The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
122
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sequence length |
270
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structure length |
270
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Chain Sequence |
SAMIEARQVSELSTRIISSVQMLSNAQNEQERKEAGRVLFEQLESLLTHIKELGGESFDSKLLDALESNVQNVINNLAELGVTVERKLWLAKEIDTRVEEMRLLSEELEQLTRTQVQNTSTIAVANVTHIYDLLEANKKDQVYQALDALVEVDLDLTERLHELHLLAFKMLNQIEEARTLTNVDRIQQIQTAFENNLKIMKRRVLAVEDPTRSKQMSQLLTELGKRQVVFTILLQQYENNEQSQQLMQKTLELFSELNSTVNKLVDDSNK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An asymmetry-to-symmetry switch in signal transmission by the histidine kinase receptor for TMAO.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Vibrio parahaemolyticus
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| molecule keywords |
Sensor protein TorS
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| total genus |
122
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| structure length |
270
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| sequence length |
270
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| ec nomenclature |
ec
2.7.13.3: Histidine kinase. |
| pdb deposition date | 2010-07-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3I9Y A; 3I9W A; 3O1J A; 3O1H A; 3O1I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LF5 T; 5C8Y E; 1WLX A; 1MNE A; 1I6Z A; 3BQI A; 4AQF A; 3I9Y A; 5LGT B; 3MJX A; 3UT5 E; 3LSV A; 4LF9 T; 3MAC A; 3Q9D A; 5DAB A; 3Q2M A; 3RYF E; 3AE6 A; 1SUM B; 5FP3 A; 4IRE A; 4UEM A; 2IHR 1; 1XMO T; 4KBM B; 3AA0 B; 2V5D A; 4HE8 A; 1UGO A; 1MIV A; 1KFY A; 3V5S A; 3PUS A; 2AE9 A; 3C4X A; 4ZEY A; 3EDU A; 3FZL B; 2YK0 A; 3D0T A; 5LXT E; 4KP3 C; 3RQU A; 4X1K E; 4U31 A; 2UUC T; 1YXR A; 5CGM A; 3P8C D; 4F6R C; 4AXP A; 3F31 A; 5CA0 E; 5J2T E; 5FXZ A; 3U3I A; 1J1J A; 2E8I A; 3EI0 A; 3HR0 A; 