The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
132
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Knots found |
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sequence length |
304
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structure length |
297
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Chain Sequence |
MVILGVGYFLLGLILLYYGSDWFVLGSERIARHFNVSNFVIGATVMAIGTSLPEILTSAYASYMHAPGISIGNAIGSCICNIGLVLGLSAIISPIIVDKNLQKNILVYLLFVIFAAVIGIDGFSWIDGVVLLILFIIYLRWTVKNGSAKNNPSVVFSLVLLIIGLIGVLVGAELFVDGAKKIALALDISDKVIGFTLVAFGTSLPELMVSLAAAKRNLGGMVLGNVIGSNIADIGGALAVGSLFMHLPAENVQMAVLVIMSLLLYLFAKYSKIGRWQGILFLALYIIAIASLRMGGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of extracellular ion exchange and binding-site occlusion in a sodium/calcium exchanger
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
sodium,calcium exchanger
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| molecule tags |
Membrane protein
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
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| total genus |
132
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| structure length |
297
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| sequence length |
304
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01699 | Na_Ca_ex | Sodium/calcium exchanger protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | A middle domain of Talin 1 | A middle domain of Talin 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V5U A; 5JDF A; 5JDH A; 5HWY A; 5HXR A; 5HXC A; 3V5S A; 5JDG A; 5HXH A; 5HXS A; 5HWX A; 5HXE A; 5JDL A; 5JDQ A; 5JDM A; 5JDN A; 5HYA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O4X E; 1UX5 A; 2W2U A; 2IDO B; 3AE3 A; 3E08 A; 2XHE B; 2XY8 B; 2V7L A; 3U78 A; 3K3N A; 3MXZ A; 3C4W A; 5LBM A; 2LKH A; 1Z8U A; 4AIS A; 1WCR A; 2WB5 A; 2CWY A; 1BR4 A; 5HAX A; 2LOS A; 3JAE A; 2UXX B; 2CHN A; 5EK2 A; 4N78 D; 5M4Y A; 4I50 E; 3RRW A; 1B7T A; 2D0U A; 1NEK A; 5HEG A; 1FJG T; 3HA4 A; 3RF1 A; 4JEU B; 4B3T T; 2X68 A; 4UVC B; 4OK0 A; 3JC6 C; 2V8S V; 2XAG B; 4DVD A; 2LOP A; 3Q5X A; 4LF4 T; 5LGU B; 1OED E; 3ONL C; 4GK5 E; 1XMO T; 4TWF