The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
176
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structure length |
176
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Chain Sequence |
MRPLTEEETRVMFEKIAKYIGENLQLLVDRPDGTYCFRLHNDRVYYVSEKIMKLAANISGDKLVSLGTCFGKFTKTHKFRLHVTALDYLAPYAKYKVWIKPGAEQSFLYGNHVLKSGLGRITENTSQYQGVVVYSMADIPLGFGVAAKSTQDCRKVDPMAIVVFHQADIGEYVRHE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of KD93, a novel protein expressed in human hematopoietic stem/progenitor cells.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Saccharomyces cerevisiae Nip7p homolog
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| total genus |
53
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| structure length |
176
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| sequence length |
176
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-03-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03657 | UPF0113 | UPF0113 PUA domain |
| A | PF17833 | UPF0113_N | UPF0113 Pre-PUA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | PUA domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3C0K A; 1SGV A; 2B78 A; 2CX0 A; 2Q07 A; 1ZS7 A; 2AS0 A; 2J5T A; 3VSE A; 1ZE1 A; 1SQW A; 1IT8 A; 1IQ8 A; 1R3E A; 1IT7 A; 2P38 A; 4Q1T A; 2CX1 A; 1ZE2 A; 4DMG A; 1R3F A; 1J2B A; 1WXW A; 1WXX A; 1T5Y A; 2AB4 A; 3LDF A; 2J5V A; 2CWW A; 1Q7H A; 3D79 A; 1K8W A; 3UAI A; 1ZL3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BUJ A; 1RGH A; 3LT8 A; 1AY7 A; 2GEX A; 3D3L A; 3PCR A; 1A2P A; 1RHL A; 1ZS7 A; 1TUH A; 1D6Z A; 2IA7 A; 1RRH A; 1KQS 2; 1BSA A; 1OPY A; 2ML6 A; 1Q42 A; 1JJ2 2; 1VQ8 3; 4PEJ A; 1BUQ A; 4LEH A; 3HII A; 4HM2 B; 4HZB B; 4J9A A; 3CXC 2; 2KF4 A; 5IG4 A; 3FSD A; 2F99 A; 1A67 A; 1EG9 B; 2XGN A; 4MJD A; 4NPB A; 1BNI A; 1SIH A; 3AMO B; 2K3D A; 2W9P A; 3UJM A; 2IUK A; 4ORL A; 3S67 A; 3NX0 A; 3GZR A; 3EE1 A; 3T8U A; 3WHO A; 3O8Y A; 2F5W A; 1W2B 2; 1T2H A; 1MGW A; 2E5O A; 1NU3 A; 3N8B A; 3HK4 A; 1GOU A; 3ER7 A; 3VGN A; 3WOE B; 3M8C A; 4HAA A; 6RNT A; 4BL2 A; 4CI3 B; 3NM2 A; 1K28 