The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
81
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structure length |
81
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Chain Sequence |
GSDHMSSTSPNLQKAIDLASKAAQEDKAGNYEEALQLYQHAVQYFLHVVKYEAQGDKAKQSIRAKCTEYLDRAEKLKEYLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural characterization of the MIT domain from human Vps4b
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
SKD1 protein
|
| total genus |
28
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| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.4.6: Vesicle-fusing ATPase. |
| pdb deposition date | 2004-10-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04212 | MIT | MIT (microtubule interacting and transport) domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Hypothetical protein 1500032h18. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4U2Z A; 2JQ9 A; 5FVK A; 1WR0 A; 2V6Y B; 2A9U A; 3K1S A; 1YXR A; 4CN1 A; 3ZT5 A; 4P1N A; 4U3C A; 4WZX A; 2JQH A; 2LRK A; 4U7I A; 4U31 A; 1WFD A; 2DL1 A; 4ZEY A; 2LRL A; 2V6Y A; 2WWV A; 5LB7 B; 2XZE A; 4CN6 A; 4CN4 A; 4U2Y A; 4A5X A; 2RPA A; 4IT4 A; 2K3W A; 2CPT A; 3ZSS A; 2JQK A; 4U7Y A; 5CJ5 A; 3EAB A; 3ZT7 A; 3ZT6 A; 2WY2 A; 1WCR A; 4NIQ A; 4U33 A; 5CGM A; 2V6X A; 3ZST A; 2MPK A; 2CRB A; 2W2U A; 5FVL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MBQ A; 4FJO A; 4E7Z A; 3PUV F; 1XMO T; 3I9W A; 3ANW B; 3CKD A; 2KLQ A; 4UVA B; 4OFZ A; 5LMU T; 4ZS2 A; 5L3E B; 1UX4 A; 4OHF A; 2JRK A; 5F5W A; 1T7S A; 5LGN B; 1N36 T; 2UU9 T; 4L9I A; 5CJ5 A; 2PJQ A; 3TLW A; 3UUN A; 3CK6 A; 3MA9 A; 2XM2 A; 4TNW A; 5M4Y A; 1AJ3 A; 2A2F X; 2LE8 A; 1ZKE A; 3CWZ B; 2KXP B; 5AFU L; 1BR1 A; 1MMD A; 3JCF A; 3D0T A; 3SS1 A; 2R6G F; 4HWC A; 2XSB A; 4UF0 A; 3KV6 A; 3R84 B; 3UTK A; 4ILC A; 1WRD A; 2JJ9 A; 1NAF A; 3OYX A; 4HFE A; 3J7Y q; 3H37 A; 4ZHQ E; 2XAG B; 1WYB A; 3ZCJ A; 1XZY A; 4Q25 A; 2LSY A; 5L4E A; 2XQA A; 4HFI A; 4EZH A; 4JUY A; 4ZI2 D; 4QKN A; 4CN1 A; 3KV4 A; 1HNW T; 5F8P A; 2VVS A; 2Y48 B; 3PU8 A; 2C5I T; 5FYM A; 5LYJ E; 1WLX A; 5LP6 E; 3C4X A; 3NWI A; 5E0O A; 3C51 A; 5FY7 A; 4HFH A; 5CB4 E; 3RQW A; 2VQF T; 4LMJ A; 3T1Y T; 3RYF E; 4L0R A; 2LOP A; 2VAS A; 3ZN1 B; 4Z8X A; 3H3A A; 2LM9 A; 3KBU A; 5LHI B; 3CPZ A; 3T8O A; 3LK3 B; 3UUB