The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
103
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sequence length |
348
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structure length |
317
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Chain Sequence |
RGCQSKTYDGKIFPGKGGEKQWICKDTIIHGDTNGACIPPRTQNLCVGELWDRSNIKNDTKELLKEKIKNAIHKETELLYEYHDTGTAIISKNDKNGLPKGFCHAVQRSFIDYKNMILGTSVNIYEHIGKLQEDIKKIIEKGTPQQSTENVNAWWKGIEREMWDAVRCAITKINKKNNNSIFNGDECGVSPPTGNDEDQSVSWFKEWGEQFCIERLRYEQNIREACTINGKNEKKGDKIQGACKRKCEKYKKYISEKKQEWDKQKTKYENKYVGKSASDLLKENYPECISANFDFIFNDNIEYKTYYPYGDYSSICS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the DBL3x domain of pregnancy-associated malaria protein VAR2CSA complexed with chondroitin sulfate A.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Plasmodium falciparum
|
| molecule keywords |
Erythrocyte membrane protein 1
|
| total genus |
103
|
| structure length |
317
|
| sequence length |
348
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05424 | Duffy_binding | Duffy binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | 5 helical Cullin repeat like | 5 helical Cullin repeat like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CPZ A; 2WAU A; 3BQI A; 3RRC A; 4NUU A; 3C64 A; 4NUV A; 2Y8D A; 2YK0 A; 3CML A; 3BQL A; 5F3J A; 4YFS A; 3BQK A; 2XU0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I9W A; 1N32 T; 4LF5 T; 5F5W A; 4G2A A; 3CX6 B; 3KVB A; 4P0B A; 2WMO A; 4A5X A; 4KI0 F; 2KT9 A; 3AA6 B; 4XZC A; 3ESL A; 3KIN B; 4CXW A; 4FI5 A; 1SUM B; 4J2C A; 3NVO A; 1LDK B; 3AE6 A; 4TUY E; 4WBN E; 2L9Q A; 4HFC A; 1LVK A; 4BJM A; 3PV0 F; 2K3W A; 1XZY A; 4LMK A; 4X1K E; 2XUE A; 5L3C B; 5JR9 B; 2PTF A; 3HA4 A; 2Y48 B; 3UU6 A; 1UUR A; 3KV5 A; 4A98 A; 2MTQ A; 4DBR A; 5JTG A; 2LOS A; 4LF6 T; 1HNZ T; 1KNR A; 2LEH A; 5IWA T; 2ZMA A; 1OED B; 4YTN A; 4P1N A; 4H63 H; 2W62 A; 2QVA A; 5DQV A; 1N36 T; 2BDE A; 2XQ5 A; 3KV9 A; 3Q5X A; 5AQN B; 3R84 B; 2LM2 A; 3CVR A; 2UUA T; 4EYU A; 5ABH A; 3N9Q A; 4APF B; 5L4H A; 5JRC A; 1XDP A; 3HR0 A; 1WYC A; 4BAY B; 2MAW A; 4HFE A; 4HTE A; 