The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
442
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structure length |
442
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Chain Sequence |
SDDINQKVAEQLAQKAQSSSLGYDIVESLTVEVGPRLAGSEQDKVAVDWAIAKLQSLGFDRVYKEPVTVPVWRRGIAKASILSPFPQPLVVTALGGSIATPAQGLSATIVRFDTLQDLQNAEAGSLNDKIAFIDAKTERHRDGKGYGQTASGRSRGAVAAAEKGAVGIIIRSIGTDHDRMAHTGMMRYEEGVTAIPAAAISNPDADLINAMLKRDKEVVISLELGSERRGETTSYNVIAEVKGSTKADEIVLIGAHLDSWDEGTGAIDDGAGVAIVTAAAKHILDLPQKPERTIRVVLYAAEELGLLGGKTYAKEHEAELEKHYIAAESDFGAGPIYQIDWRVADTAHSPVINAMKVAEPLGVAAGNNKASGGPDVSMLPALGVPVASLRQDGSDYFDYHHTPNDTLDKINPEALAQNVAVYAQFAWVMANSKVELRPLPPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Peptidase M28 precursor (YP_926796.1) from SHEWANELLA AMAZONENSIS SB2B at 1.70 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Peptidase M28
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Shewanella amazonensis sb2b
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| total genus |
149
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| structure length |
442
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| sequence length |
442
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04389 | Peptidase_M28 | Peptidase family M28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | Glucose Oxidase; domain 1 | Glucose Oxidase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B35 A; 4A39 A; 3NH5 A; 4ZY2 A; 3KI9 A; 1VHO A; 3WT4 A; 2HC9 A; 2AFS A; 4G1P A; 1CPX A; 1AYE A; 4C9E A; 1Y9Z A; 2ZEP A; 5THW A; 2IJZ A; 4WWV A; 3PRT A; 3VTA A; 3FX6 A; 2GLF A; 1GYT A; 4MCP A; 3GLJ A; 1CPS A; 3PBE A; 4MHN A; 1CX8 A; 1IY7 A; 3D7D A; 3PBB A; 1YME A; 4P4I A; 3ISX A; 1LAN A; 4PXB A; 6CPA A; 5K8N A; 3V38 A; 1UWY A; 2Q51 A; 1F2O A; 4ZX8 A; 2PJ4 A; 2ZEH A; 4A94 A; 2ZEO A; 1ARM A; 1R43 A; 2GU2 A; 4R8F A; 3FMC A; 4C8F A; 1EE3 P; 2PJ8 A; 3FF3 A; 1QMU A; 2PJB A; 1ELM P; 1BLL E; 3FJU A; 1YSJ A; 5HVF A; 3KR5 A; 4TJX A; 2ZEL A; 1PCA A; 1LAM A; 4TWE A; 4F9V A; 3WAB A; 2QJ8 A; 5JH9 A; 4C8P A; 4RUH A; 4Q7A A; 3SJF A; 1Y0R A; 4PXC A; 4NGT A; 8CPA A; 3H8G A; 4NGR A; 4C8A A; 2OR4 A; 4YWY A; 