A; 2OV9 A; 3ZMZ B; 1KNZ A; 3RGL A; 3JAE A; 2WP9 A; 1SE7 A; 2CHN A; 3AE6 A; 4DND A; 2ODV A; 3ZMS B; 2BS4 A; 3P4Q A; 4DV2 T; 5A1L A; 4ILB A; 2JIW A; 2JMK A; 3OVU A; 3CX6 B; 5EK3 A; 2YU1 A; 3ZC0 A; 4JEH B; 2WCA A; 2CLY C; 3AAA B; 5AQT B; 3C4W A; 2PG8 A; 4B3S T; 4IHJ E; 2ACX A; 4P1N A; 3OTO T; 2JQH A; 4YJ3 E; 5JR9 B; 4CN6 A; 1D1B A; 3FZF B; 2RA1 A; 2B76 A; 4TUY E; 5HEU A; 4I0U A; 2BKN A; 3P8C D; 4DV4 T; 2DWG A; 4ZOL E; 4I4T E; 2BG9 B; 3ETV A; 3CX7 B; 1MIY A; 4ZI7 E; 5LHH B; 3B57 A; 5LG4 A; 4QH5 A; 1XNR T; 3KBT A; 4LF8 T; 2WAU A; 2X67 A; 3UU6 A; 4MFR A; 3QC9 A; 3NZP A; 5IUX A; 2H88 A; 1ZOY A; 2E5L T; 2SPC A; 4GIW A; 4O2A E; 4GK0 E; 3NZQ A; 4TX5 A; 3AA1 B; 3HI2 A; 2BKP A; 3AVR A; 2LJL A; 3PUG A; 3U3I A; 2JPF A; 4I43 B; 4ASK A; 4JI6 T; 5HXH A; 5JQG E; 4UVB B; 5HCJ A; 5KDM C; 3I1A A; 2IAK A; 5J1G A; 2XY8 B; 5HXR A; 4EGW A; 4BJM A; 4LF4 T; 3RF1 A; 4AKL A; 2P9B A; 2X0H A; 4O4H E; 2BZB A; 1MIW A; 1S35 A; 5FL0 A; 5HEH A; 3RKO A; 2ES0 A; 2FJD A; 4YHJ A; 5AQM B; 3H3M A; 3EAM A; 1OXZ A; 1IJ6 A; 4IGU A; 5LG3 A; 2QVA A; 2L3L A; 4LF9 T; 2YEV C; 3AE5 A; 2FJA A; 2YIN A; 3P4W A; 4DMV A; 1Z8U A; 4TWF A; 4JI4 T; 4HKA A; 4IE7 A; 5DJQ C; 2QRX A; 3KVA A; 2YU2 A; 2UUB T; 3ZMV B; 3ONX A; 1M7K A; 4IDN A; 2NR4 A; 2Y6X A; 1XDP A; 2CBI A; 1N34 T; 4ILU A; 2PTF A; 1HF8 A; 4BJN A; 2LEH A; 4DR4 T; 3Q5E A; 3ZT6 A; 2XPK A; 4ISS A; 1W09 A; 5LJM A; 5JRE A; 3ZLI A; 3ZEF B; 1HCI A; 4DR6 T; 2CA5 A; 1I94 T; 4U31 A; 1G8X A; 4AKR B; 3N9Q A; 1OED C; 4P09 A; 3PUA A; 2XQ8 A; 4U33 A; 2KSR A; 2VKO A; 3ZYM A; 2NW9 A; 3K1S A; 2KT9 A; 4U3C A; 3HKE E; 5FY0 A; 1WFD A; 2KWI B; 1MNE A; 2FJE A; 2VVN A; 1NEK A; 2QGS A; 2RP4 A; 5AQR B; 1VOM A; 2XAS B; 3AEB A; 3PU3 A; 3M3Z B; 4U2Z A; 3IHR A; 4Z90 A; 3O4X E; 3UU4 A; 3B5M A; 1YKE B; 3TLV A; 1BR4 A; 3O1J A; 3RIU C; 3PUR A; 2K48 A; 4IL9 A; 5AQV B; 4I50 E; 1D0X A; 1SA0 E; 3AE7 A; 4QX7 B; 4ADZ A; 2BDE A; 4NXN T; 2MOZ A; 4WNK A; 5LCY A; 2MPK A; 2E2A A; 4HGA A; 2KMF A; 4LMK A; 2N2N A; 4NUV A; 2CLY B; 2CEA A; 2N1G A; 4WBN E; 3RKG A; 2V7K A; 4DVD A; 4YTM A; 4QXB B; 1N32 T; 4DR5 T; 4YSX A; 4I55 E; 2CPT A; 2WMN A; 4ERR A; 2JQQ A; 5JDL A; 3EUH A; 3OBV E; 2X0L B; 4ZI3 C; 2V1D B; 4UEM A; 4MHC A; 1SHZ C; 3U78 A; 2NW8 A; 4DBQ A; 3P50 A; 1LRZ A; 2V7J A; 3HA4 A; 3Q5X A; 3T1H T; 3I0O A; 2CRB A; 4PJJ A; 5LXT E; 4JV5 T; 3A5X A; 4QXC