The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
75
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sequence length |
200
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structure length |
200
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Chain Sequence |
XXXTTSMVSMPLYAVMYPVFNELERVNLSAAQTLRAAFIKAEKENPGLTQDIIMKILEKKSVEVNFTESLLRMAADDVEEYMIERPEPEFQDLNEKARALKQILSKIPDEINDRVRFLQTIKDIASAIKELLDTVNNVFKKYQYQNRRALEHQKKEFVKYSKSFSDTLKTYFKDGKAINVFVSANRLIHQTNLILQTFKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of CCM3, a cerebral cavernous malformation protein critical for vascular integrity.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Programmed cell death protein 10
|
| total genus |
75
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| structure length |
200
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| sequence length |
200
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06840 | DUF1241 | Protein of unknown function (DUF1241) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 | Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3W8I B; 3GM1 A; 3BRJ A; 4R32 A; 4XEK A; 3U3F A; 4XEF A; 3U0C A; 1K05 A; 2Q00 A; 1KNY A; 3AJM A; 2JX0 A; 1OW8 A; 1UFB A; 1O3U A; 3RQE A; 3JYY A; 1K40 A; 3L8J A; 3C8G A; 2L6G A; 1WTY A; 1PV3 A; 2L6F A; 3MFN A; 3RQF A; 3TUL A; 2PBE A; 3JZ0 A; 3C8G D; 3W8H B; 1QVX A; 1WOL A; 1ZZP A; 5F28 E; 2HSB A; 3GM3 A; 2L6H A; 3K7D A; 4EBK A; 1KTM A; 3L8I A; 3RQG A; 1OW6 A; 4GEH B; 3C8G B; 3S9O A; 2KK1 A; 2JPU A; 3GM2 A; 2LK4 A; 1WWP A; 1V4A A; 1K04 A; 3O10 A; 4NQF A; 3C18 A; 4XEV A; 4EBJ A; 3B71 A; 1JOG A; 2YWA A; 1OW7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YJG A; 1Z23 A; 4JKV A; 3FOO A; 4GEH A; 4WCZ A; 1PCX A; 1T9K A; 1VOM A; 1Y4C A; 1QVX A; 3RW0 A; 1FR0 A; 1LS1 A; 4EML A; 3GAN A; 2R7S A; 4FWV A; 3QXI A; 2HJM A; 1GM5 A; 5B1B C; 5KYN A; 3RH3 A; 3KMI A; 3V7O A; 4U5G A; 4MTO A; 1HZD A; 4YT8 A; 5BQI A; 2M64 A; 1RKE B; 2I8B A; 1NSG B; 1Q51 A; 1TWG A; 1YZA A; 3QW1 A; 1BR2 A; 1RKE A; 2AWY A; 3S0X A; 4AE4 B; 3TUL A; 3AG2 C; 