4U33 A; 2W00 A; 5J1G A; 4U7I A; 2V8S V; 3AVR A; 3ZKR A; 2DWG A; 2KSR A; 4U74 A; 5AQS B; 3EVY A; 2WZH A; 4JI8 T; 1WCR A; 3ZCI A; 3DP7 A; 3N9N A; 4OFZ A; 2LM2 A; 1QUU A; 5FKY A; 2CHO A; 2KZ7 B; 3MXZ A; 3DTO A; 4HFC A; 1OED B; 2OLT A; 4LMJ A; 4NIQ A; 3ZT7 A; 2W61 A; 4DR1 T; 3P7I A; 1M7K A; 5FL0 A; 4PFP A; 4MAL A; 3SWH A; 4FJO A; 3GWH A; 4MLK A; 2X68 A; 3RIA A; 4BAY B; 2LOP A; 4PFO A; 2CRB A; 4I50 E; 2V6Y A; 3RIU C; 2PTF A; 1D0Z A; 3JC6 D; 2KIN B; 1CHU A; 2CXD A; 3X1D A; 4GYS A; 5LBM A; 3PUQ A; 4M1P A; 4UIG A; 4CQI A; 1G73 A; 2VWA A; 3CKD A; 3AAE B; 4TNW A; 4XZC A; 1BR0 A; 4WZX A; 1SHZ C; 2XQ9 A; 5LJN A; 5L3C B; 4NPP A; 2Y6X A; 2HN1 A; 4ZXL A; 2HN2 A; 3UQ7 A; 4QKN A; 4IE5 A; 1ZOY A; 3NRY A; 3C98 B; 1MMA A; 2M6B A; 3AEE A; 3ZT5 A; 2M67 A; 2CBJ A; 3CML A; 3OKQ A; 3AEA A; 3KV4 A; 3VKG A; 2KWH A; 2VB6 A; 4TWH A; 3IHR A; 4TX5 A; 4E7S A; 2BBH A; 2LKG A; 3UU6 A; 3Q5D A; 4P0B A; 4EYY R; 4OYK A; 4XAX B; 2XQ6 A; 3AED A; 4X64 T; 2EHO A; 4HTE A; 5ABF A; 3PTR B; 2ZMA A; 3ZN1 B; 2W66 A; 4DV1 T; 4WW0 A; 4DR3 T; 2QRX A; 2EHO D; 1OED E; 1XDP A; 3N5L A; 4H9N C; 4IST A; 3ZYM A; 4ZHQ E; 3QNU A; 5LCY A; 3ESL A; 2LKH A; 3O1I A; 4HKA A; 3RYC E; 2Z6E A; 4UV9 B; 4E7Z A; 4QXB B; 5JDF A; 3RC8 A; 2PG8 A; 3CPZ A; 2UXC T; 4CXX A; 2CM0 A; 1KNZ A; 4QH1 A; 2W4X A; 2C5I T; 1UUR A; 3ZYL A; 2UXD T; 3O1J A; 5HAX A; 5JH7 E; 5AQV B; 4A5X A; 5LNK A; 4NXM T; 1BR2 A; 1ZKE A; 2BS2 A; 3K8P C; 4YTM A; 4BJM A; 4A56 A; 4ILU A; 4U72 A; 2Y48 B; 4HWH A; 4V1A v; 5HEU A; 5ABG A; 5LHG B; 2N2N A; 3L39 A; 3ZPO A; 4JI6 T; 4U2Y A; 4PAG A; 3RH3 A; 4I0U A; 2WDV A; 4QXC B; 4AQF C; 4WBO A; 3HKB E; 4A97 A; 2XAS B; 1IBK T; 1UX4 A; 2BS3 A; 1YQ3 A; 3SFD A; 3N9P A; 2V7I A; 2C5K T; 4AI6 A; 2D0U A; 1Z0P A; 5AQL B; 2BKN A; 1HF8 A; 3PUW F; 4HWF A; 2N9D A; 4QH5 A; 3ZN0 B; 1UX5 A; 2LRL A; 2BG9 B; 4DID B; 3AEC A; 2MPK A; 5HEG A; 3RC3 A; 2K9A A; 3VKH A; 5M4Y A; 2VK9 A; 3EDV A; 1HCI A; 2CMR A; 2IML A; 3MK7 C; 2WBL