5FKYA

Structure of a hydrolase bound with an inhibitor
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
644
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 244
structure length 644
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fkyA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fkyA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fkyA01
2BVDA 1JDDA 4B3KA 3GXMA 2FHCA 4D71A 1WB0A 2ZUSA 4ZENA 2QMKA 1BPLB 3N17A 5A6KA 4B16A 4WKAA 3G6LA 4MNKA 1F4HA 3FAWA 2A3CA 2V3DA 2Y24A 1ZB5A 1A3HA 2W67A 4L4PA 3WENA 1JG9A 1G1YA 1X1NA 1UD5A 3KZSA 1V6WA 1V08A 2WSPA 1E0VA 3SURA 1KCKA 4D6EA 5CLWA 3BGAA 2NT0A 3GBDA 4F8XA 1RH9A 4PSPA 1WDRA 1VB9A 2JE8A 3KE0A 3ZSTA 1DTUA 4MB1A 5E70A 3AHTA 2PB1A 3VIKA 2ZXQA 2PWEA 1VF8A 5CZKA 1BYCA 2BY3A 1B0IA 1AQ0A 2OWCA 3N1AA 4D6GA 3PZ9A 1V3KA 3VINA 1B3XA 2XHYA 1PJ9A 3EDKA 5LA2A 2BHYA 1V02A 3SUWA 1XH1A 4KWUA 3VGDA 4ML4A 2WZHA 4PMRA 1J0KA 1DWHM 4MNJA 1XSIA 2VOTA 3GBEA 2NSXA 3PZIA 5FL1A 3GH7A 4CD5A 1BGGA 2GK1A 1ZBCA 1ODUA 3T09A 1PIGA 1HL9A 1XRVA 4HMEA 1E70M 3T2PA 1BVNP 3E1F1 1MW0A 2BHZA 3ARYA 1QOXA 2QHAA 4E4PA 1H1NA 1E6ZA 4Z2JA 1JD9A 5BWFA 3KL0A 2YL6A 3F5JA 3WFLA 4FLRA 2XSAA 2GJPA 2X8RA 4Z2IA 2PC8A 2O9TA 1JNDA 4ACZB 4LYRA 1JZ4A 1GOOA 3GTNA 1SMDA 4QLKA 1G94A 1ZJAA 1C3FA 3HJEA 4DUXA 2MANA 2J78A 2UY5A 1PX8A 4LYQA 3W24A 2WVUA 1QHOA 2W4XA 1EH9A 5ABEA 1JIBA 3AS0A 3DYMA 3K46A 1C8QA 3RJYA 4AD0A 2X2YA 5CG0A 1QW9A 1JDAA 2EJ1A 1NP2A 1NOUA 1LF1A 3PBGA 1CNVA 1UZ1A 5A6AA 1OINA 4HMDA 3IK2A 5DF0A 2XVPA 1WAWA 3N13A 2XVNA 1FHDA 4M29A 5AC5A 2XJ7A 3L4XA 4KH2A 4JFSA 4ATLA 1IT0A 3OGRA 4P7OA 4S3JA 5ABFB 4EAMA 5D9OA 4QLLA 3VU2A 1W9PA 5ECUA 4OZOA 1JZ6A 4JL2A 1VAHA 2VX7A 1CGVA 3QHMA 4ZE4A 2VZVA 2ZXBA 2D23A 3VIIA 2BHUA 1E43A 3NCOA 2PWFA 2C7FA 5CPQA 4JCMA 1V3HA 4UQBA 1NQ6A 4JHZA 3CO4A 3BAJA 3T0AA 3M46A 4WK9A 2VVNA 1H2JA 1BSIA 2J7EA 1H5VA 3AROA 4P8VA 4H8UA 3VGEA 2YJQA 1CGXA 3WMSA 4UQ9A 1BGAA 1E6SM 5BROA 1KR1A 1DWAM 1AQHA 3W6MA 1L8NA 1MW2A 4UFIA 4H8VA 1HP5A 3AFBA 1I75A 