2XPKA

Cell-penetrant, nanomolar o-glcnacase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Cell-Penetrant, Nanomolar O-Glcnacase Inhibitors Selective Against Lysosomal Hexosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xpkA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xpkA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xpkA01
3K8LA 4N0RA 4ZFMA 4XB3A 3VGEA 3TONA 4QCEA 5CPSA 5A3HA 2XGBA 2Z1KA 2GDVA 1V6VA 3T09A 3CHCA 1HKKA 2FHCA 5I78A 1JYVA 1U2YA 2D3NA 2VOTA 4IUGA 4AD4A 1K9FA 3VUPA 1HKIA 2VX4A 1BHGA 1CXKA 4JFVA 1RP8A 4HZ6A 4JFSA 2X1IA 3MSGA 1OBAA 2WVTA 1W9UA 4JKKA 4JCLA 1OIFA 1DHKA 3WH8A 1H41A 2XG9A 2X05A 3K8KA 1W3JA 1OGGA 1ZU8A 2WC3A 3RJXA 2VQUA 1PX8A 3AS3A 3S6TA 3B8SA 4KRUA 3BSGA 7A3HA 1ISXA 3ZJ6A 1FFQA 2VX7A 3PZUA 4EKJA 4LXFA 1W1YA 2BVTA 3BC9A 3VMPA 4U2YA 2PBGA 2ZUUA 3AMLA 1OGSA 1GVYA 2A3HA 3AHXA 4AD5A 2J7FA 4PBGA 3BSHA 2YA1A 3WDPP 4WJXA 3PZGA 2PB1A 2VCCA 1CNVA 3SCSA 1UHVA 1BYAA 4BS0A 5BXRA 1O7AA 2YLAA 2EXOA 1OSEA 4NSBA 4DWSB 1HIZA 4D1JA 1B90A 3O9NA 4CCDA 2J75A 5CLTA 3SUUA 5AYBA 1E4NA 4MB4A 2PF0A 3MKKA 2Y24A 5I3DA 2PBOA 2ZXBA 3CZEA 3RJYA 4AZHA 2G8ZA 3SCWA 2J7CA 3IJ9A 2BS9A 4W93A 4XUYA 3VILA 5F7UA 3GTNA 1C90A 1VFMA 2OWCA 2G3NA 3WUFA 4OBSA 1H11A 1EDQA 1Y7VA 3AS2A 2CBIA 4ATDA 2XM2A 3SCTA 3CUGA 4J3TA 5I79A 1KBBA 1Q6FA 2JF6A 3EMZA 3AMDA 1R86A 2JIWA 1QNRA 3WFLA 3AIQA 4W7VA 2J47A 2VX6A 1CEOA 1NP0A 2D0FA 2WPGA 2CBUA 3ARTA 5IHSA 4PTXA 1B3WA 4MAVA 3IK2A 2GDUA 3GM8A 1AVAA 2J74A 2ESCA 2J78A 2W92A 3AXXA 2DQXA 1E9LA 4UOQA 1E6SM 1J0KA 1H5VA 1FFRA 1BGAA 1GOKA 2VT0A 3WN6A 2VZVA 3VO0A 8CGTA 1G9HA 3WDRA 1NH6A 4ATLA 1MQPA 1GOQA 4HTYA 2ZUTA 3UG5A 1B9ZA 2BVDA 2Y8KA 1IZJA 3WF2A 1WPCA 1K9DA 3BCFA 1E15A 2D1ZA 1BF2A 3NUKA 1W2VA 4WKFA 4WSKA 2EPNA 3WQ6A 3ZQ9A 4ACZA 1TA3B 5EMYA 1CGYA 1GCYA 2VZUA 3N9KA 1JF5A 1J01A 3AZTA 3M6DA 3A6OA 5M3WA 3SIMA 1V03A 3FN9A 1WNOA 2DH2A 4TTGA 1DP0A 5IHRA 2BY3A 2XTKA 4GINA 5KEZA 5BYWA 2GK1B 2B31A 3WFZA 