The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
171
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sequence length |
496
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structure length |
484
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Chain Sequence |
MLKIKLEKTTFENAKAECSLVFIINKDFSHAWVKNKELLETFKYEGEGVFLDQENKILYAGVKEDDVHLLRESACLAVRTLKKLAFKSVKVGVYTCGANALLENLKALFLGLKLGLYEYDTFKSNKKESVLKEAIVALELHKSLEKSAKEALKYAEIMTESLNIVKDLVNTPPMIGTPVYMAEVAQKVAKENHLEIHVHDEKFLEEKKMNAFLAVNKASLSVNPPRLIHLVYKPKKAKKKIALVGKGLTYDCGGLSLKPADYMVTMKADKGGGSAVIGLLNALAKLGVEAEVHGIIGATENMIGPAAYKPDDILISKEGKSIEVRNTDAEGRLVLADCLSYAQDLNPDVIVDFATLTGACVVGLGEFTSAIMGHNEELKNLFETSGLESGELLAKLPFNRHLKKLIESKIADVCNISSSRYGGAITAGLFLNEFIRDEFKDKWLHIDIAGPAYVEKEWDVNSFGASGAGVRACTAFVEELLKKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for substrate specificity of Helicobacter pylori M17 aminopeptidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Helicobacter pylori (strain atcc 700392 / 26695)
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| molecule keywords |
Cytosol aminopeptidase
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| total genus |
171
|
| structure length |
484
|
| sequence length |
496
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
3.4.11.1: Leucyl aminopeptidase. |
| pdb deposition date | 2015-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00883 | Peptidase_M17 | Cytosol aminopeptidase family, catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 | Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EWP A; 3D68 A; 4R8F A; 3FX6 A; 3H8G A; 4W9Y A; 3SI0 A; 3V45 A; 4ETK A; 1TKJ A; 2Q51 A; 2WYR A; 3D67 A; 3ETI A; 1TKH A; 4B6Z A; 4H2K A; 1R3N A; 3PB4 X; 3PBB A; 3PB8 X; 3ISZ A; 5HVF A; 3LMS A; 2NYQ A; 3B7I A; 3PB6 X; 3NH5 A; 4MCQ A; 2Q4Z A; 3GPO A; 3GUX A; 2DEA A; 1ZLI A; 3BI0 A; 3VAT A; 2ZOG A; 3IIF A; 3PFE A; 3FF3 A; 1FNO A; 3SJE A; 4PXD A; 1IY7 A; 3GLJ A; 4ZX8 A; 2POK A; 2PJ3 A; 4JLL A; 3NH8 A; 4PXC A; 3BXM A; 3I1U A; 1XJO A; 2RFH A; 5J1Q A; 3KL9 A; 5FSU A; 3B35 A; 1BPM A; 4EFD A; 4DUK A; 4J5Q A; 4ONW A; 2PJ5 A; 2BO9 A; 2G9D A; 4OC4 A; 3GQE A; 1NSA A; 2Q43 A; 3PB9 X; 3B3W A; 4MMO A; 