The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
119
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sequence length |
315
|
structure length |
308
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Chain Sequence |
GRVYYINSHGTLSRHENTLRFENAEVKKDIPVEDVEEIFVFAELSLNTKLLNFLASKGIPLHFFNYYGYYTGTFYPRESSVSGHLLIKQVEHYLDAQKRLYLAKSFVIGSILNLEYVYKISADTYLNKVKETNSIPELMSVEAEFRKLCYKKLEEVTGWELEPPQNPLNALISFGNSLTYAKVLGEIYKTQLNPTVSYLHEPSRFSLSLDVAEVFKPIFVDNLIIRLIQENKIDKTHFSTELNMTFLNEIGRKVFLKAFNELLETTIFYPKLNRKVSHRTLIKLELYKLIKHLLEEEVYLPLNYGGLK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Aquifex aeolicus
rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Aquifex aeolicus
|
| total genus |
119
|
| structure length |
308
|
| sequence length |
315
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01867 | Cas_Cas1 | CRISPR associated protein Cas1 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XTK A; 4P6I C; 4QDL A; 5FCL A; 3GOD A; 3NKE A; 5DQT A; 4W8K A; 4WJ0 A; 5DS4 A; 3NKD A; 4N06 A; 5DS5 A; 5DQZ A; 5DLJ A; 5DS6 A; 2YZS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HE9 A; 1NLX A; 1OR3 A; 4J7Y A; 3CC4 O; 4PR9 A; 1KQS K; 2OJE D; 1C03 A; 2Y69 C; 4XLP F; 1D0X A; 3CCQ L; 1KD1 M; 2V3C C; 2OJQ A; 2P0N A; 3KKB A; 3GEI A; 3NRH A; 1TFK B; 1V4A A; 5L3Q A; 3CCE L; 3EGD A; 2XLV A; 1M2V A; 1XWJ A; 2ZXP A; 1YAU O; 3UMI A; 4I44 A; 4XPY A; 1U6H A; 2HMZ A; 4YL0 A; 1CGM E; 4CJO A; 4Z9I A; 3EHN A; 1Z7Q c; 2ZD9 A; 1E86 A; 3I56 L; 3GAN A; 2IXN A; 1MND A; 256B A; 3OW2 K; 4LDK A; 3RF3 A; 4U5C E; 4IAR A; 2OKU A; 2CDQ A; 3F46 A; 4HEA J; 3RQF A; 4X0R A; 3DWW A; 3PMR A; 2WZL A; 3G71 O; 2X0C A; 4XPX A; 1BDJ B; 3LAY A; 1JPJ A; 2WZG A; 2EIJ C; 2YKZ A; 4PK4 A; 3CCL L; 3I55 L; 3UMH A; 1MNE A; 5KYW B; 3VM6 A; 1VQ9 O; 1G8X A; 3NMI A; 4KI2 A; 4G0H A; 4RBN A; 3CCV O; 3FDQ A; 1H9G A; 5KYY B; 3GWN A; 4UDV A; 1FTS A; 1Q7Y M; 1LIH A; 4YK5 A; 3DXJ F; 3H2U A; 3X1O A; 1M57 C; 3CCS O; 1QZX A; 3SXM A; 1KC8 M; 3DE8 A; 3ZTM A; 4OIP F; 3SNH A; 5A6K A; 1VYI A; 3US6 A; 4C7O A; 4ZLC