A; 2MBG A; 2MTC A; 5LGN B; 4JBW F; 2UXD T; 3AA7 B; 3Q9D A; 1VCS A; 2HN2 A; 1QUU A; 3EI0 A; 3PUG A; 2V6X A; 4DV5 T; 4WNK A; 3PUZ F; 1G73 A; 2KND A; 2DLR A; 4DND A; 3F2E A; 2IC6 A; 3ZC0 A; 4WBN E; 3N5L A; 3AY5 A; 5LHH B; 4ANJ A; 4PJN A; 3WAJ A; 2DWK A; 4HWF A; 2ZM8 A; 2D5U A; 4UVB B; 2MPK A; 4Q25 A; 1SJ8 A; 3L09 A; 4EED A; 4I0U A; 2LSG A; 2ES0 A; 5LMN T; 3RC8 A; 2XQA A; 2CXL A; 2V7K A; 3SRZ A; 3LSV A; 3AAA B; 4QH1 A; 4B3S T; 4NXN T; 4QXC B; 5HXH A; 1MMA A; 4ILA A; 2BKN A; 3TKL B; 5JRC B; 1KNP A; 3UFE A; 4PJM A; 5GON E; 2PBI A; 2UXN B; 3AE6 A; 2VQE T; 3C4X A; 3ZMU B; 2VQF T; 3M1C A; 1VCT A; 4KHZ F; 4DV3 T; 1X9B A; 2Y8D A; 4PAG A; 3PJA J; 4GYS A; 4LF8 T; 3ESL A; 1XNR T; 3J7Y q; 4GK0 E; 3FYQ A; 1HR0 T; 4OFZ A; 3NRX A; 3KFW X; 3NKZ A; 1HCI A; 5JDN A; 3PTR B; 4WBO A; 3IEE A; 4F6R C; 3L3P A; 4XBF B; 3BK9 A; 5AQM B; 3UQ4 A; 2NWB A; 4MAL A; 4DR5 T; 1ZHC A; 2CE7 A; 3MZK B; 2HPL A; 5H6R B; 3PHF 1; 4ZI7 E; 4H63 H; 3GWH A; 3RLF F; 1O3X A; 4U3C A; 4QXB B; 4CXX A; 2L10 A; 2KSR A; 4LF6 T; 2ODU A; 1KK7 A; 4ZI3 C; 2CM0 A; 3I9W A; 4YLH A; 4LFA T; 2FUP A; 4AI6 A; 3PDY A; 3P50 A; 2L3L A; 3CVR A; 4TNV A; 3AEG A; 2X0H A; 2JMH A; 4Z90 A; 1IBM T; 3EAB A; 3OYX A; 2Q9Q A; 2LEH A; 1HTJ F; 5KDM C; 4NXM T; 3ZT7 A; 1YW0 A; 2PG8 A; 2XQ8 A; 1XNQ T; 4DBQ A; 5F5W A; 5DQW A; 3DTO A; 4LMJ A; 2IW5 B; 3MJX A; 1M7K A; 3KBT A; 5BMV E; 4HFB A; 4DV0 T; 1SUM B; 3AXJ A; 4MLK A; 2I59 A; 1WYB A; 3UTK A; 4HE8 A; 4A56 A; 4JI1 T; 1I94 T; 3L39 A; 1UCU A; 1WR0 A; 3LBX A; 4NPP A; 2MAW A; 2CXF A; 3EDV A; 4I4T E; 4BJN A; 4PFP A; 4UIG A; 4XZC A; 2A3D A; 4GOU A; 4IDQ A; 3RYH E; 1T98 A; 2VKO A; 4GIW A; 2VK9 A; 2E9X D; 2IUB A; 3WSC A; 4MBQ A; 3SFD A; 4WYV A; 4KP3 C; 4YTP A; 1NWM X; 4L5G A; 4CN4 A; 4AQF C; 4TWD A; 3LK3 B; 4HWC A; 2LSI A; 4U33 A; 3HKD E; 3JC6 D; 1QLB A; 5JDL A; 2XPK A; 2F4V T; 1Z0P A; 2WQY A; 2A9U A; 1KNZ A; 5AQQ B; 2IC9 A; 3C98 B; 1HFA A; 5L3E B; 3ZJ2 A; 4DBR A; 1HNW T; 2YU1 A; 3PUQ A; 2CLY C; 2KMF A; 1T8B A; 4NUV A; 2X66 A; 3ZT6 A; 1NEN A; 3PU3 A; 4CI1 B; 5LOV E; 1S35 A; 4YFS A; 3C4Z A; 4DR3 T; 2B1E A; 3CKD A; 2CCQ A; 2VKD A; 2N1G A; 2DCF A; 4AKI A; 2WBL A; 2LM2 A; 3VJZ A; 3C50 A; 3KV6 A; 2WDV A; 1IBK T; 5F8P A; 4V1A v; 4EIW