The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
43
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sequence length |
155
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structure length |
155
|
Chain Sequence |
LRVRRASSWELDLILKEAEKYGELLHEFFCVVEGKYRDVYAVNEEVWKIIEDINMRPYSLGTFVGTIRVDENLVEKFYPNLEFFSLIKLEKNYVILGPKASFLFTTGKDAPKEAVREIKWQGSKRVVVLNDLGDIIGIGLINPKSDRRFIKNLKD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights into the Interaction of the Nip7 PUA Domain with Polyuridine RNA
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein involved in ribosomal biogenesis
|
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| source organism |
Pyrococcus abyssi
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| total genus |
43
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| structure length |
155
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| sequence length |
155
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03657 | UPF0113 | UPF0113 PUA domain |
| A | PF17833 | UPF0113_N | UPF0113 Pre-PUA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 | PUA domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LDF A; 1ZE1 A; 2B78 A; 3D79 A; 1WXX A; 1R3E A; 1ZL3 A; 2CX0 A; 1WXW A; 2J5T A; 2CWW A; 2AS0 A; 1IQ8 A; 3VSE A; 1J2B A; 1IT7 A; 1IT8 A; 1ZE2 A; 1R3F A; 4Q1T A; 4DMG A; 2AB4 A; 2CX1 A; 3UAI A; 1ZS7 A; 1Q7H A; 2J5V A; 1SGV A; 1T5Y A; 1K8W A; 2P38 A; 3C0K A; 1SQW A; 2Q07 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PZV A; 1G0T A; 1ZE1 A; 1GYB A; 3OX9 A; 1G96 A; 1RCL A; 1UUV B; 3PYJ A; 3D5G A; 3BND A; 3M65 A; 1N9J A; 1E3V A; 1K28 A; 1U8C B; 2F98 A; 4CI3 B; 1GY7 A; 2QIY A; 1STD A; 3DH2 A; 1IYY A; 3PZW A; 2F5M A; 3AMO A; 3FZW A; 3U97 A; 1Q86 4; 2GXF A; 1BNR A; 4FMC A; 4IPB A; 1B3S A; 1UGH I; 2KXG A; 2CWU A; 3GZB A; 3LML A; 4HM2 B; 3WOD G; 3STD A; 3Q90 A; 2AS0 A; 4FR9 A; 3ECF A; 4QWT A; 2INX A; 1K9M 4; 1VZZ A; 5EEO A; 6RNT A; 4WHA A; 1JRQ A; 3K63 A; 1NU3 A; 1RN1 A; 2Y73 A; 1I2G A; 3T8N A; 1VQ8 3; 1A2P A; 4HM5 B; 5RNT A; 4FMB A; 3LT9 A; 3LZA A; 2H0I A; 4LYL B; 