The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
258
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structure length |
258
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Chain Sequence |
WSPMHEAAIHGHQLSLRNLISQGWAVNIITADHVSPLHEACLGGHLSCVKILLKHGAQVNGVTADWHTPLFNACVSGSWDCVNLLLQHGASVQPESDLASPIHEAARRGHVECVNSLIAYGGNIDHKISHLGTPLYLACENQQRACVKKLLESGADVNQGKGQDSPLHAVARTASEELACLLMDFGADTQAKNAEGKRPVELVPPESPLAQLFLEREGPPSLMQLCRLRIRKCFGIQQHHKITKLVLPEDLKQFLLHL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Multimeric Complexes Among Ankyrin-Repeat and Socs-Box Protein 9 (Asb9), Elonginbc, and Cullin 5: Insights Into the Structure and Assembly of Ecs-Type Cullin-Ring E3 Ubiquitin Ligases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
ANKYRIN REPEAT AND SOCS BOX PROTEIN 9
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| total genus |
85
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| structure length |
258
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| sequence length |
258
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07525 | SOCS_box | SOCS box |
| A | PF12796 | Ank_2 | Ankyrin repeats (3 copies) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Elongin C; Chain C, domain 1 | Elongin C; Chain C, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AAO A; 4DUI A; 3TWS A; 3T8K A; 2J8S D; 4YDW A; 4HB5 A; 4B93 B; 5KBA A; 4K5C A; 2KBX A; 2Y1L E; 2XZT G; 5EID A; 4C48 B; 1BI7 B; 3UTM A; 1A5E A; 4GPM A; 5KWD A; 1S70 B; 3UXG A; 2BKG A; 4O60 A; 3B7B A; 4O1O A; 5CBN A; 1DCQ A; 1OT8 A; 3JXJ A; 4K5B A; 4BER A; 1DC2 A; 4HI8 A; 4RLY A; 4K5A B; 2XEH A; 3IXE A; 5BXO A; 2XZD G; 5AQ9 A; 5ENT D; 3TWV A; 2Y0B G; 3D9H A; 1TR4 A; 1IXV A; 5AQB A; 1BD8 A; 2XEE A; 5BXU A; 2RFM A; 4J8Y A; 5HS0 A; 2A5E A; 5BO4 A; 3TWR A; 2V5Q C; 5ENS D; 3V2O A; 1MX6 A; 3V30 A; 4HLL A; 4QQI A; 2HE0 A; 3EHR A; 3ZUV B; 2DZN A; 3EU9 A; 4ATZ D; 5HKP A; 5JMN D; 4BEP A; 2ETB A; 4HRN A; 4CYM D; 3V31 A; 2DVW A; 3NOG D; 3ZNG A; 5CED B; 5JA4 D; 3ZU7 B; 1K1B A; 4GMR A; 4A63 B; 3TWW A; 5ITZ F; 4HRL A; 1K1A A; 5KNH D; 2MYO A; 3B95 A; 4U96 D; 4F1P A; 2QC9 A; 1MX4 A; 