The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
MTTSTLQKAIDLVTKATEEDKAKNYEEALRLYQHAVEYFLHAIKYEAHSDKAKESIRAKCVQYLDRAEKLKDYLRSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Structure of VPS4A MIT Domain
rcsb |
| molecule tags |
Protein trafficking
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
vacuolar protein sorting factor 4A
|
| total genus |
29
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.4.6: Vesicle-fusing ATPase. |
| pdb deposition date | 2005-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04212 | MIT | MIT (microtubule interacting and transport) domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Hypothetical protein 1500032h18. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WFD A; 3ZT6 A; 2CRB A; 4CN1 A; 5CJ5 A; 2V6X A; 4P1N A; 2LRL A; 3K1S A; 4U7Y A; 2JQ9 A; 1YXR A; 2WY2 A; 4IT4 A; 4WZX A; 4U7I A; 4ZEY A; 4U31 A; 5FVK A; 4U3C A; 2V6Y B; 5FVL A; 2V6Y A; 2MPK A; 5LB7 B; 4U2Y A; 3ZT7 A; 4U2Z A; 2JQK A; 2W2U A; 2LRK A; 3ZT5 A; 2A9U A; 2DL1 A; 2K3W A; 4CN4 A; 2CPT A; 2XZE A; 1WR0 A; 3EAB A; 2JQH A; 2RPA A; 4NIQ A; 2WWV A; 3ZSS A; 4CN6 A; 3ZST A; 5CGM A; 4A5X A; 4U33 A; 1WCR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HWF A; 2WU5 A; 4TNV A; 2J1D G; 3C4X A; 3AA1 B; 5AQG B; 2XAH B; 3AXJ B; 2YN6 A; 4WBO A; 4HFD A; 3UFE A; 3ANW A; 3PE0 A; 3ZJ1 A; 4DUZ T; 4EYY R; 1U5P A; 1NWM X; 1FIO A; 5JRE A; 4ZXL A; 4YXD A; 3H37 A; 4DV0 T; 4EOZ B; 2BG9 C; 1KFY A; 3HKD E; 3IF8 B; 2YU1 A; 1WR6 A; 4E7S A; 5JRC A; 4TWD A; 3C4Z A; 2XQ4 A; 3PUR A; 1UGO A; 4BA9 A; 4Z91 A; 5FNV E; 3DJB A; 1J5W A; 4K0K T; 3MZK B; 2I59 A; 2L3L A; 4HFB A; 2UXD T; 1YW0 A; 4AKI A; 5LCY A; 4DR5 T; 2V26 A; 2N9D A; 4HWI B; 2Q9Q B; 4DV5 T; 4FJO A; 3P4Q A; 2KZ7 B; 5FKY A; 3AB3 B; 4EYU A; 2IUB A; 2LRL A; 3PU8 A; 5HWY A; 4PW8 A; 4QXC B; 4NXN T; 2LE8 A; 1VOM A; 4DV3 T; 4GKK T; 3AEG A; 4DV6 T; 3CQG B; 3AE6 A; 1OED B; 4IDP A; 1UCU A; 2WP9 A; 2V8S V; 3KBT A; 4H63 H; 3QC9 A; 2CE7 A; 2CWO A; 5J1G A; 3CX7 B; 3KV4 A; 5AQM B; 3CWZ B; 4X64 T; 3ZT5 A; 1YKH B; 1VRB A; 2BZB A; 1N32 T; 1T72 A; 5CGM A; 2GK9 A; 1YXR A; 2X9W A; 3OTO T; 2C5K T; 5LG3 A; 5LBQ B; 3RF1 A; 5LNK A; 3F2E A; 4GIW A; 1MNE A; 3EUH A; 3C64 A; 5FP3 A; 3LK2 B; 2EHO C; 4LML A; 2LEH A; 1ZOY A; 4K0U A; 3FZL