The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
77
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structure length |
77
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Chain Sequence |
SDHMTMSLQMIVENVKLAREYALLGNYDSAMVYYQGVLDQMNKYLYSVKDTHLRQKWQQVWQEINVEAKQVKDIMKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A common substrate recognition mode conserved between katanin P60 and VPS4 governs microtubule severing and membrane skeleton reorganization
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
|
| total genus |
25
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| structure length |
77
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| sequence length |
77
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| ec nomenclature |
ec
5.6.1.1: Microtubule-severing ATPase. |
| pdb deposition date | 2008-05-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Hypothetical protein 1500032h18. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CJ5 A; 2XZE A; 2V6X A; 4A5X A; 2LRK A; 2A9U A; 2JQ9 A; 4NIQ A; 1YXR A; 4U2Y A; 3EAB A; 3ZT7 A; 4U3C A; 2K3W A; 2JQH A; 2WWV A; 1WCR A; 4CN6 A; 3ZSS A; 4U2Z A; 4IT4 A; 4U31 A; 1WFD A; 5FVK A; 4U7I A; 4ZEY A; 2JQK A; 4CN4 A; 3ZT6 A; 2WY2 A; 3ZT5 A; 3ZST A; 2W2U A; 2V6Y A; 1WR0 A; 4CN1 A; 3K1S A; 5FVL A; 4U33 A; 2LRL A; 2DL1 A; 2CRB A; 5LB7 B; 2CPT A; 2MPK A; 5CGM A; 4U7Y A; 2RPA A; 4WZX A; 4P1N A; 2V6Y B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IJ5 A; 4WNK A; 4XAX B; 3VKG A; 3P4S A; 2JQ9 A; 4L9I A; 5ABF B; 4DND A; 2XAG B; 5IYZ E; 2FBW A; 4ZEY A; 4LFB T; 3CVR A; 3ZST A; 5J2U E; 3RX6 A; 3C4X A; 4FI5 A; 1Y01 A; 2DCF A; 1W9R A; 3PUA A; 1BR0 A; 4YHH T; 5HEH A; 4A97 A; 3MXZ A; 2VUR A; 5DAB A; 4UEL A; 2H88 A; 1XDO A; 2JPF A; 5CA1 E; 2XAH B; 2UXD T; 2NW9 A; 4NPP A; 4DBR A; 1NEN A; 2BG9 C; 3LFM A; 4GK5 E; 2X67 A; 3K3O A; 3IHR A; 4YSZ A; 2P9B A; 1EZ3 A; 3ONL C; 2XAJ B; 4IDQ A; 2Z6E A; 4TX5 A; 2LSK A; 1JNR A; 3RI5 A; 3OKQ A; 4LML A; 3UFG A; 4XZC A; 4JYA T; 3RIA A; 2NTX A; 3ZKR A; 3ETV A; 1D0Y A; 2V8S V; 3CQX C; 2L3L A; 4QXC B; 2XQ3 A; 4WW0 A; 3KV4 A; 3CIR A; 3PU8 A; 4X65 T; 4Z91 A; 4HFC A; 3OJA A; 3RYH E; 4JI2 T; 3ZEF B; 5HXS A; 4GK0 E; 3UUM A; 5FY1 A; 2LSJ A; 2E5L T; 1IZN B; 3FBL A; 3FXE B; 3H37 A; 5CFB A; 4IE7 A; 4TN7 B; 3C51 A; 5ABG A; 4HFH A; 2XQY