The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
MAASAASSEHFEKLHEIFRGLLEDLQGVPERLLGTAGTEEKKKLVRDFDEKQQEANETLAEMEEELRYAPLTFRNPMMSKLRNYRKDLAKLHREVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A SNARE-adaptor interaction is a new mode of cargo recognition in clathrin-coated vesicles.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport, endocytosis
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Vesicle transport through interaction with t-SNAREs 1B homol
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| total genus |
35
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-08-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | t-snare proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ONJ A; 3ONL C; 2V8S V; 1VCS A; 2QYW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RYF E; 3VKG A; 2V7J A; 3KV9 A; 3LK2 B; 4EIW A; 2UXN B; 4LF4 T; 3N9M A; 3AEA A; 3OYX A; 2A3D A; 4JI0 T; 2K24 A; 4GK0 E; 3ZJ1 A; 2WWV A; 4GKJ T; 2WBL A; 4H9P C; 2KXP B; 3LSV A; 5ABE A; 2WZI A; 3KDS E; 4ZXL A; 3HKB E; 3RYI E; 1BR0 A; 2DHR A; 2WSS V; 1O3X A; 2XQA A; 4QWN B; 4DR6 T; 2WB5 A; 1E2A A; 4DID B; 2D0T A; 3KV6 A; 1FMV A; 2BKO A; 3P8C D; 2FJB A; 3CK6 A; 4OK0 A; 3RYC E; 5LGT B; 4J2C A; 3C64 A; 2JQQ A; 3I9Y A; 4TV8 E; 3X1D A; 2C5I T; 3UU8 A; 2M6I A; 2VWA A; 1FJG T; 2BDE A; 2JJ9 A; 3ZYM A; 2K3W A; 2MAW A; 2D0U A; 3RQU A; 2I59 A; 3J9X 1; 2A2F X; 3SFE A; 2SPC A; 5IHY A; 1D1A A; 4LFB T; 2CPT A; 2XM1 A; 3BQK A; 1KF6 A; 4L5G A; 3ZCJ A; 4N78 D; 1LVF A; 3PDY A; 2XPK A; 2XQ8 A; 4IHJ E; 5L2L A; 4H63 H; 4QHO A; 4O2B E; 4AIU A; 1VOM A; 4HWD A; 3RKG A; 2H88 A; 5JDQ A; 3IF8 B; 4WBN E; 3PUV F; 2BS3 A; 3ESL A; 4DV1 T; 2E2A A; 3ABV A; 2LKH A; 2DLR A; 1J5E T; 5AQJ B; 4IIJ E; 3ZEF B; 4AQF C; 4ZI2 C; 2HH7 A; 5LB7 B; 1WYC A; 4AI6 A; 3PUG A; 1JNR A; 1M62 A; 5FXV A; 1HFA A; 5HEH