4YL3 A; 4CSA A; 4EWC A; 2R25 A; 3T6B A; 4MND A; 2NUP B; 1Z6A A; 1OW7 A; 4AE4 A; 1ORS C; 3HNI A; 3CEX A; 3U0C A; 1AVO B; 4RDA A; 4CS8 C; 1O5H A; 2VCB A; 1HE9 A; 1MMA A; 4MW8 A; 2NUP A; 4E17 A; 2H7V C; 3EQL F; 1A7V A; 3RSI A; 1PD0 A; 3O39 A; 1QPU A; 3NYM A; 2KW3 C; 2WL8 A; 2VCA A; 2HFI A; 3Q6N A; 3QXZ A; 2IEX A; 4U5F E; 1SZI A; 3ITF A; 4DRI B; 1ZHW A; 5T3W A; 4H4K C; 4Z9H A; 1LVK A; 3VAY A; 1WAT A; 4EBK A; 3EPV A; 3SZR A; 2QTV A; 2VX2 A; 4G7H F; 3HNK A; 4IJJ A; 2TMV P; 2A0B A; 1JXZ A; 4OIQ F; 3V5Z A; 4N4W A; 3PZK A; 4JYL A; 2MWQ A; 5L0D A; 1YA7 O; 5JP7 A; 3MFN A; 4Q7C A; 4DXW A; 4O6M A; 1ST6 A; 2J9W A; 2EIM C; 3K7D A; 3NMK A; 1U0B B; 2A68 F; 1HMO A; 5COG A; 4D4N A; 3CAX A; 1NU9 C; 3R0O A; 2R7R A; 3LAY A; 4D4X A; 3ZTZ A; 5A6B D; 4JOT A; 1F1M A; 5GPG B; 1CPQ A; 4CIP A; 1CGN A; 4LDK A; 3MYI A; 5D91 A; 1L3P A; 4U5H A; 3GM3 A; 2HMQ A; 1UX4 A; 2HS5 A; 4K0D A; 3WHN A; 4K3W A; 2J9B A; 2IXN A; 4CIH A; 2H7O A; 2XRH A; 4BEM J; 3R9T A; 5BQG A; 3SEO A; 2OJQ A; 4N6C A; 1Q0M A; 3VRC A; 2CW0 F; 5L3V A; 1DOW A; 3O10 A; 1UG7 A; 3ADD A; 1YAR O; 1D1C A; 3T88 A; 3IQT A; 1ORJ A; 3PHF 2; 2MHR A; 3S27 A; 1AEP A; 4W8P A; 3A4N A; 5DQZ A; 1LE2 A; 2IXO A; 2YZS A; 2R7X A; 5A6K A; 3TRR A; 5KYU B; 2R7V A; 2RSE B; 3NMJ A; 3NYL A; 1RMV A; 2HUJ A; 4ELW A; 5KYU A; 1LI7 A; 3EG9 B; 3W8H B; 3F46 A; 2OJE D; 3M4B A; 5B3S C; 1TWC A; 3JRM O; 4JRZ A; 3NG1 A; 1NLX A; 2F6Q A; 1WN0 A; 2HKV A; 3L1M A; 3EG9 A; 3W8H A; 2ETS A; 1H9T A; 3TQO A; 2Q00 A; 3ADC A; 3MX3 A; 3NRH A; 4QDL A; 4GYT A; 2J8W A; 4HEA J; 4I44 A; 4KC9 A; 1T6I A; 2A6H F; 3C62 A; 5A69 A; 1BDJ B; 1S7Z A; 1K04 A; 4K7B A; 4G78 A; 4W8K A; 1OCC C; 1SF8 A; 2YLD A; 4BJT A; 3G50 A; 2B0J A; 4NCQ A; 2ICW G; 3CQZ A; 2Q4F A; 3JCU Q; 2CNW D; 2LK4 A; 4JEB A; 3C8Z A; 2EJ5 A; 3KQF A; 3AGT A; 2EIL C; 2QNL A; 3AOU A; 3RYL A; 4O7G A; 5L0G A; 1WTY A; 1YA9 A; 1OCO C; 2OEX A; 3K1I A; 3ABK C; 3O4X E; 2YL1 A; 2O9X A; 1KU2 A; 2KC3 A; 2DI3 A; 3DE8 A; 3ECS A; 5JLI A; 1RJM A; 3FAP B; 3U3F A; 4XEF A; 2R7U A; 1N1C A; 1OKK D; 5BUO A; 3MYB A; 3KH2 A; 4I1M A; 2D5R B; 1S05 A; 4P9T A; 4ULW A; 3EH1 A; 3T8A A; 