 4DR3 T; 3L09 A; 2XSB A; 3B13 A; 2E2A A; 4ERR A; 4WW0 A; 3V5U A; 2LSY A; 3O4X E; 3WI3 A; 1AJ3 A; 4HTE A; 1N32 T; 3FZL B; 2EHO B; 3PUZ F; 4HKA A; 3RHW A; 1EZ3 A; 1JNZ A; 3AE2 A; 4QX7 B; 4JI7 T; 1IZN B; 3H3A A; 3QOF A; 3N9M A; 4BJN A; 2IIU A; 2OV9 A; 1D0X A; 2VL0 A; 2XUE A; 4JI5 T; 2WDQ A; 1WFD A; 4CXX A; 1E7P A; 3AEB A; 1N33 T; 1MND A; 3LDQ B; 2XAS B; 2Z6E A; 3ZKR A; 4BAY B; 4CI1 B; 5JDN A; 5J2T E; 3T8O A; 4KHP T; 3AE6 A; 3UUL A; 4PK6 A; 3RYI E; 2CEA A; 4G2A A; 2NOX A; 5IHY A; 2FJB A; 5AFU L; 3HL6 A; 3JAF A; 3ZN1 B; 3EUH A; 4QXC B; 2WCA A; 3TLS A; 3UUM A; 5HAX A; 4YSZ A; 2M6B A; 3PUY F; 5LOV E; 4ZI7 E; 3H3M A; 4UF0 A; 5JDM A; 1J5W A; 1SA0 E; 4H9R C; 3VKH A; 3E22 E; 1W09 A; 3AE3 A; 4IRE A; 1S35 A; 2ES0 A; 2XQ7 A; 3ZMS B; 3FZM B; 2H88 A; 5AQQ B; 3ZJ1 A; 2G0U A; 4O2B E; 1I94 T; 2CWY A; 4OX9 T; 2A9U A; 3PUV F; 4UEL A; 2JMH A; 3ESL A; 1T8B A; 1HF8 A; 3G06 A; 2N1G A; 4TX5 A; 4YSX A; 4U31 A; 3LBX B; 1IJ6 A; 4OYJ A; 3ONX A; 3I0Q A; 2PBI A; 3RX6 A; 5C2T A; 2MYS A; 4JV5 T; 3K3O A; 1KF6 A; 1QUU A; 2CM0 A; 2KLQ A; 3L8R A; 4H63 V; 4HFI A; 5AQR B; 5FYM A; 1YQ4 A; 2V7L A; 5JDF A; 5LB7 B; 4E7Z A; 1UGO A; 2IC9 A; 2LSG A; 2W62 A; 2W63 A; 3NRY A; 5JVD E; 5L3E B; 4LF7 T; 4LFB T; 3PE0 A; 2NW8 A; 3J9X 1; 2HHH T; 4DV6 T; 4IDP A; 5LBM A; 5LGT B; 3DJB A; 3GN5 B; 4UR9 A; 2NW9 A; 2V7M A; 3O9X A; 2HN1 A; 2F4V T; 1G73 A; 2FJE A; 4ZHQ E; 2KXP B; 1D1B A; 2PFV A; 3AE5 A; 4H9Q C; 4HFD A; 2DWK A; 4LML A; 4O4J E; 2E9X C; 1U5P A; 1BR0 A; 4WZX A; 3QC9 A; 2MAW A; 5LP6 E; 5LA6 E; 3VRA A; 4DID B; 2ODV A; 5LHG B; 1WYB A; 4YHH T; 4I50 E; 4Z90 A; 4DR5 T; 4CXY A; 3RKO A; 3LG7 A; 4ILC A; 4LF5 T; 2BKP A; 2LSI A; 3ETV A; 3F31 A; 2BKO A; 2D0U A; 1ZOY A; 4IDQ A; 2LLY A; 4ZI2 C; 4DV7 T; 4X65 T; 4TUY E; 2C5K T; 5LCY A; 4KMC A; 1KFY A; 3ZSS A; 4CN6 A; 2YDR A; 3N9N A; 2JMK A; 3RC3 A; 1H7C A; 3ANW B; 2EHO D; 2FUP A; 3FBL A; 3FXD B; 4GK0 E; 2LEH A; 3CX6 B; 4MHC A; 2CBJ A; 4U3C A; 4FJO A; 3RI5 A; 5JRC B; 4HFV A; 1HNW T; 2XAJ B; 4DR6 T; 4CI3 B; 4IE0 A; 2VQF T; 2NWB A; 2WQY A; 1OED A; 1U4Q A; 3AVR A; 3BQI A; 2I6H A; 5HYA A; 4QXB B; 1YKH B; 3N9P A; 1XDP A; 3OBV E; 5F8P A; 2BG9 C; 2WY2 A; 2CBI A; 3K3Q C; 5LMU T; 1XDO A; 5EK3 A; 3RPU A; 4IE6 A; 5AQJ B; 5ETW A; 5HEH A; 4HWF A; 4O8S A; 3EVY A; 3PUA A; 5HXR A; 4GKK T; 3Q2M A; 2A72 A; 4P1N A; 5CB4 E; 4YLH A; 3UU6 A; 3WAK A; 3OYZ A; 3C98 B; 4C91 A; 3KV4 A; 4PNI A; 5JRE A; 3EAM A; 5TAO