4G8K A; 3UI2 A; 5EYP F; 1D9S A; 3NBN B; 5HRY A; 4DX5 D; 3TWU A; 5D66 A; 4DX7 D; 5CEC B; 1N11 A; 4U8Y D; 2RFA A; 3DEP A; 1MJ0 A; 4CZ2 D; 3EHQ A; 2ETC A; 3HG0 D; 4LSZ E; 4Z68 A; 2AJA A; 2ZGG A; 4O1P A; 1IHB A; 5ENO D; 5KNG A; 4DX1 A; 4DX2 A; 2B0O E; 2KXP C; 4U95 D; 4OAV B; 2BKK B; 2V4H C; 5CER B; 4HI9 A; 1AWC B; 2L6B A; 2C9W A; 4HNA D; 3LJN A; 5ENQ D; 1YCS B; 1BLX B; 4BET A; 5CBO A; 1YMP A; 1IKN D; 2F8Y A; 3AJI A; 3TWT A; 1G3N B; 4BSZ B; 4G8L A; 2VGE A; 1BI8 B; 2NYJ A; 3JUE A; 2ETA A; 3F6Q A; 5EN5 D; 3SO8 A; 3W9F A; 4F6R D; 5CEA A; 3KEA A; 1MYO A; 3TWQ A; 3W9G A; 4DRX E; 2F8X K; 3Q9N C; 3Q9U C; 4TUM A; 1NFI E; 4YDY A; 5ENR D; 2DZO A; 4J7W A; 4HQD A; 5AAR A; 3J5P A; 3V2X A; 3V79 K; 1BU9 A; 3JXI A; 4U8V D; 3AAA C; 5AN8 A; 3ZKJ A; 1N0R A; 1N0Q A; 1MX2 A; 3C5R A; 1OY3 D; 5AQ7 A; 5EIB E; 4OAU C; 4JGH A; 3TWX A; 2ZGD A; 5EYL A; 4NIK A; 1QYM A; 2DWZ A; 5EIL A; 4HRM B; 4ZHB A; 1SW6 A; 1WDY A; 2FO1 E; 4JB8 P; 2QYJ A; 4N5Q A; 4BES A; 2JAB A; 4QFV A; 2F37 A; 4UUC A; 1AP7 A; 5FIO A; 3HRA A; 3J5Q B; 3NOC D; 1SVX A; 4LG6 A; 4HBD A; 4LNU D; 1WG0 A; 4DX6 D; 2PNN A; 3T9K A; 3DEO A; 2XEN A; 5ENP D; 4ZFH A; 1UOH A; 2P2C P; 5AQA A; 1K3Z D; 1YYH A; 5FIN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4U04 A; 4IRU A; 4APF A; 3KSQ A; 1Y8M A; 4HOT A; 4PS3 A; 3MKR A; 4BKT C; 5CBN A; 3MV2 B; 4W9C C; 4UQZ A; 2XZD G; 3ESK A; 4C9B B; 3S2A A; 2RFM A; 5HS0 A; 3E32 A; 2V5F A; 4GAA A; 4HLL A; 2FI7 A; 4BEP A; 4J8D A; 3CVL A; 2J08 A; 3SFY A; 4A63 B; 3O48 A; 4WWO A; 5EYP F; 4J8F A; 3D9L A; 4X8Q A; 4CZ2 D; 5FTP A; 5B3S E; 2VTB B; 3E33 A; 2GRM A; 5ENO D; 4YVO A; 3QC1 A; 3ASH A; 4ANV A; 3LJ3 A; 1JPL A; 1ZB1 A; 4BT8 A; 1H2V C; 3ASF A; 5D0Q D; 1HFA A; 3CR3 A; 5CHE E; 4ACL A; 3ZPJ A; 4U8V D; 3FUH A; 4GPK A; 5AQ7 A; 3UM2 A; 2ZGD A; 1Y6I A; 2UY1 A; 4LUN U; 2KCV A; 3L6A A; 5ANL A; 5JJ6 A; 4MBG A; 3NOC D; 4LG6 A; 4LNU D; 4W9E C; 3ENE A; 3T9K A; 2YHE A; 3ESL A; 3L17 A; 3EDT B; 3CVX A; 4XKB A; 3N71 A; 4AV7 A; 2CFZ A; 5LOZ A; 1NP7 A; 4C48 B; 5EDS A; 5KWD A; 4EZL A; 2CHZ A; 4FUL A; 2XEH A; 3CK8 A; 2CG2 A; 3SHF A; 1PC2 A; 4Y6C A; 1BD8 A; 3SFZ A; 5LP0 A; 1FT2 A; 3SFX A; 3SBS A; 4C0M A; 4F3V A; 1FT1 A; 