5ABF | Genus

Total Genus 240

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	240
sequence length	713
structure length	651
Chain Sequence	QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	240
structure length	651
sequence length	713
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
B	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abfB03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abfB02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abfB01

2O9OA 4JAWA 5E6YA 3NDZA 1CGXA 2YL9A 1E9LA 3WY1A 5I23A 1VFFA 3IJ8A 6TAAA 4RL3A 3PZNA 1BGAA 4MDOA 2A3EA 5C70A 2CHOA 5A6AA 1LL6A 3PZGA 3AS0A 1BAGA 4YPJA 1W3KA 4HOZA 2OLHA 1MW1A 4OUEA 2BVDA 3ZR6A 5BXRA 4HPHA 4PTWA 1V0LA 3UEQA 1PZ3A 2VX7A 4BQ5A 2XFYA 1OT2A 1XC6A 3VGEA 3VMNA 3CUJA 2Q8XA 1FH8A 3EMZA 5IDIA 1OD0A 2ZXDA 1C7SA 2FHBA 2AMGA 2ZX8A 3CO4A 2YBTA 3HN3A 4W7UA 3F4VA 5EFFA 2GSJA 1LL7A 1VAHA 1VJSA 3A6OA 1QPKA 1SYTA 1B31A 3PTMA 4J28A 1US2A 2CKSA 3K1DA 2RGLA 4YN5A 4IM4A 1HJSA 2XUCA 2WMIB 4LGXA 4AWEA 4PRWA 2O9RA 5M5DA 3VIOA 1UKPA 1OT1A 2YLAA 3ARTA 3CBWA 3WEOA 4CD5A 1H0GA 2WPGA 3OIHA 1V0NA 4GI8A 3THDA 4AXNA 2W4XA 4FLSA 1UR2A 4JCMA 1CLXA 3BGAA 1C8XA 1E4MM 1JDAA 3ARUA 3T2QA 4AZBA 1HL9A 1FP9A 4CD8A 3PTQA 3TTSA 8CGTA 4W85A 1E5NA 1CXEA 4JFUA 5GNYA 3BH4A 4BCEA 7TAAA 1EDGA 2ZX6A 3AXIA 3T2OA 4ZENA 4UFJA 1W9BM 1XH0A 1V3HA 1WZKA 4H7VA 3WUBA 5GPRA 1CXKA 3OLIA 3AS3A 3ZIZA 4D6JA 3AISA 5EFDA 5BYWA 1E6SM 1WP6A 1KBBA 4MNMA 3GYCA 1KR0A 2QMJA 5FL1A 4AEEA 3PN8A 4Q22A 1R7OA 2PWEA 1HKMA 4XV0A 5I3DA 4ZXLA 3S6TA 3POHA 4LYPA 2VX5A 4JFSA 4X9YA 1JZ3A 1H11A 2E9LA 4XB3A 1EO7A 3LPFA 1QHZA 5CQ1A 1PIGA 3UG5A 3B9AA 2WC3A 5BRQA 2E0PA 3VD7A 6CGTA 3OBAA 5E9AA 5EB8A 1US3A 4P7RA 1G0CA 1NOUA 1CYGA 5FIPA 3AXXA 3VGDA 1EQPA 1OGSA 2O9TA 3IJ9A 4OIFA 4LX4A 1V02E 4WKAA 3GH7A 3SCWA 4RE4A 1B3XA 1C3FA 4EKJA 1K9DA 1LF1A 2Y24A 4F9JA 2OYKA 5ABEA 3RO8A 3WNNA 1HKJA 1I1XA 1CTNA 1JNDA 1WB0A 5I79A 3MUZ1 3ZJ7A 2CEQA 2X05A 2V5DA 3PTKA 