3L4TA 4H41A 2BVYA 4W7VA 2WHLA 4PN2A 5D9PA 3VD3A 3ARQA 4BQ5A 2GJRA 4Z2KA 1NOWA 1KBBA 1GPFA 1H41A 1KBKA 4GI9A 2JALA 4CCEA 2OSWA 2A3AA 1WZLA 4Z2LA 2XFRA 1GVIA 3WL0A 5D8ZA 2Y2WA 1O7AA 2DT0A 3MUIA 2PWGA 2GSJA 3VOCA 2J7HA 3WQ6A 5A8NA 2A3BA 3BMWA 3WF4A 4Y7EA 3WF3A 3THDA 1JFHA 1IZJA 2OYLA 1UH4A 3WDRA 3VGFA 5A6LA 3EDJA 5E6ZA 4UQEA 4DM1A 2VTFA 2XSBA 1H49A 4M24A 1H0GA 1HKMA 1KXQA 3SEPA 4H8HA 8CGTA 4PTXA 6CGTA 4J7RA 1LG1A 4UOJA 3L4ZA 2VCCA 1M04A 4WSKA 1SFSA 3WNKA 3CZEA 3WNPA 4HU0A 1UKOA 1UWQA 2D0HA 3CLWA 3FN9A 4GPNA 4MB4A 4W7UA 1ODZA 2J79A 4FMVA 1OCQA 5GNZA 3AXXA 2BXZA 2ZOXA 1GVYA 2OLHA 5E6YA 3BAXA 4TVDA 3AIWA 4DWSD 1VRXA 3RM4A 4BQ2A 3MUAA 1KCLA 5CSYA 3GH5A 1HT6A 4IM4A 2VT0A 3AIVA 3TP4A 1Q6FA 4AZ6A 2BNJA 3QHNA 1E3ZA 1RPKA 1WKYA 1Q6GA 4V27A 4V2XA 2W63A 3MV01 1V0KA 2G41A 3DYOA 1OIMA 3PZVA 4C91A 1HX0A 3AHVA 3NIYA 3WNLA 2PBOA 1OM0A 3PZQA 1R85A 4JKMA 1VFOA 4C7DA 3U7VA 3JUGA 3BCFA 4E2OA 2X05A 3IAPA 3W0KA 3OA5A 2CKSA 3CH9A 3WF2A 5JIPA 3ARSA 4WSJA 2ZX9A 1UWRA 3NSNA 1EDGA 4MB5A 1CWYA 1UKSA 3WD0A 3FW6A 2GK1B 1ITXA 3CHDA 5C8BB 5A69A 1OD8A 2GDVA 3KWXA 1CIUA 1NOFA 5EBAA 3RM9A 2GJXA 3VM7A 2D22A 1IV8A 1UWTA 3ARWA 2VUYA 4AWEA 1QBBA 2WPGA 3VTRA 3WNNA 2CERA 2WKGA 3ZT6A 3ZM8A 5DT7A 2X09A 4D6FA 5I5RA 2NW0A 4NZCA 3WEZA 5EB8A 3WUFA 4GIAA 4AD1A 2WCSA 1HKJA 1R8LA 2GUYA 3TTYA 1UG6A 1UWIA 2AAAA 1V6YA 3WNMA 4ZE5A 2YDRA 2EPOA 1K9TA 2D3LA 5A6JA 5D4YA 1JI1A 2GFTA 3VIPA 1E4IA 3I3EA 1Z32X 1Q4NX 3WEMA 1W91A 4EANA 1ZS2A 4GO9A 3VDAA 1TA3B 3AXIA 4U2ZA 3LPPA 4B15A 3WNOA 3OLGA 1MQPA 1UR1A 2QLYA 2DT3A 3UERA 1ISYA 4FK9A 1XYZA 3SCWA 3GYCA 4H2CA 4AZ7A 3SCOA 2WK2A 1E6PA 1GW1A 2F8QA 1J0IA 3DC0A 4KGJA 2WC4A 5EFDA 2E8YA 1KFWA 3M07A 1V03A 5KEZA 3IJ8A 2AMGA 3BH4A 1TZ7A 4B3LA 2YDQA 1KGWA 1BLIA 1U30A 2V3GA 5D8WA 4BCEA 1CYGA 3WQVA 1C90A 3SCNA 3UR8A 3LPGA 2WYSA 2J25A 2PWHA 1WP6A 3PZNA 1CECA 3K4AA 1QPKA 4GO8A 3LMYA 1ISZA 1W3JA 1B3WA 4WF7A 3FY1A 1H09A 1GNXA 1NWTA 1HNYA 4JL1A 4UNIA 4BA0A 2PI6A 2WMGA 4HOWA 5I6SA 9CGTA 3WMCA 3CUIA 