A; 5LHH B; 5AQS B; 2QGS A; 4LFA T; 3SFE A; 3N9N A; 4YTP A; 2LLY A; 2ACZ A; 5LXT E; 5JRE A; 3F2E A; 1I94 T; 2C5I T; 2WU5 A; 3GA8 A; 1XDP A; 2FJD A; 2W63 A; 3HKD E; 3UU5 A; 5HCM A; 2CXD A; 3RC8 A; 1D1C A; 4WZX A; 1Z8U A; 4X5T A; 4ANJ A; 4O2B E; 4OYK A; 2CA5 A; 4ILA A; 5AQR B; 2CLY B; 2FJB A; 2X9X A; 2V7L A; 2YKS A; 4AKH A; 2X0Y A; 3ESL A; 5L4E A; 2ZM0 A; 3UFE A; 3RKO A; 2WDV A; 3KBU A; 3VKH A; 2JIW A; 4K0U A; 2ZM8 A; 4DV7 T; 3C98 B; 4PJN A; 3X1D A; 2LOP A; 4UVC B; 3E08 A; 2OLT A; 3F57 A; 1J5E T; 3HKB E; 4X66 T; 5LG4 A; 4ISS A; 2D0U A; 4IL9 A; 2E9X D; 1LVK A; 2LKH A; 3UQ4 A; 2H7V C; 2WWU A; 4ZZC A; 3RH3 A; 2JQH A; 3FZH B; 3B5M A; 3AAI A; 2L9Q A; 4AKG A; 4HWF A; 4CQI A; 3FZK B; 2FUP A; 4EZ4 A; 5HWX A; 1HF8 A; 4ZZB A; 2J4G A; 2LT3 A; 2K5B B; 3J7Y q; 2FJE A; 3N9Q A; 5HXC A; 2CLY C; 3GWH A; 2LHN A; 2I59 A; 3L39 A; 3AEC A; 4ILB A; 4PJM A; 1N33 T; 4HFV A; 2JJ9 A; 3Q5X A; 1VCS A; 4TNV A; 1HG5 A; 3KVB A; 2LEH A; 5E0O A; 4QHO A; 2YDR A; 1OED A; 2VB6 A; 2CPT A; 2MPK A; 3L3P A; 3EI0 A; 2HHH T; 5JR9 B; 3S4U A; 4JBW F; 4CZZ B; 2BKO A; 2YOE A; 1KF6 A; 3DP7 A; 4HFD A; 2KIN B; 1YKE B; 4EGW A; 5LOV E; 5CB4 E; 3ZMZ B; 4CN4 A; 4B3S T; 2QYW A; 4IDZ A; 3VRB A; 1T7S A; 2BKP A; 3P7I A; 1J1J A; 4CXX A; 3SS1 A; 4HWI B; 4J2C A; 2UUB T; 1QSD A; 5LG3 A; 1N32 T; 1Y64 B; 3AE3 A; 1SA0 E; 3ANW A; 4TV9 E; 3GN5 A; 1CHU A; 1BR1 A; 5LP6 E; 1UX4 A; 4P0A A; 3L09 A; 3AA7 B; 5LHI B; 5F8P A; 2BVL A; 5JH7 E; 2N9D A; 1HNZ T; 1UUS A; 3KIN B; 3VR8 A; 2KND A; 4U72 A; 4F6R C; 5EZY E; 2JQK A; 4V1A v; 4PK6 A; 4UVA B; 3ZJ2 A; 1HR0 T; 3Q5E A; 4YTN A; 3ZMU B; 3IEE A; 1FJG T; 3T1H T; 5JR9 C; 4I0U A; 4U3C A; 5JRC B; 4C91 A; 4YJ2 E; 1HX1 B; 2JMK A; 4DUZ T; 3ZT6 A; 4CI2 B; 5AQO B; 5LGN B; 2ZLY A; 2KWH A; 2V26 A; 5KX5 E; 4OX9 T; 2LM2 A; 3EDU A; 1NEK A; 4A98 A; 2F4V T; 5LHG B; 4L0R A; 4LMJ A; 4K0K T; 2K48 A; 4LF4 T; 2E9X B; 4ZOL E; 5LMU T; 3A7M A; 5EK3 A; 5HEG A; 4AQG A; 1OED E; 4HWH A; 2NTY A; 4AKI A; 5L3E B; 4GYR A; 3PJA A; 4B6X A; 3NZQ A; 3FXD B; 4UEM A; 4IT4 A; 1BR4 A; 4O4L E; 2WQY A; 2LKG A; 3V5S A; 1LVF A; 1SE7 A; 2BG9 E; 2B76 A; 4KUM B; 2R6G F; 2XQA A; 4GKJ T; 3Q2M A; 4PW8 A; 2M6I A; 3PUZ F; 1B7T A; 4O8S A; 4YTM A; 2KXP B; 3DJB A; 5FVL A; 3CML A; 4PAG A; 2BS2 A; 4IE5 A; 2LM9 A; 1HG2 A; 2K9A A; 4ERR A; 3AEA A; 2HN2 A; 1N36 T; 2DWG A; 4DMW A; 2E9X C; 5AQP B; 1ZHC A; 1J5W A; 