The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
166
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structure length |
152
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Chain Sequence |
DKIMSYNAFFWMWVHDMLIDSIKWRDEHGCNKKCICFQKWVEQKKTEWGKIKDHFRKQKDIPKDWTHDDFLQTLLMKDLLLEIIQDTYGDANEIKRIEALLEQAGVGGIDFAALAGLYTKGFVAEKDTTIDKLLQHEQKEADKCLKTHTDDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Cysteine-Rich Interdomain Region from the Highly Variable Plasmodium falciparum Erythrocyte Membrane Protein-1 Exhibits a Conserved Structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cd36-binding protein,cell adhesion
|
| source organism |
Plasmodium falciparum
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| molecule keywords |
PfEMP1 variant 2 of strain MC
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| total genus |
58
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| structure length |
152
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| sequence length |
166
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03011 | PFEMP | PFEMP DBL domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NUV A; 4NUU A; 4YFS A; 3BQI A; 2Y8D A; 3BQL A; 3C64 A; 3BQK A; 2WAU A; 3CPZ A; 3RRC A; 2YK0 A; 5F3J A; 3CML A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OV9 A; 5IYZ E; 3K1S A; 4CXW A; 2B76 A; 3AED A; 2V8S V; 4JI8 T; 3TLT A; 3VRB A; 3CML A; 4U74 A; 5LGT B; 3RYI E; 5J2U E; 4KHZ F; 4LFA T; 2WWU A; 1IZN B; 3RI5 A; 5BR8 T; 2BVL A; 4XBF B; 3F31 A; 4NXN T; 3RQW A; 4ZHQ E; 2X9W A; 4KHP T; 2H89 A; 3CKD A; 4EIW A; 4AQF C; 3JAE A; 4DVD A; 2JQK A; 4IT4 A; 3NRY A; 3FXD B; 2DHR A; 2QYW A; 4HWF A; 4I4T E; 3KBT A; 2M6B A; 3PUW F; 4O2A E; 4LF7 T; 3C98 B; 3OYX A; 4HFB A; 2XTL A; 2E2A A; 3IHR A; 3NRX A; 1D0Z A; 2XQY A; 3VR8 A; 2KZ7 B; 5LGU B; 3AEE A; 5FNV E; 1WR6 A; 3KFW X; 3E0Z A; 1IBL T; 2QGS A; 5HAX A; 3WAJ A; 3BK9 A; 3TLV A; 2ZM0 A; 2J4G A; 4DR3 T; 3HR0 A; 1MMD A; 5JDM A; 4QXB B; 1XNQ T; 1XZY A; 3PJA A; 3RPU A; 3NWI A; 4A97 A; 4DBR A; 2QRX A; 5JDH A; 1OXZ A; 4IDZ A; 1SE7 A; 1W0B A; 