A; 2R03 A; 3QTH A; 4MVZ A; 3K7D A; 1NSG B; 4FES A; 1JPN A; 4DBR A; 4XEF A; 2MYS A; 3ASO C; 4YL1 A; 1VQ9 L; 1EKY A; 5BUO A; 3ZDL A; 2HJM A; 4E0I A; 4LDQ A; 3TQO A; 2XSE A; 2J8W A; 4NCQ A; 3CD6 O; 4U5F E; 1G4U S; 3EHM A; 1YJ9 L; 3O55 A; 1VQL L; 1PCX A; 2LIG A; 2B0J A; 4Q4Z F; 2YLI A; 4JIO A; 3UR3 C; 3EH1 A; 1AEP A; 1VMA A; 1CPR A; 3V5X A; 1W2B K; 2D4U A; 2QY9 A; 4RD9 A; 1RMV A; 3VF0 A; 3CEX A; 3B0V C; 1VQM L; 3WOD F; 1GQA A; 1ZHX A; 2EIM C; 2YL1 A; 2QE9 A; 3EPV A; 3DE9 A; 2R02 A; 1H6G A; 4JVS A; 4MVO A; 2NSF A; 2DYR C; 3SXK A; 3LEV A; 4YT4 A; 3NDB B; 2LFD A; 3W2W A; 1GGQ A; 2IXO A; 3CSK A; 1T9K A; 1M6T A; 4U5B E; 1D1A A; 1VQ4 O; 3ZWI A; 3FVY A; 4YT2 A; 1KQS N; 1JJ2 K; 1T6U A; 2EPM X; 4C3E A; 3HTK C; 1JRA A; 5KYN A; 5AC4 A; 4XWJ A; 5AGF A; 4IB4 A; 3MYI A; 4U5E E; 2LCH A; 1ORS C; 2XS8 A; 4FX5 A; 4EUK B; 1VQ7 O; 2OEX A; 1A7D A; 2LFF A; 1N8R M; 1B68 A; 3U2L A; 2EIL C; 3FOP A; 1VQ8 O; 1L7C A; 4MND A; 2XLE A; 2R05 A; 2I15 A; 4RDA A; 3E9V A; 3EGD B; 1YJN O; 4KNV A; 1WWP A; 1YYJ A; 1S7Z A; 5B1A C; 3K1H A; 3TOM A; 4O6N A; 2IBF A; 1QQ3 A; 1A41 A; 3S84 A; 2OOC A; 1APC A; 3WAQ A; 2B0H A; 2R7X A; 1Q81 P; 1E84 A; 3U8V A; 4DJ9 A; 3CC2 L; 2W9Y A; 1VYK A; 1N1C A; 4YJW A; 1T6I A; 5A6J A; 2ZXW C; 2AP3 A; 2GDC A; 2A69 F; 4H4K C; 4XTK A; 1OCC C; 1VQ8 L; 1Z6A A; 2R7W A; 3LS0 A; 5JS5 A; 2AVK A; 2H7O A; 2P6V A; 2HS5 A; 4U9D A; 4Q5S F; 3I5P A; 1VB5 A; 5IY5 C; 2YQY A; 1EQ1 A; 1CPQ A; 3N24 A; 3L8J A; 2VC9 A; 2PP4 A; 3CCJ O; 1VQ5 L; 1HY5 A; 5AC5 A; 4ONS A; 4DRI B; 2HKV A; 1L3P A; 2BE5 F; 3JZ0 A; 5TJ5 E; 2Q00 A; 4XQ1 A; 3T6G B; 3CCU L; 1AUE A; 4Q7C A; 4ER9 A; 2DGJ A; 2MHR A; 4K1O A; 2J45 A; 4YWQ A; 2R25 A; 4N4W A; 1YI2 O; 3U0C A; 3ABK C; 3HNL A; 3X2Q C; 2XLD A; 3NKE A; 2YWA A; 2J7P D; 3QW0 A; 3H2V A; 4C7O B; 2R7V A; 3UGO A; 3PCV A; 4OD5 A; 1Z3I X; 2DI3 A; 3CCJ L; 4KBL A; 3EZH A; 1HW1 A; 2QA4 O; 3MYF A; 3ZG1 A; 3CCR O; 1PD1 A; 1V74 B; 4JUR I; 3CAX A; 2EIN C; 5COG A; 3U2M A; 3MFN A; 2LK4 A; 1I4Z A; 3B0P A; 1UG7 A; 2XL4 A; 5L0I A; 2MWQ A; 2UUI A; 4CS8 C; 2HJ3 A; 1Y6D A; 4B6I