2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
1WDRA 5A3HA 4FLRA 1KB3A 4UZSA 3CPUA 3CTTA 4UOJA 2O92A 4ML4A 4WSKA 1OSEA 4PEEA 3VINA 1E3ZA 1JD9A 1VBRA 4AIEA 2WHKA 1IZJA 2EJ1A 4CD6A 3VMPA 1NOUA 3DECA 4ZENA 3VIJA 3MV01 2Y8VA 1H0GA 1EA9C 2D23A 1E9LA 4PMNA 2X1IA 3WFLA 1E6RA 3VKKA 3VX0A 2CCRA 3VGBA 2DEPA 3RJXA 3WQ4A 2Y5EA 7TAAA 1F4AA 1HT6A 1TCMA 1ESWA 1JIBA 3AISA 1Q4NX 1DWGM 3CZ8A 2OLHA 2VNCA 1UWUA 1PJ9A 1EQPA 3W26A 2ZUWA 1JNEA 1QNOA 3MSGA 3WDIA 1FHDA 5JIPA 2J74A 1GORA 1VF8A 4XZWA 1C91A 4JKKA 1GJWA 1R86A 2DSWA 2JALA 3FAWA 1E3XA 1GQLA 3I3EA 2IXVA 4P7QA 2WPGA 4M56A 2WANA 1WNOA 2DT1A 5ABGA 5I6SA 2ZX8A 3QHNA 1JZ8A 1GW1A 5M5DA 5FKYA 2VZOA 2JEPA 3ARVA 2WWCA 4D71A 5ABHA 2VX6A 2G8ZA 4UFIA 2YDRA 4KRUA 1W1TA 1E6XM 3AXHA 1H5VA 1KWKA 3CMJA 1DWAM 2PWDA 2CBIA 3W4RA 2EPMX 3CZGA 3IJ8A 2XSAA 5LA1A 3AICA 2EQDA 3TTYA 1KCKA 3AMGA 1QW9A 3KEHA 4KWUA 3LPOA 3AOFA 1GHRA 4HU8A 4WJXA 5CGMA 1G94A 2DSVA 4NRRA 2J7CA 1J18A 1A47A 1EDTA 5GQBA 5A2AA 3L4YA 5D9NA 3CZJA 4GQRA 1P6WA 3J7HA 3O2LA 4OOZA 1GQIA 2VR4A 4WSJA 4E8CA 1K9FA 1JDAA 3U7BA 3PZOA 1HVXA 2VOTA 3KL5A 4QFUA 2V5CA 2WSKA 3KL3A 5LA2A 1QBAA 1JDDA 3QR3A 1CGTA 3AIQA 2DIEA 2D3LA 3BMVA 5GNYA 1E0WA 2BY3A 1OCQA 4CCCA 1LL7A 3OLIA 2J25A 6CGTA 4AIUA 2XFFA 1K9TA 1KGUA 1GZJA 2FDMA 1UD8A 2QMKA 3SCRA 1WP6A 3NSMA 5C71A 4S3JA 1SMDA 2D0HA 2WC3A 1ZBKA 2J77A 4DM2A 3WD4A 1W9VA 1UOKA 2VMFA 1GPFA 1V6WA 2EPKX 4W86A 1JFHA 4PTWA 1W91A 4D6IA 4DM1A 2D0GA 3CBWA 5CSYA 1DWHM 4RE2A 1PPIA 4D6DA 2WMFA 1BYAA 1J0YA 5IXEA 3MV11 4GZIA 1C93A 4HU0A 5A8PA 2XG9A 3ZO9A 1LWHA 3WD3A 1V3JA 3WUGA 2QPSA 1E5JA 3BSHA 4CU7A 4RE3A 4Q7NA 1FH8A 2VUYA 5I0DA 1BSIA 2WVTA 3GNOA 4MB5A 2G3JA 4AEFA 2WCAA 5BRPA 1J9YA 4DUWA 1Z32X 2UY3A 4CU6A 2VT0A 1UR0A 5M03A 2EPLX 2YL9A 2J7EA 4YHEA 1ISVA 4GINA 4AZGA 5A6LA 1UH4A 3N9KA 4AD2A 1JI2A 2F61A 3AIUA 3FHAA 1JF6A 3GBDA 5FL1A 3CH9A 4AZ5A 1CGYA 5ABEA 