A; 3VU7 H; 3LFM A; 1OED A; 2BS4 A; 2LLY A; 4JEU B; 1HX1 B; 2X9X A; 3C64 A; 4PJN A; 4EED A; 3UFE A; 1I94 T; 3JAE A; 4WBN E; 2LHN A; 3I1A A; 3KV6 A; 4DMV A; 3RYH E; 4BJN A; 3N9M A; 4H9Q C; 3VRA A; 2LOS A; 3CX7 B; 4JEH B; 3WAK A; 4FI5 A; 3AE3 A; 5AQO B; 4X5T A; 2A9U A; 4DBR A; 5FXW A; 1N33 T; 4Z8X A; 2H7V C; 2ZM6 T; 3LG7 A; 5FVL A; 2Y8D A; 4OYJ A; 1IAP A; 4TWD A; 3J7Y q; 3C50 A; 2BVM A; 2DHR A; 4ZI7 E; 4AQG A; 4YHJ A; 2BG9 E; 3NVO A; 1T72 A; 1J5E T; 2IC9 A; 3KV5 A; 5LGU B; 2V26 A; 2JRK A; 3UUN A; 4PK5 A; 4ISS A; 4X1I E; 2UXX B; 2WQY A; 1XMQ T; 3CX6 B; 3ONX A; 4CN6 A; 2XPK A; 2ZM0 A; 1CUN A; 5L3E B; 2MYS A; 5JDL A; 1VOM A; 4KHZ F; 2CXL A; 5EZY E; 1IBL T; 3ZMV B; 2CPT A; 5KXJ A; 3RQW A; 2X67 A; 5FY0 A; 2DL1 A; 5LOV E; 4QX8 B; 5J0Z A; 4UV8 B; 3PUA A; 2BKP A; 3LDQ B; 5LP6 E; 2MBG A; 2YN6 A; 5AQG B; 4ANJ A; 4YFS A; 3RKG A; 3CWZ B; 3GN5 B; 5AQH B; 3SS1 A; 4UVA B; 2HPL A; 2EHO C; 3PUZ F; 3PJA A; 3RYI E; 4CXW A; 5AQM B; 2SPC A; 2N1G A; 4GIW A; 3E22 E; 3QUJ A; 5AQQ B; 3O1H A; 3JCF A; 3K3Q C; 5AQF B; 2CEA A; 4DBQ A; 3AE8 A; 2LSJ A; 4AIU A; 4CZZ B; 4EEB A; 2XM1 A; 2J47 A; 5DJQ C; 2XSA A; 3TLW A; 3OJA A; 3P50 A; 3N2O A; 5JTG A; 1FIO A; 2K48 A; 3PUX F; 2IAK A; 3RX6 A; 4HFH A; 4ZI3 D; 1E7P A; 3I0O A; 5HWX A; 2I59 A; 2VQE T; 5AQJ B; 3Q5W A; 3KV9 A; 5KMG P; 1EZ3 A; 3N9L A; 2J62 A; 4F8H A; 5H6R B; 5BMV E; 4AIS A; 3A7M A; 4IDQ A; 3PJA J; 3ZC1 A; 3VR8 A; 5F8P A; 2BG9 A; 4GOU A; 2LT3 A; 3WI3 A; 4DV0 T; 3ZCJ A; 4AKH A; 5C2T A; 2IC6 A; 2R6G F; 3V5U A; 2ZLY A; 3VR9 A; 5JR9 C; 2WWV A; 1ZV4 X; 4PJL A; 1VCS A; 2ZM2 A; 1HR0 T; 2UUB T; 3SFE A; 3P4P A; 3ZMT B; 2FJA A; 4YLH A; 4DV6 T; 5FVK A; 4JV5 T; 3KBU A; 4B3R T; 5JR9 B; 3I0Q A; 5AFU L; 4Q25 A; 3PU3 A; 4JYA T; 4LF4 T; 4JI1 T; 3PE0 A; 4LFA T; 5FY7 A; 1MND A; 1LRZ A; 1OED C; 5HXH A; 3KBT A; 2BBJ A; 2X66 A; 2H89 A; 4IT4 A; 3IEE A; 1UK5 A; 4U3C A; 2Q9Q B; 4ILC A; 1HG5 A; 5JDM A; 5L3F B; 4JI3 T; 4HWC A; 5TAO A; 4ZZB A; 