The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
83
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structure length |
83
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Chain Sequence |
MYDWNIAAKSQEERDKVNVDLAASGVAYKERLNIPVIAEQVAREQPENLRTYFMERLRHYRQLSLQLPKGSDPAYQKDDAVKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Phage Like It HOT: Solution Structure of the Bacteriophage P1-Encoded HOT Protein, a Homolog of the theta Subunit of E. coli DNA Polymerase III
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Enterobacteria phage p1
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| molecule keywords |
HOMOLOGUE OF THE THETA SUBUNIT OF DNA POLYMERASE III
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| total genus |
18
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| structure length |
83
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| sequence length |
83
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06440 | DNA_pol3_theta | DNA polymerase III, theta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | DNA polymerase III-theta |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DU2 A; 2AE9 A; 2AXD S; 2IDO B; 2XY8 B; 1SE7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FB2 A; 4YSZ A; 5HCJ A; 3VR8 A; 3FBZ A; 3M3Z B; 4DV7 T; 4EGW A; 5LMN T; 4C90 A; 4BAY B; 4ZI7 E; 1H7C A; 5JRC A; 1YXR A; 1Z8U A; 2EHO A; 5KXJ A; 1T98 A; 1UK5 A; 3FHN A; 3RIA A; 3RYH E; 2WZH A; 3MKD A; 2HPL A; 5LNK A; 2ZM6 T; 3OTO T; 3VR9 A; 2R6G F; 3RQU A; 1LVK A; 2XY8 B; 2KWH A; 4DND A; 4JI8 T; 3Q5E A; 3KFW X; 5FY1 A; 4DV2 T; 2X51 A; 4JYA T; 3UQ4 A; 3U3I A; 2QRX A; 3KV9 A; 1YQ4 A; 2V7K A; 5LJN A; 4WYV A; 5JR9 A; 1XZY A; 3C4X A; 3SFE A; 3QOF A; 3B5M A; 2Q9Q A; 3SWH A; 4YJ3 E; 2IML A; 3AE8 A; 2WWV A; 3WAK A; 3PUZ F; 4UVC B; 1HR0 T; 3E08 A; 4IL9 A; 1ZP0 A; 4OK0 A; 3PUS A; 5JR9 C; 3PU8 A; 3UFG A; 3AAA B; 3E0Z A; 2JPF A; 1XMQ T; 5C3J A; 3EHZ A; 3ZCJ A; 4IT4 A; 4MHC A; 3ZSS A; 4KBM B; 4JV5 T; 3ZYL A; 4GK5 E; 2N1G A; 5LOV E; 1UX5 A; 4IE5 A; 2DI4 A; 2YDS A; 3O1I A; 1GQE A; 3ZYK A; 2CA5 A; 4NXM T; 4QHO A; 3WAJ A; 3ZEF B; 3UU5 A; 2CCQ A; 2WY2 A; 5L47 A; 4Z90 A; 4HWD A; 3R84 B; 1G73 A; 5TAO A; 2B76 A; 5IWA T; 2VUR A; 3JCF A; 4QXH B; 4DV6 T; 4OHF A; 3RGL A; 1FJG T; 2NR4 A; 2XTL A; 2UUB T; 5AQM B; 3Q5X A; 4U3C A; 5ABF B; 1X9B A; 3AED A; 2V6Y A; 4ZS2 