The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
218
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structure length |
217
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Chain Sequence |
ELQLRWQEYRELVLLLLQWMRHHTAAFEERFPSSFEEIEILWSQFLKFKEMELPAKEADKNRSKGIYQSLEGAVQAGQLKVPPGYHPLDVEKEWGKLHVAILEREKQLRSEFERLECLQRIVTKLQMEAGLCEEQLNQADALLQSDVRLLAAGKVPQRAGEVERDLDKADSMIRLLFNDVQTLKDGRHPQGEQMYRRVYRLHKRLVAIRTEYNLRLK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of a tandem pair of spectrin repeats of plectin reveals a modular organization of the plakin domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Plectin 1
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| total genus |
102
|
| structure length |
217
|
| sequence length |
218
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-12-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PE0 A; 3UUL A; 1OWA A; 2ODV A; 3F31 A; 1CUN A; 1AJ3 A; 1HCI A; 3LBX A; 1U4Q A; 3UUM A; 3EDV A; 1U5P A; 2SPC A; 2ODU A; 1WLX A; 3LBX B; 1S35 A; 3UUN A; 1QUU A; 3FB2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HNX T; 2NWB A; 2Z6E A; 1MNE A; 4OK0 A; 4X66 T; 4KI0 F; 2QRX A; 5DJQ C; 3Q5W A; 3AA7 B; 4LMJ A; 4E7S A; 3P50 A; 3PU3 A; 5FXW A; 4U7Y A; 2KIN B; 2WMN A; 5FXX A; 2XUE A; 2ZMA A; 2X0H A; 2XQY A; 3ZJ2 A; 1XMQ T; 3ZCJ A; 4IST A; 2E9X C; 4XBF B; 3AEE A; 2DI4 A; 2LHN A; 2D0U A; 4KHP T; 3AE6 A; 5HXR A; 3JC6 C; 2XJ7 A; 3TLV A; 1SA0 E; 2E9X A; 5LP6 E; 1OED E; 3TLS A; 4IDQ A; 4IE7 A; 3QB5 K; 1JNR A; 3GN5 A; 4EB6 E; 4IDN A; 4DV5 T; 5JDF A; 4XZC A; 4DV4 T; 2DL1 A; 5KDM C; 2V7K A; 2D5U A; 4U2Z A; 2DCF A; 4LF8 T; 2RPA A; 1D1B A; 3N2K E; 4YLH A; 1MIY A; 5L47 A; 2XM1 A; 1W0B A; 2BG9 E; 3ETV A; 2QGS A; 2UUB T; 1ZOY A; 4ILB A; 4PK5 A; 2X9X A; 2V7J A; 5LGT B; 5L3F B; 2VL0 A; 1ZKE A; 4JUY A; 5CA0 E; 3Q2M A; 3PV0 F; 3I9W A; 4X5T A; 2CRB A; 5AQT B; 2W62 A; 5JRC A; 2Y8D A; 3F2E A; 4X1I E; 2NW8 A; 3MK7 C; 4JBW F; 4G2A A; 1N33 T; 2UXX B; 3WAK A; 1BR1 A; 4AQF C; 4DBR A; 4ASK A; 1G73 A; 4ZHQ E; 