The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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Knots found |
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sequence length |
301
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structure length |
289
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Chain Sequence |
MVILGVGYFLLGLILLYYGSDWFVLGSERIARHFNVSNFVIGATVMAIGTSLPEILTSAYASYMHAPGISIGNAIGSCICNIGLVLGLSAIISPIIVDKNLQKNILVYLLFVIFAAVIGIDGFSWIDGVVLLILFIIYLRWTVKNGPSVVFSLVLLIIGLIGVLVGAELFVDGAKKIALALDISDKVIGFTLVAFGTSLPELMVSLAAAKRNLGGMVLGNVIGSNIADIGGALAVGSLFMHLPAENVQMAVLVIMSLLLYLFAKYSKIGRWQGILFLALYIIAIASLRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal transport
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
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| molecule keywords |
Sodium/Calcium Exchanger
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| total genus |
109
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| structure length |
289
|
| sequence length |
301
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01699 | Na_Ca_ex | Sodium/calcium exchanger protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | A middle domain of Talin 1 | A middle domain of Talin 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HXR A; 5JDG A; 5HWX A; 3V5U A; 5HXE A; 5JDM A; 5JDQ A; 5HYA A; 5JDN A; 5JDH A; 5HXC A; 5JDL A; 3V5S A; 5JDF A; 5HXS A; 5HWY A; 5HXH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JLE A; 5HXC A; 4IDQ A; 5AQJ B; 2CXL A; 1MMN A; 2E9X A; 2JPF A; 2X66 A; 1W9R A; 4DBQ A; 1S35 A; 4O4L E; 3AT7 A; 4V1A v; 4CN6 A; 2IML A; 5EK4 A; 4C91 A; 3UUB A; 3GN5 B; 2K48 A; 2JQQ A; 2NW8 A; 3CQX C; 5F3J A; 3WI3 A; 4GYR A; 4G63 A; 4AQF C; 2QA7 A; 3FZM B; 4AKI A; 4JYA T; 3CX7 B; 1SHZ C; 2ZMA A; 4QH1 A; 1XDO A; 2C5K T; 3Q5D A; 2KGX A; 2V7L A; 2W0G A; 2UXN B; 4K0K T; 5JDF A; 1XMO T; 3M1C A; 1KF6 A; 4X5T A; 3GMI A; 3MKD A; 3ZT5 A; 2XUE A; 2G0U A; 4CI2 B; 1IAP A; 1XDP A; 1YQ3 A; 5LMN T; 3OJA A; 4YJ3 E; 2X67 A; 3I9W A; 4YSX A; 4YT0 A; 1MND A; 3N2G E; 1ZV4 X; 5LXT E; 2ACZ A; 1IBM T; 5AQQ B; 2XQ4 