The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
104
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sequence length |
302
|
structure length |
302
|
Chain Sequence |
TMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Adaptor protein self-assembly drives the control of a cullin-RING ubiquitin ligase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Speckle-type POZ protein
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
104
|
| structure length |
302
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| sequence length |
302
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | 5 helical Cullin repeat like | Cullin Repeats | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | 5 helical Cullin repeat like | Cullin Repeats |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WZK A; 1U6G A; 4HXI B; 3DQV C; 4N9F 3; 4APF B; 1LDK B; 1LDK A; 3DPL C; 4P5O A; 4JGH D; 4AP2 B; 4F52 A; 4A64 A; 3RTR A; 4EOZ B; 1LDJ A; 4WQO D; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VK9 A; 5AQV B; 4QH4 A; 5HEJ A; 2CBI A; 2Y6X A; 4U33 A; 2YU2 A; 1XZY A; 2WZI A; 3PUS A; 3H3A A; 3JC6 D; 2NWB A; 4UEL A; 3ZN0 B; 4DID B; 4IE4 A; 2EHO D; 3UUX B; 1WCR A; 5HEH A; 2UXX B; 2VKD A; 5JDL A; 2CRB A; 3FBZ A; 4IE0 A; 3O1I A; 3N9Q A; 2RPA A; 2XY8 B; 2K5B B; 4ZS2 A; 2FJB A; 2QYW A; 4ZXL A; 4G63 A; 5LCY A; 4Z90 A; 3OYZ A; 5AQL B; 2LRL A; 5F3J A; 4HN9 A; 2Z6E A; 4ZI3 C; 5J2T E; 4UF0 B; 1B7T A; 3AVS A; 3RLF F; 1MMA A; 4YSZ A; 3ONJ A; 4AP2 B; 2XQ3 A; 5DQV A; 5ABF B; 2X0H A; 3H3M A; 1SUM B; 3HR0 A; 4HKA A; 3GWH A; 2CLY B; 3UQ4 A; 2W67 A; 4PK6 A; 2AE9 A; 2D2S A; 1ZP0 A; 2XM1 A; 2XM2 A; 3ZYK A; 2W63 A; 2LT3 A; 2XU0 A; 3P4R A; 2B1E A; 3CQX C; 5DJQ C; 4MFR A; 4EZH A; 1MNE A; 3OJA A; 2JJ9 A; 3RYI E; 1UX4 A; 3BK9 A; 5FMN A; 3L39 A; 5LMN T; 3B13 A; 3CWZ B; 3SFD A; 1FMW A; 1IBK T; 3KV9 A; 4AQF C; 5JDQ A; 4NXN T; 2V7J A; 2XAQ B; 1W09 A; 5LOV E; 1ZHC A; 3IA3 A; 3N9L A; 1XWM A; 3RRW A; 5L3F B; 3CQC B; 4GK0 E; 4O4J E; 5AQG B; 5IHY A; 4X65 T; 5LXT E; 1KK7 A; 4A98 A; 2DL1 A; 2BVM A; 4IL4 A; 5F5W A; 3CK6 A; 5EK4 A; 4HEA A; 2LJL A; 2M6I A; 1WLX A; 2DNX A; 2V7L A; 1KEY A; 3WAJ A; 2CWY A; 4EAH A; 4ZI7 E; 3AEC A; 4B3M T; 5F8P A; 4YHH T; 2W00 A; 4AKI A; 2WU5 A; 2DWG A; 2XQ4 A; 1BR0 A; 1LVK A; 5LGU B; 5FXX A; 