B; 2E2A A; 5LJN A; 4O4H E; 2CLY C; 1KNZ A; 3ZST A; 1D0Y A; 4ZS3 A; 4IIJ E; 4U33 A; 1N33 T; 4MLK A; 2X9X A; 1HG2 A; 3ZLI A; 2WDR A; 3MXZ A; 2KLQ A; 4BAY B; 3M65 A; 5C2T A; 2LRK A; 1XDP A; 2ODU A; 5F8P A; 2IAK A; 4QH1 A; 4LFB T; 3UUM A; 3LBX A; 4ZI7 E; 3QUJ A; 3PV0 F; 4X1Y E; 2XQ8 A; 3RHW A; 1UX4 A; 3ZCI A; 4F6R C; 5AQT B; 2H7O A; 2LHN A; 3HKC E; 5EZY E; 5JDM A; 1WRD A; 3GWH A; 2XSB A; 2V7M A; 3RKO A; 3LK3 B; 2XSA A; 3KDS E; 3AA0 B; 5KX5 E; 5ABE A; 3OVU A; 4N78 D; 2YOE A; 2V6Y A; 4IDZ A; 2CWY A; 4DBQ A; 1HS7 A; 3O1I A; 4O4J E; 2WZH A; 2KND A; 1IJ6 A; 2QA7 A; 3FZF B; 3EI0 A; 2VAS A; 3ZMU B; 4DID B; 4JI8 T; 2KWH A; 2L9Q A; 2CXL A; 3PUW F; 5L3C B; 5HXS A; 3ZYL A; 5DQV A; 4NXM T; 1T7S A; 5JR9 A; 2IIU A; 2NW8 A; 5A1L A; 1ZP0 A; 3VRA A; 2RA1 A; 4X5T A; 2Q9Q A; 3VRB A; 2X51 A; 2LOP A; 5LP6 E; 5H6Q B; 4E7Z A; 4YSZ A; 2WCA A; 3L8R A; 2XZE A; 2N2N A; 2A2F X; 3QK6 A; 3MJX A; 4UF0 A; 5KDM C; 4YSX A; 2BS3 A; 2QGS A; 4DMV A; 2E9X B; 4O2A E; 2H89 A; 5FXZ A; 1GQE A; 5L47 A; 1LRZ A; 3LSV A; 4TWH A; 4DV7 T; 1T8B A; 2CCQ A; 2BVM A; 1LVF A; 5LJM A; 1JNZ A; 4P0B A; 3ANW B; 1KEY A; 3HKE E; 3N9P A; 2FJA A; 2Y8D A; 4B3T T; 2OA5 A; 5JDQ A; 5L3G B; 2V6X A; 3ETV A; 3JAF A; 4AXP A; 3AVS A; 4DVD A; 5JRC B; 2V7K A; 4LMK A; 4HEA A; 3RIA A; 3C98 B; 2DI4 A; 1W0A A; 1YKE B; 1KNP A; 4UV8 B; 4IGU A; 1OED C; 2K48 A; 2XY8 B; 3EDU A; 5FY0 A; 3WI3 A; 1HFA A; 3NRY A; 2HN1 A; 4C91 A; 5J2U E; 4HWH A; 2UUC T; 2CPT A; 2X9Y A; 4HKA A; 3VKH A; 2CBI A; 4MAL A; 2XUE A; 3IHR A; 3N9M A; 4KX6 A; 2H7V C; 2W63 A; 2D2S A; 4ANJ A; 1AJ3 A; 2LM9 A; 4OK0 A; 1Y01 A; 2V7J A; 4U74 A; 4EZ4 A; 2JJ9 A; 5FVL A; 2BVL A; 4QX7 B; 4L0R A; 3IA3 A; 3K3Q C; 4NUU A; 1D1A A; 3ZN0 B; 2XM2 A; 2LSY A; 3O1H A; 4B6X A; 3AVR A; 3N2K E; 5L4H A; 3OPC A; 2HH7 A; 4HFI A; 3ZMT B; 3AE5 A; 2IC6 A; 3X1D A; 2VK9 A; 4ADZ A; 4LF9 T; 1XMO T; 4JBW F; 2BS2 A; 4H9R C; 4ERR A; 5L3E B; 2RPA A; 4YTP A; 1MMA A; 2PG8 A; 5HEJ A; 3ZT6 A; 5IWA T; 4I4T E; 3Q2M A; 2XQY A; 3BK9 A; 4HFH A; 1BR4 A; 4ASK A; 1HX1 B; 4JI0 T; 2JIW A; 3RC3 A; 5JDG A; 1UX5 A; 4XZC A; 1IBM T; 2YDQ A; 4KMC A; 3CK6 A; 5JDL A; 2KXP B; 2VVS A; 2K3W A; 4OYK A; 4A5X A; 4DV2 T; 3LG7 A; 1X79 A; 3DP7 A; 2F4V T; 3NKZ A; 3PUY F; 4MBQ A; 4KHZ F; 3FXE B; 1VCS A; 2FBW A; 1M62 A; 3PUS A; 5LHH B; 3RC8 A; 