2D0T A; 1JNZ A; 5HAX A; 4AQF A; 3K8P C; 2J47 A; 2WZI A; 2CPT A; 4UF0 A; 3FZM B; 3FXD B; 5IHY A; 1XDO A; 1HX1 B; 2AXD S; 2V26 A; 4QX8 B; 1HTJ F; 2NOX A; 3PUQ A; 5HXS A; 2XM2 A; 3ZCI A; 4EOZ B; 2YOE A; 3HA4 A; 3PU8 A; 3ZMZ B; 3ABV A; 2IML A; 2WZH A; 2HN1 A; 4ZZB A; 1D1A A; 3CQX C; 4IIJ E; 3RQU A; 5FMN A; 3QOF A; 3EHZ A; 2WP9 A; 4NXM T; 1LVK A; 4DO0 A; 1LVF A; 2LSG A; 2BKO A; 3ZYK A; 3QK6 A; 5AFU L; 2WWV A; 4KP3 C; 4HFC A; 3X1D A; 5ABE A; 2V8S V; 1MIV A; 4YJ3 E; 2PJQ A; 3SS1 A; 5JR9 B; 1E7P A; 4DMV A; 2VKO A; 2FJE A; 2ACX A; 3EDU A; 4DMW A; 2YIN A; 4LMK A; 4OHF A; 2Q9Q C; 1KNZ A; 3NZQ A; 4YSX A; 2IUB A; 4ZS3 A; 5HEO A; 3RQW A; 5F8P A; 3ZLI A; 4QWN B; 2BBH A; 2BVM A; 2X9H A; 2LM9 A; 1MMD A; 2H88 A; 2I0M A; 3K3N A; 5AQV B; 5CJ5 A; 4HWI B; 3L09 A; 2VAS A; 5IYZ E; 4DR1 T; 4U3C A; 4B6X A; 4BJN A; 2KXP B; 5M4Y A; 4OX9 T; 2KT9 A; 5LG4 A; 3QB5 A; 4YTN A; 1HNW T; 1U4Q A; 1BR0 A; 2BKN A; 4OFZ A; 5JH7 E; 4K0K T; 2PBI A; 4Z90 A; 4JEH B; 3ZN1 B; 2VVS A; 4LF5 T; 3MZK B; 5HXH A; 2X51 A; 4UEL A; 4IGU A; 5LA6 E; 3MXZ A; 5LGN B; 5LOV E; 3RKO A; 3SRZ A; 2KZ7 B; 3AE7 A; 2Y6X A; 1ZHC A; 2VB6 A; 3PUX F; 4COF A; 4I0U A; 5LXT E; 1IBK T; 2FJB A; 4HWH A; 5HXC A; 3RYC E; 4UVC B; 1KNP A; 3ONJ A; 2E5L T; 4H9R C; 2JIW A; 4TZ4 C; 2YDS A; 4DUY T; 3HKC E; 2FUP A; 4LFC T; 3CX8 B; 5JVD E; 1XWM A; 3Q9D A; 2JQH A; 1H7C A; 1YD8 G; 5L4E A; 3UUL A; 3KV6 A; 2LOP A; 2ODV A; 2ZM0 A; 3MAC A; 3RPU A; 4HGA A; 2ODU A; 2BZB A; 1IBM T; 4DND A; 5DAB A; 4JLE A; 2H7V C; 3CPZ A; 3N9M A; 5ABH A; 4PFP A; 5FVL A; 5AQQ B; 2K9A A; 2DLR A; 3P8C D; 3RRW A; 3T1H T; 2CBI A; 3AE8 A; 2JPF A; 2C5J A; 4FI5 A; 1X79 A; 3KV4 A; 4E7Z A; 5H6Q B; 2HHH T; 3JAF A; 4FJO A; 5JR9 C; 3UUX B; 4I4T E; 3C64 A; 4B3R T; 3BQK A; 2WSS V; 1L0V A; 5JR9 A; 4YHH T; 2PFV A; 2UXC T; 4ZI2 C; 2X0L B; 3UQ7 A; 3FZL B; 1YQ4 A; 2VK9 A; 2W67 A; 4MLK A; 1VCS A; 3M3Z B; 2X68 A; 5AQP B; 3SWH A; 2CHO A; 3JC6 D; 3AEC A; 4YXD A; 1XZY A; 4P0B A; 2CEA A; 2BG9 B; 4UV8 B; 5L2L A; 4NUU A; 5C8Y E; 3RYH E; 3EUH A; 3QNU A; 4QXB B; 1FIO A; 3PUY F; 