3X41 A; 1CYU A; 3HZP A; 3CXC 2; 2ML6 A; 2HMO B; 4EW5 A; 2IY2 A; 2C11 A; 4TX4 A; 1K8W A; 1DMM A; 3NM2 A; 1RGC A; 3NV0 B; 2RFK A; 2CWV A; 1LNH A; 1VQM 3; 2QEX 3; 4BL2 A; 2QGU A; 4X2O A; 3LWQ A; 5AIG A; 5JPP A; 3LTC A; 4N6T A; 1TIJ A; 2WOF A; 1N8Q A; 3JUP A; 2J5T A; 1Q40 B; 2P0X A; 3NBR A; 1VQ6 3; 4X2H A; 1AQZ A; 1JN5 B; 4FMA A; 2A15 A; 1IVX A; 1T2H A; 3GWR A; 6STD A; 3VSE A; 3SOY A; 1BRH A; 3LXU X; 4MMX B; 2IA7 A; 3F8H A; 4J5G A; 1BIR A; 1LNI A; 1ZE2 A; 2J8X B; 1R3F A; 2XR8 B; 2XFT A; 3G0K A; 1RHL A; 2UUG C; 4CDL A; 1RN7 A; 2OOV A; 1RN4 A; 1GY5 A; 4LEH A; 3A76 A; 1W2B 2; 3JVC A; 5STD A; 4HYZ A; 3FF2 A; 1ZBO A; 1GMQ A; 2YX9 A; 1MWR A; 2LYX A; 4XBT A; 1MGR A; 1X1U A; 1JBR A; 2HMJ B; 2XRX B; 3EBY A; 1RCK A; 2B1X B; 2B78 A; 3KFQ C; 4GB5 A; 1QAF A; 5IER A; 1ZL3 A; 5BVB A; 5IEP A; 3AMO B; 2Z7A A; 1W4N A; 2P09 A; 1LOX A; 5D83 A; 1YGW A; 4NRE A; 3EX9 A; 3F40 A; 3EN1 B; 5KP3 A; 1EG9 B; 2IUK A; 1GD4 A; 1IT7 A; 2V1L A; 1RMS A; 3CPO A; 2BNG A; 4MEI A; 3WHO A; 1W01 A; 3X3Z A; 1W6G A; 1IU7 A; 3MWZ A; 3ROB A; 2JDI H; 3S5C A; 3WA2 X; 1K41 A; 1RKY A; 2YFL B; 1D6Y A; 1I0X A; 4XDW A; 3KSE D; 1R4C A; 3B7C A; 3EQQ B; 3NX0 A; 4O2H A; 1V74 A; 3T0U A; 3LWO A; 1UCL A; 1MWT A; 1STF I; 3JUQ A; 4L8O A; 1WXW A; 1BRK A; 2RCD A; 1O7M B; 3JUM A; 2ZDJ A; 3N9H A; 2APO A; 3JUO A; 3X42 A; 2FXT A; 2RGQ A; 1RGK A; 1RLS A; 1PU4 A; 3EE1 A; 1QMA A; 2XEP A; 4HJL B; 1DVD A; 3PCR A; 2F56 A; 3EN8 A; 1BNJ A; 1IQY A; 1BOX A; 4KZ1 A; 3V92 A; 1IV9 A; 3SVA A; 1S5A A; 2CX1 A; 1AR0 A; 3IMA B; 3IJE B; 1BNI A; 1WK2 A; 2CK3 H; 1VQN 3; 3SX1 A; 4ILF A; 1Q7H A; 1HZ1 A; 1QJG A; 1TUH A; 2KF3 A; 2L1S A; 1RJO A; 2HMN B; 2BIR A; 1Q42 A; 2M7O A; 2XSH B; 5CXO A; 3LOY A; 4RNT A; 1B20 A; 3OW2 2; 1I70 A; 4NHF A; 2R4I A; 3FGY A; 4HM8 B; 4HVN A; 1M90 4; 3CNX A; 1OHO A; 2JQ5 A; 1YIJ 3; 2W03 A; 3FSD A; 3CCQ 3; 4ZM8 A; 1LOY A; 3HK4 A; 5D82 A; 4R4K A; 3NXJ A; 3AGN A; 1HU9 A; 3N8B A; 1E3R A; 3AHS A; 5GSP A; 3BNE A; 1UCI A; 2KF5 A; 1N5H A; 1B21 A; 2MF7 A; 3LH4 A; 3HII A; 2FGT A; 4GHO A; 2CG0 A; 1RGG A; 4J5K A; 8RNT A; 3X40 A; 1EEJ A; 3BNC A; 2OTJ 3; 1KWI A; 1GS3 A; 3DGL A; 2CWT A; 