The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
168
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sequence length |
497
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structure length |
497
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Chain Sequence |
MELVVKSVAAASVKTATLVIPVGENRKLGAVAKAVDLASEGAISAVLKRGDLAGKPGQTLLLQNLQGLKAERVLLVGSGKDEALGDRTWRKLVASVAGVLKGLNGADAVLALDDVAVNNRDAHYGKYRLLAETLLDGEYVFDRFKSQKVEPRALKKVTLLADKAGQAEVERAVKHASAIATGMAFTRDLGNLPPNLCHPSFLAEQAKELGKAHKALKVEVLDEKKIKDLGMGAFYAVGQGSDQPPRLIVLNYQGGKKADKPFVLVGKGITFDTGGISLKPGAGMDEMKYDMCGAASVFGTLRAVLELQLPVNLVCLLACAENMPSGGATRPGDIVTTMSGQTVEILNTDAEGRLVLCDTLTYAERFKPQAVIDIATLTGACIVALGSHTTGLMGNNDDLVGQLLDAGKRADDRAWQLPLFDEYQEQLDSPFADMGNIGGPKAGTITAGCFLSRFAKAYNWAHMDIAGTAWISGGKDKGATGRPVPLLTQYLLDRAGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the leucine aminopeptidase from Pseudomonas putida reveals the molecular basis for its enantioselectivity and broad substrate specificity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytosol aminopeptidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Pseudomonas putida
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| total genus |
168
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| structure length |
497
|
| sequence length |
497
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.1: Leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2009-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00883 | Peptidase_M17 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
| A | PF02789 | Peptidase_M17_N | Cytosol aminopeptidase family, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PB4 X; 2IJZ A; 2V8D A; 3Q71 A; 4CPA A; 4PPZ A; 3JZT A; 2EK8 A; 4R8F A; 3WC5 A; 4FBE A; 5FSV A; 3CDX A; 3B3S A; 4EME A; 3MN8 A; 4NGT A; 1TY8 A; 2Q43 A; 2FAV A; 2QJ8 A; 4OC1 A; 4GUA A; 3SJG A; 4P6Y A; 3NH4 A; 3D7G A; 3B2Y A; 2BFR A; 3IC1 A; 4NJR A; 4UEZ A; 1TKF A; 2AFU A; 3V45 A; 3FMC A; 2ZEE A; 2ZOG A; 1CPX A; 2CTB A; 3GPQ A; 4OID A; 4PXD A; 1M4L A; 2V8V A; 2ZEP A; 2JEW A; 2O53 A; 3EWP A; 4ETK A; 4Z65 A; 1ZG7 A; 2FVG A; 3IIB A; 1TKH A; 3D67 A; 5FSY A; 1VIX A; 4OP4 A; 3FJU A; 3H8F A; 3CPX A; 2CTC A; 4ABL A; 