4OIP F; 3X2Q C; 2M4E A; 1TR2 A; 2BL2 A; 4MOU A; 4OIO F; 3RVY A; 3BEH A; 4FZW C; 2UZF A; 4I52 A; 2E87 A; 1U89 A; 2XLE A; 1APC A; 3GWL A; 4YL1 A; 3M15 A; 3V5X A; 3K1H A; 3DM5 A; 4OIR F; 1I5N A; 1B68 A; 2G3V A; 2PX0 A; 2XM4 A; 4JW1 A; 1OW6 A; 2R9R B; 3NDB B; 1CPR A; 3HNL A; 3UR3 C; 4JC7 A; 3JYH A; 1MMN A; 1LIH A; 4XQ1 A; 1NFO A; 3R2P A; 2KJG A; 4U5D E; 3NYJ A; 2DYS C; 2QY9 A; 3CZ6 A; 3TK0 A; 2JD3 A; 3UGO A; 2EPN A; 4JTC B; 1FFH A; 4CBE A; 4C3D A; 4RD9 A; 2YLG A; 3AG1 C; 2XLD A; 3DAG A; 2EPK X; 1LM3 B; 2DGJ A; 3ZQV A; 4IZD A; 3A4M A; 2ASR A; 4DBR A; 3J06 A; 4G0H A; 3KL4 A; 4HFK B; 3TD7 A; 1SMY F; 2HW5 A; 2XL6 A; 2P61 A; 4Z9J A; 2NG1 A; 3U2L A; 4N06 A; 4B6I A; 3ZC4 A; 3GM1 A; 3AG4 C; 1ZU4 A; 3B0U X; 3JYY A; 1HE1 A; 3EGX B; 4IAO A; 5JS5 A; 3K66 A; 2QLA A; 4BJ5 A; 3FVY A; 5CIV A; 3NKD A; 1A7D A; 4LAC B; 1M56 C; 3EGX A; 3OC7 A; 2FGY A; 2EIK C; 5KYX B; 5COM A; 4CJG A; 5E3A A; 4JVS A; 3U8P A; 2WVN A; 2YLI A; 3TOM A; 2VCC A; 3HTK C; 5JSL A; 2XS1 A; 1GS9 A; 1U6H A; 5KYX A; 1I4Z A; 3LS1 A; 4NTB A; 1RKC A; 1ZW2 A; 4DJ9 A; 1OCR C; 1D0X A; 1YAU O; 2KGO A; 5TJ5 E; 1M2O A; 2ZXW C; 2Y39 A; 1DOV A; 1UFB A; 3S29 A; 5FZT A; 2VB6 A; 4N6H A; 1TFK B; 1Z3I X; 3K6B A; 2OKU A; 4KNP A; 2ZPA A; 4ULV A; 3AG3 C; 4XPY A; 3LLK A; 4E7S A; 2Q9C A; 3NKE A; 3RVZ A; 4O6Y A; 5COF A; 1D0Z A; 2DYR C; 4FAP B; 3G64 A; 4DOZ A; 2P63 A; 3S84 A; 3US6 A; 4MW3 A; 4IGG A; 2UUI A; 2XLO A; 3I4U A; 4FZW A; 3C8G B; 4LDR A; 2GTR A; 2X51 A; 3RIP A; 5A6B A; 1JPN A; 5F5F A; 4MTF A; 3U9M A; 3V5Y A; 4DRJ B; 2XS8 A; 2JX0 A; 4J30 B; 4ER9 A; 4PAC A; 3C8G A; 4GQH A; 1C17 M; 4K2N A; 1FNT c; 3T89 A; 3DE9 A; 2LIG A; 4CS9 C; 2R7W A; 5L0J A; 1A7E A; 4C3B A; 1NBB A; 2P6V A; 2J9U A; 3AJM A; 1OW8 A; 2ZXO A; 3QVY A; 1OXB A; 2Y3H A; 2NSG A; 3S28 A; 4YN0 B; 1V55 C; 2WVO A; 1LS4 A; 4UDV A; 3B9Q A; 2AVK A; 1D1B A; 4OG1 A; 3W8I B; 5JT4 A; 2BE5 F; 4IRU A; 3QTH A; 4HE8 D; 3H2U A; 2A69 F; 2ZXP A; 3I5Q A; 3W8I A; 5F28 E; 2CCY A; 3L8I A; 2LCH A; 2HV7 A; 3Q7L A; 3ASN C; 1OR2 A; 3JSE O; 1JOG A; 4AK9 A; 4NY3 A; 2Q9B A; 4CDY A; 3BRJ A; 5JBX A; 2Y3D A; 2G3K A; 4CX9 A; 2LFD