The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
265
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structure length |
265
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Chain Sequence |
HMPNLKPIFGIPLADAVERTMMYDGIRLPAVFRECIDYVEKYGMKCEGIYRVSGIKSKVDELKAAYDREESTNLEDYEPNTVASLLKQYLRDLPENLLTKELMPRFEEACGRTTETEKVQEFQRLLKELPECNYLLISWLIVHMDHVIAKELETKMNIQNISIVLSPTVQISNRVLYVFFTHVQELFGNVVLKQVMKPLRWSNMATMPTLPETQAGIKEEIRRQEFLLNCLHRDLQGGIKDLSKEERLWEVQRILTALKRKLREA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of the RLIP76 RhoGAP-Ral Binding Domain Dyad: Fixed Position of the Domains Leads to Dual Engagement of Small G Proteins at the Membrane.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
RalA-binding protein 1
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| total genus |
92
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| structure length |
265
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| sequence length |
265
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00620 | RhoGAP | RhoGAP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A | Rho GTPase activation protein | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XTL A; 3QIS A; 2MBG A; 3WPQ A; 4FI5 A; 4CQI A; 4EYY R; 3FXD B; 3CXL A; 1XA6 A; 1F7C A; 3BYI A; 2CA5 A; 5JCP A; 3TKL B; 3EAP A; 2C5K T; 3IUG A; 1IJ5 A; 4J2C A; 2EE4 A; 3FK2 A; 1H7C A; 2C5J A; 5C2J A; 1AM4 A; 2NGR B; 1Z0P A; 3N5L A; 3S4U A; 4B6X A; 2IC6 A; 3CKD A; 2X9W A; 3W6R A; 5C5S A; 3L3P A; 1PBW A; 3MXZ A; 3QUJ A; 1RGP A; 4L0R A; 2IC9 A; 3CVR A; 1TX4 A; 5JD0 A; 2XS6 A; 3WPS A; 3MSX B; 2X9X A; 3P7I A; 4DND A; 2OSA A; 1IJ6 A; 1ZKE A; 3FXE B; 1LRZ A; 2C5I T; 2KWH A; 3QK6 A; 1GRN B; 2QV2 A; 2K48 A; 5IRC A; 1OW3 A; 2G0U A; 2OVJ A; 5HPY A; 1QSD A; 3KUQ A; 2KWI B; 2EE5 A; 2X9Y A; 1LVF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JNR A; 1R8I A; 5HEJ A; 3SS1 A; 5TAO A; 4M1P A; 3CQC B; 3N9Q A; 4NXM T; 1IAP A; 3QUJ A; 2CLY C; 4DMW A; 1RGP A; 1W9R A; 4IRE A; 3HA4 A; 5E0O A; 5EZY E; 5AQT B; 4F6R C; 3WAK A; 1UGO A; 2BDE A; 3QB5 K; 4G2A A; 3RX6 A; 2LSY A; 