5BCAA 6TAAA 1BAGA 3SCPA 3FHAA 4C7FA 5I0DA 1UQYA 2V3EA 3AIBA 3ZOAA 5I2UA 2VX5A 5E9AA 2E9LA 1B1YA 1E6XM 3OGSA 3PZMA 3CTTA 3WELA 1VFUA 2W66A 2X0YA 5LA1A 3VNZA 4DWSA 3K4DA 1UR8A 2GVYA 2X1IA 1TMQA 2DEPA 3RM8A 1SR0A 3PTKA 1GOKA 1GJWA 3M6DA 1GOWA 4C7GA 3OLDA 1RP9A 5IHSA 2QPSA 3T2OA 3A6OA 2ZXDA 3A4AA 1K9EA 4A3YA 4AEEA 4AD5A 5FOOA 4M82A 2WVVB 2G3IA 2WCAA 1ZJBA 3WD1A 3WUBA 5JIWA 3I3BA 3RPMA 1F4AA 5DT5A 3W81A 2EPKX 4N42A 3PZTA 2G4FA 4B9ZA 1C8XA 2C8NA 3MSGA 3AQUA 1ISXA 1E0XA 5A3HA 2UY4A 4P7RA 1UWSA 3ALGA 1CDGA 4PMDA 1US3A 2YBUA 1LWHA 1CXEA 2EXOA 3WDHA 3RDKA 4BF7A 1H4PA 4NI3A 4W86A 1EDTA 3AZTA 2EEXA 4W8AA 5HOSA 1PZ3A 2EPMX 3U57A 2J75A 1OD0A 3A47A 2XUCA 3VIMA 3MMDA 5A8PA 2DIJA 3OZOA 3VIGA 3AHYA 3HN3A 3ECQA 4GKLA 1H0IA 4J3VA 3VKKA 1KXVA 5M03A 3N18A 1BQCA 3II1A 4AZCA 4CGTA 2RGLA 3AYRA 3VVGA 5HBFA 1HJXA 3VIHA 3U5UA 1KGUA 4MNMA 3AIRA 2Z1SA 1CLVA 2JIWA 4WJXA 1JYXA 1AVAA 3AICA 4ZFMA 2FH8A 4GI8A 4U3CA 2VRJA 3EYPA 1E1FA 1OT1A 5I79A 4J3XA 1EOMA 4E8DA 3DHUA 3BSGA 1OWQA 1DWGM 3ZJ7A 1CLXA 2VZTA 1HVXA 2VR5A 3J7HA 1DP0A 4PRWA 3T2QA 3VGGA 3SUTA 1JYNA 2EQDA 1V0NA 4TXEA 4D72A 1D2KA 3IJ7A 1JL8A 3B9EA 3OGVA 2FHBA 3RILA 2ZXAA 4PMOA 2XVKA 4D6DA 1V6VA 2HVMA 2WZIA 1Q6DA 2WC7A 1J12A 1CENA 4OIFA 4UFHA 3POHA 4WLCA 5I78A 3WD2A 4AYSA 2D20A 3W37A 2XGBA 2QMJA 2RGMA 1GQJA 1UD8A 5ABHA 2XIBA 1GQIA 3BMVA 1FP9A 4JCLA 3B8SA 3WQ5A 3M7SA 4KMQA 3BAWA 2W5FA 2YL8A 2VI0A 1FHLA 2ZUVA 3U7BA 3WDIA 1JXKA 1PZ2A 4M80A 1KQYA 1CXFA 4XUYA 4DM2A 1CGYA 4N0RA 5C70A 2VC9A 1W9XA 1IZKA 1B2YA 1CGWA 2ZWZA 1UQZA 4HTYA 4UQAA 5D9NA 4NRRA 3L4WA 3OZPA 5I77A 4J27A 2YIHA 2VR4A 5JBEA 5CPSA 4PTWA 4CD6A 1FFRA 3AISA 3VO0A 1E4NA 1MQQA 5A94A 3MV11 4M56A 4ZXOA 2IXVA 3WFZA 4XZWA 4TVUA 2BVTA 1QHZA 3EDFA 5I23A 1MW1A 1VBRA 4NRSA 1QBAA 4HPGA 1X6LA 1QHPA 2WMIB 1U33A 3WH6A 3VIJA 3IAQA 3OG2A 3GXFA 1ZBKA 3ARUA 2WAGA 1Y7VA 2FDMA 4FF5A 4B9YA 4EK7A 2NT1A 3AS2A 2VX6A 2XFYA 3W26A 3GXDA 3MU7A 4CD7A 2BY0A 3O9NA 4IISA 4WKFA 4H7VA 4PTVA 2AOSA 1VIWA 1QI4A 1V02E 2G3JA 1JZ8A 