4JI2 T; 3I9W A; 3T8O A; 1M7K A; 5C2T A; 4PK5 A; 5LB7 B; 5H6Q B; 4AQY T; 3AB3 B; 1KNP A; 2MTQ A; 2WMN A; 5AQR B; 2UUA T; 2W61 A; 4HGA A; 3RKG A; 3KV5 A; 2MPK A; 1OED E; 3CX6 B; 4ZS3 A; 3N9Q A; 3ZC0 A; 1UX5 A; 2NR4 A; 2JQQ A; 2BS2 A; 3ETV A; 3KBU A; 4ANJ A; 2WAU A; 4QH5 A; 5KXJ A; 2H3R A; 3TKL B; 1O3X A; 5AQJ B; 2V7I A; 2WB5 A; 3QK6 A; 3PUS A; 1N32 T; 2V6Y B; 3TLS A; 3W15 B; 2RPA A; 4LMK A; 2M67 A; 3H3A A; 4IDO A; 2W62 A; 4JI6 T; 2FUP A; 4OFZ A; 2VKJ A; 2XQ8 A; 4ASK A; 2V6X A; 5AQT B; 1MMA A; 1DU2 A; 1OWA A; 1YKH B; 4HFV A; 1US7 B; 2IW5 B; 3FBL A; 2W0G A; 2X9X A; 4P1N A; 2NW9 A; 2YKS A; 4DV7 T; 4UXN B; 3UQ7 A; 2HN1 A; 4HWD A; 2M6I A; 3FZM B; 3EDV A; 3RQU A; 4CXX A; 4DV4 T; 2XHE B; 2XM2 A; 5J1G A; 3Q2M A; 1R8I A; 3AA1 B; 4B3R T; 1SA0 E; 4Z8X A; 2VUR A; 3CWZ B; 3Q5E A; 4IGU A; 3RRW A; 5ABF B; 2LOP A; 3A8Y C; 4B6X A; 1WR0 A; 2NP9 A; 1LRZ A; 2W4X A; 3ZN1 B; 2J47 A; 3RRC A; 5HEU A; 5LXT E; 5JQG E; 4NXM T; 2UXC T; 1E2A A; 4JI1 T; 3RYH E; 5AQU B; 2R6G F; 5IWA T; 3KVA A; 1FIO A; 3UUM A; 3FZL B; 4DV3 T; 4IE6 A; 4EEB A; 5L3D B; 4TX5 A; 4IE5 A; 1JNR A; 2K48 A; 3K3Q C; 2Q9Q C; 1X79 A; 4IE0 A; 3GWH A; 4AIU A; 1FMW A; 2DLR A; 1YD8 G; 5L2L A; 3P4R A; 2IDO B; 5LJN A; 3OYZ A; 1WFD A; 2KWH A; 2D0U A; 5L3F B; 3ZJ1 A; 4DR7 T; 3J7Y q; 2K24 A; 3UTK A; 4IHJ E; 1WYC A; 4YTN A; 4DR4 T; 2BBH A; 4O4H E; 4EZ4 A; 1D1B A; 2WWV A; 5AQM B; 4UV8 B; 2E9X C; 5LP6 E; 4JI0 T; 2YEV C; 2YOE A; 3X1D A; 1NEK A; 4QX8 B; 1T8B A; 4QXC B; 3M65 A; 4DV0 T; 5FVL A; 2LM9 A; 1HFA A; 4IE7 A; 4YFS A; 2X0H A; 4HEA A; 3LDQ B; 4HN9 A; 4P09 A; 1WRD A; 1N36 T; 1CUN A; 5HCM A; 2X68 A; 2XZE A; 4YY3 T; 2MYS A; 3AAI A; 3CX8 B; 4U7Y A; 1L0V A; 2BG9 E; 4IDQ A; 5LOV E; 5HXE A; 1VCS A; 3WAK A; 4HFI A; 3IEE A; 4YJ3 E; 4U31 A; 2VKH A; 3L3P A; 2Q9Q B; 1BR2 A; 4L9I A; 5AQL B; 5JR9 C; 5A1L A; 3KDS E; 3OJA A; 5JTG A; 3E22 E; 1ZV4 X; 5JRC B; 3VU7 H; 3ZYL A; 5EK2 A; 4YT0 A; 4E7S A; 4GYR A; 4UVB B; 3ZKR A; 3UU3 A; 2YU2 A; 4OYK A; 1KK7 A; 5HXS A; 3AE6 A; 3AEC A; 2LRL A; 4ZI2 D; 2EHO B; 1XWM A; 5LA6 E; 2XSA A; 5FVK A; 4QH1 A; 2SPC A; 4LF6 T; 2ZM6 T; 5ABF A; 2WCA A; 4O4I E; 1UCU