The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSSGSSGEGYEQDFAVLTAEITSKIARVPRLPPDEKKQMVANVEKQLEEARELLEQMDLEVREIPPQSRGMYSNRMRSYKQEMGKLETDFKRSRIASGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of RSGI RUH-009, an N-Terminal Domain of Vti1a [Mus musculus]
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog
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| total genus |
30
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05008 | V-SNARE | Vesicle transport v-SNARE protein N-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | t-snare proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V8S V; 1VCS A; 3ONL C; 2QYW A; 3ONJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SHZ C; 1CUN A; 2CLY B; 4DVD A; 4H63 H; 1IBM T; 4U7I A; 3AE8 A; 1XNR T; 4H9P C; 1OED C; 1HFA A; 1M62 A; 3DP7 A; 2LE8 A; 4JYA T; 3OBV E; 4KP3 C; 2KSR A; 1GQE A; 4LF9 T; 2FJA A; 2XUE A; 2WWU A; 2IHR 1; 4JI8 T; 2B1E A; 3O9X A; 4F8H A; 4B3M T; 4UVC B; 2WDV A; 2JMK A; 3VHL A; 2WP9 A; 4K0K T; 3LSV A; 1HNX T; 4Q25 A; 2WBL A; 5ABH A; 1HR0 T; 3PUW F; 5DAB A; 2W2U A; 4TN7 B; 3IBP A; 4K0U A; 2E2A A; 4L5G A; 4B3R T; 1FJG T; 3AE6 A; 3TLW A; 2YN6 A; 2X9Y A; 2C5I T; 4ZXL A; 4YJ2 E; 3BQI A; 2IW5 B; 4OX9 T; 4YT0 A; 4DV2 T; 3NVO A; 4EYU A; 2WB5 A; 2J47 A; 2V5D A; 2BVM A; 4B3S T; 3ZYM A; 2N2N A; 2CXD A; 1H7C A; 3VKH A; 3FBZ A; 3AE9 A; 3T8O A; 4UEL A; 2Q9Q A; 3Q5W A; 2QGS A; 4H9N C; 3U3I A; 2FJB A; 5LJM A; 2X0H A; 2C0S A; 1UUR A; 4IT4 A; 4QHO A; 3M3Z B; 1IZN B; 4TZ4 C; 5JR9 B; 1J1J A; 5L2L A; 1E1H B; 1CHU A; 2BG9 E; 5AQT B; 2JQ9 A; 2ZLY A; 5AFU L; 4UIG A; 4AQG A; 2YIN A; 1N36 T; 4AQF A; 2XAH B; 4TV8 E; 1HNZ T; 4PFP A; 3SFD A; 3P7I A; 3CQC B; 3C50 A; 1BR4 A; 4IDO A; 4DV1 T; 3GMI A; 4PNI A; 2V7K A; 4LML A; 2WZH A; 1JNR A; 3K3N A; 2Q9Q C; 2IC6 A; 4ZI2 C; 4CXW A; 1XWM A; 3P4S A; 1YKH B; 2ZM2 A; 1VCS A; 4DBQ A; 3FB2 A; 2XQ4 A; 4L9I A; 1S94 A; 2DHR A; 4PJN A; 1M7K A; 3ZT7 A; 4LFC T; 5LBQ B; 5HXH A; 3K3O A; 3LDQ B; 3AAA B; 