3LK3 B; 2LSI A; 5F5W A; 1PBW A; 2LEH A; 2LRK A; 2E5V A; 1UX5 A; 3NWI A; 3C4X A; 3FZK B; 3DJB A; 2W2U A; 3CWZ B; 2ZM8 A; 3MAC A; 2V7L A; 1OED C; 2LE8 A; 3A5X A; 3RGL A; 4NPP A; 3E0Z A; 3ZCJ A; 5FL1 A; 5FKY A; 1BR0 A; 3KDS E; 4UF0 A; 3O1I A; 4H9N C; 3UUN A; 3MA9 A; 5HYA A; 3LDQ B; 3P50 A; 2QRX A; 3PUV F; 2VB6 A; 5L4E A; 3ESL A; 2QVA A; 4HGA A; 2IML A; 3ZMU B; 2G0U A; 2QGS A; 2KWI B; 4MFR A; 2D9D A; 5JRC A; 4YTN A; 3M65 A; 1CHU A; 2LM2 A; 4PK6 A; 4EEB A; 4CN6 A; 2V5D A; 5L3F B; 4U72 A; 2NW8 A; 4YSX A; 4XAX B; 3SRZ A; 4IE6 A; 4ZXL A; 4U7Y A; 4H63 H; 1IBL T; 2W63 A; 4N78 D; 1KNR A; 2KXP B; 5LGT B; 5AQN B; 3DP7 A; 1XZY A; 3IUG A; 4OX9 T; 4ZS3 A; 5LBQ B; 2DNX A; 3BK9 A; 2LKG A; 1W0B A; 2HN2 A; 1LRZ A; 3SWH A; 5JDM A; 5HXR A; 4IE4 A; 2KMF A; 5HXS A; 1UUS A; 4ZI7 E; 3PUG A; 2LJL A; 4AQY T; 4DR3 T; 1U5P A; 2XAS B; 3PUR A; 2QYW A; 1WLX A; 5FVK A; 2W0G A; 4KMC A; 4HFV A; 4I43 B; 5LA6 E; 4HE8 A; 1M7K A; 3PTR B; 3HR0 A; 1VCT A; 4CI1 B; 2EHO B; 2BG9 B; 2VUR A; 2YKS A; 4O4I E; 3Q5X A; 1U4Q A; 2XAH B; 5HXH A; 3PE0 A; 3AE9 A; 3CX8 B; 3AA6 B; 3EAB A; 3RIU A; 4JUY A; 3E22 E; 5FVL A; 2YEV C; 1W09 A; 3P4S A; 3IEE A; 3UQ7 A; 4GIW A; 2IC6 A; 2BVL A; 2YU2 A; 3AEB A; 2WZH A; 3LJC A; 5F8P A; 4GK0 E; 2DWK A; 1N36 T; 4ZI2 D; 5AQM B; 3F57 A; 4KUM B; 4AQF C; 5LCY A; 3ZYM A; 2DL1 A; 2PBI A; 4UIG A; 3PUX F; 2JJ9 A; 1VRB A; 4KP3 C; 4AKH A; 2ES0 A; 4HWF A; 4I50 E; 4B3R T; 2V6Y A; 3B13 A; 5AQV B; 3RRC A; 3ZN1 B; 3AEG A; 1QLB A; 2VWA A; 1BR2 A; 4WW0 A; 3RYF E; 5J1G A; 4DR6 T; 4DND A; 4ANJ A; 3QNU A; 3MSX B; 4DR7 T; 4PJM A; 2VVN A; 3ZYL A; 2XZE A; 2IAK A; 5AFU L; 5CFB A; 3OTO T; 4XBF B; 5LOV E; 4ERR A; 5C8Y E; 5ABF B; 2XPK A; 4JI5 T; 3ZLI A; 2I0M A; 1HR0 T; 4H9P C; 5AQP B; 2HH7 A; 3AEE A; 1N32 T; 2V26 A; 4DID B; 5FXV A; 1W0A A; 4LF8 T; 3I0O A; 2HPL A; 2OV9 A; 4JYA T; 4TNW A; 1Z8U A; 2IC9 A; 3NZQ A; 4LML A; 4B3T T; 3O4X E; 4AIS A; 1T7S A; 4HWI B; 3ZJ2 A; 2WDR A; 5BMV E; 5LMU T; 3RYI E; 4LMJ A; 3K8P C; 2C5K T; 5BR8 T; 4JEU B; 4QX8 B; 5JDH A; 2LHN A; 2UUC T; 4ZZC A; 2BS2 A; 5M4Y A; 2LSK A; 1J1J A; 4DR4 T; 4QXC B; 4H9S E; 3K3N A; 2VK9 A; 2H89 A; 2XY8 