4YFS A; 2XTL A; 3KDS E; 4XAX B; 2D5U A; 4DR2 T; 3UFG A; 4DV6 T; 2V7M A; 5JDF A; 3LFM A; 3ZT7 A; 2I0M A; 4IST A; 2HHH T; 1LKX A; 4M1P A; 3O1I A; 2WDV A; 2WU5 A; 1YKE B; 3HKE E; 2WWU A; 3ONX A; 2YU1 A; 1E2A A; 2E9X B; 1WYB A; 4ILU A; 2ACZ A; 2NTX A; 4IT4 A; 3UFE A; 5HXE A; 3SOL A; 4TV8 E; 2I6H A; 3PUR A; 2DHR A; 5EZY E; 4U7Y A; 2V7I A; 1YQ4 A; 5FXV A; 3T8O A; 5AQV B; 4DUY T; 1XWM A; 3HKD E; 5AQK B; 4PK4 A; 3Q2M A; 4JI8 T; 2KWI B; 4HFV A; 2LHN A; 1G73 A; 5E0O A; 2JQH A; 3PU8 A; 3IBP A; 2EHO D; 4UF0 A; 1NWM X; 3GN5 B; 3MAC A; 2VQF T; 2IDO B; 5J2T E; 2ZM6 T; 2LOP A; 4QXC B; 5FXX A; 2VK9 A; 2WBL A; 4YHJ A; 4EZ4 A; 3UU3 A; 4UEM A; 2W61 A; 2CA5 A; 2G0U A; 3MA9 A; 3ZCJ A; 2XQ8 A; 2LE8 A; 3HKB E; 5HXR A; 3F2E A; 4IIJ E; 3ZYL A; 3AXJ B; 3EVY A; 1WRD A; 3O4X E; 4CQI A; 4IE0 A; 3R6N A; 4HWH A; 3J9X 1; 5AQQ B; 2PJQ A; 3Q5W A; 4PJJ A; 4YHH T; 3TLT A; 1MND A; 2EHO A; 2NR4 A; 1X79 A; 3AEA A; 2QYW A; 5IYZ E; 1W9R A; 5KDM C; 5F3J A; 2X66 A; 4YJ2 E; 2D0U A; 5LJM A; 4GIW A; 3O1J A; 3PUV F; 3ABV A; 2CWY A; 4LFA T; 3DPL C; 4U33 A; 2WMN A; 2K24 A; 5ABE A; 4YJ3 E; 4DID B; 4EGW A; 3OPC A; 5L2L A; 3T1H T; 5AQF B; 3HL6 A; 1E7P A; 4LFC T; 1OED E; 5HCM A; 4NXN T; 2KXP B; 3JAD A; 1M62 A; 5C3J A; 2VL8 A; 1MIV A; 2BS4 A; 5ABF A; 2BG9 B; 1HCI A; 1D0Y A; 3QK6 A; 1IBM T; 2IW5 B; 1FMW A; 2J1D G; 1AJ3 A; 3GA8 A; 2A3D A; 2HH7 A; 3P7I A; 4HWI B; 3RF1 A; 5LMU T; 1VRB A; 5F8P A; 3L8R A; 3FB2 A; 2UUB T; 3P4R A; 4EOZ B; 3LBX B; 4EED A; 3N2G E; 4UVA B; 4FJO A; 4QX8 B; 2ES0 A; 2V1D B; 1BR2 A; 4CXX A; 1MIW A; 4IDN A; 4I0U A; 3UUM A; 2KND A; 5GON E; 3AB3 B; 5LHG B; 2BG9 C; 2XAG B; 4EXT A; 3P4W A; 3OYZ A; 4GK5 E; 4JYA T; 5JDN A; 2Z6E A; 4PW8 A; 3BQK A; 1HF8 A; 3ZMZ B; 2BBH A; 5HEJ A; 5JDG A; 3MXZ A; 4P0A A; 3QOF A; 4IDZ A; 5IUX A; 4ERR A; 5LYJ E; 4C90 A; 4HE8 A; 1YW0 A; 3KBU A; 4AIU A; 4X20 E; 2CLY B; 3B57 A; 3CQG B; 5DQW A; 1FEW A; 1N33 T; 5HEO A; 5LHH B; 4EIW A; 1KFY A; 3QUJ A; 4AQY T; 2XSA A; 2WQY A; 2HPJ A; 3EHZ A; 5L3B B; 5JDM A; 2XQ9 A; 3NZQ A; 4O2A E; 1H7C A; 2WSS V; 1LVF A; 4X5T A; 3E08 A; 2JMH A; 3AE2 A; 2WAU A; 5LBM A; 3CK6 A; 4H9Q C; 4QH1 A; 4AP2 B; 4JI2 