The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
146
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sequence length |
494
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structure length |
494
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Chain Sequence |
AQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQQKYKVSDTAATVTGYADTTIALDNSTFKASATGLGGTDQKIDGDLKFDDTTGKYYAKVTVTGGTGKDGYYEVSVDKTNGEVTLAGGATSPLTGGLPATATEDVKNVQVANADLTEAKAALTAAGVTGTASVVKMSYTDNNGKTIDGGLAVKVGDDYYSATQNKDGSISINTTKYTADDGTSKTALNKLGGADGKTEVVSIGGKTYAASKAEGHNFKAQPDLAEAAATTTENPLQKIDAALAQVDTLRSDLAAVQNRFNSAITNLGNTVNNLTSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformational change of flagellin for polymorphic supercoiling of the flagellar filament
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Structural protein, motor protein
|
| molecule keywords |
Flagellin
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| total genus |
146
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| structure length |
494
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| sequence length |
494
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-08-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00669 | Flagellin_N | Bacterial flagellin N-terminal helical region |
| A | PF00700 | Flagellin_C | Bacterial flagellin C-terminal helical region |
| A | PF08884 | Flagellin_D3 | Flagellin D3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | f41 fragment of flagellin, N-terminal domain | f41 fragment of flagellin, N-terminal domain | ||
| Mainly Beta | Roll | f41 fragment of flagellin, C-terminal domain | f41 fragment of flagellin, C-terminal domain | ||
| Mainly Beta | Beta Complex | f41 fragment of flagellin, middle domain | f41 fragment of flagellin, middle domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2D4X A; 3V47 C; 5KAY A; 3K8V A; 4CFI A; 3PWX A; 2ZBI A; 3K8W A; 4NX9 A; 1IO1 A; 1UCU A; 3A5X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DU2 A; 3KVB A; 3CX6 B; 4GYS A; 5GON E; 4HFC A; 3NRY A; 2WBL A; 4HFB A; 4TZ4 C; 4PFO A; 1KFY A; 1UGO A; 3JC6 D; 2XAJ B; 4JEU B; 3B57 A; 1T8B A; 2X0L B; 4COF A; 4NX9 A; 1YKH B; 3EDV A; 4HWI B; 2W61 A; 4CXY A; 5AQT B; 4H9P C; 3ONL