The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
175
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structure length |
175
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Chain Sequence |
DRCTCTPNARVFVAEGQVYCTRCLSARSLLPLNLQVPELGVLGLFYRPEEPLRWTLPRAFPTVECSPAGACWLSAIFPIARMTSGNLNFQQRMVRVAAEIYRAGQLTPTVLKTLQVYERGCRWYPIVGPVPGVGVYANSLHVSDKPFPGATHVLTNLPLPQRPKPEDFCPFECAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of porcine reproductive and respiratory syndrome virus leader protease Nsp1alpha
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Non-structural protein
|
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Porcine reproductive and respiratory syndrome virus
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| total genus |
37
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| structure length |
175
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| sequence length |
175
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05410 | Peptidase_C31 | Porcine arterivirus-type cysteine proteinase alpha |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AEC A; 1YIT Z; 3S17 I; 1USP B; 1Q81 1; 2BJO A; 1MDW A; 2FTD A; 2JR6 A; 1JWH C; 1AIM A; 1NJI 1; 2OOX B; 5C44 I; 3WXG A; 3OVX A; 4RVG A; 1NUI A; 2YJ2 A; 1DL6 A; 1Y8C A; 3D2L A; 3CCM Z; 4RVD A; 2P3Y A; 2QLV B; 4E2Y A; 3CQZ I; 3QWU A; 2AIM A; 3PHW A; 1VQN 1; 1DKI A; 3IUT A; 1ZB9 A; 2G2K A; 2J7Q A; 4A3F I; 3RVV A; 2E9H A; 2DE6 A; 2QEX 1; 2JS4 A; 2DC9 A; 9PAP A; 3PO3 I; 1Y1V I; 2JQF R; 3HOY I; 4E32 A; 2DCA A; 2KPI A; 4BS5 A; 3I55 1; 3BBA A; 3OF9 A; 2XU4 A; 2OZ2 A; 5A2Q f; 5CVN B; 4BBS I; 3EER A; 1YJN 1; 1BY8 A; 4CDF B; 4ZUX U; 2NVX I; 3G71 1; 1YK8 A; 3IHP A; 2HU9 A; 4NB8 A; 2PM9 A; 1VQ6 Z; 5D1P A; 5A2Q b; 1QXF A; 2M6N A; 1CVZ A; 1VQ9 Z; 1K83 I; 1Q7Y 1; 4OVZ B; 3N3K A; 4X6A I; 3VMG A; 4X6J A; 3CCE Z; 1M1K 1; 2BDL A; 1WJ2 A; 3G6E 1; 2F7D A; 4E2W A; 5FLX f; 4TNU A; 3CD6 Z; 2DZZ A; 1CB5 A; 3T4N B; 1STF E; 2RT9 A; 1VQO Z; 2JTC A; 4W5C A; 1PFT A; 3P5X A; 3GTM S; 3H8B A; 1KD1 1; 2BTW A; 5FLX b; 1XKG A; 