A; 3ZYL A; 2WS3 A; 3LBX A; 4QH5 A; 2WP9 A; 3ONL C; 4JI1 T; 5LJN A; 2BG9 A; 4DUZ T; 3RYF E; 3HI2 A; 5CFB A; 1D1A A; 1MIV A; 2E9X B; 3PU8 A; 2WWV A; 3PTR B; 5IWA T; 3QK6 A; 5AQP B; 3RYH E; 3N2G E; 2WAU A; 4EGW A; 1HG5 A; 2XQ6 A; 3JCF A; 3EHZ A; 2WDR A; 1ZKE A; 5KXJ A; 4PJL A; 3ETU A; 1HTJ F; 4QX8 B; 3RIU A; 2XQ3 A; 2J62 A; 3AEG A; 4O4I E; 3UFE A; 4ZI3 C; 3EDU A; 3NBX X; 2VQE T; 5AQM B; 5E0O A; 4YHJ A; 4F8H A; 2KZ7 B; 2XQ9 A; 2CXF A; 4DR4 T; 3C4W A; 2XSA A; 3I9W A; 4U2Z A; 5AQS B; 5BR8 T; 5L3F B; 1OXZ A; 1WCR A; 2WM9 A; 2W61 A; 4LF4 T; 2Q9Q D; 3QNU A; 4KI0 F; 5H6R B; 5LHI B; 2BDE A; 4H63 H; 4I43 B; 3ZYM A; 3C50 A; 2KWH A; 2BZB A; 1CHU A; 4HWI B; 1HCI A; 2KT9 A; 4UXN B; 5ADX L; 2M67 A; 5AQN B; 1W0B A; 5AQK B; 3RLF F; 2YOE A; 3HKC E; 1VCT A; 1MMG A; 2WZH A; 2CLY B; 3KFW X; 4JUY A; 4U7I A; 5IYZ E; 2I59 A; 2EHO A; 4U2Y A; 5AQL B; 4BA9 A; 3FBZ A; 5L4E A; 3RQW A; 4PJJ A; 4ZS3 A; 4ZZB A; 4IHJ E; 3FZK B; 4QXH B; 5LBQ B; 2XAG B; 2BS3 A; 2DLR A; 5HEG A; 5L3G B; 2Q9Q B; 3DP7 A; 3LFM A; 4K0U A; 2UXN B; 2L9Q A; 3FZF B; 2E9X A; 3UTK A; 5IUX A; 1WYC A; 1HX1 B; 1ZV4 X; 3AA6 B; 3TKL B; 2V5C A; 2MBG A; 3SWH A; 1NWM X; 2E9X D; 4MAL A; 5JR9 A; 4H9N C; 1T7S A; 5LGN B; 2LM2 A; 4ILA A; 4P0B A; 2BVM A; 2LSJ A; 2NW7 A; 4NUV A; 4QKN A; 5H6Q B; 2NP9 A; 5AQO B; 5J1G A; 3R6N A; 1XWM A; 1BR2 A; 3KV6 A; 2LRK A; 2IML A; 3LSV A; 4J2C A; 1QLB A; 4CI2 B; 3ZMT B; 1FMV A; 4BJM A; 4JI6 T; 2IHR 1; 3AAI A; 4OHF A; 3S4U A; 4EOZ B; 4NUU A; 3Q5W A; 4OFZ A; 5AQF B; 2YU2 A; 1QSD A; 3QB5 A; 5LGU B; 4IGU A; 1NAF A; 3CIR A; 2A2F X; 2CE7 A; 2XJ7 A; 4YFS A; 4LFA T; 2JQK A; 3AXJ A; 3B57 A; 1X79 A; 2XQ4 A; 5CA1 E; 5LXT E; 2E5L T; 2VWA A; 5JH7 E; 2YEV C; 3MK7 C; 2UXB T; 3CKD A; 4DV0 T; 2NR4 A; 1S94 A; 2JQH A; 5FY0 A; 5L4H A; 3VR9 A; 3CX8 B; 3ABV A; 3UU4 A; 5L47 A; 1KNP A; 4JI8 T; 4K0K T; 2Y6X A; 4KP3 C; 5JTG A; 3C4X A; 3MXZ A; 3AE7 A; 2H7O A; 3TLT A; 2DHR A; 2LM9 A; 5HXC A; 4L9I A; 4LF9 T; 2WU5 A; 5KX5 E; 4H9O C; 2VKD A; 4JEH B; 1HS7 A; 2UUC T; 4I0U A; 4DVD A; 5HXH A; 5LG4 A; 3JC6 C; 1E1H B; 1W9R A; 4M1P A; 4ZS2 A; 3KVB A; 3Q5E A; 5DJQ C; 5FKY A; 4DBQ A; 2UXC T; 3EDV A; 4TWD A; 5HEJ A; 3RC8 A; 3TLU A; 2KMF A; 1VRB A; 3UUN A; 4KX6 A; 3HKE E; 4GYS A; 4B6X A; 4YY3 T; 4WBO A; 1CUN A; 5AQV B; 2D2S A; 2K5B B; 4YJ3 E; 1X9B A; 2YU1 A; 5ABF B; 3P8C D; 3ZMU B; 2X9H A; 1OED E; 4EB6 E; 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