A; 1UDI I; 2ZL8 A; 4HM3 B; 5KP1 A; 3CCR 3; 1IVU A; 3JUQ A; 1HU9 A; 4ZM8 A; 2HMJ B; 3I56 3; 2UGI A; 3HX8 A; 1LRA A; 4AKY A; 4OVM A; 3G8Z A; 3LXU X; 1YJW 3; 1JBR A; 1YJ9 3; 1VQQ A; 4TZ4 C; 2RCD A; 3V99 A; 1IT8 A; 2ZA4 A; 1NDO B; 4N6N B; 4BIR A; 2MF7 A; 4HM8 B; 3M6U A; 1VQM 3; 1IV7 A; 2R41 A; 4KZ1 A; 2D42 A; 2SAR A; 1IVV A; 2BHM A; 1I70 A; 1ULJ B; 1RNT A; 1BRG A; 4K1U A; 3RDE A; 1US1 A; 2P09 A; 3DM8 A; 3J7Y d; 3S29 A; 3IUW A; 1O7H B; 1YNV X; 3MSO A; 1KC8 4; 4FR9 A; 4EBG A; 3CCV 3; 1VQL 3; 2CK3 H; 3D79 A; 4J5K A; 4MMX B; 3HJW A; 3FZW A; 1BRH A; 2E2U A; 1BAN A; 4FCM A; 1M1X B; 3JUO A; 4BTW A; 1FYS A; 1VQ7 3; 4EW5 A; 5FGO A; 1BNS A; 2CFW A; 3NBB A; 1QAL A; 6GSP A; 2BIR A; 2ZHX B; 4WYK B; 1YVB I; 3Q2P A; 1W7C A; 3FH1 A; 1W00 A; 2P0X A; 1G02 A; 1GD3 A; 3KII A; 2CX1 A; 1RN7 A; 2HMK B; 1EKM A; 2PZV A; 3L0R A; 4FMD A; 4LZI A; 3LYG A; 3ZG0 A; 3EX9 A; 1NB5 I; 1FA3 A; 3EB8 A; 3CME 3; 4XDW A; 2SBL A; 1NB3 I; 2E2V A; 4O3V A; 1JB4 A; 5KP4 A; 1JB2 A; 3F14 A; 3OX9 A; 3ZG5 A; 1IK3 A; 3QRD A; 1JBS A; 1JNQ A; 1G0T A; 2KKU A; 4HBR A; 3EBT A; 4L7K A; 2GBX B; 4RNY A; 3CCL 3; 1W6Y A; 3WOF B; 1N5P A; 2XEP A; 4CPK A; 3F7S A; 3PGB A; 1PU4 A; 1GSP A; 4EV2 A; 2A15 A; 1BSE A; 2AUS A; 1WMO A; 1CQS A; 1S72 3; 1O7G B; 1LQM B; 4K90 B; 3BNC A; 1K73 4; 2CX0 A; 1DMN A; 2Z7A A; 3ECF A; 1HKX A; 2UUG C; 4MMZ B; 1Q9E A; 1U8C B; 1BSB A; 1JB5 A; 2INX A; 2Z76 A; 8CHO A; 1SQW A; 1C7H A; 1ZGX A; 4U13 A; 1VQ4 3; 2P38 A; 3CPO A; 1GY7 A; 5EEO A; 1X1X A; 2WGO A; 1B20 A; 1EA2 A; 3PS8 A; 3AHS A; 2STD A; 1BSD A; 3CCS 3; 3AGN A; 5D81 A; 1RGA A; 2APO A; 3JUM A; 4WHA A; 2QIY A; 4AEQ A; 1VQ6 3; 1W6C A; 2YFJ B; 1WXX A; 1T5Y A; 1JBT A; 1TP6 A; 2OTL 3; 2Z0T A; 1DMM A; 3HI7 A; 4WP5 A; 5JPU A; 2GSP A; 2RFK A; 1MWU A; 2CWW A; 1Q40 A; 1G96 A; 3G6E 3; 1K8W A; 3JVC A; 3UAI A; 1GMR A; 2AAD A; 5G1L A; 2PNC A; 3LWQ A; 3LTC A; 1ROV A; 3LWO A; 4WWU C; 1ROA A; 3WR2 A; 2OWP A; 1OAC A; 1RKY A; 2BT3 A; 2FGT A; 4K1V A; 3DGO A; 8RNT A; 1ZE1 A; 1CEW I; 1GS3 A; 3M6V A; 1BNR A; 2L1S A; 1ISK A; 4J8T A; 1I2E A; 1FGT A; 1N5H A; 2F98 A; 1FGO A; 4H3U A; 2KCD A; 1BRJ A; 5IEP A; 3SED A; 