2UWFA 3GXIA 1QPKA 3T2QA 1F4AA 3VIFA 3LPFA 3W4RA 1HF6A 2YKKA 4CCEA 4W7UA 1ECEA 1WZLA 4PMVA 1QI3A 3TOPA 1EOMA 1VIWA 3TTQA 3W37A 3MUAA 2DSKA 4PCTA 4PUEA 3AROA 3RCNA 1JI1A 4KH2A 1CBGA 2WC7A 3NDYA 3L4YA 4UQBA 5IXEA 1KGWA 3EMCA 2WNWA 3AIEA 1DWAM 3GH5A 3KL3A 1CXFA 1GHRA 5A94A 1NWSA 1OGBA 4PMRA 4PMUA 4TVDA 2V3GA 4F9JA 2IXUA 2ZUWA 7TAAA 3QR3A 1XCWA 2OYKA 2WXDM 4ACYA 5GNYA 4EK7A 1UWRA 2XVNA 4BCEA 2ZE0A 4UFIA 3CHEA 3FY1A 5A6SA 2ZIDA 4CGTA 1O6IA 2VURA 1VFFA 5ABHA 1IV8A 4M56A 3GZAA 1E55A 3VINA 4H8HA 3AYRA 3EDEA 2WKGA 3VIJA 2PWHA 4B16A 5JBDA 3NSXA 4JHOA 4UFJA 2W91A 4D6CA 5CLWA 2CITA 5CZKA 1J0YA 2W61A 4ZE4A 4KWUA 4PTVA 2ZWYA 7CGTA 4HOZA 4PCSA 5CPTA 4J3XA 1KFWA 5LA2A 3PZOA 4URIA 1KWKA 2UY2A 3OG2A 3WELA 2WMIA 3MO4A 3RO8A 1W32A 3VDCA 3O2LA 3B9EA 3ZR5A 1UKPA 2YL6A 5IDIA 1OD0A 2WHJA 1IT0A 3VX0A 4E2OA 4MNLA 4RL3A 1HJVA 1YHTA 2F61A 4CD5A 3W53A 1I1WA 3IJ7A 4FF5A 4J3SA 3U7VA 2J7BA 5D9PA 6TAAA 3W82A 1E1FA 2E40A 3THCA 1W9PA 2IUZA 3GBDA 1G01A 2ZXQA 4BZYA 3MMWA 5AYIA 1GOOA 2OSWA 4XZBA 4JZ5A 5IFPA 4M81A 1V3HA 1GOWA 4JL2A 1EOKA 1BSIA 5D9MA 1G0CA 2A3CA 4PMOA 5A8OA 1CXHA 4UFKA 1BFNA 3WDQA 3ARWA 5D9NA 4ATWA 3CMJA 1JNEA 5I77A 3FAWA 1MWOA 4AIEA 1HN1A 1MXGA 3VGDA 2J79A 5I2UA 1D3CA 1HJSA 1GOMA 2CNCA 3VKKA 1JZ6A 2WZIA 1GW1A 4WK9A 2OYMA 4J27A 3WF0A 2BY0A 1U30A 4P7LA 3BH4A 5BROA 2WLYA 5KZ6A 1EQCA 2NSXA 4AIUA 1GJUA 1W1VA 2WCSA 3WD4A 3VGGA 4S3KA 3M7SA 2DSVA 2VCAA 1NQ6A 2BNJA 2W5FA 4MDOA 1P6WA 1H1NA 1JAEA 2DPEA 4HA1A 1ZBVA 5M17A 4P7QA 1LLOA 4NRRA 1K6AA 5EFFA 4R5EA 4AZGA 1E6XM 3L4XA 1DTUA 3PZMA 4UQ9A 1MW1A 3PZIA 1RPKA 3MMUA 3VX1A 3WDIA 2WM0A 2Q8XA 1ISYA 2Y5EA 2XHYA 3CMGA 1J9YA 3HJEA 3ZR6A 4PN2A 4E8DA 1MFVA 1EGZA 1UWQA 1UQYA 2XSAA 2EEXA 3VIKA 1H0IA 1B3VA 4B3KA 1XCXA 3A47A 3AHYA 4M24A 3SUSA 1PBGA 3BLPX 2PWGA 1ISZA 1QBBA 3AICA 4B9ZA 1FP8A 2CXGA 1K9EA 2PWEA 3QHNA 3UG4A 3CGTA 4M82A 1F4HA 3FNDA 3N12A 3WDHA 4NF7A 4MJ2A 5A6BD 1W9BM 3ARSA 1W1TA 4AXNA 4GZJA 2EJ1A 1TR1A 1E6PA 