The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
168
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sequence length |
460
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structure length |
460
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Chain Sequence |
LSMTLEGIQAFLAQGGTIEQVVTEAYDRITRYGDKAVWIALRPREEVLAEARALDASPATGKPLYGVPFAVKDNIDVAGLPCSAACPAFTYEPDRDATVVARLRAAGAIVLGKTNLDQFATGLVGTRSPFGAPRCVFDQDYISGGSSSGSAVAVAAGLVAFSLGTDTAGSGRVPAAFNNLVGVKPTKGLLSTSGVVPACRSLDCVTVFAASVAEGTLIRRIAEGYDAADPYSRPSQKRRLPHVGLRVGVPRQDQREFYGNTAYAALYQRALDEMISLDAELVEIDFAPFRDAAKLLYGGPWVAERLEAVGDHLSRAPDSFDPVVRSIVETAKTLSAVDAFRGQYELAALTQQANAQWARMDILLLPTAPTIHKVEAVMADPVRLNSQLGHYTNFVNLLDCAAIAVPAGFIETGLPFGVTLVGPAFSDDSMALIADRLHRRLEPGYGQDRASLPDPVLEET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of Allophanate Hydrolase from Granulibacter bethesdensis Provides Insights into Substrate Specificity in the Amidase Signature Family.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Granulibacter bethesdensis
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| molecule keywords |
Allophanate hydrolase
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| total genus |
168
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| structure length |
460
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| sequence length |
460
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.5.1.54: Allophanate hydrolase. |
| pdb deposition date | 2012-09-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01425 | Amidase | Amidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Amidase signature (AS) enzymes | Amidase signature (AS) domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WAP A; 3A1K A; 2WJ1 A; 3QJ9 A; 4WJ3 A; 1OCM A; 3H0L A; 4J5P A; 3H0R A; 1OCL A; 3QK5 A; 1O9Q A; 1OCK A; 2DF4 A; 3QJ8 A; 2G5I A; 4DO3 A; 5AC3 A; 1M21 A; 3A1I A; 4ISS A; 1MT5 A; 3IP4 A; 4CP8 A; 3AL0 A; 2GI3 A; 3K7F A; 3LJ7 A; 3A2Q A; 1M22 A; 1O9P A; 3K84 A; 2DQN A; 4N0H A; 1OBJ A; 2DC0 A; 2WJ2 A; 1OCH A; 4IST A; 3PPM A; 4YJI A; 3KFU E; 1O9N A; 3H0M A; 1OBL A; 2F2A A; 3PR0 A; 4N0I A; 2G5H A; 1OBK A; 3QKV A; 4HBP A; 3A2P A; 3OJ8 A; 2VYA A; 4GYS A; 3LJ6 A; 1O9O A; 4YJ6 A; 5EWQ A; 