4KMC A; 2E5V A; 3PUR A; 3O1J A; 4KBM B; 2BS3 A; 2NTY A; 3H3A A; 5FNV E; 3JCF A; 4CN1 A; 2A2F X; 2W0G A; 2Y48 B; 5FY0 A; 3CIR A; 4PJM A; 5AQS B; 4TV8 E; 3KV5 A; 4HKA A; 3RIF A; 4GYS A; 4O2A E; 2MYS A; 3DP7 A; 4HWF A; 5ADX L; 3ETU A; 4HFI A; 4JI4 T; 5FY7 A; 4EYY R; 2XAG B; 5AQG B; 1T7S A; 2UXN B; 5AQK B; 2V7I A; 5AQM B; 2CLY C; 4AQY T; 4TV9 E; 2VKD A; 2NW7 A; 3ANW B; 1IJ5 A; 5JDQ A; 3GA8 A; 4A5X A; 5EK2 A; 4AKR B; 2L9Q A; 4GKK T; 3OKQ A; 2B1E A; 4AKH A; 4ANJ A; 3AE9 A; 1LKX A; 5AQN B; 3CX6 B; 2WU2 A; 4IHJ E; 3AEF A; 1FMW A; 3LK3 B; 1YKH B; 4YY3 T; 1UX5 A; 2L3L A; 4MHC A; 1DU2 A; 2XQ7 A; 3R6N A; 3AA1 B; 4PK4 A; 4DV6 T; 3ZSS A; 3B13 A; 3AAA B; 4TNW A; 1XNQ T; 4Q25 A; 1KNR A; 3NKZ A; 5J2T E; 2EHO D; 5J1G A; 2AE9 A; 3NRY A; 4AIU A; 4HEA A; 4DR7 T; 3I9Y A; 1HX8 A; 2PTF A; 3PUS A; 1SHZ C; 3OJA A; 2XAJ B; 2H7O A; 4X64 T; 4TNV A; 3CQC B; 4EGW A; 5HYA A; 1HFA A; 2LHR A; 2VVN A; 4I43 B; 5DQV A; 2JQQ A; 2A9U A; 4PNI A; 1OXZ A; 2IHR 1; 2BVL A; 4O4H E; 2NR4 A; 4X62 T; 2IAK A; 4CN4 A; 2XY8 B; 2Q9Q D; 4U7I A; 3IA3 A; 3FB2 A; 3V5U A; 4PK6 A; 3WAJ A; 2UUC T; 5HXE A; 3ZT6 A; 1M62 A; 4A97 A; 2CWY A; 2QA7 A; 3AE5 A; 3NBX X; 3AVR A; 2JQK A; 4MAL A; 1NWM X; 1E1H B; 4DV0 T; 2RP4 A; 5HWY A; 3UUN A; 3HKB E; 3UU6 A; 3AE2 A; 2CWO A; 4ADZ A; 4QXH B; 4QXC B; 3ZMS B; 1Y01 A; 4OYJ A; 2ACZ A; 2YN6 A; 4LF6 T; 1W09 A; 4IE4 A; 4WZX A; 4CN6 A; 2LRL A; 4HFH A; 2CA5 A; 3KFW X; 5HEG A; 2WMO A; 5LGU B; 1QSD A; 1IAP A; 4IL4 A; 5L4H A; 4ISS A; 1YXR A; 4PJL A; 3IHR A; 2XQA A; 2CE7 A; 3D0T A; 5CGM A; 4PJJ A; 2WS3 A; 2XHE B; 3VKG A; 5AQH B; 1HF8 A; 5JTG A; 3K3Q C; 3KVA A; 4O2B E; 2W61 A; 1UX4 A; 2CXF A; 1D0X A; 4P1N A; 4CXW A; 2C0S A; 3ANW A; 1WR0 A; 3P7I A; 4IE5 A; 2CMR A; 1SE7 A; 3I1A A; 3PDY A; 5J0Z A; 4HFE A; 3KBT A; 2I6H A; 5TAO A; 1FEW A; 5CA1 E; 2YKS A; 4DR4 T; 1R8I A; 2LSY A; 3ZYM A; 3K3O A; 3N2O A; 4DV3 T; 3N9Q A; 4YHJ A; 5LG3 A; 4C90 A; 1HG2 A; 4H9P C; 3K1S A; 3WI3 A; 4HWD A; 4L9I A; 1Z8U A; 2V6Y B; 2KSR A; 3AAI A; 2CCQ A; 1GQE A; 2WWU A; 5GON E; 3IEE A; 4B3T T; 5F3J