4JIEA 3AZTA 2DQXA 3PHAA 4H8UA 3OGSA 2WLZA 3A4AA 1X1NA 3T0AA 3IAPA 3DHPA 4H41A 4AYSA 4ATDA 1OB0A 1XSIA 4UFIA 1B3ZA 1W91A 4NSBA 1D2KA 1QI3A 1E6XM 1HVXA 3AMLA 1CIUA 1UD5A 3VGFA 2EXOA 2PWHA 1AQ0A 3W25A 1UG6A 4DWSC 4TUFA 1CPUA 5JIPA 3VO0A 3WNKA 1DTUA 1QHPA 4MAVA 3SURA 3NCOA 3B9DA 4PCTA 2WBGA 5E0FA 5I78A 3SCQA 3VIHA 2X0YA 3WNOA 3AHVA 1CEOA 4FLOA 2A3AA 3SCRA 4IUGA 4ACZA 3WDIA 3WQVA 1B1YA 4FF5A 4AZCA 5DT7A 1X6LA 1UR4A 3WUEA 1VENA 4QFUA 2WCAA 1VFOA 1D3CA 4D1JA 2WCSA 3WENA 4CVUA 1S46A 4AD3A 2VQUA 2VCBA 1E4IA 3WNPA 3FW6A 2ZWZA 3ZT7A 3VIGA 3O9NA 3KWXA 1I75A 1HNYA 1A47A 4GI6A 4IISA 4GQQA 1OGGA 4JHOA 1UD6A 3BLKA 1G5AA 1NWSA 1WAWA 3O6AA 2J7GA 3AIEA 1SMAA 2ZXAA 3WNLA 4Y7EA 5CLTA 4F8XA 2W63A 2PBGA 4AIOA 1J0ZA 4DUWA 4A3YA 4W88A 3WD0A 2OWWA 4QCEA 2EPMX 3UERA 5LA1A 2D1ZA 1ZJBA 1H5VA 1WKYA 2GK1A 4MDPA 2X1IA 4PUDA 3DYPA 3CZLA 2W91A 1ZB5A 2VTFA 1UWQA 4CCDA 5I2UA 2J78A 4KRTA 2G3NA 3PZTA 1W9DM 3KEHA 2VVSA 2WAGA 4QCFA 4LPCA 4K68A 2CITA 2QLYA 2ZOXA 1UKQA 2C8NA 3AJ7A 1E40A 4HZ8A 4U5KA 2ZUUA 1WDRA 4BS0A 1KWKA 3MO4A 1QI0A 4UQCA 1UA3A 3VD5A 2VZVA 1UWRA 2WW5A 1V3LA 1GOWA 5FD0A 2NT1A 3W29A 4Z2LA 3IK2A 4W86A 2GJXA 2VO5A 4AIUA 5BCAA 1MQRA 1EGZA 3CZEA 1E4LA 2A3BA 3W24A 1KCLA 2OWCA 4NI3A 4M8UA 5BXSA 3UR7A 3D5HA 3KL0A 1FHDA 4UZUA 3OGVA 1EDQA 1F4AA 2WVVA 4PMOA 4BF7A 3WQ6A 4M1RA 1QW8A 1B2YA 3L4UA 5D9NA 1QNSA 3WF0A 1OIMA 3ZOAA 2J79A 2W5FA 3G6LA 2CERA 3AZRA 4PMNA 2DT2A 2DSVA 5A2AA 1B90A 3UESA 2ZUVA 1HJWA 1P6WA 3M7SA 1R8LA 5DEZA 1GUVA 5LA2A 4MTVA 1V3KA 4QLKA 2ZX9A 1UWIA 4PBGA 4TVCA 3IJ7A 1MFUA 1R87A 2FHCA 3WD4A 5JBDA 5A8OA 4HTYA 3ALGA 1E0WA 3UCQA 4EANA 2W67A 3L2LA 5A1AA 5A6BA 2DSUA 8A3HA 1R85A 2J8GA 4TVDA 1WZAA 2AAAA 1WDPA 1QNRA 2EPOA 2ZX7A 3WF2A 3ARWA 2XGBA 3BAIA 2Y4SA 4U31A 4J3XA 3FAWA 2VOTA 3K8MA 3VX0A 3FAXA 3ZJ8A 5IHSA 1GW1A 4AZHA 3U57A 2DGAA 2UY5A 1KQZA 1W1VA 4TVUA 2VRJA 4ZXOA 3ARYA 2V3FA 3VNZA 1MW3A 1QOXA 2Y8KA 2VVNA 1A3HA 4URIA 3VIMA 4HA3A 3LPPA 1J11A 3SCPA 3MUAA 4PEEA 