1UI8 A; 4R1K A; 3FCS B; 1B27 A; 4QWT A; 4R4K A; 4R9L A; 3DGN A; 1I2F A; 2QEX 3; 2W0Q A; 2CWU A; 3LTB A; 3OW2 2; 1R4C A; 4H61 A; 1STF I; 1W6G A; 1BVI A; 3D5G A; 4EXR A; 1Q7Y 4; 1QVF 2; 1I8V A; 1RTU A; 1W4N A; 4KT3 B; 1W02 A; 2CH9 A; 4OUQ A; 3F7X A; 3PCS A; 2GU3 A; 5AII A; 2CWT A; 4CI2 B; 1MWS A; 2BO9 B; 3BU4 A; 5IW9 A; 1YHQ 3; 1OGX A; 1WTH A; 4HVN A; 5CF2 A; 1OHS A; 3LWR A; 3HZP A; 3PXM A; 4KFE A; 5IEO A; 1TRP A; 1RSN A; 3SXX A; 2OTJ 3; 1YIJ 3; 5CXO A; 5JPP A; 1BU4 A; 1O7N B; 2P05 A; 3CU3 A; 3GAX A; 4XBT A; 5AEU B; 1SPU A; 2HML B; 4Q53 A; 1W2Z A; 1K9M 4; 7STD A; 1MOL A; 2KXG A; 4EV5 A; 2C4B A; 1RRL A; 3N9H A; 4TX4 A; 3UNL A; 1T2I A; 4L8O A; 3F8X A; 4WFO A; 3VSY A; 3V98 A; 1DVD A; 4JF8 A; 1R3F A; 1XNE A; 6STD A; 4NHF A; 3BB9 A; 1ZO2 A; 3AHW A; 3MG3 A; 1E3V A; 5LC6 A; 5EVH A; 4O02 B; 1JN5 A; 3LTD A; 1NNV A; 3LOY A; 2Y74 A; 2OQE A; 5ELJ A; 1BNF A; 1CYU A; 2W9Q A; 2CW9 A; 3EC9 A; 3BND A; 1T3B A; 3HIG A; 5HGR A; 1FUS A; 1I3F A; 4N6T A; 2HVY A; 2W56 A; 1S5A A; 3MPH A; 2FXT A; 4RNT A; 1VZZ A; 2HOH A; 4FMB A; 1B2U A; 1OH0 A; 3G0K A; 1UGH I; 3MQK A; 2XFS A; 2FRX A; 1N9J A; 2GEY A; 3EN8 A; 3FLJ A; 1JZO A; 1YGW A; 5IF6 A; 4HM6 B; 2OQE C; 1UGI A; 1KSI A; 1B2M A; 1YGE A; 1A2V A; 2GU1 A; 1TIJ A; 1LXE A; 1BRK A; 1IDP A; 2CFL A; 1YJN 3; 1Q40 B; 1GMP A; 1WK2 A; 1QMA A; 1I0X A; 4GL6 A; 1E3R A; 2LQV A; 1E97 A; 2OOV A; 1OGZ A; 3KSE D; 5BXQ A; 3FG1 A; 2BMR B; 2CFD A; 3MG2 A; 5AEW B; 4BTX A; 2XRX B; 1GYB A; 3OWY A; 4MMY B; 2Z77 A; 2F4Y A; 1TJD A; 4K61 A; 4IPB A; 5M18 A; 1ZBO A; 1K41 A; 3M6X A; 3DMC A; 1OHO A; 2B78 A; 5CK6 A; 1N9E A; 1TE7 A; 2KF5 A; 2OOV C; 3WA2 X; 3B7C A; 3EHC A; 3GSP A; 1OCV A; 2I9W A; 2Y73 A; 3TDG A; 1TU5 A; 1QAK A; 3K7C A; 1W5Z A; 5BIR A; 5IER A; 3M6W A; 1BSC A; 1I2G A; 4O8S A; 3CMA 3; 3SYU A; 1B2Z A; 3EBY A; 5G2G A; 3EQQ B; 1RJO A; 1MWR A; 1V57 A; 1WMN A; 2CG1 A; 3SX1 A; 1UCL A; 2HMN B; 3LWP A; 1NO3 A; 4XDV A; 3SLU A; 1GMQ A; 1M9G A; 5DRV A; 1UI7 A; 1X1Y A; 3I0Y A; 3K0Z A; 4DKI A; 1BOX A; 2L4V A; 3HJY A; 3S27 A; 1MWT A; 3T8N A; 3FG3 A; 3KCH A; 5CLK A; 2V1L A; 7GSP A; 3G4S 3; 1RGE A; 2RFR A; 1OUN A; 