4GZJA 3N12A 3POCA 3CIVA 1UA7A 4DUVA 1NWUA 4GZEA 1R86A 1J11A 2E9BA 4CCDA 3W38A 4M1RA 2F2HA 4BQ4A 1SMAA 1YHTA 1QI0A 4PBGA 2UY2A 2VX4A 3WQ4A 2ZWYA 1KWGA 5CGTA 4RL3A 4F9JA 3ARVA 4HOZA 4W85A 1K9FA 2YL9A 4JHOA 3S6TA 1JYVA 5CLTA 1D7FA 4H04A 4K68A 1DWJM 1OBAA 5A1AA 2WMJA 1G9HA 2WNWA 3O2LA 2UWFA 2WSKA 3MUY1 1E4LA 4KGLA 2JF7A 2G8ZA 4LPCA 1UH2A 3UG4A 4KRUA 4TTUA 2ZX8A 1UH3A 5LYRA 1WZKA 4HOXA 4PUDA 1B30A 1EOKA 3ZJKA 3I3DA 4QCEA 3WBEA 1BF2A 5FL0A 4ATWA 1ZU8A 4Z2GA 1TVPA 4XB3A 3VD4A 2VMFA 2XPKA 2BXYA 3UESA 2WHJA 4AZCB 4ZEPA 4U33A 2J4GA 1A47A 4D6JA 7CGTA 2VRQA 1UA3A 2WHKA 4CN4A 5E09A 1C92A 2WZEA 4XV0A 3SCVA 1R7AA 3W82A 1JDCA 1MVYA 1OGGA 2CCRA 4W93A 2ZX6A 1GOQA 3CHEA 2W91A 4JFVA 3WY1A 4IPNB 1W1PA 3AS3A 1XCWA 4JFTA 4UOQA 1QI2A 4TX8A 1C8YA 4GI6A 1E6RA 1DEDA 2O92A 4AISA 1J9YA 1ITCA 1UKTA 2QF8A 5KZ6A 1EQCA 4JKLA 3A4XA 3DECA 3MANA 2W61A 4P7LA 3VDHA 4FLOA 4CN6A 3QHOA 1N82A 2XM1A 2WLZA 3W29A 1ISWA 3W6LA 5FIPA 4V28A 3ZO9A 1BYAA 2DH3A 3OBAA 3NDZA 5CQ1A 3HMCA 3VILA 1W32A 2OSYA 1SYTA 1E40A 5FD0A 3CZLA 2DDXA 4OKDA 1VEPA 1LG2A 3CUHA 1W3KA 1DWIM 1FH7A 1UKPA 2XVGA 3WH7A 2Y8VA 7A3HA 1M03A 2E8ZA 5C71A 2W62A 5AYBA 4XX6A 2J7CA 3IANA 5AY7A 4CU7A 4LGXA 1QNPA 1HIZA 2CIPA 5D9MA 1LQ0A 1WO2A 3BAKA 4YPJA 3TOPA 4HZ7A 1BG9A 2XWEA 3NSMA 4AD4A 1B9ZA 4D1IA 4PMUA 1HKIA 4RE4A 1PBGA 3UCQA 5JBFA 3S2CA 3SCUA 2DSZA 3RMEA 3VIOA 2J7DA 1B31A 4UQCA 2IXUA 3PN8A 2DPEA 2ZICA 3U5YA 1OB0A 3WH8A 3MSDA 4BS0A 3PTMA 2OYKA 4OBSA 4X0VA 5GQBA 4LYPA 1J0YA 3B9AA 4QAWA 3ALFA 1WPCA 4CU6A 4TVCA 4JZ5A 2YA0A 1MFUA 2WBKA 3N11A 5I3DA 1KXHA 4UZUA 1AMYA 4ACZA 2WHMA 1O6IA 3QOKA 2JEPA 2D1ZA 3FXYA 3EMCA 1QNQA 1V6UA 1MXDA 1J0JA 2D3NA 4UCFA 3VNYA 5IXEA 5DO8A 3ZT7A 1E0WA 2CYGA 1GJUA 3AYSA 2VVSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CZ0 A;  2R9R A;  4L65 A;  2KXP B;  5IOB A;  1WZA A;  2OX4 A;  1HL8 A;  3KOZ A;  1S2T A;  3I6T A;  1GOR A;  2DUX A;  4XD4 A;  1UD2 A;  3UGR A;  2KLQ A;  4JX5 A;  1F5Z A;  2CPT A;  3IGS A;  4K1W A;  4MM1 A;  2CHR A;  