3WC6 A; 4WWV A; 2F7V A; 3DLJ A; 2JEW A; 3BHX A; 5E3B A; 3L2N A; 4UIA A; 1IGB A; 4J5R A; 5FSY A; 3PRT A; 1YSJ A; 3FEE A; 3KGQ A; 2IQ6 A; 1UWY A; 3D66 A; 3IC1 A; 3KAS A; 3K9T A; 1AYE A; 1VHU A; 5LYD A; 3WC7 A; 2IMO A; 4ZY0 A; 3SJF A; 3CPA A; 2V8D A; 4YWY A; 3KQZ A; 3NFZ A; 4ZYQ A; 1ELL P; 5K8N A; 1CPX A; 3NA6 A; 1Z2L A; 2ZEP A; 3S9N A; 1QQ9 A; 1BPN A; 2EK8 A; 5JM6 A; 5K8M A; 2C6C A; 3VFQ A; 3SI1 A; 2ZEE A; 2X47 A; 3EJG A; 4ZY2 A; 3IO1 A; 2NSM A; 2XD7 A; 3SJG A; 2RB7 A; 1M4L A; 4P44 A; 4OID A; 2PJ1 A; 2PJ7 A; 4YU9 A; 3JRU A; 3NH4 A; 2LGR A; 2ANP A; 1ZR5 A; 3B3C A; 3B3V A; 4A38 A; 4OME A; 1Y7E A; 2J9A A; 3H8E A; 3PBE A; 4P4B A; 2CIJ A; 4JZ0 A; 4UEZ A; 4ETJ A; 3GQO A; 3GPQ A; 1CG2 A; 1Y0R A; 4IQY A; 3B2Y A; 3KHZ A; 2PJ9 A; 2HC9 A; 1ARM A; 4NGR A; 3FJU A; 4MHN A; 2CF4 A; 4JYW A; 3S9L A; 1YW6 A; 1RTQ A; 3EJF A; 4ZI6 A; 3IFE A; 1VHE A; 4Q7A A; 2JBK A; 5THW A; 2OR4 A; 2O4H A; 1LFW A; 2AFZ A; 3QNV A; 2FVG A; 1HDU A; 2DX6 A; 3D7G A; 3EWO A; 5D8N A; 1Z5R A; 4FAI A; 1JQG A; 3RAM A; 1CPS A; 5LYF A; 2VL1 A; 4X3R A; 1XFO A; 2PVW A; 4OP4 A; 3CDX A; 1F2P A; 4NGS A; 5LRJ A; 1QMU A; 3V7Z A; 5K8O A; 2ZEG A; 3IID A; 4OKO A; 4JCA A; 2L8R A; 3FMC A; 2AFM A; 2GLJ A; 4TU0 A; 2XEG A; 4NGQ A; 1Z8L A; 3TC8 A; 3D4U A; 5DS0 A; 2CTC A; 4R6T A; 4A94 A; 2IJZ A; 1XBU A; 4P4J A; 4ABK A; 8CPA A; 4NGP A; 1VGY A; 1LAP A; 1SPV A; 3MRU A; 4JVV A; 4EWT A; 2C1C A; 4MCP A; 2PJ6 A; 4MXU A; 2JBJ A; 4ESS A; 1HJZ A; 2PJA A; 1ARL A; 5D29 A; 4X8I A; 4PPZ A; 4NJQ A; 3EWR A; 4F9V A; 3GPG A; 4PXB A; 4P10 A; 2PIZ A; 4UEF A; 2O53 A; 1TXZ A; 2FXK A; 3EKE A; 4P45 A; 4BD9 A; 4IAV A; 1YW4 A; 3RBU A; 2V8V A; 3KI9 A; 1H8L A; 2C6G A; 2PJC A; 2V8H A; 3GB0 A; 3CT9 A; 3SIH A; 3KHX A; 1AMP A; 1HDQ A; 2AFC A; 1CP6 A; 5AIL A; 5CB5 A; 3IWW A; 4LQG A; 3Q6Z A; 1LAM A; 4P4I A; 3IEH A; 1ZG7 A; 2PJ8 A; 3TX8 A; 3SJX A; 4FWU A; 3JZT A; 4D86 A; 2BOA A; 4P4D A; 4NJR A; 4TWE A; 1DTD A; 5CBM A; 4OC5 A; 4NGM A; 2ACF A; 4KSI A; 1ELM P; 5LRK A; 3EW5 A; 2FG1 A; 4P4E A; 2BFQ A; 3WAB A; 2PIY A; 2PJB A; 2XEI A; 5LYI A; 2PRQ A; 2ZED A; 3PEI A; 2AFU A; 4WJB A; 4MCS A; 3V2B A; 3D7F A; 3ISX A; 3DGV A; 5FSX A; 5CMS A; 1YME A; 2AFO A; 4IHM A; 3SIG A; 5HVG A; 4ZY1 A; 1EE3 P; 4X2T A; 5HOL