4RV9 A; 2AUZ A; 2F1G A; 1K73 1; 4NBB A; 4RS4 A; 1VQL Z; 1Q86 2; 3S15 I; 2R93 I; 4BY1 I; 3PO2 I; 1PPN A; 4MI7 A; 2FYE A; 3BY4 A; 3N4C A; 1AU2 A; 3CMA 1; 3RZO I; 1VLA A; 4I05 A; 2Y6E A; 4BOP A; 1BQI A; 1CSB B; 1YIT 1; 1AYU A; 4ZTB A; 1THE A; 1QVG Z; 2IPP B; 1CJL A; 5KO3 A; 1KC8 1; 3HHI A; 4RF1 A; 2JNY A; 4DGL A; 4A3L I; 2FO5 A; 3G4S Z; 1CTE A; 2VPW A; 1VSN A; 3K9M A; 3J80 f; 1PIP A; 1I3Q I; 3J80 b; 3CCM 1; 1W2B Y; 1S72 Z; 3QJ3 A; 2JMO A; 5C3E I; 3GCB A; 2VHF A; 1YT7 A; 1TLO A; 1PAD A; 4BQV A; 1Q16 A; 2NVQ I; 1MHW A; 3PDF A; 2OUL A; 2QA4 Z; 3NFZ A; 2P86 A; 3H0G I; 4MZS A; 2JIR A; 3S1Q I; 3S1M I; 3CC7 Z; 1F2A A; 7PCK A; 3MHH A; 2AGA A; 1NB3 A; 2P7U A; 1UKF A; 1TWC I; 2JIP A; 2M48 A; 5IP9 I; 1Q82 2; 5C4J I; 1GEC E; 5JA7 A; 1BGO A; 3PRP A; 2QKD A; 2E2I I; 2R9N A; 4XR7 A; 2P28 A; 2FQ9 A; 1YZB A; 3BPM A; 5A24 A; 2PAD A; 2XU1 A; 1FH0 A; 1CS8 A; 5CVM A; 3I55 Z; 1VQ6 1; 2B1N A; 5T64 A; 3CCR Z; 2NQG A; 8PCH A; 1VQ9 1; 2V8K A; 1K8A 2; 2NQD B; 1TWA I; 3RVX A; 3CCJ Z; 1M6D A; 3KFQ A; 3CCE 1; 2DOS A; 4E2X A; 5D1O B; 1K9M 2; 1M90 2; 2WAQ A; 4NFR A; 4MRI A; 1VQK Z; 2O6X A; 3MJ5 A; 4P6G A; 3CD6 1; 4S1T A; 4MXU A; 1FDO A; 2R9O A; 1U9V A; 3K24 A; 3HOU I; 3IX0 A; 1EF7 A; 4W5B A; 3O65 A; 1IWD A; 4HWY A; 3P5U A; 3FKI I; 1VQ7 Z; 4MZO A; 2XU3 A; 3PW3 A; 4P16 A; 1K3B B; 1QOL A; 2OZK A; 2E2H I; 4MON A; 1VQL 1; 3KWB X; 5CHV A; 2R9F A; 1YI2 Z; 3CME Z; 2NVY I; 1P9N A; 1GLO A; 3BG0 B; 1AYW A; 5EZS A; 1PPO A; 1QVF Y; 4RF0 A; 3NH4 A; 2YJC A; 4BOS A; 1WW9 A; 3IV2 A; 1JJ2 Y; 1RO2 A; 3G4S 1; 2V3V A; 3GCF A; 2VPY A; 3MZK B; 1VJV A; 1ME4 A; 1NQC A; 2DC7 A; 3S1N I; 4A3I I; 2VPX A; 1S72 1; 3PHX A; 2RPR A; 1Z01 A; 2EGT A; 4HH4 A; 3CCL Z; 3ERV A; 3QT4 A; 3GTG I; 3BPF A; 4I04 A; 2QA4 1; 3CH2 X; 3S2H I; 1CV8 A; 3CCV Z; 3S16 I; 6PAD A; 3CC7 1; 2Y5B A; 3HD3 A; 1Z03 A; 3RVW A; 3RZD I; 3BG1 B; 2PNS A; 2E01 A; 2O4H A; 1U5I A; 4BPV A; 1GCB A; 2NQI A; 3CC4 Z; 1W2B Z; 4DK1 A; 3KX1 A; 3ZNH A; 2HWK A; 1U9W A; 1RLY A; 4QTT A; 2FE8 A; 1KXR A; 1MEG A; 1PBH A; 3KIH A; 1WZN A; 1NJI 2; 4A3D I; 3EED A; 3CCR 1; 1YJW Z; 1RO0 A; 3HOZ I; 3O1G