1R85A 1E72M 1E56A 3S6TA 1VIWA 1QHZA 5CZKA 3VNYA 1OGGA 4JAWA 3L4VA 4WKHA 3AIEA 3WEOA 1JD7A 3NSNA 3GDBA 3IJ7A 2CKSA 5DF0A 3WEMA 3MKKA 4W7UA 3WF0A 1UHVA 4IISA 1UWQA 3U5YA 3U5UA 5D4YA 3VIPA 1HKKA 5A69A 5M3WA 3TP4A 5DFAA 3WMBA 1C7SA 2J7HA 4TX8A 3SCWA 3W24A 1B3VA 4YN5A 5FD0A 4GXPA 2VVSA 2PF0A 2YA0A 2W4XA 3B9EA 3VNZA 4PMUA 3VGHA 2XVGA 1EH9A 5GNZA 3IK2A 2GJXB 4LX4A 4AYSA 1C7TA 3MUIA 4UQCA 3CIVA 4MNMA 1PAMA 4P8XA 1KBKA 3RILA 2WMKA 2O9PA 3F5KA 4P7RA 4PTXA 3L4TA 3ZQ9A 3ARSA 2BVDA 1BG4A 1V6VA 1BGAA 2G3MA 3VIOA 1O6IA 1IZKA 4P8UA 5D9PA 1UWSA 3PZVA 1WPCA 2VCAA 2A3HA 4BQ3A 4ACZA 2YOCA 1CLXA 5CLWA 3N04A 4LYRA 2Y2WA 5JUVA 3WBEA 1ZBCA 3WY1A 1XHGA 1H49A 3MUY1 1ISXA 1JAEA 1HJVA 2GSJA 1FP9A 4UFMA 1NQ6A 1HJXA 4P7OA 3ARRA 3QOKA 2OSXA 4IPLA 1B90A 1GOQA 4W93A 3F5LA 1C8QA 1AQHA 3N17A 4J3SA 4AC1X 2J75A 3UESA 5BXTA 3WNNA 4N42A 1M04A 2BXYA 4M8UA 4D1JA 4IPNB 8CGTA 3AZTA 4OBRA 3AMCA 3MS8A 2OYLA 4HA3A 2EEXA 1XYZA 1MW3A 1W2VA 4H8VA 4P7NA 3WMCA 4QCFA 1OIMA 3VIKA 1US2A 4MDOA 4OZOA 4J27A 1ISYA 1EHNA 2J4GA 1HVQA 1W1YA 2XVKA 3ZMRA 1WAWA 1CXLA 4EAMA 4CD7A 2GJPA 1RP8A 1KXHA 3SUTA 3UEQA 3U7VA 3THDA 1ECEA 2YDSA 4M1RA 4HOZA 1UR2A 1V02E 4TX6A 4MB3A 2WMJA 4W7WA 3E1F1 2VJXA 2GUYA 1QPKA 3UR7A 3KL0A 1XSKA 3OGSA 4OIFA 1R8LA 3T0DA 4MPKA 1E6SM 5IFPA 5ABFA 3PZMA 3W28A 5A95A 4KGLA 2DDXA 1H2JA 1CXKA 1EIBA 1CPUA 1HL9A 1OM0A 2WCSA 4X0VA 4AZCB 2CPUA 1AQ0A 1BTCA 4GO8A 2V38A 4J3TA 4UFHA 3ZJKA 2CHOA 3FXYA 3CLWA 5E6ZA 2O9RA 4M81A 4TTGA 3ARQA 1CGVA 1MFUA 4CN4A 1E4LA 1YHTA 2WNWA 3AI0A 4EK7A 1KWGA 1HJSA 2FHFA 2CHNA 1VJZA 1E6QM 1U33A 1PX3A 1AVAA 2XVNA 3VPLA 4A4AA 5JBFA 5LYRA 1PZ2A 2ZUNA 1OBAA 2XPKA 3T0BA 1D7FA 4AZCA 3VD9A 1WE5A 6TAAA 4C7DA 3EDFA 4XV0A 3K8KA 3WFZA 2E8ZA 2W66A 1XSIA 1SYTA 3AIRA 3PTMA 4HA4A 1CZ1A 2X8RA 3I3BA 3MUZ1 3RM8A 1CXIA 2J7GA 2E4TA 1UWTA 4HMCA 1OGBA 5I77A 4EKJA 4PMXA 3AQUA 2W62A 3RM9A 3ZSSA 4PMDA 