A; 1I6Z A; 3F57 A; 3EI0 A; 4X1Y E; 1H7C A; 4WBN E; 3UU8 A; 3H3M A; 4V1A v; 2A9U A; 2KT9 A; 3AE8 A; 5ETW A; 4ILC A; 2X9H A; 4K0K T; 4PJN A; 2VB6 A; 1Z8U A; 5HWX A; 5LBM A; 3AVR A; 2BKP A; 5BMV E; 2C5J A; 2BBJ A; 3N9L A; 4DID B; 4L0R A; 2HN2 A; 3EHZ A; 1OED C; 4HFD A; 2JQ9 A; 1VCT A; 2KND A; 2Y8D A; 4CI1 B; 2RA1 A; 5DQW A; 4EED A; 4JI3 T; 4F6R C; 5CGM A; 2PJQ A; 3PUY F; 4PK6 A; 4E7Z A; 2P9B A; 3CPZ A; 5JR9 B; 2N1G A; 2WSS V; 3CK6 A; 3P7I A; 5L4H A; 5ADX L; 1YQ3 A; 2WDR A; 3V5S A; 2L8K A; 2D9D A; 3ESL A; 4AKI A; 3AXJ B; 5FL0 A; 4ZZB A; 5FXZ A; 4LMJ A; 1T7S A; 3M3Z B; 5IUX A; 4YHH T; 4DUY T; 2KMF A; 2Z6E A; 4QXH B; 4AKG A; 4MFR A; 2HH7 A; 4H9S E; 4Q25 A; 1T98 A; 4O4J E; 3AE4 A; 4DV6 T; 2CMR A; 2H7O A; 4WW0 A; 1VOM A; 1S94 A; 3HKB E; 4TNW A; 3K8P C; 3P4P A; 2BKO A; 2KXP B; 3ONX A; 4X1I E; 3OKQ A; 3OVU A; 2ACX A; 3I0O A; 4ZZC A; 2JMH A; 4NIQ A; 3PJA J; 2KWI B; 3AE9 A; 2BKN A; 2IC9 A; 1JNZ A; 2OLT A; 1OED B; 3AEF A; 4HFC A; 2Y48 B; 3C51 A; 3N9P A; 3RX6 A; 2YIN A; 4NPP A; 3O4X E; 2WP9 A; 4CN1 A; 1HNX T; 3GMI A; 2UU9 T; 4GYS A; 2PBI A; 2EHO A; 5LMU T; 2V26 A; 2LSY A; 2ZM8 A; 5HEG A; 1SUM B; 4WYV A; 2YDS A; 1HNZ T; 3ZC1 A; 4UVC B; 3UFG A; 4YSY A; 4LFB T; 5AQP B; 3AAA B; 1IJ6 A; 5M4Y A; 3KIN B; 4PAG A; 5LG4 A; 5FL1 A; 5JDQ A; 1UUR A; 4QKN A; 3PUQ A; 4IIJ E; 3KV4 A; 2A72 A; 2LJL A; 4TV9 E; 2FJB A; 3LSV A; 4UEL A; 3PU3 A; 4I0U A; 1D0X A; 1LVF A; 2L9Q A; 2BZB A; 4UF0 B; 1AJ3 A; 2ES0 A; 4U7I A; 3MJX A; 3RC3 A; 3UT5 E; 3QOF A; 5AQF B; 4F8H A; 4PK4 A; 3RIA A; 2ZMA A; 3ZPO A; 1HG5 A; 4QH4 A; 3MKD A; 3AXJ A; 1IJ5 A; 2BG9 C; 1FEW A; 1KNZ A; 4OYJ A; 4U72 A; 4H9R C; 3UU5 A; 3N5L A; 2VQE T; 3CQG B; 4DMW A; 3HKC E; 3C4W A; 2KLQ A; 4GOU A; 5ABH A; 4OHF A; 5AQS B; 3HI2 A; 2AXD S; 3BQL A; 3ZJ2 A; 2XUE A; 5F8P A; 5TAO A; 1SHZ C; 4DO0 A; 3RYF E; 2AE9 A; 5EK3 A; 5HEO A; 4DBQ A; 3E08 A; 3VR9 A; 2E5V A; 4J2C A; 4LF4 T; 5LHI B; 2PFV A; 5JDL A; 5DQV A; 2UUB T; 3O1I A; 4JEU B; 4LF9 T; 4Z90 A; 5AQQ B; 4ZS2 A; 5L3E B; 2LSI A; 1MIY A; 4MAL A; 5HWY A; 1HS7 A; 1HTJ F; 5HXH A; 4Z91 A; 1VRB A; 4N78 D; 2I6H A; 4IL4 A; 3U78 A; 4GK0 E; 3RIU A; 