A; 4HFV A; 2XTL A; 4F8H A; 2A3D A; 3ZMT B; 4YXD A; 4LF8 T; 1X9B A; 3N9L A; 4PJN A; 4JI8 T; 2W4X A; 4WBN E; 2ES0 A; 3AE9 A; 3O1I A; 2BKO A; 2XM1 A; 3MZK B; 2QGS A; 5LHI B; 4M1P A; 4X66 T; 2X0C A; 1S94 A; 2DWG A; 3HKB E; 2E9X C; 4XBF B; 4U74 A; 4GKK T; 5HXH A; 4YHJ A; 2Y48 B; 4L5G A; 4JI5 T; 4CI1 B; 5ETW A; 3A5X A; 3GN5 A; 2BG9 C; 4ADZ A; 3B57 A; 5ADX L; 1LVF A; 1WYB A; 2XPK A; 2H7O A; 4HGA A; 1IBK T; 1D1C A; 3AE1 A; 4ECG A; 4EYU A; 4I43 B; 3PE0 A; 4N78 D; 4HWC A; 5LG3 A; 5L3C B; 4AXP A; 4IE6 A; 3ZC0 A; 4TWD A; 2XHE B; 2V6Y B; 2W66 A; 3N5L A; 3FXD B; 4JEH B; 2DL1 A; 2XAQ B; 3Q5X A; 2YDS A; 3HR0 A; 1HFA A; 5HXR A; 2WWV A; 2WM9 A; 1KNR A; 2E9X D; 3PJA J; 3ZCJ A; 5DJQ C; 3CWZ B; 1EZ3 A; 2KND A; 2LSG A; 2WZH A; 4ZEY A; 3KVB A; 1UK5 A; 4YTM A; 4P1N A; 4ZI7 E; 4B3S T; 2M6B A; 3VR9 A; 4YJ2 E; 4AI6 A; 2DI4 A; 4U3C A; 4X1K E; 3K1S A; 2WMN A; 4IIJ E; 1VCT A; 4HKA A; 3B13 A; 2NW9 A; 3PUZ F; 1XZY A; 4CXW A; 4X1I E; 2PTF A; 1HTJ F; 5AQI B; 4IDP A; 3RHW A; 5HEH A; 4HFI A; 2I59 A; 4HFE A; 4KHP T; 3TLT A; 4I0U A; 5HCJ A; 4U2Y A; 3E08 A; 4DND A; 2N2N A; 3PJA A; 5LNK A; 3EI0 A; 5HXE A; 3AE5 A; 3CIR A; 1WR0 A; 4UIG A; 4DV1 T; 4JI0 T; 3IBP A; 2H89 A; 2NTX A; 5LHG B; 1BR0 A; 4B3R T; 4W8P A; 1HNX T; 4QH4 A; 1HG5 A; 4O4J E; 4EV6 A; 2L9Q A; 2X0H A; 4WBO A; 4XAX B; 5E0O A; 3RPU A; 3RYI E; 3V5S A; 3Q5E A; 1D1A A; 2VUR A; 1T7S A; 5LGT B; 2BKN A; 2NR4 A; 4A56 A; 3KFW X; 3FYQ A; 4OYK A; 2XSA A; 3H3M A; 4DR4 T; 2LM9 A; 2HPJ A; 5KX5 E; 5IHY A; 5EZY E; 1CUN A; 5JDG A; 3X1D A; 1YQ4 A; 2Y6X A; 3TLW A; 2MAW A; 4EB6 E; 5FVL A; 5HYA A; 4ZZB A; 1U4Q A; 1H7C A; 4ILB A; 5L47 A; 1OXZ A; 4QWN B; 3L8R A; 2XSB A; 4DV7 T; 3UUX B; 3R6N A; 4Z91 A; 4HWI B; 4H9P C; 5CJ5 A; 1HX1 B; 1W09 A; 5JVD E; 3CPZ A; 3N9N A; 5L3G B; 5LGU B; 3EHZ A; 4AKH A; 3H3A A; 2W62 A; 2H88 A; 3K3Q C; 2WWU A; 3AY5 A; 2XJ7 A; 2B76 A; 5JTG A; 4IL9 A; 2ODU A; 4ZI2 C; 2EHO B; 3PUG A; 4JI1 T; 1T98 A; 3L09 A; 3F2E A; 4A5X A; 5J2U E; 3C4X A; 3C98 B; 4ASK A; 4HWD A; 4TN7 B; 2KMF A; 2WCA A; 5FY7 A; 2KXP B; 2XQ3 A; 3UT5 E; 2WMO A; 2LRL A; 2VWA A; 3HA4 A; 2BS4 A; 4TNV A; 2YDQ A; 2CE7 A; 3BQL A; 2FJA A; 3FBL A; 2DCF A; 2VKO