B; 2FJB A; 5JDF A; 4EOZ B; 4C91 A; 4QWN B; 3S4U A; 4A56 A; 2M6I A; 2E9X A; 1T8B A; 3EAM A; 4AQF A; 4DO0 A; 3K1S A; 3P4P A; 2IUB A; 4DV1 T; 3AVS A; 4TUY E; 1MNE A; 1B7T A; 4PFO A; 4COF A; 3AE4 A; 3C4W A; 5KX5 E; 2ZM6 T; 2V7I A; 3MZK B; 4EIW A; 5JD0 A; 4IL4 A; 4U31 A; 5LGN B; 5HWX A; 3RPU A; 3CML A; 2EHO D; 3QIS A; 2AE9 A; 4EAH A; 2Z6E A; 3V5U A; 1F7C A; 4LMK A; 3TLU A; 2V8S V; 2H88 A; 1IBM T; 3AEC A; 4PFP A; 1XWM A; 3K3O A; 2RA1 A; 5H6Q B; 3EVY A; 1MMN A; 2UU9 T; 3NVO A; 3ZMZ B; 4DR2 T; 1OW3 A; 3BQK A; 2D5U A; 3I9W A; 3FBL A; 2IW5 B; 2NTY A; 4PJL A; 4CI3 B; 4TV8 E; 2J62 A; 4X20 E; 2XHE B; 4YY3 T; 1E2A A; 2HN1 A; 4Q25 A; 4KHP T; 2X0Y A; 1IZN B; 3NZP A; 5CB4 E; 4PNI A; 3Q5W A; 4CZZ B; 5KMG P; 3PV0 F; 3A7M A; 2QA7 A; 5LHH B; 4UF0 B; 3RIF A; 2P9B A; 2CBI A; 5JH7 E; 1D1C A; 2MOZ A; 1IJ6 A; 4EXT A; 3LSV A; 3ZT6 A; 5CA1 E; 4JLE A; 4BJM A; 2Q9Q C; 5AQR B; 1J5E T; 3H3M A; 1OED E; 3ONX A; 4IE0 A; 3BYI A; 3H3A A; 5JRC B; 2CXF A; 3B57 A; 2RPA A; 5JQG E; 2XQ8 A; 2KWH A; 2L8K A; 4YFS A; 2BVM A; 2A2F X; 2JQH A; 3RQU A; 4IE5 A; 5IYZ E; 5FNV E; 2MBG A; 4HWC A; 2PTF A; 1WYC A; 1MIV A; 4OYJ A; 4KBM B; 3PUA A; 3VR9 A; 3JAF A; 3ZMS B; 1HF8 A; 1HX8 A; 5L3G B; 2VVS A; 2Y48 B; 2XQ5 A; 3AEA A; 2BBJ A; 4BA9 A; 4WBN E; 4H9R C; 3UT5 E; 1OWA A; 3UU4 A; 5JR9 A; 3PUQ A; 5JDQ A; 4AI6 A; 2L9Q A; 5HEU A; 2CBJ A; 2M6B A; 2UXB T; 4JBW F; 4I4T E; 3F2E A; 4P0B A; 3Q9D A; 5LYJ E; 5ABE A; 2YDS A; 3U3I A; 3C4Z A; 4UR9 A; 3AVR A; 3JC6 C; 4P0A A; 5LBM A; 4O8S A; 4IDN A; 4IDQ A; 4TZ4 C; 2JIW A; 4QXB B; 2J1D G; 3RYC E; 2W00 A; 2VKO A; 3PUY F; 2NW9 A; 2YU1 A; 1UX4 A; 4EYY R; 1Y64 B; 2WWV A; 3KV9 A; 4UEL A; 3T8O A; 2VQF T; 5CA0 E; 1D0X A; 2JQK A; 4ZI2 C; 3ETV A; 4JI8 T; 1VOM A; 4QH1 A; 1D0Y A; 2XAG B; 2XQA A; 3J9X 1; 2V6Y B; 3AAA B; 2K24 A; 3FZL B; 5IHY A; 5C2J A; 3PUW F; 1MIY A; 5C3J A; 2WCA A; 1SHZ C; 3WPS A; 5HEO A; 4F8H A; 3AAE B; 5FP3 A; 2J47 A; 3KUQ A; 4DVD A; 4DV4 T; 2Q9Q D; 5L4H A; 4DV3 T; 2V7M A; 1VCS A; 5F3J A; 5JDN A; 3PJA J; 2MPK A; 3FK2 A; 2BG9 E; 2W67 A; 3AXJ A; 5J2T E; 2V5C A; 3RKG A; 2VAS A; 4KHZ F; 5ADX L; 1UCU A; 2X68 A; 2DWG A; 3L3P A; 