A; 3DMD A; 2PBE A; 4NTA A; 2PX3 A; 2L81 A; 1MND A; 4JCS A; 2LQG A; 2W4B A; 3QVZ A; 1ZYR F; 3DXJ F; 1OXK A; 2WZL A; 4A2N B; 1YDI A; 1K40 A; 1FTS A; 2NSF A; 4EUK B; 4YL0 A; 1RXQ A; 3ZTM A; 3W4Y A; 2Z15 A; 4IZB A; 3HJC A; 2XLW A; 2VH3 A; 3LS0 A; 2FAP B; 1G8X A; 5BQH A; 4PJJ A; 4ANJ A; 2LD6 A; 4IZC A; 3S90 A; 2L6F A; 5C9G A; 3TJ5 A; 1ZZP A; 5T3T A; 3GM2 A; 3H02 A; 2EPL X; 3SP1 A; 3U2M A; 3B0V C; 1EA8 A; 4MVZ A; 4KBL A; 4FES A; 4IAR A; 2IBF A; 1D0Y A; 1VYI A; 4JUR I; 4PFP A; 1YLM A; 3U3B A; 5EHH A; 3SXZ A; 1NFN A; 1V4A A; 2R7T A; 1L7C A; 4AL1 A; 1IZM A; 4XEK A; 3LNM B; 2HMZ A; 1AUE A; 2V3C C; 2OG2 A; 4U9E A; 1T6Q A; 1QKR A; 1EF8 A; 2WZF A; 2OEV A; 3N2Z B; 3Q1T A; 1ZHX A; 4WGY A; 3ZVR A; 4A4A A; 5DLJ A; 3RKO F; 3MBG A; 3O55 A; 5L3Q A; 5JUA A; 1G5Z A; 4BG0 A; 4JCH A; 2OU6 A; 3I47 A; 4BJ6 C; 3O6X A; 4CS8 A; 1VK5 A; 2HZ8 A; 1V54 C; 4G7Z F; 3SXK A; 2YL0 A; 4ELS A; 2MYS A; 4ZLD A; 1WZ8 A; 5A6A A; 4KI2 A; 3L0I A; 1J8M F; 3FMS A; 2PF4 E; 2HJ3 A; 3EJN A; 4C7O B; 3VM6 A; 3EZH A; 5L0F A; 2VC9 A; 3Q6M A; 1MJ3 A; 3JSZ A; 4C7O A; 3Q0G A; 1MNE A; 2KK1 A; 4YJW A; 3UMH A; 2W4M A; 2EPM X; 2FBM A; 2Q9A A; 1MMD A; 2QUP A; 5E2Q A; 3JT1 A; 4XWJ A; 3T6G B; 5K0I A; 1NG1 A; 4FJW D; 3P5M A; 3DM9 B; 5L0C A; 4KNV A; 4PJM A; 3B71 A; 3FHD A; 1GQA A; 2YQY A; 5DS4 A; 4RBN A; 1ORY A; 3OEO A; 3G4Z A; 2GWW A; 5T1D B; 1QSP A; 2PFD A; 3G4X A; 4OD4 A; 2X0C A; 2QQ3 A; 2AWC A; 4E0H A; 1JRA A; 1ZHY A; 2YVK A; 4OLQ A; 4NTF A; 4EKW A; 4YT2 A; 4F47 A; 1E83 A; 1E86 A; 1CGO A; 3ZG1 A; 3MYF A; 3SNH A; 1M57 C; 2L6G A; 5KYY B; 2LSE A; 4U5C E; 3QW0 A; 1ZHZ A; 3SLL A; 3HRX A; 2Q3T A; 3KYJ A; 2CYD A; 1LI5 A; 5KYY A; 1VTM P; 4ZLC A; 3GOD A; 3IPM O; 1NZE A; 1E2X A; 3U5S A; 4ELX A; 4CSA C; 4J7T A; 2V26 A; 3KYI A; 3IEE A; 2C04 A; 3F47 A; 3FOP A; 1W2W A; 1Q0K A; 3H65 A; 256B A; 4I3M A; 4JIO A; 3CSK A; 4XPX A; 4DRH B; 2YEV A; 1FMW A; 1TKN A; 4R32 A; 5KJP A; 4QIJ A; 2XM0 A; 2OCC C; 1VYK A; 1Q0G A; 2CDQ A; 2PBP A; 1Z5Z A; 1PV3 A; 4LLE A; 5HV9 A; 3B0P A; 1XWJ A; 4QI0 A; 2A0U A; 2PP4 A; 4U19 A; 4XLP F; 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