A; 2OA5 A; 4KX6 A; 1SA0 E; 4IHJ E; 4ZXL A; 5AQJ B; 3ZLI A; 4HTE A; 3LBX A; 2YK0 A; 4X20 E; 4DV4 T; 2ZM2 A; 2LKG A; 5HEO A; 4B3R T; 2WZI A; 2JIW A; 4GYR A; 1LRZ A; 5BMV E; 2XSA A; 3KDS E; 5LG4 A; 2D0T A; 2KZ7 B; 5JRE A; 2WSS V; 5FXX A; 4E7Z A; 3SOL A; 4I43 B; 1ZHC A; 5LHH B; 5IUX A; 3AE5 A; 4EZ4 A; 4LF8 T; 2K24 A; 3RKG A; 4ZOL E; 2SPC A; 3C51 A; 2QGS A; 2LEH A; 3FZK B; 3AEF A; 5FP3 A; 5HXS A; 3MJX A; 5J2T E; 4P0A A; 4GOU A; 2I0M A; 4ILB A; 1AJ3 A; 4IDO A; 5L3F B; 2C5J A; 3VKG A; 4NPP A; 2KSR A; 5J0Z A; 4GYS A; 1YKH B; 4YFS A; 2BG9 C; 3KVA A; 3VKH A; 2LSG A; 3K3N A; 2IC9 A; 4X1I E; 3NVO A; 5LHG B; 5J1G A; 1XMO T; 4NIQ A; 2YEV C; 4KI0 F; 5HXE A; 3H37 A; 5EZY E; 2E5L T; 3L8R A; 4BA9 A; 2XQ4 A; 2XSB A; 2CLY C; 2AE9 A; 4WW0 A; 5ABF A; 2WMN A; 1FMW A; 2AXD S; 4CXX A; 4AQF C; 1MMN A; 4J2C A; 5HEU A; 5LBM A; 1UUR A; 3KV4 A; 4HWH A; 1U5P A; 2UUC T; 4DID B; 3PE0 A; 4JBW F; 3ZC0 A; 2FJB A; 3UT5 E; 4XAX B; 3P4Q A; 5F3J A; 2DLR A; 4HFD A; 2RA1 A; 5LGT B; 1HG2 A; 3CVR A; 3O1J A; 4LMJ A; 3ZPO A; 4HKA A; 2CPT A; 3LFM A; 4HFV A; 4LML A; 4L5G A; 3TKL B; 3RC8 A; 3P8C D; 5LB7 B; 2LM2 A; 2F4V T; 4TWF A; 1W09 A; 2VVN A; 3RRC A; 3EVY A; 3NZP A; 2MBG A; 2V7J A; 3G06 A; 4EZH A; 2XJ7 A; 3ZMV B; 2XAG B; 2M67 A; 4Z8X A; 2W67 A; 3S4U A; 3ZYM A; 3QNU A; 1HF8 A; 5HCM A; 2XQ5 A; 3F2E A; 5FL0 A; 1Z0P A; 2X68 A; 5AQH B; 2H3R A; 2ZM8 A; 3OKQ A; 4WBN E; 3FXE B; 4ZS3 A; 4IE6 A; 2A3D A; 5AQU B; 2E9X D; 4DV5 T; 3L39 A; 3GN5 B; 3TLV A; 3AE9 A; 2CWO A; 2CBJ A; 2NTX A; 2X9H A; 4DBQ A; 2FBW A; 3OPC A; 2WU5 A; 2WP9 A; 1XDP A; 5JDH A; 4CI3 B; 5IYZ E; 1E2A A; 2LJL A; 1BR4 A; 4ZI3 C; 4QH1 A; 4JEH B; 2WCA A; 4EYY R; 2XZE A; 3RX6 A; 2VWA A; 2QVA A; 3ESL A; 3ETU A; 2RP4 A; 4UV8 B; 2XQA A; 3I1A A; 3AEC A; 3CQX C; 3RYF E; 2KLQ A; 3TLW A; 4EIW A; 2WBL A; 2DWG A; 3KBT A; 3CX8 B; 2OV9 A; 2EHO B; 3CPZ A; 1E7P A; 3Q5D A; 4OYK A; 3EDU A; 5FNV E; 4U72 A; 3IEE A; 4HWF A; 1D0X A; 4QH5 A; 3DJB A; 5LMU T; 3LDQ B; 3ZT7 A; 4DR5 T; 4HFI A; 3UU8 A; 1YQ3 A; 4MBQ A; 2JRK A; 4HWI B; 4IDZ A; 5HEH A; 3MAC A; 3UUN A; 4TNV A; 1I94 T; 4KHP T; 3JC6 C; 2P9B A; 4UIG A; 3ZMS B; 2K48 A; 4WZX A; 4AKG A; 5JR9 B; 3HKD E; 2KWI B; 2VKH A; 4QH4 A; 1CHU A; 3RLF F; 5HXR A; 1J5E T; 4QXB B; 3P50 A; 2VL0 A; 4U2Y A; 2V5D A; 2XPK A; 4YJ2 E; 2PBI A; 3E22 E; 2KT9 A; 4X66 T; 1XDO A; 3GN5 A; 1G8X A; 1ZOY A; 3AVS A; 2HHH T; 2W2U A; 2CHO A; 2HN2 A; 2UXX B; 