3P4W A; 4HFI A; 2WU2 A; 4O4L E; 2V7M A; 2RA1 A; 2SPC A; 3I0Q A; 1MMA A; 2ZM6 T; 4UF0 B; 2K9A A; 3OKQ A; 4P09 A; 4AQF C; 3KV9 A; 4X1Y E; 1QSD A; 2D5U A; 2NW9 A; 5JTG A; 2IUB A; 3T1H T; 2NP9 A; 4KHP T; 5F3J A; 1ZHC A; 2XM2 A; 4OYK A; 2WQY A; 1D0X A; 4U2Z A; 2XTL A; 4HFB A; 4V1A v; 4ERR A; 4TUY E; 3RYC E; 3QNU A; 4MLK A; 3ZMU B; 3RC8 A; 3EDU A; 3ANW B; 3KVA A; 4YHJ A; 4O2B E; 5IYZ E; 3ETV A; 2KXP B; 2BBJ A; 2XHE B; 5GON E; 4DO0 A; 5FXW A; 2JIW A; 3Q5D A; 4ZS3 A; 3CWZ B; 3VRA A; 2KZ7 B; 2MPK A; 1YQ3 A; 2NW7 A; 4Z91 A; 2R6G F; 2VVS A; 2C5K T; 1D0Y A; 5C8Y E; 5L3F B; 3J9X 1; 4X5T A; 2V6X A; 3FZL B; 4EAH A; 2BKN A; 3AA0 B; 3Q5E A; 1ZEE A; 3UT5 E; 3I9W A; 3WI3 A; 3L39 A; 3ONL C; 3OTO T; 4ILU A; 1SA0 E; 2YK0 A; 4O8S A; 2OA5 A; 5LMN T; 2DNX A; 2Q9Q D; 4ZI2 D; 2XAF B; 4ZZC A; 2N9D A; 4EZ4 A; 3O1I A; 5HXR A; 2DLR A; 3ZLI A; 1HG2 A; 2DCF A; 3RIU C; 1XDP A; 5HEJ A; 1YW0 A; 2L9Q A; 2XSB A; 3ZT6 A; 4GOU A; 5LMU T; 4MBQ A; 5JDH A; 3UUB A; 4NXM T; 5ADX L; 4DV6 T; 2QVA A; 4U2Y A; 3V5S A; 3NZQ A; 2UXX B; 4JI6 T; 2LJL A; 2KIN B; 1MNE A; 2X0Y A; 5CGM A; 1US7 B; 4UEM A; 2VQE T; 1SUM B; 4L0R A; 4Z90 A; 2OV9 A; 2CEA A; 3NRX A; 3RF1 A; 3FXE B; 2WSS V; 4BA9 A; 2XQ7 A; 2YEV C; 4IE5 A; 2CMR A; 3EAB A; 5DQV A; 4AI6 A; 4HWH A; 1WCR A; 3FZK B; 5IUX A; 4YTM A; 2LSJ A; 3D0T A; 4F6R C; 2J62 A; 2FUP A; 5LYJ E; 2NR4 A; 3ZMT B; 4EED A; 3ZT5 A; 3WAJ A; 4PK6 A; 2V1D B; 5KXJ A; 5JRE A; 4ZS2 A; 3AEC A; 3ONJ A; 1VOM A; 1JNZ A; 3LBX B; 4A97 A; 5FY1 A; 2H88 A; 1FIO A; 4JLE A; 5AQI B; 1OED B; 3JAE A; 1BR0 A; 4YJ3 E; 3FZF B; 4IL4 A; 1NEK A; 4TNV A; 1UUS A; 5AQJ B; 5A1L A; 4FI5 A; 5LP6 E; 5FY7 A; 4EIW A; 5JH7 E; 3L09 A; 3HA4 A; 3EVY A; 4LF8 T; 5F5W A; 4U72 A; 4NPP A; 2LSK A; 2JMH A; 2XY8 B; 4I0U A; 4IDN A; 3OVU A; 3P8C D; 4YLH A; 3R6N A; 5LG4 A; 3LJC A; 3NKZ A; 1XDO A; 1IAP A; 5JQG E; 3KBT A; 4JI3 T; 4IHJ E; 3ESL A; 2UUA T; 2XQY A; 4UVB B; 2PFV A; 3PU8 A; 3O1H A; 1KNP A; 5H6R B; 3UU8 A; 4U74 A; 4DUZ T; 2W62 A; 2E9X A; 2XQ6 A; 3IEE A; 