A; 5HEJ A; 1X9B A; 3AA0 B; 2KZ7 B; 4JEU B; 4JI6 T; 1VCT A; 2KND A; 5KMG P; 5AQP B; 5ADX L; 1YQ3 A; 3UTK A; 4CQI A; 3A7M A; 3OPC A; 3ZST A; 5M4Y A; 3EHZ A; 4AXP A; 2BS2 A; 4K0K T; 4LMJ A; 4V1A v; 4AIS A; 2VVS A; 2UXB T; 4JBW F; 3F57 A; 2RPA A; 5JR9 A; 3AVR A; 5AQK B; 5HCJ A; 1SA0 E; 5LMN T; 5CJ5 A; 3L09 A; 4EAH A; 3RX6 A; 4I55 E; 2LSK A; 4ASK A; 2VKJ A; 3DTO A; 3UU5 A; 2EHO D; 1MMD A; 4HFI A; 1ZP0 A; 1E1H B; 2FJA A; 5IYZ E; 5KX5 E; 1J1J A; 1MMA A; 4P1N A; 1D1C A; 4QX8 B; 5KDM C; 5LYJ E; 4QXC B; 2HPJ A; 3TLS A; 4A5X A; 3AAA B; 2WMN A; 3FZF B; 2BKP A; 2ZM2 A; 4PFP A; 3UFE A; 4CI3 B; 4O8S A; 5HWY A; 3CPZ A; 3I0Q A; 4P09 A; 3MJX A; 1HF8 A; 2CM0 A; 3PV0 F; 5AQT B; 1OWA A; 4IDQ A; 2IC9 A; 2XSA A; 2Y6X A; 5LCY A; 1XZY A; 2JQH A; 2XY8 B; 5LG4 A; 4IL4 A; 3MKD A; 3K8P C; 2BBJ A; 3UUN A; 3ONX A; 3JC6 D; 1JNZ A; 1US7 B; 2EHO A; 4CZZ B; 3QK6 A; 3VR8 A; 4MAL A; 3ANW B; 4GYR A; 4QKN A; 1UX5 A; 3HR0 A; 1MND A; 4GKK T; 1S35 A; 4HFB A; 5JRE A; 2LEH A; 4DBR A; 3CX7 B; 1WR0 A; 4UXN B; 4UEM A; 4U3C A; 4JI4 T; 4GYS A; 5JH7 E; 5CFB A; 2L9Q A; 2V7M A; 2CWO A; 5FXX A; 1N33 T; 4H9Q C; 3CML A; 1ZOY A; 2E9X A; 3O1H A; 3T8O A; 1KK7 A; 5AQQ B; 3RC3 A; 4I4T E; 3UU4 A; 1NAF A; 2XM2 A; 1ZV4 X; 5EZY E; 4U2Z A; 4ZI3 D; 4EXT A; 3BK9 A; 3PUZ F; 4WYV A; 3LBX A; 1KNR A; 3P4P A; 3I1A A; 5AQR B; 3QB5 A; 3GWH A; 2WP9 A; 4HGA A; 2LM9 A; 3UT5 E; 3ZJ2 A; 4HWH A; 1KNZ A; 2X0H A; 1UUS A; 3FB2 A; 3IBP A; 3GMI A; 2ES0 A; 4DR2 T; 2Y48 B; 4L0R A; 5FY0 A; 3NVO A; 2I0M A; 3WI3 A; 2YDQ A; 4NPP A; 2BZB A; 2M6B A; 2W4X A; 2V6Y A; 2XAQ B; 2V1D B; 2VK9 A; 4U72 A; 4ILC A; 4UVB B; 4BJM A; 2V26 A; 2EHO B; 5AQH B; 4IE7 A; 3PUW F; 1YQ4 A; 2E5L T; 5J2T E; 4HE8 A; 3RC8 A; 1DU2 A; 2LRK A; 2KMF A; 2V6X A; 2W66 A; 2KSR A; 3RLF F; 1W9R A; 5L3F B; 5KXJ A; 3P50 A; 2HHH T; 2H89 A; 3AE9 A; 1T8B A; 1S94 A; 5L47 A; 3JCF A; 2CXD A; 2VUR A; 2YU1 A; 3A8Y C; 3EVY A; 3RIU C; 3AEG A; 4DO0 A; 4B3S T; 3EDU A; 3O4X E; 2KWI B; 5FXW A; 5LHH B; 2KIN B; 3PU3 A; 5JTG A; 2C5J A; 1GQE A; 2WDV A; 3QNU A; 5JDN A; 2XQ3 A; 1MIV A; 2L8K A; 5FVL A; 3AAI A; 1LKX A; 2WDR A; 2XQ5 A; 4AKI A; 2QVA A; 3PUY F; 2VL8 A; 4H63 V; 2LSG A; 2XAF B; 2WU2 A; 3FBL A; 3CIR A; 2W62 A; 2PBI A; 3VKH A; 3LJC A; 4KHZ F; 5FP3 A; 5LOV E; 2JMH A; 4EEB A; 4KUM B; 2MTQ A; 4DV2 T; 2LHN A; 2WAU A; 4PNI A; 2IHR 1; 4HFH A; 3QOF A; 3KVB A; 2ZLY A; 2DCF A; 3S4U A; 3C4X A; 4EZH A; 5HWX A; 2V6Y B; 3HA4 A; 2LE8 A; 4HEA A; 4X20 E; 4UV9 B; 3RIF A; 4JI3 T; 2ODU A; 4O4L E; 3OVU A; 3Q5X A; 2VQF T; 1D0Z A; 5ABH A; 5JR9 C; 4CN4 A; 3H3M A; 1HCI A; 3MXZ A; 1U4Q A; 3VRA A; 3B13 A; 2VKO A; 4ZOL E; 2QRX A; 2CXL A; 4IST A; 3N9N A; 4EZ4 A; 3ZMU B; 4YXD A; 3PJA A; 5F8P A; 2XQ4 A; 3UUM A; 2IDO B; 1KFY A; 5LHG B; 4HWI B; 4ZS2 A; 3E0Z A; 1V9D A; 3JAF A; 4LF9 T; 3FHN A; 4CN6 A; 4IE6 A; 3BQL A; 4TN7 B; 5GON E; 5BR8 T; 5LMU T; 4YHJ A; 4NXM T; 2ACZ A; 2IW5 B; 4TZ4 C; 2X9Y A; 1T98 A; 3L8R A; 4XAX B; 4YTM A; 3K1S A; 3H3A A; 2UUB T; 3JAD A; 2AE9 A; 4MBQ A; 2AXD S; 1MMN A; 5CB4 E; 4XBF B; 2CEA A; 3V5S A; 1LVK A; 5LHI B; 3AAE B; 5FY7 A; 1XDO A; 2OLT A; 4OFZ A; 1XDP A; 3EI0 A; 3AEE A; 3LDQ B; 3NZP A; 1B7T A; 3HL6 A; 3RHW A; 3RGL A; 2IC6 A; 2EHO C; 3AE5 A; 3N2G E; 3BQI A; 4U2Y A; 2Q9Q B; 4IT4 A; 3AED A; 1YKE B; 2MYS A; 3ZC1 A; 3N9P A; 2E8I A; 2V7K A; 4PK4 A; 1YW0 A; 4ZHQ E; 2A72 A; 1UUR A; 4KMC A; 4B3M T; 2FBW A; 4L9I A; 5CA0 E; 3CX8 B; 3SWH A; 3AA6 B; 2D2S A; 4KBM B; 2W0G A; 3AEC A; 2B76 A; 4A56 A; 3H37 A; 2IUB A; 4F8H A; 2NWB A; 2IML A; 5FY1 A; 4C90 A; 2KLQ A; 2ZM6 T; 2ZMA A; 3MZK B; 4P0A A; 3OJA A; 2BS4 A; 3EDV A; 2VQE T; 4UR9 A; 4DVD A; 5J0Z A; 2DWG A; 4LF6 T; 5CA1 E; 3NBX X; 3ZLI A; 2X67 A; 3T1H T; 2NP9 A; 4H9O C; 1HNZ T; 4EB6 E; 1NWM X; 2YU2 A; 4B3R T; 1AJ3 A; 