3K83 A; 4GYR A; 1OBI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UXN B; 1FMV A; 2V6Y B; 3KV4 A; 3QB5 A; 2GK9 A; 3RQW A; 4YLH A; 5C3J A; 3PTR B; 1AJ3 A; 3VKH A; 2IML A; 3W15 B; 4YHJ A; 2LM2 A; 3LBX A; 4IT4 A; 3MAC A; 2LSK A; 4U7I A; 4DR2 T; 4UF0 A; 2YDQ A; 2MAW A; 4X65 T; 3PUW F; 3O1I A; 5L4E A; 3ANW B; 1N36 T; 4TNW A; 3E08 A; 4YTM A; 5HEH A; 4AI6 A; 2FBW A; 5HEO A; 3JAF A; 5J2T E; 3PR0 A; 5HWY A; 5AQT B; 5EK2 A; 1UUR A; 2VB6 A; 2UXB T; 3QJ9 A; 2MTQ A; 3H0L A; 2WM9 A; 5L2L A; 5FY7 A; 3JCF A; 4TV9 E; 3OJA A; 1HX1 B; 4HWF A; 3AE8 A; 1GQE A; 2NP9 A; 3BQI A; 4L0R A; 4DR4 T; 4H9N C; 1S94 A; 2LKG A; 3OKQ A; 1KNP A; 2QVA A; 3KVB A; 5FVL A; 3PUX F; 3LSV A; 5ABE A; 4ZS2 A; 3KV6 A; 3UQ7 A; 4AQG A; 2VQE T; 3IBP A; 3MA9 A; 3C64 A; 4PK5 A; 4CXX A; 2DHR A; 3ZKR A; 2XJ7 A; 4QX7 B; 3IF8 B; 2CLY B; 2CPT A; 3LG7 A; 5L4H A; 3PUQ A; 2CBJ A; 3DJB A; 2YIN A; 4B3R T; 1ZHC A; 2MPK A; 2XQ9 A; 4QXH B; 1YW0 A; 3AEB A; 3QK6 A; 3IP4 A; 3HL6 A; 4MFR A; 4U2Z A; 3UU4 A; 3A2Q A; 1SHZ C; 5JH7 E; 4DR6 T; 5A1L A; 4UVC B; 2BS4 A; 2ODV A; 3K1S A; 4EGW A; 4IE6 A; 2VKO A; 2LHR A; 1N32 T; 4GOU A; 2X0Y A; 2KND A; 5JR9 B; 4FJO A; 4DV0 T; 4TX5 A; 1G73 A; 4DR1 T; 5JDM A; 3ZST A; 2WY2 A; 3ESL A; 1IAP A; 3WAJ A; 5J2U E; 4HWC A; 2J1D G; 2I6H A; 2BZB A; 2V5C A; 5JDF A; 1WR0 A; 4GYR A; 4HFH A; 4IDQ A; 3ZT7 A; 4DBR A; 5LA6 E; 2E5L T; 3HKE E; 3MZK B; 3KBU A; 4O4L E; 5JVD E; 3FZM B; 5IWA T; 3IA3 A; 4LMJ A; 2IC6 A; 3AEG A; 3B13 A; 4ERR A; 3T1Y T; 4X1K E; 3EAM A; 3RI5 A; 3D0T A; 4EIW A; 1UX4 A; 2CE7 A; 2KSR A; 2CEA A; 2NTX A; 3AE4 A; 1FEW A; 4QXB B; 4U33 A; 4CI3 B; 1J5E T; 3P8C D; 4UVA B; 1X9B A; 1WRD A; 2JPF A; 3ZYL A; 3ZJ2 A; 2XSB A; 2IIU A; 2H7O A; 1HX8 A; 5LHI B; 3EDV A; 4UV8 B; 1XNR T; 4FI5 A; 3T1H T; 4DO0 A; 1N33 T; 4WBO A; 1IBL T; 3LJ6 A; 4YJ6 A; 3UUX B; 2CBI A; 3C98 B; 2XZE A; 2E9X C; 1LVF A; 4AKH A; 5CFB A; 4N0H A; 3AEE A; 1JNZ A; 1OWA A; 3UFG A; 4LML A; 2M67 A; 1KK7 A; 2ZLY A; 5L3F B; 4HWH A; 4XAX B; 4H63 H; 2BKP A; 3UUB A; 4X66 T; 2BG9 A; 4ZZC A; 2UXN B; 2YDS A; 1HG5 A; 5BMV E; 2HHH T; 4AIU A; 2JJ9 A; 2OV9 A; 5J0Z A; 3VRA A; 1WLX A; 3ZMU B; 3TLV A; 2FJA A; 3CIR A; 3T8O A; 2UXX B; 2VUR A; 3GN5 B; 2DF4 A; 4KHZ F; 2CXD A; 2DL1 A; 2XQA A; 3C50 A; 2KWI B; 4ZXL A; 4EOZ B; 4UIG