3FBZ A; 1IJ5 A; 2BG9 E; 1CHU A; 4NUV A; 1N36 T; 1YQ3 A; 1HNX T; 2LSI A; 5TAO A; 2AXD S; 2MYS A; 3AED A; 5AQU B; 3UU5 A; 4C90 A; 2XAJ B; 4DBR A; 2VL0 A; 4IL9 A; 1LVK A; 4Z90 A; 1HF8 A; 1J1J A; 1FJG T; 3Q5X A; 4GYR A; 3J9X 1; 3EVY A; 3Q5E A; 2BKP A; 3PUZ F; 3LBX B; 2LHR A; 3G06 A; 5EK2 A; 4A98 A; 2CXF A; 2LJL A; 3D0T A; 1XNQ T; 2RP4 A; 2A9U A; 3PJA J; 1SHZ C; 4JEH B; 2W00 A; 3RI5 A; 4V1A v; 4TZ4 C; 3NZP A; 3N2O A; 4QXB B; 4JLE A; 5CJ5 A; 4AQG A; 5L3B B; 1MMG A; 2V6Y B; 2ODV A; 4JEU B; 4JUY A; 5AFU L; 3OKQ A; 3L3P A; 2VVN A; 2VKJ A; 3ZMS B; 4FI5 A; 4JI4 T; 4BJN A; 1OXZ A; 4EXT A; 5HEG A; 3P4R A; 5AQF B; 5ABF A; 3AA7 B; 2ACZ A; 5AQQ B; 5JDF A; 2XQ5 A; 3EHZ A; 3ZT7 A; 5JR9 B; 2XAF B; 4YT0 A; 4OYJ A; 3GMI A; 4HFE A; 4PJL A; 3EAB A; 2JQH A; 2XQA A; 2E9X C; 3F31 A; 4TWF A; 5IYZ E; 5GON E; 3I9Y A; 3KVB A; 5FMN A; 3ZN1 B; 3ETU A; 3AE1 A; 2WM9 A; 1W0B A; 4IE6 A; 4EED A; 2C5J A; 4CN4 A; 3ZYK A; 4UF0 B; 1MMD A; 2XQ3 A; 4HN9 A; 3UT5 E; 5HWX A; 4ZEY A; 4G2A A; 2V5C A; 5IHY A; 2HPJ A; 3OJA A; 3N9O A; 2W2U A; 5AQP B; 2NTX A; 3KFW X; 2YDS A; 4HFC A; 2YIN A; 3O9X A; 4YTN A; 3P4W A; 2VL8 A; 1MIV A; 4PFP A; 1BR2 A; 3PJA A; 2CM0 A; 5FXV A; 3GA8 A; 5AQO B; 4MFR A; 4DO0 A; 2WSS V; 2JMK A; 3VKG A; 4ZI2 C; 1FEW A; 5ETW A; 2LKH A; 2DHR A; 4X20 E; 2WB5 A; 2CRB A; 3RIF A; 3VR9 A; 3BQK A; 3RYC E; 4YSY A; 4O4I E; 3TLS A; 1B7T A; 5FY1 A; 4AQF A; 4EIW A; 3VU7 H; 4X1K E; 5L4E A; 4PK6 A; 5CA1 E; 1Y64 B; 2CEA A; 3PUV F; 4CN1 A; 1Z8U A; 4UVB B; 4CQI A; 4CI3 B; 3AEC A; 2M6B A; 3E0Z A; 3AAI A; 2D5U A; 5LGU B; 3JC6 C; 3RKG A; 1KK7 A; 4NPP A; 4B3S T; 2EHO D; 2SPC A; 2QYW A; 3O4X E; 4O2B E; 2WY2 A; 3OBV E; 4PAG A; 1MND A; 2OV9 A; 1FMV A; 1E1H B; 2X0Y A; 4PFO A; 3DTO A; 1UUS A; 3T8O A; 4KP3 C; 1NEN A; 5LMU T; 2PTF A; 2LOS A; 4YTM A; 5FXW A; 2V7I A; 1D1C A; 1NAF A; 1QSD A; 5JQG E; 4U3C A; 5AQR B; 4IE0 A; 2XQ9 A; 3I1A A; 3JC6 D; 3E22 E; 3A8Y C; 4J2C A; 4ILU A; 5LA6 E; 3P7I A; 2UXB T; 4P0A A; 2G0U A; 2WAU A; 5ABG A; 2IDO B; 4TX5 A; 5KXJ A; 4KUM B; 2XAG B; 5AQH B; 3RYH E; 5DQW A; 1KF6 A; 3ONJ A; 4H9N C; 3RX6 A; 3TLU A; 1HNW T; 2W61 A; 1QLB A; 1XNR T; 3TLW A; 2X9H A; 4YLH A; 2B76 A; 4JYA T; 3N9L A; 3FB2 A; 5LB7 B; 4QXH B; 2LSJ A; 4YFS A; 2YKS A; 5AQK B; 3I9W A; 3RYI E; 1BR0 A; 3U78 A; 4YY3 T; 4EZH A; 2DWK