B; 2WZI A; 5FY1 A; 2XHE B; 2VKJ A; 4KMC A; 4GYR A; 2ZLY A; 3P4P A; 2W67 A; 2C5K T; 3N9O A; 3PE0 A; 3I0Q A; 3FZH B; 3VKG A; 1UUS A; 4B6X A; 4YLH A; 2V7L A; 2UXD T; 3E08 A; 2WWV A; 4HFB A; 4UR9 A; 2LSG A; 2YN6 A; 5AQU B; 4O2B E; 4UV8 B; 2D0U A; 5AQN B; 2XTL A; 2LM2 A; 1O3X A; 1HNZ T; 5AQQ B; 3AA6 B; 4IT4 A; 5JRC A; 3KV9 A; 3OPC A; 2A72 A; 5F3J A; 4AKI A; 4HFV A; 5HEJ A; 3BQI A; 2X9W A; 4TV9 E; 2HH7 A; 2K5B B; 2UXX B; 3SFE A; 5FL1 A; 1KNR A; 3PUY F; 4IDO A; 3ZJ1 A; 1UUR A; 2K3W A; 3AE3 A; 4PAG A; 1G73 A; 4JLE A; 4Z91 A; 4JYA T; 5ABH A; 4QH4 A; 4IE4 A; 4IE5 A; 2WDV A; 3P4R A; 3IEE A; 1HG5 A; 3NRY A; 2CXD A; 3KDS E; 1YQ4 A; 5LGT B; 1FMW A; 4CQI A; 4QX8 B; 2XZE A; 3P4S A; 2VL0 A; 5C8Y E; 4LML A; 3LG7 A; 4M1P A; 4DR1 T; 2V8S V; 1OED B; 2XAH B; 3ZT7 A; 3PV0 F; 4HWH A; 2HN1 A; 4L5G A; 5KXJ A; 3LJC A; 4HN9 A; 3C50 A; 4ZEY A; 2D9D A; 2XQ5 A; 2VWA A; 5ADX L; 1FMV A; 4UVC B; 3AAE B; 4IST A; 2ZM2 A; 3KV5 A; 1L0V A; 1YQ3 A; 3PUQ A; 1YXR A; 3ZT5 A; 4HWF A; 2VK9 A; 4O8S A; 3N9N A; 2DLR A; 2X51 A; 2XUE A; 5IHY A; 3DJB A; 5HXC A; 4ZI3 D; 4F8H A; 1H7C A; 3R6N A; 2D0T A; 4COF A; 5HXE A; 4H9P C; 3LK4 2; 4X1Y E; 3RH3 A; 1IBM T; 1IAP A; 4CI2 B; 4CI1 B; 2XM1 A; 1JNZ A; 3N9L A; 5CA1 E; 4A5X A; 1V9D A; 3UUL A; 1SUM B; 3FXD B; 1UX5 A; 2UXB T; 1IZN B; 2WS3 A; 1QUU A; 2BG9 E; 4PJN A; 4WYV A; 4EOZ B; 3RHW A; 2CCQ A; 2YDQ A; 5LA6 E; 4DV6 T; 2EHO A; 1MMA A; 3FXE B; 2NOX A; 3RYC E; 4DBR A; 4A56 A; 1XMQ T; 4EXT A; 3VR9 A; 2ZM6 T; 1D0Y A; 1J1J A; 3JC6 C; 5EZY E; 4JI1 T; 4LF5 T; 2E8I A; 2BBH A; 3MJX A; 1EZ3 A; 3CML A; 2BKO A; 5H6R B; 3KIN B; 4EYU A; 4NIQ A; 3JAF A; 3ZST A; 2Y8D A; 2E9X A; 3EDU A; 4UV9 B; 2XQ6 A; 2DCF A; 1S94 A; 3RC8 A; 3C4Z A; 2XQ4 A; 1UCU A; 3RYI E; 3C98 B; 2B1E A; 2V26 A; 4IDP A; 4TZ4 C; 3AED A; 5DQV A; 4AQF A; 2I59 A; 1ZHC A; 3RYH E; 3LBX A; 2LLY A; 5IWA T; 1J5W A; 3MKD A; 3NBX X; 4HWD A; 4YTP A; 2W0G A; 5DQW A; 5L3C B; 3MK7 C; 3RC3 A; 4DV1 T; 4TV8 E; 2VUR A; 2M6I A; 2EHO C; 4DUZ T; 2W61 A; 4KBM B; 3EI0 A; 3UT5 E; 4ZS3 A; 3DP7 A; 1KEY A; 4LFA T; 5JDH A; 3SFD A; 3AAI A; 4X1K E; 3ANW A; 4IE0 A; 4OX9 T; 3BQL A; 5IYZ E; 1YKH B; 1T72 A; 3PUX F; 4IRE A; 3UU3 A; 5L3D B; 3OYZ A; 4JBW F; 3CQC B; 2BS2 A; 1CUN A; 3CVR A; 1W9R A; 2V5C A; 3ZKR A; 4JI2 T; 3CX8 B; 2V5D A; 2CM0 A; 5ABE A; 2Q9Q A; 4TN7 B; 2YDR A; 3EHZ A; 4GOU A; 5JTG