2WCA A; 3AXJ A; 1ZOY A; 1I94 T; 3ZPO A; 4CN4 A; 3VU7 H; 2VKJ A; 1MND A; 4GKJ T; 3AA6 B; 3N9Q A; 2NOX A; 4TNW A; 4BAY B; 3IF8 B; 3E22 E; 4HWF A; 2XQA A; 4J2C A; 2X66 A; 5L3G B; 4AIS A; 4JEH B; 2KLQ A; 5FXX A; 4PK5 A; 4OHF A; 4WW0 A; 1T72 A; 2LOS A; 1LKX A; 2BBH A; 1OWA A; 3ZCJ A; 4KUM B; 3CIR A; 4IDZ A; 2KND A; 5CA0 E; 3EHZ A; 4B6X A; 1YD8 G; 5LCY A; 3P4Q A; 3O4X E; 2X9H A; 4KMC A; 1IJ6 A; 2VAS A; 1NWM X; 2IC9 A; 3PUY F; 2UXB T; 5JRC B; 2E9X C; 3JC6 C; 5LGN B; 2YDS A; 4QWN B; 3OYZ A; 2MOZ A; 5J0Z A; 4QH5 A; 4ZOL E; 4JI5 T; 5AQL B; 3NZP A; 2X68 A; 1UX5 A; 5TAO A; 3Q9D A; 4C90 A; 4DV0 T; 1IJ5 A; 1QUU A; 3R84 B; 2V5C A; 4QH4 A; 4CI2 B; 5L47 A; 3FXD B; 1UK5 A; 1V9D A; 2KT9 A; 3AEB A; 1Z0P A; 3OPC A; 5LG3 A; 5HEO A; 5EK2 A; 4ILB A; 2X51 A; 2VQF T; 1G8X A; 3BQL A; 3SFE A; 3CK6 A; 3U78 A; 4I4T E; 4PAG A; 2PJQ A; 4DR4 T; 2VUR A; 3PDY A; 4UV9 B; 4JI4 T; 4X1K E; 1MMG A; 2LSI A; 3TLT A; 2BS2 A; 2N1G A; 4YXD A; 4YFS A; 4A5X A; 2K24 A; 3RKG A; 2CM0 A; 3QC9 A; 3PJA J; 3T1Y T; 4LF5 T; 1ZV4 X; 3LK2 B; 3JAD A; 5FNV E; 3P4P A; 4YTN A; 1WR6 A; 3ONX A; 1LVK A; 2XQ8 A; 2CLY C; 4TV9 E; 2UXN B; 2RPA A; 3HKE E; 2Z6E A; 5LNK A; 2LM2 A; 5JVD E; 4HE8 A; 2Y8D A; 1LVF A; 3UTK A; 4DND A; 3LK4 2; 3PUA A; 5BR8 T; 4PJM A; 2D0T A; 4B3T T; 4JUY A; 4QXC B; 5KDM C; 3MJX A; 4DV5 T; 3QUJ A; 4HWI B; 2KWI B; 2BG9 A; 3K3Q C; 1VRB A; 3MK7 C; 1UX4 A; 4HFD A; 5FYM A; 3VKG A; 5AQS B; 3KFW X; 2PBI A; 4AKG A; 2IDO B; 2BDE A; 3ZYK A; 2L8K A; 2J4G A; 2WDR A; 4IDQ A; 5LB7 B; 5AQQ B; 4A56 A; 5L4H A; 4AQY T; 2LSG A; 5JDM A; 2H7V C; 2JQK A; 2W61 A; 5JR9 A; 2M6I A; 3C4Z A; 1Y64 B; 4QX8 B; 3ZMV B; 1X79 A; 5HEH A; 1NAF A; 4U7Y A; 2E9X D; 3JC6 D; 3KBU A; 1KF6 A; 2GK9 A; 5KX5 E; 2JPF A; 3PUX F; 5LHI B; 5LXT E; 4QX7 B; 4PJJ A; 3PUG A; 2CXF A; 2IAK A; 2LHN A; 3DJB A; 5LGT B; 4UXN B; 3MZK B; 4LFB T; 2BG9 C; 2A3D A; 3FZH B; 3EI0 A; 4DMV A; 5AQG B; 3TKL B; 2LT3 A; 3MKD A; 4AKL A; 5L4E A; 3IHR A; 4G2A A; 3PUQ A; 2B76 A; 5KMG P; 3MAC A; 5JR9 C; 2F4V T; 2CBJ A; 2RP4 A; 4U3C A; 5EK4 A; 4JI2 T; 4JV5 T; 1W0A A; 3ZMS B; 2L3L A; 4YY3 T; 2YDR A; 2EHO B; 4UF0 A; 4IE7 A; 1D1C A; 3AAI A; 5LGU B; 2V6Y B; 3ZST A; 5JDG A; 2MTQ A; 1KNZ A; 4TX5 A; 3ZSS A; 4IDP A; 4UVA B; 5JDN A; 1MMD A; 2X0L B; 3RKO A; 2FBW A; 5AQR B; 3N9M A; 5L3B B; 5FXZ A; 3ANW A; 3L3P A; 2HHH T; 4I43 B; 4MAL A; 4H9O C; 4UV8 B; 1U5P A; 4QXB B; 1N33 T; 1OXZ A; 4UR9 A; 3AE1 A; 3KIN B; 2WY2 A; 4KX6 A; 2D0U A; 1MIW A; 5M4Y A; 1KEY A; 2BZB A; 4AXP A; 4H9R C; 2CBI A; 2W00 A; 2JRK A; 5ABE A; 3RRW A; 5L3D B; 4XBF B; 2ES0 A; 1UCU A; 5LHH B; 4LMJ A; 2CHO A; 2A9U A; 5E0O A; 1ZP0 A; 4CI3 B; 2ZM0 A; 1D0Z A; 2V7J A; 4U31 A; 5EZY E; 3DTO A; 3F57 A; 4ILA A; 1T8B A; 5DQW A; 3MA9 A; 5ABF B; 3RHW A; 3G06 A; 3P4R A; 4WYV A; 2VL0 A; 3RIA A; 4JI0 T; 2NTX A; 2W66 A; 2LLY A; 4NUV A; 3A8Y C; 3GN5 B; 4GYR A; 5AQO B; 1W9R A; 5HEG A; 1X9B A; 2X9X A; 3A7M A; 3RPU A; 1LRZ A; 2WU5 A; 5CB4 E; 2YU2 A; 3UU3 A; 3Q5X A; 4EB6 E; 3BQK A; 3AE4 A; 2ODU A; 1MMN A; 4ZZB A; 1HX1 B; 4P0A A; 2D2S A; 5FVK A; 4DV7 T; 4DR5 T; 4EV6 A; 4AKI A; 4EYY R; 2E5V A; 5HCJ A; 4Z8X A; 5AQM B; 1G73 A; 4NIQ A; 2WMN A; 3PUV F; 4C91 A; 4LMK A; 4HEA A; 3RYH E; 5H6Q B; 2D9D A; 1D1B A; 5L3E B; 2P9B A; 3EDV A; 2XSA A; 4TWF A; 4GK5 E; 1U4Q A; 4G63 A; 3FBL A; 1D1A A; 3SRZ A; 3EUH A; 3ZCI A; 3UU4 A; 2H7O A; 4NXN T; 4E7Z A; 2DI4 A; 5LJN A; 4HWD A; 4P1N A; 3HKD E; 3ZMZ B; 4GYS A; 1FMW A; 3QOF A; 3ZJ1 A; 3ZN0 B; 2KWH A; 3RI5 A; 1O3X A; 4O4I E; 2E9X B; 3B13 A; 3B5M A; 3TLS A; 3RQU A; 5F8P A; 3RQW A; 1OED E; 3LBX A; 4EEB A; 3PU3 A; 4JBW F; 3AE7 A; 1OED A; 2XAQ B; 3HL6 A; 3HKC E; 4ASK A; 3JCF A; 4X66 T; 3PE0 A; 4LF4 T; 2MAW A; 2DWK A; 4HN9 A; 3HKB E; 2V7L A; 3PTR B; 3PV0 F; 4X65 T; 4JI7 T; 5IHY A; 1W0B A; 2M67 A; 3N2O A; 1SE7 A; 3V5U A; 3ABV A; 4CN1 A; 1HX8 A; 2DWG A; 2I59 A; 5FKY A; 1HS7 A; 1WYB A; 3CQX C; 3IA3 A; 4IE0 A; 3AAE B; 3AEA A; 2CXL A; 4I55 E; 1YKE B; 3LK3 B; 4OFZ A; 4IL9 A; 2CA5 A; 4IE6 A; 4X20 E; 3RIF A; 3UFG A; 3C51 A; 4H63 V; 2CPT A; 2J1D G; 2LHR A; 