2YK0 A; 2LLY A; 2XQY A; 2MPK A; 3O1I A; 5AQO B; 2JQK A; 2ODV A; 2K5B B; 3AE3 A; 2OA5 A; 3JC6 C; 3VR9 A; 1I6Z A; 3UUL A; 3UQ7 A; 2XTL A; 5J1G A; 3ZYL A; 1D0Y A; 3KV4 A; 3O9X A; 4WBO A; 5C2T A; 2CBI A; 3FZM B; 4CXX A; 4JUY A; 4LMK A; 4DUZ T; 2GK9 A; 5FMN A; 3ZMS B; 3AVS A; 2LSJ A; 2FJD A; 3PUS A; 5LG3 A; 2UXD T; 5FNV E; 2I6H A; 3HKE E; 4ERR A; 1MIW A; 3QB5 K; 2W2U A; 3IEE A; 3PU8 A; 3IHR A; 1E7P A; 1J5W A; 3C51 A; 5IUX A; 1R8I A; 3VRB A; 3RRC A; 4YFS A; 4HWF A; 2BG9 A; 4Z91 A; 2W00 A; 3AE1 A; 1UGO A; 5LNK A; 3OBV E; 5DAB A; 2C5K T; 4U7Y A; 4HKA A; 3CVR A; 5LP6 E; 4PJN A; 4YSY A; 4G63 A; 4NUU A; 4CXY A; 4H9R C; 3UU3 A; 2WWU A; 5DQV A; 1YKH B; 4ZI3 C; 4UF0 A; 4FJO A; 2E9X D; 1HTJ F; 2WZH A; 4DMV A; 2RP4 A; 2NW7 A; 2Y8D A; 3GN5 A; 2QA7 A; 3N5L A; 2V7I A; 2YIN A; 3RRW A; 3FZH B; 4HN9 A; 1XWM A; 4A97 A; 2XQ6 A; 4Z90 A; 2JIW A; 1WRD A; 2CLY B; 2XSB A; 1XNR T; 2V5C A; 1MIY A; 1UK5 A; 3N9O A; 4U74 A; 5CGM A; 3KBT A; 3QUJ A; 2YOE A; 1CUN A; 5AQG B; 5HEG A; 1HG5 A; 1IJ6 A; 1Y01 A; 2M67 A; 5JR9 B; 5ABF A; 1WYB A; 2NTX A; 3AE2 A; 4GOU A; 4GK5 E; 4I50 E; 4YT0 A; 1FEW A; 3AE7 A; 5LJN A; 3Q5W A; 3N2O A; 2XQ9 A; 4JYA T; 3W15 B; 1CHU A; 4DR7 T; 5L3D B; 4JI8 T; 2CCQ A; 1W0B A; 1WFD A; 4QX7 B; 2Q9Q C; 3AXJ A; 1G8X A; 3RQW A; 4EGW A; 2JRK A; 3KVA A; 4U31 A; 3QC9 A; 2J47 A; 2YEV C; 2UXC T; 2BG9 B; 4YSX A; 1NEK A; 1W0A A; 3CX6 B; 5ETW A; 1Z8U A; 3K3N A; 3NKZ A; 3J7Y q; 2W67 A; 4X65 T; 1YXR A; 3P4S A; 3EAB A; 5FXZ A; 4O2A E; 4IE0 A; 3UQ4 A; 5FL0 A; 5AQL B; 1HNW T; 2XQ7 A; 4JI5 T; 5LJM A; 4UF0 B; 3UU6 A; 4UEL A; 3MA9 A; 2K48 A; 4Q25 A; 3B57 A; 2J1D G; 3GN5 B; 3SFD A; 4ILA A; 1T72 A; 2XJ7 A; 3ZMZ B; 1D1B A; 3AE8 A; 3C50 A; 5LBQ B; 2ZM8 A; 1OED A; 4X5T A; 1BR2 A; 3P4Q A; 2X0Y A; 5HYA A; 3AEF A; 3ZYK A; 3HKC E; 3RI5 A; 5A1L A; 1U5P A; 4CI2 B; 2N2N A; 2YDR A; 4IDN A; 3N9Q A; 4LFA T; 2D9D