C; 4AQY T; 3AA1 B; 1LVK A; 4XAX B; 4I4T E; 5LXT E; 2MYS A; 3EAB A; 5HXE A; 3M65 A; 2AXD S; 5E0O A; 5LHG B; 3AE3 A; 3U3I A; 2W2U A; 4GK0 E; 5J0Z A; 5J1G A; 5LB7 B; 1W0A A; 2X9W A; 2LSG A; 4JI8 T; 2EHO D; 4QXH B; 2EHO B; 4CFI A; 2XQ4 A; 5ETW A; 2XQ5 A; 1JNR A; 3RYF E; 3Q5E A; 3VKH A; 3PDY A; 3AE7 A; 3ZYL A; 3PUG A; 4WBN E; 4DV4 T; 5LG4 A; 5AQI B; 5L4H A; 4KMC A; 4ERR A; 3AAA B; 3TLW A; 3RRW A; 1GQE A; 3IBP A; 5HWY A; 3F57 A; 2BG9 A; 5JDM A; 2BG9 C; 2HN1 A; 4KHP T; 4OK0 A; 2D0T A; 2X68 A; 4V1A v; 5JDG A; 2Q9Q A; 2R6G F; 2Q9Q C; 1QSD A; 4YTM A; 5LHH B; 2W4X A; 2BBH A; 4XZC A; 2XJ7 A; 1UUR A; 1VRB A; 2XQ9 A; 2WCA A; 5F5W A; 2XSA A; 4I50 E; 5FY7 A; 2LKG A; 5JH7 E; 4HKA A; 2V6Y B; 3P4W A; 4HWH A; 2M6I A; 5FL1 A; 3ANW B; 3NKZ A; 1MIV A; 1VOM A; 4G2A A; 5TAO A; 2NR4 A; 2XM1 A; 3ZMU B; 3O9X A; 3HKD E; 4TNV A; 1D0Z A; 2C0S A; 2VKO A; 2XY8 B; 1OWA A; 2XHE B; 2PBI A; 1IZN B; 3KDS E; 3RQU A; 5HYA A; 4JBW F; 4EZH A; 2WZH A; 4JI5 T; 4YFS A; 4IE6 A; 3FZF B; 4PW8 A; 1W9R A; 5LGT B; 2GK9 A; 2CXD A; 3KV5 A; 5JR9 A; 3UUM A; 5JR9 C; 5AQM B; 4LFB T; 2L3L A; 2CLY B; 3AEG A; 3RGL A; 4DV1 T; 3ZLI A; 1MMN A; 3RIU A; 4ANJ A; 2V1D B; 3RIU C; 1IBK T; 4Z8X A; 5LMN T; 4TV8 E; 2XQ7 A; 4LMJ A; 4X1Y E; 1UX4 A; 4EAH A; 3HKC E; 5L3G B; 1UK5 A; 4Z90 A; 2IAK A; 2A9U A; 2KT9 A; 2UUB T; 1D0Y A; 2YK0 A; 4FI5 A; 3ZT5 A; 4I55 E; 4EV6 A; 2XQY A; 3LSV A; 3PUY F; 1D0X A; 3CML A; 4X66 T; 5DAB A; 4ZS3 A; 1VCS A; 3FZK B; 3AEC A; 3SFD A; 1L0V A; 5AQN B; 2XPK A; 2CWO A; 1XMQ T; 3BQL A; 2KZ7 B; 4HWF A; 2VK9 A; 5FVK A; 1N34 T; 4QH1 A; 2DWG A; 2WAU A; 4LF5 T; 4B3M T; 3FBL A; 4UF0 B; 4A98 A; 2CCQ A; 4BJN A; 5FXZ A; 5HEG A; 3EHZ A; 1R8I A; 3QB5 A; 1AJ3 A; 3RRC A; 3P8C D; 2CHN A; 5BR8 T; 2CBI A; 1LRZ A; 1Y64 B; 3AE4 A; 4HFH A; 3UU8 A; 4BA9 A; 2BS2 A; 4U3C A; 2LSI A; 4K0K T; 2V7J A; 2W0G A; 3FZH B; 2WDV A; 3N2K E; 1YW0 A; 4PJN A; 4CZZ B; 1BR2 A; 2FJB A; 2LOS A; 2MTQ A; 3NZQ A; 1Y01 A; 5FMN A; 1MIW A; 2OV9 A; 4ZI3 C; 3RYI E; 1ZP0 A; 4IIJ E; 1IAP A; 3ZMV B; 2WDQ A; 1WR0 A; 3KV4 A; 2XZE A; 1JNZ A; 1ZOY A; 3UUL A; 4XBF B; 5L3F B; 5ABF B; 4TUY E; 2N1G A; 2VL0 A; 3ZC1 A; 2UUA T; 1D1B A; 5HEO A; 4YTP A; 3KBT A; 4OYJ A; 1V9D A; 5HCJ A; 4GKK T; 3T1H T; 4F6R C; 2VVN A; 5L2L A; 2WY2 A; 2CE7 A; 3RC3 A; 5JRC A; 3AAE B; 3UTK A; 4U2Y A; 3MKD