The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
452
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structure length |
448
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Chain Sequence |
NTSICRLGFTYDISQSKNWGNNKPVIKSIIPYSSAEQAGIKKYDVIEEINGVPVTEVSVDEIPQLLNPAGRNDVLLTISNLSSPSKQVLVKKDCKKSNAITEDQLASAYAMYSLETTNEQEFVCPFKTTVTSDGVDFGNFKTFAFSTIDENNRKLETVINECIENELTKKGLTVDIAKPDLLIQTFYFFDKNPNYLGANEKEPTYRYNFSHSKMEKFPFLNYAAAEAEAEYLLQFGIRIIDQKDIPGRVLWECEANELLEDSYRLDEYARVHVPLMCMQYPYTKYGRNVPFKVSKKTYNYTGISYDIDKLDQVVDVDRNSPAYAAGIRPRDIIEKIGRHKMDHSAEEFSSAYKRFITNTMQYRDPKTMFTDANGFKYCMFWDVFKYPQIADASQSSDYLPAFSYLYYFAPYINPSGNNACTFNIKRGKTKLEVIIRPTIRSEVTVEIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a PDZ domain protein (BDI_1242) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.50 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
PDZ domain protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Parabacteroides distasonis
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| total genus |
109
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| structure length |
448
|
| sequence length |
452
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00595 | PDZ | PDZ domain |
| A | PF13590 | DUF4136 | Domain of unknown function (DUF4136) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UJU A; 2M0V A; 3QGL A; 4KFW A; 3NFL A; 3ID4 A; 1MC7 A; 2OGP A; 1X8S A; 3CBY A; 5E1Y A; 1IHJ A; 2KJD A; 3PV4 A; 1I16 A; 2EEI A; 5HEY A; 1UFX A; 3CBX A; 4K72 A; 5E21 A; 4JOE A; 2M0U A; 5B6L A; 1IU2 A; 4FGM A; 2EDV A; 2EGN A; 2DB5 A; 3QIK A; 1G9O A; 1W9O A; 1UHP A; 3QJM A; 1T2M A; 3I4W A; 1QAV A; 4NMR A; 1V6B A; 1SOT A; 4NMS A; 4NMO A; 3CC0 A; 4JOR A; 1TP5 A; 1NTE A; 2LOB A; 1V5L A; 2H3L A; 4WYT A; 2QKU A; 2YTW A; 2KV8 A; 1Z86 A; 5DTH A; 3KHF A; 3GCO A; 2HGA A; 3TSW A; 1D5G A; 1WG6 A; 1Y8T A; 5GND A; 3ZRT A; 2PA1 A; 3DJ1 A; 3HPK A; 3DIW A; 1P1E A; 1U38 A; 1GM1 A; 2OZF A; 1UEQ A; 2EAQ A; 5HFB A; 1BFE A; 4NMT A; 4H11 A; 3LNY A; 2HE4 A; 1V1T A; 2D90 A; 2QT5 A; 3TSV A; 5F3X A; 2VSV A; 1B8Q A; 1WHA A; 3QJN A; 2CSS A; 2EV8 A; 4Z33 A; 1WI2 A; 1UIT A; 3SHU A; 3VQF