4DYO A; 2PIY A; 4R6T A; 2ZEE A; 2F8H A; 2PRQ A; 3TC8 A; 1DTD A; 1QQ9 A; 3D7F A; 5K8O A; 2AFO A; 3IJ3 A; 2ZEM A; 4H2K A; 4UIA A; 4A38 A; 2NSM A; 4EWT A; 3MN8 A; 3RZA A; 3L2N A; 2PJ7 A; 2AFU A; 4F8Z A; 2CIJ A; 1JQG A; 3SI1 A; 1ZG7 A; 2BO9 A; 1TF8 A; 4ZX9 A; 4TNU A; 2XEG A; 5K8P A; 3PB8 X; 1TF9 A; 5LRJ A; 4ZY1 A; 2IQ6 A; 4C9R A; 2RFH A; 4CDJ A; 1RTQ A; 2V8D A; 3FVL A; 3WC6 A; 3B3W A; 4UEF A; 1F57 A; 1HDU A; 3PFO A; 3K2K A; 1VIX A; 3GB0 A; 2PJC A; 5HVG A; 1HDQ A; 5D8N A; 2JEW A; 3I74 A; 4DUK A; 4JZ0 A; 4Z65 A; 3HUV A; 4O23 A; 4C85 A; 1F2P A; 2WYR A; 3HLP A; 2JBJ A; 2BOA A; 2DEA A; 3PEI A; 5D29 A; 1PYT B; 3KGQ A; 1ZLH A; 1IGB A; 2PJ2 A; 2PE3 A; 1XF1 A; 4ZY0 A; 3D68 A; 2NYQ A; 2PJ1 A; 2WZN A; 3BHX A; 3D4U A; 4C99 A; 3BI1 A; 1CP6 A; 4K3N A; 2EWB A; 4YN3 A; 4MCQ A; 3D66 A; 3TX8 A; 2V8V A; 5K8M A; 2XEI A; 4MXU A; 3PB7 X; 4C8C A; 1Y0Y A; 3SJX A; 2AFW A; 2J9A A; 2AFX A; 4X3R A; 1Z2L A; 4C8T A; 2EK8 A; 2I3C A; 2PJ6 A; 3B3T A; 1BAV A; 1HEE A; 1LCP A; 3NA6 A; 1ZLI A; 2ABZ A; 3NH4 A; 1ELL P; 2V8H A; 2G9D A; 3ISZ A; 2C6C A; 3KQX A; 3RAM A; 1VGY A; 1DE4 C; 1XRY A; 1Z8L A; 4TJV A; 1TKH A; 1Z5R A; 2C1C A; 1AMP A; 2V77 A; 5LYF A; 3SJE A; 3SJG A; 2QYV A; 4C8U A; 1ZG9 A; 4P10 A; 1R3N A; 3PFE A; 2ZOF A; 4X2T A; 4FAI A; 4ZI6 A; 3D67 A; 4PXE A; 3CPX A; 2CTC A; 1VHE A; 3KHZ A; 1FNO A; 2XEF A; 2Q4Z A; 3K9T A; 2ZEG A; 3B2Y A; 3PB6 X; 2RB7 A; 5HXD A; 5LRK A; 5LRG A; 4OKO A; 4OC4 A; 4CDK A; 3CPA A; 1OBR A; 2V8G A; 4IAV A; 2PJ5 A; 5J1Q A; 2C6P A; 2ZED A; 2Q43 A; 4P4J A; 3WC5 A; 1Q7L A; 1FT7 A; 2VL1 A; 4ONW A; 4C9V A; 1XJO A; 2ANP A; 2BCO A; 3CDX A; 4PPZ A; 4UEE A; 3BI0 A; 4NGN A; 1ZG8 A; 2F7V A; 1CG2 A; 2ZOG A; 3N5F A; 2IMO A; 2O4H A; 5F09 A; 4NGS A; 4R7M A; 2ZEF A; 4UIB A; 4P6Y A; 3RBU A; 2JBK A; 3GUX A; 3PB9 X; 4WJB A; 2HB6 A; 2O53 A; 1XBU A; 5DS0 A; 4IK2 A; 2CF4 A; 3DLJ A; 4FBE A; 2POK A; 4P4D A; 3S9L A; 4CPA A; 4P4E A; 4X8I A; 4R76 A; 3IWW A; 4OC1 A; 3I1U A; 4OIW A; 4P4F A; 3SI2 A; 4EFD A; 3H8F A; 1LOK A; 1TKF A; 4JYW A; 3SI0 A; 4OP4 A; 2C6G A; 3IFE A; 3LMS A; 3T8W A; 3KAS A; 3FEC A; 1WVM A; 3IIB A; 3BXM A; 3DGV A; 4OC3 A; 4UEZ A; 1BPN A; 3B3S A; 2PIZ A; 3I6S A; 1ARL A; 2CTB A; 1LAP A; 2PJ0 