A; 4WBN E; 5FYM A; 4HGA A; 2D0U A; 2DLR A; 2W66 A; 4PK4 A; 1HR0 T; 3UU3 A; 4LF8 T; 2HHH T; 4AI6 A; 3RGL A; 1ZKE A; 4QX8 B; 2UUA T; 1OED E; 5L3F B; 2FUP A; 3RIU A; 2PBI A; 3MKD A; 5HXC A; 3NZQ A; 2W62 A; 2ZM2 A; 4U2Z A; 3CQX C; 3CKD A; 5FXX A; 2XM1 A; 1MMN A; 4IDN A; 5JR9 C; 3ZSS A; 2W67 A; 3JAE A; 2HN2 A; 4OHF A; 4KHP T; 3PU3 A; 5FY7 A; 4UEM A; 2Q9Q C; 4Z8X A; 5CB4 E; 2X68 A; 2UXN B; 4H9Q C; 3UUN A; 3CX6 B; 3UQ4 A; 1D0Z A; 1SUM B; 3KV6 A; 2KIN B; 5LXT E; 4IE4 A; 4DND A; 3M3Z B; 5ABF B; 2E5L T; 4PJM A; 2CHO A; 4UV9 B; 3HKB E; 5HEU A; 2OLT A; 4GOU A; 3BQL A; 1XDO A; 2JQK A; 5ADX L; 2K24 A; 4HWC A; 5HXH A; 1YD8 G; 3QOF A; 2W4X A; 3J7Y q; 2ES0 A; 3CPZ A; 2D9D A; 2Q9Q D; 4EB6 E; 1XMQ T; 5JDH A; 2DNX A; 3K3N A; 5F5W A; 2LLY A; 1W9R A; 2VKO A; 3ZJ2 A; 3FBL A; 3LK4 2; 2UXX B; 3P4S A; 4PNI A; 2Y48 B; 4LF4 T; 4YHH T; 3Q9D A; 3VHL A; 2JRK A; 1D1B A; 2JQQ A; 3MA9 A; 5JTG A; 3PUG A; 3B13 A; 5C3J A; 4QKN A; 2NOX A; 3Q5D A; 4LF7 T; 3PUX F; 3P50 A; 4XBF B; 2YDR A; 5JH7 E; 3ABV A; 1YQ4 A; 3HL6 A; 5EK3 A; 5CFB A; 4AKL A; 2A72 A; 4UVA B; 4JI7 T; 3RRW A; 2KSR A; 4IDQ A; 1E2A A; 4CI2 B; 3TLV A; 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2KMF A; 5HCM A; 3F57 A; 2MAW A; 4JI5 T; 2XTL A; 2XAS B; 3K1S A; 4LF6 T; 3CQC B; 2CA5 A; 5FVK A; 4XAX B; 3SFD A; 5KMG P; 5M4Y A; 3KVA A; 4ILA A; 3FHN A; 3CX8 B; 3ZMZ B; 2MTQ A; 2EHO A; 2NR4 A; 3PTR B; 2NW9 A; 3KBU A; 4P1N A; 5BR8 T; 4TV8 E; 4I0U A; 3WAK A; 3AA6 B; 2J4G A; 4U2Y A; 3SOL A; 1G8X A; 4UIG A; 2E9X D; 2XAQ B; 1NEK A; 4IT4 A; 2WMN A; 3AEB A; 2Y6X A; 2DL1 A; 1KNR A; 1IBK T; 4CXY A; 5AQV B; 5LYJ E; 3HI2 A; 3N9Q A; 5BMV E; 2M67 A; 3ZMV B; 2BBH A; 4WW0 A; 2JQ9 A; 3PUQ A; 3C51 A; 3SWH A; 4ZHQ E; 3RQW A; 3AAA B; 2XPK A; 3RQU A; 3L39 A; 4IST A; 2VKH A; 4ZZC A; 5FL0 A; 4JI1 T; 2DCF A; 3PDY A; 3FZK B; 4L5G A; 4AIU A; 2YEV C; 3E08 A; 3JAD A; 3QNU A; 4TNW A; 4TUY E; 2XJ7 A; 3ONL C; 5AQS B; 2E8I A; 3B57 A; 4ILC A; 5LGT B; 5H6R B; 4ZI2 D; 4DV1 T; 5LG4 A; 5HXE A; 4IHJ E; 5LMN T; 4JI2 T; 4EV6 A; 2ZM8 A; 4COF A; 3C50 A; 5AQI B; 4WZX A; 2CBJ A; 3ZEF B; 1MIW A; 2MOZ A; 4LFA T; 2VQE T; 4O4L E; 1US7 B; 4NIQ A; 1IAP A; 4H9S E; 3LDQ B; 4HWD A; 4U7Y A; 2CMR A; 2PFV A; 2LSG A; 3RH3 A; 4X65 T; 2WWU A; 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