A; 2WY2 A; 5LHG B; 4LML A; 2KLQ A; 3AXJ B; 3GWH A; 3VRB A; 2YDR A; 5LBQ B; 5L3G B; 4WNK A; 5FXZ A; 1NEK A; 2B76 A; 3A8Y C; 2BS4 A; 3ZT7 A; 2K5B B; 5EK4 A; 4H9O C; 2FBW A; 4IL9 A; 2X66 A; 3S4U A; 1U5P A; 4ZI7 E; 2N1G A; 3Q5X A; 1IZN B; 2NTX A; 4Z91 A; 4EAH A; 4H63 H; 1CHU A; 3I0O A; 4MFR A; 2KWH A; 4NPP A; 2MPK A; 1NEN A; 2YEV C; 2I59 A; 2X67 A; 4IT4 A; 5EK3 A; 5H6R B; 4QX7 B; 4XAX B; 4V1A v; 3ZMV B; 3UT5 E; 3N5L A; 3RIU C; 3B57 A; 2NP9 A; 4X65 T; 3RGL A; 4KUM B; 4GYR A; 3JAD A; 3PUG A; 3RIU A; 4TWH A; 2MBG A; 2MOZ A; 3GMI A; 2KND A; 4PAG A; 2W66 A; 4HFV A; 4ZZC A; 5JQG E; 3PJA J; 2A3D A; 3AB3 B; 2M6I A; 2WDV A; 3UFE A; 2G0U A; 4QH1 A; 5A1L A; 1ZV4 X; 2LSK A; 3ZT5 A; 4LF4 T; 3LJC A; 2W63 A; 4DUZ T; 3HI2 A; 3AEG A; 5ABG A; 3UU3 A; 1O3X A; 1WFD A; 2KWI B; 4HWC A; 4YT0 A; 4I50 E; 2YDQ A; 4L5G A; 5LHI B; 3P4W A; 5J2U E; 3J9X 1; 2XQ5 A; 3RRC A; 3L39 A; 4EV6 A; 3HR0 A; 3AAE B; 2HN2 A; 5JDG A; 4O4J E; 5AQR B; 3L8R A; 3QUJ A; 2HH7 A; 5FP3 A; 2A72 A; 3AE1 A; 3PTR B; 3V5S A; 2LOS A; 2DWK A; 4U74 A; 2UXD T; 5AQJ B; 4YSZ A; 1LRZ A; 4X20 E; 2R6G F; 3KBU A; 5HEH A; 1OED B; 5ABF B; 4JYA T; 1VOM A; 3RYF E; 3LG7 A; 3U78 A; 1KK7 A; 3UU5 A; 2VQF T; 2X9Y A; 2XZE A; 2BS2 A; 3N9N A; 5FKY A; 3B5M A; 4EEB A; 4HFB A; 2X0Y A; 3PJA A; 4DR3 T; 3SFD A; 5F5W A; 2V6Y A; 2XAQ B; 3CWZ B; 1MMG A; 4JI5 T; 2V6X A; 1KF6 A; 3BQI A; 2E9X D; 2H89 A; 1SUM B; 2LRK A; 3N9P A; 2LLY A; 3TKL B; 3EAM A; 4ILU A; 2ES0 A; 1US7 B; 4NIQ A; 3F31 A; 2J62 A; 2WB5 A; 5AQO B; 3AXJ A; 1VRB A; 3OTO T; 4IDO A; 4IRE A; 4ZI3 C; 4J2C A; 4EXT A; 3EI0 A; 5CFB A; 3CK6 A; 2MAW A; 4AXP A; 4ZOL E; 3ZC1 A; 3AE4 A; 3CX7 B; 4U2Y A; 2HPJ A; 4YSY A; 3T8O A; 3H3M A; 2WDR A; 3VKH A; 5C3J A; 3N9O A; 4CXX A; 1KFY A; 1N34 T; 4ZXL A; 1HCI A; 4DVD A; 4O4I E; 4DV2 T; 3FZH B; 3KV9 A; 4GKJ T; 4AI6 A; 4LFB T; 2K48 A; 3VU7 H; 2ZM8 A; 4TX5 A; 4GOU A; 1CUN A; 3OBV E; 3AEB A; 1MMA A; 4U33 A; 4I55 E; 4PFO A; 3UU4 A; 4IDP A; 5LBM A; 2OV9 A; 2M67 A; 2YU2 A; 3C4W A; 3P4Q A; 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