5CMY A; 2R17 C; 5JMN D; 1O1S A; 4B8A A; 3T5X A; 4H7X A; 5JA4 D; 4HRL A; 4HOQ A; 3TXN A; 1LF8 A; 2QC9 A; 5T3R A; 3UI2 A; 4XIF A; 2I1J A; 3S7D A; 1FPP A; 5BNW A; 3CQC B; 3JYS A; 2P9K G; 3K9I A; 3HG0 D; 2AJA A; 4O1P A; 4DLQ A; 5G05 J; 3MZL B; 4U8H A; 2XPZ A; 5A7D B; 2Y69 E; 3PS6 A; 3PZD A; 3DXM G; 1MHQ A; 3PZ3 A; 3BUA A; 4EQF A; 3QKY A; 3UIO C; 4G11 A; 4IUL A; 3W9F A; 2GRL A; 1OCR E; 4F6R D; 2WQH A; 1JWG A; 5D0O D; 4GTT A; 3TL5 A; 3FWV A; 4XI0 A; 4JGH A; 2IQC A; 4L2L A; 1LD7 A; 1N4R A; 1ZBP A; 1KZP A; 3TAX A; 3CVQ A; 3VTX A; 3FTV A; 2VGX B; 3FTS A; 4TUU A; 1WG0 A; 3Q4A B; 5BPP A; 2XPI A; 4ILI A; 4LEU A; 4HOU A; 4KZ0 A; 1X81 A; 3ZEF A; 4ANU A; 4KMO A; 3D9O A; 1HXI A; 4B95 C; 4NAC A; 2DBA A; 3EU5 A; 2FEZ A; 4JC8 A; 3FH7 A; 4AEZ C; 3RAU A; 4N2Q A; 3G2T A; 4Y6W A; 4QQI A; 4GZ5 A; 4RQI A; 3G2U A; 1N94 A; 1OWL A; 2P9U G; 5D2M C; 3CVN A; 1E8X A; 2Y3A A; 3QOU A; 3E30 A; 5KNH D; 1NA3 A; 2WXN A; 3NBN B; 4G1T A; 4N2S A; 5CEC B; 2F0Y A; 4U8Y D; 3I3N A; 4YVQ C; 2GRQ B; 3UT8 A; 5CCM A; 4FJY A; 4MLP A; 1IHB A; 4A1S A; 4DX1 A; 2KXP C; 3FUK A; 4O6F A; 1YCS B; 3CVU A; 2KZT B; 3ZN3 A; 4CDM A; 4WNF A; 4W9G C; 4D10 C; 4GTS A; 2FO7 A; 4EBA A; 4I17 A; 3AG2 E; 3PNT B; 5JHA A; 3W9G A; 2EIM E; 3P2B A; 3Q9U C; 3SF4 A; 4FLB A; 4YDY A; 1HX8 A; 3PE3 A; 3V2X A; 2L9B A; 3JXI A; 2X6H A; 1ELK A; 3C5R A; 4XX5 A; 2X6J A; 4ACK A; 5G55 A; 3NB2 A; 1N4S A; 3FUJ A; 5BT1 A; 2ZU6 B; 3L22 A; 3CHO A; 5ARG A; 4UUC A; 5JHB A; 5E76 A; 2XEN A; 4ZFH A; 5AQA A; 5FQ7 A; 4HNA D; 4GTV A; 4N39 A; 5FQ4 A; 2LSV A; 4UI9 J; 2XZT G; 4DLO A; 2P9I G; 1E96 B; 3S7B A; 3UXG A; 3ML9 A; 3NQP A; 5BUZ A; 5LCW J; 3DSS A; 2Y0B G; 2J4B A; 4G25 A; 4WQO A; 3EIQ C; 1H2T C; 4UI9 K; 1KLX A; 4JVS A; 3EHR A; 3ULQ A; 3QWP A; 4GML A; 2R02 A; 3MYV A; 4AXH A; 2LXM A; 2WXM A; 1NL4 A; 3VLF A; 2RFA A; 3DEP A; 4L1B A; 4NQ0 A; 3Q49 B; 3SNX A; 4UWG A; 3UKR G; 5KNG A; 4DX2 A; 2B0O E; 2BUG A; 4LER A; 2CG3 A; 2LUH A; 1YA0 A; 2AWI A; 3QAR A; 3OXF A; 3Q7A A; 3R9A B; 3ZHE A; 4AM9 A; 1Q2Z A; 4U0S A; 1BPO A; 4JA9 A; 2VYI A; 5KJL A; 3CSF A; 3UM0 A; 1SA4 A; 1HG5 A; 3LDZ A; 5EIB E; 3FFL A; 1DNP A; 1SW6 A; 5FZR A; 2PL2 A; 3AS4 A; 3G2S A; 3VLE A; 1HU3 