The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
267
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structure length |
267
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Chain Sequence |
VSMIFLQYGQIDVIDGAFVLIDKTGIRTHIPVGSVACIMLEPGTRVSHAAVRLAAQVGTLLVWVGEAGVRVYASGQPGGARSDKLLYQAKLALDEDLRLKVVRKMFELRFGEPAPARRSVEQLRGIEGSRVRATYALLAKQYGVTWNGRRYDPKDWEKGDTINQCISAATSCLYGVTEAAILAAGYAPAIGFVHTGKPLSFVYDIADIIKFDTVVPKAFEIARRNPGEPDREVRLACRDIFRSSKTLAKLIPLIEDVLAAGEIQPPA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/dna
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| source organism |
Escherichia coli k12
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| molecule keywords |
CRISPR-associated endonuclease Cas1
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| total genus |
85
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| structure length |
267
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| sequence length |
267
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.1.-.-: |
| pdb deposition date | 2015-09-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01867 | Cas_Cas1 | CRISPR associated protein Cas1 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Alpha Beta | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 | Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NKD A; 4QDL A; 4W8K A; 5DQZ A; 4N06 A; 5FCL A; 5DS6 A; 5DS4 A; 4P6I C; 3GOD A; 3NKE A; 4XTK A; 5DLJ A; 5DS5 A; 4WJ0 A; 2YZS A; 5DQT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ABL C; 2PF4 E; 1MNE A; 2AVK A; 3KL4 A; 1WOL A; 3UGP A; 3CCR L; 1YJW L; 2QNL A; 3I5Q A; 1JOG A; 5KYX B; 2AP3 A; 3JTL O; 2OJQ A; 1GGQ A; 1XZQ A; 3FMS A; 1VQM O; 1Q0D A; 3C8G B; 2EIN C; 1O5H A; 4AK9 A; 5L0D A; 5KYW B; 2R03 A; 4C7O A; 4LDQ A; 5BQI A; 1YIJ L; 4HFK B; 1Q0K A; 4BJ1 A; 3SXY A; 1YYJ A; 2M64 A; 1YHQ L; 1PCX A; 4G7Z F; 4MW8 A; 1EKY A; 3U0C A; 2L81 A; 4WJ0 A; 2Q3T A; 4G0H A; 1S72 O; 3JZ0 A; 5JRA A; 4ZLD A; 1KNY A; 3OW2 N; 3CC7 L; 2DI3 A; 2EIM C; 4MS2 A; 1C03 A; 3CCM L; 4GYT A; 3SXK A; 3B0V C; 2J9V A; 2BE5 F; 2YRF A; 3NYL A; 1CGN A; 4EHP A; 4IAQ A; 4CSA