A; 2WMO A; 3RH3 A; 3TLT A; 2BZB A; 2YU2 A; 4IL9 A; 4YTN A; 5C8Y E; 5FVL A; 3K3O A; 3H37 A; 5FVK A; 3OKQ A; 4L0R A; 3VRA A; 4P1N A; 5L3F B; 1KF6 A; 2IIU A; 4YHJ A; 3VR9 A; 2CLY B; 3RKG A; 5LXT E; 1IBL T; 3Q5E A; 2A72 A; 3A7M A; 4JI2 T; 3AED A; 3NBX X; 4EB6 E; 1HS7 A; 4LF9 T; 2BDE A; 4TNW A; 2E2A A; 3FBZ A; 4PK6 A; 3ZJ1 A; 2LQU A; 1LVK A; 5IUX A; 4JI0 T; 2PTF A; 3RIU A; 2J47 A; 3FZF B; 3TLS A; 4GYR A; 3AB3 B; 3UU3 A; 1E7P A; 5LHI B; 1YD8 G; 4IST A; 2KBB A; 4MFR A; 3E22 E; 3WAK A; 4O4I E; 4QXH B; 5CGM A; 3N9L A; 4KBM B; 2UXB T; 4TWH A; 5J0Z A; 1LRZ A; 2W4X A; 3FB2 A; 3ETV A; 3I1A A; 3UFG A; 3N9N A; 2K3W A; 4AXP A; 2VL8 A; 3UT5 E; 3GA8 A; 5FYM A; 3RQW A; 3UU5 A; 4HWI B; 2X67 A; 4DR4 T; 2XQ4 A; 2WU5 A; 3GN5 B; 2WM9 A; 2WY2 A; 4ZZC A; 4CI2 B; 2WWV A; 4TUY E; 2ZLY A; 3AEE A; 3K3Q C; 5EZY E; 4UV9 B; 1HF8 A; 2CA5 A; 4ZI3 D; 5LG3 A; 2YDR A; 3AXJ B; 2V6Y A; 2V7I A; 2CEA A; 4F8H A; 5LJM A; 3NRY A; 4A98 A; 5FP3 A; 3ZEF B; 3CQC B; 1KNR A; 5CA0 E; 4X66 T; 3DP7 A; 2W63 A; 2KWI B; 1ZKE A; 3QUJ A; 1WR6 A; 4HFI A; 4LFC T; 3AAE B; 4E7Z A; 5JRE A; 5HXR A; 3RRC A; 1XWM A; 4UEM A; 5AQP B; 2VUR A; 1XZY A; 2A2F X; 3OBV E; 5LNK A; 2VWA A; 2FJD A; 4O2A E; 5J1G A; 2BBH A; 3CPZ A; 3NZQ A; 1SE7 A; 4BAY B; 2LHR A; 2JJ9 A; 1KFY A; 4ZS2 A; 4IE0 A; 1MIY A; 5ABE A; 1ZP0 A; 4IDN A; 2RA1 A; 4EGW A; 5FL0 A; 3UUB A; 1GQE A; 2X9H A; 4YT0 A; 5JDG A; 5AQS B; 4X20 E; 4OHF A; 3KDS E; 4CZZ B; 5AQG B; 5LMU T; 2XAS B; 1T7S A; 4J2C A; 2CRB A; 4YJ2 E; 3O1I A; 4TZ4 C; 2ZMA A; 4U74 A; 2NOX A; 4JYA T; 3EHZ A; 3RIU C; 1YXR A; 3MA9 A; 5T1D A; 4DR6 T; 4FI5 A; 5E0O A; 3PUX F; 2VAS A; 2EHO A; 4U2Z A; 2XQ6 A; 1V9D A; 3RQU A; 4HFV A; 3JAD A; 4O4H E; 4AIU A; 4ERR A; 3HR0 A; 4HWD A; 3UUM A; 3BQL A; 3AE4 A; 2AE9 A; 4IT4 A; 4Z8X A; 4TN7 B; 4O2B E; 2VKJ A; 4AQY T; 1WFD A; 3E0Z A; 1H7C A; 5LP6 E; 1T72 A; 3AA0 B; 3RPU A; 4PJJ A; 5CA1 E; 3KIN B; 4I55 E; 3TLU A; 4KUM B; 1HG2 A; 2OV9 A; 2QVA A; 2E8I A; 5L3C B; 3UUL A; 4X1Y E; 3Q5W A; 2IHR 1; 3BQK A; 5HXE A; 2H3R A; 4AQG A; 2K48 A; 2VVS A; 3VKH A; 4X64 T; 2M6I A; 3M65 A; 1D1C A; 1ZV4 X; 3CML A; 4QX8 B; 4ZHQ E; 2Q9Q D; 2WWU A; 3RYC E; 5L47 A; 4AQF A; 1FMV A; 3PUW F; 3SOL A; 3EUH A; 4Z91 A; 3ZMV B; 2V5D A; 