1JYVA 4HZ7A 3PZQA 4CKQA 3RDKA 3NJ3A 3WDQA 1Q6EA 4JFTA 3QHMA 4UOQA 2PWDA 1J10A 1J0YA 1B3WA 1BYDA 1PJ9A 1NOFA 4TX8A 2VJXA 3N18A 3EDEA 4C7FA 4PSRA 4GZEA 3CMGA 3T09A 1WZLA 2WSPA 2ZUNA 2X8RA 1QI2A 2D24A 2VURA 3CZJA 2ZXBA 4W84A 1QNQA 1GCYA 2J7BA 2WWDA 1EQCA 3DYMA 2V5CA 4AD0A 2ZX5A 4J27A 3AS1A 4BQ4A 4AD5A 5D9PA 3UETA 4JCLA 2OSYA 4UFLA 1KFWA 4LQ1A 1SR0A 1N82A 4FMVA 2CBIA 3MV01 1UQZA 3MMDA 1KGUA 4WIWA 1EHNA 1TA3B 3W82A 3WN6A 2XHYA 3WFZA 2JFEX 1IV8A 3HMCA 1JZ8A 1J9YA 1UR9A 1O6IA 2A3CA 2VX4A 1XCWA 4CU8A 2GFTA 1E72M 4U3AA 1HJQA 3VILA 3VMPA 1V02A 3W27A 2YA1A 5D9MA 4PMUA 4WJXA 4AD4A 4L4OA 5A6BD 4OOUA 2E8ZA 3FNDA 5A3HA 6A3HA 2DH2A 1PX3A 1HN1A 1TMQA 2EPNA 4ZE4A 3POCA 1W9UA 3CHCA 2ESCA 4H8HA 2GVYA 2J74A 3L4VA 5BWFA 1RD6A 5C71A 4E8CA 2XVNA 3ZT5A 3BAWA 4J7RA 3ZJKA 4FLQA 1PIFA 2W92A 2WVTA 1J18A 3BAKA 4P8WA 2HVMA 3ARPA 4BQ3A 1WNOA 1NARA 1XYFA 1KBKA 2Z1KA 1JL8A 4UR9A 1ITCA 2HISA 3AMDA 3ARXA 3WF4A 1CXLA 2D3NA 1JZ7A 4MB1A 3QOMA 3OLEA 4RE2A 2VZSA 5M17A 4P7QA 4CU7A 1GJUA 3N17A 1VEOA 1B9ZA 2QPSA 4BA0A 3GH5A 1BHGA 1LQ0A 2DT3A 1OSEA 3VINA 3VUPA 2CBUA 2YL5A 4MJ2A 1OM0A 1GONA 1GNXA 1XD0A 1JYXA 2VR4A 2DSKA 3TTOA 5HDRA 3WUGA 1G01A 3VDAA 1DEDA 3GBDA 2XGIA 2W66A 2C7FA 2WMIA 3ARSA 4HP5A 3QOKA 1GPFA 2FGZA 1BPLB 4UTFA 5KZ6A 2WVSA 2EPLX 3CH9A 3ZJ6A 2QPUA 1GQKA 4N0RA 1CXIA 4HOWA 5E70A 1JF6A 4W7VA 5I24A 3CUGA 4S3JA 1UUQA 1ECEA 4D6GA 2DPEA 2BXYA 3EYPA 1NH6A 4ZFMA 3VIIA 1ZBWA 1C8YA 5AYIA 4NRSA 3DHUA 1NP0A 1QNOA 3F5LA 1UQYA 1E6NA 1ZBVA 3VPLA 1TE1A 3BLPX 3CZGA 1UZ1A 1VB9A 5GNZA 4IPLA 1GOIA 5CG0A 3OLDA 1XSKA 3I3BA 2QV4A 2D0GA 3WQ8A 3II1A 4QLJA 2WSKA 4QAWA 4W5ZA 2BVYA 3AIVA 5JBEA 1MVYA 2ZUMA 4S3KA 1AQMA 2JF7A 3AROA 5E0CA 3E1F1 3WEMA 3RM9A 2JF6A 2IXVA 3AYSA 4JFWA 1OGBA 4OKDA 4TOQA 4AZ5A 4HU8A 1MWOA 3WH9A 1W1TA 2EO7A 3TOPA 3N15A 1QHOA 4JKKA 1JIBA 4M24A 2YJQA 3U7VA 3VD3A 2WWCA 4HMEA 1CGUA 1HIZA 1VJZA 4UQDA 4JFVA 5DO8A 3VD4A 5CPQA 4OBSA 1W3JA 1E5JA 4M82A 3VDBA 3WNMA 2VT0A 1E55A 3BSHA 3SUVA 