T; 4N78 D; 5ETW A; 2JPF A; 4DMW A; 3HI2 A; 3RYI E; 3AE1 A; 5FKY A; 3ZPO A; 4WNK A; 2YKS A; 2KMF A; 4WW0 A; 2LSG A; 2V7K A; 3WAJ A; 1D0X A; 4K0U A; 3LK2 B; 3ZEF B; 2YOE A; 3ZST A; 1J1J A; 3KBT A; 3DJB A; 5AQH B; 4K0K T; 4JGH D; 5HEH A; 2CM0 A; 2OV9 A; 1UX4 A; 3KFW X; 4LF4 T; 4EV6 A; 2SPC A; 4YSX A; 2HPL A; 2IUB A; 2XQY A; 3U3I A; 1D1B A; 3UU8 A; 5L3D B; 3RRC A; 2WU2 A; 5FXZ A; 2WZH A; 3PDY A; 1UK5 A; 2XY8 B; 2KLQ A; 2XPK A; 2H88 A; 1UGO A; 2V6Y B; 3MK7 C; 1VCT A; 1IBL T; 1QLB A; 4TNV A; 2QA7 A; 3RC8 A; 4ZZC A; 4GYR A; 3B5M A; 3X1D A; 5LXT E; 3OYX A; 3VR9 A; 3FBL A; 4XBF B; 1HS7 A; 4KMC A; 2CPT A; 2JRK A; 2XHE B; 4YY3 T; 1IAP A; 2C5I T; 1O3X A; 1T7S A; 4JEH B; 4O8S A; 4QH4 A; 4F6R C; 4JV5 T; 5M4Y A; 3VKG A; 3ZYM A; 4U31 A; 4HN9 A; 5C2T A; 1R8I A; 4NXM T; 4HFD A; 3RC3 A; 3N9O A; 3GMI A; 3RYH E; 2XQA A; 3P50 A; 5HXS A; 3U78 A; 3C4Z A; 5CA1 E; 1Z8U A; 3CQC B; 2LSK A; 4DR6 T; 3N5L A; 3EDV A; 5FNV E; 1SA0 E; 2D2S A; 1IJ5 A; 2WCA A; 5LG3 A; 5HXC A; 3UUN A; 1ZV4 X; 3K1S A; 5JDQ A; 4MBQ A; 2UXX B; 5LOV E; 5L3E B; 3Q9D A; 2XU0 A; 2W67 A; 2DWG A; 2W63 A; 1IBK T; 2E8I A; 4LMJ A; 4YSZ A; 4IE7 A; 2LSY A; 4H9R C; 5LP6 E; 3ZCI A; 3VU7 H; 3QB5 K; 3DP7 A; 2BS3 A; 1E1H B; 2X9X A; 3PUG A; 2L8K A; 2VB6 A; 3V5S A; 4DV2 T; 3N2O A; 3EUH A; 2J62 A; 4HFH A; 1JNZ A; 2DL1 A; 4UIG A; 2Q9Q B; 5FVK A; 5JR9 C; 4DO0 A; 2WS3 A; 2FUP A; 5AQO B; 2RPA A; 3ZN0 B; 4I50 E; 1QUU A; 4GKJ T; 1HG2 A; 1S94 A; 3OKQ A; 2VKO A; 3RH3 A; 1US7 B; 2LLY A; 1OED C; 2V7J A; 2C5J A; 5KMG P; 1HTJ F; 4DV4 T; 2XQ3 A; 4AKR B; 3MJX A; 2UXN B; 1XDO A; 2AE9 A; 2DNX A; 4PFP A; 3QC9 A; 1SE7 A; 2PFV A; 4DV5 T; 4AI6 A; 2X9H A; 4JI5 T; 5BR8 T; 4JBW F; 1XMO T; 2Q9Q C; 5FVL A; 3FXE B; 2PBI A; 2LKG A; 1YQ3 A; 2CBI A; 3FZF B; 4DR4 T; 4B3T T; 4COF A; 4CI3 B; 1N34 T; 3I1A A; 3ZMS B; 3EAM A; 3O1H A; 4UV9 B; 3VKH A; 1D1C A; 3ZC1 A; 2ZLY A; 4ZI3 C; 2K48 A; 2XQ6 A; 4I55 E; 1M7K A; 3P8C D; 4HWC A; 1NEN A; 1B7T A; 4UF0 B; 3H3A A; 3TLU A; 2E9X C; 1CHU A; 1V9D A; 3HKC E; 3CML A; 3RTR A; 4PJN A; 5TAO A; 2DI4 A; 4IE5 A; 3RIF A; 2VKD A; 5L47 A; 2WDQ A; 2BVL A; 2YEV C; 3DTO A; 1W09 A; 3F57 A; 4G63 A; 