A; 4D4N A; 4QI0 A; 3DZA A; 1CGO A; 3EGX A; 3SP1 A; 2OCC C; 2XLH A; 4LLE A; 1JR8 A; 4BEM J; 2YRF A; 3RH3 A; 4MTG A; 4CDA A; 1W2W A; 1Q86 M; 4JEA A; 5B1B C; 3GEH A; 3CMA L; 5L0F A; 3EH2 A; 4GQH A; 3J06 A; 2FFH A; 3RYL A; 1JJ2 N; 2PF4 E; 4CS8 A; 2L7A A; 2QA4 L; 2Q3T A; 1MQV A; 5EGY A; 4OIQ F; 2AWY A; 4A2N B; 3BRJ A; 1YHQ O; 1LI7 A; 3T9O A; 4CJG A; 3GM2 A; 4NC3 A; 1WTY A; 5F5H A; 1OW6 A; 1OCZ C; 4EWC A; 1M2O A; 1M56 C; 5DS4 A; 3NYL A; 2JX0 A; 3EFO A; 3FXH A; 4M63 A; 1TKN A; 2VH3 A; 3AOU A; 1YJG A; 4NTA A; 4AK9 A; 3M79 A; 2L81 A; 2QNL A; 4K7B A; 2WZF A; 3RQG A; 1NU7 D; 3U8P A; 3C18 A; 1ORY A; 2VCA A; 1QLE C; 3DJN B; 1NG1 A; 1VLS A; 3G50 A; 1OW7 A; 3PHF 2; 1WAT A; 2AU5 A; 1S72 O; 1V55 C; 2M64 A; 2LQG A; 3B71 A; 1ZVZ A; 2WVO A; 1YIJ L; 4CIP A; 4E7Z A; 1J8Y F; 1Q82 P; 2Y3H A; 4MTO A; 2A68 F; 3VRC A; 4P9T A; 5BQI A; 3DJU B; 1E2X A; 1O87 A; 3NKD A; 1SMY F; 1RKE A; 2XL6 A; 3S28 A; 1WGW A; 1HMO A; 1QVF K; 4EBB A; 1JOG A; 2L9J A; 3SZR A; 1IZM A; 3G6E O; 5FZT A; 1A7V A; 1OQC A; 2Y39 A; 2KJG A; 3CC4 L; 3C63 A; 3EZI A; 4YN0 B; 2XXA A; 4W8K A; 2G62 A; 1K8A P; 3K1I C; 3CXC K; 1ZU4 A; 3SXY A; 4NQF A; 4HFF B; 4A4A A; 3UGP A; 1VQO O; 2XLM A; 1LVK A; 1T5O A; 2G3K A; 1TWA A; 2FAP B; 3CCM O; 3HKK A; 2A0B A; 3TJ5 A; 1TQG A; 2Q9B A; 3ASN C; 3CC7 O; 3C8G A; 1WAS A; 3K1I A; 3LJB A; 4MQ9 F; 4JTD B; 3G6E L; 2L6H A; 3ZSU A; 1DOW A; 3SEO A; 2PBE A; 1AVO B; 1JAF A; 4O6Y A; 2Y3G A; 3W8H A; 4JZA A; 1C17 M; 4MTF A; 4XPW A; 5L0C A; 3POV A; 3DM5 A; 1YIT O; 4JRZ A; 1U89 A; 4PJM A; 2HFI A; 3G71 L; 2DYS C; 4IGG A; 3KYI A; 1LE2 A; 1QVX A; 4IAQ A; 2GAQ A; 1TWC A; 2J46 A; 3L8I A; 3W4Y A; 3AG1 C; 3ZQY A; 2OTJ O; 3IQ5 A; 1R4T A; 1XZQ A; 5DQT A; 1G4W R; 2CCY A; 5D91 A; 4Z9J A; 3AGU A; 5T1D B; 1NZE A; 3JRM O; 3JT1 A; 1YDI A; 3CCV L; 2EPL X; 3U3F A; 2DB4 A; 3WG7 C; 2J0X A; 3NYJ A; 1J8M F; 1ZHZ A; 1ZYR F; 2OU6 A; 1TWH A; 4K0D A; 3TK0 A; 3CCS L; 1UFB A; 4EBK A; 3CPW K; 2H8A A; 3DM9 B; 4BEJ A; 3AQB A; 4PJN A; 4PJJ A; 3EGX B; 2LSE A; 2J9B A; 3DD7 A; 3KH2 A; 2OTJ L; 1MMG A; 3KYJ A; 2KSF A; 1OCO