3R6N A; 2JIW A; 2YDQ A; 3UFE A; 2IC6 A; 4YTM A; 1YXR A; 4JEH B; 2BG9 B; 3ZN0 B; 3OTO T; 2I59 A; 5LNK A; 3UUB A; 5JDN A; 2CE7 A; 3MXZ A; 2CBJ A; 3LK4 2; 5F5W A; 4YXD A; 2V5D A; 3D0T A; 4ZI2 C; 2H7V C; 4L5G A; 2XQ9 A; 3A7M A; 1E1H B; 1MMG A; 2D5U A; 4EYU A; 1UK5 A; 3LJC A; 2G0U A; 1HG2 A; 5AQH B; 2MOZ A; 5L3C B; 4JI4 T; 1BR4 A; 3NVO A; 2IHR 1; 3C4Z A; 5ABG A; 2JRK A; 1M62 A; 4GK5 E; 3FZF B; 2XAG B; 4UF0 A; 1QLB A; 2X9Y A; 3Q5X A; 3RIF A; 2FJA A; 2V7K A; 4DV5 T; 3JAF A; 4QX7 B; 4X66 T; 4TWF A; 4X1K E; 1MIV A; 5LGN B; 2CHO A; 2WZI A; 2H88 A; 3PDY A; 4I50 E; 4U2Z A; 3EAM A; 2DWG A; 4YJ2 E; 3SRZ A; 3ZMV B; 3FZH B; 3RC8 A; 4AQF A; 2WM9 A; 1KEY A; 4IDN A; 3VKH A; 4EXT A; 2DNX A; 2LT3 A; 2VKD A; 4JI7 T; 4HFH A; 3OPC A; 3IBP A; 1W09 A; 1MIW A; 3SFD A; 4A98 A; 4A5X A; 3KV6 A; 2ODV A; 1HNW T; 5LG3 A; 3JC6 D; 4O2B E; 4H9P C; 5L4E A; 4DR1 T; 2V6Y A; 2CLY C; 5AQG B; 3T1H T; 2LEH A; 2WMO A; 3LFM A; 2XQ3 A; 2W66 A; 3PTR B; 4DV2 T; 1W9R A; 5HYA A; 4NUV A; 4U33 A; 1MNE A; 1T72 A; 4KUM B; 3QB5 A; 2A2F X; 3L39 A; 1N34 T; 3PV0 F; 2X51 A; 2XSB A; 3P4Q A; 4OK0 A; 5FP3 A; 2XAF B; 4AQG A; 2VVN A; 3ONL C; 3P8C D; 2NWB A; 4QWN B; 1G8X A; 1QUU A; 4A56 A; 5E0O A; 5HXR A; 2E9X B; 3ZT6 A; 1X9B A; 3EVY A; 4UR9 A; 4DR5 T; 3MK7 C; 1HX8 A; 4FJO A; 4EB6 E; 1J5W A; 3ZCI A; 3PE0 A; 3H37 A; 3BQI A; 5FY7 A; 2BS4 A; 3QNU A; 5C8Y E; 5CA1 E; 1FMV A; 3C64 A; 4LFC T; 4O8S A; 4DR2 T; 1WYB A; 1IAP A; 2CLY B; 4B3T T; 4WNK A; 2BS3 A; 2LM2 A; 3I0Q A; 2NTX A; 4X65 T; 5FY0 A; 5H6R B; 2LKH A; 2A3D A; 3AE3 A; 4NUU A; 5JRE A; 2VK9 A; 3AE5 A; 4I43 B; 2XY8 B; 3AA0 B; 3Q5W A; 3WI3 A; 4EGW A; 5FXW A; 3CX7 B; 5C3J A; 1N33 T; 1I94 T; 4CQI A; 2WDQ A; 2XAJ B; 2JPF A; 4FI5 A; 5JVD E; 4KP3 C; 4ZI3 D; 3BQK A; 2VL0 A; 1ZOY A; 1UGO A; 5FXV A; 1NEN A; 3QUJ A; 2JQH A; 2XPK A; 4C91 A; 2VWA A; 4H9O C; 2CM0 A; 2DI4 A; 1HF8 A; 4CZZ B; 3LK3 B; 1E7P A; 3DTO A; 4AKL A; 2LE8 A; 4ZOL E; 3HKE E; 1BR1 A; 2K9A A; 2EHO D; 2V5C A; 2J1D G; 4UIG A; 1Z0P A; 2WY2 A; 2YDR A; 3N2K E; 2X66 A; 2LHR A; 4EV6 A; 3PUV F; 2QVA A; 1LVK A; 3L09 A; 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