A; 4GK5 E; 3CQG B; 1IJ5 A; 3O1I A; 2MYS A; 3TLT A; 4A97 A; 3LK2 B; 1KFY A; 2RPA A; 5LOV E; 1CHU A; 3A7M A; 3P7I A; 4YT0 A; 5JVD E; 5HYA A; 1UK5 A; 4AKH A; 4KHZ F; 3UQ4 A; 4HEA A; 5JDN A; 3WI3 A; 2BVM A; 3LSV A; 3F31 A; 5JRC B; 4YHH T; 4EEB A; 3TKL B; 5AQK B; 2LSI A; 5C2T A; 1WYC A; 1FIO A; 5HWX A; 3WAJ A; 4MAL A; 2DI4 A; 2WU5 A; 3JC6 D; 3LFM A; 1T8B A; 2DNX A; 1GQE A; 1E1H B; 5CA0 E; 3AEA A; 3VKH A; 4PJL A; 1ZP0 A; 2W00 A; 5FVL A; 3RX6 A; 5AQL B; 4AIS A; 3F57 A; 5JH7 E; 2WWU A; 2IDO B; 3ABV A; 3Q2M A; 1ZEE A; 1HX1 B; 2Q9Q C; 2V6Y A; 5AQS B; 2H7O A; 4A98 A; 3ZSS A; 2ODU A; 3Q5D A; 3AEE A; 4UF0 B; 1X9B A; 2NWB A; 5FXV A; 3AE9 A; 4TWH A; 4XBF B; 1IBK T; 3NKZ A; 3CIR A; 4IDQ A; 3ONL C; 2BBJ A; 2XQ7 A; 4JI0 T; 2KZ7 B; 5JDM A; 1D0Z A; 2IW5 B; 2LSK A; 4JI7 T; 2EHO D; 1HFA A; 2HPL A; 4LFB T; 4KX6 A; 1I6Z A; 3K3N A; 2FUP A; 2FJB A; 4HFD A; 3ZN0 B; 3MZK B; 4PNI A; 2LHN A; 3QK6 A; 4XZC A; 1J5E T; 2MTQ A; 2XSA A; 4C91 A; 3F2E A; 5HXS A; 2YDS A; 2LKG A; 3AE1 A; 4NUU A; 2BG9 A; 4U7I A; 2AXD S; 2DHR A; 3K3O A; 3K8P C; 4DV7 T; 2E9X D; 3Q9D A; 3GMI A; 3N2G E; 4PFP A; 3V5U A; 4DO0 A; 2NTX A; 5C3J A; 5HAX A; 4X65 T; 3AE8 A; 2WDR A; 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1E2A A; 2BVL A; 2H7V C; 4EED A; 3VU7 H; 1LKX A; 2AE9 A; 3ZMU B; 4LF7 T; 1MIV A; 2VB6 A; 3J9X 1; 1XDO A; 4EAH A; 5BR8 T; 2I0M A; 4U74 A; 3OJA A; 2WDQ A; 4H9R C; 5CGM A; 2KIN B; 2XAJ B; 2A3D A; 3TLU A; 5LHG B; 4AXP A; 5LJN A; 5KMG P; 2UXN B; 1M62 A; 3ZYK A; 5LB7 B; 5LMN T; 4X64 T; 5CFB A; 4DV3 T; 2DWK A; 3PUW F; 3AVS A; 4O4L E; 4N78 D; 2V6X A; 4CXY A; 4ZZC A; 5JDF A; 2OLT A; 2J62 A; 2PFV A; 3N9M A; 3X1D A; 2YOE A; 5J2T E; 1YD8 G; 1KK7 A; 2X9H A; 4DV0 T; 4X5T A; 4ANJ A; 2BS3 A; 4G2A A; 2YKS A; 3FBZ A; 4E7S A; 2D2S A; 1ZV4 X; 2PBI A; 3LDQ B; 5AQI B; 3ZPO A; 4P0B A; 3GA8 A; 2NW7 A; 2V6Y B; 4O4I E; 2W66 A; 2UUA T; 1B7T A; 2LHR A; 1Y01 A; 4K0K T; 3VHL A; 1W0B A; 2WY2 A; 4DR2 T; 4H9Q C; 3EDV A; 4KUM B; 5AQO B; 1VCT A; 4PK5 A; 4G63 A; 4AQY T; 5FMN A; 4DID B; 1FEW A; 3AE4 A; 3L09 A; 3FB2 A; 2H3R A; 4PW8 A; 2CHO A; 3C64 A; 2X68 A; 3IF8 B; 1E7P A; 3QUJ A; 4X20 E; 2LRK A; 2M67 A; 4U72 A; 3V5S A; 3UUM A; 5ABF A; 3FZL B; 3BQK A; 1MND A; 3ZMT B; 4BAY B; 4ZZB A; 2VKD A; 3GN5 A; 4ZXL A; 3ESL A; 3HKD E; 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