1DTD A; 4FWU A; 4F8Z A; 3T8W A; 4NGR A; 1Z5R A; 1YSJ A; 3SII A; 5LRJ A; 3HLP A; 4O23 A; 3FVL A; 2V8G A; 5LRG A; 5FSZ A; 3D68 A; 3IEH A; 4UEE A; 4DUK A; 2AFC A; 3L2N A; 5THW A; 1CG2 A; 4Q7A A; 1CP7 A; 2PVW A; 2FG1 A; 4GVV A; 5ELY A; 3WAB A; 1VGY A; 2V8H A; 1ELL P; 1XBU A; 1H8L A; 3KHX A; 3DLJ A; 2ABZ A; 3EJF A; 1XFO A; 3KZW A; 1Y0Y A; 3KQX A; 3V38 A; 3JRU A; 3VFQ A; 2HC9 A; 5I4M A; 2WZN A; 4UF4 A; 4UML A; 2PCU A; 3SIG A; 8CPA A; 1XMB A; 4IHM A; 2WYR A; 4ZYQ A; 2NYQ A; 1YME A; 1YLO A; 1ZR3 A; 2C1C A; 2RB7 A; 3KGQ A; 3MRU A; 3IIF A; 3WC6 A; 2PIY A; 4P44 A; 3B3W A; 5K8N A; 2ZEH A; 3ISX A; 5CBM A; 3WC7 A; 3FX6 A; 2PJB A; 1UWY A; 2IQ6 A; 5DS0 A; 3LWU A; 1BPN A; 1BAV A; 4WWV A; 1HJZ A; 4IAV A; 5DUS A; 5CMS A; 2ANP A; 3VH9 A; 1EE3 P; 3PB6 X; 3ETI A; 1TF8 A; 4MHY A; 3RBU A; 3D7F A; 4KYB A; 2EEE A; 2AFX A; 3K2K A; 2ZEG A; 2OR4 A; 1Q7L A; 2DEA A; 2QYV A; 3S9N A; 3B3T A; 4EWT A; 2J9A A; 3QNV A; 1TKJ A; 3NH8 A; 3KR5 A; 2AFO A; 1BLL E; 3DGV A; 4X2T A; 4GM5 A; 3S9M A; 2PJ5 A; 3BXM A; 4NJQ A; 2PJ2 A; 2PJC A; 2LGR A; 3BHX A; 3FEC A; 2C6P A; 4JCA A; 1F57 A; 3H8E A; 2I3C A; 3VAR A; 4ZY2 A; 3SJX A; 4TNU A; 2ZEL A; 1AMP A; 2ZEF A; 2X47 A; 3FF3 A; 4JGK A; 2PVV A; 4A39 A; 4NGS A; 4FUU A; 5E3B A; 3B35 A; 3B3V A; 1Z2L A; 4NGM A; 5D29 A; 2PJ4 A; 3IO1 A; 3GB0 A; 4P4B A; 2VL1 A; 5LYD A; 5JH9 A; 3V7Z A; 1R3N A; 1KWM A; 1F2O A; 2POK A; 3EWQ A; 1HDU A; 5IB9 A; 3B7I A; 5F09 A; 1DE4 C; 4MCS A; 2PJ0 A; 4YU9 A; 4MCQ A; 3FEE A; 5CPA A; 4RUH A; 3ISZ A; 4EFD A; 4DYO A; 2XEF A; 4ABK A; 1F2P A; 3KHZ A; 1CP6 A; 4WJB A; 4W9Y A; 2BFQ A; 4OC2 A; 3PBE A; 2ACF A; 1Y0R A; 1XRY A; 3K9T A; 2L8R A; 4JVV A; 2C6C A; 3CT9 A; 2PRQ A; 2PJ6 A; 3SIJ A; 2QVP A; 3TX8 A; 1HEE A; 2PIZ A; 1BPM A; 3FED A; 4P4J A; 2AFM A; 1TF9 A; 4P4E A; 3SI0 A; 4NGN A; 7CPA A; 4J5Q A; 1LOK A; 4PXB A; 5K8M A; 4FAI A; 1LCP A; 2EK9 A; 4JLL A; 4ESS A; 2Q51 A; 3PRT A; 3EWO A; 3EWR A; 3SI2 A; 2Q4Z A; 3GQE A; 1TXZ A; 1ZG9 A; 4IK2 A; 1CBX A; 2ZEN A; 2BO9 A; 1QMU A; 2PJA A; 3SJF A; 1CX8 A; 1PYT B; 4UEF A; 1Y7E A; 3PB9 X; 3PB7 X; 4A37 A; 1XJO A; 4K3N A; 2PE3 A; 4ZX9 A; 3PBB A; 4PXE A; 3D4U A; 2CIJ A; 3IFE A; 2XD7 A; 5JGF A; 4ZX8 A; 4R7M A; 2ZEO A; 4R6T A; 3WT4 A; 4ETJ A; 3NA6 A; 3EJG A; 1ZG8 A; 4MRI A; 1FT7 A; 