A; 4ADZ A; 1SUM B; 1WYB A; 3CX6 B; 2K48 A; 2NW8 A; 5FXZ A; 3P7I A; 4X64 T; 4NPP A; 4HGA A; 3TLT A; 5AQO B; 1NAF A; 5ADX L; 2VVS A; 4KHP T; 4DMW A; 4ZI3 D; 4EZH A; 4IDZ A; 1FJG T; 5HWX A; 3RIU C; 4AIS A; 5CGM A; 4YSZ A; 2XQ3 A; 5F5W A; 3H37 A; 5JDG A; 3N9M A; 3A5X A; 4ZI7 E; 1CHU A; 5LGT B; 1IBK T; 4A56 A; 4TN7 B; 2VVN A; 1T7S A; 2CCQ A; 1QLB A; 3H0M A; 1IJ6 A; 2WZH A; 3OTO T; 2E8I A; 5AQF B; 2XQY A; 1YQ3 A; 3C4X A; 4P1N A; 1LRZ A; 2HPL A; 4C91 A; 1VCT A; 3FBZ A; 3SWH A; 4KI0 F; 3VRB A; 2G5H A; 2XM1 A; 4X62 T; 5JDH A; 4LF7 T; 3OPC A; 1BR1 A; 5AQU B; 4K0K T; 1B7T A; 5IHY A; 3AL0 A; 4MBQ A; 2J62 A; 2YKS A; 1I6Z A; 4YJ2 E; 5L3C B; 2WDR A; 2PG8 A; 2L3L A; 3FXE B; 4N0I A; 2WSS V; 4EED A; 2N1G A; 3N9N A; 3N2K E; 3EAB A; 1L0V A; 3MXZ A; 4GIW A; 5ABF A; 3HKD E; 4YTN A; 2LHN A; 2BKO A; 2CA5 A; 3F2E A; 2EHO C; 5JRC B; 3J7Y q; 1D0Z A; 4LF4 T; 2QRX A; 5AFU L; 3QJ8 A; 2C5J A; 5ABH A; 4LFB T; 3LJ7 A; 5KMG P; 3J9X 1; 2BS2 A; 5HXH A; 1UCU A; 2VL8 A; 4YFS A; 2AE9 A; 2W67 A; 4JI3 T; 4P0B A; 5DAB A; 3K83 A; 4PFP A; 2CXF A; 5AC3 A; 1MIV A; 2J47 A; 5HCJ A; 4JI0 T; 4PNI A; 3QC9 A; 3RC3 A; 3V5S A; 3NKZ A; 4OYK A; 2C5K T; 3ZSS A; 2CWY A; 2D2S A; 3O1J A; 4AQF C; 1MMD A; 3CK6 A; 2Y6X A; 4DV4 T; 3EI0 A; 3K8P C; 2K9A A; 5FP3 A; 4LF8 T; 2LE8 A; 3AXJ A; 4M1P A; 1WFD A; 4CN4 A; 5TAO A; 4IE0 A; 4E7S A; 1OED C; 2W63 A; 2XM2 A; 3AE9 A; 4U74 A; 4YSX A; 2VYA A; 4O4I E; 4TWF A; 2BBH A; 1MMA A; 3N2G E; 3G06 A; 1OED E; 3QB5 K; 2WU2 A; 3P4P A; 4EZ4 A; 3PUZ F; 3RRW A; 4H9O C; 4DV5 T; 3PUR A; 3AA0 B; 2X67 A; 3SRZ A; 4UF0 B; 2QYW A; 5AQP B; 5AQS B; 3MJX A; 2V6Y A; 4I43 B; 2NW9 A; 4DMV A; 4DO3 A; 2X68 A; 2BBJ A; 4U72 A; 3FHN A; 4NIQ A; 5CA0 E; 5AQK B; 5FMN A; 1HR0 T; 3NRX A; 3FXD B; 4DV1 T; 2Q9Q C; 5FXX A; 4TNV A; 3ANW A; 4NXN T; 4Q25 A; 1IBM T; 3ZCJ A; 2X66 A; 4Z8X A; 2ZM0 A; 2ES0 A; 1SA0 E; 1QUU A; 3C4Z A; 3AEF A; 3UQ4 A; 4DV3 T; 1IJ5 A; 3KBT A; 4CQI A; 2XPK A; 4IL9 A; 1BR0 A; 1YQ4 A; 1W0B A; 4MLK A; 4DV7 T; 3ZT5 A; 2IW5 B; 4CN1 A; 3HKB E; 1M62 A; 2WCA A; 2KZ7 B; 2N9D A; 4KP3 C; 4LF9 T; 4JI6 T; 4JI1 T; 1IZN B; 1ZKE A; 2WJ1 A; 2VKH A; 4A98 A; 2IC9 A; 1WYC A; 3MKD A; 5F8P A; 5CA1 E; 1T8B A; 3KVA A; 4IDO A; 3RPU A; 3NWI A; 1J1J A; 4EYY R; 5IYZ E; 5CB4 E; 2XAG B; 4OFZ A; 3UT5 E; 