4H04A 3BXWA 3AYSA 3WMSA 3SUWA 3HN3A 4F8XA 4ACZB 3SUTA 4BQ3A 1E6ZA 1VB9A 1ODUA 1Z32X 3UETA 2WK2A 4IPNB 4F9DA 5BXSA 3DYOA 3MS8A 2V5CA 4YHGA 3WMBA 2J8FA 2ZXAA 1BQCA 1C93A 1SMAA 1GQJA 3WNMA 3N17A 1E43A 1NWUA 3BAXA 3EMQA 1JXJA 2E0PA 3CTTA 3VOCA 4E8CA 3CBWA 5BRQA 1TVNA 1E40A 4U5IA 3NSMA 3OLGA 4ZEPA 4QLKA 3GBEA 4KGJA 4OUEA 3GXMA 1UKQA 1QNPA 4AZ6A 4AZBA 1OIMA 2E3ZA 3WIJA 4PEEA 1WP6A 1VJSA 5E0CA 4WKHA 3GNRA 4W85A 4W8BA 2ZWZA 3OGVA 4PYSA 4QLJA 4K68A 1KGXA 2J7HA 2VVSA 1QI2A 2DSWA 3ZIZA 4AC1X 2JE8A 1KGUA 1W2PA 1BYBA 4HA3A 5DF0A 1ZL1A 4HOXA 4GI8A 5I23A 1E72M 2VI0A 4B9YA 3VGHA 4D6IA 5CGTA 1EHNA 1BGGA 1HX0A 4C7GA 2AMGA 4QP0A 3IAQA 2GSJA 4DUVA 3GXDA 4OOZA 3GXFA 4JIEA 3GH4A 4IM4A 1FP9A 4ZXLA 3MSDA 2W62A 1BYDA 8A3HA 1JXKA 1Q6GA 4GO8A 5C70A 4CN6A 2QLYA 3AHVA 1E6QM 1NP2A 1V08A 1CENA 2JEQA 1GHSA 1UR2A 2V3DA 3SCUA 5JIWA 3NCOA 4BQ4A 5CGMA 4N42A 4JKMA 4CN4A 3NYDA 1V6WA 4MB5A 4E4PA 1E71M 1AQMA 1W9XA 4AZIA 3CZKA 3A3HA 3CZ8A 1ZJAA 3T0DA 2XFFA 1EDTA 5EBAA 1JZ7A 2VQTA 4OOUA 1HJQA 4GZEA 5I5RA 2FHBA 2QPSA 3GH7A 5FIPA 3F5KA 2YOCA 4AZ5A 5GPRA 4HMCA 4F66A 5C8BB 3AMKA 3N1AA 4DWSC 4P7RA 5A6LA 5FL1A 4U31A 2BY1A 2E8ZA 5LA0A 1E4MM 3II1A 4RE2A 1QVBA 3B9AA 2O9RA 4GZIA 4XZWA 5HPOA 5DMYA 2EPLX 4W89A 1H3GA 3ARZA 3BCDA 1E6NA 1TUXA 5CXPA 1WZAA 1XD0A 4GO9A 1LWJA 3AFBA 3OZPA 4NZCA 2XVGA 5BCAA 3E1F1 3PZ9A 4TX6A 2WC4A 3GDBA 4PRWA 4P8UA 3AZSA 2VRJA 3MUIA 3PBGA 1SR0A 3OIHA 3PZTA 1RP9A 3AS0A 4D1IA 2YA2A 1UD8A 4PMYA 1VBRA 3CH9A 5DEZA 2VJXA 1W91A 1KQYA 3AIBA 2WHMA 4MNMA 1XC6A 1NM9A 1TCMA 3VU2A 3SCQA 1BAGA 1JYWA 1UOKA 2F2HA 1X1NA 3AJ7A 4R27A 4QFUA 4Z2KA 1EA9C 3U57A 5D8WA 2WVVA 2D22A 1J0JA 4DWSD 1UD3A 3AS1A 3WD1A 4D6EA 1V3LA 3AISA 1FH8A 3CZJA 3TTSA 1CDGA 4M29A 3QOKA 1MQQA 3VM7A 5E6ZA 2QMKA 2X0YA 1KWGA 3G6MA 3FHQA 1HVQA 1Q6EA 2BY2A 4XX6A 3GNPA 4BQ5A 2PWFA 1CGTA 1TG7A 4V2XA 3VD4A 1C8XA 3WKZA 5ABGA 3M07A 2C7FA 3G6LA 2J7GA 4M80A 3M46A 4CU8A 3BAIA 1WDQA 1CECA 3KE0A 3U7BA 3WEZA 2J25A 4TX8A 