A; 5JM6 A; 2QVP A; 3KZW A; 4KSI A; 4NJR A; 4BD9 A; 1YLO A; 5HVH A; 5CPA A; 4P45 A; 3IO1 A; 3QNV A; 4C86 A; 2AFM A; 1M4L A; 2PJ9 A; 4OID A; 3D7H A; 5LYI A; 4W9Y A; 2XEJ A; 3KQZ A; 4MHP A; 4OME A; 4ZYQ A; 2PCU A; 2AFZ A; 5LYL A; 2PJA A; 4OC5 A; 3D7G A; 3IC1 A; 3B3V A; 4EME A; 3NFZ A; 3S9M A; 4IHM A; 3PB4 X; 2PJ3 A; 3ICU A; 4MCS A; 1KWM A; 4NGQ A; 3FED A; 7CPA A; 4MCR A; 4MRI A; 4PQA A; 3FH4 A; 5LYD A; 4F9U A; 5ELY A; 4FWU A; 3B7I A; 4P44 A; 1TXR A; 3VAR A; 2FVG A; 4YU9 A; 1H8L A; 3JRU A; 3H8E A; 1XMB A; 4MHZ A; 4P4B A; 3EIF A; 1Y7E A; 3WC7 A; 1BPM A; 1V6C A; 3VAT A; 3KL9 A; 2PVV A; 4FUU A; 4PXD A; 4C9A A; 1YW4 A; 3KHX A; 4MHY A; 3VH9 A; 1YW6 A; 1LFW A; 4C84 A; 3FEE A; 1CP7 A; 4DJL A; 1CBX A; 4MMO A; 4C9U A; 2PVW A; 3NH8 A; 4OC2 A; 4KNG E; 3KR4 A; 4A37 A; 4NFR A; 3MRU A; 3LWU A; 5JGF A; 5CBM A; 3S9N A; 4B6Z A; 3CT9 A; 4OC0 A; 2ZEN A; 2EK9 A; 4GM5 A; 1XFO A; 4NGP A; 4AXV A; 4LQG A; 1NSA A; 4NGM A; 5IB9 A; 1TKJ A; 2GLJ A; 5I4M A; 2GRE A; 3V7Z A; 3IEH A; 4UF4 A; 2OOT A; 4NJQ A; 3B3C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B35 A; 3C26 A; 4F0X A; 1X12 A; 4A39 A; 3NH5 A; 4ZY2 A; 4INJ A; 3KI9 A; 4A33 A; 1VHO A; 3WT4 A; 2HC9 A; 2AFS A; 4G1P A; 1AYE A; 1CPX A; 4HNY B; 2HV2 A; 5AGE A; 1Y9Z A; 2ZEP A; 4C9E A; 3TLG A; 3FYN A; 5THW A; 4CAW A; 4XPD B; 5IR2 A; 4II9 A; 3T05 A; 2IJZ A; 3DSB A; 4WWV A; 3PRT A; 1KEE B; 2B3V A; 1FY7 A; 2HUZ A; 3LOD A; 3KKW A; 1KUV A; 4RI1 A; 1YR0 A; 2EZB A; 5KTA A; 3FX6 A; 4KLW A; 1YQE A; 2GLF A; 1Z9U A; 4JWP A; 4UCM A; 1GYT A; 1ZL0 A; 4MCP A; 2DF5 A; 1CPS A; 3GLJ A; 1QSR A; 1CX8 A; 3PBE A; 4MHN A; 4A32 A; 3TE4 A; 1C3O B; 1IY7 A; 3D7D A; 5G1Z A; 5H84 A; 3PBB A; 2MP0 A; 1YME A; 4C2Z A; 1WK4 A; 4P4I A; 3FXT A; 2I79 A; 3ISX A; 4NSQ A; 1LAN A; 1KC7 A; 4PXB A; 3ZJ0 A; 6CPA A; 4JD6 A; 4OLL A; 3TLC A; 2G3T A; 4E2A A; 1Q2D A; 3V38 A; 2OH1 A; 5K8N A; 2ODF A; 1UWY A; 2Q51 A; 1F2O A; 4ZX8 A; 2PJ4 A; 2ZEH A; 3MGD A; 4A94 A; 1MK4 A; 2ZEO A; 4QVT A; 1ARM A; 1R43 A; 2GU2 A; 4KUB A; 3TLA A; 4JJX A; 3FMC A; 4R8F A; 2JLM A; 4FD5 A; 4C8F A; 1EE3 P; 2PQ8 A; 4H89 A; 1IOI A; 3TFY A; 3VWE A; 5H86 A; 1YLE A; 4Y49 C; 2WUU A; 2J8N A; 2PJ8 A; 2Z3K A; 3FF3 A; 2Z3P A; 