A; 4KBM B; 3AVR A; 4PK6 A; 3LBX B; 1WCR A; 1LVF A; 5JRE A; 3AE1 A; 5ABG A; 4PJL A; 4HWD A; 3EI0 A; 4NIQ A; 4YXD A; 4IDO A; 4L0R A; 2J62 A; 2VQF T; 3T1Y T; 3H3M A; 4JI4 T; 4YSZ A; 3MZK B; 3L39 A; 4AKR B; 1MNE A; 4YY3 T; 2VVS A; 2V8S V; 3KV6 A; 1BR0 A; 4ZI2 C; 3WI3 A; 4YT0 A; 2N2N A; 3AEA A; 5KAY A; 3LK4 2; 4JLE A; 3HKB E; 1I94 T; 4Q25 A; 2BG9 B; 2WWV A; 4KI0 F; 1OED B; 2PTF A; 4DVD A; 2YU1 A; 2FJE A; 2IDO B; 3OKQ A; 2D2S A; 4EXT A; 4HFV A; 5L3B B; 4X64 T; 1KNP A; 3MAC A; 2YDQ A; 5AQU B; 3ZMT B; 3JAF A; 5JDH A; 4OX9 T; 4KHZ F; 3AEB A; 2W63 A; 3RF1 A; 2UXD T; 1KNR A; 4X1I E; 2NTX A; 2YDR A; 4ZXL A; 3ZT6 A; 5ABH A; 3ETV A; 1D1A A; 3GA8 A; 2UUC T; 4YLH A; 5KXJ A; 3K3Q C; 2E5L T; 4H9R C; 3LK2 B; 1N33 T; 4Z91 A; 4UVA B; 1UX5 A; 3N2G E; 2CXL A; 3E08 A; 3ZMZ B; 3H37 A; 3U78 A; 5LG3 A; 3AE8 A; 3AE6 A; 5LNK A; 2NP9 A; 2DL1 A; 2VAS A; 5HXR A; 4JI7 T; 2BKP A; 3RKG A; 2W66 A; 2X51 A; 2NOX A; 2LE8 A; 2UXC T; 2QRX A; 3T8O A; 4B3R T; 4IL9 A; 2LT3 A; 3SFE A; 3I1A A; 5AQR B; 5C2T A; 5JDF A; 3DJB A; 5IHY A; 1YQ3 A; 4DR6 T; 1HCI A; 2YU2 A; 4ZS2 A; 4N78 D; 3O1H A; 3C98 B; 4HFE A; 3A7M A; 2XQA A; 2XSB A; 4UV9 B; 5FXX A; 5LA6 E; 3RYH E; 1KNZ A; 4BJM A; 4IHJ E; 4O8S A; 4IRE A; 5HEH A; 4K0U A; 3RYC E; 4EYY R; 2D0U A; 5FY1 A; 5FP3 A; 4G63 A; 2SPC A; 2KWI B; 2BKO A; 4TV9 E; 2C5J A; 3HKE E; 4DV6 T; 4QHO A; 2V5C A; 1N32 T; 3EVY A; 4JI6 T; 1T7S A; 4ILB A; 3F2E A; 4AQG A; 2V7K A; 1BR1 A; 4DBQ A; 3VU7 H; 2XM2 A; 4H63 H; 5CA1 E; 1KF6 A; 4DR3 T; 5CGM A; 3Q5W A; 2DI4 A; 2ZM0 A; 2ZM2 A; 1Z0P A; 4TWD A; 2J4G A; 3HI2 A; 3RHW A; 1NEK A; 4ZOL E; 2FBW A; 2BG9 E; 2B1E A; 4CN6 A; 3UFG A; 3OBV E; 1OED E; 4IT4 A; 4DV3 T; 1U5P A; 3R6N A; 5FYM A; 3PUW F; 3PJA J; 2XAS B; 4KX6 A; 4I0U A; 1HNW T; 3PV0 F; 3GN5 B; 1KK7 A; 2ODU A; 4IST A; 3M3Z B; 4PFP A; 5M4Y A; 2CBJ A; 4NUU A; 3AXJ A; 2LSK A; 4QKN A; 3K3O A; 3FHN A; 2E8I A; 2L8K A; 4L5G A; 1HNX T; 2Y48 B; 3BQK A; 4LF9 T; 5DQV A; 2M6B A; 2WZI A; 1O3X A; 2KIN B; 3LK3 B; 4IGU A; 2LHR A; 4U33 A; 4P0A A; 2IC6 A; 3NWI A; 3AE5 A; 3QK6 A; 4DUZ T; 3TLU A; 4B3T T; 2DWK A; 3OTO T; 3A5X A; 1LKX A; 1WFD A; 2FJA A; 4DR7 T; 3AA7 B; 4ZI7 E; 4X62 T; 2XAF B; 1XWM A; 3PUR A; 4ZZB A; 3P4P A; 3VRA A; 4NXM T; 4DMV A; 2K48 A; 3DTO A; 4TWF A; 3A8Y C; 3KIN B; 4P09 A; 4MLK A; 2IC9 A; 3K8W A; 2V6X