3UUX B; 4YTP A; 2LE8 A; 2CCQ A; 2VKH A; 4EGW A; 2V5C A; 4JBW F; 4LF7 T; 2OA5 A; 4TV8 E; 4O4I E; 2VKO A; 4N78 D; 2KLQ A; 2YDQ A; 4P0A A; 3Q5E A; 2DLR A; 3AVS A; 4HFD A; 3EAM A; 3QOF A; 1WFD A; 1UUS A; 3QB5 K; 2XM2 A; 2C5J A; 2L8K A; 3GN5 A; 4KHP T; 4KX6 A; 1QLB A; 1KNP A; 3R84 B; 4QWN B; 4KI0 F; 5HXC A; 3CK6 A; 3A8Y C; 2XQ7 A; 4EYU A; 4NUV A; 3NKZ A; 4HGA A; 4BA9 A; 1HNW T; 1US7 B; 3AEF A; 5F5W A; 2W67 A; 4TUY E; 4DUY T; 4DO0 A; 3EUH A; 3GMI A; 2QGS A; 3FBL A; 3AE7 A; 5HEO A; 3K3O A; 5JRC B; 2WDQ A; 4AQY T; 2P9B A; 4L5G A; 3S4U A; 4EZ4 A; 5IWA T; 1MMG A; 3AAI A; 3H37 A; 2YOE A; 4CI1 B; 2V7K A; 2XQ8 A; 4ILA A; 4EXT A; 4YT0 A; 4Z90 A; 2LJL A; 5FMN A; 4YTN A; 3EAB A; 2BVL A; 4QXH B; 4HWI B; 3AA6 B; 4CN1 A; 2L3L A; 3AEG A; 3LK4 2; 4CXY A; 4B3M T; 2XHE B; 4ILB A; 3TLS A; 2XAQ B; 1J5W A; 1YD8 G; 4O4H E; 3SRZ A; 4PJM A; 3UU5 A; 2WZI A; 3AA1 B; 1IJ6 A; 5AQR B; 4AKG A; 3ZMS B; 5CA1 E; 1KNR A; 4MHC A; 4JI2 T; 2E5V A; 2L9Q A; 4G63 A; 3QC9 A; 4O2B E; 4ADZ A; 2W2U A; 3AB3 B; 4YJ2 E; 3BQL A; 4IE7 A; 4G2A A; 2BDE A; 5LA6 E; 4IIJ E; 3FHN A; 3IBP A; 1VCT A; 4IL9 A; 4DR6 T; 2X9W A; 5L3G B; 1HG2 A; 4COF A; 5JR9 A; 1BR4 A; 2A3D A; 2BG9 C; 1MIY A; 3TLU A; 1Y64 B; 1X79 A; 1MIW A; 1S94 A; 3FB2 A; 4L0R A; 5JRE A; 4IDO A; 4DVD A; 2WMN A; 2FJE A; 2XAF B; 4B6X A; 1WYB A; 3T8O A; 3ZSS A; 4P1N A; 4CI2 B; 2I0M A; 4JLE A; 1HX8 A; 3TLT A; 1D0Y A; 2NOX A; 5LB7 B; 5FNV E; 3U78 A; 3UUB A; 3UTK A; 2E9X B; 1AJ3 A; 2UUA T; 4DND A; 5KDM C; 5HEJ A; 1UCU A; 1E1H B; 5EK4 A; 3B5M A; 5JDG A; 1SE7 A; 4EV6 A; 2NW7 A; 5ABE A; 4A98 A; 5HWY A; 2LSI A; 2Q9Q A; 2W0G A; 4IDZ A; 3Q5X A; 2IUB A; 4IE4 A; 3VRB A; 3NZQ A; 3UUL A; 1B7T A; 1FMV A; 4QH4 A; 5H6Q B; 5L4H A; 1Y01 A; 5CJ5 A; 4X20 E; 2Q9Q D; 1JNR A; 4KUM B; 3H3M A; 2ACZ A; 2PJQ A; 1G8X A; 2XQA A; 2ZM8 A; 2CWY A; 2WDR A; 2F4V T; 4ZZC A; 3AE4 A; 1W9R A; 4EB6 E; 1ZHC A; 2VVS A; 4CN4 A; 2JMK A; 4LFB T; 5HEH A; 2QYW A; 3JC6 C; 1HTJ F; 5L2L