A; 2I4S A; 4GHN A; 3FY5 A; 2QG1 A; 1PDR A; 5EYZ A; 2LA8 A; 4NMV A; 4EDJ A; 3MH7 A; 4OEO A; 2JIK A; 4UU6 A; 4Q2P A; 4XHV A; 2M10 A; 2DLU A; 2JRE A; 2BYG A; 1ZOK A; 1KY9 A; 2MHO A; 2I1N A; 1KWA A; 2DLS A; 2JXO A; 2EEH A; 2YUY A; 3R68 A; 4JOK A; 4Z8J A; 2JIN A; 1LCY A; 2OMJ A; 2Q9V A; 5HET A; 1RZX A; 4NNM A; 3GDV A; 2I04 A; 1X5Q A; 3JXT A; 1OZI A; 1OBX A; 1ZUB A; 5EZ0 A; 1UM7 A; 3CH8 A; 3E17 A; 4WYU A; 1X45 A; 3RL7 A; 1N7E A; 2H3M A; 2JIL A; 2H2B A; 2I0L A; 3K1R A; 5HDY A; 2FNE A; 1WFV A; 1MFL A; 2EJY A; 1YBO A; 3K82 A; 5I7Z A; 2Q3G A; 2OQS A; 2FE5 A; 3TSZ A; 4JOJ A; 1U39 A; 3B76 A; 4N6X A; 2OSG A; 2OCS A; 4F54 A; 1W9Q A; 2F0A A; 4K75 A; 1I92 A; 4E3B A; 2Z17 A; 5HEB A; 3QO6 A; 2IWQ A; 1SOZ A; 1RY4 A; 2L97 A; 2P3W A; 2JWE A; 2W4F A; 3KZE A; 2EGK A; 2PZD A; 3ID1 A; 2JOA A; 5HFC A; 4K78 A; 4P0C A; 4LMM A; 1WH1 A; 2LC7 A; 4AMH A; 2RCZ A; 1FC9 A; 1FC6 A; 4IC6 A; 2YUB A; 4K76 A; 1V5Q A; 4NXR A; 1GQ4 A; 1RGW A; 3SHW A; 4G69 A; 4L8N A; 1Y7N A; 4Q6H A; 2KRG A; 1VA8 A; 2O2T A; 3MH4 A; 3MH6 A; 3PDV A; 2Z9I A; 1WF7 A; 1RGR A; 2PDZ A; 1KEF A; 2X7Z A; 2G2L A; 1XZ9 A; 3OU0 A; 2VSP A; 2DM8 A; 4O06 A; 2EEG A; 1VB7 A; 3PV5 A; 1UJV A; 3GDU A; 3R0H A; 2G5M B; 1Q3P A; 3QDO A; 4YYX A; 1P1D A; 1N7T A; 1WIF A; 4NXQ A; 4REY A; 3NFK A; 4P2A B; 1VCW A; 2PKT A; 1UEZ A; 4UU5 A; 2OPG A; 4HOP B; 4NMQ A; 5GLJ A; 2UZC A; 3GCN A; 2KYL A; 2KPK A; 4JOP A; 3GJ9 A; 4NMP A; 3HVQ C; 2GZV A; 2ZPL A; 3O5N A; 1UF1 A; 3WKL A; 1UEW A; 4Q3H A; 5H3J A; 5E22 A; 2QBW A; 2AIN A; 2EGO A; 1N7F A; 2CS5 A; 1BE9 A; 2K20 A; 3LNX A; 1TE0 A; 3EGH C; 1M5Z A; 5E6P B; 2V1W A; 3K50 A; 2H2C A; 3R69 A; 3PV2 A; 2F5Y A; 2KQF A; 3I1E A; 2KA9 A; 1L6O A; 1IU0 A; 4Q6S A; 2AWU A; 2DKR A; 2KJP A; 4JOF A; 4F8K A; 5A2P A; 2MX6 A; 5HFD A; 2YT7 A; 4GVD A; 2ENO A; 4Q2Q A; 5E11 A; 2M0T A; 2EHR A; 3I18 A; 3EGG C; 5D13 A; 2KPL A; 3KZD A; 2REY A; 1U37 A; 1N99 A; 4PQW A; 2I0I A; 3O46 A; 2M0Z A; 4R2Z A; 1N6D A; 5F67 A; 2KL1 A; 1UM1 A; 2D92 A; 4Q2O A; 3QE1 A; 2FN5 A; 4GVC A; 1NF3 C; 3RL8 A; 1X6D A; 1QLC A; 2KG2 A; 2WL7 A; 3TMH A; 1X5N A; 5HFE A; 3BPU A; 4NXP A; 1W9E A; 4OEP A; 3PS4 A; 3RLE A; 3DOR A; 1Q3O A; 3NGH A; 5FHT A; 