A; 2XUE A; 3ABV A; 1W09 A; 4HTE A; 4NPP A; 4YJ2 E; 3OJA A; 5AQP B; 4IL4 A; 3MA9 A; 2NWB A; 4CN1 A; 3QC9 A; 3UFE A; 1SA0 E; 4EZ4 A; 3N9O A; 2MBG A; 4GOU A; 4J2C A; 3MK7 C; 2E9X D; 3W15 B; 3UU6 A; 3UT5 E; 2BZB A; 2E9X B; 3Q2M A; 4QX7 B; 4JYA T; 1SHZ C; 3D0T A; 2M67 A; 2G0U A; 3CK6 A; 2OLT A; 3AB3 B; 2P9B A; 2QYW A; 2FJD A; 5JDN A; 4LF6 T; 2K5B B; 3L3P A; 3CQX C; 1EZ3 A; 4WYV A; 3X1D A; 3E0Z A; 2X0H A; 5AQK B; 1T72 A; 5LBQ B; 3N5L A; 2JQH A; 3N9L A; 1WYB A; 3SOL A; 3P4Q A; 4YSX A; 2WM9 A; 5HEJ A; 4WW0 A; 3AE9 A; 3JC6 C; 3P7I A; 2BBJ A; 4U2Z A; 3QUJ A; 4IE4 A; 4MBQ A; 4ASK A; 3K8V A; 2PG8 A; 5AQF B; 2DHR A; 3PTR B; 4YHJ A; 1X79 A; 4O4I E; 3CQC B; 5HXC A; 1MND A; 5HWX A; 2C5K T; 1FEW A; 3CVR A; 3N9N A; 3B13 A; 3MXZ A; 2HPJ A; 4AIU A; 4DR1 T; 4DO0 A; 3ZSS A; 3ZC0 A; 2PJQ A; 4CQI A; 3N9Q A; 2H7V C; 3C4Z A; 3OPC A; 4OFZ A; 5LJM A; 2EHO C; 4ILU A; 3JCF A; 5AQV B; 4ADZ A; 3HR0 A; 4QH4 A; 3PU8 A; 1IO1 A; 2JQQ A; 5L3D B; 1I6Z A; 3LG7 A; 2IIU A; 4EGW A; 4GYR A; 3CPZ A; 5CFB A; 1G73 A; 2YN6 A; 3N2O A; 2DLR A; 3AVS A; 3O1I A; 4IE5 A; 5L4E A; 2V26 A; 3TLT A; 3UUB A; 2WDR A; 3N9M A; 3RKO A; 5IWA T; 2KXP B; 2LRL A; 4UXN B; 2V6Y A; 2X9X A; 3WAK A; 2HH7 A; 5LJN A; 3AED A; 3ZJ1 A; 1HF8 A; 1HTJ F; 3ANW A; 3P4R A; 4O4J E; 3RI5 A; 4F8H A; 2H3R A; 2H88 A; 1J1J A; 1BR4 A; 2VB6 A; 4HWC A; 3MJX A; 5DQW A; 2N9D A; 1S35 A; 1FJG T; 1FMW A; 5JDQ A; 3ZT7 A; 4TN7 B; 2Q9Q D; 2XTL A; 3KFW X; 4EED A; 5F8P A; 3LDQ B; 2IHR 1; 2Q9Q B; 4QXB B; 4MFR A; 2LLY A; 5AQS B; 3EUH A; 5HCM A; 4DV2 T; 4ILC A; 3ZMS B; 3ZPO A; 4U72 A; 4CI3 B; 1T98 A; 1G8X A; 3AA6 B; 1J5E T; 5HXS A; 4UEL A; 1OXZ A; 2JPF A; 3L8R A; 2CLY C; 2WU5 A; 5KMG P; 3JAD A; 4DID B; 5C8Y E; 1ZKE A; 3IA3 A; 2KND A; 5FVL A; 3AAI A; 3G06 A; 1WLX A; 2WP9 A; 2NW9 A; 1US7 B; 2VL8 A; 4HFI A; 1NAF A; 2CA5 A; 3RPU A; 4KP3 C; 5J2U E; 5KX5 E; 1M7K A; 3IHR A; 2FUP A; 3FXE B; 2V5D A; 3O1J A; 2E2A A; 3ZCJ A; 2Y8D A; 4PAG A; 3IF8 B; 3I9W A; 4IE7 A; 4FJO A; 5JR9 B; 2CHO A; 3KV9 A; 2ACX A; 1E2A A; 4DV0 T; 4I43 B; 1HX1 B; 3QOF A; 4IE0 A; 4WNK A; 3K1S A; 4WZX A; 3OYZ A; 2RPA A; 2LM9 A; 5AQH B; 4AI6 A; 3C50 A; 4UF0 A; 1FIO A; 2XQ6 A; 3JAE A; 4ZHQ E; 4CI1 B; 4CXW A; 2YEV C; 3C4W A; 1MMA A; 2MOZ A; 2WB5 A; 4DR5 T; 3BQI A; 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