4GOU A; 4CI1 B; 3IHR A; 3QB5 A; 3FZH B; 3A7M A; 3QNU A; 3AVS A; 4WBO A; 5FP3 A; 3AED A; 5H6R B; 4CXY A; 1Z0P A; 5HEG A; 3UU4 A; 2F4V T; 4AIS A; 3FZK B; 5LMN T; 4IDQ A; 2X9Y A; 3AXJ A; 1ZP0 A; 3RHW A; 3ANW B; 2V6X A; 2EHO B; 1I6Z A; 4TN7 B; 3IEE A; 1MMG A; 4L0R A; 2IHR 1; 3JAF A; 3JAE A; 3TLV A; 3PJA J; 4KP3 C; 3RIU C; 4ADZ A; 3AEB A; 2V26 A; 3I0Q A; 2UXB T; 4DVD A; 3TKL B; 2X0L B; 4OYK A; 2H7V C; 3VRB A; 4JI3 T; 4KUM B; 3UUB A; 3CX7 B; 3NRY A; 1YD8 G; 2CBJ A; 1ZEE A; 3ZT6 A; 4U7I A; 4UXN B; 3UTK A; 1T8B A; 1EZ3 A; 2A9U A; 4WZX A; 2CXF A; 4NUV A; 3AE4 A; 5ABG A; 3PUZ F; 4EEB A; 5HCJ A; 1Y64 B; 3ZC0 A; 4H9P C; 3AE5 A; 2VAS A; 1UCU A; 2BG9 A; 3IA3 A; 4KX6 A; 3H3M A; 3BQL A; 2LHR A; 3AE7 A; 2JQK A; 4B3S T; 1BR0 A; 3ZN1 B; 5KXJ A; 1LDJ A; 1KF6 A; 3E22 E; 3CKD A; 4KHZ F; 2V5C A; 2MBG A; 5IHY A; 4C91 A; 1MMN A; 3P4P A; 4JI6 T; 4ZEY A; 3FHN A; 3VHL A; 1J5E T; 3EI0 A; 3I9Y A; 4IGU A; 2WZI A; 4QKN A; 4H9S E; 2YDQ A; 4Z90 A; 4KHP T; 5CGM A; 5HYA A; 2B76 A; 4JUY A; 2YDR A; 3UU5 A; 4CN6 A; 1HNW T; 2X9W A; 4HEA A; 2MYS A; 3OTO T; 3ETV A; 3AAE B; 2OLT A; 4QWN B; 3ZSS A; 3JCF A; 5J1G A; 3FXD B; 2VKJ A; 2JJ9 A; 2XAJ B; 3Q5E A; 3CPZ A; 5L3G B; 5AFU L; 4AQG A; 5L4E A; 3N9M A; 3UT5 E; 4Z91 A; 3JC6 C; 2ODV A; 4ANJ A; 3ZJ1 A; 4MFR A; 4U74 A; 1WR0 A; 2PG8 A; 5A1L A; 3RGL A; 3MZK B; 2BKN A; 3UQ4 A; 1IZN B; 3PUQ A; 2CLY C; 1MNE A; 2LRL A; 2Y8D A; 1Y01 A; 4L5G A; 2B1E A; 1FJG T; 2IIU A; 3ETU A; 3FBZ A; 3S4U A; 3NKZ A; 5AQS B; 4EYY R; 3PTR B; 1X9B A; 2E5L T; 3E0Z A; 4P09 A; 3ZYK A; 3EDU A; 5KX5 E; 2XQ4 A; 4OK0 A; 2NP9 A; 1LRZ A; 3N9L A; 3PE0 A; 5FY0 A; 2VVS A; 2W4X A; 3RRW A; 2XAF B; 4P5O A; 3PU3 A; 1HFA A; 4YSY A; 5LHI B; 4TNW A; 3AE9 A; 3OJA A; 4E7Z A; 2XJ7 A; 5JQG E; 2UU9 T; 2N9D A; 5FYM A; 3K8P C; 1T98 A; 2CRB A; 4KBM B; 2VQE T; 5HEU A; 3ZLI A; 4OX9 T; 4OHF A; 1WR6 A; 1WLX A; 2VWA A; 3N9N A; 4I43 B; 1NAF A; 4AQF C; 3C64 A; 4CI2 B; 3SRZ A; 4EAH A; 4O4J E; 3ONJ A; 5AQJ B; 4YTM A; 3ZT5 A; 4AKG A; 2V6Y A; 2VL0 A; 3RI5 A; 1HX8 A; 4QHO A; 4A64 A; 3P4S A; 2JQ9 A; 2UXC T; 3ZMV B; 2CHO A; 1UX5 A; 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