4NNL A; 1QAV B; 4JOG A; 2AWX A; 1WF8 A; 2VRF A; 3STJ A; 2L4T A; 3AXA A; 3SUZ A; 2DJT A; 1WI4 A; 2CSJ A; 2R4H A; 4JOH A; 3SFJ A; 3L4F D; 2KJK A; 1X5R A; 1UJD A; 2VWR A; 3ID3 A; 5HFF A; 5JXB A; 1Q7X A; 1GQ5 A; 3GGE A; 2L4S A; 5FB8 C; 4E35 A; 2EDP A; 5HED A; 1OBZ A; 4Q2N A; 3CBZ A; 1QAU A; 2KOM A; 3DJA A; 2IWN A; 4MPA A; 2KOH A; 2KBS A; 2OS6 A; 2M3M A; 2DMZ A; 2V90 A; 4HOP A; 4KFV A; 5HF4 A; 1U3B A; 2AWW A; 2D8I A; 5HJ1 A; 1UEP A; 2W7R A; 3GDS A; 1TQ3 A; 5HF1 A; 2ZPM A; 4E34 A; 2QKV A; 2IWP A; 1WFG A; 2DAZ A; 2QKT A; 3VQG A; 2RRM A; 1TP3 A; 2HE2 A; 1VJ6 A; 1MFG A; 3OTP A; 2LC6 A; 1VAE A; 2K1Z A; 4OAJ A; 3PDZ A; 2I6V A; 2EEJ A; 2KAW A; 2FCF A; 3SOE A; 2E7K A; 3WKM A; 2EDZ A; 1R6J A; 2YT8 A; 3DJ3 A; 2PKU A; 2DC2 A; 4YDP A; 2EXG A; 3GSL A; 5G1E A; 2LUI A; 2KOJ A; 3CS0 A; 1K32 A; 3HPM A; 4JL7 A; 1FCF A; 2VPH A; 2VZ5 A; 4K6Y A; 1WHD A; 3CYY A; 1OBY A; 1V62 A; 1Z87 A; 4RI0 A; 1N6E A; 1WJL A; 1FC7 A; 2R3Y A; 5G1D A; 3ID2 A; 1N6F A; 2IWO A; 2PNT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UJU A; 2M0V A; 2LBS B; 4JI6 E; 2EM5 A; 3QGL A; 4LF5 E; 4KFW A; 1X47 A; 2EM7 A; 2V86 A; 2V8Q B; 2JPA A; 4R03 A; 1X5W A; 3NFL A; 3P1X A; 1STU A; 3ID4 A; 1MC7 A; 4HEI A; 2OGP A; 1KJK A; 1X8S A; 4JI7 E; 2F4V E; 3CBY A; 5E1Y A; 1N32 E; 1IHJ A; 2CT1 A; 1A1H A; 2KJD A; 3KZY A; 3PV4 A; 1I16 A; 2EEI A; 5HEY A; 4Q28 A; 1ZBT A; 2YRH A; 1UFX A; 3CBX A; 2EM4 A; 2EM3 A; 1TN9 A; 4K72 A; 5E21 A; 2LO3 A; 4J8Z A; 3OML A; 4BBY A; 4JOE A; 2M0U A; 5B6L A; 4ZYD A; 2LT7 A; 2UUB E; 4OOG C; 1IU2 A; 4FGM A; 2EOJ A; 2EDV A; 4NXM E; 2HC5 A; 2E1M A; 3LLH A; 3K6Q A; 4X62 E; 2EGN A; 2DB5 A; 5KL5 A; 3QIK A; 1G9O A; 1W9O A; 1UHP A; 3QJM A; 1T2M A; 4WPY A; 2NUF A; 2NUE A; 2EPX A; 1N34 E; 4ZYE A; 1ZBQ A; 1T4O A; 3I4W A; 2MKD A; 1QAV A; 4NMR A; 1V6B A; 2NA2 A; 1SOT A; 1Z1B A; 1YUI A; 4NMS A; 1P47 A; 4NMO A; 3CC0 A; 4JOR A; 3KDK A; 4LF4 E; 2ENH A; 1TP5 A; 5KL2 A; 2EOQ A; 3ADG A; 2L2M A; 1NTE A; 2EM2 A; 2LOB A; 4F6M A; 2EMC A; 1V5L A; 1PKP A; 2H3L A; 1RQ0 A; 4ZYH A; 2DRP A; 4WYT A; 2VF1 A; 2QKU A; 2YTW A; 2KV8 A; 2EPN A; 3OTO E; 1Z86 A; 5DTH A; 3KHF A; 3GCO A; 2HGA A; 4JI1 E; 2JVA A; 3ADL A; 3T1H E; 