3NSMA 3WH7A 2XFFA 1OWQA 4E2OA 1WE5A 2D23A 5M03A 1ZL1A 1JZ5A 1PX4A 1JYWA 4GINA 2DDXA 5ABFA 2DEPA 2E9MA 2UY4A 3OLGA 1GOMA 5DF0A 2GUYA 3AIBA 1HP4A 1UZ4A 2D2OA 3B9EA 4A3HA 1JGIA 3A3HA 3WD3A 3EDJA 2VRQA 2Y8VA 1IZKA 4NRRA 4PUEA 1BFNA 2W61A 4W8BA 1HJUA 5CSUA 3WL0A 1KB3A 3W4RA 1HF6A 4EE9A 3AHZA 5JUVA 4AMCA 1R7AA 3RILA 4PMQA 2E4TA 3NIYA 1KGXA 1KXTA 2WBKA 3WH8A 1QNPA 5ABGA 1ISZA 2F61A 3EDFA 3OZOA 1KXHA 3GXMA 4W5UA 4DM1A 2VZTA 2XWEA 1XGZA 1CNVA 3G6MA 1UD2A 1BYAA 3OG2A 4M29A 3SEPA 1JAEA 1MQPA 2FGLA 3BMWA 3AOFA 4UQBA 5IFPA 5D8WA 1GVYA 4AEFA 4PMYA 4AW7A 2F2HA 4M56A 3TTQA 4LYQA 4CCCA 3GTNA 2XYLA 1X6NA 3VDCA 4E4PA 2BY1A 4B3LA 4UQAA 5CPTA 2J7FA 4ACZB 3WDJA 1J0KA 3VM7A 5A94A 3BXWA 5I5RA 3WMCA 4AIEA 3TTYA 4D6EA 1MQQA 2E3ZA 3WDRA 2J7HA 1JI2A 2XSAA 2XVLA 4WSKA 3BCFA 4C90A 4PMRA 1CGTA 1D7FA 4TX6A 1WO2A 4AZCB 3L4YA 4B15A 1UKTA 4P8UA 3UG4A 5GNXA 1E4NA 3GNPA 4JL2A 2CHNA 1E1FA 5A8NA 1MW0A 2YL8A 3SUTA 3QGVA 1NQ6A 1BYBA 1V6VA 3WD2A 5HXMA 4GKLA 4AZ7A 3CPUA 1V0MA 3VDHA 4IPNB 2EEXA 3VIKA 2WK2A 3SUUA 1TUXA 1JXKA 2WLYA 2UY2A 3HJEA 5JBFA 3W81A 3BCDA 1H41A 4PMVA 4X0NA 2D20A 3T08A 4CN4A 4PCSA 1WDSA 1EXPA 2WKGA 1E0XA 1CXHA 1ODUA 2YKKA 4M81A 3VOCA 5F7UA 1EOKA 2WMGA 4D71A 2G41A 1UR8A 3MUIA 1W2VA 1FFQA 3WF3A 3PZMA 2GK1B 1DWIM 1GVIA 3ZMRA 1GQLA 3ALFA 2TAAA 1LWJA 4PYSA 2JIWA 3WKZA 2V3EA 3L4XA 1KQYA 1E73M 2Y5EA 3NSXA 4UFHA 1V6YA 1BVZA 1KCKA 1ISYA 3WQ4A 2XPKA 3RM4A 1GQIA 4HPGA 2VZUA 1C7TA 1QI4A 2D22A 1OBAA 4PMZA 3VGGA 3WSUA 2ZWYA 1BG4A 2VNCA 3BAYA 4D72A 3I3DA 2YLLA 4MADA 1PBGA 1BVNP 1PPIA 4CD4A 1FHLA 1MYRA 1W1YA 1B0IA 1TVPA 4BQ2A 3TA9A 3LPGA 1RH9A 4GO8A 5GQBA 1Q6DA 4TTUA 3ZR5A 2J4GA 4GPNA 4H04A 2YIHA 1VIWA 1BTCA 3CHFA 4UNIA 3TONA 1V08A 3W6MA 3MS8A 4MJ4A 3KZSA 4X0VA 3KL5A 1UKSA 2WVVB 1JAKA 3OB8A 5A6LA 1UHVA 1EOMA 3L4WA 1G94A 4E8DA 1XYZA 3GH4A 1WDQA 4J3TA 1WZMA 1JG9A 2CIPA 2VZOA 1MW2A 4UZSA 5BXTA 2VC9A 1HL8A 1HP5A 3T0BA 1GHSA 1XSJA 4CCEA 3AIWA 1OINA 2WZHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2QHA