C; 2NUT A; 5A6A A; 4CSA A; 1KU2 A; 2OTL O; 5JRA A; 4YT8 A; 3CD6 L; 2M4E A; 1ZHW A; 3A9C A; 5HSW A; 3S29 A; 5B3I A; 1A0B A; 2W45 A; 2R9R B; 2XRH A; 1TR2 A; 1VQK O; 3IQT A; 1YVI A; 1BZ4 A; 2GFH A; 2NUP A; 1H7I A; 5DS6 A; 3TOL A; 3EFO B; 1YZC A; 3LNM B; 3ZTZ A; 2JD3 A; 1ST6 A; 3EG9 A; 5HV9 A; 1Q81 M; 1D0Z A; 2YHS A; 2VAS A; 3U3B A; 2HMQ A; 3L1M A; 1K04 A; 3JSE O; 4PJL A; 1OKK A; 1YA7 O; 3LLK A; 4Z9H A; 3K33 A; 5EK0 A; 3HNK A; 4XEK A; 1QVF N; 1LE4 A; 1FR0 A; 1FMW A; 3L0I A; 2CNW A; 3M4B A; 1LS4 A; 3RW0 A; 2C04 A; 5JP7 A; 3ZIB A; 1ZW3 A; 3DKA A; 1VQ4 L; 3O6X A; 1K73 P; 3T6J A; 1QVG K; 3OW2 N; 4P9F A; 1M2V B; 3MBG A; 2ZXO A; 1SYQ A; 1M1K P; 1RJ9 A; 1FFT C; 1T01 A; 5DS5 A; 3IQ6 A; 3RQE A; 3AG2 C; 4N6C A; 3OWT A; 2YLD A; 4ANJ A; 3H65 A; 2GA0 A; 1T6Q A; 1VQ7 L; 3ZQV A; 3EJN A; 2V26 A; 3O39 A; 2LD6 A; 2NSG A; 5CI8 A; 2XLO A; 4LLC A; 2XXA B; 4OIN F; 3HNJ A; 4DRJ B; 3M15 A; 1MMD A; 1YJN L; 4HE8 D; 1E83 A; 4I1M A; 1KNY A; 3FMS A; 2BL2 A; 4YL3 A; 4NTF A; 1VTM P; 3QW1 A; 4O7G A; 1KTM A; 5L0H A; 3C8G B; 4C3B A; 2Y3B A; 3M4C A; 3CME O; 2EIK C; 2H7B A; 4LDR A; 1K40 A; 1BR4 A; 1XZP A; 3NG1 A; 5F28 E; 1VQP O; 3I4U A; 1K9M P; 4ULV A; 5KYY A; 4CIH A; 5JSL A; 3LS1 A; 4JCH A; 4DVZ A; 3QMK A; 3V5Y A; 4KNW A; 3GOD A; 4DXW A; 3VYW A; 2EPN A; 1YA9 A; 4EIY A; 3W2V A; 4DBQ A; 3Q6N A; 4L6R A; 5GPG B; 4NTB A; 3CPW N; 4LER A; 2KYH A; 2J7P A; 1W2B N; 5DVW A; 1YAR O; 4BG0 A; 4E7S A; 2J0W A; 5A6B A; 3DMD A; 2Q9A A; 4WJ0 A; 4J7T A; 1YI2 L; 4EKW A; 4G7H F; 1YJW O; 3JRT A; 2OQM A; 2VCB A; 5KYX A; 1LS1 A; 1D0Y A; 2GWW A; 5COF A; 2ETS A; 3RVY A; 4E18 A; 1VQ6 O; 1ZHY A; 1TWG A; 4R32 A; 5L0G A; 1Q0G A; 4BJ5 C; 2KNH A; 4BPM A; 1Q0K A; 4IAO A; 1VLT A; 3B0U X; 1JMW A; 1ZU5 A; 3I5Q A; 4D4X A; 2KK1 A; 2YVK A; 2A1D D; 3O10 A; 1U0B B; 1S05 A; 5L3V A; 3CCR L; 4XLN F; 1BBH A; 3PDM P; 2NUT B; 1OW8 A; 2TMV P; 2A6H F; 3ABL C; 3GEE A; 3LLI A; 4U5G A; 4BJ5 A; 2QEX O; 2Q7R A; 1SZI A; 3GM3 A; 4ZLD A; 1QSP A; 2A0U A; 3CCQ O; 4CS7 A; 5L0J A; 5T3T A; 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