1OWQA 4H8UA 1B31A 2BVTA 2OSYA 4PRWA 1Q6GA 2V3DA 3VTRA 1UA3A 1N82A 1XCWA 3M07A 4WLCA 3TOPA 3UG4A 1G9HA 1U2YA 4UZUA 3WQWA 4C91A 1H41A 4OBSA 5CPQA 3PHAA 4CU8A 5A8NA 2Y4SA 1E0VA 3AS2A 4F8XA 1V08A 2X2YA 3VIFA 1ZS2A 5GPRA 4DUXA 1HF6A 3WNOA 3K4DA 3VX1A 5HPCA 4ZFMA 4R5EA 4KMQA 3PZTA 3OZPA 1V02A 4DWSD 2BVYA 3RMEA 3WUBA 4YPJA 2XFRA 2CEQA 3CZEA 3NDYA 1EHAA 2FGLA 4PYSA 5I23A 1B3YA 5E0FA 2VCCA 1R7OA 3F4VA 1UKOA 3U57A 4PTVA 4TTUA 3WENA 3VIIA 2XVLA 1V6XA 1QI4A 1JL8A 3ZR6A 1NOFA 2WC7A 1JAKA 3AZRA 1O7AA 3LPFA 2OSWA 4FLSA 3QOMA 1MW1A 4J28A 1OINA 3AIWA 5I3DA 1E6PA 1VRXA 2OWWA 3DYPA 5D9OA 1UD4A 2IUZA 1G5AA 1QI2A 1EO7A 1HJQA 1QNPA 3SCUA 4TVCA 2V5DA 2EXOA 4TOQA 2J8FA 3WQ5A 2D24A 2JIWA 1OIFA 3GH5A 1MXGA 4JFUA 1KR0A 2YLAA 3WQVA 4LPCA 2BY0A 2ZUVA 3BAJA 1W9UA 5C70A 2WKLA 5HDRA 2DT3A 4IUGA 1PIGA 3AYSA 1FOBA 3W38A 1OGSA 2J47A 3BLKA 1ITCA 3VDHA 3CGTA 5ECUA 2QF8A 2ZUTA 2WVVA 4QDMA 4AZIA 5A8MA 1CBGA 2ESCA 3WF3A 1GUVA 2W63A 4UNIA 2A3BA 4HZ8A 3GXFA 1CXFA 4F66A 2ZX7A 3ZR5A 4B16A 1TA3A 1E4MM 5KZ6A 3ZJ8A 3N18A 1GOWA 1MQRA 4W89A 4LYQA 4HA1A 3FNDA 3UG3A 3VDCA 1MVYA 3WH7A 5AYIA 4P7LA 2D1ZA 3WF2A 4U33A 2OYMA 1J0JA 1BYDA 3AMLA 3O6AA 1KXTA 3WH6A 5EFDA 3NYDA 5CPTA 4JL2A 2XIBA 4JIEA 4AY1A 1QNQA 4W8BA 1X6NA 3MUAA 2YKKA 1QBBA 1LWJA 4GI9A 3A47A 2Q8XA 3OLGA 2WVSA 1GONA 4HTYA 4YHGA 4B9YA 1JGIA 1E6NA 2EPOA 4BA0A 5FCZA 2AOSA 4U2ZA 5CJ5A 2WBKA 1C8XA 3GNPA 5A2CA 2WSPA 3AJ7A 1XH0A 1MFVA 4R27A 1EDGA 4AD3A 2G3NA 4PUDA 3N12A 1Y7VA 4Z2KA 4W8AA 4MJ2A 3VGFA 3N13A 1HXJA 5HPOA 1KXQA 2VRJA 3WUEA 1BYBA 3NJ3A 4QP0A 3MSDA 3OA5A 2W67A 2ZWZA 4C90A 3SCVA 3PN8A 2DSZA 5I5RA 2FH8A 2CBVA 1E15A 1J0KA 3ARUA 2QHAA 1H3GA 2VR5A 1FP8A 3UERA 2ZUUA 3RDKA 1WCGA 3OB8A 4UR9A 2WB5A 5BCAA 2VVNA 1I75A 2XGBA 3B9AA 4Z2IA 4GIAA 4UQ9A 1HNYA 1KGWA 3VGGA 2AMGA 2RGLA 3W81A 1XRVA 3K1DA 3L4UA 2VTFA 1NP2A 2YJQA 8A3HA 4JFWA 1WZLA 1XC6A 1HP4A 4CKQA 