4MHN A; 3D66 A; 1ARM A; 1VHE A; 2XEJ A; 4AXV A; 2AFS A; 4X3R A; 5FSU A; 3PB8 X; 2BCO A; 3H8G A; 4MCR A; 3KL9 A; 2PJ3 A; 4NGP A; 4H2K A; 5HXD A; 4UIB A; 2EWB A; 3IWW A; 1CPS A; 4P45 A; 4MHP A; 2ZOF A; 2JBK A; 3GUX A; 1AYE A; 3N5F A; 4J5S A; 4OC4 A; 2JBJ A; 5K8O A; 4KSI A; 1YW4 A; 4YWY A; 1YD9 A; 2PJ8 A; 4TWE A; 2FXK A; 3GLJ A; 4K0C A; 1GYT A; 3IJ3 A; 1QQ9 A; 2G9D A; 3KR4 A; 4PQA A; 4P10 A; 2BOA A; 5K8P A; 2GLF A; 2OOT A; 3SJE A; 4OC0 A; 5LYL A; 2GLJ A; 4BD9 A; 1PCA A; 5HVH A; 3NH5 A; 3I1U A; 1FNO A; 5LRK A; 1JQG A; 3GPO A; 2PJ1 A; 4OME A; 5FSX A; 5HVG A; 1IY7 A; 2C6G A; 1ARL A; 3Q6Z A; 3SI1 A; 1SPV A; 2DX6 A; 4J4Z A; 4X8I A; 5HVF A; 2GRE A; 2ZEM A; 4A94 A; 2NSM A; 3BI0 A; 1TXR A; 1VHU A; 5J1Q A; 3TC8 A; 4ONW A; 5CB3 A; 4UIA A; 4F9U A; 3KQZ A; 5LYF A; 1LFW A; 1R43 A; 4TU0 A; 4PXC A; 1ELM P; 4R76 A; 4J5R A; 2IMO A; 3HUV A; 4LQG A; 1VHO A; 2PJ9 A; 4IQY A; 2HB6 A; 3PFE A; 1LAP A; 1ZLI A; 1NSA A; 4OC3 A; 5LYI A; 3EW5 A; 4NFR A; 1ZR5 A; 3EKE A; 2GU2 A; 4D86 A; 1NJR A; 1YW6 A; 2PJ7 A; 2AFZ A; 3BI1 A; 2XEI A; 3V2B A; 3B3C A; 3GPG A; 4P4F A; 3RAM A; 4F9V A; 6CPA A; 4GVW A; 4P4I A; 1HDQ A; 2V77 A; 2F8H A; 4ZI6 A; 5D8N A; 3FH4 A; 4MHZ A; 3GQO A; 1LAN A; 4OIW A; 2F7V A; 4OC5 A; 2VRI A; 3VAT A; 3S9L A; 2ZED A; 3D7H A; 1LAM A; 3PEI A; 4P4D A; 1ZLH A; 4MMO A; 4NGQ A; 4OKO A; 4ZY0 A; 2CF4 A; 3KAS A; 3SIH A; 4JYW A; 3D7D A; 3KI9 A; 5HIH A; 3RZA A; 4ZY1 A; 3PFO A; 4MCP A; 4DJL A; 3LMS A; 5HOL A; 1OBR A; 3NFZ A; 4G1P A; 1RTQ A; 1IGB A; 4JZ0 A; 3IID A; 2XEG A; 4A38 A; 2RFH A; 2O4H A; 4MXU A; 3CPA A; 5CB5 A; 1Z8L A; 5JM6 A; 2AFW A; 5AIL A; 4B6Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XNH C; 3PB4 X; 2IJZ A; 2V8D A; 3Q71 A; 4CPA A; 1XIX A; 4PPZ A; 4XPD C; 3JZT A; 1QST A; 5IB0 A; 2EK8 A; 4XPK A; 2P0W A; 4R8F A; 3WC5 A; 2FSR A; 2J8R A; 4AVC A; 4U9Y A; 3FNC A; 4FBE A; 5AG4 A; 5FSV A; 3CDX A; 3B3S A; 4EME A; 3MN8 A; 4NGT A; 1TY8 A; 2Q43 A; 4R9M A; 2BUE A; 2FAV A; 2QJ8 A; 4OC1 A; 4GUA A; 3TO7 A; 3JUW A; 2HUZ A; 1J4J A; 3TT2 A; 4J3G A; 1M44 A; 4CRY B; 3W6X A; 3SJG A; 4P6Y A; 3TFY A; 1L0C A; 2Z3P A; 3NH4 A; 3TO9 A; 1XEB A; 3D7G A; 1YRE A; 3B2Y A; 2BFR A; 3IC1 A; 4NJR A; 1MJ9 A; 4UEZ A; 1TKF A; 2AFU A; 3V45 A; 3FMC A; 2A4N A; 4CYN A; 1TIQ A; 4JXR