A; 4FHJ A; 3ZYK A; 3AG3 E; 2GRN B; 1UOH A; 2OV8 A; 2L0T B; 3TWS A; 4YDW A; 4Q94 A; 4CCA A; 1BI7 B; 1TJC A; 4PDX A; 4I1O B; 3UUX A; 2E0I A; 4PS7 A; 3TWV A; 3CST A; 4JHK A; 2QY7 A; 1A17 A; 3R7R A; 5KCM A; 4NRH B; 4UI9 C; 3SBT B; 2Q7F A; 2J07 A; 3ZNG A; 2A4Z A; 4CDR A; 4EEC A; 1MX4 A; 5LCW C; 2C0M A; 2AW6 A; 2UWJ G; 4IN3 B; 3FH8 A; 5IY5 E; 4G23 A; 5LFA A; 3WG7 E; 2LXL A; 5CRU A; 2XPY A; 1AWC B; 1FVH A; 2DYR E; 2F8Y A; 2Y4U A; 1BI8 B; 1Z3Y A; 4JHR A; 4PH4 B; 5EN5 D; 1S64 A; 4NUR A; 3KEA A; 1TYQ G; 4A1G A; 5FZQ A; 5AN8 A; 1U2V G; 4HOR A; 2IO3 C; 1QYM A; 4ILH B; 3ZW3 A; 3S7F A; 4H7Y A; 5M72 A; 3DXK G; 4JB8 P; 2F37 A; 3IBE A; 3D9M A; 3SY2 A; 3ZIM A; 2V4L A; 4AY6 A; 1YYH A; 4OYS A; 1FCH A; 2WMO A; 4B93 B; 2WXF A; 2WQ6 A; 4A3T A; 3DPY A; 1S0P A; 3QJZ A; 3JUI A; 4MS6 A; 2C0L A; 4JHJ A; 3Q7F A; 3EJN A; 1OT8 A; 2LAI A; 3QDN A; 4L2Y A; 5BXO A; 1HH8 A; 3QWW A; 1IXV A; 1WAO 1; 5T4Y A; 3ZGQ A; 3FTZ A; 1MX6 A; 2HE0 A; 4ATZ D; 3D9I A; 5HKP A; 2ETB A; 3DST A; 3NZU A; 3O4Z A; 1INZ A; 1XGW A; 1Z6T A; 3PDN A; 3T8M A; 3DSW A; 5KJK A; 2VQ2 A; 3Q75 A; 3FUD A; 3GW4 A; 5HRY A; 5D66 A; 3ASD A; 4UQY A; 4CRW A; 3Q73 A; 4ANX A; 3NF1 A; 1PAQ A; 2OVB A; 3DPD A; 3HXB A; 4P29 A; 5AYW D; 4F53 A; 3EHM A; 5AIJ A; 3E4B A; 1NI1 A; 1V55 E; 2OND A; 3TWQ A; 1SA5 A; 2F8X K; 4EZK A; 2ZIR A; 1L5J A; 2P9L G; 5AAR A; 4BFR A; 1O5M A; 3B7U X; 5LLI C; 5HI7 A; 5E75 A; 4J8S A; 4XKC A; 2RD0 A; 4BSX A; 2CFU A; 2PQR A; 3BU8 A; 2JLB A; 1KT1 A; 1QQE A; 1EYH A; 2LSU A; 2J8S D; 3D9J A; 4URK A; 4LNB A; 3PVL A; 2VJ8 A; 4YDE A; 4I1A A; 1HZ4 A; 3UTM A; 1A5E A; 1E8Z A; 1S70 B; 3JXJ A; 3ZYM A; 5EX3 A; 4HI8 A; 4K5A B; 4RLY A; 2FUL A; 5ENT D; 5AQB A; 3MKQ A; 2LO6 A; 1V54 E; 4AP2 A; 3RRM B; 3V2O A; 2YNQ A; 3L54 A; 3MX3 A; 2OVF A; 4KVO A; 2QZA A; 3UQ3 A; 1VCB C; 5T8I A; 1QZ2 A; 2P9S G; 3PH0 C; 4GTO A; 4GYY A; 3TWU A; 4DX5 D; 3FU3 A; 2IO2 C; 1TN7 A; 3D3M A; 4U7E B; 4EHM A; 3ONK A; 1FVF A; 3KAE A; 3RRN B; 1XNF A; 2KCL A; 3CVP A; 3PEU B; 3BQO A; 2VGY A; 1JCS A; 2L6B A; 3ASG A; 4HI9 A; 3EHN A; 3ZVV A; 2R59 A; 5CBO A; 3FTY A; 1IKN D; 4GTP A; 3Q5M A; 2X6F A; 5FZS A; 5CEA A; 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