3ZKR A; 5BMV E; 1WRD A; 4IST A; 4GK0 E; 4QXH B; 4CN6 A; 2QRX A; 3KDS E; 5LA6 E; 3I1A A; 4HFH A; 2W67 A; 3I0O A; 4TWD A; 2VK9 A; 1Z8U A; 5HYA A; 3N2G E; 4TWH A; 2E8I A; 4HFV A; 2K3W A; 4PK4 A; 2W0G A; 4WBO A; 3ZYL A; 2M6B A; 1W09 A; 1WYC A; 3X1D A; 2K48 A; 3RRC A; 2UU9 T; 3E08 A; 2ACX A; 4H9Q C; 2X9W A; 2PG8 A; 4YSY A; 1MIV A; 2Q9Q B; 2NW8 A; 5JDF A; 3CX7 B; 4IRE A; 3Q2M A; 4M1P A; 4HGA A; 2HPJ A; 3KV5 A; 5HXS A; 5JRC A; 4ZI3 C; 1XMQ T; 2W63 A; 1T98 A; 2VWA A; 3A5X A; 4YSZ A; 4MFR A; 4YTP A; 3RGL A; 2WAU A; 3OYX A; 5JDL A; 2I6H A; 5AQU B; 4O2A E; 3UUM A; 2BG9 B; 5CFB A; 5CJ5 A; 3TLV A; 2DL1 A; 3F2E A; 3UFE A; 4DR3 T; 1EZ3 A; 3I9Y A; 4KI0 F; 1FEW A; 2VVN A; 2WMO A; 2XQ5 A; 4CZZ B; 4DV4 T; 3P50 A; 2LEH A; 2YOE A; 3O1J A; 2C5J A; 5AQN B; 2YU1 A; 4CXY A; 4QH1 A; 3AVS A; 1XZY A; 1L0V A; 2CRB A; 3UUX B; 4IGU A; 2KMF A; 4WZX A; 3B57 A; 3W15 B; 4WBN E; 3S4U A; 4HTE A; 3VR9 A; 1HTJ F; 4HFE A; 4FJO A; 4ADZ A; 2Y6X A; 4DUY T; 4ILC A; 1QLB A; 3ETU A; 3UUL A; 2LKG A; 2ZM8 A; 5AQP B; 2K5B B; 5J2T E; 3AB3 B; 4DV3 T; 1WR0 A; 4OK0 A; 3C4W A; 3AEF A; 2XQ9 A; 2FJD A; 4DBR A; 4ZHQ E; 3N9P A; 5FP3 A; 5FXV A; 5C2T A; 2CWY A; 2LRL A; 3CML A; 1DU2 A; 3SS1 A; 3C64 A; 2WZI A; 2H3R A; 2ZMA A; 4P0B A; 3VR8 A; 4DR7 T; 3AA7 B; 1ZKE A; 1HNW T; 3FZM B; 3AEG A; 1FMV A; 3HR0 A; 1E2A A; 3LFM A; 3K1S A; 2VL8 A; 3LG7 A; 3TLU A; 4DID B; 2HPL A; 3RH3 A; 2I0M A; 1HF8 A; 3KV4 A; 4ZI3 D; 2LKH A; 4HKA A; 1WLX A; 4KHZ F; 1BR2 A; 5AQV B; 3UU6 A; 3PUR A; 2YKS A; 2XPK A; 2BVL A; 3OJA A; 3AEE A; 3RYF E; 4NUU A; 4AKR B; 1VCT A; 5LHG B; 2IIU A; 2HH7 A; 1AJ3 A; 3QB5 A; 1KK7 A; 3CQG B; 3C98 B; 5FL0 A; 3M65 A; 2VB6 A; 3RYI E; 4A98 A; 3UU5 A; 3HI2 A; 1KNR A; 3PJA A; 4LF6 T; 4O4H E; 4AKH A; 5J1G A; 1UGO A; 2HN1 A; 2PTF A; 3N9O A; 1N34 T; 3RIU A; 2XAG B; 3UUN A; 1YXR A; 2XJ7 A; 4QKN A; 5J2U E; 2XM1 A; 3RLF F; 2JQH A; 1J5W A; 1HG5 A; 4OYJ A; 4IIJ E; 2VKH A; 4JEU B; 4MHC A; 2UXD T; 3VRB A; 1I6Z A; 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