A; 1CP7 A; 2QYV A; 1FT7 A; 4R76 A; 5DUS A; 2AFS A; 4P6Y A; 3H8F A; 4ZX9 A; 3KR5 A; 1PYT B; 2WZN A; 3LWU A; 1TF8 A; 5I4M A; 4MHZ A; 2XEF A; 7CPA A; 1TXR A; 3SII A; 4MHY A; 2I3C A; 4K0C A; 2ZEL A; 4NFR A; 2PJ0 A; 1Q7L A; 3WT4 A; 4DJL A; 1KWM A; 3KR4 A; 2GU2 A; 3VH9 A; 2ZEN A; 2PE3 A; 3FED A; 4DYO A; 4F8Z A; 3V38 A; 4NGT A; 1GYT A; 1LAN A; 3Q71 A; 2ZEO A; 1OBR A; 4GVW A; 3BI1 A; 2ZEH A; 2EEE A; 2ZEF A; 3IJ3 A; 4GVV A; 3SIJ A; 4A37 A; 2PJ2 A; 3SI2 A; 4JGK A; 4OC3 A; 3K2K A; 5CB3 A; 2QJ8 A; 3FEC A; 1ZR3 A; 1LOK A; 1VIX A; 4OC0 A; 1CX8 A; 1DE4 C; 2PJ4 A; 3D7H A; 5JH9 A; 1VHO A; 2F8H A; 5HVH A; 3HUV A; 5LRG A; 2PVV A; 4UIB A; 1YD9 A; 4ABL A; 4EME A; 2EK9 A; 3RZA A; 4OC1 A; 3T8W A; 2QVP A; 1TKF A; 4IK2 A; 2V77 A; 3MN8 A; 1TF9 A; 2BFR A; 5FSV A; 1XMB A; 2GLF A; 2CTB A; 1LCP A; 4Z65 A; 3B3S A; 1TY8 A; 2PCU A; 3CPX A; 1F57 A; 3D7D A; 4A39 A; 2HB6 A; 4OC2 A; 2FAV A; 3PB7 X; 2V8G A; 2VRI A; 4AXV A; 1BAV A; 1YLO A; 1PCA A; 4KYB A; 4NGN A; 5F09 A; 1F2O A; 1HEE A; 2BCO A; 5CPA A; 4UEE A; 1XRY A; 4PXE A; 6CPA A; 2C6P A; 4G1P A; 4UML A; 3FVL A; 1ZLH A; 2ABZ A; 5K8P A; 4GUA A; 4J5S A; 3N5F A; 4MCR A; 3HLP A; 3S9M A; 1ZG9 A; 2ZEM A; 3VAR A; 2AFW A; 2GRE A; 4F9U A; 5FSZ A; 5HXD A; 4TNU A; 2OOT A; 3EWQ A; 2ZOF A; 4OIW A; 5ELY A; 5IB9 A; 1BLL E; 4PQA A; 5LYL A; 1ZG8 A; 3FH4 A; 3WC5 A; 1NJR A; 4RUH A; 4CPA A; 5HIH A; 3KZW A; 1CBX A; 2EWB A; 5JGF A; 3PFO A; 4P4F A; 2XEJ A; 4K3N A; 4GM5 A; 4R7M A; 2AFX A; 4J4Z A; 3KQX A; 1Y0Y A; 3B3T A; 4MRI A; 4FBE A; 4FUU A; 4MHP A; 3IIB A; 4O23 A; 4UF4 A; 1R43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F8K A; 4A95 A; 4ORF A; 3EWP A; 3D68 A; 2X7B A; 5KTD A; 4R8F A; 4C2Y A; 2Q4Y A; 2Z3L A; 3FX6 A; 3GIU A; 3H8G A; 4W9Y A; 1PUA A; 3SI0 A; 3K9U A; 3V45 A; 4RN7 A; 4ETK A; 1I21 A; 1TKJ A; 2Q51 A; 2WYR A; 1CJW A; 4UA3 A; 4UCN A; 3D67 A; 2JDD A; 3D2P A; 4KOV A; 3ETI A; 1TKH A; 2GE3 A; 4UBR A; 4B6Z A; 3CXS A; 3FYN A; 4H2K A; 1R3N A; 3LD2 A; 3PB4 X; 3PBB A; 4CGM A; 1Q2C A; 3PB8 X; 4R87 A; 1KUV A; 2VZZ A; 3ISZ A; 3LMS A; 4UFX A; 5HVF A; 2NYQ A; 3B7I A; 3F0A A; 3NH5 A; 3PB6 X; 1M1D A; 2Q4Z A; 2B58 A; 4MCQ A; 3GPO A; 3GUX A; 3NE8 A; 5HH1 A; 4UFW A; 1LRZ A; 1ZLI A; 2DEA A; 3BI0 A; 4U5Y A; 3IWG