1ROA A; 4WWU C; 5TGN A; 3LTB A; 2MC8 A; 3CC2 3; 5ELJ A; 1OUN A; 3HOH A; 1CH0 A; 3ER7 A; 4IIA A; 2W2C A; 1CQS A; 2HMK B; 1LOW A; 4HM4 B; 3J7Y d; 4PEJ A; 3G71 3; 2GU1 A; 3CC7 3; 5M19 A; 3D79 A; 3QK9 A; 1JV2 B; 1E97 A; 1A2V A; 4HZB B; 5IW9 A; 1CYV A; 3FLJ A; 1M1X B; 1NWW A; 3F8X A; 1DMN A; 3UB1 A; 2F99 A; 5M1A A; 1B27 A; 1S72 3; 3ZV0 C; 2IMJ A; 3MHE A; 1V58 A; 4O8S A; 3KSP A; 5AIH A; 3UL5 A; 3KCH A; 5IEN A; 3GZX B; 1TE7 A; 1S04 A; 3M6V A; 3SED A; 5BIR A; 1FGQ A; 4K61 A; 5G1K A; 3MQK A; 1YJ9 3; 1BSC A; 1RRH A; 1KD1 4; 1FGO A; 1WNH A; 1Q81 4; 2FNQ A; 1TFO A; 2BHM A; 2H0H A; 2ZHX B; 4HZ9 B; 2D1W A; 3WR2 A; 2D42 A; 2CFK A; 4BU4 A; 1K73 4; 1VQ5 3; 4L7K A; 3O8Y A; 5CF2 A; 3V98 A; 1SJW A; 4R9K A; 2Z76 A; 2ZL8 A; 1DE3 A; 4KFD A; 1N8R 4; 4FCJ A; 3Q3F A; 1UI8 A; 9RNT A; 2CFW A; 4N6L A; 2KKU A; 2DP9 A; 4N6O B; 3UJM A; 3MG2 A; 2FRX A; 1BNS A; 1W2Z A; 3BLZ A; 4CJN A; 1YI2 3; 1RGE A; 1QVF 2; 1IK3 A; 1PFP A; 3AGO A; 3K0Z A; 3GSP A; 1FGM A; 4HKV B; 3URP A; 1X1X A; 3B4P A; 5IF6 A; 4J8T A; 1A67 A; 1JB2 A; 2SAR A; 1ZS7 A; 1YHQ 3; 5D81 A; 1IVV A; 2RBI A; 3S27 A; 3VF1 A; 3N54 B; 4BIR A; 4XDV A; 2XFS A; 3DZL A; 2KRT A; 2CH9 A; 4GL6 A; 4JF8 A; 3S28 A; 1GSP A; 1T5Y A; 3ZG0 A; 1B2Z A; 3DGM A; 3LWR A; 4KFE A; 3IPT A; 1TJD A; 1TRP A; 4L8P A; 1W5Z A; 1ULI B; 3KKG A; 3CCE 3; 1YJW 3; 1MNL A; 1GMP A; 3PGB A; 2CX0 A; 1F8N A; 2F86 B; 1A90 A; 1TFK A; 4OUQ A; 1NJI 4; 2OCT A; 3G6E 3; 3PCS A; 1AV4 A; 3FG1 A; 1MWS A; 3M8C A; 4OK0 A; 3X3Y A; 1X1Y A; 2OQE C; 1BAO A; 3HJY A; 1KSI A; 2L4V A; 1GD3 A; 4MJD A; 3GZR A; 3KE7 A; 1V57 A; 3NQZ A; 2H0G A; 1D6Z A; 1W6C A; 5LC6 A; 4Q1T A; 2IYJ A; 5CK6 A; 5G2G A; 2PNC A; 3F7X A; 3M4X A; 2SBL A; 3SOA A; 5CF1 A; 2OTL 3; 3E99 A; 5AI1 A; 5A0O B; 2OWP A; 1SPU A; 3G16 A; 3MSO A; 5EQL A; 3VSY A; 2E2V A; 1ULJ B; 1M9G A; 2W56 A; 1Q9E A; 1GY6 A; 3MYT A; 8CHO A; 4HOH A; 4R9L A; 1GOY A; 1OHP A; 1TTO A; 2K0M A; 1BRI A; 1FGT A; 5BU4 A; 3HAX A; 3DGY A; 1IVW A; 1BRG A; 1OHS A; 1BUJ A; 1EUI C; 3ALA A; 2XGN A; 1XNE A; 2IUJ A; 1BNG A; 3CD6 3; 2XH9 A; 1OF5 A; 4XM4 A; 1O7W B; 5IEO A; 1GOV A; 2HMM B; 4CI2 B; 4XBX A; 2E2U A; 2STD A; 2O3O