4E7Z A; 4GKK T; 1MMG A; 3CQX C; 1MMN A; 5M4Y A; 4ILB A; 2YOE A; 1E1H B; 4EV6 A; 1H7C A; 3WI3 A; 2UXD T; 3PUY F; 2DC0 A; 4AKL A; 2LRK A; 3AVS A; 1G8X A; 2MBG A; 1S35 A; 3CWZ B; 3PU8 A; 3N9P A; 2ZM8 A; 4WJ3 A; 2K3W A; 4GKJ T; 2L8K A; 3E0Z A; 2E9X B; 4YSY A; 4CP8 A; 2WZI A; 3VU7 H; 4OHF A; 3CX8 B; 2CHO A; 3CQC B; 3AE3 A; 4O8S A; 2JQQ A; 2V6X A; 3Q5E A; 2V26 A; 3I9Y A; 5JR9 A; 4DID B; 3X1D A; 2LSY A; 2KWH A; 4HWI B; 3OYZ A; 4I55 E; 4JBW F; 4U7Y A; 2ODU A; 4DUY T; 1DU2 A; 4O4H E; 2ZM2 A; 2WJ2 A; 4WYV A; 1OBK A; 3A7M A; 1Z0P A; 3ZCI A; 2XQ8 A; 4HFB A; 3AAE B; 2UXC T; 2CRB A; 5JDN A; 3Q5W A; 5JRE A; 4LF5 T; 4QH4 A; 3CQG B; 4IE7 A; 4PW8 A; 2A3D A; 4ANJ A; 1E2A A; 2PBI A; 3SFE A; 3RHW A; 4DR7 T; 4HFI A; 2CXL A; 2XQ7 A; 4OYJ A; 1YKE B; 4NUV A; 4QHO A; 4C90 A; 3QK5 A; 4LFA T; 2W4X A; 2V8S V; 2LRL A; 4I0U A; 2DWK A; 3H3A A; 4JLE A; 3AA1 B; 4I4T E; 4KMC A; 2XAF B; 4J2C A; 4PK4 A; 2CWO A; 1OCL A; 2BKN A; 4TV8 E; 4IDP A; 3UU6 A; 3ZYM A; 4HE8 A; 4EB6 E; 3PE0 A; 1OBJ A; 5J1G A; 3FZL B; 5LJM A; 2WDQ A; 1JNR A; 5LG3 A; 3M3Z B; 4N78 D; 2YU1 A; 2C5I T; 4JUY A; 1OCK A; 3ONL C; 1R8I A; 4BJN A; 3RQU A; 2WMO A; 3C4W A; 2WU5 A; 3ZN0 B; 5LGU B; 2LJL A; 2W61 A; 1ZEE A; 2P9B A; 3ETU A; 4HFE A; 4PJL A; 2H89 A; 4HWD A; 1O9N A; 1OBL A; 3AED A; 3GMI A; 2WWU A; 3RYC E; 3N9L A; 3O4X E; 3HI2 A; 1T98 A; 2C0S A; 2D0T A; 2VWA A; 3EVY A; 4ILA A; 3AE7 A; 2CHN A; 1O3X A; 4L5G A; 3K7F A; 2BDE A; 3RRC A; 3KV9 A; 2A72 A; 4KX6 A; 2UUC T; 1MIY A; 2YN6 A; 4IE4 A; 1Y01 A; 2PJQ A; 3RYH E; 2V7I A; 2B76 A; 2NR4 A; 2NOX A; 2NWB A; 2KMF A; 3GN5 A; 2KIN B; 3EHZ A; 3EUH A; 4UVB B; 3S4U A; 2LKH A; 5AQI B; 1YKH B; 4H9S E; 2KXP B; 2MYS A; 4AKR B; 3RYI E; 1N34 T; 3NZP A; 1XDO A; 2F2A A; 2MOZ A; 2EHO B; 3P4R A; 4QKN A; 5HCM A; 2ZM6 T; 5HXC A; 2X9Y A; 4YXD A; 4O2B E; 3PJA J; 4UV9 B; 3PU3 A; 5L47 A; 4CI2 B; 3KV5 A; 3SFD A; 1T72 A; 2RA1 A; 3F31 A; 2W2U A; 3IEE A; 4LFC T; 2VKD A; 2BG9 C; 3P50 A; 5HEJ A; 2IAK A; 4WNK A; 5C2T A; 2HPJ A; 4HTE A; 4ZZB A; 3RIA A; 3VR9 A; 1W09 A; 3LDQ B; 5GON E; 5DQV A; 2WP9 A; 4EXT A; 3AE1 A; 1YD8 G; 4ZS3 A; 3TLU A; 5LMU T; 5F3J A; 3BQK A; 1OED B; 2A2F X; 4X5T A; 4ILU A; 5ETW A; 4XBF B; 3OJ8 A; 4OX9 T; 1US7 B; 2XAQ B; 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