A; 1VQ5 Z; 2J6A A; 3WXF A; 2E02 A; 3GKQ A; 4A3G I; 3K7A I; 4IUM A; 4OEL A; 3CCJ 1; 1YIJ Z; 4RY2 A; 5CHT A; 1I50 I; 2IZ4 A; 4MD9 A; 3VMI A; 3OQC A; 1RO4 A; 1MIR A; 1JQP A; 3CBK A; 4E2Z A; 1L1O C; 1VQK 1; 2E7Z A; 2V45 A; 1CPJ A; 3S14 I; 4QRG A; 4RVF A; 1X3W A; 3IEJ A; 2HH5 A; 2K5R A; 4YV8 A; 2DCD A; 3D6S A; 3TRK A; 1RNI A; 3ZUA A; 4NOZ A; 1VQ7 1; 1BP4 A; 4CDE B; 1Q86 1; 2PRE A; 1AA6 A; 4NBG A; 1YI2 1; 2F4O A; 3HOX I; 3H3V J; 4AXM A; 3CME 1; 3I3T A; 3E1Z B; 4NBH A; 5PAD A; 2CB5 A; 3CH3 X; 3CCU Z; 2YU9 I; 2JIQ A; 2R6N A; 4A5U A; 2ZAE B; 3AI8 A; 3I56 Z; 3CCS Z; 1NB5 A; 1TWH I; 2DJG B; 3I07 A; 4NBF A; 4Q8G A; 4MM3 B; 3C9E A; 3NH8 A; 4QTU A; 3CC2 Z; 1MS6 A; 2AYN A; 4MD8 A; 1EWP A; 4MD7 A; 3H6S A; 3NDJ A; 1PE6 A; 2ARY A; 3P5W A; 4G54 A; 2FRQ A; 1QYP A; 5JH3 A; 2Q51 A; 4NBC A; 1WII A; 1QVF Z; 4DMX A; 3CCL 1; 1PPD A; 3F5V A; 1JJ2 Z; 4OW0 A; 5FPW A; 1ZIV A; 1USP A; 1VQ8 Z; 3CCV 1; 1VQP Z; 3S3R A; 2LEX A; 1X0T A; 3J81 f; 1K73 2; 2OTL Z; 3CPW Y; 2FT2 A; 1DF0 A; 3B79 A; 3GTK I; 3F3P C; 3FQM A; 3O0U A; 1R9T I; 1O0E A; 1Q82 1; 2DE7 A; 3PO3 S; 1VQM Z; 2GTH A; 2RIQ A; 3ESW A; 3CC4 1; 3M3Y I; 1ATK A; 3IMA A; 1ZH1 A; 4YYS A; 1TWG I; 3LXS A; 3P5V A; 3PNR A; 3NHE A; 4BS6 A; 2QRC B; 1NP6 A; 1ME3 A; 4PAD A; 4XUI A; 1GMY A; 1YJW 1; 1ZB8 A; 4P6E A; 3OIS A; 3WXE A; 2V8J A; 1VQ5 1; 1YVB A; 1K8A 1; 4RVH A; 2GU2 A; 4A3K I; 4BBR I; 1TWF I; 1YIJ 1; 3KIF A; 2BDZ A; 4Y52 I; 1YHQ Z; 3D9X A; 2JUB A; 4DQY B; 3U8E A; 1M90 1; 1K9M 1; 3OVZ A; 1KFU L; 2GTI A; 3QSD A; 1I6H I; 3M4O I; 3KSE A; 2R6M A; 4NBA A; 1Y1W I; 1N8R 2; 3BB7 A; 3H7D A; 1TU6 A; 2G8E A; 4WUR A; 3PBH A; 1ITO A; 2OP3 A; 3IOQ A; 2JA8 I; 4XZX A; 1AU4 A; 4CDC B; 4OVZ A; 2JA5 I; 3CCU 1; 2GHU A; 2B63 I; 2E03 A; 4RNA A; 3IF8 A; 2F4M A; 1AYV A; 2ACT A; 3CXC Z; 1PVJ A; 5IP7 I; 3I56 1; 3CCS 1; 2AKL A; 1PCI A; 3IFU A; 2G8J A; 4PP2 E; 2E00 A; 3GTO I; 1RQF A; 5E6J A; 2QR1 B; 1MEM A; 2BTW B; 4E30 A; 1S7M A; 4QH6 A; 4NBD A; 4RKX A; 1EWO A; 2G6D A; 3HWN A; 3LUS A; 3CC2 1; 2CIO A; 4YYQ A; 1SNK A; 4K7C A; 4EWC A; 1QXP A; 2AU1 A; 2K3R A; 1VQ4 Z; 1ICF A; 1X9Y A; 3TDH B; 