3N9P A; 4WW0 A; 3MK7 C; 4H9Q C; 3PE0 A; 3N2O A; 4DV1 T; 1J5E T; 3JAF A; 5ETW A; 4O8S A; 3T1H T; 2WP9 A; 3ZPO A; 2H88 A; 2V6Y B; 2CWO A; 2WDQ A; 2XQY A; 2X0Y A; 1UGO A; 5AQH B; 4P0A A; 2XTL A; 5TAO A; 2V5C A; 5AQU B; 4KI0 F; 1OED A; 2OLT A; 4KX6 A; 3RYI E; 4JEH B; 1CHU A; 5LG4 A; 3ZMS B; 3RYF E; 4JI5 T; 4B3R T; 5FZT A; 3N9M A; 4EOZ B; 2Y48 B; 4DV7 T; 4AKG A; 2EHO C; 4QWN B; 2FJB A; 3QNU A; 2H89 A; 3AA1 B; 4U7I A; 2AXD S; 3ZC1 A; 2W67 A; 5AQO B; 3GN5 A; 3IF8 B; 3CX8 B; 4DID B; 3QC9 A; 5AQL B; 2M6B A; 3FXD B; 2D9D A; 2CBJ A; 3LJC A; 1D0X A; 3RHW A; 3P4Q A; 2I0M A; 4HN9 A; 5JH7 E; 2JQ9 A; 3VU7 H; 3AVR A; 3GMI A; 4C90 A; 1KEY A; 1ZOY A; 3A5X A; 3AEF A; 4YXD A; 5KX5 E; 5L3G B; 1HNZ T; 4W8P A; 4FJO A; 1MNE A; 5JDF A; 3UUX B; 1N33 T; 2EHO B; 1DU2 A; 4O4J E; 5F3J A; 3V5U A; 2P9B A; 4IE5 A; 5CJ5 A; 5J2U E; 5LA6 E; 3RIA A; 3FXE B; 2SPC A; 1D1B A; 1SHZ C; 4YTM A; 2LT3 A; 2I6H A; 2Z6E A; 5LHG B; 2Y6X A; 5FL1 A; 3KVA A; 5AQF B; 3ZMT B; 1IJ5 A; 3FZM B; 2OA5 A; 3P4S A; 1MMN A; 2CHO A; 1X79 A; 4EYU A; 2NW8 A; 4QX7 B; 1R8I A; 2BS3 A; 4EXT A; 2LSJ A; 1MMD A; 3RKO A; 3C64 A; 5AQT B; 4JI7 T; 3ABV A; 4X5T A; 2L7N A; 1BR1 A; 3ZKR A; 4PFO A; 4KMC A; 5BR8 T; 1OXZ A; 3LK2 B; 4U72 A; 5A1L A; 1OED C; 1YKE B; 4GKJ T; 4JV5 T; 3NVO A; 1N36 T; 3N2K E; 1WYC A; 2LJL A; 4A97 A; 4LF7 T; 3B5M A; 5CB4 E; 5HCJ A; 3H3M A; 3PV0 F; 5HEJ A; 3I0O A; 4OX9 T; 4HFC A; 4H63 V; 1N32 T; 3ZN0 B; 4U31 A; 4ZEY A; 2DNX A; 2B76 A; 3U3I A; 2WZH A; 2XZE A; 4EEB A; 3IHR A; 1FEW A; 2L9Q A; 5J2T E; 4GKK T; 2DWG A; 4ZZB A; 1XMQ T; 5HXC A; 4IE7 A; 1U4Q A; 3ZN1 B; 3QK6 A; 3K8P C; 4H9O C; 5FXZ A; 4ZI2 C; 4LFB T; 4JI8 T; 4DMW A; 1OED B; 2WZI A; 2YIN A; 1YQ3 A; 2KWH A; 2LSK A; 4WZX A; 5FXV A; 5C3J A; 4JLE A; 4K0K T; 4XAX B; 4QKN A; 1UX4 A; 4ADZ A; 2N9D A; 4EAH A; 2YOE A; 2MYS A; 2IAK A; 3I0Q A; 4HFH A; 2E5L T; 3PUA A; 2YN6 A; 1YQ4 A; 5AQR B; 2JRK A; 3Q5D A; 5ABH A; 4TV9 E; 2VVN A; 2UUA T; 3P4W A; 3R6N A; 2E5V A; 2N2N A; 4C91 A; 1UK5 A; 2WU2 A; 5JDH A; 2BG9 E; 4DMV A; 2LRL A; 4U2Y A; 5JVD E; 2LRK A; 4G63 A; 3OYZ A; 5IYZ E; 1LVF A; 4DO0 A; 1WRD A; 3CQX C; 3PUS A; 3ONJ A; 3PUY F; 5JQG E; 2EHO D; 3D0T A; 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