A; 3CQX C; 2K5B B; 3HA4 A; 4YJ3 E; 2V1D B; 4PW8 A; 3TKL B; 3AE2 A; 1WR6 A; 4OHF A; 1E2A A; 3LK3 B; 3FBZ A; 4H9R C; 5LYJ E; 2W63 A; 1OXZ A; 3HI2 A; 3NBX X; 5L3B B; 3AXJ B; 2WB5 A; 5ETW A; 2ODV A; 2JQK A; 2VAS A; 5IHY A; 3W15 B; 5IYZ E; 1KEY A; 4QHO A; 3FXD B; 4IE0 A; 4JUY A; 4UF0 B; 2UU9 T; 2CWO A; 3RPU A; 5JRC A; 4TZ4 C; 1WRD A; 2B1E A; 2XQ3 A; 2VL8 A; 2XY8 B; 3ZST A; 4YSZ A; 1NEN A; 2K3W A; 2D2S A; 3M3Z B; 1HNZ T; 3UUM A; 3MA9 A; 5DQV A; 4TN7 B; 2DNX A; 4PNI A; 3PDY A; 4DR7 T; 1T7S A; 1XNQ T; 4U7Y A; 2WMO A; 3CIR A; 3N9O A; 5KX5 E; 2KXP B; 4GYR A; 2NW9 A; 1YW0 A; 2V6X A; 3VHL A; 3AEB A; 2XQY A; 1U5P A; 5LJM A; 5L4E A; 3C4Z A; 1XNR T; 2QA7 A; 3ONJ A; 2WCA A; 3O4X E; 2HHH T; 1M62 A; 4I55 E; 2V7J A; 3ZMU B; 3RF1 A; 3F2E A; 2VVN A; 1JNZ A; 2J4G A; 1L0V A; 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4ZS2 A; 3AXJ A; 3JAF A; 2X0L B; 1XZY A; 2WS3 A; 2NTY A; 4EOZ B; 3C4W A; 2LRK A; 5FY1 A; 2KND A; 5CB4 E; 2JQH A; 3PU8 A; 1S35 A; 3RIF A; 1SA0 E; 3ZYK A; 3ZEF B; 3L3P A; 4UF0 A; 4ZI2 D; 2XUE A; 3UU8 A; 3QK6 A; 2OV9 A; 3P4Q A; 4TWF A; 1U4Q A; 5HXS A; 4HN9 A; 3MZK B; 5EK3 A; 5L47 A; 2XAJ B; 1IBM T; 5ABH A; 2WU5 A; 3AE5 A; 4NUU A; 2GK9 A; 2D5U A; 3UU4 A; 3ZC0 A; 1YKH B; 2FJD A; 4IDP A; 4MBQ A; 4O4J E; 4OX9 T; 5HCM A; 1FJG T; 2V7M A; 3T1Y T; 5LG4 A; 2RP4 A; 3FZM B; 3QB5 A; 4JI7 T; 3P4R A; 1LKX A; 2CA5 A; 2BKO A; 3ETU A; 3N2G E; 1O3X A; 2KT9 A; 4YSX A; 4C91 A; 2DI4 A; 2PBI A; 3ZMZ B; 2YU1 A; 2XTL A; 2YDS A; 1XDO A; 2H88 A; 1IZN B; 4DV3 T; 1Z8U A; 4PK4 A; 2WSS V; 2IIU A; 2A72 A; 2VL0 A; 2QVA A; 2W62 A; 2UXB T; 4ZI3 C; 2CHN A; 5JDN A; 2ACX A; 2LHR A; 2UXN B; 2CE7 A; 4GKJ T; 2DWK A; 2LSK A; 5HYA A; 2JQQ A; 5LMU T; 1ZEE A; 5JDQ A; 3N2K E; 3G06 A; 1D1C A; 3J9X 1; 3TLV A; 1D1A A; 4IE6 A; 3NWI A; 3KIN B; 4H63 H; 5FL1 A; 4LF6 T; 5A1L A; 2MTQ A; 1XWM A; 4UVC B; 2YKS A; 2ODU A; 5IUX A; 3HKE E; 1GQE A; 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