1QMU A; 4R3K A; 3ZZI A; 4GXH A; 4CZ1 A; 2CY2 A; 3TCV A; 1ZRS A; 2HRO A; 4COB A; 3JUW A; 1JDB C; 4MFQ A; 2PJB A; 4B14 A; 4XNH B; 5F9M A; 1ELM P; 4A2Z A; 1Y7R A; 1BLL E; 2R8V A; 3FJU A; 1YSJ A; 3GYA A; 4CGP A; 1CJW A; 1IID A; 4B5P A; 5HVF A; 4CO9 A; 3KR5 A; 4TJX A; 2ZEL A; 5J8F A; 2YJT A; 1EZA A; 4KVX A; 1PCA A; 1M4D A; 1MJA A; 2GAN A; 2C5Q A; 5G20 A; 1LAM A; 4TWE A; 4F9V A; 3WAB A; 2QJ8 A; 5JH9 A; 5KTC A; 1LRZ A; 4C8P A; 1NBW A; 4RUH A; 1J3L A; 2OZH A; 4Q7A A; 4KOW A; 4IF5 A; 3SJF A; 1Y0R A; 4JXQ A; 4PXC A; 2JEV A; 3CZX A; 3H8G A; 4NGT A; 4NGR A; 8CPA A; 4C8A A; 2OR4 A; 4YWY A; 5AG5 A; 4DYO A; 3A9L A; 2PIY A; 1CM0 A; 2YND A; 4R6T A; 2ZEE A; 2Z3O A; 3FRM A; 3FNC A; 1L0C A; 1Z4E A; 2F8H A; 2PRQ A; 2HQY A; 3P2F A; 4UFV A; 2D0O A; 3TC8 A; 1DTD A; 1PU9 A; 1QQ9 A; 2OU2 A; 3D7F A; 3PGP A; 5K8O A; 2AFO A; 3IJ3 A; 2ZEM A; 4Q38 A; 3S6G A; 3KRV A; 3DDD A; 3I9S A; 3TLE A; 4U5Y A; 2C27 A; 4H2K A; 4KOT A; 4UIA A; 4A38 A; 2NSM A; 4LQ6 A; 4EWT A; 3MN8 A; 4CYP A; 3TO6 A; 3RZA A; 3SXO A; 4CGM A; 2VQY A; 3L2N A; 2PJ7 A; 2AFU A; 3EZB A; 4JLY A; 2VXK A; 2YNE A; 1BOB A; 4F8Z A; 2CIJ A; 5DWN A; 1JQG A; 2A4N A; 3SI1 A; 5J8C A; 1ZG7 A; 2DPS A; 3GKR A; 4R3L A; 4UA3 A; 4BBH A; 4KVO E; 3PZJ A; 2BO9 A; 1TF8 A; 4QBJ A; 4ZX9 A; 4TNU A; 2DIK A; 2XEG A; 2B3U A; 2J8M A; 3H4Q A; 4CGL A; 5K8P A; 2I00 A; 1MJB A; 1TF9 A; 3PB8 X; 4M6I A; 4MY3 A; 5LRJ A; 2IQ6 A; 4ZY1 A; 3PP9 A; 2RFH A; 4C9R A; 4CDJ A; 1RTQ A; 4CAE A; 2V8D A; 4PK3 A; 1IIC A; 4CAX A; 1V0C A; 3FVL A; 4PSW A; 2PCN A; 4CGO A; 3WC6 A; 5I0C A; 4MBU A; 4CRZ B; 4CS0 B; 3B3W A; 4UEF A; 1QSO A; 2VBQ A; 1F57 A; 1HDU A; 1BXR B; 3PFO A; 4RN7 A; 3K2K A; 1YX0 A; 1VIX A; 3TOB A; 3GB0 A; 2D0P A; 2PJC A; 2P6G A; 5HVG A; 1HDQ A; 5D8N A; 2JEW A; 4AG9 A; 5JQ4 A; 4UFW A; 2Z3M A; 3SR3 A; 4E5S A; 3I74 A; 2ZXV A; 4LX9 A; 4DUK A; 4JZ0 A; 4Z65 A; 4UCP A; 3HUV A; 3TO7 A; 4MJX A; 4O23 A; 3LAC A; 3LD2 A; 2ZW5 A; 5AG4 A; 1IYK A; 4C85 A; 4KSF A; 1F2P A; 2WYR A; 3HLP A; 5ISV A; 2JBJ A; 2BOA A; 2YJV A; 2DEA A; 3PEI A; 1KZF A; 3U1B A; 5D29 A; 3FBU A; 1PYT B; 2VEZ A; 3IWG A; 3KGQ A; 3R95 A; 2Z0Z A; 1ZLH A; 3OWC A; 3TLB A; 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