4AD3A 2NW0A 1PIFA 3UERA 2YDSA 1XGZA 3MV11 5FKYA 1UD4A 3LPPA 1B3YA 2HISA 1SFSA 2CBVA 2DIJA 4WSJA 3OLDA 1JL8A 2VC9A 2Z1SA 4TUFA 2VR5A 2VO5A 3TTOA 1JYXA 4DUWA 4Z2HA 1MW2A 1V02A 5BXTA 2DGAA 1GOIA 4PUDA 3FAXA 1UZ4A 3WH7A 1BTCA 4JHZA 1HNYA 2J62A 3VMOA 4A3HA 3PTMA 1HXJA 4BF7A 2XFYA 3WL0A 5A6MA 3N15A 3VIOA 3WNKA 1CLVA 4FLRA 4HA4A 3WNNA 1CLXA 1CPUA 3DHUA 1EH9A 5DT5A 2V3EA 4OIFA 3EDKA 3ARPA 3W0KA 1G5AA 4JCMA 3ZT7A 4Z2IA 3L4ZA 5A69A 1WZKA 5TD4A 3SCVA 1JGIA 2G3JA 2EO7A 3N13A 4ZXOA 3L4WA 3AQUA 1H0GA 3OZOA 2D0GA 1M04A 3OLEA 4J3UA 2QV4A 3WNLA 4EANA 1SMDA 4A3YA 5A8PA 1WO2A 1E0XA 1WDRA 2X09A 1UD2A 1Q6DA 4UCFA 2X0HA 1WE5A 3VM5A 5I24A 3VPLA 3T2PA 3KWXA 1B0IA 3RM8A 3SCRA 1WAWA 4ZENA 2O9TA 1LWHA 3UR8A 2YIHA 3W27A 1JNDA 5EFDA 5EB8A 3A4XA 1E6RA 1HP5A 4GQRA 3VIHA 3L2MA 1W3LA 3W6MA 2BVYA 2E8YA 2VNCA 3W24A 4PMDA 3VDHA 3WD3A 3PZVA 2XPKA 2XFRA 1W3KA 3ZT5A 1UWSA 2YJQA 3DHPA 2BXYA 1PJ9A 3CO4A 4UQCA 2VZOA 1E0VA 2OYLA 1S46A 3APGA 4PTMA 3WSUA 2XGIA 1ZB5A 3WL1A 1UKSA 1H09A 3IANA 1B30A 3DYMA 2WCGA 2FGLA 1UH3A 4UZUA 2BHZA 3AIUA 5FOOA 4UFMA 1V3IA 2G3IA 2CYGA 1E73M 1GQLA 3I3EA 4CU7A 5ABFA 3WUBA 2ZX7A 4Q22A 1C8QA 1PX4A 2C0HA 1B3XA 1K9TA 1W9DM 3ALFA 4MJ4A 4MNJA 1UQZA 2FGZA 3D5HA 1MQRA 1MXDA 1KXQA 1SYTA 1TMQA 4UOJA 5E9AA 3RM9A 1V3KA 1QI5A 2QHAA 4D6GA 3QGVA 4MDPA 2OWXA 3UCQA 3VTRA 1UUQA 4H2CA 1V0LA 1FH7A 4OJYA 2E9BA 2A3AA 5E0FA 3THDA 1ODZA 1W9VA 2D0HA 4YN5A 4P8WA 1UD6A 1QNSA 3POCA 4TVCA 2XVKA 4U3AA 3L4VA 3PN8A 4OBRA 1HVXA 1UWIA 1BYCA 3VIGA 5A95A 3VIIA 2FDMA 5E70A 4YPJA 3AIVA 2ZX5A 1R85A 3N04A 4GI6A 2ZX8A 1R8LA 1XHGA 3ZJKA 4UTFA 4Z2LA 1V0NA 5HXMA 2XVPA 4D71A 1VEPA 4MB1A 4TTUA 1GUVA 1PPIA 2WSKA 4PTWA 4KRTA 1MFUA 4PMXA 4D6DA 2HVMA 3S2CA 1VEMA 3W38A 4MAZA 4UQEA 4PMQA 1I75A 2BHYA 4XV0A 4LYQA 5LYRA 2ZOXA 4D6JA 1KQZA 1JDDA 5JBFA 1N82A 3FXYA 4OZOA 3ZOAA 4D6HA 4S3JA 2O9PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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