2CRB A; 5AFU L; 4AIU A; 3F31 A; 3ONJ A; 2LRK A; 5DJQ C; 4DR5 T; 4KMC A; 5H6R B; 4PK4 A; 3ZLI A; 1WFD A; 4HFB A; 1OWA A; 3ZC0 A; 4UF0 B; 3QNU A; 4MFR A; 4EZH A; 4BA9 A; 1FEW A; 3T1Y T; 5TAO A; 1D0Z A; 3EUH A; 4JLE A; 2IUB A; 1HNW T; 2CCQ A; 4CXY A; 2XQ9 A; 4KHZ F; 4N78 D; 4IE0 A; 5CGM A; 4GIW A; 3KFW X; 3FZM B; 3R84 B; 2DHR A; 4UR9 A; 3RIU A; 2E8I A; 2MAW A; 3I0O A; 4ADZ A; 1ZV4 X; 3RYF E; 5EK2 A; 2ZM6 T; 3AE7 A; 2VKJ A; 4DR6 T; 2IHR 1; 4TWH A; 4PFP A; 1HNX T; 3MAC A; 5AQI B; 2HPL A; 3MKD A; 4TV8 E; 3AE4 A; 3G06 A; 3AB3 B; 3N2G E; 2BS3 A; 4HGA A; 1E7P A; 2XZE A; 3RQW A; 3C4W A; 2XJ7 A; 3LK3 B; 3CQG B; 3LSV A; 2V7I A; 2XQ5 A; 5FMN A; 4P09 A; 3Q9D A; 3UUX B; 4H9Q C; 1M7K A; 5JDG A; 3OPC A; 3NVO A; 4EV6 A; 5J0Z A; 4BAY B; 5FL0 A; 5HEO A; 2N2N A; 1ZKE A; 1E2A A; 3QK6 A; 2XY8 B; 1WLX A; 3RPU A; 2WU2 A; 2BS4 A; 3DTO A; 3PDY A; 2PJQ A; 1LRZ A; 4U2Z A; 4IST A; 3KV9 A; 3ZT5 A; 4DUY T; 1KK7 A; 5ABE A; 3RC3 A; 2YDQ A; 2IIU A; 1MIV A; 4H9O C; 1W0B A; 4KHP T; 3HKC E; 2Q9Q D; 4X1K E; 1X79 A; 3JC6 D; 3RLF F; 1YW0 A; 4DV6 T; 1JNZ A; 4DR2 T; 4CN1 A; 3WI3 A; 5LB7 B; 3AVS A; 5JRC A; 4YXD A; 3CX7 B; 4ILU A; 3EVY A; 4QX7 B; 1V9D A; 4CN6 A; 1ZOY A; 5J2T E; 2NOX A; 5L2L A; 3N2O A; 5FP3 A; 2KSR A; 3AXJ B; 3ZMS B; 2V7J A; 4IDN A; 1UUR A; 2X66 A; 4UXN B; 4H9S E; 5FL1 A; 2WSS V; 2E9X A; 3NRX A; 1XWM A; 3MA9 A; 5LA6 E; 2XQ4 A; 5FVK A; 3LDQ B; 2X68 A; 2CXF A; 4UIG A; 4OK0 A; 3Q5W A; 3LBX B; 5LGU B; 3P4Q A; 2CXL A; 1YD8 G; 2JMH A; 3ZYM A; 5A1L A; 4O2A E; 2XPK A; 2EHO C; 3UTK A; 1KNR A; 3CWZ B; 3D0T A; 1FMW A; 2XHE B; 4JI0 T; 4H63 H; 2W67 A; 4BJN A; 2WCA A; 2H3R A; 5BR8 T; 4LF5 T; 2YIN A; 5JDM A; 4AKR B; 3KVA A; 5ADX L; 4DR4 T; 3TKL B; 4JEH B; 3ZCJ A; 3AE6 A; 1SHZ C; 5FXW A; 2QVA A; 2KMF A; 4B3R T; 3P4R A; 3HKE E; 3AED A; 3IF8 B; 4O4J E; 4DV1 T; 4AQF C; 5AQL B; 2VWA A; 2J1D G; 3HR0 A; 1QUU A; 4IGU A; 4LF7 T; 1IBL T; 3EHZ A; 3TLW A; 3U3I A; 5C8Y E; 3PE0 A; 2X9Y A; 1ZP0 A; 2YDS A; 3BQK A; 2XAS B; 3SOL A; 3O9X A; 3VHL A; 4JEU B; 4JI7 T; 4PJJ A; 3SRZ A; 3O4X E; 4U2Y A; 3UUL A; 4CXW A; 3PUW F; 2KT9 A; 3UU6 A; 4UF0 A; 2BG9 A; 2JQQ A; 3RRW A; 2ZM2 A; 4GOU A; 4GKK T; 2VL8 A; 4TNW A; 3I9W A; 2QA7 A; 4X1Y E; 5H6Q B; 4O4I E; 3N9M A; 2G0U A; 4IDO A; 3M65 A; 3L8R A; 4ASK A; 2QRX A; 4HWD A; 2UXX B; 4TWF A; 3HI2 A; 5ABF A; 2Q9Q B; 3GMI A; 4LF9 T; 2CWO A; 1X9B A; 1HX8 