1NPZ A; 2RBL A; 2JIO A; 4QBB A; 3FQQ A; 1PXV A; 1LQL A; 2AYO A; 2G7Y A; 1VQ8 1; 2LFU A; 3GTL I; 4OEM A; 3GTM I; 5EF4 A; 3OW2 Y; 3VB9 A; 1VQP 1; 4BY7 I; 2OTL 1; 2AUX A; 3TNX A; 4XX2 A; 4FJC A; 3KWZ A; 1VQM 1; 5T6B A; 1KQS Y; 2HF1 A; 4A3M I; 1S4V A; 2VF1 A; 2YJ8 A; 3MTN A; 4CZW A; 5EGW A; 3PHU A; 3LFY A; 3USV A; 2BU3 A; 3HKZ A; 4HGY A; 1YK7 A; 4YVA A; 2P0R A; 4PT5 A; 1X3Z A; 1Q81 2; 4FK5 A; 1F29 A; 2QRD B; 2JQG R; 2AVW A; 4FIP A; 1YHQ 1; 3CPW Z; 2IV2 X; 3C0R A; 2VUM I; 2I3C A; 1N2F A; 5LL6 f; 2V8I A; 1AU3 A; 2W04 A; 2OTJ Z; 3Q87 A; 1KHP A; 1TL9 A; 2R9C A; 2R9M A; 3B21 A; 3I06 A; 4NH1 C; 3MOR A; 1Q6K A; 2DCB A; 4BXX I; 3MHS A; 4CDD B; 3BCN A; 4CL1 A; 3CXC Y; 3JAM f; 2KI7 B; 2XU5 A; 1Z02 A; 2PK7 A; 1SFO I; 4QRV A; 2B1M A; 3H8C A; 4YYW A; 3U50 C; 3JAM b; 3KKU A; 3HHA A; 4MSX A; 4Q8H A; 3NDI A; 3MTV A; 1YUA A; 4M0W A; 5D1O A; 2H7J A; 1EWL A; 4GUA A; 1YJ9 Z; 2LIY A; 5AN9 F; 1F2C A; 3E9S A; 2OOY B; 5EZQ A; 4NBE A; 3GTJ I; 1NL6 A; 4MH4 A; 2GFO A; 2PBH A; 4A3J I; 2Z84 A; 1AU0 A; 2YAD A; 4BSQ A; 4IP3 A; 5CVO B; 3M99 A; 3BWK A; 2JIM A; 2JRI A; 1YUK A; 2JA7 I; 2NVT I; 3VTN A; 1Q7Y 2; 1PPP A; 1VQ4 1; 3MP2 A; 4D8I A; 1CQD A; 2AS8 A; 1M1K 2; 2DE5 A; 3I4M I; 3GTQ I; 1KHQ A; 4W4U A; 1KFX L; 3KW9 A; 3HOV I; 1KRL A; 2UZJ A; 5J94 A; 2IZ3 A; 4QRX A; 4HXD B; 3CBJ A; 1KD1 2; 3I4N I; 4AYB A; 1SIW A; 2FRA A; 2HHN A; 1FDI A; 3CCQ Z; 1NLJ A; 3S2D I; 1QDQ A; 4A3C I; 2VUG A; 3V6C A; 4DMY A; 4REZ A; 3HOW I; 2J7Q C; 4X6I A; 5F02 A; 1Y08 A; 4A3B I; 1Y1V S; 2HXZ A; 3IR7 A; 3BC3 A; 4HGZ A; 3J81 b; 3P5J B; 1Y4H A; 4N8W A; 1KC8 2; 4R3D A; 1ML8 A; 3TMP A; 1U9Q X; 2RHB A; 3OW2 Z; 3NH5 A; 3W30 A; 1A6R A; 2PMZ A; 4D8B A; 3K8U A; 1WCM I; 2HD5 A; 4E31 A; 3PSE A; 3F75 A; 2IBI A; 2OTJ 1; 2DZY A; 1KQS Z; 4AXL A; 3S1R I; 4N79 A; 1QF8 A; 1U9X A; 2ATO A; 1N8R 1; 3TE5 B; 2YJB A; 2FUD A; 2QRE B; 2E2J I; 1VQN Z; 2DC8 A; 3PT2 A; 4YYR A; 3BOW A; 3V6E A; 3MZL B; 5K16 A; 3N3G A; 5FLM I; 2C0Y A; 3J7A 4; 4PP1 A; 2DC6 A; 2QEX Z; 1DEU A; 1EWM A; 2DCC A; 2H85 A; 3D6W A; 2Q4Z A; 4BOU A; 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