1PYL A; 1RCK A; 2RNT A; 3DGL A; 2WGQ A; 3OWS A; 3UB1 A; 3LTA A; 2RBI A; 5STD A; 3MHE A; 1RMS A; 1ZE2 A; 1JN5 B; 1LOW A; 1AQZ A; 1X1W A; 3GZY B; 2QGU A; 3U1W A; 5A0O B; 3DGM A; 3AGO A; 3LDF A; 4BL3 A; 2BMQ B; 2W56 B; 3B4O A; 1B3S A; 2W6J H; 3IPT A; 5TGN A; 2CIU A; 1VQN 3; 1UUW B; 2LYX A; 3CC2 3; 4R9K A; 3A76 A; 1EUI C; 2QA4 3; 1SJW A; 2YFI B; 3DZL A; 1DMQ A; 1D6U A; 2CG0 A; 3NQY A; 3JUN A; 3KN4 A; 4N6L A; 3X40 A; 2C10 A; 4O2H A; 4R80 A; 3OV4 A; 3F40 A; 5M1A A; 2BNG A; 3UL6 A; 3NHX A; 3PZW A; 4GHO A; 1O7M B; 3HAX A; 3GWR A; 1IQ8 A; 2F5M A; 1IT7 A; 3JUP A; 4RNZ A; 3FF0 A; 3X41 A; 1A90 A; 1TFO A; 2ML5 A; 2GXF A; 3RGA A; 3ALA A; 1DET A; 2W03 A; 3MG1 A; 1RLS A; 2XFT A; 1LQG C; 3EF8 A; 5AI1 A; 1BNG A; 3A5E A; 2KF6 A; 5IG0 A; 1FGQ A; 1U5O A; 2F86 B; 2O3O A; 2HMO B; 4HJL B; 5HOH A; 1AVL A; 2XR8 B; 1BAO A; 3FG4 A; 3RNT A; 1GY5 A; 2MC8 A; 3MWZ A; 1VQ9 3; 1DE3 A; 1QJG A; 2H0H A; 3QK9 A; 1TTO A; 1WQL B; 3LWV A; 3LZA A; 5RNT A; 3CC4 3; 1EQK A; 4GB5 A; 1AV4 A; 2Q07 A; 3M4X A; 1V58 A; 4I4K A; 1GY6 A; 2CKF B; 2RGQ A; 3NBR A; 1V74 A; 5LC7 A; 2WOH A; 3NV0 A; 1RCL A; 1K8A 4; 1BIR A; 5KP3 A; 4FCJ A; 1AVK A; 4HOH A; 2JDI H; 5M19 A; 3CCU 3; 1YIT 3; 3D4A A; 3SVA A; 3CC7 3; 1B21 A; 4DMG A; 4XB5 A; 3FF2 A; 1LNH A; 1WNH A; 2F56 A; 2H0I A; 1PY3 A; 3K5T A; 3ZV0 C; 4LYL B; 3BIR A; 1IYY A; 4N6V 0; 2IUJ A; 5FW5 A; 3F9S A; 4CCV A; 2W04 A; 3F8H A; 2UX0 A; 4ILF A; 3LML A; 3LT9 A; 3FGY A; 1JKG A; 4KFD A; 1N8Q A; 3ZFZ A; 2ZDJ A; 3DUK A; 4XBX A; 1FZU A; 4FMC A; 1GOY A; 3LJC A; 1BGS A; 1FGR A; 3X3Y A; 4X2H A; 3NM7 A; 3X3Z A; 1RGK A; 2BU4 A; 2IMJ A; 2K54 A; 3GZX B; 4AKZ A; 3Q3F A; 1VQ5 3; 4LGQ A; 1KWI A; 5JBS A; 1M90 4; 1FUW A; 5CF1 A; 3DGY A; 4OK0 A; 3E99 A; 4HM1 B; 4FMA A; 5GSP A; 1FUT A; 1UOY A; 1DVC A; 3N54 B; 3I55 3; 3BNE A; 1J2B A; 3K9M C; 4HM7 B; 1O7W B; 3URP A; 3GRD A; 1O7P B; 1W01 A; 1Y4K A; 3KFQ C; 2RSX A; 2AB4 A; 2WO0 A; 2B24 B; 3VF1 A; 3CPW 2; 1RN4 A; 2M7O A; 1Q7H A; 3LH4 A; 5G1K A; 1UCJ A; 3V92 A; 2H0G A; 1IQX A; 2HMM B; 3C0K A; 2Z6B A; 1STD A; 1LOX A; 5IG5 A; 3U28 A; 3DXO A; 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