A; 2XQY A; 2C5J A; 5AQR B; 2CWO A; 3PF0 A; 4MBQ A; 5HEG A; 4F6R C; 5EK2 A; 3ZN0 B; 1WFD A; 3FB2 A; 4B6X A; 3W15 B; 3HKD E; 4GOU A; 3PUR A; 2LKH A; 4I50 E; 5BR8 T; 3BK9 A; 3EDU A; 2UXC T; 3RYF E; 4DV6 T; 4DUY T; 4ZI2 D; 4H9O C; 2W67 A; 1YD8 G; 3SRZ A; 2PBI A; 4MLK A; 3LDQ B; 3MA9 A; 3ZMS B; 4PNI A; 3C64 A; 3OBV E; 4FJO A; 3ZT6 A; 2KZ7 B; 4ZI3 C; 5AQK B; 5KMG P; 4IE0 A; 2JQK A; 1UCU A; 3RGL A; 3J7Y q; 3CML A; 3VR8 A; 4QXB B; 5AQU B; 4GK0 E; 4U31 A; 2L7N A; 3ZN1 B; 1NEN A; 4LFA T; 4TWF A; 2L10 A; 1BR1 A; 3EAB A; 3NWI A; 3AE3 A; 3F31 A; 1Y01 A; 4DR2 T; 2WDV A; 3ZC1 A; 1HNZ T; 5L3F B; 2EHO A; 5L3B B; 3CVR A; 2UU9 T; 4IHJ E; 2H7V C; 5LJM A; 1E7P A; 3V5U A; 4DR1 T; 2B1E A; 3SFD A; 2KWH A; 5HWX A; 2ZM8 A; 2KBB A; 2XQA A; 3QB5 K; 5CGM A; 2VL8 A; 3T1H T; 1AJ3 A; 2HN1 A; 1UUR A; 3AAI A; 5H6R B; 4ZI3 D; 1LRZ A; 4EZ4 A; 2BDE A; 4KI0 F; 1WR6 A; 3P4S A; 3FZF B; 4O2A E; 3AEA A; 5HEJ A; 2V7M A; 2HN2 A; 2VB6 A; 2RA1 A; 4ILC A; 2LE8 A; 3DTO A; 2E5L T; 3AEG A; 1WLX A; 4H9N C; 1KNP A; 3ONX A; 5JDQ A; 2C5I T; 5H6Q B; 3FHN A; 4UXN B; 3B5M A; 4PK4 A; 1ZKE A; 1V9D A; 1Z8U A; 2MTQ A; 3CX8 B; 2FUP A; 4B3T T; 2FJD A; 1G8X A; 3LK4 2; 5J1G A; 2W2U A; 2D0T A; 4DV4 T; 4Z8X A; 3DP7 A; 5FMN A; 4O2B E; 3HKC E; 3UQ7 A; 3NZQ A; 5AQN B; 4IGU A; 2X9H A; 3RLF F; 3M65 A; 5FYM A; 4ISS A; 1SJ8 A; 2EHO C; 4L9I A; 5C2T A; 3N9O A; 2XAS B; 1NEK A; 2XAH B; 4BJN A; 4UR9 A; 1VRB A; 3PV0 F; 1FEW A; 2D0U A; 2V7K A; 1ZOY A; 5L4H A; 5DAB A; 4B3M T; 3ZJ1 A; 3ZJ2 A; 3RKG A; 5FXZ A; 4BJM A; 2WDQ A; 3IHR A; 5HXS A; 2CWY A; 3SFE A; 5FXW A; 2V5C A; 2MYS A; 2KIN B; 2LKG A; 3U3I A; 4GK5 E; 2ZLY A; 2BG9 E; 3PU8 A; 3JAE A; 5CFB A; 3O1H A; 5FNV E; 2IC6 A; 4TWH A; 3AA7 B; 4BA9 A; 4DUZ T; 2UXD T; 4PJL A; 4JI6 T; 3I9Y A; 2E8I A; 2JMH A; 4E7Z A; 5FY1 A; 1O3X A; 2CA5 A; 2DLR A; 5JRE A; 5HCM A; 4LMK A; 4IE4 A; 2EHO D; 5AQT B; 3P4Q A; 4DVD A; 3ESL A; 3RQU A; 5JR9 A; 3M3Z B; 4X1Y E; 2BVM A; 4X62 T; 3SS1 A; 3RRC A; 3UFE A; 2JJ9 A; 3Q2M A; 3UUM A; 3KV6 A; 4F7G B; 3C4Z A; 4IST A; 4LF4 T; 3RIU A; 2CLY B; 3C4W A; 4CN1 A; 5LMU T; 2IIU A; 4YY3 T; 1DU2 A; 2OA5 A; 4TV8 E; 2VVS A; 3GWH A; 1D0Y A; 2WS3 A; 5FVK A; 2ACX