4ATWA 3WEZA 2J7FA 1JNDA 4M24A 5D8WA 1W32A 4BCEA 4CD5A 5HBFA 2ZX9A 2YL8A 5I2UA 2CXGA 3SCNA 1QHOA 3WDPP 1CENA 2QPUA 1X6LA 5GNXA 5AC5A 2NSXA 1VFUA 2VZTA 3NIYA 1MW2A 1PEZA 2DSUA 9CGTA 1LF1A 1J11A 2ZICA 1TVNA 2PB1A 5IHSA 4M29A 1WZMA 4WK9A 4AZ7A 4GPNA 1C8YA 1MQQA 1UR8A 5C8BB 1QI0A 4D6CA 3TTQA 3FAXA 3OLDA 1V3HA 3HMCA 1UD2A 1GOOA 2PBGA 1HIZA 2DGAA 4CCDA 2YBTA 5DT5A 1UR9A 4FMVA 1VAHA 1ISWA 4K68A 1ITXA 4BZYA 3WSUA 1VENA 3AS3A 3VMNA 4ACZB 1NWRA 1Q6DA 3WELA 3WDJA 1ISZA 4W85A 3VIMA 4EANA 1WDPA 3SCSA 1EOKA 4PCTA 1NARA 1ZBWA 4NZCA 4AEEA 1KR1A 5A8OA 4PSRA 1DWJM 3BCDA 3HN3A 4H04A 2F2HA 2J7BA 1TMQA 1W9PA 1CGUA 2W5FA 3ALFA 3W53A 1CDGA 3D5HA 2E8YA 3MMWA 4BS0A 4CD4A 3WKZA 2VCBA 4D6JA 4IM4A 4P8WA 4DWSA 4QLKA 3HJEA 1C3FA 3OBAA 4URIA 1WDSA 2GVYA 3M7SA 2XWDA 3DHUA 2ZUMA 3POHA 1J01A 2EPNA 3PZIA 2XSBA 1XSJA 1NP0A 1L8NA 2VO5A 2ZXBA 3SCPA 3PZ9A 3VD7A 1UD3A 5DO8A 1E1FA 2OYKA 5BXRA 2VRQA 1DTUA 1CECA 3SUUA 1Q6EA 2VX4A 3RJYA 2X0HA 1OB0A 1QI5A 4HZ7A 3ZM8A 1E4IA 1BG9A 3SUVA 1PZ3A 1KFWA 2BHYA 2VI0A 5ABFB 2UY4A 4WIWA 3AHXA 3VU2A 1JZ3A 4ZXOA 1EOMA 4BQ5A 1W1VA 4V28A 3CZLA 1EQCA 3GXIA 4JKLA 3BAWA 5KEZA 4H2CA 7CGTA 4AD0A 2XWEA 4D1IA 5I24A 4AD5A 1KXVA 3SCQA 3TA9A 1KGXA 1MYRA 3AIVA 3CZKA 2D20A 4U5IA 2BFGA 1DEDA 1ZJBA 1UWRA 2XM2A 1DP0A 4L4OA 4HP5A 1UKSA 3CHEA 1E43A 2WMIA 3M46A 1RD6A 2FGZA 4GKLA 1LG1A 1B3WA 2QLYA 5A6BA 1JZ6A 1NH6A 2VX7A 1HKJA 3D3AA 3GYCA 4RE4A 2BNJA 2GDVA 4AWEA 1XD0A 2CKRA 4GO9A 4ZXLA 1V3LA 5E70A 2WXDM 1BF2A 4V2XA 1K9EA 1TFVA 3VGEA 4X0NA 1OT1A 1GJUA 5BWFA 1F4HA 2YBUA 1UD5A 1VFMA 2WYSA 1UYQA 4KGJA 2V3EA 3SEPA 4ZEPA 3O9NA 5IDIA 2WCGA 3BLPX 6A3HA 3L2MA 3CMGA 4MB4A 1QNSA 5A8QA 1MW0A 1G01A 1D2KA 1JXKA 3WD1A 4HOXA 2UY5A 4W7VA 3CUHA 2DSKA 2BV9A 1V03A 3W27A 1E71M 4AZ6A 1CXHA 5IHRA 4NF7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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