A; 1FIO A; 4EYY R; 2OV9 A; 2IIU A; 4UIG A; 2LRL A; 3AE6 A; 1ZHC A; 3I0O A; 4CI1 B; 2UUC T; 2CBJ A; 3V5U A; 2QYW A; 2L3L A; 4DV0 T; 1ZKE A; 4DR4 T; 3DP7 A; 4O4I E; 4ZI7 E; 3R6N A; 4JI2 T; 1HG2 A; 3KIN B; 5LBM A; 4ISS A; 1HR0 T; 5FVK A; 3AXJ B; 2VVN A; 4QH1 A; 4LFC T; 3EAM A; 4DR5 T; 2E9X B; 2LJL A; 1UX4 A; 4DV6 T; 4DUY T; 5HXR A; 4COF A; 4I43 B; 2HPL A; 4JLE A; 4IRE A; 3K3Q C; 4AQY T; 2JQ9 A; 3RKO A; 3ZC0 A; 4KX6 A; 3LBX B; 5EK3 A; 3OYZ A; 4H9S E; 2X9H A; 4HFD A; 3ZKR A; 4YTN A; 2YN6 A; 4X64 T; 4C91 A; 1IAP A; 2X51 A; 1QSD A; 2V5D A; 4LF8 T; 4HFV A; 4CXW A; 2CLY C; 3JAE A; 4I0U A; 3B5M A; 4UV8 B; 3A5X A; 3ZMT B; 2V7L A; 1KNP A; 2H3R A; 3KFW X; 3TLU A; 4F6R C; 3HI2 A; 4KHP T; 3C4W A; 2D5U A; 4B3T T; 3RIA A; 1IBL T; 5JRC A; 1QLB A; 4P0B A; 4OYJ A; 2WS3 A; 3FXE B; 2CMR A; 4B6X A; 5HXC A; 3DJB A; 3PJA J; 3Q2M A; 4ADZ A; 5EK2 A; 3PUR A; 2BG9 E; 2W61 A; 3ETV A; 5DQW A; 1Z0P A; 5JQG E; 5JVD E; 3CWZ B; 4NIQ A; 5L3C B; 2VAS A; 2W63 A; 2PTF A; 4PW8 A; 1IBM T; 2KWH A; 2QGS A; 2LKG A; 3T1Y T; 3R84 B; 2LT3 A; 5L3E B; 5L3G B; 4Z8X A; 2BG9 C; 1IZN B; 1L0V A; 4H9N C; 1M7K A; 4M1P A; 4DR1 T; 3NZQ A; 2X9W A; 5H6R B; 3ZT7 A; 3C4Z A; 3KBU A; 3LG7 A; 4HTE A; 4TV9 E; 3ZMV B; 4DBQ A; 4PJM A; 2VB6 A; 4IGU A; 5FYM A; 5HCM A; 2C0S A; 5F3J A; 4QH4 A; 2WY2 A; 3KV5 A; 3ETU A; 4U33 A; 1N32 T; 2KT9 A; 4X1I E; 3LK3 B; 1SUM B; 5H6Q B; 3P4W A; 2J4G A; 4JV5 T; 2XUE A; 2B1E A; 2IAK A; 2VKD A; 2WU5 A; 3CQX C; 1BR1 A; 3RPU A; 4TWH A; 3P7I A; 3FXD B; 4BJN A; 4DMW A; 4HFC A; 2XAS B; 4X1K E; 1IBK T; 2XAH B; 3GA8 A; 4WZX A; 1HS7 A; 3O1J A; 4X1Y E; 2WQY A; 3RIU A; 4IL9 A; 5JRC B; 4MLK A; 5HXS A; 2CXF A; 2CHN A; 5LXT E; 4ZS3 A; 5HEU A; 5BMV E; 5C3J A; 2BVL A; 2LSY A; 4PK6 A; 4KI0 F; 2VL0 A; 3F2E A; 4GIW A; 2CRB A; 2E9X C; 4DV7 T; 1IJ5 A; 4YJ3 E; 1EZ3 A; 4O4J E; 1N34 T; 4U7I A; 3ZSS A; 3PUA A; 4ZEY A; 