A; 3AAA B; 3OPC A; 4IDN A; 3ZST A; 2F4V T; 1B7T A; 1SE7 A; 2W61 A; 3AA6 B; 4CXX A; 2XAJ B; 1HG2 A; 3P8C D; 1JNZ A; 3L3P A; 2FBW A; 2KVP A; 4H9Q C; 3P4P A; 5CB4 E; 3PHF 1; 4EGW A; 1YW0 A; 3ABV A; 5T1D A; 2LLY A; 2L8K A; 3EDV A; 3OYZ A; 3AE7 A; 3PU3 A; 1WCR A; 2E5V A; 5LCY A; 4DMW A; 4TUY E; 2WAU A; 3GA8 A; 4O4I E; 4H63 H; 4J2C A; 4LML A; 3HI2 A; 2VL0 A; 2I0M A; 2JIW A; 4PAG A; 4UVA B; 5HAX A; 4AIU A; 4KX6 A; 2LSY A; 4HFH A; 4MAL A; 5AFU L; 3MAC A; 5JR9 C; 4JI2 T; 3UQ4 A; 4OK0 A; 3ANW B; 2CBI A; 3ZYM A; 2XQ9 A; 3OVU A; 2I6H A; 3N9P A; 2WSS V; 3RIU C; 2XQ7 A; 3EVY A; 5IYZ E; 2YIN A; 1XMQ T; 3AE8 A; 4NPP A; 4DR3 T; 1BR4 A; 4H63 V; 3QOF A; 1CHU A; 2KWI B; 4YTP A; 3QUJ A; 5AQV B; 2E2A A; 3MJX A; 2R6G F; 4WYV A; 4JBW F; 3JC6 C; 2N9D A; 2XAF B; 2NOX A; 4WZX A; 4DV0 T; 1E2A A; 4ZS2 A; 4P0A A; 3FZL B; 1Y64 B; 1OED E; 3RIA A; 3P7I A; 3ETU A; 1T8B A; 5JQG E; 4HN9 A; 4X65 T; 1N36 T; 3ZPO A; 4HE8 A; 2V8S V; 4IE5 A; 2ZM2 A; 4EIW A; 1XNQ T; 2PG8 A; 2MOZ A; 4X20 E; 4NUU A; 2MPK A; 5FXV A; 3UUL A; 5IWA T; 1I94 T; 4A98 A; 2LEH A; 3K3N A; 3NZP A; 1J5E T; 1LVK A; 3UU6 A; 5FL1 A; 2YN6 A; 4KMC A; 4CN4 A; 1KK7 A; 2VKJ A; 4UV9 B; 4COF A; 5JRC B; 5AQM B; 3PTR B; 5HWY A; 2VVN A; 4YLH A; 4DBR A; 3LFM A; 3ZMU B; 1SUM B; 2YU2 A; 3KV9 A; 4ONR A; 3ANW A; 3UUN A; 1IZN B; 2A2F X; 2WZI A; 3PUS A; 1X79 A; 2Q9Q B; 2CLY C; 5LB7 B; 2YKS A; 4C90 A; 3A8Y C; 2IDO B; 2KLQ A; 5AQS B; 5A1L A; 4L0R A; 1MNE A; 2V7I A; 4HEA A; 3FZH B; 5GON E; 5LP6 E; 2L3L A; 3LBX B; 4UEL A; 3ZSS A; 5F5W A; 3Q9D A; 3ETV A; 3UU8 A; 4ZOL E; 2X0L B; 2D2S A; 3RC8 A; 2J4G A; 1J1J A; 1MMD A; 2SPC A; 3CK6 A; 2QYW A; 1UX5 A; 4OYJ A; 1L0V A; 2WDR A; 1N32 T; 5EK3 A; 2QRX A; 2OLT A; 5JDH A; 1HNW T; 2X0Y A; 4H9R C; 3VKG A; 1QLB A; 3RKO A; 1W0B A; 3N9Q A; 2LSJ A; 3U78 A; 2WBL A; 3ZKR A; 2HHH T; 3LSV A; 2CEA A; 3QK6 A; 3OKQ A; 3O9X A; 4TZ4 C; 2BS3 A; 2LRK A; 4ILA A; 5LYJ E; 2RP4 A; 5AQF B; 3KVA A; 5ABH A; 4ZZC A; 4A97 A; 2XQ5 A; 3P4R A; 2WQY A; 2K5B B; 3AEE A; 3K8P C; 4UVC B; 5FZT A; 5J2T E; 5FP3 A; 5JRC A; 3O1J A; 3N9M A; 3I0Q A; 5LA6 E; 3AEB A; 2V6X A; 3PUA A; 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