A; 5JQG E; 4LMK A; 3I0Q A; 1HCI A; 2D2S A; 5DQW A; 3T8O A; 3UU4 A; 1UCU A; 2XAF B; 4B3M T; 5FY0 A; 1MMD A; 4DR3 T; 2OV9 A; 1G8X A; 3C50 A; 4HEA A; 5JDL A; 5HCJ A; 2YN6 A; 1MMN A; 3O1I A; 1M62 A; 2W0G A; 4ZI3 D; 3PUG A; 4IE4 A; 5AQH B; 3JAD A; 2LSY A; 4OHF A; 5CJ5 A; 1XZY A; 2ODU A; 2LSI A; 4WBO A; 3ZSS A; 4YFS A; 2WMN A; 5JDH A; 1T98 A; 3K3N A; 3AE9 A; 5F5W A; 5FNV E; 4DMV A; 3RHW A; 4X62 T; 4C90 A; 4EXT A; 2D9D A; 5AQK B; 1KFY A; 2NP9 A; 4H9R C; 3WAK A; 5LBM A; 4TZ4 C; 2MTQ A; 2FJA A; 2K24 A; 2E5V A; 4IRE A; 4I50 E; 3EAB A; 2Q9Q C; 3AEE A; 3JC6 C; 4YT0 A; 5LJN A; 3AE1 A; 3FZF B; 3K8P C; 2CM0 A; 5ABH A; 1SUM B; 5LBQ B; 3MJX A; 4KI0 F; 4JUY A; 1HFA A; 1UX5 A; 2XQ7 A; 4ZS3 A; 1YQ4 A; 4MLK A; 1UK5 A; 2J47 A; 1XNQ T; 1HS7 A; 1NAF A; 4I55 E; 1BR2 A; 2KLQ A; 5L3C B; 3AA0 B; 5LJM A; 2DNX A; 5IHY A; 1MNE A; 3U78 A; 3ZYK A; 2UUC T; 4DV2 T; 3ZN0 B; 3OTO T; 2A72 A; 2X51 A; 4U31 A; 4CI1 B; 2YU2 A; 2BDE A; 2EHO D; 3VR9 A; 1KNP A; 1NWM X; 3B57 A; 4DR1 T; 4E7Z A; 5FKY A; 1W09 A; 2A2F X; 1MND A; 2V6X A; 3V5U A; 3ZT7 A; 2A3D A; 3SWH A; 2BKN A; 3CPZ A; 5HYA A; 2LOS A; 4AQF A; 3CX8 B; 4X20 E; 1MMA A; 4JI1 T; 1IBK T; 3OYZ A; 3NWI A; 2IAK A; 1LKX A; 3ETU A; 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3R6N A; 2IDO B; 2MYS A; 5HWY A; 2Q9Q A; 4COF A; 2L8K A; 4MHC A; 4QH4 A; 1VCT A; 3BK9 A; 4DV4 T; 1MIY A; 3RKG A; 1XMO T; 4BJM A; 4EOZ B; 2EHO B; 1KEY A; 3AA1 B; 5CA0 E; 3AAA B; 2PG8 A; 3K3Q C; 3NBX X; 1G73 A; 2X9W A; 2WP9 A; 2BZB A; 3N9P A; 3ZMV B; 2V6Y B; 3M3Z B; 5KMG P; 2M67 A; 4GYS A; 2W00 A; 4H9N C; 2UXC T; 5IWA T; 2YK0 A; 2VKO A; 5L4H A; 3RRC A; 3W15 B; 1D1A A; 4ZXL A; 4HFI A; 4IHJ E; 2Y8D A; 4YLH A; 3OVU A; 3H3M A; 3RYC E; 3A5X A; 2XQ8 A; 3B13 A; 3JAF A; 4HKA A; 4Q25 A; 5JVD E; 5FY7 A; 3C4Z A; 4ZI7 E; 4ZHQ E; 5HEJ A; 3J9X 1; 5C2T A; 3VRA A; 4DV0 T; 4ZI2 D; 1OXZ A; 3CKD A; 4AI6 A; 3AEG A; 2C5K T; 3ZC1 A; 4HFE A; 4DVD A; 4U74 A; 4QXH B; 2WZI A; 2V1D B; 1MIW A; 3RF1 A; 2I6H A; 3PJA J; 2PTF A; 2KWI B; 4NUU A; 4H9P C; 1MMG A; 2XSB A; 5ETW A; 2BBJ A; 5KDM C; 2DI4 A; 4EED A; 5LMN T; 3AAE B; 5LGT B; 2DL1 A; 2E2A A; 4L5G A; 3KDS E; 4YJ3 E; 2NWB A; 5AQG B; 2AXD S; 2YU1 A; 4PJL A; 3ZPO A; 5IUX A; 2X0L B; 5FXZ A; 3OYX A; 3ABV A; 2VL0 A; 3PUX F; 3LK2 B; 2CHN A; 4U7I A; 2NW7 A; 2UU9 T; 2PBI A; 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