1LVF A; 5EK3 A; 5JDN A; 2UUB T; 4OFZ A; 4H9Q C; 4WBO A; 1MMN A; 4BA9 A; 1KF6 A; 4O4L E; 4P0B A; 4DBR A; 4X1Y E; 1HF8 A; 4DMV A; 4DV1 T; 4U2Z A; 3AE3 A; 4AQF A; 1DU2 A; 2UXC T; 4I4T E; 4X64 T; 2Q9Q A; 4HWF A; 5AQT B; 2CMR A; 4UEM A; 1LDJ A; 3ETU A; 2J62 A; 3FZM B; 2IC6 A; 3RIF A; 1NEK A; 2P9B A; 2BKN A; 1HTJ F; 3QC9 A; 4DND A; 3R6N A; 4K0K T; 3ZN1 B; 2F4V T; 5L47 A; 1IBM T; 4C91 A; 1KNP A; 2CEA A; 3UQ7 A; 2W4X A; 4K0U A; 5LG4 A; 4OYK A; 3KVB A; 4HFV A; 4UV9 B; 1E2A A; 4ZS3 A; 2C0S A; 2KXP B; 3K1S A; 2UUC T; 2PJQ A; 3AB3 B; 3JAF A; 2ZLY A; 4LMJ A; 1NWM X; 3AVR A; 2X66 A; 3AED A; 2W66 A; 3PUR A; 4YTN A; 3WI3 A; 4YSX A; 3PE0 A; 5LB7 B; 4N9F 3; 3SOL A; 1HNZ T; 4JI3 T; 4WZX A; 5HXH A; 2HPJ A; 3J7Y q; 3ZT5 A; 4O4H E; 1JNZ A; 2D0T A; 1S94 A; 3RYH E; 3A5X A; 3AA7 B; 3BQK A; 3AE1 A; 3GMI A; 4BAY B; 1WFD A; 5LHG B; 2BG9 B; 4X1I E; 4CQI A; 4P1N A; 2WAU A; 3OBV E; 4ZI3 D; 3ZMT B; 2A72 A; 4ZOL E; 4GKK T; 3OVU A; 1T72 A; 3K8P C; 2BG9 E; 3QUJ A; 5KX5 E; 2VKO A; 2HPL A; 4HE8 A; 4OYJ A; 1D1B A; 3CX6 B; 2YKS A; 5JR9 C; 4J2C A; 4APF B; 2H89 A; 3MA9 A; 1VCT A; 2E5L T; 3L8R A; 3UTK A; 2LM9 A; 1GQE A; 3AE8 A; 2WWV A; 2LRK A; 2VL8 A; 2Q9Q B; 2VUR A; 5LNK A; 3FBL A; 3PUX F; 3KV4 A; 2XUE A; 4X5T A; 4QKN A; 3MXZ A; 4U7Y A; 1YKH B; 5FNV E; 3RQU A; 1D1A A; 4PNI A; 4JV5 T; 3CX7 B; 5TAO A; 4TZ4 C; 2FJE A; 4U74 A; 2PG8 A; 3G06 A; 4IL9 A; 3ABV A; 4XZC A; 2V5C A; 4MLK A; 1ZKE A; 1OED B; 4IDO A; 5DAB A; 3HKB E; 3U78 A; 2Q9Q D; 1YD8 G; 1U6G A; 3EUH A; 4HFI A; 4IDQ A; 4F6R C; 2JIW A; 2X9W A; 1OED E; 4H9R C; 3AA0 B; 4LF9 T; 4H9N C; 3ZKR A; 3LDQ B; 2C5K T; 3FZH B; 3OPC A; 1FJG T; 1XDO A; 3X1D A; 2XJ7 A; 4AQG A; 1HNX T; 4G2A A; 5JR9 A; 4DV3 T; 2IIU A; 2JMK A; 2H7V C; 2IC9 A; 5FVK A; 4BJM A; 4E7Z A; 2IAK A; 3HKD E; 4IE5 A; 5C2T A; 4ADZ A; 2VQE T; 2LKH A; 3AAE B; 4ZEY A; 3MKD A; 4L5G A; 4U72 A; 2ES0 A; 4O4I E; 3C64 A; 4P5O A; 2DHR A; 3NZP A; 4CZZ B; 4JI0 T; 4O2A E; 3M65 A; 2CWO A; 4YTP A; 4H63 H; 3JCF A; 5JRE A; 1I6Z A; 3TKL B; 5KDM C; 5JH7 E; 2BDE A; 2VWA A; 4AQY T; 5HYA A; 4I55 E; 3FZK B; 4DBQ A; 5HXR A; 4A64 A; 1W0B A; 3RIA A; 3ZMZ B; 3N2O A; 4EB6 E; 2X68 A; 2WP9 A; 2R6G F; 2KSR A; 1KFY A; 4IDZ A; 2ZM2 A; 2KND A; 4OK0 A; 2V26 A; 3B5M A; 5AQS B; 5L3D B; 2W62 A; 3HI2 A; 3VKH A; 3U3I A; 2JPF A; 2QGS A; 3SS1 A; 4UV8 B; 