A; 2ZOG A; 1B87 A; 5EMI A; 3GY9 A; 4A30 A; 4YRH A; 4ZGY B; 3IIF A; 3OWC A; 2Q4V A; 3CXQ A; 3PFE A; 3FF3 A; 3QAH A; 1FNO A; 2YGW A; 3SJE A; 4C2X A; 4QB9 A; 4PXD A; 5JQ4 A; 1IY7 A; 3GLJ A; 4ZX8 A; 2ZW4 A; 2RNK A; 4LUA A; 2POK A; 2PJ3 A; 4UCP A; 3TO7 A; 4JLL A; 3I3G A; 4KVM E; 3ZZI A; 3NH8 A; 4PXC A; 3BXM A; 4C7I A; 3I1U A; 3QAY A; 1KUY A; 1XJO A; 2RFH A; 4JXR A; 5G22 A; 4B14 A; 5J1Q A; 3KL9 A; 5FSU A; 3B35 A; 4C7H A; 3R1K A; 3BJ8 A; 1BPM A; 4EFD A; 1KUX A; 4DUK A; 1YX0 A; 2OB0 A; 4J5Q A; 4ONW A; 4A32 A; 3PP9 A; 5EC4 A; 3T9Y A; 2PJ5 A; 2BO9 A; 2G0B A; 1UFH A; 2G9D A; 4OC4 A; 4AB7 A; 5A28 A; 3GQE A; 1P0H A; 3S6F A; 1NSA A; 2Q43 A; 3UY5 A; 3PB9 X; 4KLV A; 4MFP A; 3B3W A; 1YR0 A; 2R8V A; 3DR6 A; 2FCK A; 4MMO A; 4WWV A; 3WC6 A; 3P2H A; 4MY0 A; 2F7V A; 3DLJ A; 2DF5 A; 2JEW A; 1MJ9 A; 3BHX A; 5G1Z A; 5E3B A; 3L2N A; 4CGP A; 4UIA A; 3VWE A; 1IGB A; 3S6G A; 4J5R A; 5FSY A; 4E8O A; 4JD6 A; 1TIQ A; 1YRE A; 3PRT A; 1YSJ A; 3FEE A; 3PZJ A; 4OLL A; 4PK3 A; 2FE7 A; 3P2F A; 2WCT A; 4KUA A; 3KGQ A; 1S7K A; 2IQ6 A; 1UWY A; 3D66 A; 3IC1 A; 3NE7 A; 2FL4 A; 3KAS A; 3K9T A; 1AYE A; 4KOX A; 1VHU A; 4CGL A; 5LYD A; 3N7Z A; 3WC7 A; 2IMO A; 4ZY0 A; 4MJ8 A; 2YND A; 3CPA A; 3SJF A; 3R9F A; 1XEB A; 5AG7 A; 2V8D A; 4YWY A; 3ZJ0 A; 3KQZ A; 3NFZ A; 2D4P A; 4PV6 A; 4ZYQ A; 1ELL P; 4FD4 A; 4BBH A; 5K8N A; 2BSW A; 1CPX A; 4NSQ A; 3NA6 A; 5KTA A; 1IU8 A; 4UWJ A; 4E2A A; 4KSF A; 1U6M A; 1Z2L A; 3PGP A; 2ZEP A; 3S9N A; 2B4D A; 1QQ9 A; 4A2Z A; 4F6A A; 1BPN A; 2EK8 A; 5JM6 A; 5K8M A; 3V8I A; 3S6K A; 5EBV A; 2C6C A; 1MK4 A; 2NMT A; 2HV2 A; 3VFQ A; 3SI1 A; 5G20 A; 2ZEE A; 1X10 A; 2X47 A; 2ODF A; 3EJG A; 2Q7B A; 4CRZ B; 1IB1 E; 4ZY2 A; 2PR8 A; 3IO1 A; 2NSM A; 2O28 A; 2XD7 A; 3R95 A; 3SJG A; 1Z9U A; 2RB7 A; 1M4L A; 4P44 A; 3TOB A; 4OID A; 2PJ1 A; 2ZW7 A; 4CGN A; 5IV0 A; 2PJ7 A; 3F5B A; 4YU9 A; 4NF1 A; 1GHE A; 3JRU A; 1K4J A; 3NH4 A; 4UWI A; 1S3Z A; 2LGR A; 5CNP A; 2DPS A; 2ANP A; 1ZR5 A; 3B3C A; 3B3V A; 4YGO A; 4GXH A; 2I79 A; 4A38 A; 4KVO E; 2B5G B; 3CZX A; 1Y7E A; 4OME A; 3W6X A; 4XPD B; 2J9A A; 3H8E A; 2BL1 A; 1Z4E A; 4AG7 A; 1BOB A; 3PBE A; 4P4B A; 2CIJ A; 1R57 A; 2JZE A; 2FXF A; 4JZ0 A; 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