2MAW A; 3RYI E; 5DAB A; 4U74 A; 2H88 A; 2EHO D; 4ILA A; 3QC9 A; 3A8Y C; 3GWH A; 3N9L A; 2ES0 A; 1BR2 A; 2VAS A; 3AA1 B; 4DVD A; 3N9P A; 2NW9 A; 4KMC A; 4DR2 T; 2Z6E A; 5DJQ C; 1IJ6 A; 3JAE A; 5AFU L; 3ZMZ B; 4U33 A; 3C50 A; 2M6B A; 4G2A A; 2CEA A; 4XZC A; 1NWM X; 3N9O A; 1J1J A; 4AKI A; 4O8S A; 1I6Z A; 3DP7 A; 1VRB A; 2NW8 A; 5ABE A; 2VKO A; 4OX9 T; 1W0B A; 2X67 A; 2CHN A; 3I9W A; 2Q9Q D; 4M1P A; 4QXC B; 4CXY A; 4TN7 B; 4DUZ T; 2UUA T; 1QLB A; 4DBR A; 3L09 A; 1WCR A; 2IIU A; 4ASK A; 2IC6 A; 5L4H A; 4BJN A; 1B7T A; 5CGM A; 3O9X A; 2V6Y B; 4HFH A; 4UF0 B; 4H9R C; 4IE0 A; 4ISS A; 3JAD A; 2BDE A; 3RYC E; 5LHI B; 1ZKE A; 3LBX B; 5LA6 E; 3MA9 A; 3JAF A; 4WBO A; 4B3T T; 4DMV A; 4AKL A; 2BBJ A; 4P09 A; 4DR3 T; 1IBL T; 1QUU A; 2N2N A; 2FJE A; 2WB5 A; 5CB4 E; 4GIW A; 2LSJ A; 5FYM A; 5F8P A; 4YSX A; 5EK2 A; 1HG5 A; 5JDM A; 4EOZ B; 3AA6 B; 2PFV A; 2L3L A; 2V8S V; 4DR4 T; 4U31 A; 1Y64 B; 1KNP A; 4KUM B; 2XAQ B; 2BG9 B; 2YDQ A; 3F31 A; 2JJ9 A; 4O4L E; 3UU6 A; 4PFP A; 2MOZ A; 3AE1 A; 2PJQ A; 4AKH A; 3ZMU B; 3OYX A; 3MZK B; 2BS3 A; 4LF5 T; 4CN1 A; 5FMN A; 1SUM B; 2LOP A; 4DMW A; 2BVM A; 4I0U A; 2CLY B; 1D0Z A; 4I55 E; 5M4Y A; 3CML A; 5CA1 E; 3H3A A; 3UU3 A; 2DNX A; 1SHZ C; 4ZI2 D; 1QSD A; 3LSV A; 3TLT A; 2CMR A; 1EZ3 A; 5A1L A; 2ZM0 A; 1MIY A; 4H9N C; 3HKE E; 2BKP A; 4UF0 A; 4ERR A; 4IIJ E; 4QX8 B; 3ZMT B; 2WDR A; 5AQK B; 1MIW A; 5AQT B; 4O2B E; 3P4W A; 4UVB B; 3ONJ A; 2UXN B; 4TWD A; 4HFC A; 2WAU A; 4LFA T; 2A9U A; 3FBL A; 2ACZ A; 4TV9 E; 3TLS A; 3O1H A; 1N33 T; 5JH7 E; 2E8I A; 2X66 A; 3AEA A; 4QX7 B; 3AB3 B; 5LP6 E; 4H9Q C; 1OXZ A; 3A7M A; 1FEW A; 3IHR A; 3T1H T; 2FUP A; 3J7Y q; 4MLK A; 2Y8D A; 4LF6 T; 2FJD A; 2W0G A; 4JLE A; 2BG9 A; 3RPU A; 3H3M A; 2BVL A; 4JUY A; 2BS2 A; 2D9D A; 4YTP A; 4OYJ A; 4P1N A; 5JVD E; 4JI3 T; 2XQ7 A; 4UV9 B; 2XQY A; 2JQK A; 3MXZ A; 2W61 A; 3V5S A; 4U7Y A; 3VRB A; 4A97 A; 3M65 A; 4HFB A; 2B1E A; 3N9Q A; 4COF A; 2WDQ A; 4TZ4 C; 4AQF A; 4MFR A; 1OED A; 5AQP B; 3LG7 A; 4MAL A; 4O4J E; 2DCF A; 3AE4 A; 5HWY A; 3HR0 A; 4PAG A; 2XAS B; 2LLY A; 2MPK A; 5E0O A; 5L3G B; 3ZT5 A; 1WRD A; 2LE8 A; 2CBI A; 4O4I E; 1HX8 A; 1OED C; 5KX5 E; 3AE7 A; 3EAB A; 1T7S A; 4QKN A; 4A5X A; 4K0U A; 2BG9 E; 5BR8 T; 4V1A v; 1XNR T; 1IJ5 A; 4I50 E; 2HN1 A; 3SRZ A; 2NP9 A; 3D0T A; 4TX5 A; 2ODV A; 2DHR A; 4AQY T; 3AA7 B; 4JI1 T; 4IRE A; 2A2F X; 5AQI B; 2VB6 A; 3RC3 A; 5ABH A; 5JQG