A; 4QB9 A; 2ZEE A; 2ZOG A; 1IYK A; 4HPS A; 2YNE A; 1CPX A; 2CTB A; 1NMT A; 3GPQ A; 1PU9 A; 4A32 A; 3R1K A; 2BEI A; 4OID A; 4Y49 B; 2NMT A; 4PXD A; 5IX3 A; 1M4L A; 2QML A; 2V8V A; 3TE4 A; 2ZEP A; 4OAE A; 2O28 A; 4MY3 A; 2JEW A; 2O53 A; 3EWP A; 4ETK A; 5GCN A; 4Z65 A; 4A30 A; 5KTC A; 4AG9 A; 1ZG7 A; 2EO8 A; 2FVG A; 1TKH A; 3D67 A; 3IIB A; 2QEC A; 4GS4 A; 1B6B A; 5AG6 A; 5FSY A; 4CAV A; 5C82 A; 1LRZ A; 1VIX A; 3FXT A; 4OP4 A; 3FJU A; 3H8F A; 3CPX A; 2CTC A; 4HNW B; 4ABL A; 1DTD A; 5C88 A; 4FWU A; 4F8Z A; 5IV0 A; 2B58 A; 3T8W A; 4NGR A; 1Z5R A; 1YSJ A; 3RNZ A; 3SII A; 5LRJ A; 1Q2D A; 3HLP A; 4O23 A; 1YGH A; 2V8G A; 3FVL A; 4R87 A; 5LRG A; 4RS2 A; 5FSZ A; 3D68 A; 3IEH A; 2YNC C; 4KSA A; 4UEE A; 4DUK A; 1ZO0 A; 2Q44 A; 2AFC A; 3L2N A; 5THW A; 1CG2 A; 2RNK A; 1CP7 A; 4Q7A A; 2PVW A; 3TOB A; 2FG1 A; 3IU2 A; 4GVV A; 5AGE A; 4UFX A; 5ELY A; 2Z11 A; 4BMH A; 3WAB A; 1VGY A; 2V8H A; 1ELL P; 2H5M A; 3ZJ0 A; 1XBU A; 4QC6 A; 1H8L A; 3KHX A; 3DLJ A; 2ABZ A; 2B4B A; 4UWI A; 3P2F A; 3EJF A; 1XFO A; 1Y0Y A; 3KZW A; 3KQX A; 1MJB A; 3JRU A; 3VFQ A; 2HC9 A; 2R7H A; 3V38 A; 4R57 A; 5I4M A; 2Q4V A; 1A2Z A; 2WZN A; 1Z8X A; 4UF4 A; 4UML A; 2PCU A; 3SIG A; 5H86 A; 8CPA A; 3D2M A; 1XMB A; 4I49 A; 4M85 A; 4MFK A; 5HMN A; 3T90 A; 4MHD A; 1Q2C A; 4RN7 A; 3LD2 A; 4IHM A; 4KUA A; 2WYR A; 4ZYQ A; 1YME A; 2NYQ A; 1YLO A; 3D2P A; 1ZR3 A; 2C1C A; 2RB7 A; 2WPX A; 3KGQ A; 3MRU A; 4E2A A; 3IIF A; 1I1D A; 2PSW A; 3WC6 A; 2PIY A; 4P44 A; 3B3W A; 4C7H A; 3KKW A; 2VZZ A; 5K8N A; 2ZEH A; 3ISX A; 1I21 A; 5CBM A; 3WC7 A; 1IYL A; 1M4D A; 3FX6 A; 2PJB A; 1IU8 A; 1UWY A; 2IQ6 A; 5DS0 A; 3LWU A; 2REF A; 3RO0 A; 2G3A A; 4KVO E; 2G3T A; 4MY0 A; 4Q38 A; 1BPN A; 1BAV A; 1Z8W A; 4CGO A; 4F0X A; 1KUX A; 4WWV A; 1HJZ A; 1M4G A; 2PDO A; 5DUS A; 5CMS A; 2ANP A; 2OH1 A; 4IAV A; 1EE3 P; 3VH9 A; 1SQH A; 1Y7R A; 2ZPA A; 1X10 A; 3PB6 X; 4NCZ A; 3ETI A; 1TF8 A; 2J8M A; 4MHY A; 3RBU A; 4JD6 A; 5ISV A; 1YLE A; 2AE6 A; 3D7F A; 1KUV A; 1WK4 A; 4KYB A; 4MFQ A; 2VZY A; 1BO4 A; 2EEE A; 3IU1 A; 2AFX A; 3A9L A; 1KUY A; 3K2K A; 2ZEG A; 2ODF A; 1MJA A; 4CYO A; 1NE9 A; 5F46 A; 4NEX A; 2EUI A; 4KLV A; 3TCV A; 2FL4 A; 1Q7L A; 2CNT A; 2OR4 A; 4KZT A; 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