3SS1 A; 2NTY A; 3HKD E; 3U3I A; 2PJQ A; 1N36 T; 2CE7 A; 3RF1 A; 5AQS B; 3TLT A; 5AQV B; 4NXN T; 5AQN B; 5HXH A; 4BAY B; 3ZPO A; 4DV4 T; 2BBH A; 5HAX A; 1SHZ C; 2RA1 A; 5JDM A; 5AQM B; 2JMK A; 2XAG B; 3AE4 A; 3ANW A; 1OED E; 2UUA T; 3IA3 A; 4TUY E; 2CWY A; 3WAJ A; 5JDL A; 4AKH A; 2H7O A; 4TNV A; 3NWI A; 4TNW A; 4NUV A; 2X68 A; 4PAG A; 1OXZ A; 4DND A; 4AKR B; 1OED C; 3SOL A; 3OKQ A; 4ZZB A; 3NRY A; 2YDS A; 2Z6E A; 1LRZ A; 5AQI B; 4LF5 T; 5F5W A; 2J62 A; 4EV6 A; 5AQF B; 2XZE A; 3TLW A; 4BA9 A; 4CN1 A; 1BR4 A; 3N2K E; 4X66 T; 2K9A A; 3P4R A; 2NW8 A; 3ZT6 A; 2UXX B; 2DWK A; 2DI4 A; 4ZI2 D; 2DNX A; 5E0O A; 2V8S V; 3AEB A; 4EYU A; 1HNX T; 4KP3 C; 4DV3 T; 2DL1 A; 4JEH B; 2ZM0 A; 4TWD A; 4FI5 A; 3RH3 A; 3AB3 B; 4G2A A; 5JDF A; 2HN1 A; 2NR4 A; 3ZN0 B; 3ONL C; 1WCR A; 3EUH A; 4YSZ A; 3M3Z B; 2PG8 A; 2XAJ B; 4YHH T; 4PJJ A; 5LGN B; 1FMW A; 4IDP A; 4IDZ A; 1H7C A; 1XMQ T; 3L39 A; 2WM9 A; 4MFR A; 2MOZ A; 1VCS A; 3FZK B; 4PJL A; 2UU9 T; 2N9D A; 4JI7 T; 4A98 A; 3CQG B; 3C98 B; 4TX5 A; 4IE5 A; 2BKN A; 2XHE B; 4QH5 A; 4DV5 T; 3UFG A; 3I9W A; 4AQG A; 4AQF A; 4YLH A; 4JI1 T; 2PFV A; 2F4V T; 2VKH A; 2LSI A; 1T7S A; 3AA7 B; 1HX1 B; 5JDH A; 1Y64 B; 5L4E A; 5FL1 A; 1HX8 A; 2FUP A; 4IDO A; 4O4H E; 3N9L A; 3FZL B; 3RYH E; 4LF7 T; 4OYK A; 4AKG A; 3LK4 2; 1MMG A; 4WW0 A; 2X0L B; 3PUX F; 3Q5E A; 5IWA T; 1UCU A; 4YTP A; 4ANJ A; 3G06 A; 4K0U A; 4LML A; 3TKL B; 1ZEE A; 5L3B B; 3Q9D A; 3Q5D A; 4ILU A; 3E08 A; 1WLX A; 4E7Z A; 5AQU B; 1SE7 A; 3ZN1 B; 4ZZC A; 4UVC B; 2LOP A; 2JPF A; 3K3O A; 3PUQ A; 2G0U A; 2NW9 A; 4DR3 T; 4XZC A; 5JDG A; 4HFE A; 1X79 A; 3MAC A; 2LHR A; 1XNQ T; 1I94 T; 2WDQ A; 5C8Y E; 3CQC B; 5ABG A; 2NOX A; 3FBZ A; 4X62 T; 2ACX A; 2YKS A; 4QXH B; 2N1G A; 2WMO A; 1MNE A; 2FJE A; 1W09 A; 3OTO T; 3E22 E; 3MK7 C; 5ABF B; 3TLV A; 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