E; 2WWU A; 1OED E; 1LKX A; 2D5U A; 1HCI A; 2XQ6 A; 2CWY A; 4EAH A; 1MMD A; 5H6Q B; 2CE7 A; 1UX4 A; 4JI4 T; 2DWK A; 3GMI A; 1MIV A; 2VL8 A; 4CXW A; 3PUV F; 1KEY A; 1ZEE A; 3CX6 B; 2J1D G; 5HWX A; 2X0L B; 3IA3 A; 1LVF A; 3W15 B; 4BJM A; 4NUU A; 3HL6 A; 3HI2 A; 3MK7 C; 3NRX A; 4KHZ F; 2NTY A; 2JQH A; 3P4R A; 2HPJ A; 3U78 A; 5AQG B; 5DQW A; 1W0A A; 4UEM A; 4LFB T; 4CN4 A; 4DV3 T; 4YHJ A; 3F57 A; 2IW5 B; 2I59 A; 4N78 D; 3NWI A; 2V7M A; 3UU4 A; 5AQL B; 5AQN B; 2JMK A; 4ILC A; 3K8P C; 5FXV A; 2NW7 A; 3EAM A; 1L0V A; 5CJ5 A; 3X1D A; 3B13 A; 2JQQ A; 2V7L A; 2I6H A; 1WR6 A; 2L9Q A; 4H9S E; 3A5X A; 2W63 A; 4CN6 A; 2JQ9 A; 3L3P A; 2WDV A; 4PJL A; 4E7S A; 4PJJ A; 3RHW A; 3K3O A; 5HEJ A; 4QWN B; 3OBV E; 4EEB A; 4F6R C; 3IF8 B; 3NBX X; 4GKJ T; 4AIU A; 2W00 A; 2V6X A; 4CZZ B; 4PNI A; 4DR6 T; 2E9X C; 4K0K T; 3PUY F; 2IDO B; 1WR0 A; 4U2Z A; 1OWA A; 3RH3 A; 3BQL A; 4DUY T; 2WS3 A; 3VU7 H; 3EDV A; 3ZN0 B; 2E2A A; 4UEL A; 5L2L A; 3CIR A; 3AEB A; 1HX1 B; 3N2O A; 5C8Y E; 3RIU C; 5LGU B; 1FMV A; 2V26 A; 2YDR A; 4DR7 T; 1WLX A; 3ZKR A; 2Y6X A; 3BQI A; 2C5K T; 2GK9 A; 2A72 A; 2XQ3 A; 5AQS B; 4GKK T; 2KIN B; 5C2T A; 3HKC E; 5L3D B; 2CRB A; 5JDG A; 2IHR 1; 2LOS A; 4YTN A; 3ZC1 A; 5ETW A; 4B6X A; 4X62 T; 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2BZB A; 2OLT A; 5DQV A; 2VVS A; 2YKS A; 3C64 A; 3LK3 B; 2YU2 A; 1V9D A; 1OED B; 4EED A; 3N9N A; 3NKZ A; 4HFE A; 1UCU A; 4PW8 A; 3PDY A; 4IDQ A; 3P4S A; 3KBU A; 2XQ8 A; 3ANW B; 5FVL A; 4GK0 E; 4L9I A; 3PUX F; 5AQR B; 3QB5 A; 5L3B B; 1IAP A; 2LHR A; 2H7V C; 4JI7 T; 2BKO A; 2WMO A; 4Q25 A; 3RF1 A; 2VQF T; 3RI5 A; 1M62 A; 1S35 A; 2XQ9 A; 5EK4 A; 1KNR A; 2WM9 A; 3LJC A; 2BKN A; 4WNK A; 2CM0 A; 4LFC T; 1D0Y A; 2W62 A; 2YIN A; 5GON E; 3RQW A; 2RPA A; 4NXN T; 4HEA A; 2VKJ A; 2XHE B; 1Y01 A; 3KIN B; 4DV0 T; 2PTF A; 2XAH B; 4EV6 A; 1KK7 A; 3LK4 2; 5ABG A; 4H63 H; 4JI5 T; 4EXT A; 3VRA A; 4UR9 A; 3FXD B; 3KVB A; 4ZI2 C; 1DU2 A; 2FJA A; 3T8O A; 4IST A; 5AQV B; 1CUN A; 2N9D A; 4CI1 B; 4X1Y E; 5FVK A; 1MMG A; 3AE3 A; 5KMG P; 3UUM A; 2CXD A; 1M7K A; 3DTO A; 4HWC A; 5FL1 A; 3ZJ1 A; 3PU3 A; 5FXW A; 3R6N A; 5HEG A; 5AQF B; 1U4Q A; 3AXJ B; 5HXH A; 3AEG A; 2J62 A; 3ANW A; 1SE7 A; 3VHL A; 1UGO A; 5LJM A; 3Q5W A; 3IBP A; 4FJO A; 3GA8 A; 2LRK A; 5J2U E; 3QK6 A; 5LXT E; 3UTK A; 1YW0 A; 4DR1 T; 2V7I A; 1ZV4 X; 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