C; 3MBG A; 3CC4 O; 1C17 M; 3OEO A; 2OG2 A; 2YEV A; 4WAB A; 1YZA A; 3S9O A; 2TMV P; 2HKV A; 3ZWI A; 1I4Z A; 3AGU A; 3DI5 A; 1FMW A; 2YL7 A; 3ECS A; 1YJN O; 1XWJ A; 4XPY A; 1M57 C; 1ZW2 A; 4C3B A; 2P1A A; 3U8P A; 2KW3 C; 4O6Y A; 4DRI B; 2A0U A; 3CCQ O; 4N6C A; 3U9M A; 1VQ6 L; 1NJI P; 1OXK A; 4AE4 B; 3SP1 A; 1W2B N; 3CPW K; 4YK5 A; 4MQ9 F; 1B68 A; 1JAF A; 1Q86 P; 1BBH A; 4OIR F; 4EBK A; 3CC2 L; 4EKW A; 2Q4F A; 1LE4 A; 5K0I A; 3GM3 A; 1QSP A; 2VH3 A; 2J9W A; 3DE9 A; 3NMJ A; 1SR2 A; 1G5Z A; 4GQH A; 1LPE A; 2B0H A; 4NQF A; 1UFB A; 2R7T A; 3BEH A; 1U6H A; 5L3Q A; 4BEM J; 3ZVR A; 1BR4 A; 1RMV A; 2PX3 A; 3HNK A; 3RVZ A; 1RKE A; 3DM9 B; 2OCC C; 3DD7 A; 5BQH A; 5A6B D; 3U2L A; 1ZHZ A; 1AEP A; 4BG0 A; 1SF8 A; 3G6E O; 2XXA A; 3N2Z B; 1YAU O; 4DOZ A; 1YIJ O; 2FFH A; 2RD9 A; 1N1C A; 5D92 A; 1YJG A; 4YT8 A; 4XEV A; 2YLD A; 2HJ3 A; 2HZ8 A; 1VQ8 O; 3WG7 C; 5D91 A; 5KYW A; 3IEE A; 3TUL A; 2XLM A; 4LDR A; 256B A; 1E85 A; 3KYJ A; 3GAN A; 4JCH A; 1E2X A; 5B1B C; 5B3S C; 2PBE A; 2UUI A; 1K04 A; 1U89 A; 3UMI A; 3CC7 O; 1IW7 F; 5KYY B; 1TFO B; 1VYI A; 4CDA A; 1DOW A; 3J06 A; 3G4S L; 3G50 A; 4W8K A; 2VAS A; 1KU2 A; 3LEO A; 2NUT A; 3VYW A; 5L0J A; 2HUJ A; 2J45 A; 3R7C A; 3T4R A; 4MW3 A; 2LSE A; 4LLE A; 1OW6 A; 2XLH A; 3IQ5 A; 1VQO O; 4K7B A; 3AG1 C; 1NZE A; 1OQC A; 3CPW N; 4YL1 A; 1VB5 A; 2EIL C; 3NDB B; 3EG9 A; 1JR8 A; 3AOU A; 1O3U A; 1VQL L; 2R7W A; 2XLV A; 2HV7 A; 3CCS L; 5HV9 A; 1IZM A; 3HLZ A; 3K66 A; 4NTB A; 1ZU5 A; 4MVS A; 2FAP B; 1L7C A; 3IQC A; 2PX0 A; 5A6B A; 3ZC4 A; 1YZC A; 1MMN A; 3CXC N; 2IXM A; 4U5B E; 1CGM E; 5GPG B; 4U5E E; 3LLK A; 3LNR A; 4CSA A; 2IM8 A; 3LS0 A; 1LIH A; 3DJN B; 3HKK A; 2LFD A; 3G71 L; 1R5I D; 4O6M A; 4K1O A; 1WN0 A; 1Q86 M; 1LI5 A; 4NC3 A; 1Z63 A; 4ONS A; 1RCP A; 1PD0 A; 2JPU A; 1VK5 A; 3RQG A; 3V7O A; 2XSE A; 2JX0 A; 2P61 A; 1GM5 A; 1M2V A; 2OKU A; 2L6F A; 3DJU B; 4ULW A; 3LAY A; 4PK4 A; 4CS9 C; 1ORY A; 4PFO A; 2HMZ A; 5COF A; 3M1C B; 2LCH A; 3Q7G A; 2Q7R A; 1H9G A; 3QZC A; 1JRA A; 3L34 A; 3HJC A; 2X51 A; 1K05 A; 2DGJ A; 1WAT A; 2C03 A; 1T6Q A; 4NTA A; 2YVK A; 1J8Y F; 2H8A A; 3FAJ A; 2C04 A; 4EBJ A; 4O6N A; 4U9D A; 3AG4 C; 2YLI A; 2XL6 A; 