A;  3WDH A;  5FL0 A;  3WQ5 A;  3AMK A;  1G1Y A;  1U2Y A;  3T0D A;  3CIV A;  1W2P A;  3AFB A;  1H3G A;  4D6H A;  2Z1S A;  4CD6 A;  2UWF A;  1E56 A;  1GQJ A;  1TA3 A;  4W7W A;  2DSW A;  1UR0 A;  4L4P A;  3W0K A;  1J12 A;  2WMJ A;  3WDP P;  4OZO A;  3VD9 A;  1GHR A;  1UD3 A;  1NOW A;  3W38 A;  3CZ8 A;  2X2Y A;  3O2L A;  3CUF A;  1K9E A;  3AMG A;  3AHX A;  1DWF M;  4DWS B;  1TR1 A;  3WL1 A;  1PZ2 A;  2CPU A;  2V3D A;  3MMU A;  2CET A;  3WQW A;  3DYO A;  2E9B A;  2YBU A;  3MKK A;  5IHR A;  1E71 M;  4QDM A;  1JF5 A;  4MNK A;  4LYR A;  5CGM A;  4W89 A;  1JFH A;  1I1W A;  3GNR A;  4WK9 A;  1QW9 A;  1U30 A;  4LXF A;  2J75 A;  3PBG A;  1JZ2 A;  2VRK A;  4UQ9 A;  3U7B A;  1AQH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O9O A;  1MMG A;  4XAF A;  1IF2 A;  3EAM A;  5E6Y A;  3SQS A;  3NDZ A;  3NQ7 A;  2VEK A;  1MMN A;  3AED A;  1HTI A;  3E0W A;  3FGC B;  1GOX A;  2PTY A;  1BGA A;  3PZN A;  4X66 T;  2V2H A;  2CHO A;  3BGG A;  3UU8 A;  2IKG A;  4I7V A;  3RXZ A;  3S5Z A;  4U72 A;  3VR9 A;  5KX5 E;  4OUE A;  1EP3 A;  1JCL A;  3ZR6 A;  1FCQ A;  1V0L A;  3SW6 A;  3OTR A;  3VGE A;  2ZDS A;  4ZZC A;  3NZP A;  1FH8 A;  3EMZ A;  1BTM A;  4IDP A;  5IDI A;  1BSL A;  1VBH A;  1C7S A;  2AMG A;  4WOZ A;  2YBT A;  4W7U A;  1N8F A;  1QPR A;  1EC9 A;  3F4V A;  1RLC L;  3GU2 A;  4C6Q A;  4UTJ A;  1VJS A;  3A6O A;  4HWD A;  1D8C A;  5HWJ A;  1SZE A;  3ITT A;  3PTM A;  3RYF E;  4HMN A;  3V16 A;  2RGL A;  3SDO A;  2V63 A;  2Y7F A;  4IM4 A;  1XDP A;  1YNY A;  4P2V A;  4JYA T;  4RZ5 A;  3GA8 A;  1EIX A;  7XIM A;  3VIO A;  3ZR4 A;  2YLA A;  3ART A;  2WPG A;  1EEX A;  1QPN A;  1U1U A;  3OIH A;  3CL8 A;  2Z26 A;  4FLS A;  4UXD A;  3ONB A;  4V1X A;  3N9R A;  3AXJ A;  2HZG A;  3GVW A;  3EA1 A;  3UFY A;  2LSI A;  4Z0J A;  3CV7 A;  2JKA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABFB

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