1N33 E; 3TSW A; 1AH5 A; 1D5G A; 1WG6 A; 1Y8T A; 5GND A; 4DV5 E; 2DIX A; 1X9Z A; 3ZRT A; 2EOF A; 2EMB A; 2PA1 A; 3DJ1 A; 3HPK A; 4F9A B; 2GHF A; 5KL4 A; 2VQF E; 3DIW A; 1P1E A; 2CPN A; 4DV2 E; 3T1Y E; 2UUA E; 1U38 A; 2UU9 E; 1GM1 A; 3BF2 A; 2OZF A; 2EPK X; 1UEQ A; 2JYA A; 2E5L E; 2EMF A; 4IJD A; 2EAQ A; 2JY9 A; 5HFB A; 2G7H A; 4WXD A; 1BFE A; 4NMT A; 4H11 A; 3LNY A; 2DSY A; 2YSO A; 2HE4 A; 1V1T A; 2D90 A; 2YZT A; 2YTD A; 2QT5 A; 3TSV A; 5F3X A; 4GEQ B; 4WSG A; 4R2Q A; 2VSV A; 1B8Q A; 1WHA A; 3QJN A; 2CSS A; 2EN2 A; 4R2E A; 2RPC A; 2EV8 A; 4Z33 A; 1WI2 A; 2MDG A; 2LJH A; 1UIT A; 3SHU A; 3VQF A; 2I4S A; 2L3J A; 4GHN A; 2JSN A; 4JI4 E; 2K4V A; 2RS7 A; 3FY5 A; 1HNW E; 1WHQ A; 5FLX C; 1A1G A; 2QG1 A; 1PDR A; 5EYZ A; 2DB2 A; 2LA8 A; 4NMV A; 2K7I A; 5AE2 A; 1TF6 A; 4EDJ A; 4WSP A; 1SR9 A; 3MH7 A; 3M99 B; 3JU0 A; 4OEO A; 2RSI A; 4M2Z A; 2JIK A; 2EP3 A; 4UU6 A; 4Q2P A; 4GKK E; 4P7D A; 4XHV A; 2M10 A; 4X66 E; 4LU9 A; 4DKK A; 4LF9 E; 2DLU A; 4M0V A; 2JRE A; 1XNR E; 1X49 A; 4LFA E; 2BYG A; 1ZOK A; 2LUP B; 1KY9 A; 2NUG A; 5KL3 A; 1XMQ E; 2EJ4 A; 2MHO A; 2I1N A; 1KWA A; 2DLS A; 2JXO A; 4L5N C; 3EPL A; 4LF7 E; 2B9D A; 2EEH A; 2YUY A; 3KDG A; 2YPN A; 2JWO A; 3R68 A; 1WJP A; 4JOK A; 4Z8J A; 2R76 A; 2JIN A; 5LMU E; 3J7Y p; 2A25 A; 1LCY A; 5AC5 A; 4BCA A; 1RMD A; 2OMJ A; 2Q9V A; 5HET A; 1RZX A; 4NNM A; 2ELZ A; 4BMJ A; 3GDV A; 2EOS A; 2I04 A; 2EMH A; 1IBM E; 4LF8 E; 1X5Q A; 3JXT A; 1OZI A; 1OBX A; 1IMU A; 3THO B; 4DV0 E; 2N3G A; 1ZUB A; 1QU6 A; 3C6M A; 5EZ0 A; 1UM7 A; 3NCV A; 3CH8 A; 2E72 A; 3E17 A; 2LJU A; 4WYU A; 1NEI A; 1X45 A; 3RL7 A; 1N7E A; 1A1F A; 2H3M A; 1N3G A; 2JIL A; 2H2B A; 2I0L A; 3K1R A; 2WZO A; 2V83 A; 5HDY A; 2FNE A; 1DGC A; 2N8X A; 1WFV A; 1MFL A; 2LTS A; 2EJY A; 2H36 X; 2L33 A; 3C6K A; 2VQE E; 1YBO A; 3K82 A; 2EMX A; 4DR4 E; 5I7Z A; 3MHS C; 3AV0 A; 3EQ1 A; 4WYQ B; 2Q3G A; 4M9V C; 2M4I A; 5A6J A; 2OQS A; 2FE5 A; 4I8O A; 3TSZ A; 4JOJ A; 2EM6 A; 1U39 A; 3RMP A; 2DMY A; 2EMY A; 1NCS A; 1RC7 A; 2KON A; 4X8W A; 4NXN E; 3B76 A; 4N6X A; 4M30 A; 2OSG A; 4BC7 A; 2OCS A; 1YFH A; 1YUJ A; 2CSH A; 4F54 A; 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