2EPM X; 3RIP A; 1HY5 A; 3FOO A; 3G4S O; 3I56 L; 3FVY A; 1E84 A; 3ASO C; 3LJB A; 3ASN C; 2I8B A; 1YA9 A; 3LLI A; 4Z9J A; 3N24 A; 1TWA A; 4EBB A; 2HJM A; 3EZI A; 2DYS C; 3HTK C; 4CX9 A; 1PV3 A; 4BJ5 C; 5KYN A; 2Y3D A; 2LP4 A; 1Y4C A; 2A0B A; 4U5D E; 3S90 A; 4LER A; 1ZHY A; 5DS5 A; 2PFD A; 1VQL O; 1RXQ A; 2XL8 A; 3VAY A; 1VQP L; 4IGG A; 3V5Z A; 2LIG A; 2YL1 A; 2CW0 F; 1C02 A; 1V74 B; 1Q7Y P; 2DB4 A; 5B3I A; 2L7A A; 4CDY A; 2ZXR A; 4CJO A; 4WGY A; 5AC4 A; 1H7I A; 1TWG A; 3RQF A; 1NG1 A; 3L8J A; 1S05 A; 1QKR A; 3TK0 A; 2QLA A; 4JEB A; 4IRU A; 2R9R B; 3G71 O; 1ZU4 A; 1U0B B; 4H4K C; 1BR1 A; 2GDC A; 3PHF 2; 3N0T A; 2HSQ A; 4YN0 B; 2XS8 A; 1TQG A; 3RW0 A; 4FX5 A; 4PFP A; 3CQZ A; 2G3V A; 2Y39 A; 2AWY A; 3T6G B; 3I4U A; 4YT2 A; 1MMD A; 1OCC C; 1G4W R; 5DQZ A; 1QVX A; 4M63 A; 2EPK X; 3DE8 A; 3L1M A; 3M4B A; 3JSE O; 3QW1 A; 3X2Q C; 1D0Y A; 1JJ2 K; 3KH2 A; 4YT4 A; 2OTJ O; 3T6B A; 1LI7 A; 4E0H A; 2Q9A A; 4OIO F; 3W2W A; 4MVM A; 2ZXP A; 2KK1 A; 4U5F E; 4IJJ A; 4LAC B; 3FDQ A; 1NFO A; 4PJJ A; 3UGO A; 4HFF B; 2MYS A; 2MHR A; 3CCL L; 2R7O A; 1Q0M A; 4C3E A; 5T1D B; 1T5O A; 4IAR A; 3MYI A; 1ZW3 A; 1FMV A; 1VQ7 L; 5JS5 A; 3O6X A; 1M1K P; 3DAG A; 2IXN A; 1S7Z A; 1VQ4 O; 1FFT C; 3H2V A; 5A6A A; 3PMR A; 4JUR I; 1VQ9 L; 3QMK A; 4CS9 A; 3QVZ A; 2H7O A; 2NUP B; 1VQK L; 3C8G D; 1AUE A; 2HMQ A; 4P9F A; 3HNL A; 3TQO A; 1LS4 A; 5KYU B; 2JD3 A; 4B6I A; 4CIP A; 4DBR A; 4E7S A; 1YAR O; 2R7V A; 3EPV A; 3RVY A; 5TJ5 E; 3I55 L; 4FES A; 2J9B A; 5CI8 A; 1OW7 A; 4KBL A; 4KC9 A; 4E17 A; 1TWC A; 1LE2 A; 3NKD A; 3UR3 C; 2OTL L; 3B71 A; 5EHH A; 4CS8 A; 3GWL A; 5L0F A; 1Y6D A; 2D5R B; 3ZG1 A; 3CME L; 2L6H A; 1Q7Y M; 3QTH A; 4IAO A; 1CPR A; 1H6G A; 2J0W A; 2GA0 A; 1Q82 P; 3VF0 A; 3W8H A; 5COM A; 4BJ5 A; 4JKV A; 3Q7L A; 2W4B A; 4PJM A; 3HNJ A; 4N06 A; 2OJE D; 4DXW A; 1KD1 M; 3DMD A; 4JC7 A; 1JJ2 N; 5DLJ A; 3A11 A; 1CGO A; 3ITF A; 1YJW O; 3CCR O; 1OCR C; 1E86 A; 1D1B A; 3E70 C; 4FWV A; 2VCC A; 2KGO A; 2OOC A; 3CAX A; 2IBF A; 4Q7C A; 2YLG A; 4EWC A; 4P6I C; 2XLO A; 4Z9H A; 3EFO B; 3S28 A; 3DM5 A; 1KQS K; 3ZSU A; 1TFK B; 1TR2 A; 2XM4 A; 4U5H A; 3GEI A; 1YJ9 L; 1YIT L; 3LNM B; 1OKK D; 1QQ3 A; 