3UQ4 A; 2BKO A; 4X64 T; 3CQG B; 2ZMA A; 4TNV A; 4PJJ A; 1YXR A; 1KNZ A; 4QH4 A; 4BAY B; 1HCI A; 2X0H A; 3OVU A; 4KI0 F; 3N9O A; 3UFG A; 5KXJ A; 4CXY A; 5DAB A; 4QHO A; 5FXX A; 5LHI B; 3Q5E A; 4EED A; 3EAP A; 2XM1 A; 3FB2 A; 4YJ3 E; 4GKJ T; 3PUS A; 2WMO A; 3LBX A; 2W62 A; 4AIU A; 3W6R A; 2FJE A; 5HCJ A; 4ZHQ E; 3RKO A; 4HEA A; 3CKD A; 2X9Y A; 5ETW A; 5LHG B; 4Z8X A; 3OJA A; 1ZHC A; 2VL8 A; 4DV2 T; 3KVB A; 2LM9 A; 5CGM A; 5LG4 A; 4X5T A; 1FJG T; 1H7C A; 3N2G E; 2H7O A; 2CWY A; 3N5L A; 4ZI3 D; 4B6X A; 2WAU A; 3LK2 B; 2KLQ A; 4EZH A; 1ZKE A; 1XDO A; 1KNP A; 1BR1 A; 2E9X B; 1SE7 A; 2CCQ A; 3JC6 D; 2Y6X A; 2WBL A; 3ZT5 A; 3W15 B; 2WQY A; 5C2T A; 2V7J A; 2W4X A; 2KIN B; 4GKK T; 4X1I E; 1E1H B; 2LOS A; 2C5I T; 2FJA A; 4GYR A; 3EHZ A; 2XJ7 A; 1OED A; 2ODU A; 2ACZ A; 2Y8D A; 3R84 B; 4ASK A; 3VKH A; 2EE4 A; 4ZZB A; 1M62 A; 3AE3 A; 3FZH B; 4EV6 A; 3ZSS A; 2X9X A; 4AQG A; 2EHO C; 2BG9 C; 1YQ4 A; 1FEW A; 4V1A v; 4FJO A; 3FXD B; 3AE8 A; 4O4H E; 3JAE A; 3P4Q A; 5LJM A; 4Z90 A; 4HKA A; 4QH5 A; 2LT3 A; 5FY1 A; 1ZP0 A; 2X51 A; 5JRE A; 4L9I A; 3UU8 A; 3QB5 A; 2FJD A; 4B3S T; 5HCM A; 5HEH A; 3VR8 A; 3Q5D A; 3AB3 B; 4HFD A; 1L0V A; 3O1J A; 4IT4 A; 5HWY A; 3AE2 A; 4DV0 T; 1EZ3 A; 1TX4 A; 2MTQ A; 2BKN A; 1UUR A; 3EDV A; 3OYZ A; 2WB5 A; 4GK5 E; 2LHR A; 1YW0 A; 1GQE A; 3NKZ A; 2CE7 A; 2WY2 A; 3CPZ A; 1NAF A; 5DJQ C; 5A1L A; 4L0R A; 3Q2M A; 3IF8 B; 3QK6 A; 2UXD T; 5JDG A; 5HPY A; 4MHC A; 4MLK A; 4AKR B; 2CPT A; 2VL0 A; 5LXT E; 2XAJ B; 4H63 V; 4DV7 T; 3FZF B; 5EK3 A; 3AA7 B; 3L8R A; 3RI5 A; 2B1E A; 3OYX A; 1KF6 A; 2IHR 1; 3P7I A; 5ABG A; 3I1A A; 1FIO A; 3F31 A; 2WDV A; 4O4J E; 4HFE A; 5FXZ A; 3AE6 A; 4PK5 A; 5L3B B; 2UXN B; 2F4V T; 2A3D A; 4G63 A; 3HKB E; 3DTO A; 4DV6 T; 2DHR A; 3RLF F; 1XMO T; 2V6X A; 3I9Y A; 4ILA A; 1MMD A; 5HAX A; 3O1H A; 5AQL B; 1QSD A; 5JR9 B; 1BR4 A; 3FHN A; 1SA0 E; 3QC9 A; 4NUU A; 4E7Z A; 3ANW A; 1NWM X; 4YTP A; 2EHO A; 2BG9 A; 4YT0 A; 1G73 A; 4MBQ A; 4ISS A; 3ZKR A; 2E2A A; 2JMK A; 4IIJ E; 2LRL A; 4LF4 T; 1LVF A; 3N9M A; 3ZT7 A; 3VU7 H; 5L3E B; 4QXH B; 4A5X A; 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