3Q5E A; 3VR8 A; 5GON E; 2FJD A; 4GYS A; 3ZST A; 4CN1 A; 4O8S A; 2CPT A; 2BBH A; 3PV0 F; 5HWY A; 3VKG A; 4L9I A; 1IJ5 A; 3N9P A; 3RQW A; 5A1L A; 4JI8 T; 2MTQ A; 3GA8 A; 2PBI A; 2RP4 A; 2NP9 A; 5ABH A; 1NEN A; 2XTL A; 5L3B B; 1HG5 A; 4KP3 C; 4TV8 E; 3ZMV B; 2QVA A; 2XZE A; 2LOP A; 4N78 D; 4LFA T; 4PFP A; 4EOZ B; 2BZB A; 5J0Z A; 1UUR A; 1R8I A; 4AIU A; 1V9D A; 2HH7 A; 3UT5 E; 4QWN B; 4GYR A; 4H9S E; 1HR0 T; 3KIN B; 3GN5 A; 3CPZ A; 4NIQ A; 3P8C D; 2V6Y B; 3RH3 A; 2LSY A; 3DTO A; 3TLT A; 3NZQ A; 2YDR A; 3RC3 A; 2DWK A; 3RC8 A; 2KZ7 B; 3UFE A; 5H6R B; 4JGH D; 4FJO A; 3FXD B; 1E7P A; 1QUU A; 4CXY A; 5LP6 E; 1IZN B; 4QH1 A; 1N34 T; 1QLB A; 3QOF A; 5FL0 A; 3ONX A; 2ZM6 T; 4Z8X A; 2CXD A; 1BR4 A; 2VAS A; 3N2G E; 5FKY A; 2CM0 A; 4IHJ E; 5DQW A; 4C90 A; 3RKG A; 1Z8U A; 3W15 B; 1SA0 E; 3O4X E; 2VVS A; 3CIR A; 4WW0 A; 5AQM B; 2XAH B; 2X9H A; 2WZH A; 4ISS A; 2VB6 A; 2C5I T; 3E0Z A; 4TUY E; 2FBW A; 2LKG A; 3ZSS A; 5LHI B; 3V5U A; 4PAG A; 3CVR A; 1X9B A; 4U31 A; 2AXD S; 3RF1 A; 1XNR T; 3PJA A; 4DR1 T; 5L3E B; 2E5V A; 2W0G A; 2I59 A; 2LHN A; 4GOU A; 2ZM0 A; 4LMK A; 4XBF B; 5CA0 E; 3TLU A; 1XMO T; 4DR2 T; 3IEE A; 4KMC A; 3PU8 A; 2XPK A; 4UXN B; 4EIW A; 4QH5 A; 4JI4 T; 3AE2 A; 2VQF T; 5HXE A; 5J1G A; 3K3N A; 5FP3 A; 5LJM A; 4ZI2 C; 2V1D B; 4MHC A; 4DV2 T; 1MIW A; 3C4Z A; 2UU9 T; 1KNZ A; 5FVL A; 5HCM A; 3LJC A; 5JTG A; 4YSY A; 5JRC A; 4H9O C; 2K48 A; 5LBM A; 3RPU A; 4UVC B; 5LYJ E; 4TWF A; 3VRB A; 4DV0 T; 4HFE A; 1X79 A; 4WNK A; 2IHR 1; 4X1K E; 4AKG A; 1N33 T; 4CI3 B; 3UU5 A; 2XQ6 A; 4LF8 T; 3Q5D A; 2NW7 A; 3NRX A; 4HFC A; 1VCS A; 2Y48 B; 2JQ9 A; 5LBQ B; 4YT0 A; 4YY3 T; 1N36 T; 5FY0 A; 3MZK B; 4NUV A; 2YEV C; 4JUY A; 1YQ4 A; 1XNQ T; 3MK7 C; 3QNU A; 2KMF A; 1OXZ A; 3MAC A; 4U3C A; 4IE7 A; 3PU3 A; 3UUN A; 2YN6 A; 2J47 A; 4I0U A; 2MYS A; 3ZJ1 A; 3HL6 A; 5FXW A; 4X62 T; 2K9A A; 4JBW F; 5JDF A; 5LHH B; 2IW5 B; 2WMO A; 1XDP A; 1MMD A; 4IGU A; 3UUB A; 2ACX A; 3ONL C; 1US7 B; 2M6B A; 1IAP A; 1J1J A; 4PFO A; 3AXJ A; 2LM2 A; 1UCU A; 5M4Y A; 3NVO A; 3FZF B; 4CI2 B; 3KBU A; 3ZT7 A; 5JRC B; 2XQ5 A; 4ILC A; 2N9D A; 1MIV A; 2CHO A; 3NBX X; 2BVL A; 3AEF A; 2ZM8 A; 2W61 A; 3RYC E; 1IJ6 A; 5JVD E; 5AQR B; 4U2Y A; 3JC6 C; 5CA1 E; 4YHJ A; 2BS2 A; 4LFC T; 3KV6 A; 1T8B A; 1Z0P A; 3HKC E; 4ZZC A; 1LRZ A; 5AQN B; 5CJ5 A; 