1HW2 A; 3DZA A; 1K40 A; 1ZHX A; 1HMO A; 2J8W A; 4JE9 A; 3U5S A; 1Z6A A; 2EIK C; 1D1A A; 4LDK A; 5KYX A; 1E83 A; 3ZQY A; 3C8G A; 1NLX A; 3SEO A; 2R7U A; 1YLM A; 3Q6N A; 3KYI A; 5JLI A; 4PJN A; 4HE8 D; 2B0J A; 3CCL O; 2BC5 A; 4P9T A; 1YHQ O; 3B29 A; 1QVF K; 4AL1 A; 1NU7 D; 3F47 A; 2NSG A; 1ZHT A; 5DQT A; 1VQ7 O; 1JPJ A; 4DRH B; 1QVG K; 3CD6 L; 5EGY A; 1VQ9 O; 3CCM O; 3NMI A; 2FGY A; 3EGX B; 1WWP A; 1V55 C; 1VQK O; 1VQN L; 2OEX A; 1I5N A; 3V5Y A; 1YA7 O; 2G62 A; 2L9J A; 2CNW D; 1EQ1 A; 1M1K M; 3G4X A; 3NMK A; 3RF3 A; 2XRH A; 1GS9 A; 3K7D A; 2NUP A; 2G3K A; 3W2V A; 2ZXO A; 2QA4 L; 3GOD A; 2YHS A; 1ZZP A; 5AGF A; 2HFI A; 2R7Q A; 2A6E F; 5L0I A; 5JP7 A; 3ABK C; 4N4W A; 4AL0 A; 2LFF A; 2UUH A; 3CCE L; 5E33 A; 5T3W A; 5DS4 A; 4NTF A; 2HV6 A; 3C18 A; 3CMA L; 1M90 M; 2Y3G A; 1VQ6 O; 2LD6 A; 1OKK A; 3SXZ A; 1K73 P; 1WGW A; 2MWQ A; 4XPW A; 4E18 A; 1N8R P; 4MVZ A; 2Y3B A; 4RD9 A; 3T9O A; 1M6T A; 3CC2 O; 4JJF A; 3LEV A; 3IHU A; 1VTM P; 4U5C E; 5AC5 A; 1Q82 M; 3B9Q A; 3NG1 A; 3BRJ A; 4I44 A; 4LLC A; 4AE4 A; 1VQ5 L; 1HMD A; 2VCA A; 4WGZ A; 2M4E A; 1K9M M; 1SYQ A; 4J30 B; 1VMA A; 2YQY A; 3FAP B; 3B0U X; 1YJ9 O; 4JJG A; 3JRM O; 1CPQ A; 1QVF N; 3A9C A; 4I1O B; 4OIN F; 2CDQ A; 2WVQ A; 3SXM A; 3MFN A; 3CEX A; 2O9X A; 3AGT A; 2KJG A; 3DKA A; 1YI2 L; 2IOQ A; 3EHM A; 3AQC A; 3O39 A; 4JVS A; 3EHN A; 2CNW A; 1D1C A; 3DWW A; 5L0C A; 4XEF A; 5CI9 A; 2H7B A; 2ZXW C; 3WHN A; 2ZPA A; 3UMH A; 4U9E A; 2VB6 A; 1VQM L; 4C7O B; 3CD6 O; 2WVO A; 3CZ6 A; 3M15 A; 4QI2 A; 1XZP A; 4I3M A; 5L3V A; 4U5G A; 2Q00 A; 1VQN O; 1QZX A; 3S27 A; 4QDL A; 2LK4 A; 4XLN F; 3GEH A; 4CS8 C; 1MQV A; 3MLG A; 1YVI A; 4BEJ A; 1FFH A; 3S29 A; 5KYY A; 4PR9 A; 3ATP A; 1Q81 P; 4L6R A; 3TJ6 A; 4MTF A; 3G4Z A; 1ORS C; 1PD1 A; 3RH3 A; 1UG7 A; 5EK0 A; 4MVO A; 3K1H A; 4CIH A; 1S72 L; 1RJ9 B; 1H9T A; 4MTO A; 1V54 C; 3T6J A; 1OCO C; 1Z23 A; 5JUA A; 3JSZ A; 1ORJ A; 2R25 A; 3CCS O; 1D0X A; 5A69 A; 2OQM A; 4GEH A; 5A6J A; 3M4C A; 3AG2 C; 1M56 C; 4BJ6 C; 4RDA A; 5B1A C; 4ZLC A; 2XLW A; 1FNT c; 3HNI A; 3CC4 L; 1T01 A; 2P7V A; 1T9K A; 2L6G A; 2X0C A; 3EH1 A; 3ZQV A; 4D4N A; 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