1OF6 A;  4NUV A;  3SO7 A;  3U2E A;  2V2C A;  3MBF A;  5KZE A;  1E6Q M;  4P0A A;  3GND A;  3SCR A;  4PW8 A;  5FKY A;  4ORI A;  3QB5 K;  5DBT A;  4DR5 T;  3V5F A;  3VE9 A;  1HNZ T;  1XYM A;  4JIE A;  3LCH A;  4LF2 A;  1PSC A;  4Z8X A;  2Y4S A;  3KP0 A;  1V8E A;  4I3G A;  2Z7G A;  1MXS A;  5HQM A;  3ZJ2 A;  4BWL C;  3MCO A;  5L47 A;  4LF8 T;  1HJV A;  3NXF A;  5DAB A;  1EKO A;  1VBH A;  2X1S A;  1RA5 A;  4U4M A;  5SWU A;  3SS1 A;  4IGH A;  4HYV A;  5A8Q A;  3ZYL A;  3CZK A;  1PPI A;  3SUV A;  3N9K A;  4ZXL A;  4LTS A;  5J5R A;  3QY8 A;  2XH2 A;  2HS6 A;  1Q6E A;  3CWN A;  2YKK A;  3NZP A;  4HU4 A;  3BJS A;  2DOR A;  1UD4 A;  1Z6K A;  2FJU B;  2WJE A;  3LLD A;  3TTS A;  2K3W A;  5FXZ A;  4NSB A;  3V75 A;  1H7R A;  2E77 A;  1XPY A;  3CBW A;  2QVH A;  2G50 A;  2C91 A;  3BAR A;  3WL1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BVD A;  1JDD A;  4B3K A;  3GXM A;  2FHC A;  4D71 A;  1WB0 A;  2ZUS A;  4ZEN A;  2QMK A;  1BPL B;  3N17 A;  5A6K A;  4B16 A;  4WKA A;  3G6L A;  4MNK A;  1F4H A;  3FAW A;  2A3C A;  2V3D A;  2Y24 A;  1ZB5 A;  1A3H A;  2W67 A;  4L4P A;  3WEN A;  1JG9 A;  1G1Y A;  1X1N A;  1UD5 A;  3KZS A;  1V6W A;  1V08 A;  2WSP A;  1E0V A;  3SUR A;  1KCK A;  4D6E A;  5CLW A;  3BGA A;  2NT0 A;  3GBD A;  4F8X A;  1RH9 A;  4PSP A;  1WDR A;  1VB9 A;  2JE8 A;  3KE0 A;  3ZST A;  1DTU A;  4MB1 A;  5E70 A;  3AHT A;  2PB1 A;  3VIK A;  2ZXQ A;  2PWE A;  1VF8 A;  5CZK A;  1BYC A;  2BY3 A;  1B0I A;  1AQ0 A;  2OWC A;  3N1A A;  4D6G A;  3PZ9 A;  1V3K A;  3VIN A;  1B3X A;  2XHY A;  1PJ9 A;  3EDK A;  5LA2 A;  2BHY A;  1V02 A;  3SUW A;  1XH1 A;  4KWU A;  3VGD A;  4ML4 A;  2WZH A;  4PMR A;  1J0K A;  1DWH M;  4MNJ A;  1XSI A;  2VOT A;  3GBE A;  2NSX A;  3PZI A;  5FL1 A;  3GH7 A;  4CD5 A;  1BGG A;  2GK1 A;  1ZBC A;  1ODU A;  3T09 A;  1PIG A;  1HL9 A;  1XRV A;  4HME A;  1E70 M;  3T2P A;  1BVN P;  3E1F 1;  1MW0 A;  2BHZ A;  3ARY A; 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