4DMW A; 2C5J A; 2N2N A; 1I94 T; 4JI1 T; 2B76 A; 2RA1 A; 3AE5 A; 5IWA T; 3PUZ F; 4I43 B; 4HFH A; 5FY7 A; 3J9X 1; 3A8Y C; 2N1G A; 2LSI A; 3PUA A; 5AQJ B; 2A2F X; 3KDS E; 1ZV4 X; 4MAL A; 3UU8 A; 3LK4 2; 4JYA T; 2IUB A; 3KBT A; 2V6X A; 4F8H A; 2NW8 A; 5L4H A; 3CX8 B; 3RGL A; 4BJN A; 1Y01 A; 3TLW A; 4UVA B; 3Q2M A; 4EV6 A; 2K3W A; 1WR0 A; 4EED A; 2OA5 A; 2L3L A; 3P4Q A; 4TWH A; 4A5X A; 1MND A; 1HG2 A; 4IST A; 5CB4 E; 2IDO B; 5LG3 A; 4B3R T; 1HS7 A; 2X9Y A; 3AAA B; 2ZMA A; 3ZC0 A; 4EXT A; 5HEU A; 3T1H T; 4PK5 A; 3AXJ B; 3RX6 A; 2WDV A; 4TX5 A; 3I9Y A; 3RTR A; 3PUY F; 2JQQ A; 4KX6 A; 5KXJ A; 5BR8 T; 3DJB A; 2UXN B; 3ZMS B; 3C4X A; 2DCF A; 4NUU A; 4WYV A; 1D0Z A; 2WSS V; 5JQG E; 3ZYL A; 2CLY C; 3FB2 A; 4AI6 A; 4IT4 A; 1YW0 A; 2KT9 A; 2WB5 A; 1FMV A; 3VR9 A; 1S35 A; 4TN7 B; 1LDK A; 4DV7 T; 5AQU B; 3C98 B; 2X0L B; 4JI7 T; 2ODV A; 3SFE A; 1YXR A; 5ABE A; 1SE7 A; 3ZCJ A; 4YJ3 E; 3IF8 B; 2BKP A; 2XSA A; 3ZPO A; 3B57 A; 4DUY T; 1JNR A; 4ILU A; 3T8O A; 4X66 T; 2QA7 A; 4YXD A; 2XAS B; 4B6X A; 2G0U A; 2XQ7 A; 4EEB A; 4HTE A; 5C3J A; 4PJN A; 2QRX A; 2L9Q A; 3P4W A; 3ANW A; 3P4P A; 3ZMU B; 2LHR A; 4OX9 T; 4A56 A; 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4GK5 E; 2WY2 A; 2BG9 C; 2FUP A; 4IRE A; 2X51 A; 3N5L A; 5HWX A; 1WYB A; 3E22 E; 4DR4 T; 3Q9D A; 4IIJ E; 5LGT B; 2WMN A; 3H37 A; 2WM9 A; 4ZZB A; 1M7K A; 3V5S A; 3ZC1 A; 1YKE B; 3ESL A; 4UR9 A; 4DV5 T; 2V7M A; 1Y64 B; 4JI2 T; 2D0U A; 3I0O A; 4WBN E; 5CFB A; 4PJM A; 3RRC A; 3RIU C; 3DQV C; 2LSK A; 3P7I A; 2Q9Q C; 3SWH A; 3GN5 B; 5ABG A; 5AFU L; 2JQH A; 2VL0 A; 1G8X A; 4JEH B; 5EK2 A; 3F57 A; 3AE4 A; 5LJN A; 1EZ3 A; 5FXZ A; 3E08 A; 5J2U E; 4CXX A; 3FZL B; 4KI0 F; 1FIO A; 3PTR B; 4HWH A; 4HWC A; 2D9D A; 4A97 A; 2X0Y A; 2BKO A; 1OED C; 5LMU T; 1J5W A; 2CBJ A; 4TNW A; 5AQO B; 5IYZ E; 1H7C A; 5AQK B; 3AE9 A; 4QHO A; 2OLT A; 2E9X C; 2BG9 A; 3IBP A; 3N9M A; 3AA6 B; 2FJA A; 2XSB A; 2V7K A; 4LF7 T; 2H3R A; 3AEG A; 2JMH A; 4QXC B; 3T1Y T; 5JDG A; 5FYM A; 5ETW A; 2HHH T; 2XAF B; 4OHF A; 2SPC A; 2H88 A; 2JRK A; 3JAE A; 1HCI A; 3I1A A; 3RIU A; 3M3Z B; 1UUS A; 2XQ9 A; 3OKQ A; 3RYF E; 2YK0 A; 2WU2 A; 3C4W A; 3N2K E; 3AAI A; 3EHZ A; 3LK2 B; 3UU6 A; 2YOE A; 2I6H A; 4V1A v; 3S4U A; 1U5P A; 5HAX A; 4PK4 A; 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