A; 3HJW A; 4RNY A; 3FG4 A; 5I97 A; 1G02 A; 4GSP A; 1NB3 I; 1OGZ A; 1A2K A; 1MOL A; 1UUW B; 1MGW A; 1LQG C; 3RGA A; 4HM6 B; 1I2F A; 3MG3 A; 1JKG A; 5CLK A; 1X1W A; 4KT3 B; 1DYU A; 4LMI A; 1HYF A; 3OWY A; 5KP4 A; 1EQK A; 1B2S A; 1BRN L; 3F7S A; 4Q53 A; 1LOV A; 4EXR A; 2CIU A; 5AEU B; 1KC8 4; 3TDG A; 3BIR A; 4O02 B; 3EC9 A; 1DET A; 3FH1 A; 1FUW A; 1T3B A; 1AVK A; 2KF6 A; 5KP1 A; 3OV4 A; 4JRF A; 1WMN A; 2Z6B A; 3EF8 A; 1UI7 A; 3Q2P A; 1BUQ A; 1B2M A; 2ZA4 A; 4O3V A; 2LQV A; 4BL3 A; 4EYC A; 4BTX A; 4DMG A; 2RFR A; 2AB4 A; 3K5T A; 4XBY A; 3WOF B; 3M6W A; 1BRJ A; 3B4O A; 2CFD A; 3B8L A; 1RNB A; 1I3F A; 1SIH A; 3I56 3; 1C7H A; 3I55 3; 4I5Q A; 2W0Q A; 1LVN A; 3CCS 3; 4N3V A; 3KZT A; 5JBS A; 1BSB A; 3HIG A; 2HVY A; 2W56 B; 3CC4 3; 4CCV A; 2WOH A; 2Z0T A; 3FF0 A; 4N6M A; 5DRV A; 3H51 A; 2W9P A; 5JPU A; 3K7C A; 3F9S A; 4AKZ A; 1O7H B; 1JZO A; 4HM3 B; 3UNL A; 3EHC A; 1FUT A; 2OQE A; 4U13 A; 1B2X A; 1OF5 B; 3NUV A; 4WYK A; 1QVG 2; 2O9U X; 4HM0 B; 1NDO B; 1GOU A; 4K90 B; 1YJN 3; 3KN4 A; 1YGE A; 3NQY A; 1FZU A; 3MKI A; 2AAE A; 3HI7 A; 3NHX A; 3D4A A; 1QAL A; 3H3H A; 5IG5 A; 3GRD A; 3JUN A; 4RZM A; 5FGO A; 3CPW 2; 3SYU A; 2P38 A; 1JBS A; 4HAA A; 1ZX2 A; 3FKA A; 4EV2 A; 1JKG B; 1RSN A; 2RNT A; 4BTY A; 1VQO 3; 3VGN A; 1LRA A; 1ISK A; 2WGQ A; 1VQK 3; 1RGL A; 3MG1 A; 2XSO B; 4J9A A; 5AII A; 2BO9 B; 1JNQ A; 2GSP A; 1VQQ A; 1IDP A; 1WQL B; 1Q7Y 4; 4IT7 A; 3SXX A; 3S29 A; 1VQL 3; 4CI1 B; 2KAA A; 4HM1 B; 4N6U A; 1BU4 A; 5G1L A; 3UL6 A; 1Y4K A; 3NM7 A; 2BU4 A; 3CCM 3; 1ZGX A; 1OCV A; 2F4Y A; 1R4Y A; 1JB5 A; 4RNZ A; 3PXM A; 1YNV X; 3LYG A; 2B24 B; 1UCK A; 1WMP A; 1L5G B; 3CCR 3; 1BNE A; 1FUS A; 2C4B A; 1W00 A; 5DRE A; 1JJ2 2; 3S67 A; 2AAD A; 1BAN A; 1QAK A; 3HX8 A; 4STD A; 4I4K A; 1I8V A; 1I2E A; 3LDF A; 2F5W A; 1BSA A; 3DGO A; 4DKI A; 1YVS A; 3F14 A; 3WA3 A; 5AYR B; 1EKM A; 1TRQ A; 1VQ9 3; 4EV5 A; 3NBB A; 3U28 A; 1RGA A; 3DGN A; 2QA4 3; 2I9W A; 5AYS C; 4XB5 A; 2CHC A; 7RNT A; 4WYK B; 1RGF A; 1ZO2 A; 1AY7 A; 1OH0 A; 4AEQ A; 1FW7 A; 2BMR B; 1UOY A; 1J2B A; 1EA2 A; 4N6V 0; 5AEW B; 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